18GS | Genus

Total Genus 87

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	208
structure length	208
Chain Sequence	PYTVVYFPVRGRCAALRMLLADQGQSWKEEVVTVETWQEGSLKASCLYGQLPKFQDGDLTLYQSNTILRHLGRTLGLYGKDQQEAALVDMVNDGVEDLRCKYISLIYTNYEAGKDDYVKALPGQLKPFETLLSQNQGGKTFIVGDQISFADYNLLDLLLIHEVLAPGCLDAFPLLSAYVGRLSARPKLKAFLASPEYVNLPINGNGKQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0162225290032274__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0162225290032274__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/18GS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0162225290032274__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0162225290032274","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/18GS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0162225290032274__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfaad078d8b5dc9a8ec2144/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfaad078d8b5dc9a8ec2144/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfaad078d8b5dc9a8ec2144/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfaad078d8b5dc9a8ec2144/pdb.gz): 619 ms

reading 208 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

208 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:207});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	The ligandin (non-substrate) binding site of human Pi class glutathione transferase is located in the electrophile binding site (H-site). pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
total genus	87
structure length	208
sequence length	208
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	1997-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	18gsA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	18gsA01

5FT3A 2GLRA 3JCML 2MBSA 1O7UA 2V1MA 4POKA 4IP1A 2B3SA 3TRQA 1NW2A 2BTOT 4NWYA 1A0RP 2P5QA 1TRUA 3QAGA 3LQ7A 3GH9A 4ECJA 4F82A 3FZ4A 2F8FA 1QXHA 4TXOB 5IOXA 2GQMA 2CQ9A 3IE3A 1GULA 3DWVA 2EIOA 5CRWA 3P2AA 3GRXA 2VUPA 5ECNB 3VK9A 1CQHA 20GSA 3GFKA 2E2GA 4P3YB 3C7MA 3RDWA 2JADA 3A2WA 2DJKA 1U87A 1T3BA 4MF6A 2DMMA 2AV4A 2P5RA 3FY7A 1Z7PA 3ZMKA 2HRAA 3MAKA 3L78A 4RQRA 1GTBA 4HZ4A 3GSSA 1TI1A 3QCPA 3TKSA 5FHIA 2OE1A 1A2LA 3A2VA 3UEMA 4PQHA 5IO0A 3QD9A 2C0FA 4YQVA 1XXUA 1DSBA 1TDIA 2HSMA 3TUEA 1UA5A 1K0NA 1AIUA 1OE8A 16GSA 3N5OA 3FW2A 1J08A 4MMMA 1AAZA 3EE2A 2HNLA 1A8LA 3P8WA 4AJ6A 3GURA 2FUG2 2BMXA 2HSYA 4HJ2A 1IYIA 3FKFA 3LWAA 2L59A 1WOUA 2J9HA 5J41A 2AYTA 3AY8A 3UL3A 2VIMA 1BAYA 2VLVA 2O85A 3LGCA 2IIYA 1R5PA 4WF5A 4GQFA 3GIXA 1SK1A 2H73A 3F3RA 4KB3A 1WP0A 1HQOA 5CAXA 4PNFA 3ZREA 1HNBA 1GNWA 2KP1A 1GUKA 4ML1A 3D22A 1SJZA 2B5EA 4H86A 4GRFA 4MCUA 22GSA 1SD8A 3F63A 3TJJA 1AXDA 4ZBBA 4KCAA 4F0CA 3D6IA 4K1FA 1ZZYA 3GH6A 1K3YA 3ME7A 4MF5A 3APSA 2VCWA 1GNEA 2H0GA 2H6YA 3P90A 2R37A 2DJ0A 1XWKA 1SYRA 1Q4JA 5AISA 3KP8A 2JSYA 3C8EA 2DMLA 3ZITA 1JHBA 3VWXA 1XW6A 3Q74A 1EV4A 2EIRA 2I3YA 4TOPA 1YF1A 1ON4A 1FW1A 2ZNMA 3DRNA 1H75A 3WGEA 1XZOA 1F6MC 1LBKA 3O76A 1B8XA 1TOFA 2HFDA 1T4YA 5E59A 1PA3A 3I69A 1T4ZA 1ILOA 2H6ZA 5HFGA 5B6MA 4K9ZA 2BJXA 1X0RA 4JR6A 3LFLA 5HR3A 5IMAA 3IV4A 2RIIA 3N9JA 2OE0A 4DSSB 1R4WA 12GSA 4BPYA 1Z9HA 4V1Ag 1B9XC 4XRAA 5B8AA 1EV9A 1O8XA 3BOAA 2IN3A 4KSMA 3FZ9A 3Q6OA 2LRNA 1FVJA 2MZCA 5BMUA 2X8CA 1Z5YE 3H4KA 3TJGA 5IPGA 5HQPA 4BA7A 3IBHA 3W8JA 1RQMA 1YKCA 3RPNA 4OMVA 3CSIA 5JWRB 4KDUA 2LJRA 3UAPA 3FYGA 2F3MA 3EYTA 4JE1A 2F9SA 3WYWA 4Z7XA 3IC4A 2QC7A 1B4QA 1ZCPA 1FOVA 2IMEA 4KDYA 2HQTA 3QR6A 2X99A 2NTOA 4WETA 2X64A 1TTZA 1XWBA 2YANA 2V2GA 2PBJA 1U6TA 2TRXA 5ECPB 1YDKA 2PWJA 2GTUA 3DKSA 1MDKA 3PH9A 2HRKB 5JWOB 4EVMA 4IJIA 3ZMLA 1ABAA 5ECQB 3LSZA 1GLQA 1SYXA 4MF7A 2GDRA 3DD3A 3BCIA 5DVBA 4EF0A 3HA9A 1KTEA 2WS2A 3F6DA 1FVKA 3C1SA 2PVOC 3D5JA 2B6MA 2KP2A 4HU9A 1TW9A 2XPDA 4MZBA 4DSSA 1OYJA 4HDEA 1VF3A 1ERWA 17GSA 1GUMA 1C72A 1EP7A 3IA1A 4YAPA 4GXZA 4CHSA 4MPGA 1Z3EA 4AJ7A 3SBCA 1SL1B 3HYPA 1KBNA 3J7Yk 3KM6A 4DEJA 3RAZA 4ZB9A 2WJUA 1GLPA 5A4VA 1MDIA 1HD2A 2OBIA 4KUNA 4ID0A 4KX4A 4TW5A 1YEXA 2IL3A 5IMVA 10GSA 5GAND 2YWMA 4TR1B 2H1DA 3LEFA 1Z7RA 2O7KA 2MMZA 4IVFA 2XHFA 1TK5B 1DUGA 1XW9A 4ECIA 3IK7A 5C04A 4HQSA 5HFKA 1K0OA 3NIVA 5D96A 1SL0B 1XCCA 3VPQA 2GT6A 2FA4A 3DGQA 3BBYA 5D93A 5DQSA 1A2JA 2N5BA 4PX1A 3M1GA 5CO3A 2H72A 4RI7A 3ZVJA 4BL7B 4IW9A 2C8UA 3VI5A 2WB9A 1H4OA 3VWWA 3EMPA 1V40A 2NDOA 3IC8A 4N30A 2MMOA 3LJRA 5KEJA 4QQ7A 2V32A 2HRKA 5HR2A 4F0BA 2LQOA 2LJKA 1GP1A 2H1BA 4OD7A 3LXZA 2PERA 4GQCA 3L0HA 1GSQA 3F4RA 3GL3A 1WIKA 5GAPD 4Q5FA 1LU4A 2LTKA 2LNTA 1S3AA 5A5KA 2YV7A 4JRRA 5DJLA 6GSSA 3QAWA 2HYXA 3M9JA 1R26A 2H70A 3GUSA 2CX3A 2H75A 4MJAA 2YZUA 3RHBA 1TI3A 2OKAA 2YWNA 4G2EA 2L4QA 5J4UA 5KN1A 3VWUA 4EL1A 4JBBA 5ECLB 2WULA 3IDVA 3ZLPA 5IQYA 1M2AA 2MBTA 4POLA 3TJBA 1OKTA 1NHOA 3EC3A 1G6YA 4HI7A 4MLYA 3V1WA 3WGDA 4JU5A 3J7Yb 1G6WA 1O81A 5KN2A 2VCQA 5CNWA 11GSA 3DYRA 5CREA 4MZWA 5CRHA 1M99A 1TK8B 3E3EA 1I5GA 4RI6A 4NXIA 5FWGA 3KEBA 1XWAA 5F07A 4GTUA 4FO5A 1TP9A 1V9WA 2VCZA 2F51A 1GSFA 5ECKB 5C00A 2DLXA 5ECRB 4V2NA 4J56E 4MH3A 5G2ZA 5A4WA 1DE1A 1WWJA 3QFBC 1A23A 4EDZA 4KF9A 1FB6A 1DE2A 3ED3A 3UMAA 1M9AA 4KDXA 2IPAA 3DVWA 3GSTA 3L9VA 1EGOA 3MWHA 5DDLA 2VL2C 1BX9A 3I43A 3DMLA 4ZL8A 5DJMA 1J0FA 2P31A 4PNGA 2PVQA 3FZ5A 1WPIA 3BD2A 3ZIVA 3QOUA 3QFAC 3HY2A 3US3A 3KP9A 1J9BA 1GUHA 1TRVA 5LD0A 3UVHA 2H76A 2G0FA 1ZOFA 4ZIJA 3A5WA 1W4VA 3EU3A 4GSNA 5A4UA 2D2ZA 4HQZA 4KH7A 1PKZA 4PGTA 4G0KA 1XBSA 5IO2A 1EP8A 2GZYA 3HZ8A 1JLVA 1I9DA 4WKWA 1Z6MA 1THXA 2YPMA 4ULXA 4TR0A 1PGTA 4I5QA 1YEPA 2FY6A 4O7HA 4NPBA 5D9VA 2HRNA 3CTFA 1TJDA 2HSHA 1XFLA 2M72A 4G19A 4ZB8A 5EY6A 1YKAA 2H19A 3Q19A 1X9SB 1PMTA 1PD21 2GZPA 3VI7A 3ZYWA 2H66A 2H30A 2K6VA 3ZVJD 1DBYA 2VCXA 1SK0A 2FHEA 2B7KA 4O5RA 2DJ2A 3ISOA 3VPTA 2C3NA 5JCWA 4DSRA 3FHKA 4MH2A 3LG6A 2LJAA 3WD6A 3ZFLA 4TXOA 1A8YA 4NV5A 2M46A 3GL5A 2HZEB 1N2AA 4YQMA 4KSOA 2VL9A 5ECMB 4XHMA 2QSIA 2KHPA 2C3TA 1RK4A 2NVLA 6GSUA 4Q5NA 2DIYA 4K6XA 4TN8A 4L0WA 2YP6A 3TRXA 2YOIA 1JZDA 2VD0A 2A4VA 4KA0A 4KGIA 3R3EA 4BVXB 2VOCA 4YH2A 5IMCA 2XPEA 1JLWA 1QK8A 4I6XA 3EMXA 2H71A 7GSSA 4G0IA 2HRFA 2CZ3A 4LMWA 1VRSD 1A24A 4IGJA 2PU9C 5G5FA 4Q5QA 1GL8A 2R5GA 2IMIA 2OE3A 4XS1A 1OE7A 4QL7A 3DXBA 4I2UA 2FWHA 2F8AA 3HVVA 3IAM2 4MZCA 4IQ1A 1E2YA 5B8BA 1FG4A 2GSSA 4NV2A 5ENUA 5G31A 5IMDA 4L8EA 2HI7A 1ZYEA 3QAVA 2HXKA 2RM6A 2JZSA 2GZZA 2CVDA 1WE0A 2R4VA 4IS0A 3NOFA 3TDGA 1QQ2A 2H01A 4WBRD 4RUVA 2FGXA 1BQ7A 4EUYA 1VF2A 3GKMA 4KE3A 2OACA 2MMAA 5B6NA 1UC7A 3UJ1A 1BYEA 4WBJA 2LUSA 1PQNA 3EVIA 3CRTA 4AJ8A 1SKRB 3IRAA 1R7HA 1WRYA 4ECBA 1U3IA 3IR4A 1XIYA 5E4WA 2O89A 2IMDA 3TKSE 2EIQA 1SL2B 1A0FA 1WMJA 1E6BA 1GTUA 4PURA 1A2MA 1PRXA 1Q98A 4G10A 5DAKB 1OC3A 4EE0A 1KNGA 1F2EA 4GSTA 5JWQB 3QMXA 2LSTA 3ME8A 1S3CA 3E9JB 2C4JA 2C0DA 4ZL9A 4ZBAA 4ZILA 3I9V2 5D9XA 2FA8A 1VF4A 4F9ZA 4MPFA 3O6TA 3GKNA 5ID2B 5EPFA 1EOHA 1JFUA 3M3MA 1EWXA 1XOBA 2VL3A 4OCEA 4FQUA 1X5EA 1M7TA 3PGTA 4EDYA 2CAQA 1PX7A 2VM2A 2QKEA 3VFIA 3GKXA 2L5LA 2GS3A 4F03A 2V6OA 3GNJA 4AGSA 4QL9A 3VURA 4IJ3A 1B4PA 3BJ5A 5HR0A 1XWGA 2C0EA 4USSA 2H1AA 1GSEA 4ZL7A 2C0GA 2I81A 1ERUA 3UOMA 3D4TA 4MK3A 1PX6A 3HJOA 2OADA 4PUFC 1OC8A 1X9MB 3CMIA 2FCHA 5D9TA 1OVNA 1SK2A 2HZFA 1X9WB 4WR4A 3WGXA 2C80A 1XWCA 1AUCA 3GX0A 1PL2A 3MNGA 5J9BA 3QPMA 1XVWA 4BVYB 2WFCA 3TGZA 4JEDA 1IYHA 1BJXA 2NBSA 5G5EA 4K7IA 1YF0A 3GHAA 1SD9A 4ILFA 1RW1A 2LS5A 4OO5A 1WJKA 4X1UA 5CRDA 5ID2A 2GT5A 5GSSA 2WGRA 1ACVA 4FYCA 4N0ZA 5J5NA 3QDNA 1Z6NA 2FWGA 5JCUA 3ZFBA 1T00A 1Y6EA 3ZRDA 1X5CA 3PPUA 4KAEA 3H79A 1GSSA 2V6KA 2HLSA 3EU4A 3DIEA 5D9WA 1HYUA 1PKWA 1GSUA 3TKQA 3RPPA 5IPHA 2G2QA 1TU8A 5KN3A 2OJLA 1EEJA 1MDJA 5G1KA 2DJ3A 3CBUA 2WDUA 3HXSA 3PINA 5DQYA 3C1RA 4ECCA 2FLSA 1F3BA 2IWTA 1LJRA 5LCZA 4TR1A 2L57A 3M8NA 4HJMA 2I9HA 4XS4B 2DBCA 1V2AA 3HCZA 2HSNB 3VWVA 3L9SA 4BWSA 2B5YA 4PQ1A 2I1UA 4TR4A 1CQGA 5J9CA 1B9YC 2YJ7A 3ZIJA 1T1VA 5H5QA 2AUVA 1FO5A 2JACA 1U3AA 2H1GA 4BL7A 2AB6A 4J57E 1S3DA 3Q18A 3G7YA 2N5FA 4MABA 3HZ4A 1SENA 2RUFA 1HNCA 1G7OA 2YNXA 2K8SA 2KOKA 3F9UA 1F3AA 2OBKA 4HUAA 3IAS2 3M0FA 2YJHA 4ML6A 2R3XA 5DCHA 1TU7A 1ZMAA 1O8WA 3UBLA 3I6AA 1XW5A 1M2BA 3FK8A 2P0GA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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18GSA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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