2VCV | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	KPKLHYFNGRGRMEPIRWLLAAAGVEFEEKFIGSAEDLGKLRNDGSLMFQQVPMVEIDGMKLVQTRAILNYIASKYNLYGKDIKERALIDMYTEGMADLNEMILLLPLCRPEEKDAKIALIKEKTKSRYFPAFEKVLQSHGQDYLVGNKLSRADISLVELLYYVEELDSSLISNFPLLKALKTRISNLPTVKKFLQPGSPRKPPADAKALEEARKIFRF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__64016126151426__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__64016126151426__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2VCV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__64016126151426__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"64016126151426","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2VCV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__64016126151426__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfda5e50dc239eb8ea40dcc/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfda5e50dc239eb8ea40dcc/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfda5e50dc239eb8ea40dcc/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfda5e50dc239eb8ea40dcc/pdb.gz): 615 ms

reading 219 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

219 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:218});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural Basis for Featuring of Steroid Isomerase Activity in Alpha Class Glutathione Transferases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE A3
total genus	82
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2007-09-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	2vcvA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2vcvA01

3UVTA 1GSYA 1ZMAA 2QC7A 1A0FA 3FZ5A 2JZTA 4F9ZA 2LQQA 1U3IA 4O7HA 6GSWA 4E8EA 1T7PB 1OE8A 3E9JB 3GFKA 3EWLA 3FR9A 3GTUB 4FIWA 5DCHA 1VF1A 2IMFA 4OMVA 1Z7RA 5J9BA 3F0IA 2P5QA 4ZILA 2L5LA 2X8HA 4GSSA 2G2QA 4AF2A 1SK1A 20GSA 1A2MA 4PGTA 2WCIA 4K6XA 2XC2A 2VL2C 3VPQA 4XS6A 2I81A 4N11A 5F05A 1O7UA 1URMA 3TKSC 4IJ3A 4ZIJA 3F4TA 4QQ7A 4V2NA 1QK8A 3D4TA 1A8LA 4O92A 4K0GA 2LNTA 2OA7A 4FYUA 4TXOA 2H1AA 3D22A 1GL8A 2FA8A 4V2MA 4GQCA 1XVQA 2PVQA 5ELGA 1X9SB 1UA5A 3MAKA 2RIIA 4TR3A 4EVMA 1WOUA 1ERVA 1KBNA 2L6DA 1EWXA 5D93A 2VCTA 1XZOA 3DEXA 6GSYA 2ZUPA 2DJ2A 3DXBA 1WJKA 1LBKA 2VCQA 4ACSA 2DJ1A 4MCUA 3KH7A 2IIYA 4ID0A 1XW9A 4KCEA 4MPFA 2RUEA 3R3EA 3DGQA 5J41A 3QD9A 2C8UA 3GURA 5IOXA 9GSSA 3KP9A 3KM6A 1S3CA 2H8LA 2V1MA 3UMAA 4BA7A 4RI7A 4TR4A 4N0ZA 3KXOA 5G1KA 3CYNA 2QSIA 5G5EA 3LSZA 1O8WA 5DQYA 2JSYA 2LS5A 5CRDA 1OYJA 1WP0A 4KCAA 2CX4A 3APOA 1VF4A 3LQ7A 5JCGA 1F9MA 3TKPA 1BYEA 4EO3A 1XW6A 1GSSA 4F03A 2A4VA 5AGYA 4ZBAA 1VF3A 3ISOA 1R26A 1A23A 5A4WA 1NHOA 1BQ7A 3HVVA 2DSAA 4IW9A 1XW5A 4DVCA 5DDLA 2K6VA 2H19A 2HXKA 2RLIA 1M0UA 3H93A 3NIVA 1GSDA 3BJ5A 1EOHA 3BCKA 3IHQA 1TP9A 4MF7A 5D8IA 5GAND 1EOGA 5F8BA 3P90A 4HEA2 2H75A 2E7PA 4BWSA 4K9ZA 5IM9A 2JL4A 4N10A 4J2FA 3QAVA 5DJLA 3VWXA 2H1DA 2X8GA 5HQPA 5KEJA 4POLA 3IRAA 2YCDA 1RQMA 2NBSA 2PGTA 3L0HA 3GSSA 1G7EA 3HA9A 4BWQA 4X0XA 2CVKA 2F9SA 4IS0A 3GMFA 1SL1B 3VWUA 3EVIA 2M80A 3GIXA 3M1GA 3WYWA 3AY8A 4HJMA 2DLXA 4NV5A 2BTOT 4F82A 4JBBA 1OKTA 1U87A 2KHPA 2F51A 1TK5B 5D9XA 1XWBA 3CBUA 2HRAA 1T1VA 2OBIA 1TU8A 2DJJA 2YWOA 1X5EA 2FA4A 1GUKA 2R5GA 2RUFA 3DVXA 2KLXA 1E6BA 2C80A 2HNLA 4MDCA 4KGIA 4NHWA 2E2MA 1AW9A 1WE0A 4KX4A 3DRNA 1V57A 3HD5A 1YF1A 5D96A 2J23A 3ZLPA 1THXA 1K0MA 2VM1A 5IMDA 3ZVJA 2XPEA 1NSWA 1ST9A 2IL3A 1TRWA 3EINA 1RW1A 1BEDA 4ML1A 2LKUA 1EGOA 4J57E 2NTOA 1MTCA 3UBLA 4TRXA 4LMVA 4F2IA 4IGJA 3EE2A 4KDUA 5DQSA 5JCUA 2VCWA 14GSA 3TJKA 2L6CA 3LYPA 2C0GA 2H1BA 3WD6A 6GSSA 6GSXA 3LEFA 4OFMA 4N30A 2LSTA 2V32A 3RHBA 1K3YA 3ZREA 3F9UA 4KSMA 1GSQA 1Z6MA 1X9WB 4Q5NA 1GULA 1FHEA 2ES7A 3S9FA 1V2AA 1GTUA 2MMAA 5JWQB 1AIUA 2WGRA 4F0BA 1AXDA 3LG6A 2OKAA 4PXOA 3HY2A 3IDVA 3ZTLA 1HYUA 5B8BA 5G2ZA 4NMUA 3PR8A 1A8YA 3GX8A 1M2AA 3L9SA 4JR4A 3CMIA 3C73A 19GSA 4QL9A 2C4JA 3HZ4A 4PURA 5H5QA 2DBCA 2HSYA 3Q74A 2HFDA 2L5OA 4EL1A 2UZ8A 1KEBA 2H6ZA 2VM2A 1EEMA 1G7OA 1J9BA 3I9V2 1ZYQB 3BOAA 2GZPA 2TRCP 1T4YA 2H74A 1S3DA 3APSA 1W89A 2LJAA 3P8WA 2HRFA 3TJBA 5GSSA 4HUAA 2GLRA 5CYYA 3F3QA 3CSHA 3I69A 1Q4JA 4ZBDA 2HZEB 2CA8A 5HR2A 1DE2A 3VI7A 1SENA 3K8NA 4ZB9A 4XIHA 1TU7A 3L9UA 2GZZA 1LJRA 1ZL9A 3GKNA 1TOFA 1GUHA 2WULA 1JZDA 2YPMA 3GNJA 5E4WA 2EIRA 1M9BA 3Q19A 5HR0A 4K8MA 1H4OA 3VPTA 5B7CA 2GT6A 1V40A 1A2JA 3IC4A 1J0FA 2F3MA 2GS3A 1SU9A 3QDNA 5IMZA 2H0IA 3JCML 3IXRA 2MZCA 3DKSA 2HSNB 5ECOB 1Y6EA 2CV4A 3F63A 2F8AA 4OFTA 5CNWA 2VLUA 4YQUA 4L8EA 1TTZA 4O32A 4ZB8A 3GL5A 4MMMA 2HI7A 4WKWA 1PKWA 1PD21 2EIQA 3EMXA 5ECLB 1T3BA 1MDKA 1Z3EA 1F6MC 4MP4A 5HFIA 3PH9A 4ECJA 5ECMB 5AISA 1ZGNA 1DSBA 3VURA 1F2EA 4TR0A 5HFGA 3UOMA 2H0HA 4POKA 7GSSA 5ELAA 3HKRA 2LEGA 3VI5A 1AQXA 1OKDA 5ECNB 4P3YB 3UBKA 2GGTA 2VCXA 2HQTA 4EE0A 1R5AA 2OE0A 1VGLA 4XRAA 1R7HA 1JZWA 1ZZYA 1T4ZA 3UL3A 3ERGA 3Q6OA 4PQIA 1JLVA 1N8JA 2HRKA 2D2ZA 4XRDA 3G7JA 1X5CA 3ZVJD 4NXIA 4MJAA 3FEUA 3WGXA 1CQHA 2N5BA 4LMWA 1ERTA 3IOSA 2AUVA 2YANA 4HJ2A 3ZIVA 3U5RE 8GSSA 5EY6A 5AN1A 1OE7A 10GSA 1H75A 5G31A 5J4UA 1HQOA 5GSTA 1QUWA 1SYXA 4AGSA 2O8VB 1WRYA 4BVXA 5KN1A 3IAS2 4I6XA 1JZOA 3UVHA 13GSA 2FY6A 3QFAC 5HR3A 2GVPA 4IQAA 4PQ1A 3TOUA 2A2SA 11GSA 1B48A 2L57A 4CW9A 3LORA 4GSTA 1B9YC 2OJLA 4MPGA 2FHEA 4ZL9A 1O73A 3VFIA 4GQFA 4K7OA 1IYHA 1F3BA 1K0CA 4MLYA 2VOCA 4HS1A 2R37A 1PL1A 2VAFA 4HDEA 1TJDA 4GXZA 4AJ8A 2L4CA 3APQA 4BVXB 2DIYA 1YEPA 3WT2A 3I43A 1YQ1A 2H30A 4K7IA 5DVBA 6GSUA 4GLTA 2GSQA 1E2YA 2GZYA 4WEYA 1SKRB 2CQ9A 4NWYA 1UC7A 5EL8A 3FZ9A 5G1LA 1TKDB 2LJKA 2DMMA 4TXOB 1A2LA 1T8EB 3J7Yb 2GSSA 2KUCA 4JE1A 3HHVA 2K18A 1YKCA 4KDYA 4OO5A 2YN1A 4AJ7A 1PRXA 3TRXA 1EZKA 2H73A 3C1SA 3EU4A 3SBCA 4EC0A 1HNAA 3LXZA 3EMPA 2GQMA 1AUCA 3M3MA 2YWIA 4TKYA 1PMTA 4L5LA 1UVZA 2P5RA 4K7NA 3TCOA 2VD1A 2FCHA 3ED3A 1FVJA 5DCGA 3DIEA 4PUAA 1Y25A 4G9HA 2GTUA 4K2DA 1AQWA 2I3YA 2HSMA 3CSIA 4RQXA 1VF2A 3DYRA 2H70A 2VUPA 2YJHA 2QGVA 4Q5FA 3RHCA 5IMFA 1PSQA 4IJIA 1SKSB 3P2AA 3ZFBA 22GSA 1XVWA 1DBYA 3N5OA 1KTEA 3QCPA 3FRCA 5AIVA 5D9TA 3F3RA 2B1LA 4USSA 2M46A 2AYTA 3E3EA 3F6DA 3U6VA 4KNDA 2E2GA 2YZHA 1SL0B 2ON7A 2WRTA 2ZCTA 1SJ6A 2CZ3A 1XPVA 1U6TA 4OD7A 5EVOA 3IBHA 4NHZA 1FAAA 1GTIA 5A5KA 5IQYA 1K0AA 3KGKA 5C00A 3FR6A 4Q5QA 1LU4A 5B6NA 3NZNA 3VK9A 2VD0A 1XWKA 1GUMA 3TKRA 1Z9HA 1PX6A 4MF6A 3DVWA 4IKHA 2ALBA 2CT6A 1XFLA 4QL7A 5J9CA 2JU5A 2XHFA 5CREA 2JSZA 2I9HA 4GSNA 1BAYA 3F4RA 2OE1A 5F06A 3GHAA 4KA0A 5EPFA 1AQVA 3FKFA 3PPUA 5KN2A 1K0BA 4PX1A 2HE3A 1JFUA 1UN2A 4MABA 1GNWA 3HYPA 1A0RP 3IC8A 1Z7PA 3G7IA 3MWHA 4AJ6A 2GDRA 1X0RA 3EC3A 3KMNA 4ZB6A 2LUSA 3GN3A 5ECKB 5IO2A 3O6TA 1WWJA 1XOBA 1XOAA 2X8CA 4HQSA 1ERWA 1QFNA 5D9WA 4ECIA 4HU7A 2PU9C 3IK7A 5GZZB 1V58A 1M2DA 4GF0A 4JEDA 4TN8A 3IR4A 3LJRA 1SK0A 2EIOA 4KUNA 1OC9A 3C1RA 3I6AA 2LTKA 4K1FA 3VWVA 4MZWA 2C0FA 1GSUA 3H1NA 4MZCA 2H71A 3E0UA 3TRQA 4E8HA 3IK9A 5LNKe 4BL7A 1B9XC 4IELA 3A5WA 2CX3A 1TW9A 2H0GA 1TI3A 2LRNA 1YZXA 2YOIA 1W4VA 3A3TA 4I8BA 3M8NA 2PN8A 1YDKA 2QKEA 4HI7A 3N9JA 2LV3A 4POBA 4GWRA 3TKSE 2H1GA 3GYKA 3GV1A 4XS1A 4HZ2A 1K3LA 4KSOA 2FUG2 1K0DA 5JCWA 3RPNA 3CRUA 4RUVA 3GX0A 5BMUA 4BPYA 3UAPA 4POMA 16GSA 1WPIA 2IFQA 3UARA 2B3SA 3GUSA 4YQMA 4KF9A 2WZ9A 1XWCA 2AAWA 4G0KA 2R6KA 3BBYA 3MDKA 1S3AA 2CZ2A 2C3TA 4ZXGA 4MA9A 4IHUA 2IWTA 4V2LA 4NV2A 5FHIA 3G9BA 1I5GA 3IA1A 2DMLA 3BD2A 1B4PA 1MEKA 3VWWA 1AC1A 2FWEA 1FVKA 5IPHA 2AV4A 3QAGA 2N5AA 4G19A 3PINA 1THOA 2IFQB 2K8VA 2FWGA 2H01A 1OAZA 1ACVA 3R2QA 1A24A 4JRRA 4JU5A 1HNBA 1GRXA 2XBIA 4YAVA 4L0UA 4ZBBA 2JACA 5L71A 4WETA 4FQUA 2YP6A 1B8XA 1J08A 3CSJA 2H72A 3D0ZA 2HT9A 1QMVA 4RI6A 4PQHA 3W6GA 5ECPB 1USBA 3A2VA 5FT3A 1JLWA 1EEJA 1VRSD 3HXSA 3QOUA 1FG4A 4V1Ap 1RK4A 3W8JA 3V1WA 2ON5A 4BVYA 12GSA 1XWAA 1ZCPA 2VL3A 1SD8A 2F8FA 3QPMA 3FYGA 4DEJA 4V1Ag 4FO5A 4EF0A 1FW1A 4IQ1A 3WGEA 4YH2A 1GWCA 3A2WA 1YY7A 1GSFA 1ILOA 5B8AA 4LL4B 2VLTA 3P7XA 1N2AA 4JZQA 1TRSA 2NDOA 3FHKA 3KP8A 1TRVA 5IMVA 5GAPD 4TVEA 5IO0A 2H6XA 1SD9A 3ZIJA 4F0CA 2FLSA 4WBJA 3US3A 2FWHA 3GSTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3UVT A;  1GSY A;  3MIX A;  1ZMA A;  1I1I P;  2QC7 A;  1A0F A;  3FZ5 A;  2JZT A;  4F9Z A;  2LQQ A;  1U3I A;  4O7H A;  6GSW A;  4E8E A;  1T7P B;  1OE8 A;  1PFO A;  3E9J B;  3HVN A;  2WZS A;  3GFK A;  3EWL A;  3FR9 A;  3GTU B;  4FIW A;  5DCH A;  1VF1 A;  2IMF A;  4OMV A;  1Z7R A;  5J9B A;  3F0I A;  1M3I A;  2P5Q A;  4ZIL A;  2L5L A;  2X8H A;  2EFE A;  4GSS A;  2G2Q A;  4AF2 A;  1SK1 A;  20GS A;  1A2M A;  4PGT A;  2WCI A;  4K6X A;  2XC2 A;  2VL2 C;  3VPQ A;  4XS6 A;  2I81 A;  4N11 A;  5F05 A;  1O7U A;  1URM A;  3TKS C;  4IJ3 A;  5BRT A;  2R0G A;  4ZIJ A;  3F4T A;  4QQ7 A;  4V2N A;  1QK8 A;  3D4T A;  1A8L A;  4O92 A;  4K0G A;  2LNT A;  2OA7 A;  4FYU A;  4TXO A;  2H1A A;  3D22 A;  1GL8 A;  2FA8 A;  4V2M A;  4GQC A;  1XVQ A;  2PVQ A;  5ELG A;  1X9S B;  1UA5 A;  3MAK A;  2RII A;  4TR3 A;  4EVM A;  1WOU A;  1ERV A;  1KBN A;  2L6D A;  1EWX A;  5D93 A;  2VCT A;  1XZO A;  3DEX A;  6GSY A;  2ZUP A;  2DJ2 A;  3DXB A;  1WJK A;  1LBK A;  2VCQ A;  4ACS A;  2DJ1 A;  4MCU A;  3KH7 A;  2IIY A;  4ID0 A;  1XW9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2VCVA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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