3UVH | Genus

Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	238
structure length	231
Chain Sequence	EQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIMEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVEGVSQRKFLDGNELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIELAYEQVAKALK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__528531493688756__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__528531493688756__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3UVH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__528531493688756__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"528531493688756","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3UVH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__528531493688756__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d033f4e2dac8366b9bf76a1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d033f4e2dac8366b9bf76a1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d033f4e2dac8366b9bf76a1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d033f4e2dac8366b9bf76a1/pdb.gz): 467 ms

reading 231 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

231 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:230});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transport protein
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structure Analysis of E81M mutant of human CLIC1 rcsb
molecule keywords	Chloride intracellular channel protein 1
total genus	80
structure length	231
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-11-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13409	GST_N_2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF13410	GST_C_2	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	3uvhA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3uvhA01

5JWQB 3HD5A 1BAYA 3GURA 1WMJA 3ED3A 2VCZA 1I5GA 3LXTA 4ZL9A 1X0RA 2CV4A 2LNTA 4I5QA 4PTSA 5ELGA 2FD3A 3IR4A 3RPPA 2WGRA 1NSWA 1PX7A 4G2EA 4MF5A 5IMFA 3GMFA 2C0DA 3QCPA 4I97A 3BD2A 2CAIA 4MF7A 2L59A 2EC4A 2HRKA 5ECKB 2CA8A 4YQMA 4G9HA 2L4QA 3P2AA 4PQHA 4CHSA 2VL2A 10GSA 1UC7A 4AJ6A 5H5RA 4KH7A 4KCAA 1A8LA 3P7XA 1YKAA 1XWGA 1T1VA 3PPUA 2O8VB 4F0CA 2GZPA 1J9BA 3U6VA 3WT1A 3ZVJD 3KP9A 2PERA 1TOFA 1GSEA 3GNJA 3QAGA 3NOFA 1A23A 2VL9A 1X5EA 4E8EA 4IVFA 3H93A 4OD7A 3TRXA 4QL9A 3CTGA 1EP7A 4EC0A 2PVQA 4BA7A 3VURA 5GAPD 1SK1A 5HR1A 1XXUA 1AW9A 2MZCA 1R5AA 2F51A 3QD9A 3KZQA 2IIYA 1WE0A 3TGZA 3C7MA 5JWOB 9GSSA 2MBTA 3QPMA 2YZUA 3F0IA 2H0GA 2FLSA 3GHAA 4XS1A 1OKTA 4MZWA 2WRTA 2HLSA 5J9CA 2GQLA 1WOUA 3TJKA 6GSXA 2YWNA 2HXKA 1SYRA 1SKRB 2FWGA 1VRSD 3R2QA 3GH9A 3ME8A 2FHEA 3IAS2 3PR8A 1WPIA 2LRTA 5IMAA 3H4KA 3TKSE 3W8SA 3Q18A 4ECIA 5HFKA 1FG4A 2H0IA 2FWFA 4X0XA 4ZBDA 4PQ1A 3DIEA 2VLUA 4NHWA 4I6XA 5ECPB 2IJYA 3KEBA 4PURA 1EV4A 2V32A 1USBA 3E0UA 3DVXA 1OYJA 2NBSA 4WKWA 5IPHA 1YY7A 2FA8A 4GSNA 4KE3A 4KB3A 5DJMA 5IOXA 4TRXA 1K0MA 1XZOA 1XOAA 2CZ2A 3TKPA 4MJAA 4GRFA 3IRAA 4F82A 1UN2A 2F9SA 2LQQA 1ERTA 4TXVA 5ECQB 4X1UA 5F06A 3IBHA 1GWCA 1GH2A 4PNFA 3MSZA 2M46A 4BPYA 1X5DA 3IE3A 2ALBA 4OCFA 4XIHA 1UVZA 1ERUA 5D8IA 4PGTA 1TP9A 3IHQA 4D73B 1K3LA 1Z9HA 4KNDA 4L5LA 2H6ZA 5G1LA 4L5OA 5J41A 3US3A 1GRXA 2GZZA 1ACVA 4MA9A 4NWYA 4ZBAA 3M9JA 2F3MA 2G2QA 4KX4A 2UZ8A 5J5NA 3UVTA 2ZNMA 2CX4A 4KUNA 22GSA 2PPTA 2JZRA 2H19A 1A24A 2LJRA 3E9JB 3LGCA 4TVEA 2DBCA 3DMLA 2LEGA 2ZCTA 2VCWA 2VM1A 4J57E 2RUEA 18GSA 2YANA 1VF3A 3UVHA 4HI7A 1HQOA 3TRPA 2QKEA 1ST9A 5HR0A 1C72A 4WF4A 4K8MA 2C80A 3FYGA 3KTLA 2DJ1A 3HZ4A 1ERWA 3KH7A 1E6BA 5A5KA 1W4VA 1RQMA 2EIQA 3UL3A 2VUPA 1N2AA 3QAVA 4PQIA 3M3MA 4YAVA 4ECJA 5JCUA 1VF4A 2KP2A 2IFQB 3OR5A 4KSOA 2LUSA 4G0IA 1V2AA 2AAWA 2NTOA 3GKNA 4FYBA 2FA4A 1TI3A 4POKA 4GQCA 3BCIA 1TDIA 2YWMA 1O85A 1PL2A 1PD21 3G7YA 1O6JA 2CVKA 1SL1B 3VFIA 1T00A 5DQSA 1SL2B 4WBJA 2HZFA 2LJAA 1BJXA 1SD9A 3ZRDA 1U3AA 2K8SA 4MH3A 4HUAA 2BTOT 3QOUA 2LTKA 3NIVA 1UA5A 2LRNA 3I43A 2C0FA 2OADA 4ZB8A 2GGTA 3FZAA 1WRYA 1PN9A 5G1KA 1THXA 3A3TA 3TJBA 2CQ9A 4WF5A 1NW2A 4O5RA 1XVQA 1ZZYA 3F4RA 2YNXA 1DE1A 1B9XC 3VLNA 3E3EA 4DSQA 4K9ZA 3ZL5A 1M2DA 2H6YA 4K7NA 1S3CA 5DAKA 5F0GA 1TJDA 3DWVA 4I8BA 3IC4A 5FT3A 1M0UA 1RW1A 4ML6A 3GSSA 3PGTA 5KN1A 5IMCA 3ZFBA 3DD3A 2NPBA 4D73A 2V1MA 3RDWA 1TU8A 2KLXA 4PXOA 4HU7A 5GZZB 5G5EA 1TRVA 3KIJA 2KHPA 3EC3A 1F3BA 4WXTA 3EE2A 2N5AA 2YV9A 3PH9A 3QR6A 1AUCA 2P31A 4RQRA 3HA9A 3CSIA 3GV1A 4NV5A 2DJ2A 1QQ2A 2E2MA 1GTBA 1VF2A 4E8HA 3LXZA 3ZTLA 4N30A 3VWUA 5FHIA 8GSSA 2V6OA 4DSSB 1K0DA 2VCVA 3LEFA 1XW9A 4BVYB 4ILFA 1KEBA 1VGLA 4JR6A 5J9BA 2MMNA 3TJFA 2VLTA 2GQMA 2VM2A 2IMIA 5FWGA 3UBLA 2YWIA 5ECSA 3FKFA 3APQA 2A2SA 4CW9A 4V1Ag 2WDUA 2IFQA 3VI5A 1QMVA 2B5XA 2H66A 1MTCA 2QC7A 2X64A 4ZXGA 5E59A 6GSSA 2HRNA 3LG6A 1EWXA 4H86A 3A2XA 4V2MA 1YF1A 4MPGA 4GLTA 2IN3A 3EMPA 3QFBC 1URMA 2KUCA 2HSHA 3H1NA 4OWYA 4XS6A 2YP6A 3IC8A 4IBPA 4NV2A 4ZB6A 4TR3A 4MJEA 4EL1A 3EURA 6GSYA 3ERWA 4IHUA 1A2JA 5LNKe 4Z7XA 5ECLB 4EKZA 1TW9A 2LS5A 3RBTA 3GA4A 4USSA 1EV9A 2HYXA 2PMTA 3LORA 4OO4A 4WR4A 6GSWA 4YH2A 4DVCA 1X5CA 5ID2B 2P5RA 2YWOA 3FHKA 1YEXA 3UIWA 5ECMB 4FH8A 2B5EA 3GKMA 3SBCA 3JCML 1HNBA 2LV3A 1XWKA 1XVWA 1AQWA 4ISDA 2CX3A 5IPGA 4RQXA 1XFLA 1T4YA 16GSA 4IKHA 2I3YA 3CRUA 3UARA 2OA7A 1W89A 4V1Ap 2OE1A 4FIWA 4YQUA 3KCMA 1O73A 4LLRA 2VIMA 1KNGA 5IOWA 2R5GA 1KTEA 4G19A 1M2BA 4WBRD 3O76A 5DDLA 3KJYA 3ME7A 3N5OA 4GSSA 1LJRA 2VCTA 6GSUA 5CNWA 1CQHA 1I9DA 2WS2A 3FZ5A 1SJIA 2B3SA 4ECBA 5H5SA 3F3RA 4JEDA 4KCEA 3P90A 2GS3A 3O6TA 1BQ7A 4MMMA 5EVOA 5F8BA 5GSSA 3CSJA 4Q5FA 4TN8A 1A0FA 5A4UA 5INYA 5E4WA 4DSSA 1F37A 4XTSA 4KDUA 2VCXA 4JZQA 1XBSA 1EP8A 5ECIB 2H1AA 4BVYA 2PBJA 2HT9A 4YAPA 1JZDA 3A2VA 2O89A 3H79A 4WEYA 2DJ3A 1ZCPA 1R7HA 5HR3A 3HVVA 3DXBA 4TXOB 4IW9A 1THOA 2RUFA 3O3TA 1K0NA 1GSQA 3GL3A 1CQGA 5B6NA 5IQYA 4MH2A 3D21A 1PRXA 2E2GA 4GWRA 1YDKA 3MWHA 3MDKA 4MK3A 5ECHB 1ON4A 1YZXA 2XPEA 1AQVA 5DQYA 5AISA 1XCCA 4WETA 17GSA 2DMLA 3DEXA 1WIKA 3HVSA 1GLPA 1EEMA 4Q5QA 1WJKA 2ES7A 1SENA 2R6KA 4OFMA 4Q5RA 1BYEA 4IQAA 3F63A 2F8AA 2GSSA 2V41A 3UMAA 2B7KA 2PU9C 4MLYA 4O7HA 3WGXA 4QQ7A 3L0HA 2XBIA 5AN1A 1Z6MA 1K0AA 1ZYEA 5CAXA 3UEMA 3LYKA 1SJ6A 1O7UA 5ID2A 4K7IA 4KDXA 1T7PB 1R4WA 3KGKA 1B48A 3TKSA 4NHZA 1OC8A 5CO3A 4DSRA 13GSA 3H8QA 3IPZA 3KXOA 5DAKB 3BBYA 1U88A 1PSQA 2WFCA 1X9SB 2HZEB 1TRUA 3ZREA 1U6TA 4N10A 5BMUA 4LMVA 3F4TA 3BOAA 2N5FA 1FB6A 1V57A 3HDCA 4K0NA 1JZRA 1S3DA 3IA1A 3D22A 1GTUA 4POMA 3LFLA 2TIRA 3LJRA 3KP8A 3R3EA 1FHEA 1JHBA 5D9XA 1K0BA 3GFKA 2PUKC 1V98A 3KTBA 2HNLA 4ZIJA 4OMVA 11GSA 4MPFA 1V58A 1GL8A 2WULA 1PL1A 2M80A 1J0FA 4JR4A 5EL8A 2PGTA 1GLQA 5D93A 2HSYA 5D9TA 5HQPA 2H74A 2JZTA 5KN2A 1TU7A 1SYXA 3J7Yb 2LRCA 1EOGA 5B7CA 1GTAA 5KEJA 3MAKA 3D4TA 1JZOA 1M2AA 1ABAA 5C04A 2B1LA 2J9HA 4LL1B 4TR1A 5GSTA 1YEPA 4KSMA 5ECNB 1XIYA 3WT2A 3MNGA 3ERGA 1TRWA 4TXOA 1O81A 5CRHA 1XW5A 2CT6A 1YF0A 2I9HA 5LD0A 2I4AA 1SKWB 4MP4A 1XW6A 3G7JA 5HFGA 5HFIA 5ELAA 3TOUA 3GX8A 3IXRA 1EGOA 2WCIA 3GTUB 4I2UA 2B6MA 2FNOA 3Q6OA 1YKCA 2HQTA 3TB2A 3M9KA 5D73A 2C0GA 5CYYA 1GSUA 1V40A 4G10A 2E0QA 3F3QA 5IO2A 5KN3A 3AY8A 2L4CA 2DJKA 2MYGA 1ZMAA 4KGIA 1PQNA 3TKRA 3HXSA 1MDIA 4ML1A 5IM9A 3KH9A 1O8XA 4HEA2 1PKWA 5J3RA 1QGVA 1XWAA 2C3NA 5JWRB 3KM6A 3CMIA 2JZSA 4TW5A 4MF6A 5F05A 1J08A 4IGJA 3IK7A 3BJ5A 4GSTA 1F3AA 1Z7RA 4HS1A 2IMDA 1E2YA 1F2EA 2DSAA 4BVXB 7GSSA 2HRAA 1IYHA 3F9UA 3FW2A 2TRXA 3CXGA 4TR0A 5DALB 2DC5A 2HZEA 3SWLA 5GAND 1Y6EA 2VD0A 3IAM2 1QUWA 1TKDB 5D9VA 5L71A 2HI7A 3EYTA 3TJJA 3IOSA 1N8JA 5G30A 1FAAA 1BG5A 2IPAA 3UAPA 2LJKA 4EUYA 4PX1A 2L57A 1ERVA 1GSYA 2YN1A 4ULXA 2V6KA 3L9UA 4HJ2A 5EY6A 1MDJA 3TOTA 1ZL9A 5EPFA 1PGTA 2C3TA 2DIYA 1JLWA 1A2MA 4GXZA 2OE3A 1SD8A 4XHMA 2VOCA 2ON5A 5CREA 2VD1A 3LWAA 5DCHA 2DLXA 2HSMB 2HRFA 1V9WA 2YJHA 3I9V2 3GYKA 4IP6A 2KP1A 4KA0A 2X8CA 2H1BA 3L9SA 4LMWA 1OC3A 1S3AA 2J23A 1MEKA 4LL4B 4AF2A 2GT6A 2FUG2 1HNAA 3U5RE 2WZ9A 3UOMA 2X8HA 3IV4A 3D5JA 4KW6A 3TRQA 1A0RP 3ZZXA 1ZGNA 2OBKA 3VK9A 3EWLA 3GKXA 4EO3A 2VO4A 1SK2A 4JRRA 4PNGA 3EINA 4MDCA 4XRAA 1SJZA 3GTUA 2O85A 3FR6A 3D0ZA 1M9BA 4O32A 2P5QA 3GH6A 4ZB9A 3GRXA 2IMKA 2H71A 1A2LA 1SK0A 1FO5A 5CRDA 1DBYA 1JFUA 4K2DA 1OC9B 3G7IA 5B8BA 4FQUA 3HJMA 4K1FA 4AJ7A 5JCGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3UVHA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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