5GAPD

Body region of the u4/u6.u5 tri-snrnp
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
ASVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67
publication title Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
total genus 36
structure length 140
sequence length 140
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5gapD00
3GSSA 2YV9A 5J3RA 4IKHA 3TRQA 5ECNB 2YNXA 2A2SA 1O6JA 2A2RA 2ES7A 5HR3A 2KP2A 2X8GA 9GSSA 1JZOA 2YPMA 2VIMA 4K1FA 2XBIA 4IVFA 4PXOA 1A2LA 2MYGA 4JZQA 4K8MA 2MMOA 2IMEA 2L4CA 5D73A 5AISA 4K9ZA 2LRCA 2VCXA 5ABRA 2V32A 2PMTA 1ERTA 2I4AA 4NPBA 1T00A 3PINA 3GTUB 2X99A 1WRYA 5IO0A 2PVQA 3S9FA 4NAXA 4XIHA 4MZBA 5CO3A 1T3BA 2V2GA 2FLSA 4YAPA 3WYWA 4BWSA 4ECBA 4N0VA 1BAYA 1B48A 2FNOA 2IWTA 4XS1A 5L71A 2CZ3A 4EE0A 4WF5A 3GA4A 1GSEA 1X5CA 1GSYA 1SD9A 4IBPA 2GS3A 2V6KA 5EVOA 5A4WA 4V2MA 1HD2A 5H5RA 1RW1A 1OKTA 3GN3A 3GFKA 3GURA 1TI1A 4CW9A 2MBSA 2H74A 2VD0A 1OE7A 4EXJA 3HDCA 3E9JB 1V57A 1GSDA 1LBKA 4MP4A 3NOFA 1XIYA 3LXTA 2C80A 1I9DA 5ECSA 4HU7A 1T7PB 1ERVA 4POLA 2OADA 1PMTA 2B7JA 2GSTA 3GIXA 1I5GA 4ZBDA 3G9BA 1QXHA 1V9WA 5DCGA 3QD9A 4MJAA 2D2ZA 5DAKA 1ZOFA 1MD4A 4CHSA 2O89A 2R4VA 5IPGA 2O85A 1AW9A 4EF0A 1DBYA 2H19A 4DVCA 1AIUA 2GGTA 5F8BA 1NM3A 2VL3A 4GSNA 3P7XA 3QR6A 2H30A 1N8JA 5JCGA 3FZ9A 2FUG2 3KP9A 3I43A 2HT9A 4MPFA 1GUKA 3LXZA 4PGTA 2HFDA 3W8SA 2C0EA 4O32A 4DSSA 2TRXA 1Z7RA 6GSUA 1JFUA 2FWGA 1WMJA 2AB6A 4MABA 2YOIA 3APSA 4IJ3A 1GUHA 2AYTA 4FIWA 4MF5A 4GF0A 1O85A 3QFAC 2OE0A 4XTSA 2LQQA 1F3BA 4WF4A 2TIRA 1XW5A 3TKSC 2EC4A 5HR0A 2B5EA 2FWHA 5CRWA 5F05A 1TKDB 4ILFA 3FEUA 3KMOA 2FA8A 4TR0A 2LRTA 3KIJA 1ACVA 4QL9A 2DJKA 3VPQA 4H86A 4HI7A 1BEDA 1GNEA 3UVTA 1C72A 2HXKA 1Y6EA 1PKWA 1EP8A 5IO2A 4NV2A 2HI7A 1J0FA 4G19A 2P5RA 2LNSA 1TDIA 5JCWA 5F0GA 3HVVA 5IIZA 1Z6NA 1R5PA 2R5GA 4X1UA 4WR4A 4WBJA 4HUAA 4MZWA 4NWYA 4POMA 2H76A 2GT6A 3RPNA 4IQ1A 1TK8B 5ECQB 2LSTA 3V1WA 2EIOA 1XWCA 2JU5A 5EY6A 5E4WA 4IS0A 2REMA 5ECOB 1OC8A 3VI7A 1N2AA 1PGTA 4KE3A 1U87A 1K3LA 5KN2A 4FYCA 2NTOA 4HJMA 4IW9A 4GRFA 1AUCA 1GL8A 3C71A 5AGYA 3NZNA 2RIIA 4N10A 3ZITA 2CVDA 2R3XA 4DSQA 1ST9A 5CAXA 2PERA 2GTUA 3CYNA 5AN1A 4GLTA 4Z7XA 2H01A 1M9AA 2KHPA 3A2VA 2IL3A 2CX3A 2KUCA 1XFLA 2DSAA 4XHMA 4K6XA 3D22A 5G2ZA 2JZRA 2BTOT 5AIVA 2IJYA 2YWMA 2L6CA 5G1KA 4MJEA 2Z9SA 4LLRA 4ISDA 3GSTA 5H5SA 5J9CA 1UC7A 5JWOB 2L5LA 2GQKA 2PU9C 4IELA 3AY8A 3DXBA 4L0UA 4EDYA 3H79A 4MPGA 3IBHA 1SL1B 3ZFLA 2O7KA 5IM9A 2HE3A 3WGDA 1HYUA 4MF7A 4HQZA 4GQCA 3VWVA 3TKSE 1OYJA 1TRSA 1M2AA 1K0MA 4BWQA 3FZ5A 4PQHA 3ISOA 4MH2A 5G31A 1WPIA 4XRDA 3ZIVA 2H66A 1UVZA 3ZFBA 5ID2B 1TP9A 1WIKA 2JSZA 4WETA 2QKEA 2RM5A 2JADA 2H6XA 1S3CA 4BVXA 3ME8A 4KX4A 5F07A 3ZTLA 4KW6A 3SWLA 1MTCA 3CXGA 2CA8A 4G9HA 1ZGNA 1GP1A 5ECIB 5ENUA 5IPHA 4GTUA 2WS2A 4J56E 2LJKA 3ZREA 1OC3A 1ABAA 1B8XA 3F6FA 2VCWA 1TK5B 2GQLA 2XHFA 1X9SB 4ULXA 3GX0A 5C00A 1XCCA 3TGZA 3IRAA 4ECCA 3VLNA 2IN3A 1A23A 5CRGA 4Q5FA 1SENA 3MNGA 1AQVA 1B9XC 2H1GA 3ERWA 1QK8A 4ID0A 3KTLA 5DALB 3TB2A 4MF6A 3VFIA 1GH2A 2DC5A 3QDNA 4FYUA 3OR5A 2XPEA 2C3TA 4OFNA 1MEKA 5ECKB 1GLQA 1J08A 3G7IA 2E2MA 5ELAA 2VOCA 2IMIA 4WKWA 1YEPA 4HS1A 1OAZA 4DSRA 3CRUA 3O76A 1XWGA 3KMNA 4YAVA 1A2JA 2DIYA 1XZOA 2JSYA 5F06A 5FT3A 3KXOA 5IOWA 1A2MA 4OCEA 2N5BA 4TXOB 2DMMA 2FA4A 1O8XA 3GYKA 4BL7A 2OACA 2LS5A 3ZYWA 1TU8A 2ON7A 4PQ1A 1IYHA 4PURA 1GTBA 3P90A 5ID2A 2YWIA 2LUSA 2GZPA 3GKNA 3TUEA 3QAVA 1V98A 3FK8A 3FR6A 1G6WA 4NHZA 5KN3A 3LORA 3KGKA 1PKZA 3F4TA 3L0HA 14GSA 1MDJA 3TRXA 1CQGA 3A5WA 3HA9A 1YY7A 4ZIJA 1SK1A 4KCAA 3L9VA 3ZL5A 12GSA 1YF0A 3IHQA 2ZNMA 3P8WA 1BG5A 5DJLA 5GAND 4D73B 3CRTA 5A5KA 1EGOA 1SJ6A 2X64A 4KNDA 2GZYA 3F3RA 3HZ8A 1AQWA 2VL2C 4KSMA 5DDLA 4RQXA 4ML1A 3TJFA 1THOA 1ZZYA 1VF1A 3F4SA 2H72A 5G1LA 4TXVA 5JCUA 1SL0B 2VUPA 4AF2A 1U6TA 4WXTA 4LL1B 4L8EA 2H0IA 1E2YA 4HZ2A 3HY2A 3PGTA 1GTIA 3FHKA 4G2EA 4ZILA 3M9JA 1TRUA 5J41A 2L57A 1T8EB 1X0RA 3RHBA 3SBCA 2FGXA 4RI7A 4KDUA 3UL3A 5E59A 4K0GA 2HRFA 1K0DA 4AJ7A 3GRXA 4IHUA 1TW9A 3RDWA 3WT2A 1XOBA 4ZB8A 3ZLPA 2FWEA 1B9YC 1KEBA 1YEXA 4POKA 4XS4B 1R7HA 4JE1A 1EGRA 1FO5A 2B3SA 2CX4A 1SKWB 1ZMAA 3WGXA 5KN1A 4F82A 3FR9A 3IC4A 3QAGA 1VF2A 5G5EA 3LJRA 1Z7PA 1KBNA 3D0ZA 1R5AA 3FRCA 1GUMA 1ZL9A 4K0NA 4F9ZA 1TRWA 4TR1A 4BVYA 3CBUA 1FAAA 2HSHA 4NXIA 4JR4A 3DYRA 2IMFA 4G10A 3GKKA 3WGEA 3I69A 3VK9A 2ZUPA 2OKAA 5IMAA 3QCPA 5ECPB 3D4MA 4YQUA 3DWVA 4I6XA 3C1RA 2PVOC 2EIRA 1OE8A 3LWAA 5DJMA 4D73A 1XW6A 2VD1A 4AJ6A 1CQHA 4YQMA 4JBBA 3DRNA 4GSSA 3ZZXA 3F8UA 3DMLA 4MZCA 2H8LA 4KSOA 1GNWA 2BJXA 1M99A 2JZSA 2LKUA 2VCVA 1G6YA 4JU5A 5G30A 2OBKA 1AC1A 3IDVA 1NSWA 5IMCA 1VF4A 3GTUA 3EURA 1F2EA 1S3DA 1VRSD 3GH9A 1GRXA 4V2NA 5GSTA 3CTFA 3VPTA 5DQYA 3I6AA 2YP6A 1XWBA 4GWRA 1BYEA 1EOHA 4AJ8A 1Z5YE 3HD5A 4YQVA 3L78A 1XW9A 4TVEA 4NMUA 5FWGA 2K18A 3QOUA 3J7Yb 2JZTA 2I3YA 2L6DA 3EU4A 3RBTA 4KUNA 3KEBA 2ZCTA 1A8YA 1SYRA 4MCUA 2DIZA 1B4QA 2AAWA 3GX8A 1XPVA 3LSZA 3A2WA 4GSTA 1TJDA 3VURA 2FWFA 2NVLA 1SKRB 2AV4A 3F3QA 4EL1A 2G2QA 2C3NA 2YJ7A 2LJAA 3BCIA 2DMLA 2M80A 2I1UA 1QQ2A 3IA1A 1HNBA 2IFQB 2AUVA 2CV4A 3U6VA 2PUKC 3LYPA 1IYIA 1V40A 4OFTA 4PNGA 1OC9B 3TJBA 2K6VA 18GSA 2E0QA 2XC2A 3L4NA 4KAEA 1PA3A 3A2XA 3JCML 1ON4A 1O73A 2F51A 4BPYA 2YWNA 3L9SA 4EUYA 2GZZA 1SL2B 3QPMA 3Q18A 3HJPA 5D9VA 4ZBBA 3EMXA 1WJKA 2H1DA 1ERUA 3CSHA 3APOA 4ZL7A 3LGCA 2RUEA 4K7IA 1THXA 4EVMA 5DQSA 2CVBA 2H71A 2QGVA 4L5OA 2J9HA 2V1MA 2CAQA 2IPAA 1MDKA 4V1Ag 1GLPA 1GSQA 3WD6A 6GSSA 3KH7A 3IK7A 1YDKA 4N30A 4NHWA 3H93A 1NHOA 1M9BA 5LD0A 2WJUA 2R6KA 1K3OA 3HVXA 4K7NA 2C3QA 1AAZA 1XOAA 2YZUA 5DCHA 4Q5RA 2OE3A 1K3YA 2G0FA 3TRPA 3F63A 5EL8A 4RUVA 1Q98A 4MJBA 5D9WA 3TKQA 1A0RP 1SJIA 4NV5A 1NHYA 5DVBA 1O8WA 1YJ6A 1M0UA 4I8BA 3TJGA 7GSSA 1Y25A 1ZCPA 1DSBA 3F6DA 2LRNA 1JLWA 4N11A 4ZL8A 4ACSA 3TKSA 3IV4A 3F4RA 4LL4B 5D93A 16GSA 3GV1A 1DE1A 3EVIA 4KA0A 3EE2A 4GQFA 4TW5A 4GCIA 2OBIA 4I2UA 3FR3A 4FH8A 2B5XA 3ZMKA 2WB9A 2PN8A 1K0OA 5CRDA 5FHIA 1EWXA 4TKYA 8GSSA 1F6MC 2H6YA 5CP1A 1GTAA 1YKAA 3TJJA 2XBQA 1F3AA 4GXZA 3TOUA 1WWJA 4AGSA 1MD3A 3LG6A 3HHVA 2DBCA 3M9KA 1OKDA 3KCMA 5IQYA 1FVKA 2LV3A 4EC0A 2E7PA 4OFMA 3DGQA 2A4VA 3ED3A 1WE0A 2GT5A 5B7CA 6GSTA 2YWOA 4F0CA 3HVSA 4QQ7A 4OCFA 2CAIA 5INYA 1YZXA 2E2GA 2MBTA 4HU9A 5B6NA 2ON5A 1PX6A 4RI6A 2H1AA 2IMDA 2B6MA 2B7KA 3RHCA 3UEMA 4XS6A 2RM6A 3UAPA 3IOSA 4FO5A 1XXUA 4TR4A 3WT1A 2CQ9A 1VGLA 5IMVA 3CTGA 2B1LA 1OVNA 1ZYQB 1YQ1A 3C1SA 1XWKA 3D5JA 1QFNA 2RLIA 3ERFA 1TRVA 5B6MA 5J5NA 4JEDA 3HJMA 3BOAA 4KB3A 13GSA 2L4QA 4PUFC 1KNGA 5JWRB 1V2AA 3FZAA 3MDKA 1GSSA 3H8QA 2I9HA 1G7EA 2N5FA 2FCHA 3MAKA 20GSA 2DJ0A 1EV9A 3VI5A 5IMZA 3EMPA 4OWYA 1F37A 3KH9A 2KOKA 1T4YA 2OA7A 1F9MA 2GSRA 4IP1A 4JRRA 4N0ZA 5D8IA 3HZ4A 1Z9HA 1KTEA 4CDOA 1EP7A 2H0GA 4DEJA 5IMDA 3BD2A 1A8LA 1YF1A 2WULA 5H5QA 3GL5A 1SK0A 2RUFA 3PR8A 2V6OA 3H4KA 5GZZB 4MK3A 5AIXA 2J23A 3HKRA 2VLTA 4KCEA 2HRNA 3LYKA 3HJOA 2CT6A 4OMVA 2QC7A 1GWCA 1EZKA 1Z3EA 3IR4A 4XRAA 2P31A 2F8FA 4J2FA 1O81A 3KJYA 5J4UA 2FY6A 3O6TA 1BJXA 1U88A 3HYPA 1TI3A 3GHAA 1HNCA 4HEA2 5KN0A 1GULA 3F9UA 5DALA 1AQXA 3IAS2 1R26A 3E0UA 4DSSB 6GSVA 2DJJA 3FY7A 3FYGA 3DKSA 3IPZA 4L0WA 2C8UA 3QFBC 1DUGA 2MMZA 1PD21 4QL7A 3HXSA 1GSFA 1QGVA 3UJ1A 2NPBA 2YZHA 3ZVJD 1K0AA 1FW1A 3Q6OA 10GSA 4F03A 4TR3A 3G7YA 4IN0A 2HYXA 3M3MA 1DE2A 2VLUA 1SD8A 2WGRA 3M1GA 4TXOA 2H1BA 1H4OA 2LJRA 1Q4JA 3US3A 4KH7A 1HNAA 2F8AA 3TCOA 2HZEB 4MLYA 1W89A 2AHEA 4WEYA 2MMNA 1A24A 3ZIJA 2H6ZA 5HFGA 3GH6A 2VCQA 1Z6MA 2GDRA 4EKZA 3GMFA 5HFIA 4J57E 2F3MA 3I9V2 17GSA 2PBJA 5GAPD 4WBRD 3J7Yk 3UIWA 3QMXA 3CSIA 2FHEA 3VWWA 1K0BA 2H75A 3O3TA 5JWQB 5A4VA 5D96A 4MDCA 1T1VA 2C1YA 2N5AA 5CREA 2VCTA 5ECLB 2KP1A 4OO5A 3DVWA 3E3EA 3FKFA 1PQNA 2XPDA 2PPTA 4L5LA 3LFLA 3KD0A 1V58A 1ML6A 1RK4A 3N5OA 4TOPA 4X0XA 1XBSA 1EEMA 4LMWA 4V1Ap 2HSYA 2WZ9A 3RAZA 1NW2A 1QMVA 1FG4A 4PX1A 4LMVA 4IQAA 2TRCP 5B8AA 3DVXA 5HQPA 2H73A 2IMKA 19GSA 1X5DA 1GTUA 2HZFA 4HOJA 4HJ2A 3GL3A 3QAWA 3GUSA 5C04A 2VL2A 3IAM2 2LNTA 3GNJA 3K8NA 1FB0A 5B8BA 22GSA 1RQMA 5D9XA 5GSSA 5CYYA 2KLXA 4ECIA 2DJ2A 2PGTA 3C7MA 3D21A 1SKSB 1EEJA 2V41A 4IGJA 4Q5QA 1EOGA 3IXRA 4P3YB 3UVHA 4EDZA 1PL1A 1JZDA 4I97A 2DJ3A 4Q5NA 1SJZA 3DD3A 4TRXA 3VWXA 4KDYA 2H0HA 4ML6A 4YH2A 4XS4A 1PN9A 4K2DA 4XCSA 2HNLA 3R2QA 2HZEA 3EC3A 2GVPA 2OJLA 3D4TA 2CZ2A 1WP0A 1JHBA 1WOUA 5LNKe 2C0FA 3Q19A 1X5EA 1JLVA 3DEXA 1UA5A 1SYXA 5ECHB 3P2AA 1TTZA 1JZRA 2P0GA 5CRHA 5ECRB 3W8JA 1QUWA 1XVQA 1GSUA 5A4UA 2H70A 4MMMA 3KTBA 1TOFA 1UN2A 2M46A 1K0NA 4RQRA 3CSJA 1FHEA 4JR6A 4E8HA 2QSIA 1ERWA 3FZ4A 3MWHA 3TDGA 3ZVJA 2LQOA 1SK2A 1A0FA 3UOMA 2NBSA 2MZCA 4K7OA 4ZBAA 3IE3A 4EO3A 2YN1A 3L9UA 4FYBA 3VWUA 3DIEA 3M8NA 3TKRA 2VO4A 5DBQA 3ZRDA 5CNWA 1USBA 5D9TA 2P5QA 3GKXA 3KZQA 1BX9A 2WFCA 2ALBA 2K9FA 4ZL9A 4HZ4A 2X8HA 2GQMA 1URMA 5HFKA 3UARA 1X9MB 1U3IA 2I81A 4ECJA 2YCDA 6GSYA 2L5OA 4OD7A 2JL4A 4PQIA 4BA7A 4HDEA 1TXXA 6GSXA 1EV4A 1S3AA 2VLVA 2C4JA 3C73A 2YV7A 2EIQA 4ZXGA 1VF3A 2VM2A 4V2LA 3LQ7A 4ZB9A 5HR2A 5HR1A 3UBKA 3W6GA 2FD3A 2JACA 2VL9A 3H1NA 2B1KA 2GSQA 2X8CA 6GSWA 3KM6A 3A3TA 1JZWA 2LEGA 3EYTA 2K8SA 4KGIA 2VM1A 2GSSA 2LTKA 2GLRA 4MJCA 3TJKA 2IFQA 11GSA 3EU3A 4MA9A 4I2TA 2DLXA 4TN8A 1ZYEA 4HQSA 3KP8A 2YANA 1G7OA 4LA1A 3U5RE 1OC9A 3RPPA 1M2BA 2CVKA 1O7UA 2O8VB 2HLSA 3HCZA 5IMFA 2AJQB 3BJ5A 2R2JA 5J9BA 5ELGA 1B4PA 3IK9A 1AXDA 4E8EA 3C8EA 1R4WA 1YKCA 2WRTA 4MH3A 2YJHA 3GKMA 3UMAA 4ZB6A 3ERGA 2NDOA 2O87A 1FB6A 1LJRA 5ECMB 1G0TA 3CMIA 3BBYA 3MSZA 2VCZA 4I5QA 1U3AA 2VAFA 2C0DA 3UBLA 5KEJA 3EWLA 1H75A 4OO4A 3N9JA 4PUAA 3TKPA 1T4ZA 5IOXA 3ZMLA 2WCIA 1FOVA 1BQ7A 1PL2A 3EINA 1TU7A 1J9BA 4X43A 1XVWA 4KDXA 2R37A 2WDUA 2C0GA 2F9SA 1FVJA 5EPFA 3LEFA 2DJ1A 1XWAA 2K8VA 1M7TA 2B5YA 1PRXA 4O92A 1PSQA 1K0CA 2OE1A 3TOTA 4WR5A 4O7HA 4IP6A 1HQOA 2MMAA 4F0BA 2BMXA 3APQA 3F0IA 1LU4A 5G5FA 1E6BA 5COHA 3ME7A 2M72A 4PNFA 1TK0B 4F2IA 2IIYA 4TR1B 3BCKA 4O5RA 3PH9A 1SU9A 1M2DA 4POBA 2L59A 4IJIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite