5IMVA

Xanthomonas campestris peroxiredoxin q - structure f6
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
158
structure length
157
Chain Sequence
TDAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFCAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Peroxiredoxin Catalysis at Atomic Resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris (strain atcc 33913 / dsm 3586 / ncppb 528
total genus 49
structure length 157
sequence length 158
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5imvA00
3PGTA 2GZPA 3GKMA 4KA0A 2FHEA 3UAPA 1GSDA 2RM6A 2HLSA 4RUVA 4XS4A 4JE1A 3LGCA 5D96A 4DSSB 1N2AA 3ME8A 4ML6A 3EVIA 4WR5A 3G7YA 5ENUA 3ISOA 1K3OA 2RUEA 3GMFA 2ON7A 3ZYWA 4ZIJA 2D2ZA 1TU8A 4F2IA 1X5DA 5G30A 4WR4A 2K8VA 2CV4A 3GHAA 5A4VA 2XPEA 3C73A 4DEJA 4G19A 2WJUA 5ECHB 1XWKA 4LL4B 3M0FA 3IR4A 1F6MC 2H73A 5KN1A 3VURA 2H75A 3M8NA 2CX4A 3TJGA 3GSSA 3ERWA 4NAXA 4DSRA 2FCHA 4PXOA 1K0OA 3A5WA 4NV2A 4I6XA 1HQOA 1AAZA 4YQUA 2LJAA 5AGYA 5IO2A 3LQ7A 4KUNA 1WRYA 1PMTA 2C0FA 3GX8A 3DVXA 5IMFA 1FHEA 1A2LA 1BX9A 5AISA 1GUMA 3WD6A 2YP6A 2F8AA 2H19A 3FK8A 2DJ1A 3FZAA 1B4PA 5C00A 2CVBA 1W89A 5KN2A 4F03A 3G7JA 3H1NA 1TU7A 4MABA 5L71A 12GSA 1IYIA 4HS1A 5CYYA 4N0VA 3IXRA 4IBPA 1PL2A 2YPMA 1K0NA 2H76A 4XHMA 2C8UA 3SWLA 5HR1A 3ERGA 1F2EA 1X9MB 5ABRA 3Q19A 4YAVA 3EC3A 2J9HA 3WGEA 5G31A 3UBLA 4TKYA 3K8NA 3M1GA 4HJ2A 1I9DA 4WF4A 3BBYA 2C0DA 1MDIA 4O7HA 1SL0B 1M9AA 3P2AA 3L9VA 2GQKA 4TVEA 1WE0A 2OBIA 3ZL5A 5IQYA 4PQIA 4IJIA 2VL2C 3R2QA 3CBUA 1A0FA 2ON5A 4QL9A 4J57E 3WGDA 3DKSA 5JWQB 1G7EA 1KEBA 4N30A 3A3TA 3O3TA 3QAGA 1T4ZA 5IMZA 3BCKA 1JZDA 2IL3A 5J3RA 5CRWA 3IK9A 2FA4A 1M7TA 4Q5QA 2B7JA 1PKZA 1LBKA 1MDJA 2HZFA 4ULXA 6GSTA 4WF5A 1O85A 4KH7A 3IC4A 1PN9A 1HYUA 5EPFA 1U87A 1LU4A 1TK0B 2FD3A 2WCIA 3HKRA 3FR9A 2X8HA 3MSZA 3Q6OA 4ZBBA 2F51A 1ON4A 4Q5FA 5JCWA 1SL1B 3F63A 3BD2A 3H4KA 1GUHA 4JEDA 4ZXGA 3SBCA 5B6MA 5J41A 2MZCA 1F3BA 1O7UA 5F06A 3HVXA 7GSSA 1Q98A 1R5AA 4KNDA 4JBBA 4NHWA 3FZ4A 4ECJA 1SD8A 1PGTA 2WS2A 5FWGA 3DIEA 3TGZA 2AAWA 3BJ5A 2TIRA 3CMIA 4MPFA 4PNGA 1TTZA 2VD1A 3Q18A 1EP8A 1MEKA 5IMDA 5DJLA 3ZFBA 1HNAA 2E7PA 6GSXA 2LTKA 1Z9HA 3GRXA 3L0HA 3GNJA 1EZKA 1PD21 1JLWA 3P7XA 5KN3A 4O5RA 2JU5A 1CQHA 5KEJA 1K0BA 2K8SA 1TKDB 2GGTA 3N5OA 1QFNA 1FAAA 3FYGA 2VL2A 2LRCA 2VCXA 1OC8A 1TRSA 3HYPA 4IQAA 3DEXA 3E9JB 1XIYA 2X8GA 4EDZA 3D6IA 4AGSA 3HHVA 1PQNA 2YJ7A 4ECCA 1BEDA 2JSZA 4KSMA 3E0UA 2KP1A 4V1Ap 5ECIB 3AY8A 3L9UA 1PA3A 1BG5A 4MK3A 4GF0A 2WFCA 1XXUA 3I43A 1XW5A 2C3TA 2JACA 2H72A 2E2GA 3TKPA 2O89A 6GSYA 2FY6A 1BQ7A 1SK0A 4PX1A 1KBNA 3J7Yb 2CAQA 2VCQA 5G2ZA 1XVQA 4HI7A 3MNGA 4WETA 1PX7A 2PU9C 3NOFA 3I9V2 1ZYEA 3CXGA 2PPTA 1X0RA 3GL3A 3FR3A 1MD4A 3GKKA 2KOKA 1UN2A 5DAKB 2YCDA 2A2SA 4IP6A 3KMNA 4OCEA 4OD7A 2IMEA 4RI7A 4HU7A 5A5KA 2CZ2A 2R5GA 3HY2A 3KH7A 3CTFA 4AJ7A 1U3IA 19GSA 4MZCA 1Z3EA 4NV5A 3LWAA 1YZXA 3ZVJD 3ZITA 1ERUA 4N10A 4TR1B 3F3RA 2C3NA 3P90A 4GSSA 3ZLPA 2BJXA 3GKXA 2OE1A 2X8CA 5CRHA 2QC7A 2DJ3A 4IJ3A 2RIIA 2L6DA 5GZZB 6GSSA 5LNKe 3OR5A 1B9XC 1GP1A 2PERA 3F8UA 4WEYA 3VPQA 1AQVA 2GQLA 2VLUA 5HQPA 2X99A 1K0AA 5J4UA 1VF1A 4MCUA 4V2LA 4O32A 3QCPA 2L6CA 3PH9A 5F8BA 2MMOA 2B1LA 1R4WA 3F9UA 4HJMA 4FYUA 3FKFA 4TR0A 4MJAA 4X0XA 4JU5A 2LV3A 5DQYA 2K6VA 1JHBA 2JADA 4EE0A 1ML6A 3VK9A 2VCVA 4OFTA 2CZ3A 5DVBA 1JZRA 5E59A 1GRXA 3IV4A 5DALB 3TOUA 2H74A 2WB9A 1PKWA 1OC3A 4PURA 5IMCA 5COHA 3KGKA 1DE1A 3LYKA 2NVLA 1K0DA 1YEPA 3CTGA 2YNXA 4EL1A 3DXBA 2X64A 1NW2A 4ECBA 4IVFA 1RQMA 3DD3A 3M3MA 2N5BA 2VLVA 3W8SA 1Z6MA 3DVWA 2MMNA 4MZWA 2H8LA 4POBA 3LSZA 4K2DA 1NHOA 2AYTA 5GAND 1DSBA 1EOHA 20GSA 4WBJA 2IJYA 2RUFA 2FUG2 1J08A 2I4AA 2NBSA 4MA9A 1QUWA 2MBTA 1G7OA 4LLRA 3CSIA 1ZOFA 2VCZA 1RK4A 3HA9A 4XS4B 3KM6A 2XBIA 4ZB6A 2V6KA 3LFLA 3RHCA 5JWOB 3FZ5A 5IMVA 2B6MA 2FGXA 4ML1A 1V57A 1WMJA 3WGXA 2FNOA 4K7OA 1WJKA 3QFAC 5FHIA 1AXDA 1XBSA 3HJOA 1A0RP 3KP9A 1GSYA 1KTEA 2G2QA 1G0TA 2MMAA 5E4WA 5H5RA 2DMLA 2P0GA 1GLPA 2V6OA 1EV4A 1GUKA 3VI5A 3HDCA 5LD0A 2GLRA 2HT9A 4DVCA 2M80A 2YOIA 4I8BA 1TK5B 3E3EA 2LRNA 1O8XA 4TRXA 2HZEB 2ALBA 1Y25A 4WBRD 3UL3A 3KH9A 4G9HA 4V1Ag 1B4QA 4ILFA 4F82A 5CO3A 5IO0A 3UARA 2L4CA 1R7HA 1M0UA 1A23A 1GTAA 1B8XA 4ZBAA 14GSA 3KXOA 1LJRA 2XBQA 3NIVA 1SJIA 2YWMA 2M46A 3KD0A 1U3AA 2OA7A 4NXIA 4CW9A 3VPTA 1PSQA 3US3A 1BJXA 2GSTA 2EIRA 1NSWA 4TW5A 4GQFA 3I69A 1OKTA 3LEFA 5GSSA 3KJYA 4QQ7A 1Q4JA 3IA1A 4HZ4A 2C0EA 2H0HA 3FZ9A 2PVQA 4KSOA 2HSYA 4TXOA 1DE2A 3EMXA 1O81A 4K8MA 5HR3A 2N5FA 4F9ZA 16GSA 1K0CA 4JR4A 5LCZA 5ECOB 3W6GA 4F0CA 1FB6A 1VF2A 3DYRA 2WDUA 4OWYA 4EVMA 4IQ1A 5DCHA 2FWGA 1IYHA 5ECMB 3N9JA 1QMVA 2Z9SA 4ZL7A 1TDIA 2LNTA 2JZRA 2CVKA 9GSSA 1OC9A 3ZREA 1V98A 1XOAA 2JZSA 3HXSA 3HVSA 3IE3A 4LMVA 2A4VA 2P5RA 2ZNMA 2YANA 1OKDA 3IHQA 4FYBA 4K7IA 5HFGA 2LEGA 2V1MA 5CP1A 2VL9A 2P5QA 3QPMA 4MDCA 4FH8A 5A4UA 1WP0A 2K9FA 1V58A 2K18A 4YAPA 2KLXA 1ZMAA 2PWJA 5ELAA 1HNBA 1SKRB 2V41A 3BOAA 1G6YA 4BA7A 3QMXA 4I5QA 1PL1A 4H86A 1JZOA 1TOFA 1FOVA 2KHPA 2C0GA 4J56E 4XTSA 2WULA 3TKSC 3VLNA 3TRQA 4XIHA 3UBKA 3KEBA 3PR8A 4EKZA 2HE3A 2IMKA 4Z7XA 2H1GA 1SK1A 1ST9A 3APQA 2H6YA 3L78A 4YQMA 3D4TA 3D5JA 3FY7A 4ZL9A 1C72A 2B1KA 4OO4A 2VO4A 2GS3A 1GTUA 2O7KA 2VM2A 2H1DA 2JL4A 3ZTLA 4KAEA 2AV4A 4LMWA 4AJ8A 2IFQB 1SKWB 4PQ1A 4I2TA 1EGRA 4MMMA 5EY6A 2IIYA 2GT6A 1DUGA 3GTUB 5CREA 1O73A 3UVHA 4ZL8A 4V2NA 4J2FA 1N8JA 1SYRA 2O85A 4YH2A 3H79A 4N11A 2H70A 1RW1A 5DDLA 4K0GA 3RDWA 1SD9A 2OE0A 6GSUA 4L5OA 3TOTA 1XWBA 4GTUA 4NPBA 4NWYA 3JCML 2L5LA 1BAYA 2TRXA 1Z6NA 1T1VA 1Z7PA 2DSAA 5CAXA 3KMOA 5CNWA 2I1UA 3FW2A 2PGTA 1O8WA 4IP1A 4ZB8A 2KUCA 4EF0A 1QXHA 3QOUA 4HOJA 1GL8A 4OMVA 2R6KA 3ZRDA 4KB3A 4OFNA 6GSWA 4KDXA 4HQZA 2LJKA 1A24A 4XCSA 1VRSD 2N5AA 4IHUA 2R4VA 5GAPD 5FT3A 3FEUA 4Q5RA 1URMA 2WRTA 2VIMA 2C3QA 1E6BA 3CYNA 4WXTA 5ID2B 3IBHA 3LXZA 2XHFA 3IAS2 3D22A 1K3LA 3S9FA 2LS5A 4KDUA 4ZB9A 1XW6A 3KIJA 5JCUA 4GLTA 2ZUPA 3QDNA 1F3AA 2DJ0A 1T3BA 4KGIA 5DBQA 4MF5A 3TUEA 1M2DA 1MDKA 5D8IA 1GSFA 3TKSA 3UIWA 3HVVA 4DSQA 4E8HA 1YKAA 1FW1A 4N0ZA 1T00A 4GXZA 3G7IA 2H66A 1ZGNA 2L4QA 1M9BA 4BVXA 1GSEA 3GKNA 4HDEA 4QL7A 5F07A 5DJMA 11GSA 4D73A 4GQCA 3PINA 5ECRB 3VWWA 2LQOA 3TJFA 3ZIJA 4X43A 2OACA 4MF7A 5EL8A 2MYGA 4F0BA 1ZL9A 4BL7A 4BVYA 4TR1A 4EO3A 2NDOA 3HJMA 2VL3A 4GSTA 2QSIA 1U88A 1WIKA 2OE3A 2EIOA 4EXJA 1K3YA 3TJBA 1THOA 3TB2A 1YDKA 3KP8A 1PRXA 1EGOA 3WT2A 2XC2A 4LL1B 3O76A 2FA8A 2ZCTA 3F3QA 1J0FA 2V2GA 2LSTA 2H0GA 3TKQA 1ERVA 2I9HA 5ECPB 4MZBA 4ID0A 4ECIA 13GSA 1JFUA 3RAZA 5H5SA 2VCTA 2DLXA 3APSA 4POLA 1FVKA 4GCIA 2BMXA 1JLVA 1YY7A 2DBCA 1SK2A 4IGJA 4ZILA 2HYXA 3TDGA 4MH2A 3EU3A 2RM5A 3TCOA 1M2BA 4HU9A 1JZWA 2NPBA 3NZNA 1V40A 5AN1A 4G2EA 2XPDA 3F4TA 1S3DA 5B6NA 2E2MA 5IPHA 4XS6A 3TRPA 1GWCA 1EV9A 3TJJA 22GSA 2A2RA 5G1KA 4DSSA 5KN0A 4KCEA 4KE3A 2L59A 1XPVA 2FLSA 1TP9A 4PUAA 3I6AA 4MPGA 1XFLA 2VD0A 1EOGA 4ACSA 3CRTA 4PUFC 3QAVA 1AC1A 4FIWA 3GSTA 2MBSA 4FYCA 4MJEA 5J9BA 2PBJA 1H4OA 2H01A 1SJZA 1TK8B 2WGRA 1T4YA 3KTLA 4EUYA 3LXTA 4ISDA 4JR6A 1OVNA 4AJ6A 1QGVA 3W8JA 1B48A 4XS1A 4RQRA 2M72A 2NTOA 4AF2A 1TW9A 2OADA 1GSSA 3EURA 3ZZXA 1THXA 2OJLA 1TXXA 1NM3A 2VUPA 4POKA 2GSRA 2R2JA 2YZHA 3VWXA 2YV7A 3ED3A 4WKWA 2EIQA 3ZMLA 3M9JA 1X9WB 1WOUA 4NMUA 3FR6A 1ABAA 2VLTA 2H6XA 2LQQA 1A8YA 2GSSA 2H6ZA 4MJCA 2HZEA 2OKAA 4YQVA 2E0QA 4GRFA 1XZOA 1XWCA 4K7NA 3RBTA 2R37A 3IAM2 4XRDA 3C8EA 4PGTA 1GNWA 2VCWA 3F4RA 2PN8A 1OE7A 3DGQA 5JWRB 3F0IA 2BTOT 3TKSE 2QKEA 2AB6A 1XWGA 3D0ZA 1T7PB 2MMZA 4V2MA 4BWQA 3C7MA 3ZMKA 1EWXA 3FHKA 2FWHA 4K0NA 1F9MA 2CVDA 2HFDA 5CRGA 2EC4A 2F3MA 4G10A 1FG4A 3HD5A 5D9XA 1UC7A 2H1AA 5B7CA 3GL5A 3U5RE 2GVPA 2HXKA 5IIZA 3KZQA 2C1YA 1OAZA 5H5QA 5INYA 3GIXA 3O6TA 4IELA 5JCGA 2PVOC 2GDRA 3DRNA 17GSA 3QD9A 1V9WA 1BYEA 1ZCPA 3IPZA 5GSTA 2IMFA 4TN8A 1FB0A 2LUSA 2B3SA 2AUVA 2HRNA 2C4JA 2LKUA 3LG6A 3VI7A 1MTCA 3HCZA 4OO5A 5ECLB 3F6DA 1TRVA 4TXOB 2GZYA 2LJRA 3VWUA 2CX3A 2F9SA 1UVZA 2IWTA 1XWAA 1SKSB 2JZTA 5IMAA 1AW9A 4L0UA 3WT1A 4P3YB 5HFKA 3H8QA 5G5EA 3TJKA 2DJKA 5J9CA 1AQXA 3L4NA 4IW9A 2H30A 4K9ZA 1E2YA 4TOPA 1U6TA 1EP7A 5D9TA 1F37A 1ERWA 2DJ2A 4BPYA 3ZVJA 1SYXA 1HD2A 3GUSA 1OC9B 4KX4A 1SL2B 2GQMA 1GULA 3FRCA 4L5LA 1XW9A 4BWSA 3L9SA 2FWFA 1TRUA 1SJ6A 5AIVA 4MLYA 1GSUA 4MP4A 5HFIA 2OBKA 1V2AA 2DC5A 3D21A 1GNEA 4L8EA 5ECSA 2IN3A 1A2MA 3TRXA 5IOXA 1FVJA 4HZ2A 1PX6A 1TI3A 1O6JA 4IKHA 2IFQA 1HNCA 1YQ1A 4L0WA 2GT5A 3GTUA 5ELGA 1YJ6A 3F6FA 1WPIA 1S3AA 5D93A 5EVOA 2F8FA 2J23A 4K1FA 2CT6A 2IMDA 2IPAA 2LRTA 3RPNA 1B9YC 3UVTA 4KCAA 4OFMA 5ECKB 10GSA 3WYWA 2HNLA 4RQXA 3RPPA 2REMA 3GURA 4XRAA 3ERFA 4TXVA 1SENA 5DCGA 1X5CA 3CRUA 3C1SA 1FO5A 2IMIA 3MDKA 1ERTA 2YV9A 4E8EA 2B5XA 2H1BA 5D9WA 3QAWA 5C04A 2WZ9A 2CQ9A 2GTUA 3V1WA 4MJBA 3APOA 3BCIA 4TR4A 4GSNA 1GLQA 2YWIA 3EMPA 1X5EA 3KTBA 2C80A 1Y6EA 3DWVA 3QR6A 1W4VA 2HI7A 4HEA2 3CSHA 1MD3A 4HUAA 1J9BA 3UMAA 6GSVA 3A2XA 2AJQB 3IRAA 5ECNB 3MAKA 3LORA 1SU9A 3J7Yk 5ECQB 3A2WA 2DMMA 1K0MA 4CDOA 4KW6A 5B8BA 1Z7RA 5D9VA 5ID2A 1VF4A 2VOCA 1GTBA 4CHSA 3EE2A 2L5OA 3GH9A 2R3XA 3HJPA 1CQGA 3LJRA 3IOSA 2LNSA 2FWEA 3IDVA 2HSHA 3QFBC 4JZQA 3EWLA 1GH2A 5DQSA 2JSYA 1ZYQB 4KDYA 5G5FA 4TR3A 1A8LA 1KNGA 4EC0A 3UOMA 1ACVA 2DIZA 3GV1A 1XVWA 4PNFA 3Q74A 3VWVA 2DIYA 1M99A 2YN1A 3EU4A 3GFKA 3G9BA 3M9KA 1AQWA 18GSA 5G1LA 2QGVA 2B7KA 5DAKA 4PQHA 3HZ8A 1TI1A 4IS0A 2AHEA 3GYKA 5F0GA 5J5NA 2P31A 4MH3A 2HRFA 2VM1A 5IPGA 2O8VB 1T8EB 5HR2A 3RHBA 1ZZYA 2H0IA 4OCFA 1XOBA 4GWRA 2B5EA 1X9SB 1R5PA 1YEXA 2RLIA 2YWNA 3A2VA 1QQ2A 4HQSA 1OYJA 2GSQA 2I3YA 4D73B 1S3CA 4X1UA 1UA5A 3GN3A 5D73A 3DMLA 3LYPA 1GSQA 2VAFA 2I81A 2CAIA 3CSJA 5A4WA 4I2UA 4JRRA 4RI6A 5CRDA 4LA1A 3UEMA 2B5YA 3ZIVA 3F4SA 3EINA 3TKRA 3GH6A 2V32A 1DBYA 1WWJA 2YWOA 2PMTA 1ILOA 2YJHA 1H75A 1AIUA 1QK8A 1VGLA 2GZZA 8GSSA 5IOWA 1EEJA 3U6VA 2TRCP 1EEMA 1YKCA 3ZFLA 2ES7A 1R26A 5IM9A 5AIXA 2DJJA 5B8AA 1VF3A 3GX0A 1M2AA 4EDYA 1I5GA 3EYTA 3C1RA 4NHZA 5DALA 3MWHA 1OE8A 4FO5A 5HR0A 3KCMA 3P8WA 4K6XA 4O92A 2O87A 3HZ4A 3IK7A 4IN0A 4I97A 4POMA 2H71A 3GA4A 3H93A 2PUKC 3C71A 2YZUA 3ME7A 1G6WA 4ZBDA 1XCCA 5F05A 2CA8A 1USBA 1TRWA 2KP2A 1GTIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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