1M99 | Genus

Total Genus 71

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	71
sequence length	216
structure length	216
Chain Sequence	MSPILGYWKIKGLVQPTRLLLEYLEEKYEEHLYERDEGDKWRNKKFELGLEFPNLPYYIDGDVKLTQSMAIIRYIADKHNMLGGCPKERAEISMLEGAVLDIRYGVSRIAYSKDFETLKVDFLSKLPEMLKMFEDRLCHKTYLNGDHVTHPDFMLYDALDVVLYMDPMCLDAFPKLVCFKKRIEAIPQIDKYLKSSKYIAWPLQGWQATFGGGDHP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__262034317347513__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__262034317347513__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1M99/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__262034317347513__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"262034317347513","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1M99/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__262034317347513__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Schistosoma japonicum
publication title	Characterization of the electrophile binding site and substrate binding mode of the 26-kDa glutathione S-transferase from Schistosoma japonicum pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione S-Transferase 26kDa
total genus	71
structure length	216
sequence length	216
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2002-07-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1m99A02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1m99A01

4WF5A 3APOA 3HHVA 5HR1A 3ZYWA 3WT1A 3DMLA 3MNGA 2GQKA 2HRKA 1ERTA 3UVTA 1ML6A 3D4MA 4ZL9A 1A2LA 3F4SA 2C8UA 4KCAA 2L59A 1XWGA 2C0GA 2HRKB 1W89A 3H4KA 3U5RE 2CZ2A 1ZL9A 1YY7A 2HNLA 4KNDA 1TK8B 3GKKA 4ML1A 2DSAA 1W4VA 1XBSA 3LXZA 5CRWA 3P8WA 4Q5FA 1F37A 2VM2A 1JZDA 2M80A 1H75A 1N8JA 2L6DA 4N11A 19GSA 2V32A 4OCEA 4F9ZA 3EMPA 5AGYA 3HVSA 2YV9A 3UL3A 3KP9A 2FA4A 2HFDA 2P5RA 3ZFLA 2DJKA 4TN8A 3C73A 2JZSA 2GLRA 2DJ1A 2WDUA 3GKMA 4PXOA 3DRNA 3WGXA 1YKCA 3KH9A 1J9BA 2P0GA 2IN3A 3IAM2 1GUKA 1YKAA 2WS2A 1YF1A 3CRUA 5DALA 1QXHA 4XS1A 4MP4A 2OJLA 3VWWA 3UBLA 2CV4A 2HI7A 2C3TA 1FVKA 2GT5A 11GSA 5AIVA 1GTUA 5DALB 3IE3A 2XPDA 3EWLA 4ID0A 3D0ZA 4AJ8A 4V2NA 3VPTA 1LJRA 2DIYA 3EU3A 5KN2A 3ZIJA 1MD3A 1ERUA 2A2RA 3ISOA 1AUCA 2B1LA 5EPFA 2H1GA 5F05A 3RAZA 5J9BA 1A0RP 2LUSA 2RM5A 1TK0B 4H86A 2RLIA 2YZUA 2KP2A 5G1LA 2DJ3A 3LXTA 1ZZYA 4GSSA 2HRFA 2IJYA 2L4QA 2VL2A 2IMDA 4NHWA 5CAXA 4K7OA 1HNBA 4XIHA 3TJJA 1TKDB 5G5EA 4WF4A 2LEGA 2C80A 2XHFA 3DD3A 3A2XA 3DIEA 1WOUA 3FEUA 4EKZA 1A8LA 2K18A 4G10A 2MBSA 4YAPA 3QDNA 3VK9A 2B5EA 3GURA 2VLTA 1YF0A 1XZOA 5IM9A 2YWNA 4K1FA 2GQLA 1O85A 1FB0A 1DSBA 2KHPA 3DVWA 5EY6A 1T4YA 3VI7A 3UJ1A 4D73A 4I97A 2JADA 2GZZA 4LMVA 4ZBAA 5IMFA 3GYKA 5IIZA 4F03A 3UBKA 3IK7A 3Q18A 2OE3A 1NHYA 1YQ1A 1MDJA 2PU9C 5IOXA 4D73B 4V1Ag 2N5AA 2YZHA 3OR5A 2H71A 4V2LA 3GNJA 2NVLA 1NSWA 5G5FA 4JR6A 4CHSA 5B6NA 3QCPA 1K3LA 2WCIA 4WBJA 5F0GA 1GTIA 2H66A 1QQ2A 4KX4A 1B4PA 3F6DA 5JCWA 1FOVA 2DIZA 4XRAA 2YV7A 4KDYA 1WPIA 1M2DA 4EDZA 3TRXA 5IMAA 3ZMLA 4BL7A 3CBUA 1SKRB 3D22A 2CVDA 2H0GA 5ELAA 2F8AA 1TTZA 4TR4A 1J0FA 4MF6A 3P90A 1JLVA 3TOTA 3BCKA 3F3QA 3J7Yb 4BL7B 3LYPA 5CRDA 3G7YA 2HSNB 2M72A 4MCUA 1TRWA 2LRNA 1QFNA 2OADA 1VF4A 2IMIA 2DJ2A 3LEFA 3IXRA 2DLXA 2H30A 3D21A 2VL2C 2JL4A 4OFNA 3PH9A 5LCZA 2MMNA 4HQZA 3ME8A 5KN3A 2WB9A 9GSSA 1Q98A 2AAWA 2FNOA 1A23A 4ECCA 5LD0A 4GLTA 3F4RA 2IIYA 3KM6A 5IPHA 4ILFA 3E9JB 4N0ZA 2HSHA 2YNXA 1PSQA 4MJEA 2CAIA 4ZB9A 4MMMA 1WE0A 3GSTA 3LYKA 3GL3A 3FZ4A 2PMTA 4TW5A 3C7MA 3LGCA 3HD5A 1U87A 2EIQA 2RM6A 1PD21 4IQAA 3F8UA 3G9BA 3F3RA 1XOBA 1TJDA 1U6TA 4HI7A 2B3SA 16GSA 3L0HA 1ZMAA 5G30A 3CTGA 1FAAA 1CQHA 2BJXA 1GSEA 4NPBA 2OE1A 1GLQA 2VO4A 1XXUA 5J5NA 4V1Ap 3TKRA 2HRAA 1YDKA 4ISDA 4YH2A 1I9DA 2D2ZA 2MMOA 5ECHB 1XPVA 4JZQA 3G7IA 20GSA 1MD4A 4OO5A 3KGKA 2PVOC 2FWHA 1PKZA 3FZAA 1H4OA 2LQQA 3TKSA 4BVYB 2MYGA 5IPGA 2YCDA 2LRCA 2F51A 2WJUA 3I6AA 5F06A 3HKRA 2HSMA 4XHMA 4EVMA 6GSXA 3L9VA 1GUMA 2WZ9A 3FYGA 2XBQA 4MABA 2IMKA 5DAKA 2HSMB 3ZIVA 2LJRA 3GKNA 1AQVA 4RUVA 1A0FA 2CVKA 3NIVA 3GRXA 5DAKB 1U3AA 5ECNB 3TJGA 4XTSA 1M9BA 1TRVA 4O5RA 1E2YA 4JR4A 2H01A 3FZ9A 4JRRA 3EVIA 4LL4B 3IDVA 1V57A 4IQ1A 5IO0A 4KSOA 4KGIA 2LSTA 1WIKA 1ZOFA 3GL5A 2IWTA 3D6IA 3H8QA 1M0UA 1WRYA 2YP6A 17GSA 1C72A 1ERVA 2VCVA 2X8GA 4IKHA 2A2SA 4OMVA 1GP1A 3LWAA 1VF3A 4POMA 3UIWA 3A3TA 5DDLA 5KN1A 2VD0A 4EUYA 1GTAA 1EOHA 3TKQA 4LA1A 1SKWB 3UMAA 2CA8A 4PGTA 3CYNA 5DVBA 4IJ3A 3PR8A 2HSYA 3VWUA 1F9MA 2X99A 4XS4A 3HJPA 4PUAA 3KTBA 1S3DA 2E0QA 13GSA 3TJBA 1OC9A 1GRXA 2OBKA 4DVCA 4XS4B 4ZXGA 1OKTA 2YWIA 1PRXA 3ME7A 1OC9B 1HYUA 1EP8A 5HFIA 1XCCA 1EWXA 3TKSC 1R4WA 5DQSA 2P31A 4AJ7A 1YZXA 8GSSA 2C4JA 2HT9A 1AQWA 5GSSA 4KUNA 3ZTLA 5HR3A 3BJ5A 2IMEA 3KJYA 1MDIA 2AJQB 2K9FA 3GIXA 2N5BA 3IHQA 4WETA 1OVNA 5IO2A 5HFGA 4KSMA 3M0FA 4LL1B 1DE2A 4YQUA 1X0RA 5J4UA 3Q74A 2GZPA 4NV5A 3CSIA 1XW6A 3CXGA 2C0FA 3F4TA 4FQUA 5CREA 2YPMA 1JFUA 1T00A 4ZL7A 4IP6A 5ELGA 1A2MA 2GT6A 2QSIA 1VRSD 4OO4A 4EDYA 3HVXA 4I8BA 3R2QA 1UVZA 3DWVA 2VAFA 1EEMA 4RI6A 4I5QA 3AY8A 5FHIA 2HQTA 4EC0A 4TR3A 1SL0B 1SYRA 2GS3A 2CQ9A 4MK3A 3C71A 2I81A 3F6FA 5DCGA 5H5SA 3CTFA 3QFAC 4JBBA 1Z7PA 1M7TA 5D9VA 10GSA 4MA9A 1F2EA 1TW9A 2MBTA 3TKSE 4F2IA 2FUG2 1QUWA 1OAZA 1OYJA 4OFTA 3M1GA 2GSQA 1KBNA 3I43A 3KH7A 2KOKA 1B9XC 3LG6A 1I5GA 4MH2A 4WR4A 4GQCA 18GSA 3MDKA 2H0HA 3IA1A 1XOAA 4NAXA 3H93A 4MDCA 3GX8A 5INYA 1OKDA 1XVWA 3NOFA 1BEDA 3ERWA 1GLPA 4X1UA 2R5GA 3ZVJD 3DXBA 5H5QA 6GSYA 5L71A 2OBIA 5GSTA 2R37A 1UN2A 1JZRA 1GUHA 1UA5A 5A4WA 3HA9A 2F3MA 3IK9A 5COHA 1DBYA 2ALBA 3RPPA 1GTBA 3APQA 1FB6A 5B8BA 3RHCA 1YEPA 1V98A 2B6MA 2FGXA 4L5LA 3DKSA 2LKUA 2VLVA 3HJOA 2HE3A 1PL2A 1GSYA 2V2GA 3D5JA 2YJ7A 3HXSA 1PA3A 2TRCP 5J3RA 2QGVA 4L8EA 2ZCTA 4E8HA 4G2EA 1TU8A 5ECSA 4HJ2A 5JCGA 3BOAA 1K3YA 5D9XA 1O73A 1XIYA 4WXTA 4TOPA 2GTUA 2ON5A 4RQXA 1LU4A 2MMAA 2YANA 4EO3A 3TJFA 4PQHA 2WULA 2H70A 1XWBA 1EGOA 4F0BA 3O76A 4N0VA 2F9SA 3CSJA 2C3QA 2PERA 3GA4A 3FY7A 3VI5A 1EV9A 1T1VA 1T3BA 1WJKA 2L57A 5H5RA 2PPTA 1URMA 4JU5A 4IJIA 1FG4A 2MMZA 1HNAA 3SWLA 2VCQA 3IAS2 2YOIA 3R3EA 4OCFA 1R5AA 3TJKA 1TI1A 4X0XA 2AV4A 3DYRA 1B8XA 2NPBA 1XW9A 3KIJA 3FK8A 4F82A 3KTLA 2E2MA 4X43A 4PURA 3P7XA 22GSA 4JEDA 4MZCA 2B7JA 3EYTA 3GH6A 2VL9A 4PTSA 5ECRB 4TR0A 2GGTA 3HZ8A 1KEBA 4P3YB 1SK2A 1GL8A 2QC7A 4GXZA 4EF0A 5F8BA 2LRTA 1GWCA 4POKA 1TRUA 2DMLA 2I3YA 3TCOA 2H0IA 2C1YA 2X8HA 2V1MA 2E7PA 4J56E 2FCHA 4KW6A 5A4VA 3VWXA 3KXOA 4G19A 2FD3A 3CRTA 1PN9A 4KH7A 5A4UA 5CP1A 4N10A 1X9MB 2GQMA 4BPYA 2H72A 3L9SA 4FIWA 5CRHA 2LNTA 4RI7A 2FWEA 7GSSA 2V6OA 3QAVA 1UC7A 5J41A 2NDOA 3E3EA 1F3BA 4GF0A 1SYXA 2UZ8A 2ZUPA 4PUFC 3MAKA 1ILOA 2O87A 3F63A 1G7OA 4FO5A 3FR9A 4PQIA 3FW2A 3QAGA 1ABAA 1ACVA 3KP8A 4J57E 3P2AA 4MZBA 2J9HA 4MH3A 3TRQA 4WR5A 2LJKA 4XS6A 3GUSA 1U3IA 1M2BA 1SL2B 1TRSA 5HR0A 3BBYA 4OWYA 3LFLA 3W8JA 3F0IA 2AUVA 4BVYA 4O92A 1OC8A 3E0UA 4TVEA 2HRNA 3EMXA 1ZCPA 4PQ1A 4KA0A 3IR4A 3TB2A 2YWOA 3ZFBA 2JSYA 1GULA 1K0DA 4MF7A 2H1BA 1K0NA 1R5PA 4KAEA 4MF5A 3NZNA 4GWRA 1TK5B 3U6VA 1A8YA 4J2FA 4Q5QA 2BTOT 4RQRA 1XFLA 5F07A 1XWCA 3EC3A 2H73A 4GRFA 4N30A 2XBIA 1PQNA 2HZEA 3TKPA 4AGSA 1PX6A 4KDUA 1X5EA 5CNWA 3QAWA 1FW1A 2DMMA 6GSWA 3UVHA 3ERFA 1PMTA 4ZIJA 1SL1B 5D93A 4PNGA 2HZEB 4NV2A 2CAQA 1J08A 4BVXA 2C0DA 3FZ5A 2K8SA 1BYEA 3ZMKA 1NW2A 4IGJA 5ECPB 2YWMA 4BVXB 2FHEA 4DEJA 1K0OA 2LNSA 5G2ZA 3N5OA 3C8EA 5FT3A 3ZREA 1EOGA 5IMDA 4KDXA 4Z7XA 1R26A 1V40A 1ERWA 3Q19A 4KF9A 4MPGA 2YN1A 1EZKA 2VM1A 2FA8A 2I1UA 4IVFA 1O8XA 4E8EA 1Y25A 1BQ7A 3RBTA 3C1SA 4OD7A 5E4WA 4NXIA 3I69A 2HZFA 2PBJA 6GSTA 2LS5A 4K2DA 3TGZA 3GKXA 2R4VA 2V6KA 3HZ4A 4JE1A 1Z5YE 12GSA 1U88A 5ECMB 2XC2A 3WGEA 3O6TA 2E2GA 4HEA2 4WBRD 3IRAA 5DBQA 3IC8A 4O32A 5CYYA 1JHBA 4EXJA 2PWJA 5DQYA 2L5OA 5AIXA 3BD2A 5AISA 1A24A 1ZYEA 1PKWA 1GNWA 2LJAA 4L0WA 5ECLB 1O81A 4ECBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1M99A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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