The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
337
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structure length |
303
|
Chain Sequence |
SDIIVADFWNNEEILTDFDDSFESWTENEMWSIEFVAQTCYSFLDYESSVYFRGQEFVVKQLSHDATLSKDIRAPHIYYTCQDGRQDDAITGSFTLEQCLTHIFTDNRGFSWEIIDPSNILEVQQENFGNNNYLTLIDQLLDDYGVVVIPDNRHLVFPREIYGAKTENFIRYYNTDEASFDIDTLSLTIGYGVDSNGNNYFSPITYTSPEVEWGIRWQEPVSDERYTVAGNMQRRLLELQDYPATTGSVILECEGDYVLFIYEPLGIDYDVQIVAYYPFTIAPEITLSNNSIVSIMAQLAVLG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of prophage tail protein gp18 (NP_465809.1) from Listeria monocytogenes EGD-e at 1.70 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Protein gp18
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Listeria monocytogenes egd-e
|
| total genus |
72
|
| structure length |
303
|
| sequence length |
337
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06605 | Prophage_tail | Prophage endopeptidase tail |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bab) Sandwich | Phage tail protein beta-alpha-beta fold | Phage tail protein beta-alpha-beta fold |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GS9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5E2P A; 2BD5 A; 3SI4 H; 1FY3 A; 4JYV H; 2F83 A; 4X8S H; 2R3U A; 1YPH C; 1CA0 B; 1LVB A; 1F92 A; 4XBB A; 1DM4 B; 1O3K A; 3WY8 A; 1O3H A; 1ANE A; 5DKM A; 1QB1 A; 2D1U A; 2KZ4 A; 2ZI2 H; 8EST E; 1GG6 C; 2GKV E; 1IOE A; 1VIT G; 4JZD H; 4TPI Z; 1V2U T; 2KCY A; 3BEF B; 4F49 A; 1HAV B; 1KYN A; 1C2K A; 4U2W A; 1GI5 A; 1QZ8 A; 3ZYD A; 4AYV B; 4DVA U; 1AVW A; 4GHT A; 1LVM A; 2BY9 X; 4ZCN A; 1OS8 A; 4NWK A; 2ZNK H; 5AHG H; 1WAY B; 4WH6 A; 1NES E; 4UFD H; 3I77 A; 1QBO A; 1MTN C; 1DWE H; 2Y7Z A; 1GI4 A; 1P03 A; 1RIW B; 2ZTX A; 2FLB H; 1QL7 A; 1A4W H; 2F4L A; 3LH1 A; 1ETR H; 3FAO A; 2ZQ1 A; 1DSU A; 2GDD A; 2ZTZ A; 3MU4 A; 1AFE H; 1GI9 B; 2A4Q A; 2P59 A; 2P95 A; 1QBN A; 2KFW A; 1C2M A; 3GOV B; 3ZZ9 A; 3OEE D; 3Q00 A; 1DDJ A; 8LPR A; 5A8X A; 1XKB C; 1KLJ H; 2PR3 A; 3RUO A; 1GBH A; 4ISH H; 1SOT A; 2A2Q H; 3ZZ7 A; 4A1V A; 1H9H E; 4B74 A; 3BTF E; 1HNE E; 2R0L A; 3RXF A; 5FX5 A; 4TWW A; 1MQ5 A; 3SN8 A; 1VZQ H; 1M9U A; 4VGC C; 1MKW H; 1O3B A; 1D9I A; 4X6P A; 2ZU5 A; 3MNS A; 1FNI A; 4DCD A; 5DGJ A; 3ZV9 A; 1X7A C; 2CXV A; 1AD8 H; 4Q63 A; 1TAW A; 2CHA C; 2GT8 A; 1P8V C; 2Z9I A; 1PPB H; 3F2H A; 8GCH G; 2QN5 T; 2V3M A; 2VVU A; 1CHG A; 1E38 B; 1TNH A; 2FOF A; 3K65 B; 1O2U A; 3M7U A; 1QNJ A; 5C67 A; 1DT2 A; 2QXG A; 1ELG A; 1GHV H; 1T31 A; 1UMA H; 1IHS H; 2BLQ A; 3VB4 A; 4TPY A; 1BMM H; 1N6X A; 5AVD A; 4JYU H; 1EX3 A; 2ZFT A; 4AYY B; 2I6S A; 4E05 H; 4A92 A; 3RMN H; 4U32 A; 1GMD G; 2BDY A; 4CRC A; 4K69 A; 2ZDV H; 1C9P A; 3TK5 A; 3UR9 A; 1EQ9 A; 1FIW A; 3ATL A; 1IQJ A; 1C1Q A; 1KSN A; 2BXU H; 2GCT C; 1MBQ A; 1LDT T; 3M5N A; 2BD2 A; 4ZUH A; 1PPE E; 2PKS B; 1AB9 B; 2IJO B; 2QY0 B; 1NFY A; 3M3V A; 5ABW A; 5HKK D; 3LGW A; 4GLY A; 2HVY B; 3KN2 A; 4YZU A; 1ANC A; 1GDU A; 3EGK H; 1YPG H; 2JKH A; 3SOR A; 1NU7 B; 1GPZ A; 2V3O H; 1HPG A; 4UE7 H; 3GS9 A; 4JZ1 A; 3N99 A; 2FI5 E; 3OU0 A; 4JYT A; 1MTW A; 1ELT A; 1ZTJ A; 2G4T A; 5EOK A; 1GVK B; 3GCN A; 1PYT C; 1O39 A; 1AND A; 1O3J A; 3ZYE A; 3V3M A; 3E16 B; 2VGC B; 2EI6 A; 4ZRO A; 1SFI A; 2VWL A; 3PWC A; 2F43 B; 2FOB A; 4Z6A H; 1UTL M; 1V3X A; 4NA9 H; 3ATW A; 3MH4 A; 3Q3X A; 3MWI U; 1O31 A; 3VXE H; 4Y0Y E; 2C8W B; 3PLB A; 1TLD A; 1P11 E; 3LH3 A; 2O8T A; 2GV6 A; 2XTT B; 7GCH F; 4OGX A; 4A6L A; 2VVV A; 1EP5 A; 1LVO A; 4Y11 E; 2GGV B; 1BT7 A; 3TJU A; 1P05 A; 2P16 A; 3V7T A; 2AGI X; 1WSS H; 1TGC A; 3SJI A; 4FUH A; 3SU1 A; 2XC0 A; 1AWF H; 3DD2 H; 5JYI A; 2X53 1; 3A87 A; 1GJ4 H; 4BTT B; 1P04 A; 5JBT A; 2BB4 A; 3RC4 A; 1EZS C; 1TX8 A; 1EOL A; 4WVP E; 1SPJ A; 1O0D H; 3UIR A; 3UNS A; 1FON A; 1DXP A; 5HM9 A; 9EST A; 1MQ6 A; 1ARB A; 4AB9 A; 3UUZ A; 1ESA A; 1GVZ A; 1W11 U; 1JRT A; 4RKJ B; 1RS0 A; 1CT4 E; 3UTU H; 2FI3 E; 5EOD A; 1O3L A; 1K0H A; 3H09 A; 2BDC A; 4RKO B; 1V2M T; 1NC6 A; 4DW2 U; 3TIU A; 1YPE H; 1GGD B; 1NO9 H; 1TA6 A; 1WQS A; 4K1T A; 3TGI E; 2QC2 A; 1C2F A; 1ELB A; 1G3E A; 1T4U H; 1ACB E; 3SUG A; 2STB E; 4UON A; 3HK3 B; 2BLW A; 1Y59 T; 2O8U A; 3OSY A; 3P8O A; 3RXD A; 2ZTY A; 1D3P B; 3KQD A; 2BZ6 H; 1HLT H; 2FP7 B; 1YCP H; 3BN9 A; 1MAY A; 2G8T A; 1QJ1 B; 5HIY A; 2FX4 A; 3KEE A; 2XBX A; 2BYA X; 1BRU P; 3TLO A; 8GCH F; 2GTB A; 2GT7 A; 3AAV A; 4AR0 A; 2KR7 A; 3TH3 H; 1WUN H; 1DLE A; 4ISI H; 3BIV H; 1MCV A; 4M0H A; 3P8N A; 1WDI A; 4MVN A; 1C5W B; 4X2W A; 3AAS A; 1O37 A; 4XRN A; 2FS9 A; 2ZGH A; 4EST E; 1C2E A; 3JZ1 B; 1HJA B; 1GJ7 B; 1ESB A; 1H8H D; 2SGP E; 1TBZ H; 1KXF A; 1P02 A; 2A02 A; 1NPM A; 1K28 D; 1O3C A; 1PPZ A; 2W16 A; 2D2D A; 1DST A; 3RC6 A; 1Q31 A; 1RGQ A; 1GMD F; 3RXH A; 2J38 A; 3O8C A; 3SU4 A; 1FMG A; 1C1O A; 1COW D; 1XUH A; 2W3I A; 2W6T A; 3JZ2 B; 1C5Q A; 3TNS A; 1ZMN A; 1ZOM A; 2HGT H; 3Q3Y A; 1CBW C; 1HAY B; 2XC4 A; 1ZTK A; 2QV1 A; 1ELV A; 1HAI H; 1HJ9 A; 3L33 A; 2EY4 C; 3DCL A; 2AHM E; 3OFN D; 1LHC H; 2FOC A; 1CO7 E; 1QL8 A; 2ZU4 A; 2P8O C; 1EB1 H; 4FUC A; 4I7Y H; 1K1I A; 1EUF A; 2YNA A; 4NSY A; 3BEI B; 2P93 A; 1NBM D; 2G52 A; 2LNC A; 2YNB A; 5FPS A; 5E8E H; 2GCH G; 2QA9 E; 4BTU B; 1EJA A; 3EAJ A; 1TFX A; 3BTM E; 4YES B; 1E35 B; 2D26 C; 2SFA A; 2BVS H; 3UNQ A; 2J9N A; 2O5P A; 2L6O A; 3GIC B; 4NIW A; 5HYO A; 1CT2 E; 5A8Z A; 1GJA B; 4WXI A; 3PV2 A; 3GR5 A; 3OY6 U; 3DUX H; 3EA9 A; 1K1P A; 1O5F H; 2GP9 B; 4ZH8 A; 3GDV A; 1JWT A; 1Y3V A; 3E91 A; 4BXS A; 2FES H; 3KNX A; 2Q6D A; 4DT4 A; 4AOR A; 4I31 A; 1LHG H; 5C20 A; 1TNK A; 2NU1 E; 2QE7 D; 4B6F A; 1C2D A; 1C5Z B; 4MG3 A; 1O38 A; 2H6M A; 5A0A E; 1H8D H; 3GYM A; 1TRM A; 2C90 B; 1ZGI A; 3RLY H; 4P00 A; 3S0N A; 3H7T A; 3DHK H; 1GBI A; 5LPR A; 2IN2 A; 1LPK B; 1L0Z A; 1OWK A; 1G3C A; 3IWM A; 5SGA E; 5C1Y A; 4FUI A; 2BM2 A; 4AOQ A; 1C1T A; 4CRA A; 3TH4 H; 1PQ7 A; 2ODP A; 5GCH F; 1ID5 H; 3SJ8 A; 4Z1M D; 1BTY A; 1KLI H; 3WWF A; 2PFE A; 4ABE A; 3B23 B; 1LTO A; 3E90 B; 4Y8X A; 3ATK A; 3LPR A; 1QIX B; 3RXV A; 3GCH B; 1YY3 A; 2VWN A; 4JCN A; 5FBI A; 1Z8J B; 4O03 A; 3SUD A; 2TGA A; 1LVY A; 2W78 A; 4UFF H; 2NWN A; 3PRB A; 3LGT A; 1IAU A; 3GY7 A; 4K3J A; 3ZVE A; 1P3E A; 3TIT A; 4FUB A; 3N7D A; 1L2E A; 1O2R A; 5DP5 A; 2H5D A; 3HKI B; 1QA7 A; 2CGA A; 2GX4 A; 1CGH A; 2BOK A; 2QF3 A; 3MNB A; 2PTC E; 1HRT H; 2XW9 A; 1ZGV A; 1EJM A; 1S6H A; 3A83 A; 1EAW A; 2BDB A; 3O8D A; 2V6N A; 4ABJ A; 2BD9 A; 4Y8Z A; 4J2Y B; 1AB9 C; 3KQB A; 2ZHW H; 1THR H; 3DFL A; 4LZ4 B; 1PPF E; 5FXL A; 1WU1 A; 3BG4 B; 2BVR H; 3M3S A; 3PM3 A; 3ODF A; 5LH8 A; 2OQ5 A; 2RDL A; 5FBE A; 1ELA A; 2OBQ A; 1JIM A; 1ZSL A; 1GHZ A; 1YM0 A; 1SOZ A; 1J17 T; 2QF4 A; 2OC1 A; 1GBB A; 3NZI A; 5ESB A; 1BRA A; 1TNJ A; 1DWB H; 2CJI A; 2H2Z A; 2QXJ A; 2RA0 A; 1W0K D; 4FUE A; 4Q7Z A; 1K1L A; 1C2J A; 1FI8 A; 3SBK A; 1LQD B; 3MO3 A; 1IQG A; 1O3F A; 2VWO A; 4NGA H; 1S83 A; 4R8T B; 1QB9 A; 3BF6 H; 1Y5A T; 5GWZ A; 1BBR K; 3T25 A; 1TBQ H; 2GCH F; 2CF8 H; 1LHE H; 2AFQ B; 3S69 A; 4SGA E; 5HGG A; 1A3E H; 3A84 A; 4BTI B; 1ZR0 A; 4A7I B; 2LP6 A; 1FZZ A; 3FZZ A; 2W6J D; 5CDF E; 1A0L A; 2F9B H; 3TGJ E; 2XBW A; 5FHT A; 3RM0 H; 1W14 U; 4AFU A; 2ZEB A; 3HK6 B; 1E1R D; 2M2A A; 3S9C A; 2EI7 A; 3QDZ B; 1L1J A; 4ABD A; 1D6R A; 2BQ6 B; 2C8Y B; 2WSS D; 3GCO A; 2PSY A; 3KCG H; 1GI7 B; 4I8G A; 4OS7 A; 1VGC C; 4FUJ A; 1XUK A; 3O8R A; 5EGM A; 4JK5 A; 4NWL A; 5K0H A; 1F0U A; 4ISO A; 1Q2W A; 1AE5 A; 1YYY 1; 4X6M A; 3MO9 A; 2HOB A; 1MTU A; 2Y7X A; 3RLW H; 4Q4L A; 3K6Z A; 1GGD C; 1NBM E; 2CMY A; 4RSP A; 2STA E; 2FI4 E; 3NXP A; 1OOK B; 5HMA A; 1C4U 2; 1AQ7 A; 1KXB A; 1WQV H; 6GCH G; 2GMT B; 1DUE A; 1S5S A; 3LT3 A; 3IG6 B; 2B7D H; 5T6F A; 3EDX B; 3AW0 A; 5I46 H; 1SVP A; 3A88 A; 3U8O H; 1UTO A; 2VNT A; 3NKK A; 5T6D A; 4F4O C; 3F9E A; 1AFQ C; 2ZDA H; 2ZGC A; 3MNX A; 3SJK A; 4ABH A; 1GHB G; 1WV7 H; 5A0B A; 1C2L A; 2UUF B; 1O3N A; 3PMB B; 3PTN A; 1FDP A; 3SUF A; 2WIN I; 3D62 A; 1PJP A; 4CR5 A; 2XCN A; 2FOM B; 4JTM A; 3NWU A; 5DP6 A; 2TRM A; 5L30 H; 4K2Y A; 1C5R A; 1VJ9 U; 3U8T H; 4ABF A; 5EQQ A; 1NFU A; 2ZC9 H; 2A5K A; 1C1R A; 2R2W U; 3F2G A; 2A2X H; 3TJV A; 2OC8 A; 2C8Z B; 4O3T A; 2QIQ A; 1GJD B; 5CHA B; 1EZQ A; 2VIN A; 3ZVA A; 1OPH B; 2PSX A; 1C2G A; 3A85 A; 2IJD 1; 1A0H B; 3ATM A; 1ELD E; 2L4W A; 2Y5G A; 2QAA A; 1TA2 A; 2A1D B; 1J14 A; 4ZKN U; 4Q80 A; 3OAA D; 3STJ A; 1TBR H; 2AGG X; 3F2F A; 1ZPC A; 4FVB A; 3RXK A; 2Y5H A; 1C1S A; 1QCP A; 1OP0 A; 1CSO E; 4HI3 A; 1O34 A; 1UCY K; 4DII H; 3PV5 A; 3RXB A; 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4BNR A; 1E79 D; 1NM6 A; 1DWC H; 2V35 A; 3B8J A; 1TQ7 B; 2BD7 A; 2V3H H; 4YLU A; 1CGJ E; 3BTW E; 1W0Y H; 4JMY A; 1DAN H; 1DIT H; 3GCT F; 1T8M A; 4XD7 D; 6GCH F; 3A8C A; 1EP6 A; 1SQA A; 4KTU A; 2P94 A; 5F6M A; 2BXT H; 1YP9 A; 4CRG A; 2OCV B; 1BOQ A; 3SU2 A; 1O5B B; 1SG8 B; 4E06 H; 1SGC A; 2BY7 X; 2WPH S; 2ZU1 A; 3OV5 A; 4D9Q A; 2RCE A; 4IN2 A; 4GSO A; 1S0Q A; 1CGI E; 3V12 A; 1TOM H; 1KXA A; 3FO8 D; 5EPN A; 2K8I A; 2UWL A; 4IW4 E; 4DOQ A; 1FY8 E; 3U98 H; 3RXS A; 4X1S U; 1HCG A; 1EJN A; 3SW2 B; 1QFK H; 4ABA A; 1MD7 A; 2FLR H; 3PB1 E; 1P9S A; 2A4R A; 4FET A; 2ANM H; 4A5T S; 1LMW B; 5EU8 A; 2Z94 A; 1HAZ B; 4F55 A; 1F0T A; 3QTO H; 2CV3 A; 3UQO A; 4I8H A; 6CHA C; 2BDI A; 1ZJK A; 1INC A; 2FDA A; 2OD3 B; 4WH8 A; 3P8F A; 4Q7Y A; 3EA8 A; 2VB0 A; 2ALV A; 1OYT H; 1O5A B; 1JRS A; 3FP8 E; 2W26 A; 2G81 E; 2J5U A; 3W94 A; 1GJ5 H; 3DSG A; 2Z9K A; 4NIV A; 4AFQ A; 1S82 A; 3BEU A; 1ANB A; 1TMT H; 3A81 A; 3P8G A; 3BV9 B; 1GCT B; 1G9I E; 3TU7 H; 3ZZD A; 4B2A A; 1TGN A; 1TNL A; 1IQI A; 3VXF H; 1PFX C; 1XUF A; 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