1B4P | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	PMILGYWNVRGLTHPIRLLLEYTDSSYEEKRYAMGDAPDYDRSQWLNEKFKLGLDFPNLPYLIDGSRKITQSNAIMRYLARKHHLCGETEEERIRVDVLENQAMDTRLQLAMVCYSPDFERKKPEYLEGLPEKMKLYSEFLGKQPWFAGNKITYVDFLVYDVLDQHRIFEPKCLDAFPNLKDFVARFEGLKKISDYMKSGRFLSKPIFAKMAFWNPK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1830426867610089__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1830426867610089__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1B4P/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1830426867610089__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1830426867610089","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1B4P/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1830426867610089__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Rattus norvegicus
publication title	Crystal Structures of Class MU Chimeric GST Isoenzymes M1-2 and M2-1 rcsb
molecule keywords	PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
total genus	82
structure length	217
sequence length	217
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	1998-12-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1b4pA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1b4pA01

1KEBA 2KP2A 3IOSA 1PX6A 2WB9A 1GNEA 4IELA 3LEFA 3E9JB 3D22A 1N8JA 5ECLB 2H70A 2YV7A 1GLPA 4HS1A 2L4CA 2FWGA 4L0WA 4JU5A 1ON4A 3RPNA 1TW9A 3QFBC 3R3EA 4FIWA 1GSDA 2IJYA 3WGXA 2GDRA 2KP1A 2GTUA 3P7XA 3UEMA 1EGRA 3ZITA 2LQOA 2KLXA 1LBKA 5HQPA 1XWKA 3L9UA 4I6XA 3VWWA 1MD3A 2H66A 3DRNA 3KTBA 2N5FA 4HOJA 3BCIA 1NM3A 4MJCA 2PUKC 4XIHA 1OE7A 2IFQA 2WFCA 3CSJA 2X8GA 3GV1A 1S3CA 1O6JA 2NVLA 3FZ4A 3D21A 3F4TA 4BL7B 2IMIA 4YQMA 5DBQA 2DJ2A 4USSA 1V98A 4I2UA 4KW6A 4EUYA 1FB0A 1BG5A 4OD7A 1LU4A 1GSFA 3FRCA 2PPTA 4EVMA 4DSQA 5L71A 1GLQA 1OC8A 2LJKA 1FVJA 1PKZA 3ZL5A 1XPVA 3DIEA 1GL8A 1QXHA 5JCUA 3IC4A 4YQVA 4J2FA 4POLA 3US3A 1A0FA 3MDKA 5JCWA 4BVXA 1Z6NA 4FH8A 1WRYA 3HYPA 3GX8A 2R5GA 1MDJA 3CYNA 3LJRA 5H5QA 2LS5A 5DCGA 2DIYA 4RQXA 2IFQB 1TKDB 3FY7A 3CSHA 5ECPB 3GL3A 1A2LA 2R2JA 5F05A 1X5EA 2PGTA 3D4MA 3GN3A 1J9BA 4K7OA 4PX1A 2XHFA 3QAWA 5H5SA 2QC7A 5J9BA 3UAPA 3G7YA 4BWSA 4EE0A 2B6MA 2TRCP 2JL4A 3FYGA 4Q5NA 4OO5A 3LYPA 1K3YA 5IPGA 2FLSA 4N0VA 1W89A 4V1Ap 3QMXA 2GT6A 4G2EA 1UC7A 2VL2A 4MZWA 1TRUA 2QGVA 4K6XA 2O85A 5F0GA 1PL1A 1TP9A 4ZL9A 1T1VA 3R2QA 2G0FA 2CAQA 4O92A 5CAXA 4BVXB 5DALA 3GKNA 3KTLA 1TK8B 2HE3A 5G31A 1RQMA 5ECRB 2EIRA 1UA5A 5ID2A 1GUKA 3TKSC 3IAS2 3HD5A 4IQAA 1U87A 3GL5A 3I9V2 2K6VA 2DJJA 3C7MA 5D93A 3FEUA 2ES7A 2VIMA 2TIRA 2N5BA 4K7NA 2JZSA 2K9FA 3KD0A 3VPQA 3RBTA 2DJ0A 5D9VA 3CXGA 1SK0A 4YH2A 5DVBA 5EPFA 1F6MC 4ZIJA 2O89A 5IMVA 5IM9A 4GF0A 4F82A 1SKWB 2V41A 3D6IA 3IXRA 5GAND 2QKEA 5ECHB 3SWLA 4AF2A 1LJRA 2ZUPA 3WYWA 4OWYA 4ECCA 3FR9A 1V57A 1A24A 3IDVA 4KB3A 4FYBA 4TXOA 1URMA 4GSTA 1E6BA 2VL3A 3KMNA 1MEKA 3FW2A 1T00A 3J7Yb 3MAKA 4LL4B 17GSA 2JSZA 4XCSA 3GHAA 4AJ8A 5CRWA 3TOTA 1B4PA 1ZCPA 5A4VA 2GGTA 4Z7XA 4AJ6A 5ECNB 5IO2A 2I9HA 2DJ3A 2HRNA 4V2NA 3F6FA 4PTSA 1DE2A 4IW9A 1MDKA 3EMXA 4QQ7A 2LRCA 3ZZXA 3FR3A 1WWJA 2LJRA 1THXA 2HZEA 2YN1A 3I69A 1X0RA 4QL9A 3EYTA 4YAPA 3VWVA 2NPBA 4JE1A 4YQUA 1EEJA 2E0QA 5B8BA 3P90A 4POBA 5IPHA 2HSMA 5IQYA 2TRXA 2IWTA 3UL3A 4KCEA 4K1FA 4PQIA 3F0IA 2B7JA 4G9HA 4TXOB 1EEMA 3Q6OA 1SK1A 1RW1A 3G9BA 4RQRA 2L4QA 4FQUA 3UJ1A 3ED3A 3HVSA 5CO3A 1DSBA 3DVWA 4HJMA 3E3EA 1AQVA 3UIWA 3O6TA 5KN3A 3QR6A 4MH3A 2LRTA 1WIKA 4PUAA 2WCIA 1UVZA 5ELAA 1SL2B 5F8BA 4ZB6A 4DSRA 4KA0A 2DC5A 2HRAA 3Q19A 5JWQB 2VD1A 1IYIA 3IK7A 4IP1A 2HZEB 2VL9A 1O8XA 3VWXA 2IL3A 3TKQA 1VF2A 1JZRA 4Q5RA 4MMMA 3DMLA 3UMAA 3CSIA 3VLNA 3H1NA 2VCZA 4BVYA 2CVDA 4I97A 5DQSA 5G1LA 4H86A 2HSMB 3TKSE 1ERVA 4KAEA 4WF5A 5GAPD 3CTGA 1GTAA 3GRXA 3EU4A 1TXXA 4GCIA 3CRTA 1M99A 2OA7A 2VOCA 5J9CA 2JU5A 4O32A 3KMOA 1JLVA 3ME7A 1WOUA 2YOIA 1T4ZA 1ERTA 1YQ1A 2FY6A 2L6DA 1OC9B 3WT2A 1Q98A 5GZZB 1TOFA 5B6MA 2HRFA 1ZOFA 1TK5B 1F37A 2C8UA 1M2BA 4NV2A 4XS6A 4XRDA 2VLVA 1Z6MA 4ISDA 2WJUA 2OKAA 1DUGA 3ZVJA 2H71A 3GUSA 1DBYA 3LORA 4Q5QA 2XPEA 4WETA 3BD2A 1YDKA 2VLTA 1QMVA 1DE1A 2C4JA 3F6DA 2B5XA 3TCOA 1YEPA 4K8MA 2YPMA 4MABA 1G7OA 1EP8A 1GSEA 4BVYB 2YANA 3F3QA 2V6KA 3W8SA 5GSSA 3RHCA 4KE3A 3ZVJD 2OE3A 5ENUA 2H1GA 4L8EA 4K2DA 1PSQA 1TU8A 4EDYA 5ELGA 3DYRA 3KP8A 1GTUA 1R5PA 1OVNA 5IMZA 1PKWA 1V2AA 4HZ4A 3APQA 4X1UA 2HSHA 2E2MA 3UVHA 6GSTA 2IMEA 3HJMA 2OJLA 9GSSA 3VI7A 4MPGA 2R37A 3GKXA 2C0GA 1VF3A 1GSYA 2B3SA 10GSA 1H75A 1FAAA 5H5RA 2AV4A 4ECIA 5CRHA 5CYYA 4PUFC 1B9YC 2HRKA 3TGZA 4HEA2 5FWGA 3WD6A 4KDUA 4XS1A 2JZTA 2YWOA 5B8AA 2XC2A 3TJKA 4G19A 1EOHA 1BJXA 1X9SB 1OYJA 2VD0A 3M8NA 2BJXA 2H74A 3RDWA 2GZYA 4MP4A 2LRNA 4L5LA 4EC0A 3V1WA 5J3RA 3TJBA 3P2AA 5HR1A 1Z3EA 2B5YA 2F3MA 3DXBA 5CNWA 3ERGA 2KHPA 3LXZA 3APSA 3M9JA 5EVOA 1TRVA 2F8AA 5DDLA 4I5QA 5ABRA 4AGSA 5G5EA 2H6XA 4RUVA 1EP7A 1G6YA 2H8LA 1TI1A 2HQTA 5ECOB 2D2ZA 2C3TA 3HVXA 3KCMA 2OE1A 4JBBA 2GVPA 4J57E 2H72A 6GSUA 2XBQA 3DD3A 4NAXA 3Q74A 2LEGA 2HRKB 3GSTA 1YY7A 2EIQA 3KGKA 1SENA 3QDNA 3DEXA 3ZRDA 1OAZA 2WGRA 4LMWA 4ML1A 1JLWA 2PWJA 3LXTA 3H4KA 4ULXA 5AISA 2P31A 5AN1A 4NWYA 3A3TA 1XW9A 3Q18A 4MF5A 3ERWA 2C0DA 4XS4A 5B7CA 4OO4A 5C04A 1QQ2A 3IK9A 2KOKA 4EKZA 3PH9A 1V9WA 2MBTA 2E2GA 2F51A 4TR0A 5JCGA 3OR5A 1EWXA 3CMIA 4OCEA 2RM6A 3F9UA 4HZ2A 1U88A 2H6ZA 1ZMAA 2GQLA 2H19A 1AXDA 3FZ5A 1J08A 1UN2A 1BEDA 1B4QA 4GTUA 2DSAA 2N5AA 1AW9A 1GNWA 1NHYA 5INYA 2O7KA 4ILFA 19GSA 1IYHA 2A2SA 2BTOT 2PU9C 2P5RA 4PQ1A 3GSSA 1Z5YE 1K3OA 2ALBA 3GYKA 3VI5A 2FWHA 4WF4A 2C3QA 3AY8A 2B1KA 5LNKe 5AIVA 1CQGA 2M80A 2MYGA 1K0AA 4XRAA 1GTIA 2MMZA 4MZCA 1R26A 2WULA 3GX0A 3IR4A 8GSSA 2H1BA 2CQ9A 4XS4B 1Z7PA 2HI7A 1KTEA 4JZQA 1O8WA 4D73A 3GMFA 4ZBDA 1JZDA 1A23A 4WXTA 5J5NA 5IIZA 2IMKA 3PGTA 3TKSA 16GSA 1QFNA 4PNFA 13GSA 3N5OA 4HU9A 4OCFA 2L5OA 5E59A 3MWHA 2FNOA 4RI7A 2H01A 1O73A 3CTFA 1OKTA 3C8EA 2EIOA 3FZAA 2L59A 4WR5A 1XW6A 1THOA 4V1Ag 3ZMKA 1YEXA 1TJDA 1I5GA 4ECBA 4K7IA 5LCZA 2LNSA 2LNTA 3EU3A 3PINA 4CDOA 1AC1A 4IGJA 1Z9HA 3GTUA 3ZYWA 2JSYA 4HDEA 2LJAA 2OBIA 3UBKA 4IN0A 5ECMB 2PERA 2AYTA 5IMDA 5HR2A 1ZZYA 4NV5A 1XOAA 2VM2A 2V2GA 3ZREA 1PX7A 5ECKB 2NDOA 1JZOA 1TI3A 2OADA 3KH7A 3CBUA 5F06A 5IMAA 3KH9A 3G7JA 5LD0A 2JADA 1C72A 4N30A 5DALB 4X43A 3D4TA 3A2XA 5ID2B 5KEJA 4FYUA 3DWVA 4N10A 4D73B 3ZTLA 3HHVA 4GXZA 1V40A 2CX3A 1F3AA 1H4OA 3FZ9A 3ISOA 4RI6A 3KP9A 18GSA 2I1UA 5D96A 3GIXA 1ZYQB 4FO5A 2HZFA 4KH7A 6GSWA 5HR3A 2NTOA 2DLXA 5CP1A 1JFUA 2YZUA 1X5DA 2K8SA 2LQQA 1AAZA 3M3MA 1YJ6A 2DMLA 1SYRA 2AAWA 2RUFA 2VCVA 1JHBA 1YF1A 1XFLA 4KNDA 3P8WA 1X5CA 4X0XA 1GSUA 4V2LA 3JCML 1HQOA 2YCDA 3PR8A 3QPMA 4LA1A 2M46A 4KSOA 1HNAA 3KIJA 5C00A 2OE0A 1OE8A 3IBHA 2UZ8A 3TJGA 5DJMA 3QFAC 1GUHA 4MJAA 4AJ7A 5HR0A 1XIYA 3BJ5A 5AGYA 4GSSA 6GSSA 1T4YA 4IJIA 4I8BA 4YAVA 1SU9A 6GSXA 4GRFA 4TVEA 4EDZA 2IMFA 4JR4A 3D0ZA 1ERUA 5G1KA 1PGTA 1JZWA 5G30A 3IPZA 2EC4A 2GQMA 1SL0B 4OFNA 2B1LA 2FD3A 4MJBA 1MD4A 3WGDA 1SK2A 1FG4A 2C3NA 1K3LA 2F9SA 4JR6A 2GQKA 1GWCA 3LSZA 3M0FA 3L78A 2DMMA 2VUPA 2X8HA 2AUVA 1GSQA 2DBCA 4MK3A 1VF1A 2YNXA 1I9DA 1FO5A 1PA3A 3GH9A 1MDIA 3EC3A 1KNGA 3C1RA 2B7KA 4N11A 2V6OA 3FKFA 2MMNA 3EVIA 4CW9A 2X8CA 2RIIA 1PQNA 5KN2A 4TR1A 2H0GA 1VGLA 4FYCA 1KBNA 3HZ8A 1ZGNA 2PVOC 1Y6EA 1NW2A 7GSSA 1FB6A 3BBYA 4F2IA 3GFKA 4DEJA 3RPPA 3KM6A 3WGEA 4IP6A 4K0NA 3KZQA 2A2RA 3TJFA 2LSTA 4OFMA 2GLRA 4IS0A 3A5WA 4LMVA 1GSSA 2AB6A 3NOFA 4GLTA 1A0RP 3H93A 2R4VA 2O87A 4QL7A 4I2TA 1FW1A 1B9XC 3QAVA 3SBCA 5D9XA 3TRXA 4BA7A 2FGXA 1XVQA 2ON5A 2XPDA 1B48A 3APOA 1O81A 2RUEA 1WJKA 5KN1A 3NIVA 2C0FA 2GZZA 1GRXA 4J56E 3C73A 4KX4A 4TR1B 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KEB A;  2KP2 A;  3IOS A;  1PX6 A;  2WB9 A;  1GNE A;  4IEL A;  3LEF A;  3E9J B;  3D22 A;  1N8J A;  5ECL B;  2H70 A;  2YV7 A;  1GLP A;  4HS1 A;  2L4C A;  2FWG A;  4L0W A;  4JU5 A;  1ON4 A;  3RPN A;  1TW9 A;  3QFB C;  3R3E A;  4FIW A;  2UV8 G;  1GSD A;  2IJY A;  3WGX A;  2GDR A;  2KP1 A;  2GTU A;  3P7X A;  3UEM A;  1EGR A;  3ZIT A;  5BMU B;  2LQO A;  2KLX A;  1LBK A;  5HQP A;  1XWK A;  3L9U A;  4I6X A;  3VWW A;  4Z2T A;  1MD3 A;  2H66 A;  3DRN A;  3KTB A;  2R0P A;  2N5F A;  4HOJ A;  3BCI A;  1NM3 A;  4MJC A;  2PUK C;  4XIH A;  1OE7 A;  2IFQ A;  2WFC A;  3CSJ A;  2X8G A;  3GV1 A;  1S3C A;  1O6J A;  2NVL A;  3FZ4 A;  3D21 A;  3F4T A;  4BL7 B;  3MYD A;  2IMI A;  4YQM A;  3A5I A;  5DBQ A;  4EIQ A;  2DJ2 A;  4USS A;  4QMK A;  1V98 A;  4I2U A;  4KW6 A;  4EUY A;  1FB0 A;  1BG5 A;  4OD7 A;  1LU4 A;  1GSF A;  3FRC A;  2PPT A;  4EVM A;  4DSQ A;  5L71 A;  1GLQ A;  1OC8 A;  2LJK A;  1FVJ A;  1PKZ A;  3ZL5 A;  1XPV A;  3DIE A;  1GL8 A;  1QXH A;  5JCU A;  3IC4 A;  4YQV A;  4J2F A;  4POL A;  4W66 A;  3US3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1B4PA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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