2VCZA

Complex structure of prostaglandin d2 synthase at 1.95a.
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
198
structure length
198
Chain Sequence
PNYKLTYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIQYEDHRIEQADWPEIKSTLPFGKIPILEVDGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGNTEMEQCHVDAIVDTLDDFMSCFPWAEKKQDVKEQMFNELLTYNAPHLMQDLDTYLGGREWLIGNSVTWADFYWEICSTTLLVFKPDLLDNHPRLVTLRKKVQAIPAVANWIKRRPQTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Novel Prostaglandin D Synthase Inhibitors Generated by Fragment-Based Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTATHIONE-REQUIRING PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 74
structure length 198
sequence length 198
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 2007-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 2vczA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vczA01
5D73A 1AQVA 1F9MA 1WWJA 6GSWA 1TI3A 2KOKA 2R4VA 2YJ7A 4TRXA 2TRXA 3MWHA 3TDGA 1FW1A 3E0UA 3ERFA 3SWLA 2UZ8A 1GTAA 4KDYA 1EEJA 1PRXA 2A2RA 1R7HA 1O6JA 4FIWA 4WR4A 4EUYA 4K6XA 2HRKB 2HXKA 3S9FA 3BCKA 1ACVA 1K0AA 4TXVA 4HQSA 4V2NA 3VK9A 2C0FA 3F9UA 5ABRA 1J08A 3I43A 2H1DA 3V1WA 1XW9A 4N0VA 4Z7XA 3DIEA 4OD7A 4WETA 1MD3A 19GSA 3H8QA 5LD0A 5CO3A 5FHIA 1TK8B 5D96A 1XW6A 5ECLB 5E59A 1AQXA 4HOJA 4MZBA 1SKWB 1X5CA 1FG4A 4KSMA 3FR3A 3F6DA 1ZOFA 4MPFA 3FR6A 2GS3A 4BL7B 2H66A 1RK4A 2L4CA 4MP4A 1DUGA 2HSMA 1OE7A 3C8EA 3O76A 4HDEA 1VF2A 3LXTA 4FYUA 2HQTA 1Z7PA 2YN1A 4TN8A 5IO0A 4EO3A 2IIYA 3EWLA 3VPQA 3D4TA 1H75A 3F4TA 4BWSA 1MDIA 1XOAA 2TIRA 4ZL9A 1GNWA 3Q74A 3CSIA 3KZQA 3RAZA 1VF3A 2OBKA 3WD6A 2H76A 2MBTA 5DJLA 1LBKA 2C3NA 3TKSE 1G0TA 2JZSA 2PU9C 3J7Yk 1GSSA 4KGIA 3LYKA 4YAPA 4YQVA 2HRFA 1PN9A 3ZRDA 5B8AA 4CDOA 4NXIA 2NVLA 3FK8A 2WB9A 4PXOA 2RLIA 1OKDA 2GGTA 3ISOA 4G0KA 2REMA 2VOCA 2XPDA 5JWQB 1ZGNA 5ECIB 3DVWA 3P7XA 1TKDB 2GQKA 3GIXA 2C3QA 4GSSA 4ZL7A 1A0RP 1GTBA 3FW2A 3F4RA 4JR4A 2E2GA 3U5RE 2X99A 2PMTA 1NW2A 3H79A 4KNDA 2DJ2A 2CT6A 1U3AA 3GSSA 2L59A 1OC9A 1O8WA 3ZIJA 4HS1A 3RHBA 1Y6EA 5AIXA 1X9WB 3I6AA 2X8GA 3IHQA 4BVYB 5DVBA 1Z5YE 5G1LA 3O6TA 2LRTA 2LEGA 1GSFA 4KB3A 3EE2A 3C7MA 3GKMA 3VURA 2VLUA 5KN1A 1GSDA 2AYTA 4JBBA 5DBQA 4ULXA 3AY8A 4IBPA 1WJKA 3W8SA 2OE0A 1F3BA 2AV4A 3HKRA 8GSSA 2DSAA 3LGCA 2LJRA 1EOGA 4XRDA 4O92A 2GSTA 1SJZA 1G6WA 3TGZA 4LMVA 2JZRA 4JZQA 1SU9A 3GTUA 2FNOA 1XZOA 4OO5A 5DAKB 2YANA 4HQZA 2FGXA 1SYRA 2GVPA 3LORA 5ECOB 4NHWA 3Q18A 1PGTA 5EVOA 2JSYA 1QGVA 4Q5QA 1ABAA 3GV1A 2V6OA 3VI5A 3M0FA 5CP1A 5E4WA 2CV4A 3QOUA 1G7OA 4F2IA 2YZUA 4OFNA 4BWQA 3KXOA 4TKYA 4NV2A 4E8HA 1M0UA 1UVZA 2R37A 1THXA 1X9MB 2IL3A 4KDUA 18GSA 5CAXA 4LLRA 2FCHA 5IIZA 2P5RA 2H1AA 1EP7A 4IJIA 1R4WA 3GKXA 2C0DA 2HE3A 1YEXA 2I9HA 5IMFA 1WOUA 3LEFA 2C3TA 4TW5A 3TKRA 1K0MA 2VM1A 1EP8A 3TJBA 2JU5A 1S3AA 3D5JA 4KX4A 1ERVA 4QL9A 2V41A 4XS1A 1CQGA 1THOA 1WP0A 2DIYA 3VWXA 5KN3A 4HU9A 1V57A 4IKHA 1I9DA 2IFQA 2VLTA 3GH9A 2HRNA 2L6DA 4G2EA 4IN0A 4BA7A 2ES7A 1K3YA 5DDLA 5D9VA 3M9KA 10GSA 4ZIJA 3KH9A 1OKTA 2LJKA 3UMAA 4XTSA 3W6GA 4GQCA 3TRPA 4PGTA 4NMUA 3PR8A 2ON5A 2LNSA 5G5FA 3M1GA 1TI1A 1XBSA 5DCHA 4WBJA 2AAWA 3KJYA 2HFDA 2IWTA 4K9ZA 3TOUA 2L57A 2VL3A 3GKNA 3VWVA 1X5DA 1XWKA 2YPMA 2RUFA 4G9HA 4ZBBA 4ISDA 4MJBA 3G7JA 4POLA 2YNXA 4EDZA 2KHPA 3BBYA 4ZB9A 3KTLA 2HRAA 2VCWA 1WRYA 4NPBA 3FZ5A 4KF9A 4NHZA 2ZNMA 1YKAA 3BD2A 2DJJA 3GH6A 5F05A 3APSA 2YWMA 4MMMA 1USBA 4GSTA 5G5EA 1UA5A 1VGLA 2HZFA 3FR9A 7GSSA 1WMJA 4N30A 3CRUA 3KP8A 3CYNA 1SENA 3EURA 2L5LA 2IN3A 2MBSA 1GLQA 3ZMKA 4F9ZA 2B3SA 3KEBA 1O81A 1OE8A 3HY2A 4TXOA 3FZ4A 1YDKA 4OFMA 1O85A 6GSTA 12GSA 5ECPB 1JZOA 4XHMA 3CMIA 4MZCA 2C0GA 4QQ7A 2H1BA 1BEDA 4CHSA 3VLNA 1E2YA 3RHCA 3KTBA 2KP2A 1XPVA 1V9WA 3TJJA 3CTFA 5D93A 1DE1A 4PNGA 3HJOA 3C1SA 2HRKA 4BVXB 4MK3A 4TR4A 2RM6A 3F63A 2YV9A 2DJ3A 2XHFA 3ZFLA 4YQMA 1AAZA 3GFKA 2H71A 13GSA 3US3A 5A4UA 4ZB6A 5IPGA 3WGEA 2F8FA 1A8YA 3JCML 1B8XA 3C71A 2M46A 3KCMA 2NPBA 2MMZA 3ME8A 3VFIA 1ZCPA 1JZWA 1XOBA 2OACA 4BL7A 1W89A 5LCZA 4AJ8A 6GSSA 2RM5A 2H6YA 5D9XA 4FYBA 2BJXA 2HZEB 3ZREA 3IDVA 2H75A 5A4VA 2LSTA 2JL4A 1I5GA 5HFGA 4POMA 4ID0A 2GSSA 5ECMB 3NOFA 3CBUA 2CX3A 3IV4A 1Y25A 2KLXA 2X64A 3ERGA 5A4WA 3SBCA 1FB0A 4GSNA 5J41A 2DMMA 1ZZYA 2VL2A 2OBIA 5IMCA 2VAFA 5J9BA 2TRCP 4K0NA 3EU4A 1QXHA 4PQHA 3HZ4A 4EKZA 3RBTA 5CRHA 5L71A 5ECHB 4ZBAA 4XS4B 1V98A 3M8NA 5GAND 4I2UA 1TU7A 2HSHA 2GLRA 2JZTA 2E2MA 2YWNA 1A24A 3ZTLA 5ID2B 3KMNA 6GSVA 2FY6A 1RW1A 2OKAA 4EE0A 3CSHA 4GXZA 1A2LA 1K0DA 5IMZA 3DYRA 1SKRB 1M9AA 3J7Yb 3D0ZA 3ZZXA 1XIYA 1UN2A 4MABA 2FA8A 1XCCA 2CVBA 3A2WA 1WIKA 4POKA 2BTOT 2VCZA 3F4SA 2EIQA 1Q98A 4K7NA 3LWAA 4L0WA 1GUMA 3EINA 1URMA 1A2JA 3RDWA 5D9WA 2YWOA 2CZ3A 2GT6A 1ZL9A 4L5OA 4QL7A 2VO4A 4KCAA 3O3TA 5EL8A 2EIRA 4MZWA 3QCPA 5ECSA 3H93A 4LL4B 5G1KA 2OJLA 2XBIA 3IK9A 4BVYA 1CQHA 1TK5B 2FD3A 3E9JB 1JFUA 2LRCA 4IP1A 3NIVA 4I8BA 1GSYA 2LTKA 1ERUA 1R5PA 4WXTA 5JWRB 4WF5A 2H0HA 1H4OA 4WR5A 3IC8A 1BG5A 2A4VA 5FT3A 1SD8A 1G7EA 1HD2A 2PERA 4AJ6A 4K0GA 4KE3A 16GSA 5C04A 1K0BA 1YF1A 3GX0A 2NDOA 4V1Ap 4PURA 1A2MA 4DEJA 2VCQA 3TRQA 3ZVJA 3ZFBA 2EC4A 3WT2A 5F06A 2WRTA 5DAKA 2FWEA 2DJ0A 3GA4A 5C00A 3GN3A 2G0FA 2HLSA 2PWJA 2IMEA 2DBCA 5GZZB 2L5OA 2VUPA 3HD5A 1Z6NA 1Z7RA 2ZUPA 3DD3A 3MNGA 3QAWA 1YEPA 2NTOA 3IOSA 1YKCA 1GULA 2VCVA 4Q5RA 4ML1A 1S3CA 3QR6A 4ILFA 4G10A 2H73A 3UJ1A 1EZKA 3IC4A 2V6KA 3U6VA 1Z3EA 2C80A 3DEXA 2HSMB 3QFAC 2WDUA 2VCXA 5IPHA 1DBYA 4TR0A 4K8MA 1R5AA 1YF0A 1GRXA 4PUAA 4IVFA 2CAIA 3GNJA 2WZ9A 1HNAA 1GL8A 2IMFA 5DALA 5HFKA 4OCFA 1VF1A 2C0EA 1TRVA 4RI7A 3HA9A 1O7UA 3MAKA 2FUG2 4ECIA 4IGJA 3EMPA 1MDJA 2LQOA 2YV7A 3GUSA 3HVSA 1B4QA 4HU7A 1TXXA 3TB2A 1U6TA 4FYCA 3CRTA 2YJHA 1Q4JA 4GLTA 3VI7A 4DSSA 3DWVA 1OVNA 2PGTA 5J4UA 2DC5A 5DQSA 1S3DA 3H1NA 2H0IA 2VL2C 4Q5FA 4KW6A 3TJGA 5AGYA 1TJDA 1FVKA 2FLSA 3D22A 5CNWA 4JR6A 2P5QA 3DRNA 1U87A 2FWGA 4IHUA 2L6CA 3EMXA 2QC7A 2F9SA 4GTUA 4JRRA 5DCGA 3DKSA 2K8VA 1GSQA 2CVKA 1M9BA 1ERTA 1AQWA 4V2LA 4YQUA 2VD0A 3BCIA 1GLPA 4AF2A 4FH8A 4HEA2 2O89A 9GSSA 3NZNA 2LRNA 1V40A 3GHAA 2E7PA 3HZ8A 4XIHA 3HVXA 3IAM2 5CRDA 1PD21 4GRFA 3KMOA 4O32A 3KGKA 4RQXA 1XFLA 3DMLA 4ECJA 1EV9A 4ECCA 5ELAA 3GL3A 2P31A 3A3TA 3L9UA 1QMVA 4KCEA 4OCEA 2B7KA 2QKEA 1KNGA 4Q5NA 4RUVA 1FAAA 1FVJA 3UL3A 3E3EA 4JE1A 3QAGA 5D9TA 1K3LA 3HHVA 1N2AA 3M9JA 4E8EA 3APOA 3TOTA 5CYYA 2H70A 1SD9A 1DE2A 4IS0A 3N5OA 3IXRA 3APQA 3UOMA 1JHBA 2I3YA 2HNLA 4BVXA 4WEYA 3C1RA 4O5RA 3WGDA 4PX1A 2O85A 3MDKA 5ECQB 2F51A 2OE3A 2XC2A 2I1UA 2DMLA 1O8XA 1TRWA 3FEUA 3GTUB 2H30A 4KA0A 3H4KA 4IQAA 2HSNB 3ERWA 3GYKA 3P8WA 5KEJA 3FY7A 2LKUA 1C72A 4HI7A 5HQPA 1W4VA 3HXSA 1GNEA 1PX6A 3LQ7A 5HR1A 3MSZA 3G7YA 5JCUA 2K8SA 3TUEA 1M2BA 3C73A 5HR0A 4G0LA 3ZL5A 2HZEA 2GZZA 1OC3A 3FKFA 1M2DA 5DJMA 4EDYA 1BQ7A 2WULA 4OO4A 4LA1A 1B48A 3R3EA 4DSQA 1Z9HA 4V1Ag 1HNBA 1ILOA 2PVQA 4I2TA 1ST9A 2YZHA 5ENUA 2X8HA 1FB6A 2GSRA 5B7CA 3L0HA 2DJKA 4N0ZA 4XS4A 5GSSA 2I81A 4ML6A 4MF7A 1TRUA 1XWAA 3KH7A 4XS6A 5ID2A 4ZB8A 1ZYQB 3EU3A 3TKQA 3I9V2 3DVXA 3KM6A 1U88A 2QSIA 1TU8A 4G0IA 4HZ2A 6GSUA 4IELA 3UARA 1MDKA 4DVCA 3K8NA 2O8VB 1X9SB 3PH9A 1PQNA 4GQFA 1V2AA 4EVMA 5EY6A 1HQOA 2DIZA 3TKSA 1ML6A 4J2FA 2CQ9A 2ZCTA 4XCSA 5CRWA 1T8EB 1KEBA 1EWXA 3Q19A 3UIWA 2WFCA 2R5GA 2L4QA 4DSRA 3DGQA 5JCGA 5ECRB 4TOPA 2VM2A 1SKSB 3R2QA 1SK1A 3ME7A 2V2GA 3EC3A 4PUFC 4GCIA 3ZVJD 3KP9A 5INYA 1A8LA 4ECBA 3GRXA 2LNTA 5IMAA 1AUCA 4OMVA 5G31A 2GQMA 5G30A 1XWBA 3CSJA 4MJEA 4KUNA 1GTUA 1JLVA 1X5EA 1PL1A 1GSEA 1TW9A 4TVEA 3IPZA 3QFBC 2G2QA 4MJAA 1IYHA 3KIJA 3D4MA 1EOHA 4K2DA 1AC1A 2F3MA 1MD4A 2PBJA 1BX9A 2RIIA 3F3QA 2LQQA 3HVVA 2H19A 4I5QA 1T1VA 5HFIA 1GWCA 4L0UA 4RQRA 2O87A 4IP6A 3LYPA 1OC8A 3GX8A 1JLWA 2VL9A 4J56E 4O7HA 1EGOA 1T7PB 3G9BA 5GAPD 1SL1B 5H5QA 5B6MA 1K0CA 5AISA 1PKZA 2J23A 1TDIA 3L78A 1XWGA 3UAPA 5KN2A 2WS2A 4PTSA 1F3AA 3ZLPA 3D6IA 3RPNA 1Z6MA 1ERWA 5DQYA 1T00A 4JU5A 4OWYA 1F6MC 2N5FA 5HR2A 4IQ1A 2GTUA 3QAVA 4TR1B 3IAS2 5F07A 5COHA 1GUKA 4HJMA 3FZAA 3Q6OA 4PNFA 4L5LA 2R3XA 3N9JA 1T3BA 5BMUA 2PVOC 5J9CA 3BOAA 2V32A 2Z9SA 1BJXA 4P3YB 1AXDA 3LSZA 4X1UA 3KD0A 3QPMA 4JEDA 5G2ZA 1JZRA 4GF0A 1TTZA 1DSBA 4K1FA 1KTEA 3GMFA 1NM3A 5AN1A 5IOXA 4LMWA 4D73B 2GT5A 1T4YA 3W8JA 3EYTA 3GKKA 4HJ2A 3L9SA 1XW5A 3IRAA 2I4AA 2GQLA 5B8BA 2MYGA 1YZXA 3I69A 3WT1A 2H01A 4KH7A 1K3OA 2IMIA 3UEMA 3WGXA 1TK0B 3IE3A 3QDNA 4NWYA 2M80A 4BPYA 3PGTA 4MH3A 4AGSA 1PL2A 5D8IA 3UBKA 1K0NA 4WF4A 1ZMAA 1SK0A 2K18A 1NSWA 3HYPA 1HNCA 2YP6A 1KBNA 2WJUA 2PUKC 2H6XA 4F0CA 2X8CA 4POBA 2J9HA 2K6VA 3L9VA 4I97A 3TJFA 5H5RA 14GSA 1B4PA 3TCOA 2EIOA 2CVDA 2IMDA 6GSXA 4OFTA 4FQUA 20GSA 2HSYA 1K0OA 2CX4A 1FOVA 2JADA 3HJPA 3ZYWA 5J3RA 2B5XA 4MJCA 2M72A 5LNKe 3ZMLA 3VWWA 4MF5A 4WBRD 2B7JA 4RI6A 2P0GA 2HT9A 3TKSC 2B5EA 3TKPA 3P90A 1PMTA 2AHEA 3IK7A 3WYWA 3LXZA 4YH2A 2MMAA 3IA1A 4NV5A 4K7IA 1XVWA 2CAQA 2LJAA 3GL5A 4ZXGA 3IBHA 4ZILA 2YWIA 1QK8A 1N8JA 1QFNA 2XBQA 1AW9A 1R26A 1M2AA 2H1GA 4KSOA 1SJIA 3FYGA 5H5SA 1GH2A 3M3MA 5ECNB 1NHOA 17GSA 3F0IA 4USSA 5KN0A 3UVHA 2OA7A 3GURA 2OADA 2V1MA 2ON7A 3F8UA 3HCZA 4K7OA 2MZCA 3VWUA 2IPAA 1SYXA 5HR3A 2DJ1A 1FO5A 3F3RA 6GSYA 1WE0A 4MH2A 1FHEA 5F8BA 2MMNA 1PA3A 2H74A 4PQIA 4EC0A 3G7IA 1E6BA 2PPTA 3QD9A 2IJYA 4F82A 2F8AA 3IR4A 1TRSA 1SL0B 1SK2A 4EL1A 2C4JA 5CREA 1EEMA 5A5KA 3VPTA 4N10A 2VD1A 4WKWA 1B9XC 1OYJA 1PKWA 2FWFA 2D2ZA 1OC9B 4L8EA 2PN8A 2OE1A 2AJQB 1EV4A 1LU4A 1BYEA 2KUCA 4PQ1A 1QQ2A 2YOIA 2HYXA 1MTCA 2AB6A 3HJMA 5F0GA 2K9FA 2BMXA 5J5NA 2N5BA 2NBSA 5CRGA 2VIMA 4YAVA 1GP1A 1ZYEA 4F03A 3PINA 5IMVA 2LV3A 2FHEA 1T4ZA 3UVTA 5B6NA 5DALB 2H0GA 3ZITA 3D21A 2FA4A 4GWRA 2WGRA 5AIVA 3UBLA 2JSZA 1B9YC 1ON4A 3BJ5A 3OR5A 2LUSA 3FRCA 3CTGA 2LS5A 3F6FA 1SJ6A 2E0QA 4XRAA 2B6MA 3FHKA 4DSSB 4FO5A 5IOWA 3GSTA 5JWOB 2H72A 3TJKA 11GSA 5IQYA 2GDRA 1TP9A 4I6XA 4G19A 1XXUA 1JZDA 4MLYA 1U3IA 4H86A 4CW9A 4HZ4A 2C8UA 2FWHA 2DLXA 4TR3A 2XPEA 1PX7A 4V2MA 1TOFA 1X0RA 5ECKB 1WPIA 1YQ1A 1GTIA 4KDXA 3HDCA 4MDCA 2JACA 1YJ6A 1BAYA 3A5WA 3FZ9A 2HI7A 2H8LA 2QGVA 2R6KA 5EPFA 2B1LA 1F37A 4X43A 4ZBDA 2CZ2A 1VF4A 1J9BA 5FWGA 4IJ3A 3ZIVA 2AUVA 4MF6A 2IFQB 4LL1B 2A2SA 3A2VA 4N11A 1AIUA 5IM9A 1RQMA 22GSA 2GSQA 1A23A 3PPUA 3LFLA 5GSTA 4ACSA 1A0FA 1IYIA 4F0BA 1VRSD 1M7TA 1EGRA 3P2AA 2CA8A 2GZPA 2RUEA 2YCDA 3LJRA 1O73A 1PSQA 1HYUA 3QMXA 2B1KA 3EVIA 2O7KA 4TR1A 3TRXA 4MPGA 4AJ7A 4HUAA 3LG6A 1YY7A 4ZL8A 2VCTA 3DXBA 4MA9A 1NHYA 2WCIA 2KP1A 4IW9A 2C1YA 2VLVA 2MMOA 1SL2B 4MCUA 1LJRA 5JCWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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