The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
178
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structure length |
169
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Chain Sequence |
GPGSGTMLPVFCVVEHKEEHAEFVLVRKDMLFNQLIEMALLSLGYSHSSAAQAKGLIQVGKWNPVPLSYVTDAPDATVADMLQDVYHVVTLKIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSSLAKECPLSQSMISSIVNSTYYANVSAAKCQEFGRWYKHFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the ubiquitin-like domain-CUT repeat-like tandem of special AT-rich sequence binding protein 1 (SATB1) reveals a coordinating DNA-binding mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
DNA-binding protein SATB1
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| total genus |
38
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| structure length |
169
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| sequence length |
178
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16534 | ULD | Ubiquitin-like oligomerisation domain of SATB |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TUO A; 4Q2J A; 3NZL A; 2L1P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1EF5 A; 4S0R A; 2K8C A; 3AXC A; 4MGY E; 1V9J A; 2BNM A; 3FAH A; 2GRL A; 2ZCB A; 3VDZ A; 1D4B A; 3A9J B; 1LCD A; 2LYJ A; 3WAP A; 2PXB A; 2GRM A; 1N6Z A; 5DPT A; 5AZF A; 4M8M A; 2BJC A; 1R4M B; 3UQA A; 2MJD A; 1ZW7 A; 4BBN C; 3OMT A; 3GN5 B; 4G0N B; 4MEM A; 1SSN A; 1WX7 A; 2DAJ A; 4DXF A; 3W5V B; 1UXC A; 1D5M C; 2ZPN A; 4UDU C; 2IVG A; 4PU7 A; 3SDL C; 2W3S A; 1XQQ A; 4MJS B; 3CRO L; 2JSV X; 5JHA A; 3AE1 B; 1WY8 A; 1LO5 D; 2N7D A; 3DBH B; 4YL8 A; 1WIZ A; 2MXD A; 3PRM B; 1RYJ A; 4K7U A; 4ZRK A; 3DHG C; 2M0X A; 1NBF C; 2R2O A; 1RZR D; 1WZ3 A; 4Z5D A; 4LDT D; 1WI0 A; 3RNF C; 2LLW A; 1EF1 A; 4B0E A; 2KAJ A; 2W9N A; 4M00 A; 3G5G A; 1PNR A; 5DT2 A; 3GE3 C; 4A3O A; 4BKT A; 4WJP A; 1VZ7 A; 5AZG A; 4HDQ A; 1D6E C; 2VH2 A; 3N9Y C; 4ER5 A; 2LEK A; 4EE2 A; 4E74 A; 4JL9 A; 1ACC A; 5LLI A; 1ZZ9 A; 2PUF A; 1C77 A; 2X38 A; 4DDG D; 3CWI A; 3LJ3 A; 5FR6 A; 1YN4 A; 1UUP A; 4JQW C; 1WR6 E; 1I4G A; 2KN4 A; 3KVF B; 2N9K A; 1C4C A; 3E9S A; 3VR9 B; 2KC2 A; 3B0A A; 2M0A A; 3IVF A; 1V1P B; 1TS5 A; 3UIO B; 3OWQ A; 3EFC A; 2DYM A; 4IVZ A; 1MG8 A; 3UI3 A; 1POU A; 2FNJ B; 2YEP B; 3JYU A; 2JYT A; 4NZL B; 5GMV A; 3WAO A; 3N1Z C; 2W3R A; 4IWO A; 2QSD A; 2V4L A; 4YG4 A; 1J8C A; 3PXP A; 2G9H D; 3N30 A; 2G3Q B; 4WAA A; 3OJ4 B; 4ZRP A; 1TZO A; 2I2Y A; 4GU2 A; 1VPW A; 3RMK C; 3PV1 A; 3H6N A; 2WXJ A; 1ZZ8 A; 2JWU A; 2XCJ A; 2DHZ A; 3DWG C; 2LGD A; 3GN5 A; 2CHZ A; 2E6X A; 3VUW A; 4EEW A; 2DNF A; 5AZH A; 1Y9Q A; 3NVY A; 3AE5 B; 3K9P B; 4LNO A; 5IAA C; 5IO9 A; 4HRA A; 2JWZ A; 2VZK D; 4NAW A; 4HDO A; 1V49 A; 4PS7 A; 4MJS A; 1Y7Y A; 2YLM A; 2H89 B; 1AAR A; 4ER6 A; 5JUW A; 4DXG A; 2BNN A; 5HG2 A; 4C4V B; 2PPH A; 2PUE A; 2MQJ A; 2NPT B; 1UGM A; 1YOV B; 2ZZP B; 1A70 A; 1WX9 A; 1FNU A; 1GUA B; 2PW9 A; 4OZA A; 1WJ4 A; 3VQI A; 4C56 C; 3UGB B; 2LUM A; 3AE4 B; 4TSS A; 5DPS A; 1DOY A; 5DTQ A; 2CU1 A; 3DBR B; 1B1Z A; 3VTU A; 2GZU A; 3D32 A; 3SX0 A; 2N7E A; 3CF6 E; 1TT5 B; 3TEX A; 2FID A; 3U8Z A; 3RZF A; 4MM3 B; 3ZIM A; 3AN1 A; 3L13 A; 3U7D A; 3OQM A; 1WGG A; 1TS4 A; 5C3J B; 1ZS4 A; 2KNB A; 1AU7 A; 1YN5 A; 4LTU A; 2IBI B; 1PUT A; 2V3N A; 1Q5W B; 2AL6 A; 2NMQ A; 2JU6 X; 2Y5P A; 3RD2 A; 4EFO A; 4NPN A; 4AP4 C; 3L1P A; 1R7S A; 5EE3 A; 2K22 A; 3TEZ A; 5IP4 D; 4K3B A; 2M8S A; 2KEK A; 3C0R B; 1V1P A; 4S17 A; 1YQ4 B; 1KLU D; 3FMY A; 1ZPS A; 1WJU A; 2WXP A; 2ZW1 A; 4RH6 A; 3IFW B; 4Q2J A; 1ENF A; 4ER7 A; 2R61 A; 3GOE A; 3RNE C; 5CX3 A; 2KK8 A; 3W9C B; 4ARC A; 2JUO A; 2SEB D; 5BMH A; 2K3U A; 2LCV A; 1LQC A; 2KYW A; 3NZL A; 1JRO A; 4W9G A; 3RI7 C; 4NQL B; 2MSE D; 3PSE B; 3ZUN A; 3AUL A; 1WH6 A; 4PU8 A; 4JE3 B; 3BVG A; 2KFJ A; 1JQ4 A; 1WXV A; 3HRD D; 4GMV A; 1KLV A; 3JXB C; 2IGH A; 3FC4 A; 1OGW A; 3R7R A; 1QT9 A; 1PRU A; 3R66 C; 4EKG A; 1TJE A; 2N0S B; 4W9L A; 1LLI A; 1JW9 D; 5DRT A; 3ZQ4 A; 2KLG A; 1VZ6 A; 1NDD A; 2KZ8 A; 3OWE B; 5AUI A; 4C4V A; 1VD2 A; 1Y56 A; 3M62 B; 3LFP A; 2H88 B; 2DZJ A; 2NPT A; 2PVO D; 2IY0 B; 5BYR A; 4Z59 A; 1UZX B; 3Q3N C; 1MFQ C; 4X57 B; 3BYT B; 2LMC A; 3DHI C; 4DBG A; 4BAX A; 1VRA B; 5MPO A; 2Y5B B; 4X4H A; 4I6T A; 2L49 A; 5FR3 A; 2LJI A; 4J6I A; 2O4A A; 3BIN A; 4OVV A; 5G2N A; 1MHX A; 3SCF A; 2WHI A; 1R4M I; 2BYF A; 1JWU D; 4MM3 A; 3TEL A; 2QMT A; 1UBQ A; 1U4A A; 4RM9 A; 1J7A A; 2Q5W D; 3KWL A; 2K5P A; 4WJN A; 2KWC A; 2LUE A; 4PK1 A; 3RFZ B; 4QAY A; 4YG7 B; 4PYZ A; 3M63 B; 3D1N I; 1F52 A; 2LVQ A; 2V9H A; 2WXN A; 5FK9 C; 4RGM A; 3WAM A; 1WE7 A; 3NUH B; 4L23 A; 1WZ0 A; 3A9Z A; 2KDI A; 4KGR A; 3ML9 A; 4LK0 M; 3Q3F A; 4DE8 A; 4X4B A; 2BT6 A; 4J3O D; 1QP4 A; 2GBJ A; 2AXV A; 2JPH A; 5IOI A; 1ISN A; 3ZNH B; 3QWZ B; 4NNJ B; 4GQM A; 2N1W A; 3RNB C; 2K6D B; 1GB1 A; 1WGK A; 3R3M A; 1L7Y A; 4R3D A; 4HEA 1; 1OEY J; 2W54 A; 3NZ3 A; 2L1A A; 1FEH A; 2DZI A; 2D3G A; 2HIN A; 1PQS A; 3W1Y A; 1ZZB A; 1OQR A; 1TKG A; 2LRW A; 3MC0 B; 3ZJT A; 1HQR D; 2D2Q A; 2HJ8 A; 2QCZ A; 4HWI B; 3F6W A; 1GNU A; 1V80 A; 2KZR A; 3L4P A; 3P42 A; 1MI0 A; 4YBA A; 1QF6 A; 2FAZ A; 2IND C; 1ZVV A; 2EMT A; 1QQA A; 4M0W B; 1WXA A; 5HI1 A; 2XEW A; 4J1X A; 3DBL B; 3NY5 A; 4NJ6 A; 1MVK A; 1HE8 A; 2PE6 B; 2LHE A; 4RCO A; 3VR8 B; 3ML8 A; 3ONS A; 3SEB A; 3PS6 A; 1OFF A; 4HK2 A; 2NVU I; 5L95 C; 1NEN B; 3NZS A; 3ZHI A; 2RDG A; 5E6J A; 2K25 A; 3AE3 B; 3MP9 A; 1C79 A; 1XLQ A; 3U7Z A; 2KOX A; 2Z8L A; 3RT3 B; 4XWW A; 2MQK A; 5CHW A; 1WJN A; 4Z5H A; 2R2Q A; 4DE9 A; 1T6B X; 1WM3 A; 3G0T A; 3H7P B; 2J7U A; 1QIL A; 2BNO A; 4L2Y A; 1FD6 A; 1FO4 A; 3BWU D; 1XF5 L; 4TMA B; 3Q3O C; 2WDT B; 3SFD B; 3WAL A; 2KMC A; 3GUU A; 2XK5 B; 3T3O A; 1F0Z A; 3QAQ A; 4E71 A; 1IP9 A; 1N62 A; 1E8Z A; 2ZPY A; 1B9R A; 1XO3 A; 2PIA A; 3R1F A; 2M17 A; 5DRY A; 4FJY A; 4K81 A; 1PRA A; 3L17 A; 1C4P A; 3A9X A; 3SHQ A; 1UH6 A; 3ZKC A; 3GS2 A; 3Q8F A; 4M01 A; 4Z5C A; 4FLH A; 5FKA C; 2K8B A; 4AWJ A; 2XIU A; 3AEA B; 3RN9 C; 4GN1 A; 2L05 A; 4I6U A; 3DHH C; 1ZXI A; 3PLV A; 1TKY A; 1YNT E; 3DBR I; 4ZHP A; 4GB9 A; 1EM7 A; 4FBI A; 2WXR A; 3C8Y A; 1WGH A; 1FIQ A; 2GBN A; 2WNM A; 1IPG A; 3GBF A; 1L0X B; 5HKH A; 1QP0 A; 2GI9 A; 3NZU A; 1IGC A; 4ICU A; 4ZHO A; 1S7E A; 1IGD A; 4P7I A; 2KJH B; 2G4S A; 4GXB A; 4Z58 A; 1HZ5 A; 4FHJ A; 2PUC A; 2O6V B; 2MX2 A; 2LFI A; 4MSM B; 3B7H A; 4M0W A; 1OTR B; 4N59 A; 2KKC A; 4MAC A; 4A55 A; 2AX5 A; 4C00 A; 1WGY A; 3BZD B; 4PT5 A; 3UWP A; 2MHJ A; 3Q2A C; 3N3K B; 3L08 A; 2LYP A; 3I9V 1; 5KHQ A; 2WIU B; 3QHT A; 2HSG A; 3HZI B; 2JRI B; 2AQ2 B; 4ACF A; 3TBL D; 2D5G A; 2LVP A; 2WX1 A; 4YSX B; 1PYW D; 4NY0 A; 3VAW A; 3TL5 A; 2YVC A; 2D11 A; 2Y5C A; 3QQ6 A; 1U2Z A; 2ACZ B; 2BB5 A; 3IAM 1; 5C2T B; 4EZJ A; 1NEK B; 3A4S C; 3PPA A; 1E8X A; 3UIN B; 2B3A A; 3H7P A; 1UWM A; 3BS3 A; 2M4N A; 3DVN V; 2IGG A; 1L1M A; 1VZ8 A; 1ZOY B; 3RNA C; 1CJE A; 4CHK A; 3H5T A; 3BVZ A; 3QQ8 B; 3JXD L; 4B0M A; 4AS1 A; 3I3T B; 2JQR B; 4FJV B; 1UBI A; 2KQ7 A; 2WXK A; 3VUX A; 1LMB 3; 4KSK C; 4GDL B; 2OOB B; 2WDQ B; 4WH4 A; 1SEB D; 2C60 A; 3SFE B; 1GC7 A; 3N32 A; 2V1Y A; 4TQ0 A; 1FPY A; 4IWP A; 2ZJD A; 3AM9 A; 4HXD A; 2WXI A; 4C7Z A; 3PHX B; 1HF0 A; 2INN E; 4WJQ A; 2J7W A; 1PRV A; 4LLG M; 1P0R A; 2G45 B; 2EKI A; 2KLC A; 1QOG A; 5K98 B; 4JX1 C; 3OKZ A; 1FXI A; 3RPF C; 2M4H A; 2GBM A; 1WH8 A; 1C4A A; 4NAW B; 3RCZ A; 4IC7 B; 3AH7 A; 3SD5 A; 4MGK E; 1ET9 A; 1PGA A; 4A90 A; 3P4Q B; 1L5P A; 3NRO A; 2DEN B; 5GAH i; 2KWD A; 2N9X A; 4ANU A; 2YBD A; 3ZTD A; 2L83 A; 2O6V A; 3NRZ A; 1E8Y A; 4MT5 A; 2KJ6 A; 3KYC D; 1ZDX A; 4XC2 A; 1X1M A; 2C5L C; 1T3Q A; 2XXP A; 1TY0 A; 1ESF A; 1I4P A; 1YJI A; 2D3A A; 4IA8 A; 2KTR B; 1GPX A; 4DWF A; 5AEK B; 1TTN A; 4EZK A; 2FCQ A; 1VR9 A; 2J0J A; 2KDM A; 3PZ7 A; 1V97 A; 1RPE L; 2N9E B; 1F9J A; 3JSV B; 1S3S G; 3APD A; 2KEI A; 4WWN A; 2HTM E; 2KFK B; 2IJ0 A; 4OVZ A; 2BF8 B; 4HJG E; 3WAN A; 3TUO A; 1K8R B; 4G3X B; 1GC6 A; 4K7S A; 1UNS A; 3PVL A; 2WXL A; 3EUB 2; 2KJR A; 3SCH A; 1UTX A; 1ZDV A; 2LHD A; 4X4C A; 5LXH A; 3VTW A; 1E8W A; 3KUD B; 3MJ5 A; 1JCK B; 1TKE A; 1I4R A; 4NAM A; 4RNA A; 4YTM B; 4K1R B; 2FIF A; 1EUV B; 2J0M A; 3TRB A; 2PXV A; 3DCG A; 5D94 A; 1L6V A; 2RD0 A; 3KH0 A; 4GLS C; 2FBW B; 3O13 A; 4MGI E; 3P4P B; 1EWY C; 2ON8 A; 2O49 A; 5BMG A; 1ZZ6 A; 1SE4 A; 2INC C; 1T0Y A; 2PXE A; 4GDL A; 3ABV B; 4KGS A; 3A1Q B; 3QC8 B; 4CYE A; 2IVQ A; 3DBL I; 4GIV A; 1OSL A; 4HLE A; 1JWM D; 2CR5 A; 1SBB B; 1ADR A; 2MBE A; 4X4E A; 1EWC A; 3AE7 B; 4WWO A; 3R8B A; 2KMA A; 2YEP F; 3VK0 A; 4ZRQ A; 1D5Z C; 1Z5S B; 1ZGU B; 1K52 A; 3H1U A; 4ZDV A; 2EEL A; 2K0P A; 3AB5 A; 4X4I A; 5G5G A; 1XLN A; 1SE3 A; 1C78 A; 1R4N I; 5IKC M; 1KH0 A; 1E0Z A; 4A6Q A; 3TSS A; 4CQN A; 2PTL A; 1K53 A; 3CIR B; 2NBV B; 2IZV B; 4ASW C; 3QOW A; 3GZN B; 1DYQ A; 1SE2 A; 2IO0 B; 2PE9 A; 2ODR D; 5KHO A; 3KYD D; 3TEP A; 1LFD A; 4HKZ E; 2KDE B; 1VJK A; 4BKS A; 2HDE A; 2BKF A; 4WVL A; 3F51 A; 2IUO A; 1MFW A; 3R2I A; 2GLS A; 1F2R C; 2KTR A; 3OLM D; 5G5H A; 2DZK A; 1RRB A; 4F1S A; 5J17 A; 4G50 A; 3Q14 C; 2MWS B; 2D07 B; 2LVO A; 2VH1 A; 3RUL A; 3QJZ A; 4HCP B; 1OQY A; 3JSV A; 3AV8 A; 3HM3 A; 2BB6 A; 2KX3 A; 3B2F A; 3UFD A; 2KFK A; 4BOZ B; 2L0T A; 2PXF A; 1YX6 B; 2J53 A; 2NS5 A; 1WXS A; 2UWQ A; 2LYR A; 4KIK B; 4I6P A; 3ZVV A; 4IM0 A; 5DPR A; 4ER0 A; 1G6J A; 1PGB A; 1T0R C; 2HD5 B; 3ALB A; 3QA8 A; 2XNA C; 2BW2 A; 2KVR A; 1FRD A; 3LQX A; 2L00 B; 4WUR A; 1QKZ A; 2EWT A; 2KXJ A; 1I42 A; 2MP2 B; 1ZE3 D; 1UEL A; 3PGE A; 1SIJ A; 4B9K A; 1BUI C; 1E3O C; 1EU3 A; 4TKN A; 1XCQ L; 3KQ4 A; 1CQV A; 3A1Q A; 1WXM A; 2CS4 A; 2KT7 A; 2O6V D; 5JXV A; 3W2D A; 3R09 A; 2EF8 A; 1P7F A; 1K50 A; 5H8Y E; 3LB8 C; 3P2B A; 2ZVO A; 3GP7 A; 5C1Z A; 2HE7 A; 3X23 A; 3IAS 1; 4XX5 A; 3G7D A; 2PEA A; 1BDI A; 1WH3 A; 5J2R A; 1I7H A; 2L1P A; 3Q6B A; 3QWG A; 3SR6 A; 2I38 A; 4KV2 A; 2L32 A; 1NYR A; 1ZXH A; 4L1B A; 1SIF A; 3KW5 B; 1J7B A; 1TS3 A; 2KDF B; 1FM0 D; 2DAF A; 5GXG B; 4TUU A; 3M9L A; 4RM8 A; 1UD7 A; 3ZXV A; 3CLC A; 1CQT A; 1DUL A; 4KSL C; 4DK5 A; 1YSE A; 3RNG C; 5BYQ A; 2BBC A; 3U2S C; 1DOX A; 2MA9 B; 2B76 B; 3MHZ A; 1WGR A; 4URK A; 3ZO5 B; 3BII D; 4KZC A; 3Q69 A; 1IYF A; 4N6E B; 1M4V A; 4J1W A; 4KZ0 A; 2WGS A; 2NCN A; 2PJH A; 3M3J A; 1ZUG A; 4W9K A; 3SU8 X; 4BVU C; 4N58 A; 4GHJ A; 4OW0 A; 2LD9 A; 1FRR A; 4KIK A; 3QAR A; 4YWG G; 1FXA A; 5BYS A; 2BS4 B; 2FCS A; 2LYS A; 1LM8 B; 2GOW A; 2ONQ A; 3GE8 C; 3U4E G; 1L0V B; 2WDR B; 2D5V A; 2LXA A; 3DBH I; 3BK1 A; 1IBX B; 1WYG A; 2MP2 A; 2QHO A; 2RPV A; 2JXT A; 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