5IPH | Genus

Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	51
sequence length	157
structure length	157
Chain Sequence	TDAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGCTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFSAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0730977965286477__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0730977965286477__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5iph/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0730977965286477__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0730977965286477","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5iph/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0730977965286477__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e03c7f5404fa8274a4564/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e03c7f5404fa8274a4564/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e03c7f5404fa8274a4564/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e03c7f5404fa8274a4564/pdb.gz): 1994 ms

reading 157 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

157 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:156});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Xanthomonas campestris pv. campestris (strain atcc 33913 / dsm 3586 / ncppb 528
publication title	Peroxiredoxin Catalysis at Atomic Resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Bacterioferritin comigratory protein
total genus	51
structure length	157
sequence length	157
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2016-03-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00578	AhpC-TSA	AhpC/TSA family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	5iphA00

3F0IA 3ZIVA 3F3RA 1AIUA 2FNOA 3IBHA 3FR3A 2RM6A 1R5AA 3ZMLA 2L4QA 1MEKA 4BWSA 2C1YA 1DE1A 3TB2A 3RHBA 2I4AA 2N5AA 5IPHA 2FCHA 2EIRA 1GH2A 4MPGA 1NHYA 3IRAA 5E4WA 2QC7A 3ZVJD 3LYPA 1ERUA 2EIOA 2X64A 1AW9A 4IP1A 3C7MA 1ERVA 2JADA 1OYJA 3TGZA 4IVFA 5GAPD 1M99A 22GSA 2H1BA 2LJRA 2DJ2A 5JWOB 3DYRA 1A2JA 3HZ8A 5AIVA 4V1Ap 2OE0A 1GSYA 4F82A 3APQA 2B3SA 2C4JA 1JHBA 4HQZA 4ZBAA 2FY6A 5HQPA 4XRAA 4F0BA 4MZCA 3FW2A 1K0DA 4NV5A 5A5KA 1NM3A 2K8SA 3CSHA 2E7PA 3OR5A 1ZYQB 2B5XA 4MJAA 4OMVA 1VF3A 4GXZA 3GV1A 3GURA 3QMXA 2CVKA 1PN9A 1HQOA 2NTOA 1U3AA 2L6CA 1TKDB 2VL2A 2GTUA 2DSAA 3DVXA 2QGVA 3NZNA 1V58A 3TJGA 1SYRA 3APSA 1S3AA 2A4VA 2XC2A 1LBKA 3FK8A 3W8SA 2ZCTA 3TOUA 1AUCA 4K7NA 4PQ1A 1X9SB 5ECSA 1XVQA 1SYXA 4XS6A 4BVXA 1A8YA 3QD9A 4BVYA 2H01A 1GTUA 5JWQB 1SKWB 2YZUA 1XW6A 2PUKC 2LEGA 2PN8A 4PQHA 3N9JA 2HRNA 2AJQB 4BWQA 2BMXA 5CYYA 2CV4A 4ECJA 4TW5A 5FWGA 1A23A 6GSSA 2KUCA 1A8LA 4KA0A 3CTFA 3GUSA 1DUGA 2A2SA 2JSZA 4I6XA 4ZILA 1PQNA 4F0CA 1GUKA 2H76A 12GSA 2AUVA 7GSSA 1OKDA 1ZCPA 4PURA 5AIXA 1G6WA 1Z5YE 5ECRB 1HNBA 3ZFLA 2F8AA 5IOXA 5A4WA 1ST9A 2LUSA 2N5FA 4FYCA 2O8VB 5DDLA 4GF0A 3DEXA 3FYGA 4EDYA 1KNGA 1X9WB 2R3XA 5ELAA 1ZGNA 4EC0A 3I6AA 1SU9A 4X1UA 1XXUA 4PUFC 4PQIA 4V2NA 2K6VA 4NMUA 2H0IA 1M9BA 1GNEA 4N30A 3UOMA 1EOGA 4AGSA 4ZL7A 1BQ7A 2M46A 1TRWA 1V98A 5IMZA 1CQGA 3D21A 1EV4A 3E3EA 3KIJA 3GNJA 3GTUA 4GSSA 2H8LA 4IJIA 4Q5FA 1SD8A 1T00A 4FO5A 3TKSA 2GVPA 4L0UA 3ED3A 1EP7A 2QSIA 2WB9A 5EL8A 3W6GA 1PX6A 2LNTA 4NHWA 1M2DA 1SJ6A 2HSHA 3WYWA 3M0FA 2OKAA 3TKSE 3VI7A 3GKMA 4V1Ag 1J08A 4ID0A 5CREA 3UVHA 4TR4A 4L5OA 2CVBA 4IJ3A 4TXVA 3FZ4A 1GL8A 3GH6A 2MYGA 4MLYA 4K1FA 3GSSA 2DMMA 1WMJA 4GSNA 2FLSA 4JRRA 2H1AA 3C71A 1YJ6A 4XHMA 2HZEA 2YNXA 2B5EA 4KCEA 3QDNA 1TRUA 3M9KA 1HNCA 1TK5B 3DIEA 5DVBA 3EC3A 4BPYA 1J9BA 5CRHA 1Z6NA 4POBA 5A4UA 5DAKB 5L71A 4OCEA 5IPGA 4KNDA 4HOJA 1TU8A 2PVOC 4ZB9A 3BOAA 3KTBA 1QMVA 1FO5A 3R2QA 1SL1B 2L5LA 2NVLA 5ECKB 2YANA 2YWOA 3TJFA 5HR1A 3A2WA 5DALA 2GSTA 1K0AA 2CZ3A 4V2LA 4K6XA 1SL2B 1E2YA 5G1LA 4K2DA 2FWHA 5G1KA 2HT9A 1HYUA 2IPAA 2PU9C 3IHQA 1G7EA 2HI7A 5GZZB 3M9JA 1AQXA 2BJXA 3LQ7A 4YH2A 4DSSB 4HUAA 5J5NA 1H4OA 4MJCA 1QFNA 4NPBA 1SJIA 3ME8A 2H30A 4TN8A 3DKSA 2H72A 4XTSA 2VL2C 4HDEA 3KH7A 2H66A 1X9MB 3HVVA 1OE7A 4Q5NA 5G2ZA 3GL3A 2LNSA 3SBCA 2H0GA 4F9ZA 5ECPB 3GKXA 1GSSA 5LD0A 5J3RA 4WR5A 3L9UA 4ZB8A 4KDXA 1U87A 3MDKA 2F51A 1K0BA 1F2EA 2GDRA 1THOA 3IOSA 4XS4A 2YPMA 1HNAA 4MCUA 1SD9A 4KW6A 4AJ7A 4NHZA 3UJ1A 1E6BA 1PA3A 3DVWA 2OBIA 4L5LA 3F6DA 4OFMA 5H5QA 4AJ6A 4CHSA 3F6FA 4ZL8A 2FA4A 5D9TA 2R37A 1GNWA 2KLXA 1GSEA 3EE2A 1X5CA 3HHVA 4NV2A 2AHEA 1ON4A 1XOAA 4EDZA 3KMOA 4MABA 3I9V2 1PMTA 2VCTA 3GYKA 3VPQA 3VWXA 4ECBA 2HLSA 2O89A 3C73A 4KCAA 4MZBA 5JCUA 3IPZA 2FWGA 4O92A 3EU4A 1X5DA 4I97A 3GA4A 4HU7A 3APOA 1OC9A 1ZYEA 2WFCA 4ECIA 2AB6A 4OFNA 1TK8B 5H5SA 2X99A 2LJAA 2DBCA 2O87A 5JWRB 5IMFA 5GSTA 2KOKA 1XCCA 4MP4A 1SK0A 4GWRA 3D5JA 1S3CA 5CAXA 2H70A 5CNWA 5G31A 1XBSA 3C1SA 2B1LA 1OC9B 2PMTA 1VRSD 3LFLA 3ZZXA 3HCZA 4MDCA 1FVKA 2V1MA 3EYTA 3IA1A 2GSSA 1FB0A 1GSUA 3GHAA 3TRXA 4YQVA 3F3QA 5ECQB 2WJUA 5IOWA 1BG5A 1H75A 3Q18A 3UBLA 1UVZA 1XWCA 3KP9A 4V2MA 2DC5A 4I2TA 3V1WA 3TKQA 3W8JA 1PX7A 2KP1A 5EPFA 1MTCA 1MDKA 4POKA 5DJMA 5DQSA 1WOUA 2H71A 1QGVA 1K3YA 1URMA 2OA7A 3P7XA 5DCGA 3GX8A 3L9SA 2I9HA 13GSA 3HJPA 3RHCA 3GX0A 4ECCA 4TOPA 4O32A 3QOUA 1TK0B 6GSWA 4K8MA 5ABRA 2O7KA 2LSTA 4F03A 4G9HA 1WJKA 17GSA 2K9FA 3LORA 4QQ7A 4GQCA 3H4KA 4N10A 3VWWA 4ULXA 1ACVA 3ERWA 1VF4A 1XWBA 4MH2A 2DJ3A 4IGJA 2EC4A 2HSYA 3GIXA 3M8NA 3C1RA 2I81A 4GTUA 3WGDA 4I8BA 2OE1A 5DQYA 1W4VA 1PKZA 1F3BA 5AN1A 1JZDA 2VO4A 3TJKA 1R5PA 3FY7A 3HKRA 3VI5A 3FZ5A 2CAQA 3FRCA 3FZ9A 3WD6A 5A4VA 3IK9A 1GUMA 1W89A 2GT6A 3ZFBA 3CSJA 1MDJA 1Z6MA 1B4PA 1N8JA 2VLTA 1X5EA 4KAEA 1G7OA 1JFUA 5D96A 2LRNA 1RQMA 2E2MA 2GS3A 4FYBA 6GSYA 3K8NA 4LA1A 2I1UA 4WF5A 3IAS2 9GSSA 2J23A 2XHFA 1TP9A 1MDIA 3BCIA 4MF5A 3HJMA 2TRCP 2XBQA 3ZIJA 4GSTA 3QFBC 1J0FA 1TJDA 1Z7PA 2WRTA 3TOTA 2HNLA 4N0ZA 4G19A 2B5YA 5G5EA 4LLRA 1FW1A 2H1DA 3UAPA 3DMLA 3HYPA 5KN1A 2VL9A 3QFAC 3IK7A 3G7JA 3LGCA 3U6VA 2KP2A 3IDVA 3Q74A 2L4CA 2JACA 4CW9A 3S9FA 1TTZA 3HZ4A 3KGKA 1TOFA 5D9XA 1F3AA 3A2XA 5D9VA 2GQKA 3FR9A 3TUEA 1K0NA 4IELA 3QAGA 1PD21 3I43A 1XZOA 3KD0A 4KUNA 3HVXA 5B8BA 18GSA 1ZOFA 1G0TA 2CX3A 3GH9A 2NDOA 4ML1A 3EINA 3LWAA 4RI6A 1MD4A 4O7HA 2VCQA 4MMMA 3NOFA 1YKAA 2C0DA 2PWJA 5F07A 6GSTA 1ZMAA 5D73A 1GLQA 1LU4A 2F8FA 3KCMA 3H93A 1C72A 1GULA 3PH9A 2RUEA 2L6DA 4EF0A 5C04A 2IFQA 5DAKA 4GCIA 4OCFA 2YCDA 1GSDA 3EURA 4ZBBA 3UL3A 4MK3A 4K0GA 3IAM2 2OE3A 1M2BA 1FVJA 1TI1A 2WZ9A 4QL9A 1GLPA 2GZPA 1PKWA 2AV4A 2PPTA 3RPPA 1K0MA 1GTAA 2HZFA 2B1KA 1VF2A 2XBIA 3GL5A 3QPMA 3LSZA 1EGRA 5IIZA 1EV9A 3EMPA 2IN3A 3ZL5A 2IFQB 2R2JA 1YEPA 1K3OA 5HR3A 2LRTA 2MBSA 3H1NA 5H5RA 5KN2A 5F06A 1TI3A 1NSWA 2IMFA 4LL4B 1GTBA 2C80A 1O7UA 4XIHA 2MBTA 3ZYWA 2GLRA 2VLUA 3WT2A 1EP8A 2IMDA 4DSSA 2PBJA 4TXOA 1BYEA 4E8EA 2ON7A 5HFKA 1M2AA 2B7JA 3DGQA 1OVNA 2CAIA 2NBSA 4KX4A 4X0XA 4WETA 5ECOB 3RPNA 1XVWA 2IMIA 5KN3A 3F4SA 2JZRA 4IHUA 1Q4JA 3H79A 4MA9A 4KB3A 4XS1A 3RAZA 2CT6A 4K7IA 4TXOB 4WXTA 2CA8A 3ZREA 1ERTA 3P8WA 2CQ9A 4AF2A 2C8UA 4YAPA 4RQXA 3CSIA 5E59A 4PUAA 4FYUA 2V6KA 1QQ2A 2H6YA 2H6ZA 2C3QA 2RUFA 2TIRA 3CYNA 4Q5QA 2OACA 3EWLA 2V41A 3GN3A 5IM9A 1K3LA 1O8WA 1SJZA 4RI7A 2M72A 4MZWA 4IBPA 4MJEA 5COHA 2V6OA 4NXIA 1M7TA 3D6IA 2IMEA 3J7Yk 3DD3A 3QAVA 1YQ1A 1QUWA 1ERWA 1ML6A 1VF1A 2ALBA 4ML6A 2DIZA 2P5RA 3ERFA 1K0CA 2MMNA 1GSQA 4PXOA 4POLA 3G7IA 3KXOA 2MMZA 5HR0A 2H1GA 4LL1B 1R26A 1T4ZA 2HRFA 2R6KA 5IO2A 2L5OA 3CTGA 4TR0A 2VL3A 1M0UA 1ILOA 6GSVA 6GSXA 5D9WA 3PGTA 3VURA 1WRYA 3FR6A 3F63A 4GQFA 4EL1A 1XW5A 3PR8A 2H75A 5HFIA 1AC1A 1YZXA 3F8UA 5IQYA 3L0HA 1GSFA 2L57A 3KH9A 3IE3A 1X0RA 2X8CA 5ECLB 3DXBA 2GZYA 2E0QA 3A3TA 1QXHA 4MPFA 3ZVJA 1SENA 1SKRB 4KDUA 3LXZA 1U3IA 1N2AA 1ABAA 4TR3A 1OKTA 1XWAA 3J7Yb 2LS5A 5J9CA 2MMAA 2VM2A 2VCZA 1JZRA 3MAKA 3F4TA 2MMOA 2LKUA 1O8XA 2IIYA 4J2FA 4ZBDA 1SL0B 1EZKA 3GMFA 4JEDA 3TDGA 4ZXGA 2NPBA 4H86A 2DMLA 3TKSC 2BTOT 5J4UA 4JZQA 4MJBA 3A5WA 2N5BA 4HJ2A 2OBKA 1GUHA 2VIMA 4E8HA 4PNGA 3IR4A 3TKRA 3IXRA 1GP1A 3AY8A 2CZ2A 5ECMB 5KN0A 4QL7A 1XWKA 2YZHA 2ES7A 4WKWA 1Y6EA 2YOIA 3ERGA 4WBJA 1JZOA 1PGTA 3TJJA 3ISOA 1Z9HA 2JZTA 3CRTA 1XOBA 3DRNA 1EGOA 4OO5A 4JR4A 4GRFA 4LMWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2L59 A;  1PL1 A;  2VCV A;  3MSZ A;  2DJ0 A;  3IV4 A;  3M1G A;  3PIN A;  1GRX A;  2GZZ A;  3VWV A;  3O76 A;  1FB6 A;  1DE2 A;  2H0H A;  5CRW A;  1CQH A;  2C3N A;  2GSR A;  1Q98 A;  1B4Q A;  3CXG A;  2E2G A;  2GQL A;  4IW9 A;  4X4J A;  4NAX A;  1A0R P;  5LCZ A;  1V2A A;  3GFK A;  2FD3 A;  3VPT A;  2P5Q A;  1NHO A;  1IYH A;  5B6N A;  3HDC A;  3PPU A;  4KSM A;  5FT3 A;  3KTL A;  2IL3 A;  2R5G A;  3IC4 A;  5INY A;  1T1V A;  3HVS A;  1USB A;  2G2Q A;  3QAW A;  4F2I A;  5ECI B;  4OFT A;  4XS4 B;  2C0G A;  4TKY A;  2DLX A;  2JU5 A;  1EWX A;  1TU7 A;  2VD0 A;  4MH3 A;  5CO3 A;  1HD2 A;  4EO3 A;  2FA8 A;  4CDO A;  1I9D A;  5FHI A;  4DEJ A;  2YV9 A;  3Q19 A;  3EMX A;  3GST A;  3KM6 A;  2GT5 A;  5HFG A;  5ECN B;  3KZQ A;  3CMI A;  1XWG A;  4BL7 A;  4ILF A;  1U6T A;  2C0E A;  4ZB6 A;  4POM A;  5JCG A;  2HYX A;  1A2M A;  1RW1 A;  2G0F A;  1YF1 A;  3P2A A;  3TRQ A;  1PRX A;  4YAV A;  1JZW A;  2WUL A;  16GS A;  2Z9S A;  1M3J A;  3WT1 A;  1BJX A;  1EEJ A;  2GGT A;  2GQM A;  1V57 A;  3BBY A;  2FUG 2;  3GRX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IPHA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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