2PER | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	236
structure length	222
Chain Sequence	DPEIELFVKAGSDGESIGNCPFCQRLFMILWLKGVKFNVTTVDMNPPFLVYNKELKTDFIKIEEFLEQTLAPPRYPHLSPKYKESFDVGCNLFAKFSAYIKNTQKEANKNFEKSLLKEFKRLDDYLNTPLLDEIDPDSAEEPPVSRRLFLDGDQLTLADCSLLPKLNIIKVAAKKYRDFDIPAEFSGVWRYLHNAYAREEFTHTCPEDKEIENTYANVAKQK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__147055040513443__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__147055040513443__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2PER/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__147055040513443__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"147055040513443","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2PER/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__147055040513443__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd6fff989982d829558d03/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd6fff989982d829558d03/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd6fff989982d829558d03/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd6fff989982d829558d03/pdb.gz): 470 ms

reading 222 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

222 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:221});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Electron transport
source organism	Homo sapiens
publication title	The crystal structure of human chloride intracellular channel protein 2: A disulfide bond with functional implications. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chloride intracellular channel protein 2
total genus	77
structure length	222
sequence length	236
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-04-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13409	GST_N_2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF13410	GST_C_2	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	2perA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2perA01

5AISA 1U88A 5L71A 4GF0A 1CQHA 2B6MA 1SK2A 3A2XA 3F3RA 4PNFA 1BEDA 2V41A 2I4AA 2LEGA 2IMDA 4Q5FA 7GSSA 2RM5A 3NZNA 3EE2A 2DC5A 3VPTA 3QOUA 2C1YA 3KEBA 1GSDA 1EZKA 5HFKA 2OJLA 1ZZYA 3C71A 1O81A 3PPUA 2MMOA 1XWAA 3G7YA 4WF4A 3OR5A 1S3DA 5D9XA 5G2ZA 4TN8A 1O73A 3VI7A 3O3TA 2PBJA 1M2AA 4E8HA 1PN9A 1YKAA 3GFKA 5G5FA 2L5OA 4NMUA 4K1FA 2B7KA 4JR6A 1XWKA 1YY7A 3HY2A 1TRVA 5COHA 4G0LA 4KUNA 4K7IA 1RK4A 2EIOA 2PMTA 2H6XA 2QGVA 1FVKA 5H5RA 3RHCA 2EC4A 3ERWA 4KF9A 5KEJA 2GGTA 3ZL5A 1EP8A 3F9UA 4TR4A 4KB3A 4YQMA 3QR6A 5ELAA 3KMOA 4EE0A 3SBCA 4MA9A 4K8MA 2X64A 2YZUA 4POBA 3HXSA 4ZL9A 1SYRA 4KNDA 4WETA 1K0OA 4ZBAA 2GLRA 1FW1A 2DJ3A 1M0UA 1GNEA 1SU9A 1I5GA 1XW5A 5IO0A 1GLQA 3TKQA 4QQ7A 4WBJA 1TDIA 1V98A 2C80A 20GSA 4MF7A 5CYYA 3ZITA 2YCDA 2PERA 5E4WA 3UL3A 3QPMA 2H66A 5JCGA 2EIQA 2V32A 3UJ1A 3UVTA 3IAS2 2GDRA 2VCVA 4IGJA 1TRSA 10GSA 1LJRA 5AN1A 1U3IA 3HVVA 2PN8A 4AJ6A 2DSAA 2EIRA 4RQXA 3HHVA 1NHOA 2DBCA 3P90A 5ECHB 4GCIA 2K8SA 1XOAA 4MF5A 2CVBA 5HR2A 5KN0A 1X9WB 1E6BA 2R5GA 3R3EA 3F6FA 2I3YA 1GRXA 4L0UA 5J9BA 4FO5A 3CSIA 1G0TA 4GQCA 4KCAA 4EKZA 1U6TA 4F03A 1O85A 1GWCA 1TP9A 2AB6A 1F6MC 1Z3EA 1PMTA 1A2JA 4TXOA 1SJIA 4FYCA 1KBNA 3GN3A 4ECBA 1XWCA 2H1GA 2M72A 1O6JA 3MNGA 5J9CA 3HJOA 5AGYA 1ERUA 2IFQA 1X9MB 1QGVA 1SK0A 2K9FA 2HSHA 1NHYA 2VD1A 1MD3A 1YJ6A 3A3TA 1HNAA 2CZ2A 2NVLA 4ZIJA 3FRCA 1OAZA 2HSMA 1SD8A 3WT1A 1TRWA 5B8AA 3GL5A 2RIIA 5CAXA 2V2GA 5IO2A 3UBLA 3C1RA 4BL7A 4NXIA 5ENUA 5EY6A 3KD0A 1IYHA 12GSA 1G7EA 1I9DA 4K6XA 3DGQA 2P5QA 3W8SA 1URMA 3D5JA 1MDIA 2PWJA 4HS1A 2LJKA 2ZUPA 4IJIA 2HRKB 1QFNA 2HYXA 1H4OA 5IQYA 2LSTA 5DJMA 2GZPA 3GTUA 2FWFA 5G5EA 3C73A 2GZYA 3LSZA 3TDGA 2BTOT 3FZ4A 5AIXA 2AV4A 1WE0A 2C3TA 2F3MA 2I81A 18GSA 3HD5A 4NPBA 4ZILA 3D21A 2PGTA 2VO4A 1GUKA 3KTBA 2LKUA 3DD3A 4MPFA 3FHKA 4N11A 3EINA 1THXA 3CXGA 2LJAA 2JSZA 1A0FA 2GQLA 3ZYWA 3BCIA 4TR0A 2YP6A 3UMAA 4NV5A 4MF6A 3O6TA 3KH9A 4G19A 4G0IA 4V1Ap 4I2UA 3RDWA 4PURA 1HYUA 2YWMA 2JU5A 2ALBA 4I8BA 5DALB 4KSOA 2ZCTA 3TJJA 1SL2B 2YWNA 1FOVA 1C72A 3GURA 4HZ4A 3GX0A 2CVDA 4FQUA 5HR1A 3ZZXA 2G0FA 2KP1A 3VFIA 1W89A 1UVZA 5FT3A 2X99A 4TOPA 3IA1A 2KLXA 1T00A 3LQ7A 5EPFA 3VWXA 3UIWA 3QD9A 3EC3A 3US3A 2G2QA 2XC2A 5IOWA 1TU7A 4TKYA 3F8UA 5DQSA 3I6AA 5F07A 4KDXA 4GLTA 5ECLB 3TJFA 4TXVA 4V1Ag 3KH7A 2I9HA 1B9YC 3A2VA 3J7Yb 5H5QA 1XCCA 3FR6A 4MMMA 4IQ1A 2B5EA 2MMAA 2JL4A 5F05A 3NOFA 1TTZA 4MCUA 3WYWA 3LYPA 3TRPA 4NHWA 1R5PA 3N5OA 1V57A 5JWOB 3HA9A 4BPYA 4IVFA 13GSA 2C8UA 2JSYA 5ECKB 2P0GA 1B48A 2LUSA 2JACA 1FG4A 3ZIVA 4IS0A 4JZQA 4TW5A 3UAPA 3E3EA 4MJEA 3GH6A 3FR9A 4HJ2A 1YF1A 1NW2A 2LNTA 2YANA 3TB2A 3WGXA 4OMVA 5KN1A 2IL3A 3H1NA 5DAKA 3LWAA 3IV4A 1M99A 5D9WA 2PPTA 1OKTA 5D9VA 1V40A 5A4WA 2VCTA 3KCMA 1X5EA 1GNWA 11GSA 2WFCA 5LCZA 4GTUA 2YOIA 2YNXA 2X8CA 4WR5A 1QK8A 5HQPA 3CRUA 1XVWA 2IWTA 4EDZA 1TOFA 1A8YA 2GSQA 1ACVA 1N2AA 6GSUA 3U6VA 3GH9A 3UBKA 2VL9A 1SKRB 2OE1A 3KMNA 3ZFLA 2VCXA 14GSA 1X0RA 2PVOC 2AUVA 4Q5RA 4V2LA 3CRTA 5DDLA 4BVYB 2JZTA 1K0BA 2LRTA 4KSMA 5GSSA 3LXTA 2JADA 4ECJA 2HI7A 5DJLA 4TR3A 1EEMA 3Q74A 1XOBA 2HE3A 1K3YA 1AUCA 1XPVA 3FW2A 4J2FA 4XS1A 5F0GA 3QFBC 4EXJA 4KA0A 4ZB8A 1ILOA 3IXRA 1YZXA 4OCFA 2GQMA 3HZ4A 3LGCA 1QUWA 2H76A 1GP1A 2OBIA 4V2NA 4MPGA 1YDKA 3GKKA 2DJKA 2UZ8A 1PSQA 5CO3A 3ME7A 1DBYA 3HVSA 2PU9C 5AIVA 2FUG2 4L5OA 1X5DA 5CRHA 4OFTA 4PQHA 1ZGNA 4AGSA 2M46A 3ZMKA 2C0GA 4EO3A 3PR8A 2HXKA 3KJYA 3DEXA 4YAPA 2C0EA 1O7UA 4CHSA 3L9SA 1TK0B 1LU4A 2H0GA 3P7XA 3E0UA 3D22A 4GSNA 4I6XA 5J5NA 2V1MA 4WKWA 2HRNA 1T1VA 4YQVA 3Q19A 1ON4A 2H1BA 2VLTA 4P3YB 2A2RA 1F2EA 5A4UA 3NIVA 2VCZA 2GT5A 2AJQB 5GZZB 1OYJA 3ZVJD 2ON5A 3FK8A 1K0NA 2YWIA 1G7OA 2C0FA 4LMWA 1JFUA 4ECIA 4XIHA 3RAZA 3IHQA 1PKWA 2WZ9A 4MJCA 4YAVA 1XZOA 4J56E 4PGTA 4MLYA 4JR4A 3TUEA 1OC3A 1B8XA 4RUVA 2FWEA 1SKWB 3TKSC 2QSIA 1HQOA 5DALA 1GSQA 1A0RP 2TRXA 1BX9A 4I97A 4LL4B 1JZRA 2HT9A 2IN3A 2XPEA 3GKNA 5JCWA 4XS4A 1SYXA 2MZCA 4USSA 2FY6A 3LXZA 2H19A 1TRUA 1T3BA 2H6ZA 3EU4A 3PH9A 1MDJA 4F0CA 1ML6A 4DSQA 1FHEA 1FB0A 2IIYA 3TJBA 2LV3A 1YEXA 3HCZA 3IRAA 3ZIJA 4ML6A 2YPMA 4MH3A 5JWRB 5A5KA 3ZREA 2H6YA 2OKAA 3EU3A 1TXXA 5HR3A 4BWSA 5G1KA 3ZTLA 1WIKA 1H75A 1Z6NA 2ES7A 2K6VA 2A2SA 2IMFA 2HSNB 2L6CA 4HUAA 1K0AA 2LRNA 1GSEA 4ZB9A 4WR4A 2V6KA 3TKSA 1XWBA 1SK1A 2FA8A 3BCKA 1ZL9A 1ERWA 1QQ2A 1FVJA 4GXZA 4F0BA 3VURA 5JWQB 2GS3A 3RPNA 5ECPB 1Z5YE 5J3RA 2LRCA 1XVQA 4MK3A 2KP2A 4ZL7A 2V6OA 2R2JA 5ID2B 5IPGA 1GSSA 3GIXA 3TOUA 2BMXA 2DMMA 4OO5A 2FA4A 5CRDA 5CRGA 1NSWA 3D4MA 1G6WA 3GSTA 1FAAA 1TU8A 3LG6A 1A2MA 3GV1A 3H93A 1Q4JA 3MWHA 4KGIA 4LMVA 1DE2A 2CX3A 3A2WA 2WJUA 4DSRA 4NAXA 3FYGA 1Z9HA 3KM6A 4WEYA 1XWGA 1Z6MA 4ILFA 1XW9A 1E2YA 3CSJA 1FB6A 1YF0A 4IP6A 4G10A 2LNSA 1GSYA 1GLPA 4IP1A 2DJ2A 3TJGA 2XBQA 2R37A 2VL3A 1JHBA 2NPBA 4EUYA 3HJPA 2P31A 2OE0A 4MZWA 5KN2A 4JU5A 3ZLPA 4KDYA 1TK5B 4BVYA 4IHUA 1VGLA 2D2ZA 1TK8B 2YJ7A 3TRQA 5ECOB 2OBKA 4ZB6A 2KHPA 3DVWA 3WD6A 3APSA 2N5AA 4WF5A 4K7OA 22GSA 2MBSA 2RLIA 3GRXA 3IK9A 3L78A 3QMXA 3BJ5A 5ELGA 4H86A 2MMNA 3AY8A 4EDYA 4K0GA 5ECIB 2O7KA 4HEA2 4PQIA 1JLWA 4HJMA 2AHEA 5HFIA 4MP4A 4PTSA 4ZBBA 1B9XC 4D73B 1TI3A 2WDUA 4KE3A 3F4TA 4PX1A 5DCGA 2H75A 1PRXA 2VAFA 2R3XA 2DIZA 3IBHA 3G9BA 1XFLA 4XS6A 1EEJA 1M7TA 5LD0A 1Q98A 1TW9A 5ECSA 5LNKe 3CTFA 2CT6A 4HI7A 2FWGA 5J41A 4G0KA 3LFLA 1PL1A 3V1WA 1OE7A 3WGDA 2GTUA 2R4VA 4PQ1A 2IMKA 2WULA 1U87A 4WXTA 5IMFA 3R2QA 2GSTA 3UOMA 2VL2C 2HZEB 2L4QA 2RUFA 4BA7A 1RQMA 3KP8A 1GH2A 1GULA 2F8FA 4POLA 2P5RA 3HZ8A 1F3AA 3PINA 4CW9A 5EL8A 2C3QA 2Z9SA 1HNCA 2H0HA 3LORA 6GSXA 4FH8A 1R26A 4ID0A 4O32A 1MTCA 1R4WA 2H8LA 2VUPA 2YN1A 1OC8A 1KNGA 4AJ8A 2DIYA 1OC9B 5D73A 2IMEA 4XRDA 1Z7RA 5C00A 3M3MA 1GL8A 2HZFA 1EGRA 3VWVA 1U3AA 4MJAA 2B5XA 4IKHA 3CSHA 4BVXB 3PGTA 2H01A 3BOAA 5FHIA 1M9AA 3RPPA 4IW9A 1W4VA 3FR3A 1R7HA 3F4SA 3E9JB 1OKDA 1EWXA 2IFQB 2OACA 1NM3A 3EMPA 4ECCA 1CQGA 2YJHA 4L5LA 3ERGA 1PQNA 2VL2A 4GSTA 1AW9A 1USBA 1T4YA 1AAZA 3HJMA 4OD7A 2VIMA 3SWLA 3APQA 1PX7A 3GX8A 2H71A 1YKCA 1PD21 4KCEA 3ERFA 3GYKA 5IMAA 5CRWA 2IPAA 1G6YA 5G30A 2DJ0A 4XRAA 2H30A 1SKSB 5CP1A 2FD3A 3CMIA 2B5YA 3M8NA 1FO5A 3QCPA 4N0ZA 1J0FA 4EC0A 3FEUA 4O7HA 3KP9A 2O87A 3BBYA 4QL7A 2CA8A 4IQAA 4ACSA 4BWQA 1EV9A 3GTUB 1SENA 3S9FA 3ME8A 3GKMA 2NDOA 5ID2A 3L9VA 2XPDA 3IR4A 3VWWA 1ZOFA 5HR0A 1SD9A 2OE3A 2N5BA 5G1LA 5FWGA 5C04A 1B4QA 2L57A 3FZ5A 4K2DA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2PERA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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