1MTC | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	PMILGYWNVRGLTHPIRLLLEYTDSSYEEKRYAMGDAPDYDRSQWLNEKFKLGLDFPNLPYLIDGSRKITQSNAIMRYLARKHHLCGETEEERIRADIVENQVMDNRMQLIMLCFNPDFEKQKPEFLKTIPEKMKLYSEFLGKRPWFAGDKVTYVDFLAYDILDQYHIFEPKCLDAFPNLKDFLARFEGLKKISAYMKSSRYLSTPIFSKLAQWSNK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__809359138521304__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__809359138521304__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1MTC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__809359138521304__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"809359138521304","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1MTC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__809359138521304__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb9912ddc5d46cc79f9673/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb9912ddc5d46cc79f9673/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Rattus norvegicus
publication title	Local protein dynamics and catalysis: detection of segmental motion associated with rate-limiting product release by a glutathione transferase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione S-transferase YB1
total genus	75
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2002-09-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1mtcA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1mtcA01

2H75A 2VLUA 4IVFA 1ZYQB 4E8EA 2N5BA 2IMKA 1YKCA 3IR4A 6GSVA 5D9WA 4K6XA 3D6IA 5ECHB 3QAWA 4I97A 2ES7A 1QGVA 2H74A 3GH9A 1PX6A 3UVHA 5A4VA 4DVCA 2A2RA 4EE0A 3TRXA 3IK7A 5L71A 4NAXA 2KP1A 2VIMA 3QR6A 3H79A 1YDKA 4O5RA 5DAKB 4ISDA 3GFKA 5HFIA 1O6JA 3FW2A 1V57A 2K9FA 5KN0A 1LU4A 1RQMA 3L9UA 7GSSA 3RPNA 4HS1A 3KH7A 2YWMA 4GRFA 4WBRD 4IELA 5A4WA 2WCIA 4WEYA 2H1GA 1M9BA 3ZL5A 1DUGA 1QMVA 5D93A 3C7MA 3E0UA 5DALB 4O32A 2JADA 4GF0A 2CZ3A 2I9HA 1K0OA 2MBSA 1A2LA 4HJ2A 1ZOFA 4EDYA 2V6OA 1SU9A 5G1LA 1AAZA 2CAQA 1SYXA 1S3CA 4P3YB 3RHBA 4CW9A 5JCUA 3F3RA 2AYTA 5IMCA 4CDOA 1YEPA 4F2IA 1B4QA 1EGRA 1THXA 4EKZA 4TR1A 1X9SB 2MZCA 5ECPB 3RPPA 4FYUA 2GLRA 3UIWA 3TOUA 5J5NA 4G0LA 1VF4A 5ELGA 4MMMA 4JZQA 3QD9A 4F82A 1XW5A 2QKEA 3GSTA 5ECIB 1EGOA 1SL1B 2YNXA 2HSNB 4N0VA 1BJXA 1ON4A 4DEJA 2IMDA 3TOTA 5ID2B 2VD0A 3GNJA 4ACSA 2B7KA 5ECLB 2A4VA 2VCTA 2YV9A 3VI5A 2EIRA 3D4TA 1LBKA 2DIYA 1EV9A 1AC1A 4FYCA 1R5PA 4MZCA 4KSOA 1XXUA 1G6YA 4TW5A 2HQTA 5ECSA 1MDKA 4IBPA 3CSIA 1O7UA 1RK4A 2O7KA 3V1WA 2GZZA 4XS6A 3M0FA 2JZRA 4ECJA 4WR5A 3F3QA 2JU5A 3APQA 4OFNA 4LL1B 1WMJA 2D2ZA 5JWOB 2IL3A 4PNGA 3ERWA 4TOPA 2FCHA 4TXOA 1W89A 3GKMA 4OFMA 1XOAA 4MPFA 4KF9A 3TRPA 1YJ6A 2DMLA 5ECNB 5A5KA 3DRNA 3VWUA 1C72A 4GSTA 5C00A 4K7IA 2VL2A 1F37A 3CYNA 3AY8A 2VOCA 1J0FA 1G7EA 2J9HA 4IGJA 3W6GA 1YKAA 3F8UA 2GSSA 4EC0A 3FKFA 4AJ6A 4LL4B 1XWBA 3UL3A 2I81A 4IKHA 2C8UA 4GQFA 5IO0A 1OC9A 2VAFA 2L4QA 3TKRA 3ZITA 4HUAA 4OO5A 1U6TA 3J7Yb 2V2GA 3DKSA 2F8FA 1A0FA 3P8WA 4KX4A 1HNAA 5IPGA 3MNGA 1SK1A 1V9WA 2UZ8A 2Z9SA 3NIVA 3KM6A 4K2DA 4K8MA 3GKXA 3GV1A 1WIKA 3UBKA 1I9DA 1OKDA 3Q6OA 5F05A 4NPBA 4KH7A 2P5QA 2TRXA 1TRUA 1JZRA 2VCVA 2L59A 3HXSA 10GSA 4BWSA 1ILOA 1B9XC 5IMVA 1Z7RA 2LS5A 2HSYA 2RLIA 2V41A 2YWOA 5GAPD 2N5FA 1SL2B 2X8GA 4PNFA 2JZTA 1GTBA 5DQYA 2CX4A 1O8XA 1X5CA 1ZMAA 5KEJA 2N5AA 4KGIA 3HCZA 20GSA 2K8VA 1OE8A 1HQOA 1PKWA 3ZVJA 2B7JA 3P7XA 3KXOA 5GZZB 1BX9A 3LFLA 4OCEA 5CRHA 4TR1B 4MJBA 2BTOT 1A0RP 3MWHA 4GTUA 1XFLA 2R37A 3M9KA 5HFGA 3HZ8A 3LGCA 4L8EA 5D96A 5D73A 1PKZA 4HU9A 1XWKA 2MMOA 4AGSA 4MZWA 2V1MA 3DEXA 2GSQA 2L5OA 3H8QA 1O85A 3QAGA 2B5EA 1M9AA 3ZMLA 4YQMA 1Z5YE 2R2JA 3HJPA 3W8JA 2TIRA 3BD2A 1F2EA 2JSYA 3HY2A 3CBUA 3TB2A 5D8IA 1SD9A 1FG4A 1B4PA 1GUHA 1F9MA 3CTFA 1GUKA 1VF3A 3FR3A 1WOUA 1B48A 1K0CA 5KN2A 2OE1A 4KDYA 3TJFA 1XPVA 4G10A 2YPMA 5LNKe 3O3TA 2JZSA 2HNLA 2B3SA 4TVEA 3WGXA 2ON7A 2M46A 3F4TA 1TK0B 2HRKA 2JSZA 3HYPA 3JCML 4JRRA 2H0IA 5EPFA 5H5QA 2WDUA 4IQAA 3Q18A 1M2DA 4KCEA 1TI1A 2H1BA 5EL8A 4IW9A 3QFAC 1FB0A 2PERA 4TXOB 1SJZA 1OVNA 1QFNA 5G30A 3EWLA 5JWQB 3EU3A 4K0GA 5IIZA 1X9WB 5CRDA 1WRYA 1MTCA 1B8XA 3F6DA 5FWGA 6GSYA 4TKYA 3OR5A 1O8WA 4MA9A 2X99A 1GSYA 1R4WA 5B6NA 1URMA 1JHBA 5ENUA 1F6MC 3PINA 2YJ7A 2VL2C 4F03A 2CT6A 1OC9B 4PQIA 2DJ1A 2E2GA 3M3MA 1T4ZA 1KTEA 2FNOA 2KUCA 3APSA 3I43A 6GSWA 1VF1A 2IFQA 5JCWA 3VK9A 4POLA 3DVWA 6GSUA 3LYPA 3KP8A 1QK8A 3GN3A 3U5RE 3LJRA 3GURA 3GSSA 1M7TA 4DSSA 3IRAA 3ZYWA 4RQXA 4FH8A 2RIIA 3L9SA 4GSNA 4KDUA 2LNTA 4TN8A 4PGTA 4ECIA 1CQGA 1F3AA 3WD6A 4ZILA 4EF0A 1OC3A 3L0HA 3O6TA 1XWAA 2M80A 5INYA 1T7PB 1V2AA 2GDRA 3KEBA 3S9FA 3IHQA 1EZKA 3ZIJA 5AIVA 2WRTA 1S3AA 3APOA 2YWNA 3IK9A 2HXKA 2DBCA 2OADA 2IMEA 4XS4A 3GKNA 3MSZA 1ZGNA 4ULXA 1R26A 4ID0A 5IMAA 1Z7PA 1Z3EA 1TXXA 1DE2A 5CO3A 11GSA 5F0GA 3GIXA 1YQ1A 4JE1A 1IYIA 1PSQA 4NXIA 4JR4A 4XRAA 5J41A 13GSA 3BCIA 1SKRB 1SL0B 4BWQA 1N2AA 5J9CA 1GULA 3TJJA 16GSA 4HQZA 1JZDA 2HLSA 2GT6A 4EVMA 1KBNA 3UARA 1EP8A 1A8LA 4TR3A 2B5XA 1SENA 4ZB9A 4WF4A 3FZAA 3M1GA 1V98A 4MH3A 2RM6A 2IMFA 1XW9A 4N0ZA 5B7CA 2H01A 1OKTA 1JLVA 1X5DA 2L4CA 3H4KA 2KOKA 1XWGA 2H0GA 4PQHA 4KNDA 2P5RA 1AUCA 5GSSA 1CQHA 2HZEB 3DMLA 3US3A 1GRXA 2HRKB 2JL4A 4WXTA 3HDCA 4RQRA 2AHEA 1U3IA 4ZB8A 4MH2A 1X9MB 4JBBA 1G7OA 3R3EA 3GX8A 4WKWA 2R6KA 2HRFA 1KEBA 3F4RA 4IQ1A 5B6MA 4J2FA 3D22A 2H8LA 4CHSA 4MK3A 4MJEA 1A24A 4JU5A 2LJKA 1AW9A 1NSWA 2LQQA 2PVOC 4Q5NA 4ZB6A 4OWYA 2BJXA 3IA1A 4GCIA 3G7YA 1XVQA 4ILFA 3QDNA 4L5OA 3IDVA 4WBJA 2O87A 3N9JA 1AQWA 5F06A 2CZ2A 2PU9C 3I6AA 1TJDA 2DJKA 5ECRB 1BYEA 1K3YA 1H75A 1A2JA 3C73A 5FT3A 4IS0A 1ML6A 3R2QA 1X5EA 3HVVA 2H6XA 2HT9A 1J9BA 2H72A 4I6XA 3FEUA 1YF1A 3KMNA 2XPDA 1E6BA 2C4JA 2H1AA 5D9VA 4GWRA 1BEDA 5COHA 2MMAA 4IN0A 2NVLA 2IFQB 3EMPA 1ZCPA 3QMXA 5A4UA 3SBCA 4NMUA 2H71A 5G5FA 2F3MA 2P31A 1PL1A 1K0BA 3KH9A 2DIZA 1WP0A 2K6VA 3F9UA 3PH9A 1A2MA 4DSSB 3BBYA 3TKPA 1MEKA 2GZYA 1JLWA 2PWJA 19GSA 4G0IA 1Y25A 1GSFA 1YEXA 5BMUA 3UMAA 3F6FA 3EINA 1HNCA 4BL7A 2I1UA 1A8YA 2YN1A 1TW9A 2WZ9A 1OAZA 4GLTA 1TRVA 1EEJA 3GA4A 4N30A 2H73A 5J4UA 1TOFA 3KD0A 4BVXA 4ML1A 4ML6A 2WFCA 5IOWA 3EC3A 2H66A 3LQ7A 3LSZA 2JACA 1K0NA 9GSSA 4J56E 4EL1A 4HJMA 3F0IA 1ST9A 1F3BA 3C71A 2DJJA 4XS4B 3QOUA 4MP4A 3O76A 2MBTA 2LEGA 4POKA 1FHEA 1K0DA 1YF0A 2ZNMA 4MZBA 4F9ZA 5JCGA 2GS3A 3TCOA 3U6VA 2LTKA 2HE3A 3Q19A 3KMOA 2F9SA 3VLNA 1JZOA 3UJ1A 2VCZA 3KZQA 3TKSE 2F8AA 5F07A 3VWXA 3FR9A 6GSSA 3EU4A 3VPQA 4HOJA 1SD8A 2HSHA 1Z9HA 1TK5B 3ZFLA 4XCSA 2QGVA 1QUWA 2LV3A 5IM9A 2C3QA 1XVWA 3LG6A 5AGYA 3PR8A 3LEFA 1THOA 2YOIA 4EDZA 1Q4JA 2GZPA 4KB3A 1XW6A 1EWXA 3IC4A 4V1Ag 4Q5FA 1VGLA 2HZFA 1M0UA 2FWFA 3TJKA 4QQ7A 1OC8A 1U87A 3LORA 1BQ7A 2IJYA 5CYYA 5B8AA 3TKSA 2AJQB 2FWEA 4EXJA 2H1DA 2O85A 4BVYA 4PUAA 1T00A 4YQUA 1PL2A 1GSQA 3IV4A 3A5WA 3LYKA 1V40A 4G9HA 1Y6EA 1GSUA 4E8HA 3CXGA 3I9V2 2VM1A 3ZREA 1K3OA 4GSSA 2K8SA 2CVBA 1J08A 4K9ZA 3GHAA 3UEMA 2FLSA 3NZNA 3TUEA 1PA3A 3GH6A 2KHPA 1ERVA 3HZ4A 5IMZA 4XTSA 4OD7A 4WF5A 4OCFA 2OE3A 4ZL8A 5DQSA 3GKKA 1XWCA 4OFTA 2CQ9A 3HD5A 5IMFA 1GSEA 3LXZA 3DYRA 2H76A 3HA9A 1OYJA 4TR4A 1E2YA 3QCPA 2C0GA 3UBLA 5GSTA 2LQOA 5B8BA 5HR2A 1PQNA 1ERWA 4IP6A 2HZEA 1PX7A 1H4OA 4IJIA 2V32A 3ZLPA 3DXBA 3PPUA 3A2XA 2XBQA 2OKAA 3A2VA 2LRTA 4HU7A 2OJLA 1ZYEA 1SK2A 1QXHA 5DCGA 4LLRA 2GQLA 5J3RA 3BJ5A 5ECOB 1MD4A 3WT2A 1OE7A 1GL8A 1IYHA 1T8EB 22GSA 3IPZA 4G0KA 4RI6A 2KP2A 2VL3A 1T3BA 2DC5A 3P90A 2C0DA 2YP6A 1UA5A 4RUVA 1UC7A 3WT1A 6GSTA 6GSXA 3D0ZA 2VLVA 2DJ0A 2FGXA 1TRWA 4DSQA 2C0FA 1NW2A 4F0CA 2CX3A 4TR0A 3ZFBA 5LCZA 4BL7B 3ZTLA 4K7NA 4MF7A 3EVIA 4JEDA 2OBKA 3QPMA 1BAYA 3FY7A 2EIQA 4BVXB 3I69A 1XZOA 1PN9A 1HYUA 3L4NA 1EOHA 1GLPA 1JFUA 4LA1A 4XRDA 4D73A 3HJMA 4MJCA 3C1RA 2HRNA 3CTGA 3ZRDA 4XHMA 1Q98A 2EC4A 5G31A 1ERUA 3CMIA 2FA4A 3KGKA 2YWIA 2XBIA 2LNSA 1DE1A 2HFDA 3TKQA 2R5GA 1SKWB 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1MTCA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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