3N5O | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	228
structure length	228
Chain Sequence	TPNFELYGYFRSSCSGRLRIAFHLKSIPYTRHPVNLLKGEQHSDTYKSLNPTNTVPLLVVSNINNTVSPSSASFSIGQSLAALEYLEEALPTNARPLLPPISNPVARAHVRTICNIIACDVQPVTNLKIQKKVKALDGDPTVWSRDLATQGFGAVEKLLELSAGRFCVGDEITLADVCLVPAVWAAERVGMDLARFPITKRVFEEMLKEEAVQKAHWQKQEDTPEDLR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9368069202034426__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9368069202034426__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3N5O/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9368069202034426__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9368069202034426","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3N5O/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9368069202034426__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Coccidioides immitis
publication title	Structures of a putative zeta-class glutathione S-transferase from the pathogenic fungus Coccidioides immitis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	glutathione transferase
total genus	78
structure length	228
sequence length	228
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2010-05-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13409	GST_N_2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	3n5oA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3n5oA01

1XCCA 5DDLA 1ERVA 3F3RA 1WRYA 4WBRD 2HRKB 4BVXB 4L0WA 4ZILA 3TKSC 3FR6A 2B1LA 2VCWA 1E2YA 4V1Ag 2DJKA 4L5OA 1KEBA 1PRXA 3RHCA 3RBTA 4GTUA 5H5QA 2V41A 2EC4A 1CQGA 3DEXA 3M3MA 2YV7A 4BL7A 4BWQA 1ZCPA 2HSMA 3D4TA 5JWRB 1A0RP 3I69A 3WD6A 3VLNA 2GQKA 2E0QA 1PL1A 5B8BA 3QMXA 2KOKA 2F8FA 1T3BA 3TJBA 4K0GA 1F3AA 1HNBA 4AJ8A 1O81A 5HFGA 2LEGA 5ECNB 2MZCA 4MF5A 4LA1A 2YNXA 3C8EA 1U87A 3LYPA 4Z7XA 5IMVA 1ZYQB 3EINA 4HJ2A 4V2NA 2J23A 5ECHB 3K8NA 3O6TA 2HRAA 4F82A 5KN3A 3HCZA 5CRWA 2X8HA 4NHWA 1GSSA 4KCEA 3NOFA 2OACA 2LJAA 2CQ9A 3ME7A 4TR4A 4WKWA 1OE7A 4ILFA 4K7NA 1USBA 4HQZA 2HI7A 1V2AA 4IW9A 4XS1A 3APQA 3UVHA 3A2WA 1JLWA 3DIEA 1KBNA 1GL8A 5ECLB 3C1RA 5KN0A 1B9XC 2IWTA 2VL2C 2DLXA 5ECIB 9GSSA 4LL1B 1GLPA 2CT6A 4BVYB 1F2EA 2L57A 2B1KA 3R2QA 1AAZA 3KD0A 1ML6A 4Q5RA 4G10A 1TDIA 4DSRA 22GSA 1OC3A 1M99A 4F9ZA 2IIYA 4V2MA 2DJJA 1X9MB 1ZL9A 3RPNA 5B6MA 2VM1A 1TU8A 3E3EA 3P7XA 1OC9B 2DJ2A 1SD9A 4WR5A 2JADA 3IAM2 3KJYA 1O8WA 3IC8A 3GHAA 14GSA 3WYWA 2C3NA 1AUCA 5IMCA 3EWLA 3F4SA 1E6BA 4V2LA 4K7OA 2FWFA 1K0OA 2RM6A 5H5SA 1TU7A 4KX4A 2HT9A 1KNGA 3LEFA 3UOMA 4JR4A 1YZXA 3QAVA 2I81A 3N9JA 1WIKA 2RLIA 4OO4A 2OE1A 18GSA 1K3YA 2YN1A 2BMXA 1OKTA 4MPFA 2V1MA 2DIYA 3L0HA 2JACA 2P0GA 1M0UA 1YKCA 4JE1A 2IMIA 1GSFA 3HJOA 5JCGA 4MJAA 5DCGA 4YAVA 2VLVA 2H8LA 5F06A 1T4ZA 4QL9A 3P90A 2OBKA 4ZIJA 3FW2A 7GSSA 2L4CA 4JR6A 1UA5A 1JZWA 3GSSA 3H93A 4I5QA 1MDKA 5IO2A 1GSYA 1MEKA 1TK0B 3U6VA 4WR4A 4FH8A 3EVIA 4PNGA 5JCWA 5A4VA 2VLTA 1K0NA 1B4QA 1J08A 4ZBDA 2HSHA 1K0DA 3EYTA 2V2GA 4G9HA 2C4JA 2B5XA 4POKA 2H1BA 2KP1A 2RUFA 1GULA 1YKAA 1T4YA 1Z6MA 3APSA 4IKHA 1Z5YE 5G5EA 4OMVA 2YWMA 2AB6A 2VOCA 4PNFA 4OD7A 4KCAA 3IC4A 3FZ4A 2GDRA 2FWEA 4WF4A 5CRGA 1BEDA 5FHIA 5AIVA 3UEMA 1TP9A 2N5FA 1ERWA 1FAAA 2C8UA 2X8GA 2HRKA 5AN1A 4BVXA 3KH9A 3GKMA 2H01A 2E2MA 1HQOA 1TJDA 1ERUA 3IK7A 2HYXA 4AJ7A 2L6DA 2REMA 3ZIJA 3CRTA 2XC2A 3GL3A 2L5OA 4N0VA 2AUVA 2F51A 4OCEA 3RHBA 1SYXA 3HY2A 3VK9A 2PU9C 3QOUA 1VF3A 4GF0A 2MBSA 4NXIA 4EC0A 3KP8A 1Z6NA 4YH2A 4CHSA 4WXTA 1XBSA 1GUKA 4XRDA 3H4KA 4HZ2A 5J41A 4PQ1A 3AY8A 2JZSA 2FWHA 1A8LA 3E0UA 3DXBA 2MYGA 4POLA 17GSA 2JL4A 4NHZA 3OR5A 2R2JA 2MMAA 4I97A 3BCKA 1X5CA 4FIWA 2LTKA 4DSSB 1SENA 3GKKA 5D9TA 1W4VA 3I43A 5GAND 3GKXA 2H1DA 1K0AA 3D21A 2A2RA 1I5GA 3KEBA 4N11A 4N10A 4PTSA 5DAKB 3LGCA 2LRNA 5A4WA 2DJ3A 1MTCA 1K3LA 5ID2A 3HHVA 2GZYA 3IXRA 3O3TA 2B7KA 5EL8A 3Q6OA 2PBJA 3HVVA 1JZRA 4EKZA 4DVCA 1BX9A 2ZCTA 4LMVA 3PH9A 3ERWA 5A4UA 2K8SA 3KXOA 4KW6A 1GUMA 2TRXA 3F4RA 2HLSA 1OYJA 4ML6A 3Q19A 4MF7A 2P31A 4MP4A 1URMA 3L9SA 1B8XA 4YQUA 2YZHA 3EMXA 3GTUB 5D9XA 6GSUA 4FYBA 1O8XA 1TRSA 4MZCA 4MZWA 2GT6A 1FOVA 1THOA 2PVOC 2BJXA 3I6AA 1J9BA 2M80A 1DE1A 5EVOA 1U3IA 4TR1A 2E2GA 3U5RE 2WJUA 2O85A 4I6XA 3M8NA 2H76A 4ECJA 3J7Yb 2CZ3A 1XOBA 2IJYA 3H1NA 2CAIA 2RIIA 5C00A 4XCSA 1TK8B 3DRNA 3HZ4A 2F8AA 4NV2A 3ZREA 5DALA 5J4UA 3CRUA 4MF6A 4YQVA 4KUNA 1BG5A 4KGIA 2ALBA 2R3XA 3LFLA 5IMAA 2GGTA 3WGEA 4MLYA 1YF0A 5IIZA 4KSMA 3HDCA 5J9BA 2FGXA 2VCTA 1XVQA 5EPFA 3IE3A 2GS3A 3ZFLA 4G0LA 3GIXA 3TRQA 3W6GA 4LL4B 1GSQA 4D73B 1SJZA 2LRTA 1TI1A 4KAEA 4ZB6A 3D6IA 3F3QA 1XW6A 1YF1A 1SKRB 4IJIA 4HZ4A 2RUEA 4K8MA 1TK5B 2DMLA 4K9ZA 2IMKA 5G31A 1GSDA 2HSNB 2CX3A 3Q74A 2FA4A 3QR6A 2WFCA 1PX7A 2B3SA 5INYA 1H75A 3CTFA 4RUVA 1V57A 1EEJA 1OVNA 3J7Yk 1PN9A 5HFIA 4EF0A 4ZXGA 4G0KA 5ECSA 2IL3A 5G1LA 3GX0A 1YY7A 3M9JA 3TGZA 2YJ7A 2VD1A 1O6JA 4HU7A 1PSQA 2C3TA 4XHMA 2C0DA 1SL0B 2OJLA 3FEUA 2YV9A 1RW1A 3TJFA 2VCZA 4MH2A 4ZL9A 1S3CA 4TXVA 3TKPA 4DEJA 2A4VA 2GQLA 1GP1A 5IMFA 2GSTA 4JEDA 1NSWA 1ILOA 4USSA 1LBKA 4PX1A 3RAZA 5F8BA 2NBSA 2FNOA 1YEPA 2J9HA 2NDOA 4MPGA 2YWNA 4ZBBA 1SYRA 4RI6A 4FO5A 1FW1A 2BTOT 1PA3A 1X0RA 3VURA 1PX6A 1M2BA 3DGQA 3LXZA 1K0MA 2YZUA 2OE3A 2D2ZA 3FKFA 2VD0A 2JZRA 4O5RA 2GZPA 3FR9A 4OFMA 3P2AA 3ZLPA 2GSSA 4ISDA 5EY6A 3V1WA 5G30A 2B5YA 1K3OA 4TRXA 1FHEA 3VPQA 4P3YB 2LJRA 2I3YA 4EVMA 1AC1A 3QAWA 3L78A 4IHUA 1GTUA 3N5OA 5KN1A 4IVFA 2L4QA 1O7UA 1QMVA 3UMAA 5B8AA 5FT3A 5DAKA 2VUPA 1GNEA 2GSRA 3QFAC 1M7TA 4XRAA 1FVJA 5ECPB 3VWWA 2QC7A 1NHOA 4PXOA 3ZFBA 1G6YA 4TXOB 3TB2A 2G0FA 4JBBA 4KDUA 1YDKA 1XIYA 5FWGA 3JCML 5LCZA 4O7HA 2PN8A 1BAYA 3M0FA 2ZNMA 2VL9A 2GLRA 6GSXA 2HSYA 5JWOB 2EIRA 4L5LA 3HYPA 2NPBA 1O73A 2MBTA 1DSBA 4N0ZA 1ON4A 4POBA 4ZB8A 2UZ8A 4E8HA 3C71A 5F05A 3G9BA 3FY7A 3GNJA 2I1UA 5C04A 5BMUA 4I2TA 2I4AA 1SL1B 2G2QA 2YWIA 3DD3A 3GN3A 1GSUA 5HR0A 3NIVA 4EL1A 1MD4A 3ERGA 2HZEA 1HNAA 1IYHA 1XPVA 1R5PA 3HA9A 2I9HA 3FZ5A 3GMFA 2IPAA 2DC5A 3KP9A 4TVEA 1C72A 3EU4A 2VO4A 3GRXA 16GSA 1EOHA 1EWXA 3A5WA 3D4MA 3RPPA 2DIZA 3APOA 4EE0A 1XWCA 4KSOA 1NHYA 3M1GA 1VF2A 1TOFA 3IRAA 2FWGA 1AIUA 3SWLA 2VAFA 1V40A 1EP7A 2GVPA 1GUHA 1TRVA 2LUSA 2MMZA 4V1Ap 2LKUA 2R5GA 4BA7A 3PGTA 5ECOB 3FRCA 1AXDA 1SJ6A 2HRFA 5D96A 2DJ0A 4OO5A 2V6KA 1TTZA 1U3AA 4Q5QA 4ULXA 1GSEA 1I9DA 4QQ7A 3KM6A 4QL7A 2ES7A 3CMIA 2YCDA 2YJHA 2PWJA 2TIRA 4MA9A 5CAXA 1PMTA 4F2IA 2DSAA 2XBQA 4PUFC 1M2AA 4HUAA 4IELA 1EZKA 3EC3A 4BL7B 2XPEA 3E9JB 4BWSA 4ACSA 5J3RA 2MMOA 3F6DA 1TRWA 1F37A 1MDJA 3ZRDA 3VPTA 3GH6A 3W8SA 2GZZA 2H66A 5GAPD 2YPMA 2LSTA 2ON5A 3GH9A 4Q5FA 2O8VB 3TJKA 2H0HA 1XWGA 4ECCA 4EUYA 1OE8A 12GSA 3M9KA 3CSHA 2GTUA 6GSYA 3TRPA 3GX8A 4OWYA 5HR1A 1U88A 4XS4B 2CVDA 2CZ2A 4G19A 1YQ1A 4HOJA 1SK2A 2OE0A 4MK3A 2H19A 4KF9A 3IV4A 5DJLA 1Q4JA 3ZITA 3RDWA 1WE0A 3O76A 6GSSA 1G7OA 2H71A 2C0EA 4N30A 3L9UA 4YAPA 1SJIA 1V9WA 2X8CA 5CRHA 1JHBA 4KB3A 2HRNA 4EXJA 5CP1A 3IAS2 3C1SA 1ACVA 19GSA 1K0BA 2PVQA 3CSJA 1SKWB 4GQFA 2C3QA 4MMMA 1A2MA 4BVYA 4IQAA 2WULA 3IA1A 1SK0A 2L5LA 4F0CA 3KTBA 3TOUA 1EEMA 5ECMB 1XWBA 2K6VA 4IS0A 6GSTA 3F0IA 3PINA 5IPHA 2KUCA 1ZZYA 4GSTA 4IGJA 2FHEA 1WWJA 4O92A 1MD3A 2PMTA 2ZUPA 3A3TA 3GURA 1UVZA 4MZBA 1OC9A 3IDVA 1OKDA 4JRRA 3LG6A 2FA8A 2PUKC 3ZTLA 3VWXA 1XFLA 5KN2A 3QCPA 3D0ZA 1B4PA 2EIOA 1LJRA 1FB6A 1S3DA 3TKSA 4X1UA 3MAKA 1U6TA 1TKDB 4ECBA 3CXGA 1T7PB 2WB9A 2H6ZA 5JWQB 2X99A 2OADA 5F07A 2H75A 2JSYA 1R4WA 2VL3A 4NMUA 2XBIA 4XS6A 1NM3A 2VCQA 5DBQA 2R6KA 3DVXA 5IQYA 2HNLA 1BYEA 4MJCA 4NAXA 3QAGA 2VM2A 2WS2A 4GWRA 4ZBAA 1R7HA 3VWUA 2VCVA 1ABAA 4FYUA 2GQMA 5E4WA 1CQHA 1O85A 1AQWA 2DMMA 5ELGA 3VI7A 4O32A 5E59A 1DUGA 1VF1A 5G5FA 3KGKA 2OBIA 3TUEA 4TW5A 4BPYA 2AJQB 4OFTA 1GRXA 4KDYA 3BBYA 2CX4A 2FD3A 20GSA 3QD9A 4MABA 3TKRA 6GSVA 1B48A 1M2DA 2ON7A 4DSQA 1Y25A 3UJ1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3N5OA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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