3M1G | Genus

Total Genus 99

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	99
sequence length	333
structure length	297
Chain Sequence	NYIDDRIVADVPAGSEPIAQEDGTFHWPVEAGRYRLVAARACPWAHRTVITRRLLGLENVISLGLTGPTHDITVPALVEESSKKVVTNDYPSITIDFNLEWKQFHREGAPNLYPAELREEMAPVMKRIFTEVNNGVYRTGFAGSQEAHNEAYKRLWVALDWLEDRLSTRRYLMGDHITEADIRLYPTLVRFDAVYHGHFKCGRNKITEMPNLWGYLRDLFQTPGFGDTTDFTEIKQHYYITHAEINPTRIVPVGPDLSGFATPHGREKLGGSPFAEGVTLPGPIPAGEEVKNPEPFQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__893148702720816__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__893148702720816__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3M1G/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__893148702720816__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"893148702720816","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3M1G/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__893148702720816__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff8437fb712924d8cd605b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff8437fb712924d8cd605b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff8437fb712924d8cd605b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff8437fb712924d8cd605b/pdb.gz): 1504 ms

reading 297 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

297 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:296});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Corynebacterium glutamicum
publication title	The structure of a putative glutathione S-transferase from Corynebacterium glutamicum rcsb
molecule keywords	Putative glutathione S-transferase
total genus	99
structure length	297
sequence length	333
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2010-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13409	GST_N_2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF13410	GST_C_2	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	3m1gA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3m1gA01

1BX9A 5IMDA 4V2LA 2LNTA 3R3EA 1NSWA 4I5QA 4Q5QA 1PQNA 1TDIA 2YWNA 2I81A 3ZIVA 2LRNA 2NVLA 1CQGA 3O3TA 20GSA 2AV4A 2EIOA 4TXOB 4WF4A 4ACSA 1G6WA 2HRAA 3EU4A 3CTFA 4WBJA 4EO3A 1WMJA 2A2SA 4GTUA 2JZTA 2QKEA 2M46A 2VCXA 1OKTA 1QUWA 1QQ2A 1PL2A 1X9WB 2R5GA 1F3AA 3ERGA 5IQYA 3EMPA 2V6KA 2MMZA 2LSTA 2AB6A 3H4KA 1M2BA 2JZSA 1PD21 1OC9B 10GSA 3G9BA 2UZ8A 2FWEA 3EINA 3TJJA 2LJAA 1T00A 2HXKA 1FW1A 4G0KA 4O32A 1F37A 1WJKA 3UMAA 4HQZA 1TXXA 2IMDA 2DMMA 2Z9SA 4ZILA 3F6DA 2IMEA 5ECMB 1Z3EA 4K2DA 2H0GA 4K0GA 2LNSA 2YZUA 2HRFA 2KP1A 2X99A 2VD1A 3E0UA 4OWYA 4MF7A 6GSYA 5EY6A 2DJ2A 4FYCA 3ZIJA 3ME7A 2L5LA 2L6DA 2B5XA 1EP7A 2O89A 2LV3A 2HE3A 1O7UA 1F2EA 3E9JB 4K7OA 2H1AA 1AW9A 5EL8A 4MZBA 3KMNA 1ERWA 2FA8A 5CAXA 4EXJA 5AGYA 5D9WA 2K8VA 2CAQA 4MP4A 2BTOT 4NWYA 4BVXB 1WRYA 3ME8A 2CVBA 4KW6A 2H6XA 3ISOA 11GSA 3P2AA 5IMVA 1YQ1A 2QC7A 4GXZA 2OBIA 5G5EA 4NHZA 3P8WA 2KHPA 5DBQA 3I43A 1R4WA 4HS1A 2MMNA 3H93A 1JLVA 4L5OA 3GKMA 3CYNA 2IMKA 2H70A 3KIJA 1YKAA 4PX1A 19GSA 4N0ZA 1LBKA 2VLUA 2VLTA 3P90A 4G9HA 3D21A 2VLVA 1B4PA 1ZL9A 3ZL5A 6GSTA 4MK3A 3IAS2 1SK2A 5HR0A 2DJ3A 2LRCA 5J5NA 1TRSA 3D5JA 1TI1A 2DIZA 1FVKA 1PKWA 4XS4B 3TKSE 4KDXA 4XS1A 1XZOA 4GLTA 4TR1A 3ZFBA 3KP9A 1AUCA 2XBIA 3QPMA 5INYA 4LLRA 1J08A 4QL9A 2VAFA 1TU7A 3UOMA 1V98A 4I8BA 1XWGA 5FWGA 3DXBA 4MJCA 3VI5A 2DJJA 4NV5A 3GKKA 3AY8A 1EZKA 1O85A 14GSA 4LL1B 3VK9A 1Z6NA 2H71A 1FOVA 4MJAA 1X9SB 3WT2A 3FRCA 5DJLA 4USSA 2ALBA 2LKUA 5H5SA 4G2EA 4FO5A 1BG5A 2LEGA 2VM1A 1GSEA 4RI7A 2NBSA 9GSSA 3I69A 2WGRA 4EL1A 2C0DA 5IIZA 1GSFA 3IE3A 3LQ7A 1URMA 4YH2A 2GS3A 4GSSA 3W8SA 4XHMA 3WGXA 2HSMB 2PN8A 2RUFA 2PVQA 4MMMA 3GFKA 3GSSA 4IVFA 4WKWA 3QCPA 1QK8A 1RW1A 2MMAA 3F4SA 1KTEA 2O87A 3HXSA 3K8NA 1RQMA 1V40A 4HJMA 3DRNA 1SKSB 3UL3A 2AUVA 2QGVA 1UC7A 4EE0A 2A4VA 2CVDA 4TOPA 3M1GA 4BWQA 1DSBA 1GULA 3G7YA 3PGTA 4G0IA 4HZ2A 1S3DA 4KAEA 4HU9A 3GHAA 3TOTA 4DSQA 1SYRA 5FT3A 1SL0B 1XOAA 2B1KA 4O5RA 5HFKA 2PGTA 1SJIA 5EPFA 5J9BA 2JZRA 3VWVA 2HRKB 4JZQA 1GUKA 4L0UA 4F03A 3WYWA 4AJ8A 3D4TA 4J56E 3FEUA 2GQKA 3IPZA 4J57E 2KP2A 4E8HA 2FNOA 2AJQB 2FLSA 2N5BA 2WCIA 1XIYA 4IELA 3TDGA 1K0DA 4WR4A 4ZBBA 3ERWA 2C0EA 2TRXA 1VF2A 1MTCA 2MYGA 3DVXA 4IJIA 4G19A 3ZRDA 1X5CA 1O8WA 2IWTA 1QMVA 4MABA 3C8EA 4CW9A 4K7IA 2C4JA 3IK9A 1ABAA 1SYXA 1EWXA 3RHBA 3L4NA 5ECPB 3ZLPA 2HRNA 5CREA 1AC1A 2EC4A 4KSOA 4GSTA 3BJ5A 3ERFA 2V41A 2WULA 1XVWA 2B7JA 3UARA 4JE1A 4OD7A 2NPBA 2C3NA 2IN3A 1U3AA 5H5RA 1G7OA 2BJXA 2MMOA 4AGSA 3DIEA 1R5AA 2EIQA 17GSA 2GZPA 3TCOA 5AIXA 5HR1A 4IQ1A 4GQFA 1YY7A 4ZIJA 3L78A 4TN8A 1A23A 3GL5A 4NHWA 1EP8A 4MPGA 3SBCA 5IMAA 1HQOA 2HZEA 2VOCA 3CTGA 5B6MA 1TI3A 4N0VA 4KSMA 4KUNA 2QSIA 2DSAA 1SJZA 1WWJA 5IMCA 6GSVA 4IP6A 5DALB 1ZMAA 5ECIB 4EKZA 3QDNA 5DQYA 4OCFA 2R4VA 2V6OA 1EV4A 2VCQA 2PBJA 2H0IA 3NZNA 4OFTA 3QAGA 5IOWA 5GAPD 3HZ8A 1A2JA 1PMTA 4HOJA 4NMUA 5ENUA 2YJ7A 3Q18A 3LORA 5AISA 1TTZA 5J9CA 5ECQB 4OFMA 4KDUA 2E0QA 2H8LA 5KN2A 1GLQA 4KDYA 1T7PB 2WS2A 5DCHA 3ZVJA 2YWMA 1K0MA 3FZ4A 3GA4A 3KEBA 5A4WA 5B7CA 1THXA 2YANA 3C1SA 3D22A 2H1BA 1A0FA 2DC5A 3IC8A 4DSSA 3VWXA 1ML6A 2YNXA 3KTLA 2ZCTA 4MDCA 5DAKA 1GTAA 3TRQA 3TB2A 2VUPA 3UBLA 2F51A 3ZREA 4JR6A 3ZITA 4IQAA 4J2FA 4ZB9A 1SK0A 4ML6A 4KH7A 4ZB8A 1CQHA 2GZZA 1B9XC 2A2RA 3LXTA 3GH9A 4ZBAA 2GSRA 1YF0A 2HT9A 4XCSA 5JWRB 2N5FA 3VFIA 3NOFA 4ZB6A 3VPTA 3DWVA 4FQUA 2LRTA 4MH2A 2IMIA 3U6VA 1Z7PA 3DD3A 3EVIA 3LG6A 3EC3A 2VCTA 8GSSA 2V32A 1HNBA 1EEJA 3F0IA 5E59A 3L9UA 4JU5A 4K8MA 6GSUA 3ZVJD 4DEJA 1XCCA 3TOUA 3GKXA 3PINA 3LWAA 2YOIA 3F63A 4HI7A 1TW9A 3I6AA 3MSZA 1ERTA 1QFNA 2NDOA 2DIYA 4F0BA 5BMUA 2IL3A 3FK8A 2HQTA 3GRXA 3QFBC 3H79A 2LJKA 3P7XA 3W6GA 3VPQA 3L9VA 3MWHA 3KGKA 3S9FA 2V2GA 13GSA 6GSXA 2OE1A 4XIHA 1HD2A 5CNWA 2AAWA 4RQRA 4ZXGA 3RHCA 3HZ4A 3QMXA 5CRDA 3N5OA 3IHQA 4V2NA 4TR4A 4HEA2 3TKPA 2CQ9A 4RUVA 1JFUA 1ZGNA 5LCZA 1WOUA 5G1LA 3ZMLA 3IC4A 3HHVA 1MD3A 2VCZA 1GNWA 3U5RE 1G6YA 1TP9A 4YQUA 2HZFA 4TKYA 1OC8A 2X8HA 4BA7A 4WF5A 5ABRA 1AIUA 1Z9HA 2HYXA 1U88A 1K0OA 3UAPA 3IR4A 3BCKA 2YV7A 1ZOFA 4GQCA 2ES7A 5IOXA 1SKWB 5ECNB 4AF2A 3UVTA 2KOKA 3BBYA 3IK7A 4I2TA 4F82A 1PRXA 2VL3A 4D73B 2GQMA 5J3RA 3GURA 4MA9A 3L0HA 1GTUA 2OA7A 3VLNA 1X0RA 5HR2A 3HA9A 3GYKA 4KA0A 1GRXA 1H4OA 2P5RA 5ID2A 5ECRB 1MDIA 4PNGA 3GMFA 1Y6EA 4ML1A 3GKNA 3HJPA 4EUYA 1F3BA 2G0FA 3QAVA 3H1NA 4YAPA 2KUCA 3KH7A 4EDZA 3TGZA 1M9BA 3A5WA 4WR5A 2FCHA 2P5QA 6GSSA 4X43A 5JCWA 5CRGA 2IFQA 1NW2A 1MDJA 1PN9A 3HJOA 3CXGA 3HDCA 4ECCA 2F9SA 3TUEA 3F3RA 1SL2B 1YEPA 2OKAA 3J7Yb 2CV4A 4WBRD 2GSTA 2E2MA 5F0GA 1TRWA 2ZNMA 2VM2A 4DVCA 2WDUA 2PU9C 1A2LA 5IO0A 4E8EA 5B8BA 3FR3A 1ON4A 3KM6A 1SD9A 1GSUA 4POBA 2M80A 5D9VA 4I6XA 5D96A 4XTSA 3PPUA 2C1YA 2DBCA 3TJFA 1A0RP 2PVOC 4O7HA 3JCML 2JU5A 1R5PA 3HCZA 2JACA 2FGXA 2YWIA 4OMVA 3F4RA 1USBA 5EVOA 5JCUA 1GH2A 3A3TA 4JR4A 1KBNA 1B48A 2JSYA 5ECLB 1TK8B 1LJRA 4QL7A 3DKSA 4L8EA 5KN3A 2OACA 2VCWA 1TKDB 3HVSA 3KZQA 1G7EA 5C04A 4DSSB 5KN1A 4TVEA 2FD3A 1SJ6A 4IGJA 3ZFLA 4BVYB 1MDKA 2GTUA 1MEKA 5AN1A 1XWAA 4KNDA 4BL7B 3ZMKA 1OC9A 2R37A 1N2AA 1A8YA 1NM3A 1TK5B 3GX8A 5ELAA 4HQSA 3DMLA 3VURA 1A24A 1OKDA 1E2YA 4QQ7A 16GSA 2L57A 3F9UA 2CX4A 1X9MB 3FR9A 1XWBA 3F8UA 1BYEA 1Q4JA 22GSA 4MZCA 1Z6MA 1A2MA 1R26A 1VRSD 4XRAA 4GCIA 1V9WA 1BJXA 1B4QA 1BQ7A 2DMLA 3WT1A 5J41A 1J9BA 1PGTA 2RLIA 3EWLA 1DE2A 1EV9A 5KEJA 3TKSC 1T8EB 2FHEA 2CT6A 4IW9A 5G5FA 3O76A 1QGVA 4PQHA 3TJGA 1VGLA 5GZZB 2TRCP 1HNAA 2V1MA 2X64A 2OE3A 4RI6A 2VO4A 4LMVA 2JADA 3IV4A 4CHSA 4TRXA 3IRAA 4EDYA 3C71A 2JL4A 2RM6A 4PTSA 3OR5A 4BVXA 5F05A 5H5QA 3M3MA 4JBBA 1X5DA 3IBHA 1SK1A 3LYKA 3EMXA 4V1Ag 4F0CA 1N8JA 2OBKA 3EU3A 3FW2A 1U3IA 2B5YA 4TR0A 4TW5A 12GSA 2E7PA 4IJ3A 4GF0A 4MJBA 3KTBA 1YJ6A 2C3TA 1UVZA 5ECHB 1YEXA 4KCEA 1YF1A 1PL1A 1K3OA 2H1DA 4N30A 3IDVA 4OO4A 5LNKe 3MNGA 1XVQA 2MZCA 1FB6A 4XS6A 4NXIA 3FZ9A 1FO5A 2ON7A 3GSTA 5LD0A 3VWUA 2MBSA 3VI7A 1G0TA 2L4CA 4KGIA 5HFGA 4ECIA 1W89A 4GRFA 2E2GA 2G2QA 1YDKA 4ILFA 2ZUPA 4ZBDA 3EURA 1S3AA 1ILOA 1O6JA 4H86A 1GSQA 3I9V2 4PQIA 1M2DA 2VL9A 1OYJA 4G0LA 3TKRA 2N5AA 3N9JA 4MPFA 3ZTLA 4JEDA 1K0CA 1HNCA 4K1FA 3Q19A 5HR3A 2L59A 4Q5RA 5DVBA 4IP1A 2CZ3A 1XWKA 3FKFA 2YP6A 2O85A 2FY6A 3HJMA 4IS0A 1YZXA 2AHEA 4PUAA 2XPDA 3QR6A 1SENA 3MDKA 4YQVA 1M9AA 3FY7A 3E3EA 3V1WA 3KMOA 1K0NA 2VD0A 2GVPA 2DJ0A 2WJUA 2GGTA 3GTUA 4OCEA 2LQQA 2DLXA 1RK4A 2HSMA 4TR1B 2P0GA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M1GA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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