1G7O | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	215
structure length	215
Chain Sequence	MKLYIYDHCPYCLKARMIFGLKNIPVELHVLLNDDAETPTRMVGQKQVPILQKDDSRYMPESMDIVHYVDKLDGKPLLTGKRSPAIEEWLRKVNGYANKLLLPRFAKSAFDEFSTPAARKYFVDKKEASAGNFADLLAHSDGLIKNISDDLRALDKLIVKPNAVNGELSEDDIQLFPLLRNLTLVAGINWPSRVADYRDNMAKQTQINLLSSMAI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5074614932532313__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5074614932532313__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1G7O/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5074614932532313__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5074614932532313","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1G7O/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5074614932532313__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Escherichia coli
publication title	Solution structure of Escherichia coli glutaredoxin-2 shows similarity to mammalian glutathione-S-transferases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLUTAREDOXIN 2
total genus	84
structure length	215
sequence length	215
ec nomenclature
pdb deposition date	2000-11-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04399	Glutaredoxin2_C	Glutaredoxin 2, C terminal domain
A	PF13417	GST_N_3	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1g7oA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1g7oA01

2QGVA 1GSDA 1V58A 4HU9A 4HZ2A 2VD1A 1T3BA 4V2NA 5J3RA 2F51A 4HEA2 3QR6A 2F3MA 5D9XA 3CYNA 1BQ7A 3P8WA 3ZFLA 3IR4A 2IFQA 4IKHA 3I69A 4K0GA 1B9XC 5LNKe 2IFQB 2H74A 2HE3A 5KEJA 5JWQB 2CVBA 3HHVA 3KIJA 3LXZA 1X9MB 1EV4A 1SL2B 4KAEA 4D73B 5ECRB 3O3TA 2GQLA 3H1NA 3QAWA 2B7JA 1K0CA 3WD6A 2YNXA 1A0FA 2JACA 4ZILA 2LJAA 2GT6A 1PL1A 2P31A 3K8NA 3LORA 3MDKA 1XVQA 3WT1A 4ML1A 1K0MA 1AIUA 3KGKA 1T8EB 2GSRA 1R5AA 1F3AA 1LBKA 4PQHA 3GX8A 2CA8A 5C04A 2DJKA 4POBA 1XOAA 4V1Ag 5E4WA 3TKPA 4TN8A 1B8XA 1R7HA 2KUCA 4MF7A 2I1UA 4ZIJA 5D9TA 2YANA 3QPMA 2ALBA 3UVHA 3FZ5A 1K3LA 2C0GA 1EZKA 8GSSA 2OA7A 3ZYWA 3ZMLA 4JE1A 2GZYA 5IPGA 4LLRA 3EC3A 3U6VA 4PNFA 2FUG2 3FZ9A 2VCZA 4GCIA 3HCZA 5ELGA 5J41A 2FWHA 2IMIA 2C0DA 3KD0A 3EYTA 5JWRB 2B5YA 2CV4A 1YDKA 2A2RA 2E2MA 1U3AA 3A3TA 4IW9A 1ERVA 3RBTA 2L59A 2AYTA 2WRTA 1TRSA 9GSSA 3N5OA 3GYKA 1I5GA 4I6XA 5CRHA 2HLSA 4FQUA 1U88A 1UA5A 3IDVA 4DVCA 3L0HA 4Z7XA 4RQXA 5IQYA 4MJCA 4LL4B 3TCOA 1GLPA 1SENA 5EVOA 4ID0A 2AV4A 3A2WA 1H75A 3FZAA 4L5OA 1M0UA 2DJ2A 3ZL5A 1EOGA 3PR8A 4MP4A 4JRRA 4E8EA 1T1VA 3I6AA 2X64A 2GLRA 3Q6OA 4KB3A 1K0AA 4ZL9A 1PD21 2I3YA 4G0KA 2OE0A 1FB6A 3IAS2 4XRAA 4N10A 1TU8A 3V1WA 3EMXA 1SD8A 3E9JB 3TGZA 3KH7A 2VL3A 5KN3A 1TJDA 1G7EA 3KCMA 4HQZA 4XRDA 5A5KA 4TR4A 2IL3A 16GSA 3DVXA 5D9WA 4HS1A 2VL2A 2YZHA 1O8XA 3L78A 1PN9A 4IP1A 4BVXA 3HJPA 5F05A 5AN1A 1OYJA 2QKEA 1BAYA 4BVXB 2H8LA 5HR1A 4HOJA 2P5RA 2O87A 3PPUA 4PURA 2HNLA 2C0FA 3CSJA 3Q19A 2L5LA 2XPEA 1XXUA 5DCGA 1ON4A 1AXDA 2G0FA 1Q4JA 1C72A 2CT6A 1GL8A 1X5DA 3TJFA 4BL7A 1M2AA 5L71A 2O8VB 4L5LA 4XHMA 4X0XA 4BL7B 5ID2A 1YEPA 4FH8A 5ID2B 3KP8A 3HZ4A 2NTOA 2YWOA 5KN2A 1O7UA 5EL8A 2FWFA 2H70A 1JZOA 2VLTA 3BJ5A 2VCVA 1Y6EA 1X9WB 5ECKB 3LWAA 2YOIA 4WR4A 5DBQA 1GSQA 5J9CA 4TW5A 4MF5A 2WFCA 1SL1B 2IWTA 1MD3A 3SBCA 1SD9A 1WE0A 4WBRD 3WGDA 1GSFA 5GAND 3R2QA 2XBQA 3CMIA 2IN3A 5IIZA 2VOCA 5DJMA 5B8BA 1YF1A 2BJXA 1AC1A 1ERUA 3GN3A 2N5FA 5G1LA 2YWNA 3R3EA 2ON5A 3HDCA 3C1SA 5ECLB 2VIMA 3GSTA 3TDGA 1SKWB 2DJJA 4TXOA 4F0BA 4KE3A 3CSHA 4G2EA 4TXOB 1QQ2A 1TK5B 3HJOA 3P2AA 3RHBA 2FA4A 3D0ZA 4K6XA 2CX3A 4J57E 5A4VA 2PWJA 1XW6A 2HSYA 3C71A 3HYPA 3U5RE 3GIXA 5F06A 5ECSA 6GSXA 4DSSA 1QK8A 2PMTA 4AGSA 3RPNA 3ZITA 1SYXA 4DSSB 3GTUA 4OFMA 1OC3A 3IPZA 3HY2A 3LQ7A 1JLWA 3GTUB 5IMFA 4G0LA 4ML6A 3EVIA 5DVBA 1M9BA 1MD4A 3MWHA 1ZGNA 4ULXA 3M8NA 3MAKA 3MSZA 3IRAA 3F8UA 3HZ8A 5IMVA 2H19A 2J23A 1TI3A 3CTGA 2ZCTA 5H5SA 1QMVA 2HFDA 3FY7A 2XC2A 3ISOA 2L4CA 1Z5YE 1MTCA 4PQIA 4MABA 1TK8B 3RAZA 1XVWA 2GS3A 1SKRB 3IBHA 2I4AA 1RQMA 5H5QA 1NM3A 1ZCPA 2H73A 2LNTA 4NMUA 2LRCA 4ZBAA 4IELA 1TRUA 4RQRA 1I9DA 3IK9A 2PGTA 3HJMA 5GZZB 3F4TA 3GKXA 1ZYEA 5FT3A 5GSTA 1YQ1A 3RPPA 5DAKA 2R6KA 3NOFA 5DAKB 3GRXA 4HU7A 2R2JA 3QCPA 1E2YA 1F37A 4EE0A 4IN0A 4Q5FA 2EIRA 2GSSA 4KDXA 2KP1A 1HNCA 2H1AA 19GSA 3APQA 1A0RP 5D9VA 2YN1A 1USBA 1ZYQB 1FG4A 1A2LA 1Z6NA 2UZ8A 4HDEA 2V1MA 1EGRA 2K9FA 1G0TA 3GA4A 1EOHA 3GKKA 5IMDA 3ZVJA 1AQXA 3H79A 6GSSA 1SYRA 4MLYA 3CSIA 4K9ZA 3M9JA 1TP9A 4I2UA 1THXA 3EE2A 1S3AA 1Q98A 2V41A 2YCDA 1XWCA 5EPFA 1GUKA 5G2ZA 3GURA 4HZ4A 2DMMA 3GHAA 3NIVA 1F6MC 3M3MA 2GVPA 4FYUA 1SJ6A 1R5PA 2YJHA 3W6GA 3D6IA 1G6WA 4BA7A 3F3RA 1F3BA 1Z7RA 5BMUA 1TRVA 4DSRA 2WULA 3E0UA 2FGXA 1Z6MA 2X8CA 4CHSA 4WETA 2H75A 5INYA 1FB0A 2B7KA 3TJJA 2M80A 1DE2A 1GWCA 3BD2A 2JZRA 4XTSA 2HRFA 2TRXA 4H86A 4MZWA 3ERGA 1AQWA 2HXKA 4NAXA 4DEJA 1ERTA 2DIZA 4KW6A 1TU7A 2WCIA 3RHCA 3HVXA 22GSA 1Z3EA 1CQGA 2E2GA 3FYGA 1ZMAA 4D73A 5LD0A 1BYEA 4CDOA 4MA9A 4MCUA 2C0EA 3UBLA 3GSSA 1YY7A 4HUAA 4CW9A 3EURA 3KH9A 3CTFA 3HXSA 1GP1A 4ZB9A 3L9SA 4V2MA 5CP1A 6GSYA 2ON7A 2GSQA 1J0FA 4ECBA 4I8BA 4ZBDA 3PINA 3KTBA 2LSTA 2RUFA 2WS2A 1SK0A 1BEDA 2V2GA 1WPIA 2H76A 1ST9A 3FKFA 1WRYA 2KP2A 1K3OA 3KTLA 2GGTA 2EIQA 2VCTA 1B9YC 3GH9A 3KEBA 4GWRA 2OADA 1SU9A 1YF0A 5LCZA 4MF6A 1K0NA 4G0IA 3JCML 3UMAA 1RK4A 3P90A 2C8UA 3UVTA 4K2DA 1LU4A 3D5JA 3DKSA 1QXHA 4JZQA 3DYRA 3VI5A 4J2FA 4WF5A 4XCSA 3C8EA 2WZ9A 2L6CA 5AISA 3WGEA 2VLUA 17GSA 2C3TA 3F3QA 3L4NA 1PGTA 4TR0A 4IP6A 2RLIA 1VRSD 1WIKA 2NBSA 2I9HA 4AF2A 2CAIA 5D73A 1R4WA 2MBTA 3G9BA 2K6VA 1TKDB 3VWVA 3TJBA 2XBIA 1PMTA 2F8AA 6GSWA 1T7PB 1U3IA 3VFIA 4I97A 1E6BA 2YZUA 2G2QA 3KM6A 1IYHA 2MMZA 1U6TA 2O89A 5ECOB 4OCEA 5KN0A 3OR5A 5C00A 2C1YA 4J56E 4AJ7A 1GUHA 5DDLA 3FHKA 3ME8A 4KUNA 1G7OA 2XHFA 2AHEA 2MMNA 3VLNA 4ZB6A 2WGRA 2CX4A 4ZXGA 4NHZA 5D93A 5J9BA 2H6YA 5HR2A 1PSQA 2IMDA 1PKWA 1ML6A 5HR0A 5ELAA 2JADA 4N11A 3LYKA 1V40A 18GSA 2PERA 4RI6A 5EY6A 4K7NA 4POMA 3J7Yk 2JL4A 1XW5A 2J9HA 3DMLA 1T00A 5DCHA 4QL7A 2X8HA 2HRKA 4IVFA 2JZTA 1Y25A 1SJZA 2HRKB 4EL1A 1ZZYA 2WJUA 4ECCA 3TUEA 2H6XA 4MJBA 3D22A 5IOWA 2GZPA 5ECHB 1WP0A 4OO4A 4K8MA 1XWGA 5JCGA 3KXOA 2O85A 3KMOA 1OE8A 3EWLA 3A5WA 1O8WA 4IHUA 2VM2A 3C73A 4HQSA 1XFLA 5CYYA 2E7PA 2D2ZA 4WKWA 2K8SA 5HFKA 2YV9A 1B4QA 1URMA 2XPDA 1O85A 5IMZA 2L5OA 5HFGA 5IO0A 3E3EA 3DEXA 3FR6A 3EINA 2HSMA 2PVOC 3UBKA 2FWEA 1HNAA 2HSMB 1KEBA 4YAVA 4BVYA 2R3XA 2LEGA 4KCAA 4QL9A 4BVYB 5IMCA 5ECQB 3APSA 1NW2A 4O32A 2VL2C 4F82A 3GUSA 3G7IA 1FVJA 4BPYA 3L9VA 2MYGA 2LQOA 4OCFA 4XIHA 2RUEA 2RIIA 4TRXA 1KBNA 3IE3A 2ES7A 2DBCA 3DWVA 3WYWA 4TXVA 1M2BA 3UEMA 3TRXA 6GSUA 3G7YA 3BCKA 1W89A 5ECPB 3UOMA 1GSEA 1F2EA 2DC5A 4KDYA 2OBKA 3IK7A 1PRXA 1MEKA 1AQVA 5ECIB 1XWBA 4NPBA 4O7HA 2VD0A 1BJXA 1OKDA 3CXGA 3KMNA 1T4ZA 2HQTA 1TXXA 2PPTA 4E8HA 3VK9A 3ZIVA 4L0WA 1HQOA 2C3NA 1IYIA 4POLA 3LXTA 4JR4A 3H93A 1JZWA 4XS4A 3TRQA 5CREA 2JU5A 3O76A 1CQHA 4XS4B 2FHEA 3TJGA 2QSIA 2HRAA 4EXJA 5H5RA 3A2XA 2V32A 1KTEA 3GL3A 1O81A 2YJ7A 1B4PA 3M9KA 1DSBA 1FO5A 1M7TA 3IOSA 3F4RA 1MDJA 4ECJA 5COHA 5B6MA 3IA1A 5CRGA 3GKNA 4WEYA 4PXOA 2CAQA 2C3QA 4DSQA 4OWYA 3ERWA 3SWLA 4ACSA 3M0FA 1FVKA 4LMVA 2AB6A 5ECNB 4MPGA 4YAPA 1GTUA 1XWKA 1XZOA 3ZMKA 2DIYA 2K8VA 1V2AA 1ERWA 4QQ7A 3ZVJD 1B48A 4KX4A 2PBJA 1XBSA 1NHOA 1OAZA 4EF0A 2FWGA 2PVQA 2OE3A 4IS0A 2Z9SA 5G5FA 4GTUA 2I81A 4GF0A 4JEDA 2R4VA 4HJ2A 4TR1A 1SL0B 3ZRDA 1GLQA 3FW2A 4F9ZA 3ZZXA 1Z7PA 5AIVA 4TR1B 2DMLA 1A8YA 3TB2A 3C1RA 4V1Ap 3HA9A 3HKRA 1HD2A 2HZEB 1VF1A 1AW9A 4X43A 2DSAA 3A2VA 3UJ1A 5D8IA 1JFUA 3MNGA 5AGYA 3N9JA 4GXZA 3Q74A 2LUSA 5KN1A 2OBIA 3ZLPA 3QAVA 3LG6A 1EP7A 3GL5A 2GQMA 1GRXA 2CVDA 3LSZA 2IMFA 1QUWA 1J08A 1XWAA 3IC8A 2H0GA 3F0IA 1S3DA 5DQSA 2IIYA 2HT9A 3VPTA 4PQ1A 11GSA 1OE7A 4KH7A 1W4VA 2LQQA 3TKRA 2CZ3A 2OE1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1G7OA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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