1GSD | Genus

Total Genus 81

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	208
structure length	208
Chain Sequence	AEKPKLHYFNARGRMESTRWLLAAAGVEFEEKFIKSAEDLDKLRNDGYLMFQQVPMVEIDGMKLVQTRAILNYIASKYNLYGKDIKERALIDMYIEGIADLGEMILLLPVCPPEEKDAKLALIKEKIKNRYFPAFEKVLKSHGQDYLVGNKLSRADIHLVELLYYVEELDSSLISSFPLLKALKTRISNLPTVKKFLQPGSPRKPPMD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__805170354777398__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__805170354777398__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GSD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__805170354777398__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"805170354777398","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GSD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__805170354777398__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb3f8eb3924d457152fe89/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb3f8eb3924d457152fe89/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb3f8eb3924d457152fe89/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb3f8eb3924d457152fe89/pdb.gz): 986 ms

reading 208 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

208 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:207});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase (glutathione)
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural analysis of human alpha-class glutathione transferase A1-1 in the apo-form and in complexes with ethacrynic acid and its glutathione conjugate. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLUTATHIONE TRANSFERASE A1-1
total genus	81
structure length	208
sequence length	208
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	1995-06-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1gsdA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1gsdA01

3A2VA 3IOSA 1G7OA 3ME7A 1X5DA 3LXTA 4K7OA 4IP1A 1XBSA 3CSIA 4KUNA 4ZL7A 2LSTA 4LMVA 3IV4A 2O89A 2H6XA 4TR1B 1FB6A 2HZEA 3CBUA 1F9MA 3MNGA 4X43A 1T3BA 3ZIJA 19GSA 5DALB 5AN1A 5G30A 1TK8B 3DIEA 3HKRA 2HLSA 3QD9A 2FD3A 1YJ6A 1CQGA 2M46A 2M80A 2OA7A 2JU5A 2KP2A 1TDIA 3FZ5A 1JZOA 2XPEA 2EIQA 2HRNA 3J7Yb 1K3YA 2MMNA 4L5LA 4NHWA 4MH3A 3C7MA 3GTUA 2GZPA 3FY7A 2VCWA 4OO5A 2HSNB 2DJ0A 4EUYA 1WWJA 5EPFA 1GTBA 4TVEA 2X99A 4TXOB 2VL3A 3PH9A 1URMA 3L9SA 4IKHA 4EVMA 2IFQB 3TKQA 3RAZA 1LU4A 4L8EA 1EV4A 3EINA 2B3SA 4OWYA 1GSQA 3KP9A 3A3TA 3FEUA 4PTSA 3UVHA 3TKSE 1YZXA 2C4JA 1XWAA 1GNEA 4ZL9A 2VO4A 3KIJA 2C3QA 3E9JB 4ID0A 3HJPA 4Q5QA 5DVBA 1OKTA 1QFNA 1QK8A 4G0IA 3TKRA 3KP8A 2IN3A 3F6FA 4P3YB 2F8AA 4YAVA 4ECCA 4TR4A 1HD2A 3G7IA 3GNJA 2YV9A 4JRRA 1LJRA 3LYPA 3KZQA 3HZ4A 1EGOA 1MDKA 3C71A 4TRXA 4WBJA 5IMVA 1M9BA 1PMTA 4OFMA 1PL2A 5CAXA 2R6KA 2LNTA 1A2JA 5IIZA 2CA8A 4ML1A 4MDCA 2GSSA 1OC8A 1ML6A 2GT6A 1U3AA 2FLSA 4TR0A 3KCMA 3IAM2 1SKWB 3FKFA 1GH2A 1SKSB 2A2RA 2WCIA 3APOA 5CRDA 1A8YA 4X1UA 3IHQA 5IMZA 4MJEA 1PKWA 4IS0A 3QFBC 5IPGA 2DJKA 5ELAA 5ECHB 3EC3A 1QGVA 4YQMA 3UARA 5ID2A 2HSMB 3MSZA 2IMKA 4ZBDA 5G5EA 2XBIA 4IQAA 2HZEB 1R26A 3F0IA 2L6DA 5KN1A 4BVXA 3WT2A 2HRKB 3HVXA 5CNWA 5IO0A 1SK0A 1SK2A 1JZDA 1A8LA 1U87A 3GURA 1V57A 2H1AA 3VLNA 4IJIA 1J9BA 2H1DA 1MD4A 2ZCTA 2H6ZA 4ZBAA 5B6NA 1K3LA 5J4UA 1G7EA 5B7CA 2GVPA 5J9BA 1TU8A 1SK1A 1Z3EA 5HFKA 1M0UA 1PN9A 2R4VA 4EKZA 5KEJA 5EVOA 4PNFA 1A24A 3UEMA 3BBYA 1ERUA 3N9JA 2RUFA 3DMLA 4PQ1A 1N8JA 1HNBA 5IPHA 5EL8A 4XTSA 1THXA 4KCEA 2MYGA 1GWCA 2FHEA 4EXJA 4QL9A 5ECRB 4BA7A 2DJ3A 1WPIA 4RI7A 1O6JA 3WD6A 3HVSA 5GAND 3GIXA 2FGXA 3LWAA 5DQSA 2E2MA 1S3DA 3KD0A 1TKDB 3MDKA 1FO5A 5JCUA 1A0FA 3FR3A 2GGTA 3LJRA 4GQCA 4QL7A 4IELA 3VWUA 5GAPD 3GL3A 5J9CA 2LKUA 4N0VA 4KAEA 4ECIA 3HDCA 5ECOB 1XVQA 2YZHA 2PMTA 5JWOB 1TK5B 3C1SA 2OBIA 1XW6A 4GXZA 2PERA 2QSIA 4FYBA 2D2ZA 1SKRB 3ZZXA 4N30A 3M9KA 1V58A 5KN2A 1TRUA 3ZVJD 4MMMA 3TDGA 4G10A 3DWVA 4HJMA 3PGTA 4KNDA 3DKSA 1TRVA 4L5OA 1FVJA 4PXOA 13GSA 3CSHA 3ZREA 3GKMA 1BEDA 1SD9A 1G6YA 5AISA 4ILFA 1AQVA 3OR5A 2R3XA 3KM6A 1OVNA 2LTKA 2YZUA 1EP8A 3A5WA 2HYXA 1J08A 3LEFA 5A4UA 1NW2A 1RQMA 1S3CA 3ZIVA 1EOGA 2FNOA 3LGCA 3A2XA 4FH8A 1X9WB 1AXDA 1ZZYA 4L0UA 5L71A 1R4WA 2MMAA 1SYXA 3RDWA 2CVBA 1O73A 3QOUA 2WS2A 1BX9A 4PURA 1K0OA 1GTIA 4MF5A 2ZUPA 3H93A 1UC7A 5E4WA 2J9HA 4HU7A 2PVQA 5HFIA 4XCSA 2HZFA 4O32A 4QQ7A 3IPZA 3TUEA 6GSXA 3IK9A 5F8BA 4IN0A 3VI7A 2NBSA 1T7PB 2BTOT 4NAXA 1JFUA 2RUEA 2LRTA 3O76A 2H30A 4V2MA 4E8HA 3Q18A 3EE2A 4MA9A 4ZB9A 4ZILA 2H75A 2B7JA 5IMDA 3D0ZA 1WP0A 3RPPA 5DAKB 1EV9A 3SWLA 1AC1A 3UMAA 2LRCA 2MMZA 3P7XA 2GT5A 1EWXA 2L4QA 2PVOC 4IHUA 2CX3A 4GF0A 1XZOA 2IIYA 4XS6A 3KXOA 5DCGA 4GWRA 4FYUA 2GSQA 2FCHA 3CMIA 1MDIA 5ECLB 3ZMKA 1EZKA 5A4WA 1AUCA 1OKDA 3GL5A 1QQ2A 1OC3A 2V6OA 4NMUA 4NPBA 5COHA 3EWLA 2CVKA 3C8EA 6GSUA 2FWEA 2LNSA 3R3EA 5F0GA 1T4ZA 3LORA 1B48A 3UIWA 2YV7A 1QMVA 5G1KA 1IYHA 1IYIA 1JHBA 3P90A 3NIVA 12GSA 3HD5A 3F3RA 2PWJA 1CQHA 1B4PA 2VD0A 5ECQB 2PUKC 3UBKA 1HYUA 1O81A 4WEYA 3HCZA 2QGVA 4KDYA 2YWOA 3EU4A 1ZL9A 2WGRA 4G0LA 3APQA 3RPNA 3H79A 5CYYA 1EOHA 4POLA 3DEXA 5J3RA 1UN2A 3EU3A 4I5QA 1A23A 3IBHA 4KW6A 1DBYA 3WGDA 1V2AA 1Z6NA 1Y6EA 3HZ8A 4Z7XA 3M3MA 5AIVA 4ZL8A 2HSYA 1MDJA 3CRUA 1V98A 1FW1A 3GH9A 1GUKA 1JZWA 2P0GA 5A4VA 5D9XA 3KGKA 3TKPA 4F82A 5HFGA 3F6DA 3VWXA 5IMCA 4KDUA 3P2AA 5D73A 2GDRA 4FQUA 4OD7A 4O92A 4O5RA 2K8SA 3M1GA 3CXGA 3DRNA 2IWTA 2CX4A 2I81A 2F3MA 3UOMA 2DJ2A 4FIWA 5CRHA 3RHCA 4DVCA 1HNCA 3O6TA 1AQWA 4NHZA 2GZZA 3MAKA 1TTZA 17GSA 2HRAA 1SYRA 3W8JA 2YJHA 1ZGNA 3D6IA 4OO4A 4TW5A 3ZMLA 5D8IA 5HR2A 7GSSA 2AJQB 2YJ7A 1A2LA 1B4QA 5FT3A 1GSEA 3PR8A 1YEPA 1FOVA 3GFKA 3ZYWA 4LL1B 2C0DA 2PPTA 4KX4A 4ZB8A 4TXVA 4HUAA 2K18A 1F2EA 3CRTA 4KF9A 2H19A 1PD21 5A5KA 3KEBA 2LV3A 3UJ1A 4Q5FA 4GSTA 4LL4B 2RM6A 1JZRA 2HT9A 1M99A 2ON7A 3SBCA 2C3TA 1DUGA 2JZRA 2WJUA 4ULXA 22GSA 3TKSC 2KUCA 4XIHA 4HZ2A 4ISDA 2JSYA 1R7HA 4L0WA 3U6VA 2PN8A 2V6KA 3TB2A 5ECIB 2L5OA 4IP6A 4KDXA 2LJAA 4JR4A 2HQTA 5ECKB 4DSRA 3TGZA 1SJIA 4BVYB 1SL1B 1O8XA 5DJLA 1SL2B 3GYKA 3I43A 3CTGA 4MZCA 4HDEA 4XS4A 5ELGA 4LMWA 3GSSA 4GTUA 1ILOA 2YWNA 1S3AA 1TOFA 3WT1A 3UBLA 3M9JA 1PL1A 4J56E 2O85A 2KLXA 1XVWA 5ECNB 2IMEA 4TOPA 1Z7PA 3QAGA 1TP9A 2C1YA 4GLTA 3CYNA 2IJYA 5DBQA 1OC9B 2V32A 3QMXA 1O8WA 3Q19A 1B9XC 3F8UA 2JADA 3IRAA 1NHOA 1X9MB 3HYPA 4O7HA 4MZBA 6GSTA 1M2AA 4ZB6A 2HSHA 2GSTA 1NM3A 1VRSD 1K0BA 2YANA 1OE8A 3EVIA 1Z5YE 2FWGA 2H1GA 4F0BA 1X9SB 4NV5A 2AAWA 3P8WA 1HNAA 4IVFA 4KE3A 1JLWA 2RM5A 3IC8A 3TOTA 2H74A 2C3NA 1PX6A 1R5AA 1AW9A 3QR6A 1R5PA 5D9WA 2C8UA 4ZBBA 1MTCA 2DIZA 3L9UA 2VCQA 10GSA 2JSZA 2GS3A 1N2AA 3E0UA 5ECSA 1LBKA 4AJ7A 1WRYA 1F3AA 2CAIA 2F8FA 5AGYA 4JEDA 1M2DA 3G7YA 2TIRA 2JL4A 4MCUA 5DQYA 1ZCPA 4G19A 1G0TA 5GSSA 2VL2C 4BPYA 1GTAA 3QAVA 2H71A 5CRWA 4OFTA 2HXKA 3GTUB 3KH9A 5D96A 2H66A 4RQRA 2WB9A 2HRFA 3FHKA 4YQVA 2AV4A 5F07A 2O7KA 3D22A 3RBTA 3IXRA 4WKWA 2ALBA 9GSSA 3F4SA 2A2SA 4MF7A 2WRTA 2X8CA 3ZFLA 3EURA 3GSTA 1TI1A 4IBPA 3VK9A 1TXXA 4LA1A 2H6YA 3FZAA 2K6VA 1O85A 2NTOA 4G9HA 1BQ7A 1MEKA 2VM1A 4HEA2 1K0AA 5FHIA 1ABAA 1NSWA 2DMLA 2OADA 3MWHA 2YPMA 2VCXA 2DC5A 2TRXA 2L59A 2XBQA 1VF2A 4BL7A 2H1BA 5HR0A 14GSA 4TKYA 3IA1A 3J7Yk 2A4VA 3QDNA 3D4MA 3KJYA 1ERTA 5G1LA 5HQPA 3WYWA 4BWSA 3FK8A 4NV2A 1YKCA 3BOAA 3GHAA 5KN3A 4XRDA 1V9WA 4E8EA 1TW9A 3GV1A 4HS1A 2K8VA 1WE0A 2B7KA 1MD3A 4NXIA 1FB0A 4I2TA 3FRCA 3VPQA 3F4TA 4DSSA 2EIOA 5AIXA 4GCIA 1GSDA 5KN0A 2WULA 1TJDA 3W8SA 3LQ7A 4MLYA 4D73A 2LJRA 3FZ9A 1YY7A 1OYJA 1SJ6A 4K8MA 2X64A 3DGQA 2LUSA 3TJKA 1M9AA 1RK4A 5J41A 3HXSA 2C0FA 4IJ3A 3W6GA 4G0KA 1VGLA 3G7JA 4PQIA 3ZITA 2JZSA 3ERWA 4BWQA 4I8BA 2CT6A 3AY8A 5ID2B 2HFDA 2FY6A 1EEJA 2VUPA 1OE7A 2LEGA 3DVWA 3L0HA 2PU9C 4HQZA 2E2GA 2CZ2A 3EYTA 5DALA 1ACVA 1XXUA 3BCKA 4BVXB 1PKZA 3ERGA 2GQMA 2VLUA 3GRXA 3ED3A 3GKXA 2X8GA 5FWGA 1F37A 5ECMB 3ZRDA 4WF4A 3KMOA 1TU7A 2ON5A 5IM9A 1Z7RA 2OE3A 4N0ZA 6GSYA 2O8VB 3V1WA 5BMUA 1WIKA 1Q98A 3DVXA 3EMXA 5J5NA 2DJJA 2FWFA 3ZTLA 1FVKA 5IMFA 2OBKA 5G5FA 2GQLA 2IFQA 1J0FA 4JE1A 5DCHA 4I2UA 1YF0A 5IQYA 1KEBA 2KP1A 4MJBA 3A2WA 2VM2A 4EC0A 4MF6A 4YAPA 1K0MA 2IPAA 1SL0B 2H76A 5D9VA 1EEMA 2C0GA 1TI3A 2R5GA 3ME8A 3TOUA 3FYGA 2P5RA 4OCFA 2R2JA 2L4CA 4K0GA 3WGXA 2E0QA 5INYA 4KB3A 2B5YA 1X5EA 1YF1A 1XCCA 4NWYA 1EGRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1GSDA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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