5GAP | Genus

Total Genus 36

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	36
sequence length	140
structure length	140
Chain Sequence	ASVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67
molecule tags	Transcription
total genus	36
structure length	140
sequence length	140
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
D	PF02966	DIM1	Mitosis protein DIM1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	5gapD00

5AGYA 3GKMA 3ZITA 3N5OA 3HVXA 1THXA 5JWRB 4TW5A 1XFLA 1FB6A 2IMIA 2J23A 3M1GA 1K0OA 3HYPA 3VPQA 1JZDA 2XPDA 3EE2A 4GLTA 1FVKA 4DSSB 4LL1B 2PERA 2H66A 2YV7A 2JACA 3UARA 5ECQB 1BG5A 1AQXA 4EL1A 4RI6A 2AV4A 4GSSA 2VCTA 4MK3A 4KNDA 3LWAA 4IS0A 2E0QA 5FHIA 4P3YB 4E8EA 2MMOA 4PQHA 4XS4B 3DVWA 2WFCA 2V6KA 2YZHA 3ME8A 3PH9A 1ZCPA 3EMXA 1K3YA 2YANA 4HS1A 4OFTA 2JADA 4HUAA 2PGTA 3GMFA 3LFLA 2I4AA 2GZZA 1A24A 4MP4A 4I6XA 5ECPB 2AYTA 2VL3A 2VCQA 4F0BA 2DSAA 3KMNA 4XS6A 1M9BA 1GWCA 4O32A 1TK0B 4ZXGA 2RM5A 1U87A 5ECMB 4K2DA 3FZAA 5J41A 1GLPA 2ON5A 3FK8A 4GQCA 4TR3A 5DCGA 3LEFA 2AB6A 2L5OA 3P90A 4HU7A 5IPGA 2L4QA 4J2FA 2FUG2 3HD5A 1JLWA 1DSBA 1GUHA 2LSTA 1OC8A 3DYRA 5F8BA 4IN0A 5B6MA 5E4WA 5HR2A 1I5GA 4Q5QA 5AIXA 3P8WA 4FO5A 3M0FA 1PL2A 2I9HA 2C0EA 3QFBC 5G31A 1SYRA 3A3TA 4ZILA 4FYUA 2QC7A 3FW2A 4I8BA 4F03A 4FIWA 2DBCA 1TW9A 2R2JA 1OE8A 1T7PB 19GSA 2GQLA 3ME7A 2DJ0A 2E2GA 3IOSA 1XOBA 1ERVA 1R7HA 9GSSA 3P7XA 1SJ6A 3EURA 2PBJA 17GSA 2PPTA 1YEXA 4N10A 4EXJA 4PUFC 3MAKA 5L71A 3C8EA 1R26A 1GNWA 3L9VA 4MF5A 2NTOA 1K0AA 3GV1A 1ST9A 2VCZA 4L5LA 3LYKA 3VK9A 4OCEA 4IP1A 3J7Yk 3LGCA 3HHVA 1USBA 4BVYA 3IA1A 2YV9A 1M0UA 3F4RA 4Q5FA 1XWAA 4CHSA 4MLYA 4K8MA 1DE1A 3I43A 2FLSA 3GH6A 3TRPA 2GS3A 2IIYA 1XZOA 2CA8A 2EIRA 3FR9A 2H73A 3LQ7A 1F9MA 1PX6A 4MDCA 3LG6A 3F63A 2X8HA 5DALA 3UVHA 2I3YA 4N11A 1PRXA 2YWIA 3G9BA 3M8NA 3TDGA 3U6VA 3WT1A 2X8CA 2C1YA 3VURA 3PGTA 4L0WA 1J0FA 3E3EA 5CO3A 4PNGA 2H75A 2YWOA 4PX1A 1BYEA 4MH3A 1TXXA 3MNGA 3NZNA 5J4UA 2CX4A 2GSQA 1ZYQB 3H4KA 1WWJA 1X5EA 1AAZA 3U5RE 2FA8A 1ZL9A 1WMJA 1GSYA 1WJKA 1GL8A 1GSUA 5IPHA 5G30A 4RQXA 1F3BA 3PR8A 2LRTA 4FH8A 1KNGA 2A2RA 1SD8A 2AJQB 1O81A 1PN9A 5IQYA 1VGLA 1THOA 5DAKB 3FY7A 4DSQA 2GDRA 4Q5NA 5A4UA 1GSDA 3MDKA 1PKZA 3HZ4A 2C4JA 1F37A 2KOKA 1TRUA 3I6AA 4OWYA 1O8XA 2O7KA 3NIVA 3G7IA 4MPGA 1TI3A 1GTAA 3C1RA 1O7UA 2VCVA 1OKDA 5H5SA 1XBSA 20GSA 2C3TA 3K8NA 4ISDA 5J5NA 3F9UA 2H6YA 2LQQA 3ISOA 3TB2A 3GL5A 3F6FA 3CYNA 1ML6A 3TKRA 1T00A 3KP8A 4XRDA 3KTLA 5DVBA 1JZWA 2DIYA 4I5QA 3H79A 1YDKA 1T8EB 3Q19A 3V1WA 4I2UA 4GSTA 5ELGA 4V1Ap 2V2GA 4EO3A 2H30A 3LORA 1BAYA 2LNSA 3HZ8A 1DUGA 5J3RA 1T4ZA 4G9HA 5C00A 1PGTA 5CRGA 5JCWA 1U88A 3VWXA 4GTUA 5IMVA 1A0FA 1O8WA 4ZB9A 2VAFA 3NOFA 3WT2A 3ZVJA 3KM6A 1TU8A 4KDXA 2KP1A 4ECCA 3ZMLA 2CZ3A 3VWUA 3IR4A 2H71A 3TKPA 1A8YA 3RPNA 3LYPA 4O5RA 4IHUA 4K9ZA 3UOMA 2H0IA 3R2QA 2WRTA 1JFUA 4KW6A 3SBCA 3TJJA 2YOIA 4AJ8A 3A2VA 3GKXA 3APOA 4YQMA 3UBKA 5AISA 1VF2A 5AIVA 1YF1A 2VCWA 5G2ZA 3RBTA 1ZGNA 4TVEA 1B48A 3GFKA 2MBTA 4YQVA 5ECSA 2DJKA 2IFQB 2OE1A 3FZ5A 5D9TA 3L4NA 4EE0A 2WZ9A 2ZUPA 4IQAA 2PVOC 1TRWA 4JU5A 3ZL5A 4ML6A 1QK8A 3QOUA 3KZQA 3HKRA 2MYGA 1JZOA 3ZFLA 4ZL9A 1SK2A 4PNFA 4JR4A 4I97A 5D8IA 3VPTA 4GRFA 4F9ZA 2MMAA 3CMIA 2VIMA 3F8UA 4G10A 1YEPA 3KXOA 1FOVA 4YAPA 2CAQA 2TRXA 1Z5YE 2EC4A 2LJKA 3TKSA 3CSHA 1U6TA 1AW9A 2WULA 3KH9A 2F8AA 3W6GA 1A2JA 1GSQA 4KSMA 2DLXA 2FWEA 2A2SA 2I81A 3HY2A 3DKSA 4J57E 1RK4A 3GUSA 3TJKA 3DMLA 4N0VA 1OC9B 4K0GA 1UA5A 1QUWA 2V6OA 3A5WA 2CT6A 2VM1A 2FWFA 3C1SA 5EL8A 1N8JA 1WRYA 3ERWA 4TXOB 2F3MA 2K18A 1FO5A 1IYIA 2JU5A 4IVFA 4MZWA 1O85A 4MCUA 3BCKA 3KH7A 5D9XA 1HNCA 3OR5A 1M2BA 3TKSE 3EINA 4POLA 4NHWA 1GTUA 5F0GA 3D4MA 4TN8A 2B5XA 3ZVJD 4ZB8A 3ZIVA 1DE2A 2PN8A 1FHEA 3KCMA 1V57A 2D2ZA 4TR4A 5A4WA 3FR3A 2HRNA 1ABAA 2HLSA 1B4PA 4K7IA 3H93A 2WGRA 1XW6A 1N2AA 5B7CA 3FR6A 2VCXA 5IO2A 4HI7A 3QDNA 2C3NA 2ALBA 1K3LA 1S3DA 2Z9SA 4BWQA 2GGTA 4NV5A 3PINA 2CX3A 1TJDA 4WXTA 1FB0A 5E59A 4K7OA 2HZEA 3Q18A 3GRXA 3HVSA 3QFAC 4TKYA 2PU9C 3CSJA 2HFDA 1OC9A 1GTBA 4JZQA 1SENA 3UL3A 3GKNA 5IIZA 2IWTA 1PX7A 3HCZA 3CXGA 2HYXA 4TXOA 1E2YA 2KP2A 2L57A 1Z7PA 5G1KA 2GSTA 4KH7A 4YQUA 2LJAA 2HXKA 5LCZA 2G0FA 2REMA 5ECLB 1AXDA 1Z9HA 3P2AA 3CTFA 10GSA 3M9KA 3VFIA 2GVPA 4XS1A 3H8QA 1T1VA 5CP1A 5IMCA 5GAND 1R5AA 5HR1A 5ID2B 1WIKA 2HSYA 5DQYA 4LMWA 4PGTA 5DALB 3RPPA 1KEBA 1T3BA 4MJCA 3GX8A 4EVMA 2CAIA 4EF0A 1R4WA 2JSZA 1EP8A 1M99A 12GSA 1HYUA 4IP6A 4JBBA 2H8LA 4K6XA 1ERTA 3CSIA 2YZUA 3DD3A 1X9WB 2GQMA 2WS2A 4TXVA 4OO4A 4RQRA 4XRAA 4IW9A 2NVLA 3FYGA 5AN1A 2CV4A 3D21A 1URMA 3RHCA 1UVZA 1EP7A 2OBKA 5GSSA 4ILFA 2QGVA 4MJBA 3VWWA 4GF0A 4YH2A 1GUKA 4ECIA 1AUCA 2R5GA 1IYHA 6GSWA 3GN3A 1WOUA 1A8LA 2VLVA 3GA4A 3UMAA 4KCAA 3RAZA 3I69A 4WEYA 1WPIA 2RIIA 4MZCA 5B6NA 1W89A 4WR4A 2M46A 3O76A 2FHEA 3KMOA 1ILOA 2KLXA 2FNOA 5JCUA 1FVJA 5ID2A 3D0ZA 1NM3A 2AHEA 1EV9A 4ZB6A 3KGKA 3W8JA 2O85A 2K8SA 5IMDA 3HJOA 3KEBA 4EDYA 3TOUA 2CVBA 4HJ2A 3QPMA 2EIOA 3O3TA 4OD7A 1AQWA 1V9WA 3IE3A 1DBYA 4HZ2A 1GSEA 2OJLA 1WP0A 1XXUA 1EOGA 3E9JB 5A5KA 5JWOB 1GTIA 2PMTA 1EGOA 2LEGA 1S3AA 5CRDA 1V98A 3D6IA 3EU3A 3US3A 2WCIA 5F07A 1H75A 2DJ1A 3J7Yb 8GSSA 1O6JA 3L9SA 5JWQB 3MSZA 5EPFA 3HA9A 2OADA 5ECNB 1EWXA 2VO4A 3ZRDA 4ID0A 2VOCA 2RUEA 14GSA 3KJYA 3CRUA 3GTUA 1SU9A 1XVWA 2WDUA 3HJMA 3ERGA 4WF4A 2P5RA 1XIYA 1M9AA 2K6VA 3IAM2 4F82A 1BEDA 1SK0A 1YY7A 2H0GA 4YAVA 2NDOA 2ZNMA 4GSNA 1EV4A 5ECRB 1JLVA 4KA0A 3D22A 3TGZA 1W4VA 2ON7A 5G1LA 4JE1A 5J9BA 1A23A 1XCCA 3IV4A 1CQHA 2F9SA 2LUSA 1A2MA 4WKWA 4V1Ag 5G5EA 3KP9A 5B8AA 3GYKA 3ZZXA 1E6BA 4LLRA 1QMVA 3LXTA 4NWYA 2L6DA 3M9JA 4EUYA 4NV2A 2OE0A 1XW9A 4KGIA 2DIZA 2BJXA 3BBYA 2XC2A 2YJ7A 1ZMAA 1B4QA 1I9DA 3BCIA 1J08A 4ECJA 1TK5B 3TKQA 2H1DA 2B5YA 5ECOB 2XPEA 2EIQA 1ZYEA 13GSA 1Q98A 4KB3A 4DSRA 5GZZB 1QXHA 1G6YA 2H72A 3EU4A 4QQ7A 2WJUA 4XTSA 2M80A 2RUFA 1MEKA 3EYTA 5IM9A 2H6ZA 1SKRB 5DJMA 3G7YA 1PKWA 1SYXA 2YJHA 5ECKB 3KD0A 2KHPA 3LJRA 1EGRA 3VI5A 3KIJA 3D5JA 1SD9A 4AF2A 3DIEA 2VLTA 1TOFA 4J56E 3QR6A 3VWVA 4PXOA 3MWHA 4HOJA 3UVTA 2NPBA 1TK8B 2DMMA 2RLIA 4G19A 4ZL7A 1PSQA 4ACSA 4CDOA 4MF7A 3QAGA 4IJ3A 2E7PA 2VL2A 4HQZA 2A4VA 2H76A 3DVXA 2C8UA 5D93A 2G2QA 2HT9A 3VLNA 1YQ1A 3TKSC 1M7TA 1TTZA 2B3SA 2BTOT 4HQSA 5HR3A 2CQ9A 2R4VA 1Z6NA 2V41A 4XHMA 1FAAA 3IAS2 4HDEA 1K0DA 1CQGA 3IXRA 5HFKA 2LTKA 5KN2A 4NAXA 1OE7A 2HNLA 1WE0A 4PQ1A 1VRSD 1SKSB 3GKKA 4KDUA 4MA9A 2K9FA 3FEUA 2DMLA 5DDLA 2H1BA 4KSOA 4I2TA 1XPVA 2VD1A 2B7JA 2F8FA 2IL3A 3ED3A 1G6WA 1TKDB 2C3QA 2YCDA 2IJYA 2VM2A 1VF1A 1K0MA 2HZEB 4TRXA 3IDVA 2MBSA 1XOAA 4NPBA 3F4TA 3LSZA 1HQOA 2JSYA 3Q74A 4V2NA 1EEJA 1MTCA 4BPYA 1X9SB 4GXZA 4X1UA 3FKFA 1SJIA 3WYWA 4WF5A 4D73A 4AJ7A 2OA7A 2LJRA 2O87A 1JHBA 1PMTA 5HQPA 2GTUA 1PA3A 4DVCA 4MH2A 1H4OA 1EEMA 2IMFA 2OE3A 2V1MA 6GSUA 1KBNA 2FY6A 5IOWA 3KTBA 2FD3A 3WGXA 6GSTA 3TRQA 1X0RA 3LXZA 2TIRA 2B5EA 4ECBA 6GSVA 4HZ4A 1K0NA 1JZRA 2KUCA 1RW1A 2V32A 2VUPA 2L4CA 5IMZA 3QCPA 2YP6A 2QSIA 5COHA 4POKA 5CNWA 3F6DA 1KTEA 3TRXA 2C0GA 6GSYA 2JL4A 3A2WA 3ZYWA 2MZCA 5LD0A 1OAZA 2GZPA 1TP9A 1XWGA 2HE3A 4ML1A 5CRHA 3A2XA 3ZFBA 1MD3A 4N30A 2VL9A 5ECHB 2LNTA 1MDIA 4G2EA 1BQ7A 2YPMA 1GUMA 2ES7A 4PUAA 3C73A 1YKCA 3CTGA 4OO5A 2PVQA 4H86A 2GZYA 2XBIA 4JRRA 2B1KA 1Y25A 2AAWA 3ERFA 1Y6EA 2VD0A 2CZ2A 4LA1A 3JCML 1B9YC 3WGEA 1XVQA 3C71A 2IMKA 1GSSA 2XHFA 1SK1A 2B1LA 5KN0A 1NHYA 2L5LA 3IBHA 3WGDA 2GLRA 4AGSA 2K8VA 4XIHA 2OACA 3CRTA 4IGJA 4V2MA 4WBJA 3UJ1A 1HNAA 5H5QA 4K1FA 1TI1A 2H0HA 4GCIA 1PL1A 4F0CA 1PD21 2CVKA 2JZSA 2L6CA 5IOXA 1YZXA 1BJXA 4DSSA 1ZOFA 5INYA 2PUKC 4PQIA 3DEXA 2BMXA 3UEMA 1OYJA 2GT5A 2L59A 3M3MA 3ZLPA 5FT3A 2PWJA 1XWCA 4BWSA 3DGQA 2YWMA 5FWGA 5EY6A 1G7OA 4OFMA 3E0UA 4XS4A 3N9JA 2IN3A 1HD2A 3IRAA 5LNKe 4MMMA 3RHBA 4KE3A 3TJGA 3L0HA 1MDJA 2YN1A 4KUNA 5F05A 3EVIA 1U3IA 5JCGA 4MPFA 2NBSA 2H19A 3C7MA 4MJAA 2P0GA 2WB9A 2RM6A 6GSSA 5KEJA 4DEJA 2R3XA 3ZTLA 4ZBDA 3ZMKA 1OVNA 1GLQA 1V58A 1LBKA 4ZBAA 3EWLA 1J9BA 1XWKA 2DC5A 3I9V2 4HJMA 1B9XC 1U3AA 3GH9A 1QQ2A 4MZBA 2H1GA 4BL7A 3W8SA 5EVOA 1A0RP 2FWGA 1K3OA 3GTUB 4LL4B 4TOPA 2LKUA 1M2DA 5DJLA 2AUVA 5D96A 3FZ9A 2DJ2A 3HJPA 1ZZYA 5IMFA 1O73A 2DJ3A 2P31A 3F0IA 5DCHA 6GSXA 3D4TA 4MABA 5GAPD 4X0XA 4L8EA 1ACVA 5A4VA 1NW2A 4ULXA 1A2LA 3FRCA 2B6MA 4IQ1A 4AJ6A 3TOTA 1M2AA 3DRNA 1LJRA 3UIWA 4CW9A 2H70A 2R6KA 1F6MC 1X9MB 1SL2B 1R5PA 2B7KA 3G7JA 1QFNA 3WD6A 5D73A 2X64A 3DXBA 5B8BA 2C0DA 2H6XA 1RQMA 1SL1B 2I1UA 1AC1A 2XBQA 2FGXA 1XW5A 4MF6A 4KAEA 1MDKA 4IKHA 4JR6A 1QGVA 3FZ4A 1S3CA 3QAVA 1Z7RA 2FA4A 5DBQA 4POBA 1ERUA 3BJ5A 4O7HA 3UBLA 1EZKA 4XCSA 2TRCP 2HZFA 3QMXA 1Z3EA 4GWRA 5ENUA 2GT6A 2CVDA 1TRSA 5ELAA 2JZRA 4TR1B 2N5AA 1UC7A 3F3QA 1Z6MA 5H5RA 2ZCTA 2HRFA 2QKEA 4MJEA 3F4SA 4KCEA 2R37A 1C72A 3BOAA 5KN1A 3CBUA 3FHKA 1VF4A 5F06A 2F51A 5D9WA 3QD9A 1B8XA 4OCFA 1SKWB 4O92A 4L5OA 1V2AA 3GX0A 2LV3A 1GRXA 1AIUA 3APSA 3HVVA 5J9CA 2OKAA 2GSRA 2HSHA 3IHQA 1VF3A 18GSA 2OBIA 1F3AA 2MMZA 2N5BA 2O89A 4KDYA 1FW1A 1UN2A 5ECIB 4BA7A 5KN3A 3QAWA 2FWHA 4IJIA 1G0TA 4RI7A 3APQA 1GNEA 4EKZA 3GSTA 4QL7A 4IELA 3AY8A 3TUEA 3TJFA 3SWLA 4ZL8A 4ZBBA 1ON4A 2GQKA 4NXIA 1SJZA 1TU7A 4WETA 3IC4A 2YNXA 5CREA 1YKAA 1OKTA 2YWNA 4Q5RA 11GSA 4K0NA 2X99A 2O8VB 4X43A 5HFIA 1X5CA 4K7NA 4EC0A 4TR1A 2VL2C 5C04A 1V40A 1K0BA 4Z7XA 5DAKA 1AQVA 1OC3A 2M72A 4TR0A 4HU9A 1FG4A 3RDWA 1GSFA 2LRNA 3IPZA 2IMDA 4N0ZA 4FYCA 1NHOA 2H01A 1GP1A 1X5DA 1YF0A 4KX4A 3GURA 4OMVA 5D9VA 1K0CA 1Q4JA 3VI7A 2P5QA 3GL3A 4OFNA 2C0FA 2LS5A 2FCHA 3F3RA 4WBRD 2X8GA 4D73B 2VLUA 1TDIA 1G7EA 1NSWA 3HDCA 1HNBA 4IBPA 3S9FA 5HFGA 1YJ6A 5DQSA 16GSA 2HI7A 7GSSA 1PQNA 2J9HA 1SL0B 4L0UA 4RUVA 3ZIJA 5HR0A 5ABRA 3H1NA 2GSSA 1GH2A 2E2MA 3UAPA 4BVXA 3TCOA 22GSA 3IK7A 1BX9A 1ERWA 3ZREA 2DJJA 3HXSA 4NHZA 1LU4A 4QL9A 2H74A 5IO0A 4FYBA 4POMA 4E8HA 1MD4A 2IPAA 2IMEA 4NMUA 3GHAA 2C80A 5CAXA 4WR5A 3GNJA 3O6TA 3BD2A 3L78A 4PURA 2LRCA 4V2LA 5GSTA 4HEA2 3Q6OA 3TJBA 5CRWA 1GULA 5G5FA 5CYYA 3EMPA 3GIXA 1TRVA 2MMNA 2JZTA 4ZIJA 4JEDA 4GQFA 1XWBA 4LMVA 4EDZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5GAPD

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