2QC7 | Genus

Total Genus 58

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	58
sequence length	224
structure length	224
Chain Sequence	VHTKGALPLDTVTFYKVIPKSKFVLVKFDTQYPYGEKQDEFKRLAENSASSDDLLVAEVGISDYGDKLNMELSEKYKLDKESYPVFYLFRDGDFENPVPYTGAVKVGAIQRWLKGQGVYLGMPGCLPVYDALAGEFIRASGVEARQALLKQGQDNLSSVKETQKKWAEQYLKIMGKILDQGEDFPASEMTRIARLIEKNKMSDGKKEELQKSLNILTAFQKKGA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__25808492179462128__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__25808492179462128__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2QC7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__25808492179462128__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"25808492179462128","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2QC7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__25808492179462128__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd7b7afceb31809b2e5dfe/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd7b7afceb31809b2e5dfe/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd7b7afceb31809b2e5dfe/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd7b7afceb31809b2e5dfe/pdb.gz): 133 ms

reading 224 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

224 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:223});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Chaperone
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure and functional analysis of the protein disulfide isomerase-related protein ERp29. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Endoplasmic reticulum protein ERp29
total genus	58
structure length	224
sequence length	224
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-06-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07749	ERp29	Endoplasmic reticulum protein ERp29, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1150.12	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Endoplasmic reticulum protein erp29	Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain	2qc7A02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2qc7A01

3W6GA 2CAIA 1F9MA 1O73A 4XTSA 5CRWA 4L8EA 1M99A 2EC4A 2CVKA 2IN3A 2WB9A 1B4QA 1VRSD 4V2MA 2OBKA 2GQMA 2X8GA 4PQ1A 2R4VA 5LD0A 3GN3A 3TRQA 5G5FA 1Q98A 3HKRA 2NBSA 1I9DA 2XC2A 4EVMA 2XPDA 1OKTA 2ON5A 3O76A 3BCIA 1K0DA 1EZKA 3KH7A 1XVWA 5DJLA 3Q6OA 3GYKA 2VCZA 4MLYA 1MD3A 2XHFA 5ID2A 1KNGA 1FB0A 2C0GA 1CQHA 3UBLA 4O32A 4TRXA 3J7Yk 1TW9A 2KUCA 1BAYA 3GV1A 1AQXA 2YP6A 4TR1B 1F2EA 2WZ9A 4XS4A 1XIYA 2DSAA 2GZZA 1UVZA 2VLUA 1GSDA 2N5FA 5F07A 2H1AA 2YZHA 1YF1A 5EPFA 1AQWA 2HI7A 4KSMA 1S3DA 1JLWA 2JZRA 3VFIA 2DMLA 2GDRA 5CRDA 4JR6A 4GSNA 4PGTA 1AAZA 4AJ7A 1MEKA 1ZYQB 4JZQA 2TIRA 1QQ2A 2VM2A 3D4MA 1FHEA 1NHYA 1AUCA 1KBNA 1TRWA 1JZRA 3GL3A 4BVXA 2KOKA 2VCVA 3KZQA 3KXOA 2K18A 1VF2A 1ST9A 3HZ4A 1DBYA 3M9JA 1B9XC 4FO5A 3UVTA 3HJOA 5F0GA 5IO2A 3EINA 1O85A 4EE0A 1SU9A 2C8UA 6GSYA 2HYXA 5CP1A 2ALBA 1THXA 3F4RA 3GTUA 5ECLB 4IQAA 1X5DA 1TXXA 2DIZA 3QAVA 1YKCA 1I5GA 3FZ4A 1GTBA 2YZUA 2LRTA 1V98A 2GZYA 1AC1A 2PBJA 4KNDA 3MSZA 2IFQA 2LKUA 3P8WA 4FH8A 4GF0A 4WEYA 4K8MA 3WD6A 1FVJA 17GSA 2H8LA 1M9BA 4AJ6A 1T00A 3PH9A 2PPTA 3EWLA 5HR2A 3AY8A 3TKSC 1TI1A 1LBKA 3ZTLA 1OKDA 2P31A 2IMDA 2DJJA 5L71A 1FVKA 1XVQA 2C3TA 3KJYA 4GSSA 2WFCA 3TJKA 3TB2A 3C71A 5HFGA 4K6XA 2WULA 6GSSA 2HRNA 4XHMA 3ZLPA 9GSSA 4JEDA 1PMTA 3VURA 3GKMA 3LXTA 2RLIA 5IOWA 11GSA 1OC9B 1QFNA 1XW5A 3VWXA 5B8AA 4HEA2 2R3XA 1SJIA 4Q5NA 4GWRA 1U87A 4TOPA 3IV4A 2H0GA 1H4OA 1YJ6A 4RI7A 3GX0A 2C3QA 2H73A 4BWQA 3M0FA 3F0IA 4GXZA 1A24A 3EU3A 3GKXA 3QAGA 4GQCA 2LUSA 3VLNA 5CRHA 1GTIA 4NV2A 3Q19A 3ERGA 2C1YA 2GQLA 2KP1A 3TGZA 1B9YC 2H74A 3ZVJD 1TK8B 2LNSA 4F82A 5E59A 4TXVA 3M3MA 1WOUA 2C3NA 4HQSA 2NPBA 5LNKe 4POMA 3TJJA 3DMLA 3MAKA 4YAPA 4JU5A 1SJZA 4I2TA 4D73A 3FZAA 3TUEA 1X9SB 2CX4A 1HNAA 4K7IA 1LU4A 1TRUA 1QGVA 2M46A 4TVEA 3TCOA 7GSSA 1M0UA 3HCZA 3HJMA 1VF1A 1X9MB 2EIQA 2B7KA 1SK0A 4XRAA 2JSYA 1Z6NA 1XOBA 2ES7A 2X64A 3F3RA 2PVOC 3EE2A 1N8JA 4IP1A 1XXUA 4KDXA 5A4UA 1BX9A 2PMTA 2OKAA 1EEMA 2C0EA 5IMAA 1NW2A 4K7NA 2P5QA 3DYRA 4YH2A 4V1Ap 3VI5A 4N0VA 5HFKA 3ZITA 2B5XA 3GH6A 1TTZA 4IJ3A 1WWJA 3G9BA 2F51A 1F3BA 3HD5A 1FOVA 2OACA 5H5QA 4HU7A 5IMZA 4TW5A 3FKFA 1NHOA 3WGXA 2MMZA 2REMA 3G7JA 2YWOA 3E3EA 4O7HA 1G0TA 5KN1A 4PXOA 1ZCPA 2H71A 4IJIA 3G7IA 3QFAC 4K0GA 4I5QA 1GSYA 3KEBA 2H01A 2HZEA 3ME7A 2DJ2A 4ML6A 1UC7A 2EIRA 1HYUA 2HT9A 4XIHA 4FYBA 2VL2C 1VGLA 3FRCA 4DSSA 2P0GA 5A5KA 5H5RA 4HJMA 4K1FA 1X5EA 3KGKA 5DALB 3DKSA 5CYYA 3WGDA 4HJ2A 5IQYA 2KP2A 1PSQA 4PNGA 2H1GA 3IE3A 3WT2A 1PX6A 2GTUA 1EV9A 2FGXA 2HSHA 3U6VA 4E8HA 2LTKA 3ZYWA 1GLPA 2K9FA 2X8HA 4G10A 2F3MA 1T4ZA 16GSA 5CRGA 3CTGA 3BJ5A 2VD0A 1XWKA 2B3SA 4P3YB 1XWGA 3HDCA 1G7EA 4XS6A 3VWWA 4NHWA 1U3AA 4O5RA 1G7DA 4MZBA 1O81A 5GSSA 4HZ2A 1HNCA 2DJKA 2H19A 2OJLA 3HXSA 3SBCA 3EC3A 1GNWA 3ISOA 3IRAA 4QL7A 4X0XA 4AJ8A 2NDOA 4IN0A 4J57E 1BQ7A 3CTFA 1XWCA 1O8XA 3P90A 2VM1A 2V2GA 5EVOA 2CQ9A 3LYKA 1B4PA 1ERWA 2B1LA 4V2NA 3CRTA 2DJ1A 3D4TA 3A2WA 1OE8A 3R2QA 2L4QA 5F05A 5FHIA 1VF3A 2F8AA 3F4SA 4I6XA 3TKPA 2HNLA 5DQSA 1TOFA 4OMVA 2C0FA 3TKQA 5J3RA 5DAKB 4XRDA 2GS3A 2IMEA 3H93A 2WCIA 1WJKA 2L5LA 2LV3A 2VCQA 5ENUA 1G7OA 4ZBAA 1AIUA 4WR4A 1A23A 2IWTA 3D22A 2L6CA 3KCMA 3L0HA 4OCFA 5ECPB 2V6OA 1M7TA 2ZNMA 5D93A 5GAPD 1SD8A 3HA9A 1R26A 3TKRA 1MD4A 14GSA 4I2UA 1AQVA 4ZL7A 5HFIA 2AAWA 5DJMA 1YDKA 1XWBA 4WETA 5COHA 2O89A 1X0RA 5JCGA 1XW6A 4KUNA 4KCAA 2QSIA 3OR5A 2F8FA 4XS4B 3GUSA 2MBTA 4N30A 1WPIA 2J23A 3LEFA 3ZZXA 4F9ZA 2JU5A 5INYA 3LORA 4K0NA 1S3CA 3WGEA 3C1SA 2GLRA 2H70A 3GSTA 3UJ1A 1K3LA 2DIYA 4ZBBA 4PNFA 2YCDA 2H1BA 1JZDA 1GULA 2VCWA 1OC8A 3KMOA 1GSSA 3UL3A 2PVQA 2AV4A 3QD9A 1ML6A 3ERWA 5HR3A 3ZMLA 1T4YA 2RUFA 3QMXA 3CBUA 3LQ7A 2H6ZA 2GSRA 2HLSA 2GQKA 2GGTA 2GT5A 5ECOB 3QDNA 1N2AA 1K3OA 3IK7A 1ILOA 4QL9A 3D5JA 2H6YA 2PWJA 1A2MA 1GSEA 1J9BA 2VLVA 1BG5A 4EC0A 1PL1A 4K7OA 4ECBA 1EOHA 3I6AA 3GTUB 2FNOA 1LJRA 2R37A 3FR9A 1GUHA 2D2ZA 1A0RP 4DVCA 1Z9HA 1NSWA 1ZYEA 4WF5A 1HNBA 5AN1A 5J9BA 3F63A 1ERUA 3VI7A 4ACSA 1JHBA 4OFTA 3DVXA 8GSSA 3KD0A 3TRXA 3GA4A 3N9JA 5FWGA 3D21A 3SWLA 2IFQB 3CYNA 4TN8A 5ECQB 1EWXA 1U3IA 5JWRB 3IR4A 4LMVA 2CAQA 2G2QA 4MPFA 1F37A 1FW1A 2M72A 4NHZA 3L4NA 4TR1A 4HZ4A 2VD1A 2WS2A 1YY7A 4PQHA 5F8BA 4MF7A 4GLTA 4NPBA 4POBA 4TR0A 3HZ8A 3N5OA 4Q5FA 1MDJA 4QQ7A 5ABRA 4OWYA 5J4UA 1SL0B 1SKRB 5AGYA 2E2GA 4EDYA 3GMFA 4IP6A 4WBJA 1M2DA 4TXOA 2WDUA 2WJUA 3ZFLA 6GSVA 2FA8A 3EMXA 3FZ5A 2FCHA 3LYPA 4L0UA 5IOXA 2VUPA 1TP9A 1EP7A 3VPQA 3IBHA 5JWOB 3FHKA 3W8JA 3APSA 5ECNB 4FIWA 1R7HA 2GSTA 4XS1A 1OYJA 4MA9A 3C73A 6GSWA 4HDEA 1B48A 3CMIA 1E2YA 2L4CA 2IMFA 1WIKA 4MF6A 3L9VA 2YN1A 1OAZA 3A5WA 4J56E 3RPNA 2VL2A 5ECMB 2CVDA 2MZCA 4ML1A 3IK9A 2B7JA 1A2LA 2P5RA 1AXDA 1PD21 4ULXA 2L6DA 2E2MA 4IQ1A 3APQA 1Z6MA 4KDUA 3IAM2 1V2AA 3A2VA 4GRFA 5A4VA 3HVXA 1YKAA 5A4WA 1TRVA 2VOCA 2QGVA 2DC5A 4L5LA 3VWVA 3K8NA 4BA7A 3ZMKA 1A2JA 2ZCTA 1XCCA 3UIWA 1FO5A 3RAZA 2LEGA 4MJCA 3CSIA 4RI6A 4IS0A 1TKDB 2O87A 1XBSA 5CNWA 3P2AA 1M2AA 1TDIA 1Y6EA 2F9SA 2YV9A 1K0MA 1MDIA 3FEUA 1OC9A 2LQOA 3UVHA 4HU9A 2H30A 6GSUA 3E9JB 3RHCA 4AGSA 10GSA 4IW9A 2LQQA 4MJAA 2B5EA 2TRCP 1YQ1A 5FT3A 1Y25A 2MYGA 3H1NA 4TR3A 3W8SA 2HZEB 4DSRA 3PR8A 2N5AA 1Z7RA 5G1LA 1ON4A 1SK1A 4DSSB 1WRYA 1T7PB 1PA3A 2AYTA 1OVNA 2VL9A 4JR4A 2C0DA 2JL4A 1XWAA 4BL7A 4NAXA 2FWEA 1XPVA 1ERVA 4WXTA 2FHEA 1OE7A 2IIYA 4HUAA 3G7YA 3E0UA 3GRXA 5JWQB 1PL2A 3NZNA 1R4WA 4MP4A 1KTEA 4BVYA 1FAAA 4TKYA 5KEJA 2K8SA 5DVBA 3US3A 2RUEA 3KTLA 4NMUA 4RQXA 3HHVA 3HJPA 3KTBA 4GCIA 4MABA 1W4VA 3GKKA 3ZIVA 3QCPA 3DD3A 1EEJA 2B1KA 3BBYA 3A3TA 2M80A 3LGCA 4PX1A 6GSXA 3F9UA 3Q74A 5DCHA 1TU7A 3LXZA 4YQUA 2MMNA 1K0BA 2J9HA 4ILFA 2KHPA 3UARA 2AUVA 1DSBA 1F6MC 3TRPA 3RPPA 1A8YA 2LRNA 1IYIA 2H76A 2E7PA 5J5NA 1FG4A 3DEXA 1TK5B 3HVSA 2CVBA 2JSZA 1R5PA 1H75A 2GSSA 2FWGA 5D96A 3GFKA 2CZ2A 1GL8A 1GRXA 3A2XA 1XOAA 1K0OA 1WP0A 1Z3EA 2CX3A 4X43A 2XBIA 2JZSA 2X8CA 2YANA 5ECRB 20GSA 2HFDA 2H6XA 3UEMA 5G1KA 3HY2A 4MDCA 4CDOA 2LSTA 1DUGA 4MJEA 13GSA 2H1DA 4XCSA 4G9HA 3ED3A 5G31A 3O3TA 1EOGA 3GSSA 3QR6A 1ZL9A 4KA0A 2CZ3A 3ZFBA 1GNEA 3C1RA 2MMOA 5KN0A 2RIIA 4RUVA 3I69A 3ZIJA 1F3AA 1GSUA 5AISA 2IJYA 5ECIB 3GURA 1K0CA 2FLSA 1ACVA 1SKWB 3IA1A 4F0CA 3QFBC 3RHBA 2IPAA 2KLXA 5DBQA 4YQMA 1V57A 1GTUA 4MPGA 2OA7A 2PGTA 1K0AA 5ID2B 2I9HA 3CSHA 3F6FA 3GL5A 1Z7PA 1A8LA 5IMFA 1RQMA 3TKSE 5IM9A 1XW9A 3MDKA 4KAEA 4LL4B 4PQIA 2IL3A 6GSTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2QC7A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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