The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
99
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structure length |
96
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Chain Sequence |
GKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of PEDV NSP9
rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Porcine epidemic diarrhea virus cv777
|
| molecule keywords |
Non-structural protein 9
|
| total genus |
14
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| structure length |
96
|
| sequence length |
99
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2016-01-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08710 | nsp9 | nsp9 replicase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Replicase NSP9 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QZ8 A; 2J98 A; 3EE7 A; 5HIY A; 1UW7 A; 2J98 B; 5HIZ A; 2J97 A; 5C94 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1L1J A; 2VIP A; 2Y5F A; 2TBS A; 1XKB C; 1GVK B; 4NZQ A; 1CT2 E; 1P2K A; 2H9T H; 1SFI A; 3W95 A; 1FPH H; 1VZQ H; 1HXF H; 3HKI B; 2ILN A; 1C5V A; 3A7Z A; 1PJP A; 2W7U A; 3PWB A; 1A2C H; 1QRZ A; 3B23 B; 4B6E A; 1WOF A; 1TNL A; 3RM2 H; 1O3N A; 3MH7 A; 1J9C H; 2J97 A; 3GIS B; 2V6N A; 3D49 H; 1AUT C; 1DAN H; 1O2M A; 2H9E H; 2WYJ A; 2J9N A; 1UHB B; 2ZG0 H; 2ZHD A; 4FET A; 5FPS A; 1UCY H; 2BZA A; 1UTO A; 4I8G A; 4CRE A; 3DSO A; 3PMA B; 2UWP A; 1CA0 B; 1ZSK A; 1LHC H; 1OSS A; 3EST A; 2VIV A; 3MOC A; 3RC4 A; 3VFE A; 4HTC H; 2F91 A; 3OSY A; 1A0H B; 2WV4 A; 4UFG H; 4KP0 A; 2ZFT A; 3GYL B; 2B5T B; 1JWT A; 4OS5 A; 3Q76 A; 3M5N A; 4OGY A; 4VGC C; 1OKX A; 1C1U H; 1LMW B; 4ZXX H; 2FI4 E; 2P59 A; 3GY8 A; 3O8B A; 4DVA U; 2GCH G; 1SG8 B; 1T31 A; 2FEQ H; 3SJI A; 2TGD A; 2OC8 A; 4X1P U; 1INC A; 1TQ7 B; 5IK2 D; 4FU8 A; 3TIU A; 5DSF A; 4O3T A; 1GGD B; 3VB4 A; 4E7R G; 3UQO A; 3VG8 A; 1K21 H; 4CH8 B; 3SU6 A; 1F0T A; 1NS3 A; 1H8I H; 3NKK A; 1SLV B; 3AAV A; 2G4T A; 3F0O A; 2BLV A; 4O97 A; 5EW2 H; 2K1Q A; 1FJS A; 2ZA5 A; 3RML H; 1O3M A; 2P3T B; 1FIW A; 2ODQ A; 3STI A; 1G3D A; 2A4G A; 1K1O A; 3BTH E; 2ODY B; 1GJ4 H; 4D9Q A; 4ACB A; 2GCT B; 2WHX A; 2ZQ2 A; 1QL7 A; 3BEI B; 2FOF A; 4OGX A; 2G52 A; 1C1V H; 1EP6 A; 3ZV9 A; 2HGT H; 3SUD A; 5G4B A; 3MNX A; 2AMP A; 1BMN H; 1MAY A; 3HK6 B; 1P3C A; 3UPE A; 4OS4 A; 7GCH F; 1YCP M; 2BY6 X; 4BTI B; 5FX6 A; 5GDS H; 2QXJ A; 1BHX B; 2BDG A; 5C1X A; 2F43 B; 2V3O H; 3M5M A; 1NN6 A; 4UD9 H; 3BTK E; 4ABA A; 4ASH A; 3A81 A; 4RT0 A; 1GI0 A; 1TNI A; 1TGB A; 5DO4 H; 1Z8I B; 2IJO B; 1JRS A; 1ZLR A; 4BAM B; 3F68 H; 1QJ1 B; 1Y5B T; 2OC0 A; 3FAO A; 3EAJ A; 4J2Y B; 2SGQ E; 4ABH A; 1IAU A; 3MU0 A; 3M5L A; 1LDT T; 5C1Y A; 1AE5 A; 4BAO B; 3E0N B; 3D65 E; 1DY9 A; 5FCK A; 3K9X B; 4Z1M D; 2STB E; 4MNY A; 1GL1 A; 3SV6 A; 3ZYD A; 2BTC E; 1P03 A; 5AFY H; 1C5R A; 1Y3U A; 1BRC E; 1P2J A; 5DP4 A; 4WJG 2; 1S0R A; 1GBE A; 5L30 H; 5LPR A; 4CBN A; 2Q6D A; 2GV6 A; 2TIO A; 1O31 A; 1MD7 A; 3MNC A; 1W2K H; 2YMS C; 1SLW B; 3MU5 A; 1QB9 A; 4GHQ A; 4CRG A; 1PYT D; 5DN6 D; 2FI5 E; 5FPT A; 2RG3 A; 1DT2 A; 1EOL A; 1EXF A; 1O3A A; 3D62 A; 1PFX C; 1AKS A; 1C5W B; 1ETS H; 3ZVG A; 3LGW A; 3RXJ A; 2ZU2 A; 1GCT B; 1G2M A; 1O37 A; 3T2N A; 1DOJ A; 2V0B A; 1CBW C; 2FMJ A; 3DFL A; 2VGC C; 1YPG H; 1YCP H; 2FYR A; 2Q1J A; 3SV2 H; 1NM6 A; 1E36 B; 1G2L A; 2GZ7 A; 3RXB A; 1N8O C; 4LOY H; 1SMF E; 2RFK C; 4DUR A; 4AGK A; 1W8B H; 3FN8 A; 3Q3X A; 1GHW H; 3BTF E; 1KXC A; 1OHH D; 1EUF A; 1V2P T; 1V2M T; 1EKB B; 3AAU A; 4X2X A; 1VGC C; 1ETT H; 1TGN A; 1O2R A; 2EI7 A; 1QJ7 B; 1ELF A; 2GMT C; 3BEU A; 1HAO H; 4BOH A; 4Z0K A; 5FXL A; 5LGO A; 3SNE A; 1E37 B; 3U28 C; 1V2K T; 1XX9 A; 3U8T H; 6LPR A; 1WCZ A; 2OQ5 A; 2GVF A; 5A0B A; 4MDS A; 1THR H; 1AE8 H; 3QZQ A; 4ISL A; 2PKS C; 2RDL A; 3DFJ A; 2WPD D; 3FVF B; 4CHA C; 2ANM H; 3SV9 A; 2BDI A; 1SGC A; 1YP9 A; 3SQE E; 1KXD A; 1H8D H; 3UIR A; 2FP7 B; 3D23 A; 4JZF H; 1UJ1 A; 3MHW U; 3U1J B; 3NWU A; 5C3N A; 1ZPZ A; 3UFA A; 2Z9L A; 3DA9 B; 4ISH H; 2LPR A; 1BJU A; 5EJZ A; 1HYL A; 4ZHM U; 2XND D; 2GT7 A; 1QBV H; 1HPG A; 1C2L A; 4NWL A; 3TIT A; 1FV9 A; 1DLE A; 2ASU B; 5EPY A; 2THF B; 1RTF B; 1ZSJ A; 2QF0 A; 1H9L B; 1SOZ A; 2FO9 A; 1NZQ H; 1AN1 E; 4H4F A; 1T4V H; 1MUE B; 1ORF A; 3ZVC A; 1ZGI A; 2BD3 A; 3QUM P; 1X7A C; 1VKY A; 1GJ7 B; 1GHB G; 2WPJ S; 3B9F H; 3EA8 A; 5E0H A; 1C1S A; 1XMN B; 1GBJ A; 4AN7 A; 1IQF A; 1P12 E; 3GY5 A; 1FQ3 A; 1QQU A; 2FYQ A; 3TNS A; 3W94 A; 5DG6 A; 1AMH A; 1KDQ A; 4DY7 B; 3ZIA D; 1NES E; 2CK3 D; 2KCP A; 2BQ6 B; 4M9F A; 2QV1 A; 1FXY A; 4ISI H; 3SNA A; 1V2U T; 1LVB A; 1UTP A; 1EB2 A; 1S83 A; 3UNR A; 3TGI E; 1HAV B; 1SI5 H; 3A7Y A; 3CS7 A; 1Z71 A; 4WXI A; 1RTK A; 1O3J A; 2A5I A; 2BVR H; 3SBK A; 1NRS H; 5GJ4 B; 1O3O A; 3RXF A; 4MNX A; 3LIW A; 3SJ9 A; 1AB9 B; 1V2W T; 3P8G A; 4SGB E; 3SGQ E; 3L33 A; 1D3P B; 3JZ2 B; 8KME 2; 5I46 H; 1V2V T; 3BTW E; 4WF8 A; 2BXU H; 1G3C A; 1CA8 B; 3T29 A; 1BMA A; 3ATK A; 2ZTX A; 3FKS D; 1ZML A; 3MTY A; 4ZKN U; 4ASU D; 1ZPB A; 2K8I A; 3UOU A; 5F8Z A; 2CF8 H; 2HOB A; 1P2I A; 1THP B; 3MWI U; 4ISO A; 3RXM A; 1S5S A; 1LHE H; 3DD2 H; 5PTP A; 3PMH B; 1S81 A; 2QGR A; 2TGA A; 4X8V H; 4E7N A; 1XUI A; 4Y6D A; 4O9V A; 1GHY H; 1C2K A; 5LPE A; 1CU1 A; 2XTT B; 1DWE H; 1H8E D; 1MTW A; 2AGE X; 1CGI E; 1O2I A; 4I8J A; 2F83 A; 1MTS A; 3RMO H; 3M3S A; 2Z3E A; 2NU2 E; 2W6J D; 2F9N A; 1RIW B; 1AGJ A; 1O3G A; 1UK3 A; 2QN5 T; 5CE1 A; 4U30 A; 2PR3 A; 2BYA X; 1PPF E; 2Z7F E; 2ZQ1 A; 4XFQ A; 5F8T A; 3MNB A; 1W7G H; 5DP5 A; 2G5V A; 3TJO A; 1TAB E; 2BZ6 H; 3NK8 A; 3V0X A; 2ZEC A; 5JB8 S; 4D9R A; 4AOQ A; 3T62 A; 3LOX A; 1P2O A; 2R2M B; 3SU3 A; 5HGG A; 4BAK B; 3F0P A; 3GCH B; 1LO6 A; 2ZPS A; 1GWA A; 3RXK A; 1GJB B; 3WWB A; 4D7G A; 1RTL A; 4IC5 A; 3STJ A; 4MNV A; 1AHT H; 3MO6 A; 4FUF A; 2K0Q A; 3L3T A; 1B5G H; 1O3F A; 4CRD A; 2ZFS A; 3SHC H; 2OBQ A; 1QB6 A; 5A2M H; 2QXG A; 2ALP A; 1MKW K; 5B6L A; 3RXH A; 3FZZ A; 1BT7 A; 1O30 A; 1UTL M; 4FUC A; 1BBR E; 1AWH B; 1TX8 A; 2VWO A; 1GJ6 A; 1FNI A; 4YM9 A; 1K1I A; 3SU0 A; 1C1M A; 2JJ1 D; 1GJ9 B; 2FOM B; 4ABE A; 3KQB A; 1V3X A; 1YPH E; 4I86 A; 5DKM A; 1O38 A; 3H7T A; 1Z1I A; 1GI3 A; 3A8C A; 1BCU H; 4LZ1 H; 1A7S A; 1J8A A; 1DM4 B; 3DSP A; 4ZKR U; 1YPM H; 2CN0 H; 1GBC A; 1C5Y B; 3MU1 A; 1UVT H; 3RMN H; 4I8K A; 3C27 B; 3S9B A; 3Q00 A; 1G36 A; 5DJ7 A; 3TJU A; 1JOU B; 4IW4 E; 2VIO A; 5F8X A; 2FTL E; 3GDU A; 1GHA G; 4IN2 A; 4F55 A; 1L4Z A; 1UMA H; 1S84 A; 3KL6 A; 2WZQ A; 3LH3 A; 2O8M A; 2ZU1 A; 3URE A; 2WPL S; 1MU8 B; 2KM0 A; 4WMF A; 4NFE A; 4CRC A; 1C5L H; 4WWY A; 3SNC A; 1EZQ A; 1HAY B; 4MQA A; 1D9I A; 2ZFQ H; 1Y3W A; 4BNR A; 5FBI A; 4BTT B; 1TX6 A; 2FOA A; 4RT1 A; 5C20 A; 5T6F A; 1LPK B; 2J98 B; 1DXW A; 3CNR A; 1O3H A; 1V2O T; 2FOE A; 1UVP A; 1ETR H; 1SGP E; 2RCE A; 3MH6 A; 3RXL A; 2EA3 A; 5J4Q A; 5EIY A; 4GLY A; 2BDH A; 1V2T T; 2GZ8 A; 1Y3V A; 1DXP A; 2R0K A; 1GMH G; 1BRA A; 2QCY A; 1HIA A; 4FVB A; 4X6M A; 1EQ9 A; 1YY3 A; 1T8O A; 1A0L A; 1GHB F; 2B0F A; 1MCV A; 1QZ8 A; 1GMD G; 3ATW A; 3BN9 A; 1Y59 T; 1UTQ A; 4GCH G; 2ANY A; 3M7T A; 2A5K A; 4A7I B; 3SQH E; 1WTH D; 3DT0 H; 2G00 A; 1AND A; 3S69 A; 2ZNK H; 5JB9 S; 3MYW A; 2TRM A; 4K60 A; 2VWN A; 1BIT A; 3PYH A; 3Q77 A; 1O2J A; 1C9T A; 1FLE E; 1LPZ B; 2CJI A; 4RKJ B; 3URD A; 1N1L A; 3K6Y A; 1GBA A; 1J16 A; 3RXV A; 4I32 A; 2BY7 X; 2QF4 A; 3LKW A; 1BJV A; 2BM2 A; 1Z8J B; 1SGQ E; 1SLX B; 4FUB A; 1FUJ A; 2QYI A; 1YKT A; 1XUH A; 2WYG A; 3PRO A; 2Y80 A; 3E1X B; 2D8W A; 2BHG A; 3UAI C; 2FS9 A; 1RRK A; 1TNH A; 1DWC H; 3DUX H; 2XBX A; 2P3U B; 3A89 A; 5JYI A; 3A8D A; 3KYG A; 4O03 A; 6GCH G; 2PKA A; 3FO8 D; 1B7X B; 4R0I A; 4WY3 A; 4CRF A; 1Y3Y A; 5IYT A; 1RJX B; 3EYD A; 3H7O A; 7LPR A; 2PWX A; 4ZUH A; 1SGR E; 1SOT A; 2O8L A; 2P3F H; 1AFE H; 1QQ4 A; 1HAH H; 3RXA A; 3TGK E; 1QL9 A; 1J14 A; 3MH4 A; 3GCN A; 4KTS A; 4JZD H; 1KYN A; 1BHX F; 5T6G A; 3TGJ E; 1W12 U; 1OS8 A; 2EQN A; 3SJK A; 1DDJ A; 4F49 A; 2A4O A; 4BXW A; 2PTC E; 3PMJ A; 1BIO A; 1C4V 2; 1PQA A; 2AFQ B; 2B7D H; 4WH6 A; 3ZVA A; 5ESB A; 2ZU3 A; 1BML A; 1QTF A; 1PPE E; 1KXA A; 6EST A; 1TON A; 3ZZD A; 5K7R A; 1W11 U; 1MKX H; 3GY6 A; 4NFF A; 2WPI S; 2PUQ H; 1D3Q B; 1G32 B; 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6CHA C; 4KGA A; 2IN2 A; 2UWO A; 2KCA A; 3LDX H; 1BRB E; 1GVZ A; 3O8D A; 1GMH F; 2Y7Z A; 4A1V A; 1DX5 M; 2BY8 X; 3H09 A; 3GY3 A; 1SVP A; 2GX4 A; 1BUI A; 1GMD F; 1OWD A; 2YMS B; 2V35 A; 1TMU H; 1J15 A; 4JYV H; 1SQO A; 3PO1 C; 1NC6 A; 2KAI A; 4GCH F; 4AFU A; 2YMS D; 1XM1 A; 4X8T H; 1TX7 A; 2TGP Z; 2ZKS A; 4TPI Z; 5I25 A; 1Y5A T; 1C5Q A; 3UUZ A; 1P3E A; 1UCY K; 4HI3 A; 1XXF A; 1GI8 B; 3A85 A; 1CBW B; 2VGC B; 1ELC A; 1QHR B; 4BAH B; 1O2U A; 4NZL A; 1MBQ A; 1N8O B; 3SI4 H; 3FAN A; 4THN H; 3QZR A; 2HNT E; 1GI5 A; 1AVW A; 2GDE H; 3CS0 A; 4AOR A; 3U69 H; 4JYU H; 1CGJ E; 2O8W A; 2HVX A; 1C5S A; 1CT0 E; 2QF3 A; 1VGC B; 3SJO A; 1F92 A; 6GCH F; 2O8U A; 1LQD B; 2GMT B; 5FPY A; 4FVD A; 3SN8 A; 1GJD B; 2EC9 H; 2G51 A; 1DS2 E; 1EPT A; 1ZTL A; 4NA8 A; 4B76 A; 4IBL H; 5EQQ A; 2FI3 E; 2FX6 A; 1NRP H; 1O5A B; 2VID A; 4KTC A; 1IOE A; 4IMZ A; 3S9C A; 1TRM A; 4AZ2 B; 1MZD A; 1XUG A; 1ELT A; 2PKS B; 2WPH S; 1MU6 B; 4B73 A; 4CHA B; 3A80 A; 3GOV B; 4K8B A; 1WUN H; 3BTE E; 1ANC A; 2P93 A; 2ZTY A; 4TSF D; 1NBM D; 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