3EE2 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
sequence length	198
structure length	198
Chain Sequence	PNYKLTYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIQYEDHRIEQADWPEIKSTLPFGKIPILEVDGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGNTEMEQCHVDAIVDTLDDFMSCFPWAEKKQDVKEQMFNELLTYNAPHLMQDLDTYLGGREWLIGNSVTWADFYWEICSTTLLVFKPDLLDNHPRLVTLRKKVQAIPAIANWIKRRPQTKL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__89577094330309__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__89577094330309__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3EE2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__89577094330309__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"89577094330309","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3EE2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__89577094330309__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfec06543c3b43a63c79258/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfec06543c3b43a63c79258/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfec06543c3b43a63c79258/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfec06543c3b43a63c79258/pdb.gz): 83 ms

reading 198 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

198 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:197});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
publication title	Identification and characterisation of new inhibitors for the human hematopoietic prostaglandin D(2) synthase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione-requiring prostaglandin D synthase
total genus	73
structure length	198
sequence length	198
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2008-09-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	3ee2A02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3ee2A01

2B5XA 4G0KA 4IN0A 3QOUA 5KN1A 1TXXA 3HYPA 2OADA 3ZTLA 10GSA 3EVIA 3SWLA 3PH9A 2PVQA 2P5QA 5ECRB 1NSWA 2C80A 5J4UA 2OE1A 4KDXA 1GLPA 4O32A 3E3EA 2V6OA 2GDRA 2V32A 2H73A 4MK3A 2GGTA 3GH6A 3ED3A 2FY6A 1KTEA 3IAM2 3GNJA 3LGCA 4TVEA 5G1LA 3O76A 4MF5A 3UBKA 1EV9A 3F4SA 3GKMA 3GL5A 3RPNA 5GZZB 2H72A 4HEA2 2VOCA 4GSNA 1M9BA 1TRVA 2FA8A 1V40A 2H8LA 5IMDA 3VPQA 4N0ZA 2G0FA 2GSQA 4WBJA 5ECMB 4ECIA 1SKWB 4IS0A 4DSSA 1WP0A 4WF5A 3E9JB 3VWUA 5IPGA 3FK8A 2GZYA 1SKSB 3O6TA 4J56E 4JU5A 2CAIA 3RBTA 1BEDA 3APSA 5B7CA 3IK7A 4JR4A 4ACSA 4X43A 3F3RA 4GWRA 5ELGA 1A23A 1X5CA 5GAND 1MTCA 5ECSA 2V41A 3VWXA 2LNSA 4IVFA 3F6FA 2PWJA 1BJXA 4XS4A 3D0ZA 5FHIA 1ACVA 1EWXA 3IE3A 3UBLA 2HLSA 2MMNA 4WR4A 1JZWA 4G19A 3D4MA 2MBSA 2YZUA 1TK5B 1F3BA 5HR2A 3HDCA 4POKA 1R5AA 4PTSA 1GTIA 4NV5A 3QD9A 4BL7A 4ULXA 1PKWA 2FGXA 1XW9A 1EV4A 2PVOC 1M2AA 1EEJA 1PGTA 3MSZA 5A4VA 3KH7A 1OVNA 1DSBA 1ERVA 4MLYA 4WKWA 1T4YA 1F37A 5CREA 5DBQA 3JCML 4KGIA 4DSRA 1GSUA 22GSA 1NM3A 2KUCA 2L4CA 1YF0A 1Z6MA 4FO5A 1TJDA 4ZB9A 4TR0A 1FVKA 1U3AA 1TRSA 1C72A 3VI7A 3H1NA 3CTGA 1XXUA 2VLTA 6GSXA 2DC5A 1TU8A 1I9DA 2J23A 2HSMB 3ZMKA 4YAVA 2KP2A 2FD3A 3WT1A 4GTUA 3P90A 3BOAA 2BMXA 2FHEA 3F6DA 5J9CA 2K8VA 3L78A 5DQYA 3RHBA 2GSRA 5JWRB 2P5RA 3A3TA 2LQOA 1YDKA 2KP1A 3TOUA 4YQUA 2GQMA 2C8UA 1OC3A 2CVKA 2OBKA 3TKSE 4MF6A 2C4JA 4TW5A 2BJXA 2KHPA 4GCIA 2B5EA 1SK0A 3IXRA 2IMEA 4KW6A 4OMVA 1V98A 3IA1A 2HNLA 4MH2A 1F6MC 3TKPA 2H6ZA 1JFUA 1YY7A 2V2GA 4K1FA 3SBCA 2HI7A 3MAKA 1TKDB 3TJBA 2ZCTA 4WR5A 2IFQA 5D9VA 5KEJA 1E6BA 4FQUA 3J7Yk 3LSZA 3IAS2 1GSQA 2R3XA 4KSOA 4DEJA 3GFKA 4AGSA 2CX4A 3IV4A 2OBIA 5EL8A 3ZZXA 3QDNA 1K0OA 5LCZA 1EEMA 4L0WA 1PSQA 2H0IA 1F9MA 3EU4A 2ES7A 2IMIA 1YKAA 1WRYA 4DSSB 2VUPA 1NW2A 2HRFA 2LS5A 5ECOB 20GSA 1ZCPA 1G6YA 1TRWA 2LRTA 1FOVA 5H5QA 4OCEA 1T7PB 3A2XA 1YEXA 5FWGA 1SKRB 3KJYA 4ZL8A 2C0GA 2GSSA 4BVXA 4NPBA 1KNGA 1Q98A 2FCHA 2PN8A 5D73A 3DKSA 4KA0A 4ZL7A 4PNFA 2JZTA 4XS4B 2VL2C 4XCSA 3HJOA 3GMFA 2CVBA 2MYGA 3I43A 2AJQB 4YQMA 5CRWA 1W89A 2MBTA 4EDZA 2MMOA 4OFMA 4WEYA 2QSIA 1V2AA 3EYTA 4BL7B 3HD5A 2YCDA 3VURA 2M72A 3M1GA 1JZOA 4ZXGA 1IYIA 3CRUA 2B6MA 3GKKA 1AQWA 3FRCA 1LU4A 5G1KA 2VM1A 2F51A 3HZ4A 3QAGA 4HQZA 1VF1A 1SD9A 3RHCA 1EOHA 2VO4A 3HXSA 9GSSA 1U87A 5IMCA 2H01A 4IGJA 5AIVA 2I9HA 1F2EA 1O8WA 1PKZA 1GTUA 4JR6A 5EVOA 3KMOA 2H74A 2V6KA 2I81A 3LWAA 1VF3A 1XWKA 4EXJA 1MD4A 3L9UA 5HR3A 3NZNA 1U6TA 2REMA 1TRUA 5JWQB 4JZQA 2PMTA 17GSA 1XWAA 2LJRA 1V58A 2X99A 2XHFA 3GX8A 2H70A 3QPMA 5GAPD 5BMUA 2AYTA 1VF2A 2HQTA 1HQOA 3WD6A 3G9BA 3F4RA 3ZIJA 2NPBA 4KCAA 1BQ7A 4POLA 5CRGA 1R4WA 2GS3A 4MZBA 2H1GA 4MJAA 1K0CA 8GSSA 1T8EB 1TU7A 1QUWA 2IMDA 3F9UA 3DVXA 4H86A 1UVZA 2B5YA 2NDOA 4DSQA 5A4WA 2VLVA 3FW2A 6GSTA 1USBA 3FZ4A 5DJMA 1X5DA 1HNCA 1S3DA 1FG4A 2IFQB 4RI7A 1A24A 1UC7A 1XPVA 2FWFA 2YANA 3F0IA 1VGLA 2ON7A 3NOFA 4XTSA 3LXTA 1O6JA 2C1YA 4JE1A 2JSZA 3C7MA 5DCHA 1K3LA 3HKRA 3GH9A 2NVLA 2PUKC 1AC1A 1AW9A 1H75A 1O8XA 1A8LA 3IR4A 2V1MA 5KN3A 1TOFA 5IMFA 3WGEA 3ZREA 1K0NA 2CX3A 2DJKA 4I6XA 2IIYA 3LFLA 5G5EA 3TGZA 3PR8A 5CP1A 2GQKA 4MMMA 1RQMA 4G9HA 4F9ZA 3J7Yb 3D6IA 3FKFA 1K0AA 1VRSD 3VLNA 5A4UA 5HR0A 5C00A 1WWJA 1X5EA 4BVXB 3LQ7A 4GSSA 1QQ2A 2CA8A 2HSHA 4PQ1A 3H8QA 2YOIA 3BBYA 1B4QA 1Z6NA 4MDCA 3PGTA 3HVVA 2WGRA 2VAFA 2CAQA 2CZ3A 4EVMA 5DQSA 5HR1A 4ZBDA 1M9AA 1EP7A 1T1VA 3ZFLA 5E59A 2LSTA 2LRCA 1A8YA 2C0EA 1PL1A 1ZZYA 4ECJA 1XWGA 5D9WA 1G7OA 3QAWA 4KAEA 2EIOA 3FR3A 3G7IA 1YJ6A 4RUVA 1MEKA 2E2MA 3FR9A 3PPUA 3KH9A 1PN9A 4XRAA 3VI5A 3ZLPA 2HZFA 4RI6A 2VIMA 4QQ7A 3KXOA 1G6WA 5JCGA 2ALBA 1EZKA 2DJ3A 2N5AA 1PL2A 2YN1A 3FYGA 2YPMA 4I5QA 4GRFA 2LQQA 1OYJA 2CZ2A 2B7JA 2BTOT 2RM6A 1GUKA 1TW9A 1THOA 3I6AA 2WULA 2PERA 3GN3A 3TKSC 1F3AA 4FYCA 2WCIA 3WGDA 4BVYA 5HFIA 1X0RA 4N11A 2DIZA 5CNWA 3ERFA 1JHBA 4ML1A 1MD3A 1JLVA 4KDUA 4N0VA 2K8SA 2DSAA 1UN2A 3DRNA 1DE2A 2K18A 1CQHA 2EIQA 2GZPA 3IOSA 5IOXA 3KMNA 2A4VA 1SL2B 3DIEA 1FB0A 4KB3A 2GLRA 2R4VA 2VD1A 1DE1A 4HI7A 4TOPA 3CSJA 2IMKA 1FHEA 1EGRA 2WS2A 5FT3A 1J0FA 2GVPA 3D5JA 5DALA 2YWMA 4YH2A 2VL3A 4NMUA 2R6KA 3H79A 1X9SB 3ZMLA 3BCIA 3N9JA 2XC2A 3P2AA 1OC8A 3A2VA 1LBKA 4YQVA 4HQSA 1TI3A 3KTLA 2JZRA 3C8EA 2P31A 3LORA 2RUEA 2B1LA 3RDWA 5CRDA 2VCXA 1N2AA 5IM9A 5ECLB 3F3QA 4K7OA 1ZOFA 2DBCA 2F9SA 2GT5A 2DJ1A 2I3YA 3ME7A 2VLUA 2OA7A 5IO2A 2FUG2 1ERTA 2O89A 5ECKB 4Z7XA 3TKSA 2AB6A 4K7IA 6GSSA 2FWGA 3KEBA 3W8JA 1OAZA 3KP9A 3ZITA 4HU7A 2HRAA 2H19A 5ID2A 5DCGA 3QAVA 3EURA 4TRXA 4ZBAA 1O81A 5G30A 4ISDA 2Z9SA 2LRNA 3TRQA 5G2ZA 1KEBA 4EKZA 1PRXA 4HJMA 2AUVA 3HY2A 2DJ0A 2FWHA 4ZIJA 2XPDA 4JBBA 2IN3A 1BG5A 4HOJA 2L6CA 5JWOB 4E8HA 4KH7A 3DMLA 4K9ZA 1HNAA 4RQRA 1GUMA 2ON5A 4GLTA 1URMA 1T00A 2GZZA 4LLRA 3VWVA 3LYPA 4TR4A 5F0GA 1WE0A 1GLQA 1PQNA 1XCCA 1XIYA 3DEXA 3Q74A 3KTBA 2L59A 2YV9A 3M8NA 1GH2A 5D93A 1TDIA 2J9HA 4PQHA 5EPFA 4EUYA 3TB2A 5ABRA 3IK9A 4FYUA 1SJZA 1H4OA 3CXGA 4KUNA 2DMLA 2C3NA 3I69A 4BVYB 1ZMAA 4V2MA 1A0RP 2WFCA 5ECIB 4GXZA 2GSTA 1AIUA 1MDJA 3FZAA 2GTUA 2LEGA 2OE3A 4HZ4A 5LNKe 1PD21 1U88A 2HSNB 4HJ2A 2K9FA 4L5LA 4BPYA 2PGTA 4OWYA 3VWWA 5HFKA 1K0BA 1XW6A 4IJIA 1J9BA 4MP4A 5ECHB 4D73A 2VCVA 4XS6A 1RW1A 3DD3A 1BX9A 4PGTA 1XWBA 4TKYA 1R5PA 1TI1A 2JL4A 3FEUA 1AXDA 1A2MA 2X8CA 3GYKA 3TDGA 4V2NA 3HJMA 4I8BA 1XW5A 3IC4A 4KDYA 2N5BA 1DUGA 4G0IA 5DALB 4PNGA 2YJHA 2C3TA 2E0QA 1BAYA 1Z3EA 4TR1A 4HU9A 3D22A 1SD8A 4CW9A 4F0CA 5ECPB 4TN8A 2CT6A 4WF4A 2YJ7A 3CBUA 3KZQA 4IELA 5ELAA 2YWOA 5B8BA 4RQXA 4KX4A 3G7YA 1O85A 4NV2A 5KN0A 4IBPA 4TXVA 4G10A 2JACA 5B6MA 3Q6OA 1XZOA 3P8WA 5IQYA 3EC3A 1GRXA 2DLXA 3LXZA 1SYXA 4KE3A 2PBJA 3UJ1A 4K0GA 3UL3A 5J9BA 3OR5A 2RLIA 4K0NA 4V1Ap 5AISA 4G2EA 3IBHA 2TRXA 2FNOA 14GSA 5ID2B 18GSA 5G31A 1THXA 3KGKA 1HYUA 4L8EA 2B3SA 4BWQA 1K0MA 1K3YA 4N10A 3FHKA 3O3TA 5IMZA 2A2SA 5AN1A 1GSEA 2EIRA 2YZHA 4J2FA 1B9YC 2WRTA 2KLXA 1Z9HA 3C73A 1A0FA 4Q5FA 3LJRA 2H1DA 1UA5A 3CTFA 1AAZA 2CVDA 1Z5YE 4F82A 2M46A 1M2DA 3QFBC 3HVXA 4NHWA 4OD7A 2YWIA 2DIYA 1KBNA 2A2RA 4JRRA 4KNDA 3W6GA 3M9KA 3A5WA 3TKQA 4HUAA 2FWEA 3C1RA 1R26A 3APQA 1PX7A 5JCWA 2QKEA 3VK9A 1G7EA 4K2DA 4O7HA 5E4WA 1TK8B 1Y6EA 4LL1B 4NHZA 4OCFA 4MZWA 2MZCA 4L5OA 4EE0A 2M80A 4MJBA 3CSIA 2OE0A 4X1UA 3DGQA 3F63A 2ZUPA 1IYHA 2AHEA 1FW1A 1U3IA 2B1KA 5H5SA 2C3QA 4NWYA 3EMPA 2O87A 2H71A 4CHSA 1A2JA 2QGVA 3I9V2 1YKCA 3GRXA 4F03A 2MMZA 4XIHA 2VCWA 4D73B 5G5FA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3EE2A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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