1F2E | Genus

Total Genus 64

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	64
sequence length	201
structure length	201
Chain Sequence	MKLFISPGACSLAPHIALRETGADFEAVKVDLAVRKTEAGEDFLTVNPSGKVPALTLDSGETLTENPAILLYIADQNPASGLAPAEGSLDRYRLLSRLSFLGSEFHKAFVPLFAPATSDEAKAAAAESVKNHLAALDKELAGRDHYAGNAFSVADIYLYVMLGWPAYVGIDMAAYPALGAYAGKIAQRPAVGAALKAEGLA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3094188567930454__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3094188567930454__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1F2E/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3094188567930454__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3094188567930454","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1F2E/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3094188567930454__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb18e4eadac7b76fe96216/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb18e4eadac7b76fe96216/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb18e4eadac7b76fe96216/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb18e4eadac7b76fe96216/pdb.gz): 451 ms

reading 201 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

201 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:200});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Sphingomonas paucimobilis
publication title	Properties of a Sphingomonad and Marine Bacterium Beta-Class Glutathione S-Transferases and Crystal Structure of the Former Complex with Glutathione rcsb
molecule keywords	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
total genus	64
structure length	201
sequence length	201
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2000-05-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1f2eA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1f2eA01

2RM6A 3HJOA 3IK7A 4ZB8A 2K8SA 2LV3A 4EDYA 4RI6A 2C0EA 1V98A 1GTBA 5IMZA 4PXOA 3C7MA 2P31A 5CRWA 1K3YA 1BX9A 4GTUA 2EIOA 4G0IA 1SKRB 3GX0A 1A0FA 5JWRB 4KDXA 1AQXA 5IO0A 2RLIA 1ZYEA 1XWCA 1IYIA 4JRRA 2YCDA 2HZEB 3GN3A 1OC3A 7GSSA 4LL4B 4GWRA 1ERVA 4V1Ap 2GQLA 4EO3A 3GX8A 2H8LA 1OC9B 3IR4A 3L9UA 1K0NA 4CHSA 4WBRD 3VPQA 1XFLA 3ERFA 4ZXGA 1A23A 1RW1A 4N10A 5JWQB 1SKSB 1JZOA 4MPGA 2E0QA 2LRTA 3Q18A 1F2EA 2F3MA 1XW6A 1WWJA 2PPTA 2VL3A 2X8CA 3QFBC 2GSRA 4BPYA 3H4KA 4HU7A 4XS1A 1ZMAA 4IBPA 1AQVA 4GLTA 1XCCA 3TJKA 2IMKA 5ECKB 1U87A 3WD6A 1NHOA 1OE7A 5D8IA 1GSFA 2X8HA 2HXKA 4ILFA 4O5RA 5IMAA 5GSSA 2MBSA 5D9TA 2C8UA 4RQRA 1YDKA 1SJ6A 1PX7A 2RIIA 2R6KA 3CBUA 4HI7A 1NM3A 3IK9A 5ECLB 3BCKA 3U6VA 1DE1A 9GSSA 4N0VA 2O85A 3J7Yk 3M1GA 1USBA 4G19A 4JU5A 3FZ9A 2WULA 2YJHA 4F0CA 5H5SA 2VD0A 1A8LA 3HKRA 2IJYA 2C0DA 2DJJA 2WZ9A 5J9CA 2DMLA 2YV7A 5DALB 4GQCA 4G10A 1Q4JA 3DGQA 3BBYA 4MABA 2YPMA 3OR5A 2LQQA 1DBYA 3E3EA 3GUSA 3UVTA 3TOUA 1B48A 1DUGA 2R37A 5DVBA 3SWLA 4QQ7A 2CZ2A 3DXBA 2CT6A 1V9WA 5IO2A 1M2DA 2GLRA 5ID2B 4POMA 2LS5A 2L57A 4X0XA 3GH6A 2CA8A 3TKQA 3F9UA 2VLTA 4BVYA 5HR1A 2H70A 2FLSA 3M8NA 1Z3EA 1ACVA 5IM9A 1SENA 2O87A 1MD3A 3CTFA 3CRTA 4TR1A 1S3AA 2H66A 2FHEA 3D22A 2I4AA 5G5FA 1FAAA 4IW9A 1NW2A 5J3RA 2PBJA 2WFCA 2GT6A 1EWXA 1JZDA 1MDIA 2MMZA 3IC4A 1MTCA 4Q5RA 3O6TA 3IRAA 4AGSA 1MD4A 5IMFA 3UBKA 2NPBA 5GAPD 2OE0A 4KGIA 2A2RA 3MWHA 4NV2A 6GSWA 2F8FA 1GUMA 3GTUB 4OFTA 3LGCA 4YQUA 1U6TA 1VGLA 2HFDA 4TR4A 3G7IA 4V2NA 4ECJA 1R4WA 1XOAA 1ZGNA 3G7YA 2H0HA 2X99A 1TU7A 2VM1A 5IIZA 3EYTA 4FYUA 2AAWA 4ECIA 3F0IA 2HSMA 4K7NA 2XHFA 4WETA 4PX1A 5HFGA 1WIKA 1T00A 5A5KA 4N0ZA 1VF2A 2UZ8A 2H76A 4TKYA 2XBIA 3ZIJA 2BTOT 4MDCA 4PQHA 5EL8A 3ZZXA 1FVKA 4F03A 2HRKA 3GURA 2FA8A 3F3QA 4KW6A 4K1FA 1LU4A 1PL2A 1EP7A 5IOWA 1PN9A 4L0WA 4MH3A 5CREA 1GLPA 3KXOA 1X5DA 4Z7XA 4L5LA 4Q5NA 3QMXA 2E7PA 3HZ8A 4F9ZA 2V1MA 3HVVA 1HNCA 2FWGA 4PURA 2M46A 3RDWA 4IHUA 3UOMA 1PMTA 1O8WA 2LRNA 2GZPA 3HZ4A 4GCIA 2G0FA 2IIYA 3HJPA 1SKWB 1EEJA 2VOCA 3EE2A 2VD1A 3TJBA 4K0GA 20GSA 4K7IA 5DBQA 3GH9A 1A8YA 3EC3A 5DQYA 4NHZA 2FCHA 3VWXA 2PMTA 4Q5FA 2MMNA 2H74A 2KUCA 1Y6EA 3TKSA 2LTKA 5CRGA 3TCOA 4TXOB 3TDGA 2WRTA 2WB9A 2VCZA 1FB6A 4G0LA 4KE3A 3L9SA 4HS1A 5B8BA 3FEUA 1XPVA 3W6GA 2AV4A 3W8SA 4XHMA 3KH7A 1M7TA 1O85A 1B8XA 2DJ0A 2VCQA 4CDOA 1O8XA 3ZREA 4AF2A 4BVXB 2GS3A 2X8GA 1Z6MA 1SK1A 4JR6A 5ECNB 2A2SA 2VL2A 4XCSA 4K0NA 3APQA 2ON7A 3TRXA 1GSQA 4PNFA 4BL7A 4WF5A 1F9MA 5CRHA 4IVFA 4J56E 3TRQA 3US3A 3UMAA 5B7CA 2C3TA 4NV5A 1PKZA 1LBKA 3RPNA 5AN1A 3WGXA 4IP6A 2I81A 2M80A 5KN2A 2AHEA 1G6WA 3C1RA 3UVHA 3SBCA 4HEA2 5DJMA 1TP9A 1TRWA 1X9WB 2PU9C 1BJXA 4JR4A 1IYHA 1TU8A 4EC0A 2CAIA 3CTGA 4TW5A 1YQ1A 4DSSA 1KEBA 3CSIA 2IFQB 3H93A 4KCEA 4NPBA 5HR2A 1ABAA 5DDLA 3Q74A 2G2QA 4FQUA 1WOUA 2F8AA 5AIXA 3EU3A 2ALBA 2HSNB 4IS0A 4O7HA 1GSEA 5HFIA 2CVKA 2RM5A 2IMFA 2ON5A 1EEMA 1JZWA 1TKDB 2AYTA 2NVLA 2GZZA 2DBCA 4POKA 2FY6A 2OBKA 4WXTA 3KJYA 1PQNA 1SJZA 3DEXA 1ST9A 4HQZA 5CAXA 4MLYA 2VUPA 4F0BA 3RAZA 3TJGA 5IMCA 4WF4A 1FOVA 3UJ1A 1KBNA 4J57E 2YJ7A 1TK5B 3LFLA 3PINA 4GSTA 3C73A 3ERWA 1OE8A 3M0FA 5CP1A 4ML6A 4WBJA 4GQFA 4D73A 1GUKA 3N5OA 4EUYA 2H1AA 1ZL9A 4L0UA 3C71A 4OCFA 1R7HA 3DVXA 2LQOA 3H8QA 2B7JA 3ME7A 3F6DA 3LORA 1SJIA 4NMUA 5D93A 2LRCA 2H6ZA 1S3DA 4G2EA 5FHIA 1EP8A 3KIJA 2R3XA 2HRAA 1F3BA 3LQ7A 2XC2A 4MF7A 3U5RE 1SL2B 3IA1A 2B3SA 2E2GA 4MJCA 4NXIA 4EL1A 4TR0A 3LXZA 4FO5A 3HXSA 3FZAA 1OAZA 2Z9SA 4JE1A 2QKEA 2KHPA 3TKRA 1JLVA 2YV9A 2V6KA 3HVXA 4ZBBA 3QOUA 1TJDA 3GMFA 3FYGA 3TRPA 2LKUA 3E0UA 4OD7A 1TI1A 1QXHA 3KP8A 2L6DA 1YF0A 4RUVA 3IE3A 1F37A 1V58A 4P3YB 5JCWA 4MZBA 3D6IA 4XS4B 1UC7A 3ERGA 4KSMA 1M99A 3M3MA 5B6NA 3MDKA 1T7PB 1XXUA 1BQ7A 2PWJA 1AC1A 3GL3A 3APSA 1UVZA 4V2MA 5DAKA 2YZHA 2F9SA 1JZRA 4YAVA 1U3IA 5D9XA 1WP0A 1A24A 2J9HA 4OMVA 3EINA 3QFAC 2KOKA 1M9AA 4PUAA 3VWUA 2H0IA 1FHEA 4EDZA 1V40A 1QFNA 1M2AA 1K3LA 4AJ6A 10GSA 1KNGA 4HJ2A 4IP1A 3P2AA 4RI7A 1PGTA 3UL3A 3I9V2 2FWHA 5ECIB 2GZYA 5KN3A 2A4VA 3ME8A 2LEGA 1AIUA 3EURA 1QGVA 2YWOA 2BMXA 1XBSA 2OJLA 3UARA 5LNKe 2IN3A 3S9FA 1VRSD 2B5EA 1GSSA 3PH9A 5DCGA 5G30A 3MNGA 3RHBA 2JACA 3MSZA 5F06A 2OADA 5G1LA 5IMDA 2QSIA 2MYGA 1TK8B 4KSOA 4ECCA 5DQSA 5JCGA 1AXDA 4IELA 3KMOA 3LXTA 1XVQA 5J41A 1M0UA 5ECQB 3AY8A 4MCUA 2IMDA 2XPDA 5F0GA 1CQHA 1I5GA 2K9FA 3F6FA 2K6VA 2EIQA 2AJQB 2H0GA 2HZEA 1R5AA 2D2ZA 4GRFA 4NHWA 2LJAA 3UEMA 2XBQA 3ZL5A 3KD0A 1AUCA 1YEPA 2YP6A 2H73A 5AIVA 1OC9A 2HQTA 2P5QA 5H5QA 3F3RA 5C04A 4PQIA 2CZ3A 4KAEA 4ECBA 6GSTA 4HOJA 1ZZYA 2CV4A 2OE3A 1F6MC 1K0MA 2JZTA 1QK8A 2B1LA 2TRCP 5KN0A 3TUEA 2B5XA 2CX4A 1X9SB 5C00A 5E4WA 1W4VA 2HRFA 3BOAA 6GSXA 2FGXA 1SYRA 3F8UA 1B9XC 4MPFA 5EY6A 3VWWA 1GRXA 2IMIA 1XWAA 1ON4A 4MJAA 2B7KA 3H79A 2GSTA 3QAGA 4KDYA 3ZFBA 2L5OA 1JLWA 3ZTLA 1K0DA 1EOGA 5INYA 3WYWA 2R2JA 4EKZA 2O7KA 3Q6OA 4TOPA 2VLVA 2H71A 2RUFA 3GKNA 4X1UA 4KNDA 3C8EA 3FY7A 4E8HA 2OKAA 2VCVA 4FYBA 12GSA 2JSZA 3VPTA 1EGRA 2JU5A 2CX3A 1Z7PA 1EGOA 3F4RA 5LD0A 5FWGA 5JWOB 3FK8A 4TR3A 1AAZA 4ULXA 2V41A 3WT2A 2HNLA 2L4QA 1UN2A 2YN1A 4ID0A 5LCZA 1XWBA 1G6YA 4HQSA 5DALA 4IN0A 3O76A 3DIEA 4I5QA 2GT5A 2QC7A 3DVWA 4O92A 1F3AA 5BMUA 1XOBA 5ECOB 5AGYA 1T3BA 3N9JA 4LA1A 1KTEA 1A0RP 2FWEA 1GSYA 1OKDA 2VAFA 5ID2A 4WR5A 3IAM2 3I6AA 1GUHA 2DMMA 4ISDA 5G5EA 2M72A 4KCAA 4N11A 5L71A 4XRDA 3HY2A 3KP9A 3TKSC 2KLXA 1O7UA 4MA9A 1A2JA 2DJ1A 1XW9A 2H1DA 5COHA 5KEJA 2I3YA 1PL1A 4F2IA 4YH2A 1JHBA 2JSYA 1ERWA 1HYUA 4XTSA 1SU9A 2H1GA 1HNBA 3HD5A 1GL8A 4ZL9A 1ERUA 4K8MA 1G7OA 4YQVA 2V6OA 2DJKA 2FWFA 3D0ZA 4WR4A 5DJLA 2LUSA 2L6CA 2YWNA 3ZYWA 1TDIA 2VCWA 2L5LA 3GRXA 1WJKA 2QGVA 2VL2C 3LJRA 4KF9A 2JZSA 3QD9A 3TOTA 2YWMA 1K0BA 1SK0A 19GSA 2CAQA 4ZL8A 3GTUA 1XWGA 4IGJA 4USSA 3A3TA 4HDEA 4CW9A 2YOIA 5HFKA 1XWKA 4MZCA 4ZB6A 1DSBA 3M9JA 2JZRA 2VO4A 5GSTA 4OWYA 4YAPA 4ZILA 1QMVA 3HDCA 3WT1A 2GDRA 3FR9A 6GSVA 2LNSA 3GKXA 2OBIA 4K7OA 3DD3A 2O8VB 2PN8A 3BCIA 4POLA 4FYCA 1GNEA 1SL0B 1PRXA 1EZKA 2DLXA 3CYNA 1PA3A 4ZBDA 16GSA 4I2TA 3FZ4A 1THOA 3DWVA 2N5AA 3GIXA 3K8NA 1O6JA 3KM6A 1UA5A 1HD2A 3DKSA 5CRDA 5HR3A 2AB6A 5B6MA 1TRUA 2B6MA 3DRNA 3ZVJA 2WGRA 3A2WA 5F07A 1V2AA 1Z6NA 2N5BA 3VK9A 2YANA 3F4SA 4TVEA 3EU4A 3D4MA 5KN1A 3ZFLA 2IWTA 2YWIA 1RQMA 3GV1A 1C72A 3WGEA 4MK3A 3D21A 1X0RA 4BVYB 3UAPA 1ZYQB 3UIWA 3HYPA 3BJ5A 2GSQA 2AUVA 3BD2A 1K3OA 4OO4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1F2EA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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