1DUGA

Structure of the fibrinogen g chain integrin binding and factor xiiia crosslinking sites obtained through carrier protein driven crystallization
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
234
structure length
234
Chain Sequence
SPILGYWKIKGLVQPTRLLLEYLEEKYEEHLYERDEGDKWRNKKFELGLEFPNLPYYIDGDVKLTQSMAIIRYIADKHNMLGGCPKERAEISMLEGAVLDIRYGVSRIAYSKDFETLKVDFLSKLPEMLKMFEDRLCHKTYLNGDHVTHPDFMLYDALDVVLYMDPMCLDAFPKLVCFKKRIEAIPQIDKYLKSSKYIAWPLQGWQATFGGGDHPPKSDPQQHHLGGAKQAGDV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase, blood clotting
source organism Schistosoma japonicum
publication title Structure of the fibrinogen gamma-chain integrin binding and factor XIIIa cross-linking sites obtained through carrier protein driven crystallization.
pubmed rcsb
molecule keywords chimera of GLUTATHIONE S-TRANSFERASE-synthetic LINKEr-C-TERM
total genus 75
structure length 234
sequence length 234
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 2000-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 1dugA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1dugA01
1SJIA 2CA8A 1BX9A 1EP8A 3TJGA 3A2VA 2HSMB 4QL9A 4EVMA 4IS0A 1PKWA 3Q6OA 4PURA 3AY8A 1M2DA 3BJ5A 2YWOA 2K18A 1F2EA 1DE2A 3A5WA 4PUFC 1ZZYA 4Q5RA 2EC4A 3GKMA 3UIWA 6GSVA 3VWXA 1GSSA 3L4NA 3IAM2 1K0CA 2VO4A 1TRUA 2X99A 2R4VA 5KN3A 3EE2A 3UOMA 1MDKA 5G5EA 4MZBA 1GTAA 1UA5A 2E2GA 1T3BA 5L71A 4YQVA 2FWFA 4POBA 2L6DA 2JSYA 1XOAA 4OCFA 4K7OA 1V9WA 2GDRA 2HFDA 3L0HA 3RBTA 1SD8A 3Q19A 2OE0A 1G7OA 2HQTA 1ML6A 2KLXA 2FWEA 3H1NA 3KZQA 4MA9A 3VFIA 4O7HA 1PX7A 1URMA 2H66A 4DVCA 1WOUA 2B7JA 3QDNA 3R2QA 2OJLA 3LG6A 4NHWA 5ELGA 4JBBA 2H1BA 5CRGA 5JWRB 3US3A 1E6BA 1YEPA 2VLTA 4KA0A 5G1LA 1OKTA 2IFQB 4ZB9A 3CXGA 5HR0A 3LSZA 4DSSA 2CAQA 1QMVA 4IJ3A 3DVWA 5H5RA 1PL1A 2VD0A 3KIJA 4NWYA 3APOA 5GSSA 3MAKA 1NM3A 1M9AA 2YV9A 2CVBA 1A2MA 4L5OA 1JHBA 1XXUA 3TKRA 2GT5A 4MK3A 1OE8A 3IRAA 3QOUA 5DQSA 3DYRA 3ZFBA 4PGTA 5C04A 5ECQB 2F9SA 2OBIA 3GYKA 5JWOB 2CZ3A 5CRHA 3FZ9A 5CYYA 3P8WA 4IP1A 1R5AA 5JWQB 4O32A 3SWLA 4CW9A 4OCEA 1DBYA 4ZBDA 4J57E 1TRSA 17GSA 4PX1A 1A0FA 1TU8A 5C00A 4IVFA 3L9UA 3LGCA 2H0HA 3GN3A 3WT1A 1JZOA 2DIZA 3DRNA 4EC0A 1B4QA 1M2BA 1B48A 4JZQA 1BG5A 2I81A 2KP1A 1DUGA 2HSHA 1A23A 4GQCA 1R5PA 4AF2A 4LA1A 4KNDA 5D9WA 3TB2A 4JU5A 3ERGA 2H0GA 2YN1A 1E2YA 5KN1A 3HVXA 2CVKA 4N10A 3KTLA 4POKA 4TXOB 2R5GA 3FRCA 2JU5A 3EYTA 2L57A 3GH6A 5F05A 1M7TA 2B3SA 3ZMKA 3TKSC 2VD1A 2HRAA 19GSA 1TK5B 2KOKA 1XWGA 3QAVA 2X8GA 2VLVA 1XVWA 2I1UA 2I4AA 4HQSA 4GWRA 5BMUA 1SL0B 1SL1B 1OC9A 3IDVA 1S3CA 1EGRA 2YJHA 2H8LA 3D0ZA 2IWTA 2H01A 2HLSA 4YQUA 4K1FA 5ECRB 3VURA 4NPBA 5F8BA 3ED3A 1GSEA 2CZ2A 1FG4A 1NW2A 3UVTA 2B1LA 4TXVA 3FK8A 4MZWA 2GZPA 2WJUA 1YKCA 1U6TA 3DGQA 4L0UA 2G0FA 2F8AA 4N11A 5D73A 4MP4A 2IIYA 2QC7A 5D93A 1Z7PA 4KSOA 4V2MA 5B6NA 5KN0A 2DMMA 1THXA 3IHQA 3M8NA 1K0MA 3TCOA 3TKSA 3D4TA 3VK9A 2OBKA 1X9MB 1YZXA 3HZ8A 5ECLB 2YWNA 5IPHA 2B5EA 5H5QA 3C73A 4F9ZA 4KW6A 1MD4A 1PMTA 3FR6A 3IE3A 5F07A 2PN8A 4ECBA 5CREA 3ZMLA 1HD2A 3CRTA 3VWWA 5B8BA 1TI3A 3GH9A 1SJ6A 3F4SA 3TJFA 1FB0A 2X8HA 1XWAA 5GZZB 4WF5A 2CT6A 3GURA 3KMOA 5HQPA 1X9WB 5EL8A 1EWXA 3VWUA 2F51A 5G31A 1TI1A 3HHVA 2IFQA 1MD3A 3IR4A 3KEBA 2NDOA 2YWMA 3HKRA 3RDWA 4HU7A 6GSSA 3F63A 5KEJA 1N2AA 1ZGNA 2J23A 3I43A 1JLWA 2V41A 2C8UA 1TK8B 3VI5A 2G2QA 1PX6A 1G0TA 1TRWA 4ECJA 4WBRD 1Z9HA 5ECOB 1S3DA 1R26A 4AGSA 5J41A 4XS4B 4NMUA 2O85A 2M46A 4XRDA 2B5YA 2DMLA 1GUHA 1XW6A 4QL7A 2PGTA 1KBNA 4HZ2A 2F8FA 3VLNA 4IN0A 5IO0A 5IQYA 2WULA 2GTUA 3NIVA 2VUPA 1B9YC 3IV4A 1AW9A 2JACA 8GSSA 1X5CA 2HRKB 3ZVJD 2PWJA 2K8SA 1GL8A 4KF9A 2WB9A 4O92A 3CTGA 3LORA 4JEDA 1LJRA 2FWGA 4GLTA 4IW9A 1YQ1A 2WFCA 3GFKA 4GCIA 1DSBA 2QKEA 1WMJA 4I97A 1EP7A 3W8SA 1ZYQB 2IMKA 4MH3A 4Q5QA 2CV4A 1TXXA 4AJ8A 3J7Yb 2L5OA 5J9BA 3K8NA 4MJAA 2WCIA 3UBLA 1QXHA 3F6DA 2KHPA 3HD5A 2H1DA 4LL1B 3WGEA 3IC4A 4TXOA 4LMVA 3DWVA 4PQHA 3ZVJA 4ZL9A 3LXZA 1VRSD 5DBQA 1JZRA 1A2LA 4G10A 5G30A 3E3EA 2GZYA 2H6XA 3FR3A 6GSXA 4PTSA 4EDYA 2P0GA 5D96A 4WBJA 2FNOA 1XWCA 4RQRA 1B8XA 5JCUA 1GUKA 2V2GA 4XIHA 2C0DA 5LD0A 4EF0A 3GHAA 1Q98A 3FY7A 3A2WA 2HYXA 3BD2A 5A4UA 2V6KA 3C71A 2OACA 5GSTA 1J9BA 4MMMA 3Q74A 3KD0A 4K2DA 4MJBA 3HCZA 4HJMA 2RLIA 1WJKA 1M9BA 4Q5NA 3GV1A 2JSZA 2YOIA 4BPYA 4EKZA 5IM9A 2A2SA 1QUWA 1C72A 3UMAA 1GP1A 3GIXA 5ELAA 1SJZA 2IMDA 2GQLA 5DAKB 2PPTA 3PR8A 2XBIA 4HDEA 1PN9A 1TJDA 1WWJA 4LLRA 5KN2A 4EUYA 1K0AA 4IELA 1FO5A 5ECNB 5IMAA 2GQMA 3GTUB 3EVIA 4FYCA 4ZXGA 3IK7A 3IOSA 5HFKA 2HXKA 3TOTA 1KNGA 4ZILA 4TRXA 2E0QA 1GLPA 4ZBBA 1TOFA 5GAND 2C80A 4TW5A 1GTBA 1AAZA 4XRAA 5A5KA 1I5GA 3H4KA 1V58A 2ZNMA 1GSFA 1K0NA 1YF0A 3APQA 1KEBA 4WR4A 1G6YA 3O3TA 3RPNA 1SKRB 1ON4A 2GQKA 2FGXA 2C4JA 1Q4JA 2ALBA 3IBHA 3E0UA 1WRYA 1BEDA 1SK1A 2F3MA 2P31A 1DE1A 2GSQA 3KP8A 4PUAA 3N5OA 1A8LA 2RM5A 4XS4A 4IQAA 4ZBAA 2P5RA 3VWVA 14GSA 3EINA 2R6KA 1GNEA 2YJ7A 5D9VA 5ECKB 4K0NA 3KMNA 1UN2A 3GKKA 2NPBA 3IXRA 3LWAA 2NVLA 3R3EA 1WPIA 2FA8A 4BWQA 4HS1A 1OAZA 3ZIJA 4GTUA 2HRKA 1R4WA 4ZL7A 4ULXA 3D6IA 1A8YA 2AAWA 2JADA 2R2JA 3FW2A 4G0IA 2N5FA 1ABAA 1F3AA 2ZCTA 1T00A 4IHUA 5IMVA 4TN8A 2IMEA 1THOA 1O7UA 4MF5A 2I3YA 4V1Ap 2YZUA 3M9JA 4MCUA 1JZDA 5JCWA 4PQIA 1GH2A 3ZL5A 3CRUA 1U3AA 3M9KA 4TR4A 2JL4A 4NXIA 3NZNA 3GKNA 1XWKA 3FZ4A 1G6WA 4K7IA 4WETA 1JLVA 2IL3A 3UEMA 1TKDB 4AJ6A 2FLSA 5HR2A 4WEYA 2O8VB 2EIRA 3TKQA 2K6VA 4N30A 2DLXA 4BVYB 4HEA2 2DJ3A 2VL2C 2LRCA 2LV3A 2H19A 3F4RA 3FR9A 12GSA 3FZAA 3FKFA 3ME8A 1FHEA 1LU4A 4MDCA 3UARA 4I8BA 5A4WA 2H1GA 2IJYA 1XW5A 4AJ7A 2PERA 2XPDA 1SD9A 2IN3A 1SU9A 1BQ7A 4MPGA 4MZCA 1MDIA 4TR1A 3CTFA 2L4QA 1U88A 3A2XA 3W8JA 2H76A 4HQZA 3L9VA 5IMCA 4D73B 2KP2A 2P5QA 3PPUA 2HSMA 5AIXA 4FYUA 3KXOA 4BWSA 1AQWA 2L5LA 1ERVA 2ES7A 3L9SA 2VL2A 5DAKA 1WP0A 2YWIA 1T7PB 2GZZA 2YV7A 3LXTA 1Z6NA 5J5NA 3BOAA 3DIEA 4E8EA 3GTUA 3EMPA 4L5LA 3F0IA 4LL4B 1O85A 5E59A 4BVXB 3KGKA 4F0BA 1ST9A 3TUEA 3QD9A 1B9XC 5DCHA 2MMAA 1GSDA 1PSQA 2HNLA 10GSA 1O8WA 2VM1A 5FWGA 2H73A 4TOPA 4KCEA 2HZEB 3F3RA 2AYTA 1J08A 3D4MA 3KH7A 3W6GA 2YNXA 2WZ9A 2C3NA 3VI7A 1V98A 5DJLA 1O6JA 5GAPD 4K7NA 2D2ZA 2VLUA 2DJKA 3TRPA 3MWHA 2C3TA 4V2LA 2MBSA 3H79A 2PBJA 3O6TA 1EEJA 1F9MA 3VPTA 4MF6A 2H75A 5D8IA 5B6MA 1XIYA 5ID2B 3GL3A 1PA3A 2B7KA 4HOJA 2LS5A 4K6XA 1K3YA 3WD6A 1TDIA 1MEKA 3KTBA 2DSAA 3IA1A 2FD3A 3WYWA 4OFNA 5DCGA 5B7CA 1A0RP 3HJPA 2MYGA 2AV4A 2H71A 2C0GA 2K8VA 1HQOA 3WGXA 3QAWA 1W89A 5HFIA 4RQXA 5AGYA 5DALB 4EE0A 4YAPA 3EMXA 4JR4A 3M3MA 1H75A 1RW1A 3VPQA 4HJ2A 1TU7A 4N0ZA 1K0BA 2HSNB 1HYUA 1H4OA 2C0FA 4ZB6A 4YQMA 5AN1A 4NAXA 18GSA 1M0UA 1ERUA 3HDCA 4I2TA 4J56E 2LEGA 4F2IA 2CX3A 1YJ6A 2HI7A 11GSA 4YH2A 3TDGA 2WGRA 3IC8A 2HE3A 3TOUA 2LNSA 2XPEA 1X9SB 3U5RE 1MTCA 4JR6A 2EIQA 3RHBA 5IMFA 4KDYA 2JZSA 5J9CA 1YDKA 3LJRA 2LSTA 4GSNA 4CDOA 3BCKA 1ZOFA 1K3LA 2TIRA 1I9DA 4I5QA 4MPFA 3UAPA 2VCTA 4DSSB 2E2MA 4OO5A 3MSZA 1OC3A 3P2AA 3ZTLA 3M1GA 3H8QA 4BVYA 1GSQA 4TVEA 1UVZA 4KUNA 4FIWA 2RIIA 4V1Ag 2Z9SA 3I69A 2LJKA 2REMA 2B6MA 4QQ7A 4HZ4A 3D5JA 2YCDA 2L59A 4ISDA 3BBYA 4PXOA 4CHSA 1AIUA 2YANA 3DVXA 1AUCA 3DXBA 4HI7A 3ME7A 3GUSA 1OKDA 3EWLA 4ZIJA 2I9HA 2VCQA 2M72A 1S3AA 2PVQA 2FUG2 1T1VA 4JRRA 3S9FA 1TTZA 5G2ZA 5CRDA 2XHFA 4D73A 3F6FA 3FZ5A 4IQ1A 1GLQA 2V32A 1NHYA 2PU9C 3DD3A 1FOVA 1A2JA 4I6XA 3EU3A 4H86A 3QAGA 4NHZA 9GSSA 1NHOA 2JZTA 3F3QA 3DMLA 20GSA 1XPVA 3J7Yk 1XFLA 3GKXA 5D9XA 2PMTA 2LRNA 1WE0A 5H5SA 2CVDA 3UJ1A 2A4VA 1B4PA 1U3IA 4DSRA 4L0WA 4BVXA 1OYJA 3GSTA 2FY6A 3LFLA 1VF4A 2L6CA 4X1UA 3ZLPA 4Q5FA 5G5FA 1TK0B 3KCMA 2VL3A 1SYRA 2GVPA 4JE1A 2MBTA 1M99A 1ILOA 1LBKA 1N8JA 4GSSA 1CQGA 1XCCA 5IMDA 4POMA 1T4YA 2FCHA 3E9JB 2QSIA 1Z5YE 3ZZXA 5IOXA 2VCWA 3ZFLA 1VGLA 4DSQA 2K9FA 1O81A 2IPAA 5F0GA 3I9V2 3WGDA 3V1WA 1F6MC 1F3BA 1SL2B 3IAS2 3D21A 2H74A 3TGZA 5DQYA 5ID2A 2PUKC 2RM6A 4FH8A 2R3XA 2LTKA 1HNCA 1RQMA 4F82A 1F37A 1O8XA 3EU4A 1X5DA 2VOCA 4FYBA 4NV2A 1UC7A 3UL3A 4MJCA 3APSA 4ID0A 2H6ZA 3HZ4A 3OR5A 4I2UA 1AXDA 2GGTA 1GRXA 1SK2A 4KGIA 1R7HA 1IYIA 4GXZA 2MZCA 2O7KA 1HNAA 5CO3A 5DALA 4PNGA 1EZKA 2L4CA 4GF0A 3ZRDA 4BL7B 3MNGA 3ZYWA 3TJJA 5AISA 3TRXA 2LJRA 4ECIA 3HXSA 2H70A 3GA4A 5IOWA 3BCIA 3G7YA 5DDLA 3FHKA 5J3RA 1JZWA 3IPZA 2H30A 1RK4A 1GNWA 4PNFA 4XTSA 4XS1A 3LYPA 3UVHA 1AC1A 2VIMA 4LMWA 5ENUA 1GULA 3EURA 4G9HA 5HFGA 4FQUA 1QQ2A 3U6VA 4IGJA 2ZUPA 3ZREA 3P7XA 4MJEA 2OA7A 1FB6A 2GSTA 2MMOA 2J9HA 5EPFA 2DIYA 3QPMA 3HJOA 6GSYA 3DKSA 3P90A 1Z6MA 2AJQB 3H93A 2WS2A 2BMXA 1T8EB 5F06A 5HR1A 3GNJA 3G7JA 5COHA 3ERFA 3GL5A 4X43A 2HRFA 3C8EA 6GSUA 3NOFA 13GSA 4MF7A 2EIOA 1XWBA 2JZRA 1XOBA 4ZL8A 2XBQA 3WT2A 5AIVA 3LEFA 2OE3A 1Y25A 3IK9A 4MLYA 5IIZA 4ACSA 5JCGA 4K0GA 2N5BA 1EEMA 3C7MA 1PQNA 3RHCA 3RPPA 1OC8A 3Q18A 3GRXA 4XCSA 1ZMAA 4PQ1A 3LQ7A 4WXTA 1EOHA 3GX8A 4OO4A 4KE3A 5IPGA 1K3OA 2HRNA 4OD7A 3EC3A 5HR3A 1PL2A 2GSSA 1BJXA 2LQQA 3CSIA 2B1KA 4F0CA 1TRVA 5DJMA 4OFTA 2HSYA 5INYA 1FAAA 2CX4A 1XBSA 3UBKA 1KTEA 22GSA 1SK0A 2LRTA 2ON7A 3TRQA 2O89A 3G9BA 1G7EA 2QGVA 4USSA 1JFUA 2FA4A 3GX0A 1V40A 5FT3A 4E8HA 4TR3A 1ZYEA 1FVJA 4TR0A 5CNWA 5ECHB 3N9JA 1HNBA 5ABRA 5ECIB 5ECPB 3KJYA 1GSUA 4EL1A 4KSMA 2LJAA 3PH9A 2FHEA 2X64A 4NV5A 5A4VA 2FWHA 2DJJA 4IJIA 4XS6A 5CAXA 4KDXA 5EY6A 4J2FA 1VF1A 3TKPA 3TJKA 5LCZA 4XHMA 1U87A 3QFAC 2M80A 1EGOA 1SENA 4G0KA 3CMIA 4P3YB 2BTOT 4EXJA 4WKWA 2VM2A 4RUVA 3ISOA 1NSWA 3CSJA 6GSTA 4OMVA 2V6OA 4KB3A 1ACVA 2CAIA 1AQVA 5ECSA 1PD21 2GT6A 1CQHA 1V57A 5IMZA 3FYGA 3PGTA 2A2RA 3HVVA 4BL7A 3F4TA 3QR6A 2OE1A 1K0DA 1K0OA 1EV4A 4TKYA 1PKZA 2PVOC 3QMXA 1J0FA 2WRTA 3FEUA 1EOGA 3O76A 1XVQA 1X0RA 2VL9A 4FO5A 2GS3A 1QFNA 3C1SA 4K8MA 2DJ2A 3PINA 5DVBA 3A3TA 3QCPA 2DC5A 3CBUA 5D9TA 1X5EA 3HJMA 2VAFA 3I6AA 4N0VA 1SKWB 2MMNA 4GSTA 3CSHA 4IBPA 4MABA 1YKAA 4YAVA 2H72A 1YEXA 1T4ZA 1IYHA 2VCVA 4OFMA 2XC2A 2DJ0A 5ECMB 2H1AA 1TP9A 5B8AA 1GSYA 1ZCPA 1AQXA 4KH7A 3HY2A 4WR5A 1A24A 3ZIVA 3DEXA 2WDUA 2CQ9A 5CP1A 3F9UA 4KDUA 5J4UA 4EO3A 4GRFA 3HVSA 3TKSE 1GUMA 1BAYA 2LQOA 2HZFA 1QGVA 2IMFA 3RAZA 3KP9A 3LYKA 5G1KA 2YP6A 2B5XA 4RI6A 2UZ8A 3D22A 5EVOA 2VCZA 2BJXA 1YY7A 2AUVA 1TW9A 2TRXA 2C3QA 4Z7XA 4ECCA 2OADA 2IMIA 1OE7A 4HU9A 3L78A 2OKAA 5E4WA 1M2AA 5CRWA 3MDKA 1GWCA 1PRXA 2GLRA 3M0FA 4G0LA 2X8CA 1VF2A 4O5RA 4KAEA 2V1MA 2TRCP 1OVNA 1SKSB 3ERWA 2VCXA 4DEJA 2AHEA 2C1YA 4ML1A 1VF3A 1Z7RA 1YF1A 2DBCA 4ILFA 3F8UA 1ERWA 1SYXA 16GSA 2YPMA 1Y6EA 3SBCA 4GQFA 4V2NA 2NBSA 1XZOA 2E7PA 4WF4A 2LKUA 1QK8A 2O87A 4KCAA 1GTUA 2LNTA 3KM6A 4K9ZA 4HUAA 1MDJA 1FW1A 4KX4A 2KUCA 4MH2A 2R37A 2H0IA 2AB6A 2C0EA 2NTOA 5IO2A 3GMFA 3CYNA 4G2EA 1WIKA 3TJBA 1V2AA 1EV9A 4F03A 5FHIA 6GSWA 3G7IA 2LUSA 1ERTA 2GSRA 3HA9A 2DJ1A 1Z3EA 4ZB8A 4G19A 4OWYA 1GTIA 5LNKe 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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