3G7J | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	MDFYYLPGSAPCRAVQMTAAAVGVELNLKLTNLMAGEHMKPEFLKLNPQHCIPTLVDEDGFVLWESRAIQIYLVEKYGAHDADLAERLYPSDPRRRAVVHQRLFFDVAVLYQRFAEYYEPQIFGQKVPVGDPGRLRSMEQALEFLNTFLEGEQYVAGGDDPTIADLSILATIATYEVAGYDLRRYENVQRWYERTSAIVPGADKNVEGAKVFGRYFT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0700432495058405__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0700432495058405__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3G7J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0700432495058405__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0700432495058405","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3G7J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0700432495058405__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfef2b3906694d364cc7a77/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfef2b3906694d364cc7a77/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfef2b3906694d364cc7a77/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfef2b3906694d364cc7a77/pdb.gz): 1413 ms

reading 217 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

217 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:216});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Anopheles dirus
publication title	Structural contributions of delta class glutathione transferase active-site residues to catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione transferase GST1-4
total genus	79
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2009-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF13410	GST_C_2	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	3g7jA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3g7jA01

1EP8A 2YWNA 3DRNA 4X43A 2AJQB 1K0NA 2A4VA 4POKA 2MBTA 1Z6NA 1Z5YE 2FNOA 1HD2A 1WOUA 2V2GA 2VLUA 3VWWA 4K9ZA 1TDIA 4H86A 1BG5A 1R5AA 4K7IA 3F0IA 2CAIA 4O32A 2K18A 4POLA 5ECIB 4MF6A 4YQMA 4MK3A 4AGSA 1WE0A 3G7YA 1K0MA 4TR0A 2HNLA 2N5BA 3HZ4A 1JZDA 2HSMB 1AIUA 1GSDA 5ID2A 2YZHA 5LD0A 4V2MA 1GSFA 4ILFA 4LMWA 4GQCA 2AV4A 2BMXA 4V2NA 2FWGA 3E9JB 6GSSA 4HQZA 2B6MA 2HT9A 4JZQA 4TRXA 2C0GA 4PQHA 2LQOA 3BJ5A 1SENA 2LNSA 5C00A 4MZBA 2WJUA 2KP2A 4D73B 3KTBA 3QD9A 5B8AA 5G1LA 5IMFA 3IA1A 3ZZXA 2MMAA 2GTUA 3QFAC 1ACVA 4PGTA 3C1RA 3F8UA 4O5RA 2HSMA 1B9XC 5ECLB 4IBPA 4MJAA 2H6XA 2JACA 5DAKB 2X8GA 2IL3A 1BQ7A 1FB6A 1G7EA 3M1GA 2ZCTA 1YZXA 3EMPA 1V9WA 1Y6EA 3TJFA 2YV7A 4GLTA 4D73A 3UL3A 1VF2A 3S9FA 4GTUA 5ECHB 4EF0A 2HSHA 4L5OA 4JRRA 1LBKA 4ULXA 1KBNA 4IN0A 3N5OA 2PVOC 1GULA 4ZBDA 3FYGA 1XIYA 1XZOA 2B5XA 1KEBA 2LV3A 2H73A 4HOJA 4TXVA 1EOGA 6GSUA 2DMMA 1B9YC 3FZ9A 3DD3A 2CX3A 2A2RA 3H1NA 4BVYA 5DAKA 5D9VA 2GZPA 3F3QA 5KN1A 1A23A 2L59A 4GSNA 4OCFA 2VLTA 4MF7A 4YQUA 5H5RA 5EPFA 1JLVA 1SJIA 5FWGA 1XWCA 3LXZA 4F0BA 3FW2A 1XWKA 2YPMA 2KLXA 2MYGA 2KOKA 2IMDA 4OO4A 3EC3A 3FEUA 4KE3A 5LNKe 5HFKA 3RPNA 2H1BA 2YV9A 5A4VA 1JLWA 1XW9A 3F63A 3LYPA 3NZNA 3CSJA 4QL7A 2GZYA 4FYBA 2RUFA 5DCGA 3IOSA 1WIKA 1M0UA 2O7KA 4Q5RA 2E2MA 5F06A 4G9HA 3L9SA 4EXJA 5FHIA 3E3EA 3LSZA 2X64A 2KHPA 5F8BA 3GX8A 4GQFA 1K0DA 1SK0A 3GHAA 4G0KA 1TKDB 2CZ2A 2OJLA 2H75A 2HQTA 2G2QA 5DJLA 3PGTA 1XWGA 4YAVA 1TU7A 4P3YB 2VD0A 3CSHA 2FGXA 1RW1A 1W89A 2JADA 1A0RP 1G0TA 1T4YA 3F4SA 2H6ZA 5DJMA 1F3AA 1M9BA 1M7TA 1LU4A 3C73A 20GSA 2CVBA 4ISDA 3IR4A 5DCHA 2I81A 2DJ1A 1E2YA 1EWXA 2H01A 1OVNA 2VL9A 2DJJA 4MDCA 3EE2A 3P2AA 1BAYA 5G31A 2XC2A 4NWYA 4MF5A 2VCVA 1Y25A 2AYTA 1Q98A 3NOFA 4AF2A 1AQXA 1SL2B 4G0LA 1M2DA 3I6AA 2PVQA 3HJMA 1O73A 1O7UA 3DVWA 3RHCA 3WT1A 3U5RE 1BJXA 1TRWA 4ECIA 2VCXA 3UBLA 6GSTA 2R4VA 4FIWA 4ZXGA 3L9UA 2HI7A 2QC7A 5J5NA 2B1KA 3GIXA 4POBA 2JZTA 2J9HA 4HJ2A 4XIHA 4J2FA 2FD3A 3UVHA 1YY7A 4IQ1A 1SKWB 4RQXA 2GS3A 3VWVA 1OKTA 2C0EA 1WMJA 1M2BA 2CZ3A 3VLNA 1SJZA 3ZIJA 3GV1A 2HRFA 2PU9C 1F2EA 3FR6A 2I1UA 1W4VA 3LORA 4OFTA 2YANA 1XWBA 1FHEA 1SYXA 3GURA 1EEMA 1Z6MA 5HFGA 1Z7RA 2L6CA 5D9XA 4IJIA 5H5QA 4LA1A 4KDUA 1EZKA 4EKZA 3L4NA 3FY7A 2LUSA 2O85A 2LRCA 3QDNA 4ZL8A 2C3TA 2LRNA 4G10A 3GKNA 2F9SA 1YF1A 3TOUA 5ECKB 3APOA 2NTOA 4KDXA 1R4WA 1CQGA 3HVXA 2OE0A 4NPBA 2GQMA 2FLSA 2V1MA 4XRDA 4WBJA 2H72A 3UMAA 4I8BA 4Z7XA 4CW9A 1MDIA 5GZZB 4BL7B 5COHA 3KXOA 2I4AA 3WGXA 1X9SB 3M9KA 1H75A 2LJAA 4MPFA 1OAZA 3WGEA 4N0VA 4RQRA 1AQVA 4L0WA 2DIYA 3SWLA 4Q5QA 3EVIA 5CYYA 1DUGA 2D2ZA 2L6DA 2RUEA 3KP9A 2FWEA 1MEKA 4TVEA 3GKMA 2LNTA 2DBCA 2VCTA 1JZOA 2YN1A 4DEJA 2R6KA 1M2AA 3UAPA 2DMLA 1EV9A 4BL7A 2LRTA 3UARA 3D22A 1U3AA 1X9WB 1QXHA 4I6XA 3O3TA 1MTCA 2GLRA 4TR3A 3L9VA 4ECJA 2GSRA 4G19A 2C1YA 1GP1A 4YAPA 4XRAA 4L0UA 1J9BA 3FHKA 2X99A 4HJMA 4EL1A 3NIVA 3FRCA 3D5JA 3IC8A 5G30A 3HZ8A 1T7PB 5INYA 1HQOA 3ERFA 3RPPA 1B4PA 2YNXA 1RK4A 5F05A 3D4MA 5IOXA 4LL1B 4FQUA 2P31A 3ZVJA 2OKAA 1UVZA 2IPAA 2LJRA 1CQHA 1HNBA 1R7HA 4WR5A 4OO5A 4JEDA 5IMVA 4TR1B 4K7NA 4KDYA 4X1UA 2IIYA 2WS2A 4QL9A 1YKAA 3GKXA 4BWQA 4NHWA 3EWLA 2LS5A 16GSA 2GSTA 2H1AA 4ZL7A 1OC9B 4KSOA 2YCDA 4HS1A 4BWSA 3APQA 2F8FA 2H70A 3DGQA 1PL2A 1NHYA 4ML6A 3MWHA 1S3AA 3C7MA 4JR4A 4DSQA 2PN8A 1AXDA 1XFLA 1FG4A 3ZL5A 2XPDA 3FZ5A 1VGLA 1ZOFA 2HSYA 2E2GA 2CV4A 2HFDA 3M0FA 1ILOA 2IN3A 4TOPA 2E0QA 2JZSA 2FA8A 3GX0A 3GKKA 1XOBA 1PKWA 4TR1A 2L5LA 4ZIJA 1MDJA 4IVFA 3KM6A 4TXOB 3H4KA 4HZ2A 5HQPA 2H74A 3LEFA 4FO5A 3LJRA 5A5KA 3CRTA 3TDGA 3TKRA 5ECRB 1OC9A 4EUYA 3WGDA 1XW5A 5IMAA 2MMOA 3F4RA 2IMKA 1SL1B 2DJKA 2G0FA 5D9WA 3W8SA 4BPYA 5ECOB 5J3RA 4IHUA 4WR4A 2CVKA 3IAM2 2VO4A 2LQQA 1YDKA 3GL3A 2H0GA 2LKUA 2V32A 2H1DA 1ZYQB 3UJ1A 4JE1A 4XS6A 4TXOA 5J9BA 2IMEA 2K8VA 3M3MA 3F3RA 3CTFA 4QQ7A 5LCZA 1J0FA 3I43A 1SJ6A 5ECSA 4F82A 1XBSA 4OD7A 5H5SA 6GSVA 3TKSA 1O6JA 3QFBC 4BVYB 1ON4A 1HNCA 4EVMA 4XTSA 1AC1A 3GH9A 3ED3A 2X8CA 4JU5A 4OCEA 3AY8A 5EL8A 3Q6OA 1DE2A 2O87A 2CX4A 2KUCA 5A4UA 3TB2A 5ECQB 2VLVA 1F6MC 3FR3A 1TOFA 1V98A 3IAS2 1J08A 11GSA 2QGVA 2N5FA 1Z3EA 2JL4A 3DIEA 4PNFA 5GAPD 4OFNA 3F6DA 4MCUA 1YKCA 3KZQA 4K6XA 4TW5A 5G5FA 3CRUA 2H0HA 4I5QA 2KP1A 4JR6A 4MZCA 2RM5A 1EGOA 4OFMA 1PX7A 3MDKA 1PSQA 1GRXA 2HXKA 4IP6A 3IC4A 3H93A 1O8XA 1QK8A 2VL2A 3W6GA 2H6YA 2H76A 3EYTA 2LTKA 3IBHA 1QGVA 4NHZA 3TGZA 3R3EA 3CSIA 5CRWA 2C80A 3FZAA 4K7OA 4V1Ap 2NPBA 2O8VB 2EIOA 2GGTA 3TRQA 1EOHA 3LFLA 4NAXA 2P0GA 3Q74A 1C72A 3CYNA 3WD6A 1HNAA 3G7IA 3D6IA 3PPUA 4KSMA 2FWFA 1IYHA 4ID0A 2OBKA 1XWAA 3F6FA 1TK5B 3A2VA 3TKPA 2UZ8A 2IWTA 3N9JA 1QUWA 3TOTA 4PUFC 2WCIA 3D0ZA 4L8EA 2VD1A 2JZRA 4K0NA 2NDOA 5E59A 1GWCA 1ST9A 1FW1A 5EY6A 2YP6A 4POMA 4KCAA 3GNJA 4O7HA 2GQKA 2OADA 1GTAA 3GSTA 3VURA 1SK1A 4MH3A 5HR2A 2VCZA 3PINA 1PA3A 3VWXA 2I9HA 5AIXA 4RI6A 3P7XA 4J56E 5KN2A 19GSA 4TR4A 1TW9A 4IELA 1DBYA 1Q4JA 4WEYA 4KCEA 2GVPA 5KEJA 3KH9A 4XS1A 2GT5A 6GSXA 2JU5A 5B6MA 5IQYA 2H66A 4KW6A 1GTBA 3MAKA 1G6YA 2WB9A 1VF1A 2DJ3A 3IV4A 4YQVA 22GSA 1JZWA 2PUKC 4IW9A 3HY2A 12GSA 2ON7A 3VPTA 1NM3A 5G2ZA 3RHBA 2QKEA 1MD3A 2WULA 4LL4B 3GN3A 1A8YA 1PX6A 3O76A 3UBKA 2HYXA 1K3LA 4MPGA 1THXA 3QAGA 5J41A 3G7JA 1OE7A 4MABA 3IHQA 1SKSB 4I97A 2C0DA 4E8EA 4WETA 4IGJA 1TRUA 4GSSA 1MDKA 3TJBA 2CT6A 3HD5A 3GFKA 4WF4A 3GTUA 5IMDA 3KIJA 3KCMA 4MA9A 1TU8A 3EINA 3JCML 5G5EA 4HDEA 4LMVA 1TK8B 3F4TA 3HA9A 3GH6A 4KA0A 7GSSA 1WJKA 3QCPA 2FUG2 2HSNB 9GSSA 2FWHA 3KH7A 5E4WA 3TKSC 4BVXB 2GT6A 3MNGA 5D93A 2EIQA 3QOUA 4Q5NA 4EDZA 2LSTA 2WZ9A 4F0CA 1OKDA 3FZ4A 3KMNA 5IPGA 1I9DA 3ZMKA 3BOAA 3PR8A 3RDWA 1A2LA 2WRTA 3GA4A 1K3OA 3HVVA 3ZITA 2L5OA 1ABAA 2IJYA 4KF9A 1R26A 1GSEA 3LQ7A 2PBJA 1T1VA 2PGTA 4ECBA 2EIRA 1XPVA 1A2MA 2PMTA 2YWOA 1KTEA 1F37A 1GNEA 5CO3A 2TRXA 1YQ1A 3TJJA 2VIMA 3UEMA 4BVXA 1N2AA 3ZFLA 2K8SA 2B5YA 1GUHA 1GSUA 4N10A 4RI7A 4MLYA 2C3NA 1GSQA 1SD8A 2F51A 4MP4A 5C04A 3M9JA 2XBIA 3SBCA 1A8LA 5EVOA 4KNDA 1OE8A 2M80A 1ZGNA 1K3YA 2RM6A 3GMFA 3HXSA 3J7Yb 2PPTA 5D73A 3CMIA 1XXUA 2R3XA 5D9TA 5IOWA 5DALB 2TIRA 1T00A 1XVQA 3DMLA 1O8WA 3V1WA 3QAWA 4WKWA 2MMZA 1PL1A 3L0HA 2ES7A 3C8EA 4PX1A 2HRNA 2K9FA 1PRXA 1DSBA 1ERWA 4AJ8A 2VM2A 4MZWA 1M9AA 3H8QA 2F3MA 4KH7A 3FKFA 1AAZA 3CBUA 5CRGA 4MJCA 5CP1A 4MMMA 2OE1A 3VI7A 2VAFA 5DALA 3IXRA 2ZUPA 2VCQA 4GWRA 1GTIA 3PH9A 2CVDA 4FYUA 1YEPA 2B5EA 1B8XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3G7JA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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