1GLP | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	209
structure length	209
Chain Sequence	PPYTIVYFPVRGRCEAMRMLLADQGQSWKEEVVTIDTWMQGLLKPTCLYGQLPKFEDGDLTLYQSNAILRHLGRSLGLYGKNQREAAQMDMVNDGVEDLRGKYVTLIYTNYENGKNDYVKALPGHLKPFETLLSQNQGGKAFIVGDQISFADYNLLDLLLIHQVLAPGCLDNFPLLSAYVARLSARPKIKAFLSSPEHVNRPINGNGKQ

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4578797878226077__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4578797878226077__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GLP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4578797878226077__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4578797878226077","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GLP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4578797878226077__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase(glutathione)
source organism	Mus musculus
publication title	Molecular structure at 1.8 A of mouse liver class pi glutathione S-transferase complexed with S-(p-nitrobenzyl)glutathione and other inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YFYF
total genus	78
structure length	209
sequence length	209
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	1994-03-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1glpA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1glpA01

3DEXA 2IFQB 2O87A 2HZEA 1YQ1A 2XHFA 1ST9A 2I1UA 2YOIA 2H71A 1YDKA 3K8NA 4MPFA 2FLSA 3H93A 2X8GA 1U6TA 1OKTA 2ZUPA 1VF3A 4YAPA 3GX0A 3LORA 4NWYA 1FB0A 1BQ7A 2CAIA 2HSHA 1JZWA 3HVXA 4POBA 2IN3A 2WB9A 2V6KA 5IMAA 2ES7A 1Z7RA 4DSQA 1ERUA 2VCXA 3HY2A 2VCTA 1JLVA 2L57A 3WGDA 1V40A 1Z5YE 1FOVA 5DBQA 1MDKA 1H75A 4ZL8A 3TKSA 4X43A 2YZHA 4EO3A 4WF4A 4CDOA 4XHMA 4D73B 4PX1A 3KIJA 2IMKA 4LMWA 2XBQA 4MA9A 3F3RA 5D9TA 1SENA 4MZBA 3I43A 3G9BA 4OCEA 2J23A 1XWBA 1A0FA 3ERGA 4NPBA 3FK8A 3PPUA 3VI5A 2B7KA 3ME7A 3KP8A 3IAS2 3KM6A 2G2QA 3WT2A 4WKWA 3LG6A 1GTAA 2XC2A 1TU7A 1KBNA 2WS2A 2X8CA 5KN3A 6GSVA 2BTOT 3RPNA 2H1GA 2YJHA 5ECQB 1MDJA 2GQLA 3P8WA 4BVXA 1PSQA 1WOUA 1S3AA 3GV1A 2WRTA 1K3YA 3DGQA 4V2NA 3TJKA 6GSUA 3CRTA 1FVKA 1J08A 2JL4A 1AQXA 2IFQA 5H5SA 3TJGA 3D6IA 2N5FA 5J41A 2HZFA 1AXDA 4GF0A 3GSSA 3CYNA 2CVDA 2RIIA 2CAQA 1Q4JA 5IOXA 1UVZA 4MJCA 1B4QA 4WR4A 2V32A 5EPFA 1ZMAA 2OE0A 2NBSA 3DVXA 3F9UA 5GSSA 4J57E 1VF1A 3VWVA 3GHAA 3IE3A 2DJJA 4E8EA 3MSZA 1TK8B 2HSNB 3DD3A 3KEBA 3A3TA 1N2AA 1K0CA 1GSDA 1N8JA 4QQ7A 5G5EA 2GT6A 4POKA 3EC3A 2I81A 2GDRA 4KDYA 4MPGA 4FO5A 5EL8A 5DCGA 3ED3A 5G1KA 1G6YA 3GRXA 4HZ4A 4CW9A 1V57A 1CQGA 1TDIA 4OWYA 2Z9SA 1QMVA 4GSTA 1GRXA 2F8AA 2PBJA 4GLTA 1Q98A 2O85A 1OAZA 1SKWB 4K6XA 4D73A 3IK7A 1V2AA 3PH9A 3VWXA 2B1LA 4FYUA 2VM2A 1F37A 4PUAA 1MDIA 4L5OA 1GSQA 2R4VA 2MYGA 1NHOA 4ILFA 1XOBA 2MMZA 1XWAA 4PNGA 1GUHA 2LQQA 2VO4A 4XIHA 1T4YA 1G7OA 2TRXA 4GRFA 2M72A 4V2MA 8GSSA 1LU4A 2H66A 1M2AA 5G30A 3TB2A 5AN1A 6GSWA 4FH8A 3TRPA 3H4KA 4WBJA 4AGSA 1GUKA 3QAGA 4F03A 2DC5A 3IK9A 2H6XA 3IR4A 5FHIA 3GKMA 3RBTA 3P90A 5IOWA 2LJRA 1TI3A 2H75A 3BCKA 2HT9A 1QGVA 2GZZA 3D4MA 3HDCA 2VL2C 3ZZXA 3FW2A 3KD0A 3ZMLA 4OFMA 5GAND 4ZB8A 1WJKA 1SK0A 4TKYA 3TGZA 4YQUA 3APQA 2LRCA 1BAYA 3HXSA 4PQIA 3KP9A 1EV9A 4E8HA 1TW9A 3DWVA 4I5QA 4EKZA 2R37A 7GSSA 2PMTA 1ML6A 4KE3A 4K2DA 3GX8A 4GWRA 3M9KA 2B1KA 4PNFA 1AC1A 5AIXA 4ULXA 2LJKA 4LA1A 4ZIJA 1YF0A 1BEDA 4IS0A 2E0QA 3ME8A 1XXUA 2K8VA 3LGCA 4I97A 2HZEB 4EXJA 1M2BA 1EP7A 5A4UA 4ECBA 5DAKB 1E2YA 2WFCA 1QXHA 4PTSA 1PX6A 3IXRA 2B5XA 4XRAA 1SK1A 1T7PB 2DIZA 4NV2A 2VCZA 16GSA 2KUCA 3D0ZA 5ECOB 1GSSA 3HHVA 3TRXA 1T1VA 1YF1A 2PVOC 4JRRA 3L4NA 1TOFA 2JACA 2C1YA 17GSA 4XS1A 4TOPA 2LNTA 5DDLA 2H72A 2RM6A 5J4UA 2VD1A 5H5QA 4KW6A 1T00A 4N30A 6GSYA 1SJ6A 3D5JA 5D96A 3HA9A 2GSSA 3QR6A 3KGKA 2YP6A 2H1BA 3LYPA 2H8LA 13GSA 3M1GA 3HZ8A 2H0GA 3N9JA 2FWGA 4DSSB 3R3EA 1X5DA 4GCIA 1I5GA 4MCUA 1O8WA 4BA7A 1THOA 1SYRA 2BJXA 5DVBA 2H70A 3ZITA 1OC9B 4G2EA 3ZFLA 2KHPA 3QCPA 5COHA 2DJ3A 1MTCA 4MMMA 4X0XA 1TRVA 2FD3A 1GH2A 1JZOA 2NDOA 3GTUB 1A0RP 1B9YC 2HRNA 1WRYA 1T4ZA 2VCQA 2A2SA 1U88A 4K0NA 3H79A 4FQUA 3F6FA 2VIMA 3CXGA 3L9UA 4ZILA 3UL3A 1PL1A 1B4PA 3TJBA 1X0RA 5G5FA 2DJ0A 3GUSA 2HNLA 4ISDA 2GZYA 2JZTA 1FVJA 3APSA 4KSOA 3KZQA 4N11A 4TVEA 3WYWA 3ZVJD 1M9BA 3AY8A 4MF6A 4EF0A 4PXOA 4Q5NA 1Z6NA 2MZCA 1O73A 4TR4A 3F6DA 1OVNA 2V41A 1HQOA 2H30A 1K0AA 4XCSA 3C73A 2G0FA 5J9CA 3FZ9A 4V1Ap 4PUFC 5DAKA 3QAWA 5D73A 5B8BA 1X9SB 4PGTA 2LKUA 4G9HA 2ON5A 3J7Yk 3FEUA 4TRXA 2FUG2 3DIEA 3BD2A 4IP6A 5A5KA 3TDGA 2O7KA 5J9BA 2LNSA 3U5RE 4HQSA 1HNAA 4NHZA 3TRQA 1I9DA 2I4AA 1UA5A 5HR2A 3VURA 11GSA 4TN8A 3O3TA 3ZMKA 1PQNA 3IDVA 1JHBA 2CV4A 2X64A 4EE0A 5IQYA 3S9FA 2VAFA 5CRGA 4O7HA 4JU5A 3ZLPA 2FA4A 4HEA2 4RUVA 2P31A 3W8JA 3CTFA 4LL4B 3IPZA 4RI7A 2GZPA 4YQMA 4IGJA 4DSSA 2O8VB 1C72A 4I8BA 5HR3A 5HQPA 3TJJA 2FY6A 1OC9A 4JEDA 4MZWA 5ECLB 1GULA 4USSA 4IW9A 1Y6EA 3DMLA 3KCMA 3ISOA 4OMVA 3F8UA 5KEJA 5IPGA 1F9MA 2C80A 1K0DA 3I6AA 5IM9A 4O92A 3SWLA 3GKNA 3EMXA 5HR0A 2JZRA 4O5RA 4OFTA 3GTUA 2FWFA 1PKZA 1ZYQB 3M8NA 1DE1A 3ZFBA 3VWWA 4MF5A 2IL3A 2JSYA 3ZTLA 3IOSA 3FRCA 1G0TA 1S3DA 2JZSA 2LV3A 5IIZA 1OC3A 5ID2B 2IJYA 5ECRB 3M0FA 2LTKA 4O32A 3LFLA 2YWMA 4ZB9A 2DMLA 6GSXA 2GLRA 4NAXA 4ML1A 5CREA 3GSTA 1QK8A 4EDZA 2PVQA 1WWJA 5HFIA 2OBIA 3C7MA 2DLXA 4I6XA 1M7TA 2B3SA 1SD9A 4Q5QA 3LXZA 2CX4A 3IAM2 1R5AA 2M46A 3UIWA 3IC4A 3V1WA 5ECHB 2E2MA 2YPMA 1UC7A 4KH7A 1JZDA 3D22A 3FZ5A 4WXTA 4AJ8A 1USBA 4TXOB 4N10A 3ZRDA 4ZBBA 3E0UA 1XWCA 1TTZA 3ERWA 1PKWA 18GSA 2C0DA 3VFIA 1A2LA 1SJIA 2BMXA 1F2EA 2H6YA 4X1UA 1ZCPA 1PA3A 4DVCA 2CVBA 1Z7PA 1YZXA 4HJMA 1OYJA 1AQVA 5F07A 5B6NA 4HI7A 1SK2A 4WR5A 1NW2A 5ECSA 5KN1A 4KDXA 5LNKe 5CRDA 2V6OA 4G10A 1GNWA 3QDNA 1GTBA 2AB6A 3ZREA 1DE2A 1ABAA 3Q6OA 5CYYA 2RUFA 5LCZA 3NZNA 1BX9A 2R5GA 2FGXA 1ACVA 4H86A 2WGRA 4K7NA 3EVIA 3ZVJA 4G0LA 3CSJA 4BWQA 2DMMA 3L0HA 3GYKA 3HYPA 3UOMA 4KF9A 1AAZA 2GSRA 2P5QA 3TOUA 4YAVA 5F0GA 1TRWA 3ZYWA 1M9AA 2R3XA 2PPTA 4XS6A 2VCWA 2OADA 3HZ4A 3TKSC 4K0GA 2X99A 1AQWA 1R26A 4MH3A 1XOAA 1XPVA 2DIYA 3TKRA 4LLRA 3G7IA 3KH9A 1XW6A 2OACA 5ELAA 2WZ9A 4OD7A 1VGLA 2HSMB 2VLTA 3W6GA 2GGTA 3UMAA 1FAAA 3VPQA 4FIWA 5JWOB 4OCFA 2R2JA 1TKDB 5IMCA 2HI7A 1Z3EA 5ID2A 2LRNA 2GTUA 1MD3A 3G7YA 1W89A 2C0EA 2L6DA 5CNWA 1AUCA 4AJ7A 4JR6A 2LQOA 3UEMA 1QQ2A 5B7CA 5HFGA 3GURA 1T3BA 1EP8A 5KN2A 3F4SA 4F9ZA 1SU9A 4NHWA 1ZZYA 1H4OA 4QL9A 3TCOA 2LS5A 4F82A 1U3IA 3GKKA 2XBIA 3F0IA 1Z9HA 3FKFA 1V98A 4L5LA 3PGTA 2YJ7A 5ECIB 3P2AA 1J0FA 3UVHA 2H19A 5CRWA 2VL9A 1XVQA 2FWHA 4TXOA 1HD2A 3EURA 3EU3A 3LXTA 4IQAA 4XTSA 2ALBA 3EU4A 2DJ1A 3KTLA 3PINA 5F06A 1O8XA 1GSUA 4WETA 4Z7XA 1F6MC 5CO3A 4TR3A 2GSTA 5IPHA 5FT3A 1T8EB 3KMOA 2AHEA 5B6MA 1A23A 1VF2A 2NTOA 3EINA 4YH2A 1EOHA 3JCML 3KH7A 4HZ2A 4ID0A 3D21A 14GSA 3ZIJA 2GVPA 2QSIA 4RI6A 3HKRA 1OC8A 2L4QA 2QC7A 1XWKA 1G7EA 10GSA 3MAKA 1EOGA 5EVOA 4F2IA 2PGTA 3GA4A 5DQYA 1SL2B 2LUSA 4L0WA 4JZQA 2AV4A 3GL5A 1U87A 1FHEA 2DSAA 4GTUA 1XCCA 5IMDA 4WBRD 2IMFA 3Q19A 2V1MA 3LYKA 1TRUA 4WEYA 3F63A 1EZKA 4ACSA 2WDUA 4IP1A 1AIUA 2YCDA 3DKSA 1EWXA 1KEBA 3ERFA 2N5AA 5ECNB 4V1Ag 2PN8A 4ML6A 3C1SA 3C8EA 4K9ZA 3N5OA 1S3CA 3TUEA 3GKXA 1ZGNA 4ZL9A 1B48A 5DALB 4J2FA 2E7PA 2HSMA 3A2WA 2K18A 2CZ3A 3O6TA 2YWOA 3BBYA 2YANA 3LEFA 3CMIA 2OE1A 2IMIA 1JFUA 3F4TA 4KGIA 2C4JA 5JCWA 1J9BA 3FHKA 4N0VA 4GSSA 4CHSA 5GZZB 1FW1A 1ERWA 1K0OA 4HU9A 3GIXA 4MLYA 4TW5A 4EUYA 3IRAA 4POMA 4HJ2A 5GAPD 22GSA 2YV9A 1TK0B 5DCHA 4EDYA 1SYXA 2H0HA 12GSA 2J9HA 1M2DA 4RQRA 2MBTA 1GSFA 3GH6A 2IMDA 3J7Yb 2TIRA 2HRFA 2YN1A 4IBPA 1RW1A 3WGXA 2A4VA 2JADA 2WCIA 2FCHA 1GWCA 3QAVA 4KAEA 5HFKA 1XWGA 2CZ2A 4DSRA 2OJLA 4MJBA 3P7XA 2VCVA 2YZUA 2AUVA 4Q5FA 1Y25A 2KP2A 4FYCA 1R7HA 4MF7A 4MZCA 1K3OA 2TRCP 2GSQA 4ECIA 3MWHA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GLPA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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