The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
GPLGSNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTSISGSSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Non-structural protein 9
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| publication title |
Crystal structure of nsp9 from infectious bronchitis virus (IBV) at 2.44 Angstroms resolution
rcsb |
| source organism |
Avian infectious bronchitis virus
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| total genus |
22
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2015-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08710 | nsp9 | nsp9 replicase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Replicase NSP9 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QZ8 A; 2J98 A; 5HIZ A; 5C94 A; 2J97 A; 2J98 B; 5HIY A; 1UW7 A; 3EE7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1T8N A; 3RXL A; 3LON A; 1TLD A; 4I8L A; 1BOQ A; 1THP B; 4U01 A; 1LCY A; 3OFN D; 4A92 A; 3M5L A; 1O3H A; 3SV6 A; 3HPT B; 1EJN A; 5CMX H; 1SQO A; 1GBD A; 3DFJ A; 3ELA H; 1ARC A; 4B2A A; 1KY9 A; 1Y59 T; 1ELF A; 2BD8 A; 1YBW A; 2PSX A; 2BDH A; 4KKD A; 1H9L B; 1MTV A; 2G5V A; 1NRO H; 3TK5 A; 3HKJ B; 1FIW A; 1TMT H; 3L6P A; 3F1S B; 1CU1 A; 3MFJ A; 2PHB A; 1F0S A; 1OXG A; 4NA9 H; 1FY4 A; 1YCP K; 1QHR B; 2ZHQ H; 1PYT D; 2A5I A; 5H4I B; 3SZE A; 5JBC S; 1L1J A; 4WF8 A; 2BOK A; 3ZV9 A; 1DWD H; 7GCH F; 1G32 B; 1C2G A; 5L6N H; 4RKJ B; 2UUF B; 2PWX A; 1NO9 H; 4ABB A; 3MH6 A; 5BRR E; 2FO9 A; 1TE0 A; 4O9V A; 1T31 A; 3SNB A; 5F8X A; 3SU0 A; 4FUC A; 2BD9 A; 1IOE A; 1HV7 A; 3EE7 A; 1RRK A; 3PRO A; 1GJ5 H; 2P95 A; 1PFX C; 4CRF A; 2A7C A; 4FUJ A; 4M7G A; 4Y8X A; 1C5U A; 2V3H H; 2ZGB H; 1V2L T; 3WWB A; 1C2E A; 1PPG E; 1YPJ H; 3MNB A; 4YZU A; 1GI7 B; 3LPR A; 2ZWL H; 2M5T A; 2OC1 A; 1DS2 E; 2O9Q A; 2F3C E; 1J15 A; 1OOK B; 3TK9 A; 3VXE H; 5HXF A; 1BRA A; 1TAB E; 4ABA A; 1JBU H; 1YKT A; 3SV9 A; 1GBT A; 2ZCK P; 4OS6 A; 4JZI A; 1JRS A; 3A7Y A; 1S81 A; 1AB9 C; 2FS9 A; 2BDA A; 2QF0 A; 3TJV A; 1PPH E; 2VGC C; 3V3M A; 1IHT H; 2KCP A; 3BV9 B; 4YLU A; 6CHA B; 1UTP A; 1SHH B; 2YMS B; 4K60 A; 4YXW D; 1E38 B; 2F9P A; 2OBQ A; 5JDU B; 1EJM A; 2C8Z B; 1F0U A; 1AHT H; 2XXL A; 3MH7 A; 4Y10 E; 3U8T H; 4NWK A; 3ZYE A; 1WBG B; 3OTJ E; 4ACA A; 1HJA C; 3RXK A; 1MBQ A; 5HMA A; 1O2V A; 1U6Q A; 2XBX A; 3OX7 U; 2BDI A; 3BF6 H; 4ZHL U; 3RC6 A; 2NU0 E; 2F4L A; 3RXG A; 1HYL A; 5EQS A; 1EJA A; 4R0I A; 1A5I A; 2Y7Z A; 4NCY A; 1P05 A; 2XCN A; 2VIQ A; 4MPV A; 3GS9 A; 5B6L A; 3ZZ8 A; 1GCT C; 1O3N A; 3GY8 A; 2FXR A; 2FP7 B; 1KSN A; 2JET C; 4Y11 E; 2RG3 A; 2GV6 A; 1S0Q A; 1ZYO A; 3E8L A; 1P2N A; 4ASH A; 3U8R H; 1XUK A; 3G01 A; 5JBA S; 1MKW K; 1ZSJ A; 2ZQ2 A; 2WYJ A; 2LEL A; 4GLY A; 3WWF A; 4AB8 A; 4THN H; 2XC4 A; 5GCH F; 3UOP A; 5SGA E; 1MD7 A; 2PLX A; 3TVJ B; 4LOY H; 3A81 A; 1VIT G; 3AW1 A; 1GGD C; 2VH0 A; 3ZVB A; 2C8Y B; 5CE1 A; 1THR H; 4NA7 A; 1PPC E; 1UTO A; 1GMH F; 2UWL A; 3JZ2 B; 4WXV A; 4GHQ A; 2KAI A; 2XCF A; 1CBW C; 2ZIQ H; 4AYV B; 1MTN B; 4X8S H; 2V7Q D; 1L0Z A; 8GCH F; 1H8E D; 1BTW A; 1EAT A; 1BRC E; 3EYD A; 1EB1 H; 4B74 A; 1AMH A; 3A8D A; 1Z8G A; 1DIT H; 3QDZ B; 1QFK H; 2G52 A; 1BCU H; 2QN5 T; 1O32 A; 2KR7 A; 3QGN B; 5ETX A; 2NU1 E; 1UK3 A; 4NIV A; 3TU7 H; 2YOL A; 1C1O A; 3MU4 A; 3EE0 B; 1LKA A; 1NBM E; 4UFG H; 3S0N A; 1CA0 C; 1SGF G; 1A3E H; 6GCH F; 2JKH A; 1EQ9 A; 2ZCL P; 1Y3W A; 2BD4 A; 1RFN A; 1S0R A; 1UK2 A; 4HGC A; 3SNC A; 4UFE H; 1O2S A; 1ZJK A; 3JZ1 B; 1GHB G; 1V2O T; 1YWU A; 2H9E H; 2JH5 D; 3N7D A; 3NWU A; 1LQE A; 1TRN A; 2FOB A; 1ESB A; 3S9A A; 1TX7 A; 1D3Q B; 1BTU A; 1NFX A; 1FDP A; 1LPK B; 5HIY A; 4AX9 H; 3FZZ A; 5KED A; 4ISN A; 5EOD A; 2QY0 B; 4UE7 H; 3ZZB A; 1HXE H; 1N6X A; 4IC5 A; 2H9T H; 1TPS A; 2A45 B; 1UW7 A; 2CK3 D; 2Y7X A; 4BTU B; 1O3E A; 2M2A A; 2C4F H; 2W26 A; 1P2M A; 3OEE D; 4H42 U; 4KTS A; 5JPM H; 4NG9 H; 3MO6 A; 3S7K B; 3URD A; 2Y6T A; 1DXP A; 1VKY A; 1NPM A; 5FPT A; 3TH2 H; 4MNV A; 2HVY B; 2VU8 E; 2Z9K A; 4H6S B; 4B76 A; 3CEN A; 4XSK U; 1TNH A; 3ZVA A; 2EST E; 1FPC H; 2OBO A; 2HLC A; 3DSO A; 3VB7 A; 1QBO A; 1WSS H; 2VB0 A; 3U8O H; 2G5N A; 1BBR E; 5EXL A; 1CT2 E; 3TNT A; 2ZGJ A; 3T62 A; 2Y5F A; 3R3G B; 2TGD A; 4ABH A; 2FOH A; 1TPO A; 2QIQ A; 4UEH H; 1BBR K; 1AU8 A; 1BHX B; 1UVS H; 1O31 A; 2C8W B; 1SQT A; 1NY2 2; 1SLV B; 2XBV A; 3K2U A; 3SND A; 3M5M A; 2OXS A; 1O33 A; 4JK6 A; 1SLW B; 4KTU A; 5F8T A; 2R2M B; 1X7A C; 2XYA A; 1SSX A; 1DY8 A; 1KDQ A; 4TSF D; 3RXF A; 1W11 U; 3RXM A; 3B8J A; 9EST A; 3MHW U; 1EP6 A; 2EI6 A; 2P8O C; 2Z3D A; 1O3F A; 1PQ7 A; 1KXD A; 2FX4 A; 3A87 A; 3LGV A; 1QJ1 B; 3SZN A; 1IQF A; 1GJ7 B; 3MNX A; 1QNJ A; 2NU2 E; 1MKX K; 1P9U A; 2EA3 A; 2ZF0 H; 1GBC A; 1PPZ A; 1O37 A; 3TPI Z; 1BMA A; 2TGA A; 1TIO A; 2YMS D; 3M3T A; 2PKA A; 2ZGX H; 1CO7 E; 1YPH E; 3M3S A; 2W7U A; 3ZZ6 A; 4OGX A; 2Z3E A; 3VEQ B; 4JCN A; 1L4Z A; 1AKS B; 2PP6 A; 2ANM H; 2IN2 A; 1HPG A; 1T32 A; 5EJL A; 1TON A; 1JWT A; 4FUH A; 3ZVG A; 1TRM A; 4Q4L A; 2PTN A; 3R0F A; 2BZ6 H; 2XOK D; 3SGQ E; 4Y71 A; 1P57 B; 2V0B A; 4MDS A; 3Q3X A; 3RXP A; 3V0X A; 1O36 A; 4I8H A; 1KTS B; 2AMQ A; 4ACB A; 5JBB S; 1GJ4 H; 2K0Q A; 2WV4 A; 2Q6G A; 3P6Z B; 2J5U A; 2CF9 H; 2Y5H A; 1GJB B; 2TBS A; 2QF4 A; 3KL6 A; 3A89 A; 5IK2 D; 1GMD G; 3P95 A; 3GYL B; 2WIN I; 2LPR A; 4Y0Y E; 1YPK H; 2KCY A; 3F68 H; 1TFX A; 2V3O H; 1UK4 A; 2CN0 H; 3GCN A; 3NCL A; 3SJO A; 4DCD A; 1PPE E; 1AGJ A; 1C9T A; 2PKS C; 2J95 A; 4RT1 A; 2WPL S; 3TGJ E; 1SGF A; 1PJP A; 2VID A; 2SNV A; 2FOE A; 1AUJ A; 1O2W A; 2R3Y A; 5L2Z H; 4AC9 A; 1BZX E; 3OY6 U; 2FDA A; 2VH6 A; 4MPX A; 1A0H B; 1WU1 A; 1HIA B; 2PV9 B; 1IAU A; 1DY9 A; 3UTU H; 1DAN H; 2FM2 A; 2OQU A; 2XWB I; 3LC5 A; 3T26 A; 1BTP A; 4BTT B; 4SGB E; 1CGH A; 4YT6 H; 5GJ4 B; 1ZPB A; 2WUB A; 3A86 A; 1EPT B; 1A0J A; 2OD3 B; 2ZHF H; 3OSY A; 4OS7 A; 4CHA B; 1PPB H; 1T8M A; 3Q77 A; 5A0A E; 2J2U A; 3DSG A; 5DPA A; 2O8M A; 1SGP E; 2W6J D; 3RXU A; 1MBM A; 3EQ0 H; 2FOG A; 4K5Z A; 2BZA A; 4A6L A; 2SFA A; 2LP6 A; 4RSP A; 3MH4 A; 1AKS A; 3PLK A; 1H9I E; 2IPQ X; 1YLC A; 3F0O A; 4E06 H; 1MUE B; 5L2Y H; 1O5D H; 2KCA A; 5EJ1 A; 4DY7 B; 1EOL A; 3GCT G; 1H4W A; 4BXS A; 2AH4 X; 1V2V T; 5LPF A; 3O8C A; 1FUJ A; 4IN1 A; 1SG8 B; 1Y3V A; 3RXQ A; 1O30 A; 5FBI A; 2ZFP H; 1P3E A; 2VVU A; 1C1Q A; 2ZTY A; 1BRB E; 1VZQ H; 3A84 A; 3PMA B; 4K2Y A; 4BAN B; 1YM0 A; 1C1M A; 2BDC A; 1BIT A; 2CHA C; 3SU4 A; 1DWC H; 4B1T A; 1DWB H; 5FPS A; 2J38 A; 1FJS A; 2HVX A; 2Z9L A; 3BTE E; 4JZE H; 5C20 A; 3CNR A; 2Z9J A; 2R0L A; 2FZZ A; 2NWN A; 1YY3 A; 2VWM A; 1C1V H; 1TAW A; 1YPM H; 1OWH A; 1GI8 B; 4Y8Z A; 1H9H E; 3PTN A; 1SGI B; 1LKB A; 4VGC B; 1HIA A; 1PYT C; 5CHA B; 1Z1J A; 3PV4 A; 1CGJ E; 1EFR D; 5LH8 A; 1JXP A; 1QUR H; 1QIX B; 1FN8 A; 3KN2 A; 3BTH E; 1LVM A; 2RCE A; 2EI7 A; 2F83 A; 3ZZ9 A; 7LPR A; 1K2I 1; 2XC5 A; 1O3D A; 2QAA A; 2GMT C; 1O35 A; 4JYT A; 1ZRB A; 1EPT A; 2JJ2 D; 2Z3C A; 1TB6 H; 2A32 A; 2EQN A; 3KHV A; 1M9U A; 1GBB A; 3SU1 A; 2YNB A; 4Y0Z E; 1S6F A; 4X8T H; 3E0P B; 3ZZ3 A; 3VG8 A; 1O2R A; 2BM2 A; 2W7S A; 5F03 A; 1EAI A; 2TPI Z; 1LHG H; 3LH1 A; 3K6Z A; 5A8X A; 3ZVC A; 1W7G H; 2GD4 B; 1GHY H; 3VPK A; 4GVU A; 1TOC B; 2FI4 E; 1FV9 A; 1MKW H; 3T2N A; 3P8G A; 4JMY A; 5C3N A; 1DVA H; 4IBL H; 1G3E A; 1RJX B; 4P00 A; 1ELC A; 3Q76 A; 3SI4 H; 3C1K A; 1KXF A; 3GIS B; 1SKY E; 4NGA H; 2FYR A; 1D3D B; 4FU7 A; 1A3B H; 1N8O B; 1DM4 B; 1EX3 A; 5DSF A; 1WYK A; 2AIP A; 4JZ1 A; 4CRC A; 5J4S A; 4Y6D A; 3KYF A; 3NPS A; 2GZ8 A; 4UFD H; 1NN6 A; 4B75 A; 1ZPZ A; 2Z7F E; 3PRD A; 1V2W T; 2FPZ A; 4KEL A; 3SGA E; 4GCH G; 5K0H A; 2GGV B; 2ODP A; 4GUX A; 3ODF A; 4I86 A; 1BTX A; 1VIT F; 4GPG A; 2G4U A; 1NT1 A; 1GBK A; 1DE7 H; 1RD3 B; 1XUI A; 2BQ6 B; 4OS2 A; 4F49 A; 3CS0 A; 1W2K H; 2BLQ A; 1K1P A; 4X1R U; 1WQV H; 1P8V C; 3AK5 A; 5DO4 H; 1C1N A; 1OX1 A; 1QL8 A; 4YOG A; 3URE A; 3NKK A; 2BD5 A; 4CBO A; 1AN1 E; 2QXJ A; 1C4V 2; 3ZZ7 A; 1K9O E; 4O3T A; 4J1Y A; 5C0T A; 1CE5 A; 4NZQ A; 1AY6 H; 1RIW C; 1QZ8 A; 3QGJ A; 2ODQ A; 4E7N A; 1E34 B; 1H8I H; 1BHX F; 4EST E; 1SGQ E; 3DUX H; 1T8O A; 2J97 A; 1TQ0 B; 1TWX B; 2OQ5 A; 1C5T A; 3MOC A; 1YLD A; 2GJG A; 3UNS A; 1D3T B; 1LVO A; 1FIZ A; 2B0F A; 2BYA X; 2ZU1 A; 3QZQ A; 2GT8 A; 1O2P A; 2FES H; 3HGN A; 3FFG A; 1HLT H; 1O5G H; 1QJ7 B; 4BAQ B; 5LGO A; 1GHB F; 3GDS A; 2XW9 A; 4ZUH A; 3GCH C; 3T5F H; 2ULL A; 3AVZ A; 1KIG H; 1FAK H; 3NK8 A; 1ESA A; 3KYG A; 1C1U H; 1NFW A; 3TIU A; 4ZKO U; 4CRA A; 2HLD D; 2CF8 H; 4M9F A; 2ZFR H; 3RMO H; 2I6S A; 4FUG A; 4O03 A; 3RC5 A; 1BBR H; 2UUY A; 1W12 U; 2BD3 A; 5A8Z A; 1H8H D; 2XBY A; 1KXE A; 2SGP E; 3E91 A; 1O5E H; 3DSP A; 3F3B A; 4YT7 H; 5HM9 A; 3HAT H; 1W3C A; 1NRS H; 2LNC A; 5GIB A; 3BTK E; 4Y7A A; 3TNS A; 1GJD B; 3URC A; 1CT0 E; 2ZO3 H; 3DA9 B; 4INK A; 4MTB A; 1G9I E; 1LTO A; 4TPY A; 1DX5 M; 1YGC H; 3F2F A; 3SJ8 A; 3SOR A; 2QF3 A; 1V2M T; 2BVX H; 1Z1I A; 5FBE A; 1YYY 1; 1D9I A; 1FY1 A; 5L30 H; 1EZX C; 3FO8 D; 5JB8 S; 1RXP A; 1MKX H; 2H5D A; 1LHC H; 3LH3 A; 1P2J A; 2ANY A; 2JH0 D; 3RU4 T; 2FOM B; 1L1G A; 1CQQ A; 1TBQ H; 4FUD A; 1K1L A; 2BTC E; 1G2M A; 2G4T A; 5K7R A; 1ZTK A; 2A4Q A; 2CMY A; 3H09 A; 1T4U H; 1OP2 A; 4Q80 A; 1RS0 A; 1YCP M; 2VIN A; 3QUM P; 3RXT A; 5C5N A; 2AHM E; 3M35 A; 4X2Y A; 4ISO A; 2BVS H; 2BD2 A; 1AFQ B; 5J4Q A; 2D2D A; 1ZSK A; 5EW1 H; 2AFQ B; 2QC2 A; 2BQW B; 4X1S U; 5DP3 A; 1H1B A; 1C2L A; 1AD8 H; 3GY7 A; 3LJJ A; 4FU8 A; 3TH3 H; 1IQK A; 4DII H; 4B6E A; 3TLO A; 2P93 A; 5I25 A; 1G3D A; 1T7C A; 3PMH B; 1L4D A; 4ZRO A; 4Q63 A; 1LO6 A; 3PLP A; 1GCT B; 2ALV A; 4X8U H; 4X1P U; 4F48 B; 1ANE A; 1TA2 A; 4KTC A; 2SNW A; 4WJG 2; 1E1R D; 4HG6 A; 2VNT A; 2PFE A; 1VIT H; 1TNI A; 2ZTZ A; 1IQL A; 1SOT A; 1S82 A; 1TMU H; 4AYY B; 1MAY A; 1DSU A; 1ZJD A; 1O3J A; 3M7T A; 3SQH E; 1V2S T; 1FQ3 A; 1SGY E; 3MU0 A; 3ZZA A; 1YPG H; 1AIX H; 1P03 A; 1OWE A; 3PO1 C; 3I77 A; 4IN2 A; 1P01 A; 1OWI A; 4GAW A; 2H2Z A; 3B23 B; 1KXB A; 3UFA A; 3MYW A; 2G51 A; 1C2I A; 1GMD F; 1PPF E; 1BMM H; 1WV7 H; 3VXF H; 1Y3X A; 5A09 A; 2ANW A; 2ZCH P; 4CR5 A; 3QTO H; 1VGC C; 1LDT T; 2ZGC A; 1GPZ A; 1EST A; 3M61 U; 3B9F H; 4HI3 A; 1QQU A; 2WV5 A; 5HKK D; 1F2S E; 2P16 A; 4ABE A; 1UHB B; 1VCP A; 2ZP0 H; 1BQY A; 2A4G A; 1UJ1 A; 1S5S A; 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