3FYG | Genus

Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	217
structure length	204
Chain Sequence	PMILGWNVRGLTHPIRLLLETDSSEEKRAMGDAPDDRSQWLNEKFKLGLDFPNLPLIDGSRKITQSNAIMRLARKHHLCGETEEERIRADIVENQVMDNRMQLIMLCYNPDFEKQKPEFLKTIPEKMKLSEFLGKRPWFAGDKVTVDFLADILDQHIFEPKCLDAFPNLKDFLARFEGLKKISAMKSSRLSTPIFSKLAQWSNK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__09478094932006__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__09478094932006__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3FYG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__09478094932006__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"09478094932006","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3FYG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__09478094932006__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfeed881d4146eecc7bf83a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfeed881d4146eecc7bf83a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfeed881d4146eecc7bf83a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfeed881d4146eecc7bf83a/pdb.gz): 1356 ms

reading 204 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

204 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:203});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Rattus norvegicus
publication title	Conformational changes in the crystal structure of rat glutathione transferase M1-1 with global substitution of 3-fluorotyrosine for tyrosine. pubmed doi rcsb
molecule keywords	MU CLASS TETRADECA-(3-FLUOROTYROSYL)-GLUTATHIONE S-TRANSFERA
total genus	59
structure length	204
sequence length	217
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	1997-08-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	3fygA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3fygA01

2YZHA 1USBA 3VLNA 2FWHA 3CSIA 2REMA 4MZBA 4ZB6A 1SENA 3IRAA 3DIEA 3RAZA 3L0HA 2ON7A 4MLYA 5AIVA 3LQ7A 3TB2A 5AN1A 3ME7A 1E2YA 1O81A 7GSSA 3W6GA 3BBYA 1K0NA 2VCQA 3ZFBA 5ECSA 4USSA 2OACA 3PR8A 5CNWA 1QMVA 4I2TA 3HVSA 1KTEA 3U5RE 1ABAA 3IDVA 2V41A 2HFDA 3UMAA 1B9XC 5IOXA 1SK0A 4YAVA 3IR4A 2H75A 2M72A 11GSA 3VFIA 6GSXA 5IPGA 3GSTA 1XXUA 1GRXA 2ALBA 1R5AA 2KLXA 3ME8A 1TRUA 3R2QA 2DJ2A 1Z9HA 3F4TA 2VM2A 1VF2A 1NW2A 2YWOA 1LBKA 4EF0A 1EEJA 1XBSA 1FHEA 1X9SB 1M9AA 3UBLA 3G7JA 3IC4A 3IOSA 1VF1A 4WR5A 2DBCA 4H86A 1SYRA 4HEA2 2LJKA 3O6TA 2MBSA 1T4YA 3H93A 1WMJA 4KCAA 1PL1A 1URMA 4XCSA 4IGJA 2JSZA 4XS4B 2YCDA 3DXBA 2IL3A 1PKZA 2RUFA 3C1SA 1GSDA 4RI6A 2HRKB 1Z7RA 1X5EA 2HSYA 4KF9A 3Q19A 4DSRA 1UC7A 4QL9A 1DE2A 4LMWA 4AF2A 1RQMA 2AYTA 2KP1A 1SKSB 2IFQA 1XW9A 1OAZA 1R7HA 4ZB9A 1TI3A 2VL3A 3DD3A 6GSTA 4JEDA 1Z3EA 3A5WA 2MMOA 2DIYA 3GNJA 1B4QA 5JCGA 1TRVA 4D73B 1THXA 4I97A 4ECBA 3I43A 2XPDA 4F9ZA 3C1RA 3FRCA 1PKWA 1GSSA 2L5LA 3DKSA 5B7CA 3PH9A 4TR0A 2JZSA 1XOAA 2L4CA 3KH7A 1V9WA 3TRXA 3HVXA 5ECNB 4KNDA 1OE8A 3CYNA 2WZ9A 2LQOA 5E4WA 3FW2A 1M2BA 4V2LA 3ZZXA 3F8UA 1GSFA 2EC4A 1AXDA 3PINA 3GSSA 4MPGA 4Q5QA 3FYGA 2C0DA 4EUYA 2H73A 2KOKA 2VCVA 1MEKA 1X9MB 2AHEA 3FZAA 2O7KA 4PQ1A 2P0GA 1FOVA 3HY2A 3KCMA 2ZNMA 3FR9A 2I81A 3KMOA 5JWQB 3L78A 1U6TA 3GMFA 2F3MA 5EVOA 4YAPA 1R5PA 1YEPA 2PVQA 1W4VA 5G1KA 1TW9A 5A4WA 3VPQA 3EINA 4ZBBA 3TOUA 2QKEA 3KZQA 2H71A 2E7PA 1GLQA 3ED3A 1O7UA 3ZMKA 1Z7PA 3FZ9A 4TXOA 4OCFA 5CP1A 17GSA 2VCXA 3DEXA 1J9BA 1KEBA 4HUAA 5EY6A 1GTAA 4RUVA 1EOHA 2ON5A 1K0OA 3VURA 1Z6MA 4Z7XA 2VAFA 3DVWA 2MMNA 2L59A 3F9UA 4HQSA 2GDRA 3GUSA 4IP1A 3WT1A 1S3AA 3M0FA 4YH2A 3A2WA 1J08A 3HJOA 1GNEA 3LXZA 3ZRDA 1XIYA 5IMCA 2H1BA 5HFIA 2OBKA 3DWVA 1X0RA 1F3AA 2FNOA 1EZKA 3QPMA 3O76A 2TRXA 2K18A 5ECOB 5EL8A 5J41A 3US3A 2C3TA 5DAKA 2IN3A 2VCZA 2FGXA 4JZQA 1ZZYA 2Z9SA 3WGDA 5GAPD 3QDNA 4O32A 1QGVA 2WGRA 4Q5RA 2O89A 4IQAA 4K7IA 2B5EA 2YPMA 1SKWB 5G5EA 1XWAA 2I4AA 4GSTA 4G9HA 2XC2A 2HLSA 3IAM2 4GTUA 2GSSA 1AUCA 3D5JA 5G30A 5H5QA 4BPYA 3VK9A 2V6OA 9GSSA 3QMXA 1S3DA 4HU9A 2VL9A 2PPTA 1BJXA 4LLRA 2FA8A 4ML1A 3FHKA 4ZBDA 16GSA 1QFNA 2YWMA 5CRGA 3EYTA 3HZ8A 6GSSA 1YKAA 2TRCP 4K0GA 3G7YA 3GURA 5CRHA 2E2GA 4NV2A 3TJGA 3GN3A 3R3EA 2VL2C 3F0IA 4PNFA 4KH7A 5EPFA 2GT6A 1JZRA 1ACVA 2G0FA 5HFKA 1WRYA 2GVPA 4L5LA 1S3CA 3P90A 3RPNA 1SU9A 2GSTA 4ISDA 4N0ZA 3NZNA 1GTBA 1ZOFA 1JLWA 2FCHA 5CYYA 3HZ4A 3UVTA 4L0WA 5D9WA 1G7EA 3LSZA 4MH3A 2CX3A 1Y25A 4BVYB 2LRNA 3HYPA 1GH2A 1K0BA 4WKWA 2DJ0A 2XHFA 2CVDA 5IPHA 1IYIA 2K9FA 4N0VA 5J9CA 4BL7B 1ERUA 2P5RA 1QQ2A 4FQUA 3WD6A 4HOJA 1EOGA 2GZZA 2CAIA 5DJLA 3A2XA 4HS1A 2LJAA 1SL2B 3BOAA 3DVXA 1GSQA 4CHSA 4KCEA 4AJ6A 1H4OA 1T1VA 14GSA 2AJQB 3IHQA 5C00A 2GSQA 1WPIA 4DVCA 2WFCA 1XFLA 2LSTA 1HNCA 1YQ1A 4POBA 2OE1A 2B5YA 1ZGNA 2HNLA 4MF6A 5DJMA 1X5CA 2FHEA 4ML6A 2VOCA 4DSQA 3GH6A 3FKFA 3FK8A 4IW9A 1O85A 2K8VA 4DSSA 4GSSA 4NAXA 4POMA 1N8JA 4PQHA 4QQ7A 3U6VA 3D0ZA 1BQ7A 5JWOB 4EVMA 3QAVA 3CRTA 4BWSA 5IOWA 3UARA 4K0NA 2KHPA 5IMDA 5ID2B 1I5GA 1O6JA 5DALA 1AQWA 2IWTA 2HRFA 2YANA 3L9VA 5IQYA 1T00A 2RUEA 3ZLPA 2MBTA 4MJAA 3ZTLA 1SKRB 5H5SA 5D73A 1EEMA 1FAAA 2GZYA 4NWYA 1G6WA 1Q98A 2PMTA 5F05A 1U3AA 5D9TA 3BCKA 1A23A 3S9FA 3TJBA 2ES7A 5J5NA 1AIUA 3RDWA 3Q6OA 1K0CA 1T3BA 3QD9A 2B1LA 3ERGA 4NHWA 18GSA 4K8MA 2VLUA 3KIJA 5D96A 4KGIA 2DC5A 4CDOA 3VWXA 1T4ZA 2AUVA 2OADA 4KDXA 3EWLA 1OVNA 2GT5A 1V98A 1A0RP 5CRWA 2WCIA 3DYRA 4KE3A 3LORA 5ECHB 1F9MA 1PRXA 1RW1A 3RPPA 3I6AA 2B7KA 1M0UA 2C0GA 4F0CA 4ZXGA 4OO5A 1MD4A 3J7Yb 1BG5A 1BEDA 1GSEA 3IC8A 3F4RA 4O7HA 1VF3A 2DSAA 2MMZA 3OR5A 3H79A 1ZMAA 3FR3A 1MDIA 4J56E 2PERA 1F2EA 1WWJA 3F6DA 2GQMA 4WEYA 3LGCA 2PUKC 4MP4A 2H8LA 4OO4A 1QK8A 2XPEA 3GA4A 2JZRA 5J9BA 4PURA 3CXGA 4KSOA 4FYUA 3F4SA 5IO0A 13GSA 2YOIA 3KXOA 2RIIA 4G10A 2C1YA 1E6BA 2FWGA 2GSRA 5CREA 3KEBA 2PN8A 2VUPA 2L4QA 4N30A 3JCML 2H1DA 3VWWA 1XW5A 3TJFA 5LD0A 4ZB8A 2DLXA 4IS0A 1T7PB 4WETA 4IHUA 3Q74A 5KN0A 3SBCA 3GX0A 4TRXA 2CX4A 2LTKA 4WBRD 3QR6A 1RK4A 2H0GA 2VO4A 4KUNA 2CA8A 4WXTA 1T8EB 4OFMA 5IMZA 4L5OA 1WE0A 1PQNA 1SJIA 3EURA 3QFAC 2BTOT 4AJ8A 1M99A 3ZVJA 5IMAA 3IXRA 3M8NA 4IKHA 2H30A 2OA7A 1H75A 2MMAA 1A8LA 1C72A 2IMIA 2HSHA 4EO3A 3GIXA 2H1AA 3J7Yk 5COHA 3H4KA 2FWEA 2NPBA 2H01A 2NDOA 5D9VA 4LMVA 5GAND 4XS4A 3H1NA 5BMUA 1HQOA 2FLSA 4PNGA 3M3MA 4OWYA 2HRKA 1GULA 4X1UA 2OE0A 3TOTA 2JZTA 1F37A 3RHBA 2M80A 1YKCA 2MYGA 1YEXA 3RHCA 3P8WA 5B8BA 2DIZA 4EKZA 4PUFC 2O87A 2I3YA 3HHVA 1TU7A 3HDCA 20GSA 3KH9A 4TR1B 4D73A 4MK3A 2DJ1A 2RM5A 4G2EA 4NXIA 1EV4A 5ECMB 4QL7A 2R5GA 5AISA 5HR0A 1HNAA 1NHOA 1TK8B 3DMLA 1QUWA 4OFNA 3ZREA 1ON4A 4HZ2A 1CQGA 3TDGA 2F51A 4ECCA 4NHZA 2JACA 1JLVA 1YF1A 5IM9A 2C3NA 3WGXA 2C0FA 5E59A 2IPAA 1EGOA 2I9HA 2I1UA 2VCWA 3ZVJD 1BYEA 1JZOA 4F0BA 5ELAA 4XS1A 6GSVA 1TI1A 4GCIA 1Y6EA 1GNWA 4GF0A 5DBQA 3IK9A 5G1LA 2YZUA 4K2DA 1IYHA 2YN1A 2P31A 4MCUA 1A24A 4IJ3A 1JZWA 5GSTA 1ERVA 2H72A 2LKUA 3HCZA 1TJDA 5ENUA 2PWJA 2ZUPA 3VWUA 4TXVA 4POLA 3FR6A 5DCGA 2GZPA 3F6FA 1N2AA 4FH8A 1F3BA 1O8XA 2RM6A 2CZ3A 1FVKA 2B6MA 4IJIA 4MMMA 3EC3A 3LG6A 1GTIA 4N10A 2YJ7A 1K0MA 1YDKA 3ZMLA 2VLTA 1KBNA 2HYXA 2E2MA 3D22A 2OJLA 1YF0A 3GKMA 1GSYA 5CO3A 2LEGA 4NV5A 3HD5A 2YV7A 2DJKA 4KB3A 3GTUB 3KMNA 1W89A 4EXJA 1GSUA 4KDUA 2F8AA 3ERWA 3UBKA 2OE3A 1WIKA 1DBYA 3D21A 4MJBA 1GTUA 1XVQA 1EP8A 4HJ2A 4F2IA 2YWNA 6GSYA 1JZDA 4ULXA 4GQFA 1BAYA 4TR4A 1CQHA 1A2JA 3QCPA 2FWFA 3UAPA 1AC1A 1PD21 3C71A 3F3QA 4MA9A 3ZYWA 4X43A 1WOUA 1PSQA 1I9DA 2H6XA 5DCHA 1A0FA 1UA5A 2DMLA 4XIHA 3ZL5A 3FZ5A 2RLIA 1KNGA 2CZ2A 1SL0B 1ML6A 4IELA 5A4VA 2N5BA 3QFBC 3GV1A 1BX9A 2WDUA 1EGRA 5A5KA 1XWGA 2DJJA 5F8BA 1OKTA 3CTGA 4PUAA 1AAZA 2HSMB 5KEJA 4OD7A 1WP0A 3TKRA 4KA0A 2F8FA 5INYA 3HJMA 2DMMA 1QXHA 4K1FA 2H6ZA 4OCEA 5DDLA 5A4UA 2H0HA 1PL2A 5KN2A 4XHMA 1TRWA 4MABA 5FWGA 2E0QA 4EDZA 3LEFA 5GZZB 2R37A 4E8EA 3TKPA 3DRNA 4FYBA 5ECQB 3LXTA 5FT3A 5F07A 5HQPA 1NM3A 2LJRA 3A2VA 1ERTA 2IJYA 3H8QA 1TKDB 2X64A 3TJKA 4FO5A 1GWCA 4AJ7A 1O8WA 3APOA 1FW1A 4ILFA 2R3XA 5DQSA 4BVYA 1XW6A 4ZL7A 2FA4A 2UZ8A 4MZWA 4G19A 5C04A 2TIRA 4GXZA 1K0DA 2A2RA 3VPTA 2JADA 3CMIA 3GFKA 1NHYA 2WJUA 3AY8A 2EIQA 2K8SA 2L57A 3UL3A 2J9HA 3CSHA 5ABRA 1SD9A 2F9SA 3ZFLA 1EP7A 1PA3A 2PGTA 4BVXB 3Q18A 3EU3A 3D6IA 1X9WB 3EE2A 2VD0A 5DQYA 3LJRA 2HZEA 5D9XA 4YQUA 4ZL9A 1GP1A 2HT9A 1X5DA 2QSIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3FYGA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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