3DD3 | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	210
structure length	210
Chain Sequence	MPPYTVVYFPVRGRCAALRMLLADQGQSWKEEVVTVETWQEGSLKASCLYGQLPKFQDGDLTLYQSNTILRHLGRTLGLYGKDQQEAALVDMVNDGVEDLRCKYISLIYTNYEAGKDDYVKALPGQLKPFETLLSQNQGGKTFIVGDQISFADYNLLDLLLIHEVLAPGCLDAFPLLSAYVGRLSARPKLKAFLASPEYVNLPINGNGKQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__819383997560905__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__819383997560905__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3DD3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__819383997560905__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"819383997560905","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3DD3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__819383997560905__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfea0fdbe470e7bbe9d5f20/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfea0fdbe470e7bbe9d5f20/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfea0fdbe470e7bbe9d5f20/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfea0fdbe470e7bbe9d5f20/pdb.gz): 2719 ms

reading 210 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

210 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:209});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Rational design of an organometallic glutathione transferase inhibitor pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione S-transferase P
total genus	77
structure length	210
sequence length	210
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2008-06-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	3dd3A02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3dd3A01

2M46A 1ZL9A 4ID0A 5F07A 3QDNA 3ZMKA 1PA3A 2F51A 5GZZB 3G7IA 1MD4A 1JZOA 4KDUA 2YCDA 2V6OA 1GP1A 4X43A 2C3TA 3VK9A 1K0MA 1GH2A 4HOJA 5FT3A 4PURA 2JADA 1RK4A 2H0IA 4X1UA 5DQYA 1A23A 1XFLA 3KTBA 5DALA 1R7HA 1XVWA 3SBCA 1K3OA 1EOHA 3VURA 1QXHA 4J2FA 2VM2A 2VLVA 2HSMA 2FCHA 3LSZA 4HDEA 5IO0A 3RAZA 2OKAA 2V1MA 2VOCA 3KIJA 2TRXA 2YWIA 4HS1A 1F3AA 5DAKA 1FHEA 1B8XA 4RI6A 1MDIA 2H6XA 4XS4A 2LEGA 4MH2A 2V41A 2FWHA 2Z9SA 4DSQA 4PQIA 3NOFA 2DJ1A 5DQSA 1PMTA 5GSTA 3LG6A 1YF1A 1ACVA 2RUFA 5F8BA 5G31A 1Z7PA 1OKDA 4DSRA 1G7OA 1PL1A 3CXGA 2CT6A 3C7MA 2FY6A 2FNOA 3IE3A 4YH2A 1FB0A 2YN1A 4GTUA 2LRCA 1QFNA 2WCIA 3GSSA 3HCZA 1GSDA 2OJLA 1E6BA 2GSSA 5ECHB 4EO3A 3VPQA 3D6IA 2N5FA 3HJOA 2L6CA 2LUSA 3IC4A 4IELA 3DVXA 2EIQA 3TDGA 4EL1A 4TKYA 4TR1A 1FB6A 2PUKC 2YOIA 2QKEA 3N5OA 1TRWA 4NV5A 4K7NA 5BMUA 2P5RA 2H0HA 4G2EA 1BG5A 1O81A 1GNWA 2YPMA 4IS0A 4LLRA 1F2EA 1TU8A 4Q5FA 2CX3A 4XIHA 2CZ3A 3TRXA 1TK0B 4TN8A 3RHCA 1WE0A 1TRUA 3IR4A 1B4QA 3LWAA 4LL1B 4GLTA 1V2AA 3HVSA 5IIZA 5C00A 1T7PB 1E2YA 1H75A 3M8NA 5ECIB 3P8WA 6GSUA 5B8BA 2TRCP 2VCXA 2I1UA 3TJKA 1K0AA 5AISA 2L4CA 5B7CA 4KDXA 2UZ8A 3F8UA 2HSMB 1AIUA 5E59A 5A4UA 5A4WA 4MPGA 2C0EA 3UBKA 5KN1A 5KN3A 4IN0A 1ZMAA 2R4VA 2IFQB 4GQCA 1GTIA 3F63A 1OKTA 1SKSB 5CO3A 2LNSA 4Z7XA 2CAQA 2XBIA 5CREA 3LXZA 3QR6A 4DVCA 1UA5A 3NZNA 5D9VA 5IM9A 1PN9A 4ZB8A 3VWXA 1GSYA 3TJFA 2IMIA 1WWJA 2XBQA 3ZLPA 2O89A 5FWGA 4I2TA 5E4WA 5A4VA 1A8LA 2H6ZA 3GA4A 4N30A 1TI3A 2C0GA 16GSA 4FYUA 1M2DA 1K0BA 1SYRA 1FW1A 1GRXA 5H5SA 5DBQA 1F3BA 3U6VA 1TU7A 3C1RA 4HZ2A 5HFGA 2J9HA 3L78A 5F0GA 2G0FA 5CAXA 1FO5A 1QGVA 1U88A 3C8EA 2VLTA 4FH8A 3ME7A 1U87A 2R3XA 3D21A 2DJKA 5IMFA 1JLWA 3VLNA 4BVYA 4L5LA 2L5LA 4V2LA 1AUCA 4JZQA 4TVEA 1ML6A 3QAWA 5ECOB 3DYRA 5H5RA 3GSTA 4HI7A 4HQZA 2L5OA 2LS5A 7GSSA 1HNBA 4NHWA 2IMDA 2YV9A 3F3RA 1SJIA 1F37A 5B6NA 2GSRA 2IIYA 1NM3A 3BCKA 3DKSA 5ECNB 4MJAA 2FUG2 2I3YA 3KP9A 4FO5A 1PQNA 1WOUA 2ON7A 2H1GA 1CQGA 3TCOA 2WZ9A 1PX7A 4O7HA 3FKFA 1URMA 4EDYA 2WB9A 3H1NA 4F0CA 4GWRA 4HU9A 2NTOA 1ZGNA 5D9TA 2LRTA 4GSTA 4K7IA 1ERVA 4POBA 1FVJA 1BAYA 4EVMA 3ZFLA 3IV4A 4IW9A 3DD3A 2H0GA 5AIVA 1J9BA 1XPVA 3R3EA 3UOMA 1YDKA 5C04A 2LRNA 3ERFA 2R5GA 3EE2A 1R26A 2PVOC 2JZTA 3HYPA 3WGEA 3UL3A 2NVLA 4K2DA 1BYEA 2J23A 3GH9A 3P2AA 2LTKA 5AGYA 5L71A 3G7JA 2PMTA 4IKHA 2M72A 2B5YA 1USBA 1J08A 1M2AA 3ERGA 4G0KA 3MWHA 4ZB6A 4LMWA 1Q98A 5D73A 3CTFA 4HUAA 1WIKA 3DEXA 2VIMA 4MABA 1B48A 2R6KA 1XCCA 2PU9C 5B6MA 1TRSA 2WRTA 3BD2A 3GFKA 2O8VB 1T8EB 1T4ZA 4BA7A 4ECCA 4F0BA 4G10A 3KMNA 1X9SB 1Y25A 3IDVA 2CV4A 1GSEA 1ST9A 3A2XA 3O3TA 3ZITA 18GSA 4PUFC 2V2GA 4MJBA 4G9HA 4WR5A 3HA9A 2KUCA 4KE3A 2QC7A 1Z7RA 4P3YB 4KNDA 1GUKA 1QK8A 1SD8A 4EE0A 2A4VA 3J7Yb 2H66A 4YQUA 1X5CA 2C4JA 3TOUA 1TJDA 3GKXA 4JEDA 3F6DA 3PH9A 3TGZA 5CRWA 2VL9A 4LA1A 1YEXA 4EF0A 5FHIA 3IK9A 1MDKA 2NPBA 2VO4A 2R37A 3VPTA 4Q5QA 5HR0A 2CAIA 2YZUA 4K7OA 1YF0A 1GSUA 2DLXA 2VCWA 3LJRA 4WETA 3IBHA 2JZSA 4MMMA 4NMUA 5LD0A 5B8AA 4NV2A 2VCZA 1VF3A 2B5EA 3W6GA 1F9MA 1Z9HA 3HZ8A 4MK3A 2YJ7A 4DSSB 2EIOA 3MNGA 1T4YA 4PNGA 3Q6OA 3M3MA 5CRDA 5HFIA 3I69A 1TOFA 2HYXA 4WEYA 1FVKA 3MAKA 6GSTA 5J4UA 2AJQB 4IHUA 3A2VA 2CX4A 2PBJA 4BPYA 4BL7B 2CZ2A 1OVNA 5F05A 2DIYA 3LYPA 3HD5A 4KX4A 3GTUB 3WGDA 2K8SA 2GQLA 3TKPA 3TJGA 2H1DA 1JZWA 5ECQB 2FWEA 3D22A 3QAGA 3DXBA 2GDRA 1B9XC 3DIEA 1Z5YE 1SU9A 4JU5A 2VCTA 1EZKA 1WPIA 2HT9A 1LBKA 3UIWA 2XPDA 2YWMA 1S3DA 1OC9B 1MDJA 1G6WA 2N5BA 4ZIJA 5IMCA 1PGTA 4WBRD 2OBIA 4KAEA 1A2MA 2EIRA 1VRSD 3GX0A 1N2AA 4HEA2 1I5GA 1PKWA 3Q19A 3IHQA 2E2MA 3L0HA 2X99A 1U3IA 4ZL9A 4PXOA 5AIXA 2L6DA 4OFNA 19GSA 1ABAA 2C80A 1M99A 1AQVA 4YAVA 2IFQA 2B5XA 1KNGA 1W4VA 2C0FA 4MDCA 3M1GA 4ZBAA 3ZFBA 3DWVA 3F4SA 4L0UA 3KTLA 3PR8A 3PGTA 2ES7A 2DC5A 1GUMA 5J41A 1XOBA 1KBNA 1ZOFA 2GSTA 4OO4A 2OACA 1GL8A 2DJJA 1FG4A 1OYJA 11GSA 1SK1A 3ED3A 4ZL7A 2KOKA 4KSMA 1A2JA 3LORA 1TW9A 5IOWA 2DMMA 2PN8A 4WF5A 20GSA 4KB3A 1XWGA 4TR3A 4OCEA 3GRXA 4CHSA 4ML6A 3PPUA 2PERA 1TI1A 4IJ3A 1U3AA 2I4AA 4MCUA 5CRHA 3CRTA 1EV4A 2H19A 3UVHA 2H1BA 1X9WB 2JU5A 1I9DA 4YQMA 2GTUA 3WD6A 4N11A 1WRYA 2GZPA 2JACA 4PX1A 2ZUPA 1SKRB 1QUWA 4TR4A 3ZMLA 2VL2A 4BWSA 1XW6A 2ALBA 1X9MB 3GNJA 4IP1A 5IPGA 4IBPA 3FRCA 4XS1A 5ECSA 3I9V2 3HXSA 2B1LA 2C8UA 3EMPA 4K0GA 4ULXA 1YJ6A 4HJ2A 1EP7A 1EEMA 3UAPA 3CBUA 4NPBA 1TP9A 1PSQA 4XS6A 2H70A 2ZCTA 2YWNA 1AXDA 4USSA 3EVIA 5IMZA 2VL2C 2HLSA 5IPHA 3HVXA 3HDCA 3Q74A 2H71A 5EPFA 3F0IA 5JWQB 3D0ZA 1Z3EA 1O73A 4MZCA 1DUGA 1H4OA 3U5RE 2O85A 2KP1A 4IVFA 1NW2A 3I43A 4EDZA 2WGRA 3RPNA 2VL3A 4K8MA 2MYGA 4HU7A 3GL5A 5ENUA 2HZEB 2LNTA 4MJCA 1M2BA 1Z6NA 2H01A 5G2ZA 1SL2B 2L4QA 1JZDA 6GSVA 3GX8A 1WJKA 2YP6A 1X5EA 9GSSA 3E9JB 1ON4A 3KH7A 1A2LA 1TK8B 1NSWA 4AF2A 1SD9A 2HNLA 1DE2A 3RDWA 1EV9A 2KP2A 4XTSA 2FHEA 3HJMA 3E3EA 6GSSA 3TKSE 1TK5B 2C1YA 4FIWA 2F3MA 1BQ7A 2DBCA 3EINA 2X64A 2X8GA 4Q5RA 5G5FA 1MTCA 3C73A 1C72A 2FA4A 4ZXGA 3M0FA 2LQQA 4OWYA 1M7TA 5GAPD 2HRAA 1OE8A 3G9BA 3TOTA 5J3RA 2CVDA 2GLRA 3UMAA 3ZVJD 2CVBA 4JR4A 5DJMA 2H1AA 3W8SA 5JCUA 3KJYA 2GZYA 2E7PA 1XBSA 3W8JA 4ILFA 3APOA 4J57E 2XPEA 3KGKA 1VF4A 2P0GA 3ZIVA 1YQ1A 2LKUA 2KLXA 3ZREA 1KEBA 1M9AA 4N10A 1SK2A 4L5OA 4BVXB 4AJ7A 4E8HA 4IQ1A 2JZRA 4TOPA 1XW5A 2RM6A 3LEFA 4JBBA 1HYUA 3FR6A 1O8XA 2X8CA 3GKKA 3G7YA 4XHMA 3ZL5A 2B3SA 4D73B 3GN3A 2C3QA 1LU4A 2REMA 3DVWA 3H79A 4MJEA 4GCIA 2HRKB 2AYTA 4HZ4A 1TRVA 1JZRA 2HFDA 2JSZA 1X5DA 3TRQA 1OC8A 4AJ6A 2CQ9A 2LQOA 2PPTA 3C1SA 4MF7A 2DJ2A 4K9ZA 1XWBA 1S3AA 2O7KA 2VLUA 2I9HA 2KHPA 2FD3A 2ZNMA 4GXZA 2GQMA 4JR6A 1Z6MA 3L9VA 3AY8A 4HQSA 1EWXA 5ECMB 3CMIA 3FEUA 2C3NA 1V9WA 2H73A 1PRXA 1ERTA 4WXTA 5ELAA 4NAXA 1WMJA 3ZYWA 4DSSA 3BJ5A 1K0CA 5CYYA 2OE0A 1T3BA 4KW6A 3O6TA 5ELGA 3ZIJA 1HNCA 2D2ZA 1M0UA 3F4TA 2WULA 1F6MC 4BL7A 22GSA 14GSA 2IMKA 3J7Yk 2OA7A 2V32A 1VF1A 4WKWA 2YANA 4GSSA 3GTUA 3UVTA 2WS2A 1XIYA 1V58A 2BJXA 1PD21 3EU3A 1ZYQB 4O32A 2WFCA 2FWGA 3GUSA 1O7UA 1OC9A 3KP8A 2FGXA 3KMOA 1HQOA 2GT5A 4ZBDA 2CA8A 4BWQA 2BTOT 1TDIA 1UN2A 1XW9A 1CQHA 4POMA 2HQTA 4G19A 1SL0B 5ECRB 4TXOB 1OC3A 3H4KA 3CSJA 2OE3A 2TIRA 3A3TA 1AW9A 5EY6A 1ERUA 1YEPA 5IQYA 3FZ5A 2HSHA 3ISOA 1DBYA 2AHEA 5KEJA 5AN1A 1K0NA 5J9BA 1YZXA 3HZ4A 2B1KA 4KUNA 3BCIA 4F82A 5DJLA 3FZ9A 3TJJA 3BBYA 3TRPA 3P90A 5JWRB 1EGOA 1ZCPA 4IQAA 2VCQA 3GH6A 1GLQA 3RHBA 2MMNA 4XRDA 3L9SA 3UBLA 4KCEA 2HE3A 4MA9A 1JHBA 3FZAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3DD3A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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