3UVH | Genus

Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	238
structure length	231
Chain Sequence	EQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIMEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVEGVSQRKFLDGNELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIELAYEQVAKALK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1562228907861556__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1562228907861556__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3UVH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1562228907861556__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1562228907861556","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3UVH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1562228907861556__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transport protein
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structure Analysis of E81M mutant of human CLIC1 rcsb
molecule keywords	Chloride intracellular channel protein 1
total genus	80
structure length	231
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-11-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13409	GST_N_2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF13410	GST_C_2	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	3uvhA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3uvhA01

4KDUA 3W8JA 3P8WA 1Z7RA 5CRHA 6GSYA 1OKDA 4OFNA 2HNLA 2PPTA 1FO5A 4EE0A 3IC8A 3U5RE 4ECCA 1TRVA 2GVPA 2A2SA 5DVBA 2YJHA 2H75A 2IMKA 3EYTA 1AQXA 2PVOC 5IQYA 2OADA 2OBIA 3A2XA 2FWEA 1GTAA 4L5LA 2FCHA 1V9WA 1V58A 2GQMA 5KEJA 3G9BA 1SK2A 4ZB8A 2DBCA 1SKWB 2H6ZA 4HQZA 5IMFA 4RI6A 2LJKA 1K0CA 3VPTA 5IO2A 3LSZA 5ECPB 3WT1A 2CZ3A 3F4RA 4XRAA 1PSQA 3CTFA 4I5QA 2LRTA 5C00A 5AISA 3Q19A 3MNGA 2MZCA 2HSHA 3ZL5A 4NHZA 2K8SA 5J9CA 4WR4A 5G1KA 1GUHA 4IQ1A 3CYNA 3TRPA 2CX3A 3GNJA 1SJ6A 4L0WA 2YWOA 3US3A 3M9JA 3IC4A 3FKFA 2I4AA 1JHBA 4GF0A 2MMZA 2PU9C 1O85A 2WCIA 2LRCA 5G30A 5DJLA 1THOA 3KP9A 2LEGA 4K8MA 1YEXA 2CZ2A 1YF0A 5ECSA 3ME8A 2KP1A 3IBHA 3C7MA 2YP6A 3TJFA 3TKPA 2ZNMA 3QDNA 4N30A 4TVEA 1T4YA 1OAZA 4TXVA 1BG5A 3ERGA 2HZFA 2OE0A 1T7PB 1SKSB 1I5GA 2BMXA 2VL3A 1JZRA 2HE3A 2FA4A 13GSA 5DAKA 3IK9A 2VL2C 3CMIA 5D73A 3LG6A 2VLVA 2LQQA 3HXSA 1XBSA 4IS0A 4IW9A 1AAZA 3EMPA 3GSSA 4O32A 4HI7A 1XOAA 5F06A 1M99A 3LYPA 2IFQA 4JEDA 4MJAA 1YZXA 2R2JA 1FOVA 1F6MC 2UZ8A 5HR3A 1T4ZA 1T00A 1S3CA 2X8GA 4BPYA 4MCUA 4GQFA 2DJ0A 1O81A 3HD5A 2YCDA 1ILOA 4KA0A 4I2UA 2L6CA 3HA9A 1EV4A 1MDJA 5FHIA 3WD6A 3SBCA 2HXKA 2C3QA 2H72A 1OC9A 3ZIVA 5GSTA 1XZOA 4PGTA 3C71A 4J56E 1ON4A 1V98A 2P0GA 2WGRA 3IRAA 3O3TA 4FQUA 3IDVA 4HQSA 4XS4A 2ALBA 1T3BA 4HDEA 1QK8A 1WRYA 3MDKA 3GKXA 4LLRA 4KAEA 4G0KA 3TOTA 5D96A 1I9DA 2R4VA 3HY2A 4N11A 5DBQA 3FK8A 2WDUA 1RW1A 4HZ2A 1XW5A 1B9XC 1OE7A 3M3MA 7GSSA 4KCEA 1SL2B 1A23A 2HRKA 1M2DA 2H1AA 1XVQA 3IXRA 1ZL9A 3VWWA 2J23A 4BVXA 2VO4A 5IOXA 5DAKB 4GQCA 5D93A 4BWSA 5A5KA 1NHOA 1K3YA 1FVKA 3ZRDA 3I69A 5E59A 2PMTA 4V2LA 1SU9A 2NVLA 4DSSA 2O7KA 4F82A 2HSNB 2WS2A 3F6DA 3BBYA 2LKUA 3UL3A 3HHVA 5ECNB 4F2IA 2GT6A 2KHPA 1IYIA 3GMFA 2CAIA 5DALB 3A3TA 3D4MA 1WE0A 5ECKB 1DE1A 4MJEA 3TJJA 4K0NA 4F0BA 4HU9A 2GSQA 2DSAA 1TK8B 5HR1A 1Z6NA 3DVXA 4AJ6A 4LMVA 1A2JA 4GCIA 4ZBDA 2CVDA 4V1Ap 3PINA 1ST9A 2WULA 1EWXA 5IMCA 3ZTLA 4XS1A 4XS4B 3KMNA 3H1NA 2NBSA 1SJIA 4LL1B 1TK0B 1IYHA 4KSOA 1N8JA 2FNOA 2ON7A 3VURA 2F8AA 1PQNA 1HNCA 3IAM2 4MA9A 3KJYA 3D0ZA 1TKDB 2CQ9A 2L4QA 1TJDA 1DBYA 4I6XA 3C1SA 3I6AA 5EY6A 3FR3A 2WFCA 1OE8A 2VCZA 1AW9A 1WP0A 2C0DA 5CYYA 3G7IA 4LA1A 1UVZA 2H73A 5D9TA 1K0AA 2DJ2A 1TU7A 2LUSA 2VUPA 2I9HA 1PX7A 3WGDA 2F51A 3U6VA 2N5BA 3BD2A 4BVXB 4K6XA 2E2MA 4JR4A 1K0DA 4WBRD 3ZLPA 1V40A 4ZL8A 4MLYA 2YN1A 3RPNA 1TDIA 4K7IA 1X9MB 4N0ZA 2V32A 4CDOA 4TR1B 18GSA 3TCOA 1BX9A 2V1MA 1GRXA 4V2MA 3RDWA 5EVOA 2LSTA 1M9AA 1F3AA 3ED3A 1GUKA 3ZMLA 2M80A 2B6MA 4PUAA 4TOPA 3R2QA 2V6KA 2CVBA 4HUAA 5J41A 2H0IA 1YF1A 4K7OA 1LJRA 4OFTA 4AJ7A 1FVJA 22GSA 2CVKA 4KW6A 1E2YA 2VL2A 3KCMA 3TJKA 5LNKe 4K1FA 3LXTA 4KDXA 4MPFA 1X9SB 3HZ8A 5GAPD 5DDLA 3D5JA 5KN1A 2IMFA 3UOMA 2H71A 5F07A 2B5XA 3DMLA 3DRNA 2C3NA 3UJ1A 1VRSD 3CTGA 3LORA 3TKSE 2LV3A 3APSA 2ON5A 2F3MA 1PKWA 3EC3A 4JE1A 1ACVA 3KIJA 4EVMA 5CO3A 3C8EA 4NWYA 3FW2A 5INYA 2E0QA 2OE3A 4PTSA 3GKMA 2GDRA 3UARA 4FIWA 4G9HA 3ZFBA 2QGVA 1JLVA 1URMA 2DMLA 4L5OA 4KX4A 3DVWA 1U88A 4JU5A 1K0MA 3IAS2 5DQSA 1F9MA 1XWBA 3PGTA 5F8BA 3KH9A 5JCUA 5FWGA 1OKTA 1M0UA 2LNSA 2K6VA 3EMXA 3DD3A 3F3QA 4MPGA 4DVCA 3TKSA 4Z7XA 3VK9A 1SK0A 1FHEA 4MJBA 5B8BA 2FWGA 5GSSA 12GSA 4PNFA 3A2VA 1O73A 3P7XA 4JZQA 3EURA 5JCWA 3LWAA 2VOCA 2DIZA 4WF4A 4XIHA 5C04A 4X1UA 3M1GA 1AC1A 3F4TA 2NPBA 4KDYA 4GSSA 1VGLA 4L8EA 3HVVA 5CRWA 5B8AA 2N5AA 2H0HA 1U3AA 1K3OA 1JZOA 4G10A 1OYJA 1H75A 1G0TA 4TR3A 20GSA 3GFKA 1TRWA 3KEBA 1M9BA 4IP1A 3APQA 4TKYA 2NDOA 1A0RP 4IVFA 3IPZA 2KOKA 4EO3A 2H01A 4NV2A 3UEMA 1UN2A 5HR2A 1GL8A 1PN9A 2ES7A 4NV5A 2OACA 5CREA 2EC4A 3CXGA 2LS5A 3SWLA 4ISDA 5G2ZA 4MF7A 5KN0A 4OD7A 1NW2A 4PQHA 3F0IA 1A2MA 5H5RA 1GP1A 4TXOB 1EP7A 11GSA 2YZUA 3RAZA 2M46A 5B6MA 4ZB9A 4HU7A 2F8FA 2TIRA 2C8UA 2YJ7A 1NSWA 2O85A 3HCZA 4QL7A 2OA7A 3IOSA 3NZNA 2B3SA 1XWKA 3EU3A 4TRXA 2XHFA 3W8SA 4FYUA 1EV9A 5JWQB 5G1LA 3QFBC 3RBTA 4KCAA 1R5AA 2HZEB 1NM3A 2JU5A 1WOUA 2B1KA 2GZZA 2B5EA 1AQVA 3DGQA 2PVQA 4PQIA 5ECMB 4AJ8A 4HZ4A 5CAXA 3W6GA 4ZB6A 4ML1A 4D73A 3GTUA 1U87A 3VPQA 3FZ5A 1M2AA 3RHBA 4Q5RA 2H19A 2AJQB 5HFKA 6GSWA 4POBA 1SKRB 2R37A 2B7KA 3GL3A 5ABRA 1JLWA 1YY7A 3NIVA 14GSA 2HT9A 3VI5A 5J9BA 2MYGA 3I43A 1A24A 1YJ6A 4OCFA 2J9HA 1GSFA 3QAWA 4I2TA 1ERVA 1J08A 3IK7A 2H6XA 17GSA 3CBUA 1Y25A 2IMDA 3GIXA 3F9UA 3M9KA 4YAPA 2REMA 4V2NA 2GSSA 4HEA2 4N10A 2LNTA 5J5NA 2JZSA 2I1UA 3CRUA 1MD4A 2DMMA 3UBKA 4BA7A 2X99A 4EDZA 4MK3A 1R4WA 3LFLA 4EXJA 2PERA 3N9JA 5H5QA 2GSRA 2RUEA 1QFNA 4RUVA 2TRCP 2C3TA 2H8LA 2H70A 4ML6A 2L5OA 1BEDA 1XVWA 1Z6MA 3GA4A 3EU4A 2GS3A 3GH6A 1Q98A 3ME7A 4WBJA 1CQHA 1TTZA 5E4WA 1XWGA 5JWOB 5F05A 5J4UA 5DCHA 2VLUA 2AUVA 5ELAA 2EIRA 1G7OA 2VCXA 4IELA 4YH2A 1GLPA 1PX6A 1PL2A 1CQGA 5G31A 2YZHA 4K0GA 3MSZA 1VF2A 3TB2A 2HSMA 2L5LA 3F8UA 4MP4A 4HJMA 3PH9A 4XCSA 5AN1A 1MTCA 3E9JB 1G6YA 2OE1A 3LJRA 4D73B 3GTUB 3DEXA 4G2EA 2OKAA 3TKRA 3N5OA 2L57A 6GSVA 4TR4A 2RUFA 1EEMA 3TGZA 4PNGA 1KBNA 2QSIA 4HS1A 4V1Ag 1THXA 2IFQB 5JCGA 1SENA 4CW9A 1X5DA 1O8WA 2C0FA 1R5PA 2DJ3A 3LGCA 2YV9A 1WMJA 2XBIA 2IJYA 2NTOA 1ABAA 2D2ZA 1EOHA 1AIUA 3BCIA 1PL1A 1PD21 4OWYA 4POMA 1MDIA 2K18A 2IWTA 2HFDA 4USSA 4I8BA 4PQ1A 1OC9B 3WGEA 1ERUA 2DC5A 3UAPA 1J0FA 1OC8A 3F4SA 1VF4A 2VD1A 1YEPA 3UVHA 2MMOA 4J57E 5B6NA 4GSNA 19GSA 4IHUA 1ZCPA 2RM6A 5ENUA 4FYBA 4IGJA 4QL9A 3FZAA 2GZYA 2A2RA 1XIYA 2H1GA 4JR6A 1S3DA 4BVYA 3CRTA 1O8XA 4YQMA 2H76A 2GQLA 4YAVA 1Z7PA 2XPDA 3GUSA 3AY8A 4GXZA 1SL1B 2L4CA 2O8VB 5G5FA 1HYUA 2AYTA 1F3BA 1FAAA 1A8YA 1A0FA 2PGTA 2HRKB 2KLXA 3D6IA 3HVXA 2RLIA 3DYRA 3CSJA 3FY7A 3GN3A 1N2AA 5COHA 2C80A 2XBQA 1QXHA 3BCKA 4WXTA 4MZWA 3HJMA 3L4NA 3WGXA 4OFMA 3KXOA 1TU8A 4XRDA 5CRGA 1T8EB 3KH7A 1TRSA 2VM2A 1SJZA 3QPMA 4DSSB 2BJXA 4Q5QA 2IIYA 2LJAA 2YV7A 3IR4A 3MAKA 2X8HA 4IP6A 5ECQB 2YWNA 5HFIA 4ILFA 4G0IA 4DSQA 2MMNA 3ZIJA 1C72A 1XOBA 1XPVA 4ID0A 4YQVA 5EL8A 1AUCA 1VF1A 2JACA 3UMAA 5LCZA 5B7CA 2GSTA 4AF2A 1SD8A 3L9UA 2GZPA 1FB6A 1YKCA 3QMXA 3UIWA 2HSYA 3ZYWA 1TI1A 5KN3A 2WZ9A 1EEJA 4NAXA 6GSTA 1W89A 4MH2A 2AV4A 4KGIA 4H86A 2C1YA 1AQWA 5DJMA 2FGXA 3D22A 4O92A 3KTLA 4IKHA 2PWJA 3BOAA 1DUGA 1WIKA 2VL9A 3WYWA 4G19A 2IL3A 3F63A 2JSZA 5IIZA 2VLTA 2VCWA 3CSIA 2VM1A 4ECJA 4IN0A 1TW9A 3L78A 3J7Yk 2M72A 5AIXA 3M0FA 3FZ9A 4ULXA 1MDKA 1GSDA 3M8NA 1X5EA 1YKAA 1ML6A 1ZYQB 1E6BA 2VCVA 1B8XA 4AGSA 2DLXA 4MZCA 3QR6A 1KEBA 1A8LA 3D4TA 3PPUA 2FWHA 1HNAA 3VWVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KDU A;  3W8J A;  3P8W A;  1Z7R A;  5CRH A;  6GSY A;  1OKD A;  5J4V A;  4OFN A;  2HNL A;  2PPT A;  1FO5 A;  4PHZ C;  4EE0 A;  3IC8 A;  3U5R E;  4ECC A;  1TRV A;  2GVP A;  2A2S A;  5DVB A;  2YJH A;  2WVX A;  2H75 A;  2IMK A;  3EYT A;  1AQX A;  2PVO C;  5IQY A;  2OAD A;  2OBI A;  3A2X A;  2FWE A;  1GTA A;  4L5L A;  2FCH A;  1V9W A;  1V58 A;  1PN0 A;  2GQM A;  5KEJ A;  3G9B A;  1SK2 A;  1SVM A;  4ZB8 A;  4EIQ A;  2DBC A;  1SKW B;  2H6Z A;  4ICY A;  4HQZ A;  5IMF A;  4RI6 A;  2LJK A;  1K0C A;  3VPT A;  5IO2 A;  3LSZ A;  5ECP B;  3WT1 A;  2CZ3 A;  3F4R A;  4XRA A;  1PSQ A;  3CTF A;  4I5Q A;  2LRT A;  5C00 A;  5AIS A;  3Q19 A;  3MNG A;  2MZC A;  2HSH A;  3ZL5 A;  4NHZ A;  2K8S A;  5J9C A;  4WR4 A;  5G1K A;  1GUH A;  4IQ1 A;  3CYN A;  3TRP A;  2CX3 A;  3GNJ A;  3IHG A;  1SJ6 A;  4L0W A;  2WW1 A;  2YWO A;  3US3 A;  3M9J A;  3IC4 A;  3FKF A;  2I4A A;  1JHB A;  4GF0 A;  2MMZ A;  2PU9 C;  1O85 A;  2WCI A;  2LRC A;  4AKI A;  5G30 A;  5DJL A;  1THO A;  3KP9 A;  2LEG A;  4K8M A;  1YEX A;  2CZ2 A;  1YF0 A; 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3UVHA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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