1G6W | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	254
structure length	234
Chain Sequence	SRITKFFQEQPLEGYTLFSHRSAPNGFKVAIVLSELGFHYNTIFLDFNLGEHRAPEFVSVNPNARVPALIDHGMDNLSIWESGAILLHLVNKYYKETGNPLLWSDDLADQSQINAWLFFQTSGHAPMIGQALHFRYFHSQKIASAVERYTDEVRRVYGVVEMALAERREALVMELDDYPVWLVGDKLTIADLAFVPWNNVVDRIGINIKIEFPEVYKWTKHMMRRPAVIKALRG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3164645678199927__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3164645678199927__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1G6W/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3164645678199927__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3164645678199927","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1G6W/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3164645678199927__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Structure of the globular region of the prion protein Ure2 from the yeast Saccharomyces cerevisiae. pubmed doi rcsb
molecule keywords	URE2 PROTEIN
total genus	79
structure length	234
sequence length	254
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date	2000-11-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1g6wA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1g6wA01

4XRAA 1WP0A 4NPBA 5EY6A 4ID0A 2HSNB 1WJKA 4AJ7A 4IP6A 5IM9A 3HVSA 3BCKA 1SL0B 1TRUA 2VCXA 1E2YA 2C1YA 4ZB8A 2O85A 3WYWA 5CO3A 2X99A 2GSQA 2E7PA 1XOAA 3QAWA 4JR6A 4XCSA 1SJZA 5IMFA 5ABRA 1VF2A 3CTFA 5J9CA 2X8CA 2C80A 3US3A 1ST9A 4EVMA 2VAFA 2JZTA 1M9AA 3GSTA 5J5NA 3ME8A 3P7XA 2EIQA 2YP6A 1XZOA 2DIZA 3GX8A 2L6CA 1OE7A 2B5YA 2B6MA 5HR3A 4RQXA 5J41A 2DJJA 1JLVA 1PQNA 1TK8B 3N5OA 3TKSC 3RPNA 1KNGA 3IC8A 3HVVA 5CRHA 5DBQA 4IJ3A 1WOUA 3E0UA 4IP1A 2OA7A 5IOXA 3TGZA 3KCMA 1T1VA 1TI3A 2WRTA 3F4RA 2JSYA 2AYTA 4E8EA 4KCAA 3ZVJD 1KEBA 2K9FA 2QGVA 4HJMA 4KSOA 4MH3A 3HJPA 3VFIA 1ON4A 2D2ZA 2QSIA 1EZKA 1AUCA 3PH9A 2LV3A 4IJIA 3QR6A 2GZZA 2WJUA 1M2DA 4KF9A 4OCEA 4G9HA 4EC0A 3GKMA 2HZEA 3UJ1A 2O7KA 2YWOA 3GKKA 3VWUA 3M9KA 3HYPA 1TDIA 2F3MA 4GF0A 5LD0A 4KDUA 4MA9A 17GSA 5ECQB 4ZB6A 6GSSA 1Q98A 2EC4A 5LNKe 4WKWA 4AJ8A 5KN0A 1NM3A 3HHVA 4BWSA 4ZBDA 1MEKA 3IHQA 3VI5A 2H73A 3CBUA 3CXGA 3BD2A 2LNSA 1A0RP 1F37A 3F6FA 1W4VA 4OO4A 4KE3A 3L9VA 5CP1A 1OKDA 4PXOA 4I2UA 2CT6A 2CVKA 4EO3A 4OFMA 2AB6A 1T4YA 4EL1A 1B9XC 5GZZB 2IWTA 1PX7A 5IO0A 3U5RE 2XC2A 11GSA 1GUMA 2PVQA 3JCML 2DIYA 3HVXA 3HJMA 6GSUA 1RW1A 4OFNA 3LGCA 3ZFBA 1U6TA 4BVYA 1OE8A 3PGTA 4L8EA 3ZRDA 1T7PB 2O8VB 4ILFA 5D9XA 1SK2A 1WE0A 3DKSA 2H0HA 2HRAA 1BQ7A 2HFDA 4XIHA 3DEXA 1EV9A 1PL1A 5KN1A 2I4AA 1X5EA 2A2RA 4ZXGA 2B5XA 4IHUA 4EE0A 4L0UA 3HXSA 6GSYA 3VPTA 2OE1A 4KSMA 1OKTA 4OO5A 3TKQA 4TXOB 1AQWA 2IN3A 8GSSA 3F0IA 1VF4A 1IYIA 4ISDA 1I5GA 3N9JA 4PNGA 5BMUA 4PTSA 3LWAA 4MPGA 2PN8A 1CQGA 3I43A 1JLWA 2GZPA 3RHCA 3QOUA 2H66A 1VF1A 2L5LA 5F07A 5J3RA 1AQXA 3IE3A 1F3AA 4AJ6A 13GSA 4PNFA 3ME7A 3FW2A 2KP1A 5B8BA 1K0DA 5C00A 2L59A 1TU8A 3F4TA 3GURA 3GHAA 2VCQA 3GL5A 1S3DA 3AY8A 4E8HA 3GTUA 3GX0A 2JZSA 2C8UA 1QMVA 2VO4A 3KEBA 1ZMAA 3VLNA 5A4VA 3M0FA 1KTEA 3MWHA 1IYHA 3GTUB 3UARA 3ZTLA 2XHFA 2AV4A 2DJKA 1GNEA 4ZB9A 1UVZA 1SYRA 2K18A 5G1KA 10GSA 2ZUPA 4YAPA 4IBPA 2WS2A 4MLYA 1XWCA 1FVKA 3WGXA 4JE1A 2KLXA 1A8LA 3S9FA 1R7HA 2YZUA 4F03A 3F3RA 3PINA 3GNJA 5DDLA 1PD21 5IPHA 1YY7A 2N5AA 2DJ1A 4Q5RA 1EP8A 2R4VA 2DJ3A 3TRPA 2TIRA 1U3IA 4KAEA 3F8UA 2V1MA 4IQAA 3VK9A 1UA5A 2HQTA 2I9HA 1F6MC 3M8NA 2LJKA 3IV4A 2XBIA 4V2MA 5GSTA 4K2DA 1T00A 4ML1A 3DXBA 3VI7A 1TK5B 3WT2A 2F8AA 3FR9A 4DSRA 1PGTA 1V2AA 4DSSB 3FEUA 3G7YA 1THOA 3HKRA 3DMLA 1H4OA 1ML6A 4HQZA 1F9MA 12GSA 2LNTA 3M9JA 2BJXA 2H0IA 2LRTA 4PUAA 4WBJA 4WF4A 2ON5A 4YAVA 2HSYA 4IELA 2CVDA 1SK1A 5HFKA 3GUSA 4HJ2A 3ERGA 1M9BA 4GCIA 3F3QA 4I2TA 4IGJA 1QXHA 2HSMB 2RLIA 3ZVJA 4MCUA 1O8XA 1O73A 4AF2A 3TKRA 4JZQA 3KP9A 2IMDA 3FY7A 2B1LA 1W89A 1AQVA 3WGDA 1Q4JA 1BX9A 2V32A 4FQUA 1F2EA 3EVIA 4HU7A 3CSHA 3ZFLA 3VURA 1X9SB 3P90A 2M46A 3FZAA 1Z3EA 4NAXA 2WCIA 2OBIA 3H79A 5LCZA 1DBYA 1VGLA 1DE2A 1U88A 2AHEA 3VWXA 4K0NA 3SWLA 3WGEA 3UVTA 4F0CA 5J9BA 3UEMA 2NDOA 1YEXA 4ZILA 1LU4A 3TJGA 4PGTA 5E59A 4F2IA 5D9WA 1O85A 1FB0A 1XW5A 3UMAA 1GUKA 4RUVA 5D9VA 2YOIA 3KH7A 1EEJA 3M3MA 2OE0A 2VLUA 2DBCA 1I9DA 3SBCA 3PPUA 1FAAA 4K7IA 5HFIA 2O89A 1GP1A 1MD3A 3QFBC 2ALBA 3ZIVA 4OCFA 1X5CA 2X8HA 3KJYA 1T8EB 5A4WA 2N5BA 3ZMLA 1E6BA 2PERA 5FHIA 4POLA 1GSDA 5JCWA 1K3OA 2C0DA 3W6GA 3EINA 4IKHA 1A23A 2IFQB 4GSNA 1K3LA 4WR5A 3Q18A 1N2AA 3D4MA 1GULA 2WGRA 2H70A 1J08A 4K7NA 2AUVA 5ELGA 2RUEA 3UBKA 3I6AA 2I81A 1TW9A 4POBA 2YV7A 1TTZA 3IA1A 4IS0A 2H72A 4N10A 2L6DA 3FHKA 3GH9A 3FKFA 3C7MA 2PPTA 5CNWA 4KH7A 1RQMA 2MMOA 3V1WA 1QUWA 2GVPA 4OD7A 1LJRA 4MF6A 1XWKA 1DSBA 1JZDA 5DCHA 4QQ7A 5KN3A 3TOUA 4MJEA 5EL8A 3F6DA 3TRQA 4DVCA 2C0FA 3KXOA 3EMXA 3CRUA 4CHSA 4BA7A 3C8EA 2P31A 2XBQA 3VWVA 1A2JA 3MSZA 1EGRA 2P0GA 2MMNA 3GV1A 3LEFA 2GGTA 3GYKA 4MDCA 1PKZA 1QQ2A 3IC4A 2H6ZA 3GN3A 2XPEA 1EV4A 1GL8A 1BAYA 2L4CA 1GSEA 1SKWB 3TDGA 5DAKA 4NXIA 3ZL5A 1M0UA 2I3YA 1YJ6A 2HRNA 3DVXA 1B9YC 3KD0A 2VCZA 2RUFA 2H71A 4N30A 3W8JA 2FWFA 1SD9A 2QKEA 3IR4A 2LRNA 3ZITA 5DAKB 3D21A 2AAWA 1GWCA 2F8FA 1PRXA 3A2XA 3P8WA 3QDNA 2C0GA 1SJ6A 2KP2A 2FGXA 3NOFA 3H1NA 2YJHA 3QAVA 2A2SA 3LORA 5JCGA 4YQMA 5AIXA 3NIVA 4ECIA 3EMPA 3H93A 1K0MA 1J9BA 3CSIA 2AJQB 3C1RA 3U6VA 2HZEB 2OADA 2H0GA 3CMIA 4LL1B 2HE3A 4K8MA 5IMAA 3LSZA 1G6YA 1Z6MA 2G0FA 3HD5A 4TOPA 5E4WA 1G7OA 2REMA 4TR4A 2V41A 4H86A 7GSSA 3IXRA 2CZ2A 3GIXA 4DEJA 2DMMA 3DWVA 1LBKA 1NW2A 1HYUA 3HY2A 4G0LA 1XVQA 2CQ9A 3OR5A 5IPGA 2IJYA 4WXTA 2JU5A 4K0GA 4G19A 2MBSA 3GH6A 4I8BA 4MK3A 1Z7PA 3TJFA 22GSA 3D4TA 20GSA 5H5QA 2WB9A 1TRSA 4RI6A 3A3TA 6GSWA 3FZ4A 4NHZA 1WMJA 1GH2A 2L57A 1GNWA 3QCPA 4MJBA 3UBLA 3HCZA 2JL4A 1CQHA 2IPAA 1ZL9A 1FOVA 1X0RA 4BVYB 1WIKA 5G31A 1ILOA 3E3EA 2PUKC 2FNOA 4MJAA 3APQA 1AIUA 1Y6EA 2CA8A 4K1FA 2FWHA 2KHPA 1SKRB 2M80A 3L4NA 2LQOA 1OYJA 2MMZA 5INYA 5H5SA 4X0XA 1M7TA 1UN2A 2GZYA 2LJAA 2KOKA 2A4VA 4XS6A 4F9ZA 5AIVA 2CX3A 1OC9A 3QPMA 4HS1A 4PURA 2PMTA 3D22A 3GSSA 3KTLA 2BTOT 3R2QA 4LMVA 2PU9C 1MDKA 1PMTA 2UZ8A 2K8SA 3ZIJA 3W8SA 5A4UA 3KZQA 2QC7A 5D73A 4O92A 3LFLA 3ZREA 2CAIA 2L5OA 1SJIA 3IDVA 5IIZA 2YCDA 1SU9A 3GKXA 2R3XA 4LA1A 1OC9B 2MMAA 2GTUA 3A2VA 4MP4A 5A5KA 3APSA 1K3YA 1TK0B 3ERFA 1B48A 3Q74A 3TKSE 5IMVA 1BJXA 4KDYA 3CSJA 3GMFA 4KDXA 3DGQA 4KNDA 4ACSA 2P5QA 4OFTA 1BEDA 1O8WA 4POKA 1RK4A 2C3NA 3M1GA 4ECJA 1EOGA 4EF0A 5B6NA 2WULA 2HLSA 2HRKA 3IAM2 2CAQA 5CRDA 4BL7A 1G0TA 3UL3A 1A0FA 1XW9A 4YQUA 1M2BA 3LJRA 3GL3A 2H74A 2B5EA 1FHEA 3GA4A 1ERVA 2R5GA 1SK0A 1A2LA 4P3YB 3C73A 3GRXA 1B4PA 3VPQA 4ZL9A 1HQOA 2XPDA 4HQSA 2YV9A 3QMXA 2HRKB 1X9MB 4KB3A 5F05A 4BL7B 1GSQA 5HR2A 1K0AA 2VM1A 2GQKA 4MABA 5D9TA 1HNBA 5ECMB 1PSQA 1G7EA 2LEGA 5G30A 2PBJA 2VOCA 1MTCA 1TKDB 4HU9A 3MAKA 1GLQA 1AW9A 5CREA 3L9SA 3C71A 2C3QA 19GSA 3APOA 3LG6A 3C1SA 2H75A 5ECKB 1PL2A 2VIMA 4G10A 1ZYQB 2VLVA 2IIYA 4PX1A 4RI7A 4HDEA 4AGSA 4TR1A 2H76A 3LXTA 2R37A 2HZFA 2R6KA 3CTGA 4L5OA 3ZMKA 1A2MA 1VRSD 3NZNA 2G2QA 5GSSA 2GT5A 4TKYA 1WPIA 2MZCA 5ECLB 5JCUA 3RHBA 2IMEA 1GTAA 1NSWA 2X64A 4TR1B 1U87A 4IN0A 2TRXA 2ZCTA 4TXVA 1S3CA 2C4JA 3KTBA 2FLSA 5ECRB 1GTIA 3QAGA 1JZRA 2OBKA 4I97A 1S3AA 4EKZA 1MDJA 4MF5A 1V9WA 1XWAA 1GRXA 1SL2B 4KGIA 3KMOA 4GTUA 2E2MA 3LQ7A 2K6VA 4MZCA 1ZGNA 1U3AA 4OWYA 4V2NA 4FYCA 2LRCA 2OKAA 2VD0A 3EU4A 1TRWA 1XFLA 4BVXA 3ED3A 3HZ4A 2FA4A 1GSSA 2WDUA 2OJLA 4HOJA 2H1AA 1YKAA 5FT3A 2JADA 2DC5A 2YANA 4NV5A 3FR6A 4N11A 2MBTA 3K8NA 2I1UA 1XVWA 1USBA 1M2AA 4D73A 2YWNA 3UVHA 4GLTA 4BVXB 4KUNA 1PA3A 2TRCP 4BWQA 2CX4A 4G0KA 2J9HA 1ACVA 4ZBAA 3EE2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1G6WA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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