2PVQ | Genus

Total Genus 72

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	201
structure length	201
Chain Sequence	MKLYYKVGAASLAPHIILSEAGLPYELEAVDLKAKKTADGGDYFAVNPRGAVPALEVKPGTVITQNAAILQYIGDHSDVAAFKPAYGSIERARLQEALGFCSDLHAAFSGLFAPNLSEEARAGVIANINRRLGQLEAMLSDKNAYWLGDDFTQPDAYASVIIGWGVGQKLDLSAYPKALKLRERVLARPNVQKAFKEEGLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__641304743745181__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__641304743745181__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2PVQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__641304743745181__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"641304743745181","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2PVQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__641304743745181__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Ochrobactrum anthropi
publication title	Cysteine 10 is critical for the activity of Ochrobactrum anthropi glutathione transferase and its mutation to alanine causes the preferential binding of glutathione to the H-site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	glutathione S-transferase
total genus	72
structure length	201
sequence length	201
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2007-05-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	2pvqA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2pvqA01

2J23A 4FO5A 3EU4A 1MTCA 2JZTA 2GSQA 19GSA 3ZFBA 1M9AA 5ECHB 4HUAA 4NPBA 3ZZXA 1OAZA 6GSTA 1QQ2A 4QL9A 4JEDA 5GSTA 1XW5A 2H6ZA 4POLA 1XXUA 5J3RA 2L59A 1RW1A 4KH7A 4ZBDA 2GSTA 5G5EA 3UEMA 2H74A 4XS4B 1WP0A 1YEXA 2YJ7A 5B8AA 5ID2A 1JFUA 4N0VA 4G0IA 4MH2A 4LL1B 3I6AA 3UVHA 3W6GA 2IMDA 4YQMA 1GLPA 2LRCA 4GSTA 4YQUA 4ZL9A 1GUMA 5HFKA 3IDVA 2B5EA 3O6TA 4MZBA 4HS1A 1X5EA 2KUCA 1HD2A 3LGCA 4WBRD 3QOUA 1G6YA 5J41A 4KDUA 1PL1A 2PPTA 4IQ1A 4J57E 2P31A 3EVIA 1YF0A 2FLSA 4Q5RA 2HFDA 2C0FA 1AQVA 1TTZA 3CYNA 2HRFA 4V2NA 1NM3A 1R5PA 2H1GA 5IM9A 3H4KA 2H1AA 4I97A 3DWVA 3KTBA 3H93A 3FW2A 4FYBA 1MD4A 5ECKB 1I9DA 3FZAA 2Z9SA 5IMCA 2K8VA 2WFCA 4ZL7A 2LRTA 1KEBA 4QQ7A 4MLYA 1JZDA 4DSQA 1GUHA 2LEGA 1BYEA 3HZ4A 2PUKC 3IXRA 3GTUA 3TJGA 4LL4B 4MPFA 2HRAA 1GNEA 2H6XA 1X0RA 2OJLA 2NDOA 1AIUA 5IQYA 1F6MC 4WEYA 3ME7A 3P7XA 2XPEA 12GSA 3TJBA 1K0OA 3F9UA 1TI1A 4K0GA 3ED3A 1UN2A 4FYUA 3TJFA 4GWRA 1YJ6A 1F37A 5GAND 1FVKA 2DC5A 1W4VA 1XOBA 3GH6A 2QGVA 4IJ3A 2X64A 4XRAA 2B1KA 2I4AA 1TOFA 3UAPA 1DSBA 2ON7A 1A0FA 2VLVA 2ZNMA 3D22A 2LUSA 1PX7A 1Z5YE 2AJQB 2WB9A 4KUNA 1SKRB 2CT6A 4I2TA 2H6YA 4BL7B 22GSA 4G0KA 4E8HA 1WRYA 2CAIA 3VK9A 1THOA 3VFIA 2MYGA 3F63A 1M2DA 1ACVA 5CREA 1PL2A 20GSA 3IBHA 3PPUA 3WT1A 3E0UA 1QFNA 4MP4A 1SJIA 2E2GA 2IMFA 1GNWA 2KHPA 4MJBA 3L78A 1AC1A 3BCIA 3H79A 3N9JA 3GA4A 2C8UA 4GLTA 3ZYWA 3KZQA 2BJXA 2PVQA 1K0NA 1UVZA 2V6KA 1EP7A 2O89A 1EOGA 4L8EA 4TOPA 1GTUA 5G5FA 3SWLA 4G9HA 4BL7A 1VRSD 1EGRA 3EINA 1XWAA 2FGXA 1A8YA 3DRNA 3TUEA 3ZIJA 3C8EA 3GH9A 2A2RA 2AUVA 3FKFA 5DAKB 3HXSA 2VAFA 4F2IA 2LKUA 2WGRA 2AYTA 3KMNA 2CVBA 1JZRA 3G7YA 3CBUA 5CRWA 1GTAA 1HNCA 4PXOA 3L9UA 4JRRA 1XCCA 1B4QA 3TKRA 4IS0A 4MF5A 1I5GA 4FYCA 2GQMA 5D9WA 2HLSA 1K0AA 2LTKA 1R26A 1U6TA 5ECRB 2V2GA 3KTLA 3TJJA 4MJCA 5DQSA 1XIYA 2HSYA 1GSSA 2OE0A 3KH7A 5C04A 1NW2A 1SYXA 2PWJA 3IPZA 3TRQA 3GIXA 5KN3A 5HR3A 3WT2A 3GRXA 2FWEA 2VD1A 3MNGA 3QDNA 2O8VB 3CRTA 4G19A 5AIXA 3ZLPA 4OFNA 4MMMA 1SL1B 1YZXA 3KEBA 2VCQA 1PA3A 2C3TA 2B1LA 1G6WA 2LJKA 3ISOA 1X9SB 3F8UA 4PQHA 1N8JA 3Q18A 5EPFA 1SK0A 5HR1A 3AY8A 1SL2B 4D73A 4TR4A 4K8MA 1R4WA 1ON4A 1FB0A 4POBA 1GSEA 2HRNA 4CHSA 1SD9A 1IYHA 4K2DA 3K8NA 4IP6A 1XFLA 3C7MA 5ECOB 2H72A 1JLWA 4KAEA 5IMFA 4BWSA 4KGIA 5DCHA 3DXBA 1CQGA 2L4CA 1MDIA 1W89A 1EV9A 4ISDA 4HJ2A 1JLVA 1O85A 1URMA 3D4MA 2X8GA 2F9SA 5AISA 1OVNA 5DALB 2GZZA 3FRCA 4TR3A 2QC7A 1AUCA 5CYYA 4XHMA 3CTGA 1S3DA 3DIEA 3GKXA 3GURA 3MSZA 2EIQA 5IPHA 2YWIA 1T4YA 3UARA 1Q98A 2HRKB 1Z9HA 3RAZA 2C0EA 2WRTA 1QK8A 4TN8A 2QKEA 3BBYA 3TDGA 3CSJA 2DJ3A 1DBYA 2VCXA 2YWNA 1TP9A 4HEA2 4USSA 3DD3A 2CZ2A 2L4QA 3LSZA 1Q4JA 1GWCA 5A4WA 2C1YA 2RM5A 3IA1A 5A5KA 1USBA 5DALA 3HZ8A 4KE3A 1OC8A 3LEFA 3L9SA 4TRXA 3GKMA 17GSA 2J9HA 2RIIA 4MZCA 4RI7A 1ZL9A 2K9FA 5HFIA 3IOSA 2HRKA 5IOWA 4Q5FA 2CVDA 4RQXA 2FNOA 2XC2A 4IQAA 3TJKA 4GRFA 4GQFA 4NMUA 3ERWA 3IC8A 2JU5A 1MD3A 4KF9A 4G10A 3JCML 1O73A 5EL8A 3G7JA 4I2UA 2LJAA 3O3TA 6GSSA 4TR1A 2GLRA 3GX0A 2IMEA 4N0ZA 4HJMA 3F4SA 1XVQA 2HI7A 1GSQA 1TDIA 3QD9A 1GTBA 3E9JB 3KXOA 3TKSA 1NHOA 2XBIA 4I8BA 1XOAA 2PMTA 4PUAA 2M72A 5B6NA 5ECLB 2REMA 4MF7A 1PD21 1QUWA 2BTOT 3RPNA 4OD7A 5IIZA 4ECJA 2L5LA 3FR3A 3IR4A 3Q19A 2R3XA 1K0BA 1V57A 1IYIA 1EEMA 2IPAA 4X1UA 4FH8A 2LQOA 1YDKA 1J0FA 3CMIA 2OE1A 5GSSA 1OYJA 3F6DA 2MMNA 1BAYA 2LJRA 1GLQA 4DSRA 2ES7A 2H71A 4JR4A 3GL3A 4ZBAA 1PMTA 2HZEB 1VF1A 3HA9A 4BVXA 1Z7PA 4KDXA 1ZYQB 2CAQA 3KD0A 1EWXA 3FZ5A 2VL9A 5F06A 2YJHA 1TKDB 4NHZA 2DIZA 3BJ5A 1Y6EA 1NSWA 4OO5A 1UA5A 2YZHA 4BWQA 1BEDA 3C73A 3DVXA 4FIWA 2HXKA 3GTUB 1M99A 4IW9A 5J5NA 3HJMA 2AAWA 5HFGA 3QMXA 1O6JA 3IAS2 4HQSA 1SENA 2H70A 3TB2A 3TKQA 1SK2A 4IP1A 4L0UA 3QAGA 4L5OA 1SYRA 3KH9A 3KIJA 3LYKA 2VL3A 4OMVA 2HZEA 3LORA 1NHYA 2FWFA 5IMZA 5A4VA 4GTUA 4XS1A 2IMIA 1Y25A 1T00A 3VI5A 5F8BA 2OBKA 1ILOA 2OBIA 2P5QA 1VF3A 5LCZA 4ZILA 1GSFA 3FR9A 5BMUA 1SK1A 1WIKA 4XIHA 1EOHA 1T8EB 4KNDA 4POKA 4EDZA 2CV4A 3CSHA 4ZBBA 4KDYA 3RHBA 5G1LA 2JSYA 2LNTA 4NHWA 2ZCTA 3APOA 2RM6A 3UL3A 4O92A 1MDJA 2G0FA 2ON5A 5FHIA 3EWLA 2GTUA 1YY7A 2VIMA 5DBQA 1YKAA 2GS3A 2V32A 3KP8A 2M80A 5AGYA 2HSMB 2HZFA 4YAPA 5CNWA 3EURA 2GDRA 4PUFC 3QFBC 2WDUA 4KCAA 3HJOA 3D4TA 3BD2A 4MH3A 2I81A 3UBKA 4GF0A 2EC4A 1K3YA 3LXTA 3D6IA 3KP9A 1T1VA 4HDEA 2L6DA 4F03A 1A2LA 4G2EA 3ZITA 4GSSA 2AB6A 4Q5QA 1F2EA 3KGKA 2C3NA 4AF2A 4ECBA 4EKZA 2MBTA 3ZREA 4MA9A 4XRDA 5HQPA 3SBCA 4TXOB 2MBSA 2PN8A 4EE0A 1TXXA 1KTEA 3N5OA 1A2JA 3TOUA 2OADA 4K0NA 2E2MA 2MMAA 3L9VA 4PGTA 2CX4A 5ECSA 2GVPA 2HSMA 4ID0A 1KBNA 1GRXA 5D93A 1EGOA 4J2FA 1M0UA 5D9TA 5IO0A 3F3QA 2NBSA 3CXGA 3HCZA 13GSA 2VCZA 4NV5A 1VF2A 4V2MA 3NOFA 4IN0A 3QPMA 4CW9A 4HZ2A 1K0CA 3WD6A 1TK5B 3E3EA 1H75A 2OA7A 1TJDA 3LYPA 5G31A 2GSRA 1VGLA 2KP2A 4TXOA 1AAZA 3M3MA 4KSMA 4TVEA 1DE2A 2H0GA 4KX4A 4K1FA 3APSA 4Z7XA 5CRGA 3NIVA 6GSUA 2H01A 2V6OA 1U88A 4JBBA 3RHCA 4V1Ag 5D9VA 1X9MB 1SKSB 6GSVA 3TOTA 2YNXA 2GSSA 4EC0A 2FA4A 2K18A 3M9JA 2L5OA 2H8LA 1SJZA 1V58A 1GL8A 1XZOA 1ERUA 5IMVA 3GKKA 5ECPB 3GNJA 1N2AA 2AV4A 1GSUA 1DE1A 2RUFA 4BA7A 2H0IA 1FVJA 1K0MA 1A2MA 3DMLA 5ELGA 2MMOA 2N5AA 4N10A 2JZSA 4LLRA 3VLNA 1Z6NA 3RDWA 4WF5A 3DGQA 4D73B 4IBPA 1PGTA 2DJ2A 5J9BA 5HR0A 4ZB8A 5DJMA 2CA8A 1A0RP 2FCHA 2YN1A 4EVMA 2IJYA 2H1DA 2D2ZA 1U3IA 4HU9A 4G0LA 4I5QA 4V2LA 1PSQA 4L5LA 2LSTA 1ERVA 1SL0B 1FHEA 4TXVA 3TKSE 1TI3A 1KNGA 4MABA 6GSWA 1F3AA 3HD5A 1GUKA 2HSHA 4GCIA 1THXA 1OC9B 6GSYA 3CRUA 3KM6A 1GTIA 2IL3A 1HNAA 1A8LA 3Q6OA 1J9BA 1FO5A 2CVKA 5KN2A 4OO4A 1OE8A 5JCWA 4RI6A 3IHQA 3LWAA 2VCVA 2NVLA 1TK0B 4K7IA 4V1Ap 1T4ZA 4ZIJA 4OFMA 5DCGA 4Q5NA 2H30A 3IK9A 1WOUA 1ML6A 3PGTA 4F82A 3W8SA 1BX9A 2FUG2 3HVVA 1HNBA 2DLXA 1V40A 2RUEA 1TK8B 1O8XA 5HR2A 5A4UA 2H76A 4XCSA 5AIVA 1PKWA 3US3A 1OC9A 2LNSA 3DYRA 5FT3A 2C0DA 4KB3A 4EDYA 5INYA 1XPVA 5KN1A 5ECIB 5KN0A 1EP8A 2O7KA 3EC3A 2B6MA 1RK4A 1WJKA 1ZOFA 2FA8A 1B48A 3GMFA 3GFKA 5KEJA 2H66A 4LMWA 3KCMA 2JL4A 2VLTA 2VO4A 5J4UA 1CQHA 4ECCA 3UVTA 2EIRA 4KW6A 4PNFA 1PQNA 3I43A 4ZB6A 3Q74A 3LFLA 2B7JA 3FK8A 4HOJA 2K6VA 2HSNB 1BQ7A 2GQKA 2DMLA 3D0ZA 4TR1B 2F3MA 1SD8A 1A24A 2K8SA 1BJXA 3F0IA 3FEUA 5ENUA 2TRCP 3L4NA 2VD0A 2VCWA 2YANA 4IVFA 4WETA 2PGTA 4X43A 8GSSA 1G0TA 4MCUA 4ECIA 2YV7A 2OE3A 2L6CA 3RBTA 3EMPA 3GSSA 5IOXA 1AW9A 4QL7A 1ERWA 4JE1A 5B8BA 3TRXA 3GX8A 2YCDA 5H5QA 3UIWA 2GZPA 2DIYA 4OCEA 3WGXA 5JCUA 2PU9C 3VWXA 2XPDA 1MEKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2PVQA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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