2VCXA

Complex structure of prostaglandin d2 synthase at 2.1a.
Total Genus 72
20406080100120140160180010203040506070
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
198
structure length
198
Chain Sequence
PNYKLTYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIQYEDHRIEQADWPEIKSTLPFGKIPILEVDGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGNTEMEQCHVDAIVDTLDDFMSCFPWAEKKQDVKEQMFNELLTYNAPHLMQDLDTYLGGREWLIGNSVTWADFYWEICSTTLLVFKPDLLDNHPRLVTLRKKVQAIPAVANWIKRRPQTKL
2040608010012014016018015010050
010203040506070Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS3 (53-56)S1 (4-9)TII'1 (12-15)O1 (9-11)AH6 (148-163)AH1 (15-25)S2 (30-34)3H1 (36-38)AH2 (39-45)S4 (59-62)TIV1 (55-58)AH3 (64-72)AH4 (82-100)TII1 (72-75)3H2 (76-78)TI2 (103-106)AH5 (109-135)TI5 (168-171)AH7 (172-183)TII'2 (135-138)TVIII1 (140-143)TI3 (164-167)TI4 (166-169)AH8 (185-193)TI1 (46-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
publication title Novel Prostaglandin D Synthase Inhibitors Generated by Fragment-Based Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTATHIONE-REQUIRING PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
total genus 72
structure length 198
sequence length 198
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 2vcxA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vcxA01
4IHUA 2CVDA 4LL1B 1MEKA 2V41A 1HD2A 3RBTA 1S3AA 2XC2A 4YAVA 2JZRA 1IYHA 4F0CA 2DJ2A 2HRAA 3F3QA 2B3SA 3U6VA 2GQKA 2HZEA 5GAND 1ZZYA 4XTSA 1O6JA 3DXBA 4G0LA 3F4TA 3PH9A 1JLVA 4HZ4A 1AC1A 4WKWA 18GSA 3KXOA 3WYWA 1JHBA 3GA4A 1T00A 3KP9A 4EF0A 1SKWB 2B1KA 3LJRA 2JZTA 1O8XA 2VCZA 1MD3A 2KP2A 1R7HA 4JZQA 3QDNA 1HNCA 4FYUA 3ZVJD 3FKFA 5GZZB 2L5OA 2P5QA 1RK4A 2E2MA 1WPIA 3HJOA 1G0TA 1HQOA 1T4YA 2VLTA 4K6XA 5BMUA 3I6AA 3WD6A 3ED3A 2DJKA 2JZSA 2AAWA 4IQAA 2TRCP 4EO3A 2MYGA 4MLYA 3P90A 3DD3A 2HLSA 3K8NA 5G1LA 1M0UA 5FWGA 5CRDA 4KDUA 2ES7A 4OFNA 1ZYQB 3KEBA 1NHYA 4N0ZA 5HR3A 2H1AA 2XPEA 4GTUA 3DMLA 3UMAA 2FHEA 5CRGA 2KHPA 2H66A 3M9JA 5ELGA 1M9BA 2LQOA 2GQMA 3U5RE 2LRTA 1ON4A 5CNWA 2V32A 4WEYA 4GQCA 4K8MA 2AHEA 2VCTA 2I4AA 3F4RA 4ID0A 2VCWA 4CW9A 2JADA 2QKEA 2JU5A 3R2QA 3GL3A 3ZL5A 4ECCA 2MZCA 3GTUA 2CZ3A 1XPVA 4WR4A 5G31A 2HSHA 2L6CA 3A5WA 1K0BA 4F2IA 2AV4A 4HUAA 4ML6A 4I2UA 3KCMA 1R26A 5GAPD 1V2AA 3I69A 3D6IA 3RHBA 1JLWA 1LJRA 1PX7A 3F63A 3MAKA 1T3BA 1H4OA 2NTOA 1RW1A 1Z9HA 4OMVA 5D9WA 3F9UA 2X64A 4MH3A 4TW5A 1X9SB 5ECMB 2C3QA 3FW2A 1F6MC 1KEBA 2FUG2 3H79A 4TXOA 3BD2A 1NSWA 4HQZA 3FZ5A 2L4CA 1A24A 4HDEA 7GSSA 1KNGA 4IJIA 3IDVA 2GZZA 4EE0A 4X0XA 4PNGA 3LGCA 2K6VA 1LU4A 2H0HA 1XWCA 2LKUA 2HXKA 4MDCA 1A0RP 4F0BA 1AIUA 1GH2A 2IN3A 2NDOA 1XW6A 1TJDA 5J5NA 2MMAA 1GSQA 2DJ1A 5LD0A 2YWNA 1YKAA 3TJFA 3QAGA 5IOXA 5IO2A 2KUCA 1R5AA 5D9XA 5JCUA 5C04A 1TRWA 1OYJA 1X5CA 4ECJA 2QGVA 3L0HA 4ZBAA 2LNTA 3E9JB 3P7XA 5IQYA 2H72A 5CO3A 3WT2A 4MPFA 1SJ6A 4XS4A 4Q5NA 3A2XA 4V1Ag 4K0NA 3CSJA 3DYRA 1PKWA 3ZITA 2CAIA 5F8BA 2C0EA 2WB9A 1ABAA 3BOAA 4ECBA 1YKCA 3UL3A 4YQMA 1EOGA 2P31A 4K0GA 5JWOB 2GQLA 2JACA 1QFNA 3KM6A 3HVVA 3F6DA 2K9FA 1PL2A 1BYEA 1GTAA 3DEXA 1MDKA 5B6MA 1ERVA 2RM6A 3D5JA 1X5EA 2VCQA 3LXZA 1YDKA 2C3NA 4PUAA 2GS3A 2I9HA 2J23A 5F05A 2H8LA 1NM3A 2VOCA 5IO0A 1OE7A 2CVBA 4L8EA 4USSA 3UAPA 3UOMA 3KIJA 4D73A 1SU9A 1QK8A 1FB0A 3UARA 5J4UA 4IVFA 4PTSA 5DCHA 4IGJA 3CSHA 5COHA 3PINA 1Z6MA 2HT9A 2IWTA 2OKAA 1BQ7A 1GP1A 3FEUA 2K8VA 4K9ZA 4PX1A 2CZ2A 4GSTA 4MJBA 1TRSA 4AJ7A 4TR4A 3M3MA 3A3TA 1GUHA 1SKSB 3ZIJA 3TKRA 1GUMA 2DBCA 3W8JA 3KD0A 4BL7A 4HOJA 3DWVA 4IW9A 5DAKA 4EC0A 3DVWA 19GSA 2FWFA 1PA3A 1GTIA 3EE2A 2KP1A 2OBKA 1YF0A 4ACSA 3GFKA 5G1KA 1K0CA 4YQVA 1XVQA 3FK8A 4RQRA 3KTBA 1HNBA 1OC9B 3UIWA 3FR9A 2WFCA 1WJKA 5INYA 1EV9A 1Z3EA 3N9JA 4NHZA 5B8BA 4TVEA 5D9VA 3QMXA 3ZMLA 2X8CA 1SL0B 4MABA 4O32A 3HYPA 1T1VA 4Q5FA 3ZLPA 1PMTA 3LYPA 2HI7A 4MJAA 3IXRA 4YQUA 2PU9C 2DJ3A 2MMOA 4K1FA 5F0GA 5JWRB 3L9UA 5AGYA 3FZ4A 4KDXA 3WGEA 4TXVA 3EVIA 2HRKA 2IL3A 3IC8A 2MBTA 2L5LA 2DMMA 4ZBBA 2QSIA 3BJ5A 4ZL9A 3EU3A 4HZ2A 5ID2B 5GSSA 2C3TA 5IMDA 5J9BA 4HI7A 1JZDA 4MA9A 1ZCPA 2VCXA 2OE3A 1GSYA 4LMWA 3HKRA 5DALB 1G6YA 1VGLA 3IHQA 2FCHA 3J7Yb 3EYTA 5D96A 2TIRA 1YZXA 1LBKA 5G5FA 2L59A 2NVLA 3GX0A 4TRXA 3GKMA 4KUNA 2H1GA 2J9HA 4K2DA 1G7EA 2BMXA 1FG4A 2VM2A 2R2JA 4PUFC 2PERA 2O85A 4NHWA 1S3DA 1A2LA 1EEMA 3KJYA 1QGVA 1B9XC 2OADA 1K0OA 4F03A 4GQFA 5A4WA 2YV7A 1MDIA 3E0UA 3OR5A 3MDKA 5AISA 1Z5YE 1BJXA 1Q4JA 2GSSA 3CYNA 1B4PA 1QUWA 2B7KA 1SK0A 4KCEA 5H5RA 4KF9A 4RI7A 3GV1A 4BWSA 1GNWA 4MCUA 4MJCA 2VD0A 2AUVA 5AIVA 22GSA 1Y6EA 4IP1A 2UZ8A 2GZYA 2A2SA 4Q5QA 5B6NA 4L0WA 1JZRA 2WGRA 4GCIA 3HZ4A 3TJBA 1C72A 1K3LA 4ULXA 5F07A 3LEFA 5ECIB 1IYIA 1DE1A 4GWRA 1TRVA 2OE0A 3BBYA 4Q5RA 3BCKA 3IK7A 2C0GA 1AW9A 5F06A 2H71A 2LS5A 3D4MA 2P0GA 4XS6A 2H74A 3I43A 2VLUA 4KB3A 4WXTA 4BPYA 1T7PB 2IIYA 5J3RA 2LNSA 1GSDA 2PMTA 2YP6A 3DVXA 5KN1A 20GSA 4TR0A 1KBNA 2HSMA 3VPQA 1ERUA 3APOA 3QFAC 3HXSA 4XIHA 1MTCA 4BVYA 4NMUA 4BVXB 3LXTA 1BEDA 4TR1A 1Z7RA 2YWIA 2E2GA 2C8UA 3APQA 1V40A 1TXXA 2JL4A 2B5YA 4PXOA 3N5OA 3F8UA 1Z7PA 3Q18A 1CQGA 4EUYA 3RPNA 3HDCA 4G0KA 1CQHA 2X99A 2V1MA 4N11A 2GDRA 4ZBDA 2CX4A 3M0FA 4DSSB 1XWAA 3LORA 5ELAA 2WCIA 3IK9A 1X0RA 4TN8A 2FY6A 5HR1A 2LQQA 1TTZA 1GNEA 1K3OA 2YCDA 3IAM2 4MP4A 3ZTLA 3IR4A 1OC8A 2IMIA 2XBIA 2D2ZA 2HRNA 3I9V2 2MMNA 5DBQA 1VRSD 3IPZA 3CTFA 2A2RA 2H1BA 1GSFA 5EL8A 2H70A 1K0MA 4O7HA 4I5QA 4CHSA 4O5RA 3TRPA 1WWJA 3KZQA 3G9BA 5D9TA 1URMA 3UEMA 2WULA 3TUEA 4L5OA 3VWVA 2PWJA 12GSA 1WMJA 5HR0A 3LWAA 4IKHA 4OO4A 1H75A 3V1WA 3HY2A 2PUKC 4J57E 4WF4A 1TRUA 2CQ9A 3RPPA 4I6XA 2FWEA 2QC7A 4OO5A 4MH2A 1SL2B 1EZKA 3ZYWA 1SKRB 4IQ1A 2E0QA 2DC5A 4POBA 2VL3A 1UA5A 1Z6NA 2VD1A 1DSBA 5LNKe 1PGTA 1OKDA 5HQPA 4F82A 2B5XA 3GX8A 2M72A 2HZFA 3ERGA 5DDLA 4ISDA 1U3IA 4I8BA 2E7PA 3CRUA 3VWWA 3ZREA 1USBA 1XOBA 1TKDB 4LMVA 3QR6A 4E8EA 3VPTA 3UBKA 4JEDA 4K7IA 2FD3A 5CRHA 2G0FA 5B8AA 3CXGA 5ECRB 1PQNA 4ZIJA 1M2DA 3TDGA 2O89A 2XHFA 3PGTA 2IMKA 4E8HA 3D4TA 4QL7A 5A4VA 4BWQA 1BAYA 3SBCA 1FO5A 4XS1A 4TR3A 2G2QA 2OBIA 5G5EA 5KN0A 2C0DA 14GSA 2LJAA 2HRFA 1XW5A 1XWBA 1MD4A 3MSZA 4ZB9A 2VL9A 3P2AA 2B1LA 3TKQA 5FT3A 6GSWA 3CRTA 2H0GA 3D0ZA 3GKXA 5KEJA 2CAQA 2HYXA 1TDIA 2OACA 1ZL9A 3VWUA 4EVMA 1R5PA 2IFQB 1YF1A 3KP8A 1K3YA 2NBSA 2LRNA 4FIWA 1ZGNA 1FB6A 2ZCTA 4MF6A 1QXHA 2PBJA 1V9WA 5HFKA 3G7JA 2GSTA 3GSSA 1X5DA 3GSTA 2WJUA 1XBSA 3TKPA 3AY8A 2B5EA 3GKNA 3IBHA 1U6TA 2N5FA 2HZEB 1V57A 5J41A 4NXIA 3FR6A 5G30A 6GSXA 2REMA 3M8NA 3TRXA 1U3AA 2XPDA 2I81A 1XVWA 5HR2A 1O85A 4N10A 1GTBA 3LQ7A 5JCGA 2ON7A 1TI3A 3TKSA 1B4QA 4NAXA 3KH9A 2MBSA 4AJ8A 2H1DA 6GSTA 1GL8A 3P8WA 4EXJA 4KW6A 1W89A 3C71A 2GSQA 5DJLA 2LTKA 4FYCA 3GHAA 13GSA 1SJIA 4HU9A 4POLA 1HNAA 4XRDA 4POMA 4ILFA 1TU8A 2WRTA 3APSA 1V58A 3VFIA 4PURA 1BG5A 4DSQA 3UVHA 1YEPA 2F9SA 5HFIA 2R5GA 6GSVA 1JFUA 3WT1A 4ZL8A 4XHMA 1OE8A 3GH9A 1PX6A 3ZZXA 3MWHA 5HFGA 4FO5A 2YWOA 4G19A 2OJLA 4WBJA 4HS1A 1FVKA 3E3EA 2WDUA 1QMVA 1O8WA 4G10A 2LEGA 1TOFA 1PRXA 3IRAA 3MNGA 3TRQA 2B6MA 4IELA 5KN2A 1AQVA 2C0FA 2ON5A 1PKZA 5IMFA 2LV3A 1M99A 1OKTA 2RM5A 1T4ZA 3GIXA 5ECLB 3GTUB 2EIRA 3KTLA 3EMXA 4JR6A 4HQSA 1R4WA 4PQ1A 2FWGA 4PGTA 5H5SA 1B8XA 2FNOA 4IBPA 5ECPB 2F3MA 4GSNA 1OAZA 2LUSA 1F3AA 3L78A 1AXDA 1GUKA 1F2EA 3A2VA 4V2MA 3UBLA 3HZ8A 3RAZA 3F3RA 1ERWA 5IM9A 2HQTA 1SK2A 3ISOA 4IN0A 4HJ2A 1EP8A 1GWCA 3D21A 4POKA 3C7MA 3ERFA 4TXOB 1GRXA 1N2AA 2H6XA 2YN1A 6GSYA 4BA7A 2CA8A 1ZOFA 3ZMKA 2VL2A 1GTUA 4V2LA 1F3BA 4JR4A 4TOPA 2X8HA 4K7NA 3TJJA 2VLVA 1VF1A 3ZVJA 4N0VA 4WETA 1B48A 1XIYA 3TOUA 6GSSA 3ZFLA 2M80A 3WGDA 3Q74A 4OCFA 1TU7A 3M1GA 1M2AA 3IOSA 5H5QA 3IAS2 1A8LA 4JU5A 3DRNA 4KX4A 3IC4A 2Z9SA 3IA1A 2YJHA 2GTUA 3NOFA 5ECKB 2VO4A 5IIZA 1T8EB 1XXUA 4ZILA 3EURA 3LFLA 3VLNA 10GSA 1EEJA 2GVPA 4KGIA 4P3YB 1FAAA 4NWYA 2YPMA 2H19A 4XS4B 3ZIVA 4KH7A 3D22A 3H4KA 2H75A 2PPTA 1J0FA 2FA4A 2LJRA 1EP7A 2O7KA 1AQXA 4GSSA 3R3EA 1JZOA 2P5RA 3TKSC 2ZNMA 1PL1A 3TKSE 3GRXA 2F8FA 1XOAA 4DVCA 2GSRA 2RLIA 3H8QA 2M46A 2FWHA 2FLSA 6GSUA 1SL1B 5DQSA 4PQHA 2BJXA 4L0UA 3FZAA 2H73A 1J9BA 2HSYA 4G0IA 5KN3A 4MZWA 3EMPA 2LJKA 3J7Yk 1AQWA 3O76A 3HD5A 2LSTA 3TCOA 2KOKA 3EU4A 1DBYA 4JRRA 3VI7A 2ALBA 2H76A 1OC9A 4DEJA 4D73B 1EGRA 5ECNB 2XBQA 4NV5A 1SD8A 5E59A 3CBUA 5ECSA 5CRWA 4G2EA 3W6GA 4F9ZA 3GUSA 1M9AA 1A8YA 4KCAA 3BCIA 1YY7A 5L71A 1EOHA 3SWLA 2V6KA 3US3A 3DKSA 3VI5A 1X9WB 2K18A 2GT6A 4MZBA 2R6KA 2HNLA 1F37A 1FHEA 2O8VB 2IMFA 4MF7A 2DJ0A 2YWMA 3GKKA 2DLXA 1G7OA 4BL7B 5ABRA 2PGTA 3ZFBA 1RQMA 1A23A 4OCEA 5D93A 5DAKB 4CDOA 4O92A 2R3XA 1E6BA 3L9VA 2F8AA 4I2TA 3LYKA 1UC7A 4MPGA 5ID2A 1YEXA 4Z7XA 5CREA 1AUCA 5LCZA 5ECOB 1M7TA 3FYGA 5G2ZA 1A2JA 1F9MA 3ZRDA 5DALA 1VF4A 4MF5A 3G7YA 1TI1A 1XCCA 1O7UA 4NV2A 2GLRA 3TJGA 4PQIA 1N8JA 4PNFA 2TRXA 3JCML 3FY7A 5D73A 2GGTA 9GSSA 2CV4A 4IJ3A 3TGZA 3A2WA 1XWKA 1EGOA 2VIMA 2EIQA 5FHIA 2I3YA 3Q19A 3C1RA 3F0IA 5IPGA 2L57A 3GNJA 2V2GA 4LA1A 1FW1A 5GSTA 4WF5A 2FGXA 1ACVA 2V6OA 4V1Ap 4MK3A 3QPMA 1WIKA 2VL2C 4ZB8A 4KSMA 3GURA 4NPBA 1U87A 1KTEA 2HRKB 2DSAA 2AJQB 1AAZA 1DE2A 5D8IA 5A4UA 1ML6A 3O6TA 2I1UA 2YZUA 2CT6A 2X8GA 1GULA 3EC3A 3NZNA 4X43A 2LRCA 3TB2A 3H93A 1M2BA 4QL9A 1SK1A 2H0IA 4I97A 3PPUA 4AGSA 5JWQB 4ZB6A 4IS0A 2WS2A 1YQ1A 1XWGA 1GLPA 2BTOT 4KSOA 2VM1A 5IMZA 3QFBC 3FR3A 1TW9A 3F6FA 2WZ9A 2CX3A 3GN3A 3KGKA 5CAXA 4YH2A 2DJJA 4OD7A 1Q98A 2VCVA 2DIZA 2YOIA 3VK9A 1EWXA 5EY6A 2VUPA 1SYXA 17GSA 1A2MA 3HVSA 3FZ9A 3O3TA 3CMIA 4V2NA 3QAVA 4BVXA 3H1NA 1SJZA 5IMAA 1GSEA 3RHCA 2H01A 2EC4A 3ERWA 1W4VA 1SENA 2RIIA 5E4WA 4GLTA 1V98A 2YV9A 1OVNA 1THXA 5DQYA 3ME8A 3LG6A 1B9YC 2YZHA 1XW9A 5A5KA 3HJMA 3EINA 3GMFA 4K7OA 3LSZA 2K8SA 2C4JA 1QQ2A 2H6YA 4N30A 4FYBA 5CYYA 3G7IA 1G6WA 1WP0A 4RI6A 1SD9A 4OWYA 3KMOA 4DSSA 2JSYA 5ENUA 1O81A 2O87A 4JE1A 5JCWA 4LL4B 3L4NA 3DIEA 3NIVA 5J9CA 1MDJA 4QQ7A 16GSA 3RDWA 3HJPA 5AN1A 3HVXA 4J56E 1GLQA 4YAPA 4WBRD 5DVBA 3QAWA 4GF0A 2H30A 4KA0A 4KNDA 1PSQA 2IJYA 5DJMA 2HSMB 3HHVA 4OFTA 4GXZA 4BVYB 2RUEA 1GSUA 4WR5A 3DGQA 4ZL7A 1Y25A 1ST9A 2N5AA 4TR1B 5ECHB 4IP6A 1ILOA 1TK5B 4EKZA 2OA7A 2NPBA 3TOTA 3FRCA 2PVQA 1I5GA 2N5BA 3CTGA 1K0NA 3WGXA 1XZOA 3CSIA 2VAFA 2EIOA 1UVZA 2RUFA 3F4SA 4J2FA 4MZCA 3GYKA 2C80A 4XRAA 5IOWA 4AJ6A 3C1SA 3KMNA 2IMEA 2R4VA 1K0AA 5ECQB 2DIYA 4AF2A 2L4QA 4ECIA 3FHKA 4KAEA 1NW2A 2ZUPA 1X9MB 1YJ6A 2AB6A 4KDYA 5AIXA 4ML1A 1TK8B 2GT5A 3Q6OA 5DCGA 1NHOA 1WE0A 3VURA 3QCPA 3IE3A 1S3CA 3HCZA 4KE3A 2C1YA 1BX9A 4L5LA 4FQUA 3M9KA 3KH7A 3PR8A 1U88A 2GZPA 1HYUA 1PD21 4FH8A 3IV4A 8GSSA 3HA9A 3UVTA 1I9DA 3TJKA 2MMZA 1OC3A 2H6ZA 4OFMA 1FVJA 4DSRA 2AYTA 2HFDA 5IMVA 2R37A 4MMMA 4JBBA 5C00A 1EV4A 4EDYA 4X1UA 3QOUA 1O73A 2F51A 2HSNB 4MJEA 1TK0B 4EL1A 4H86A 4GRFA 4G9HA 1ZYEA 1WOUA 2YANA 1TP9A 3C73A 4HEA2 1K0DA 4HU7A 2B7JA 1ZMAA 2PVOC 4XCSA 1WRYA 5B7CA 2IMDA 3C8EA 1A0FA 5EPFA 3S9FA 5CP1A 2PN8A 2YNXA 1FOVA 4LLRA 2L6DA 1UN2A 2HE3A 1E2YA 3ME7A 2FA8A 1DUGA 2OE1A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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