4BVX | Genus

Total Genus 58

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	58
sequence length	203
structure length	203
Chain Sequence	MRLFVSDGVPGCLPVLAAAGRARGRAEVLISTVGPQDCVVPFLTRPKVPVLQLDSGNYLFSTSAICRYFFLLSGWEQDDLTNQWLEWEATELQPALSAALYYLVVQGKKGEDVLGSVRRALTHIDHSLSRQNCPFLAGETESLADIVLWGALYPLLQDPAYLPEELSALHSWFQTLSTQEPCQRAAQTVLKQQGVLALRPYLQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5198968704159643__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5198968704159643__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BVX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5198968704159643__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5198968704159643","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BVX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5198968704159643__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0393b616de1128b59852c3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0393b616de1128b59852c3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0393b616de1128b59852c3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0393b616de1128b59852c3/pdb.gz): 1346 ms

reading 203 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

203 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:202});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Ligase
source organism	Homo sapiens
publication title	Assembly of Multi-tRNA Synthetase Complex Via Heterotetrameric Glutathione Transferase-Homology Domains. pubmed doi rcsb
molecule keywords	METHIONINE--TRNA LIGASE, CYTOPLASMIC
total genus	58
structure length	203
sequence length	203
ec nomenclature	ec 6.1.1.10: Methionine--tRNA ligase.
pdb deposition date	2013-06-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF18485	GST_N_5	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4bvxA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4bvxA01

1F9MA 2VLUA 3EWLA 2LTKA 1TDIA 2C80A 4EVMA 4K6XA 5J9BA 5JWRB 2LRNA 4MJCA 1B9XC 2NTOA 1Q98A 3AY8A 5D9TA 2GS3A 2R3XA 4IELA 3C1RA 3RHBA 1PQNA 1X5CA 5F06A 3TJFA 2YZHA 4OFMA 2GT6A 4TW5A 1SK2A 2X64A 2E2GA 1THXA 3LORA 4NHWA 3O3TA 4RQXA 2AYTA 2DBCA 1O8WA 3ZVJD 2CVDA 3C73A 2C3NA 4EL1A 3KGKA 17GSA 1NM3A 1X5DA 2MBTA 5IOWA 5GSTA 2V6KA 4BVYB 1ZGNA 3FZ9A 4IP6A 2H6YA 2FCHA 5DDLA 4KCAA 2P5RA 2HFDA 4G2EA 3TOTA 3K8NA 4XRAA 4BWQA 3IOSA 3GFKA 2WFCA 2HI7A 3GX8A 4POKA 5CRHA 2P0GA 3LJRA 2VCTA 3UAPA 3E0UA 4F82A 2O85A 2LSTA 1SKRB 1CQHA 2E7PA 2L6DA 2YV9A 4O92A 2H71A 5IO0A 1O8XA 4YQMA 2YZUA 3LSZA 2MMNA 1M7TA 2ON5A 4GXZA 3KCMA 2VL2A 1ZOFA 1GULA 5J4UA 5AIVA 1T7PB 2YCDA 2KOKA 1QXHA 4G10A 5D9XA 2DJ1A 4OCFA 1V57A 5COHA 4EE0A 2HRNA 3V1WA 3KMNA 5D8IA 5G30A 1C72A 1GTIA 2DJJA 2L6CA 5IM9A 3IAM2 3QAVA 3UEMA 2VL9A 2LKUA 2AUVA 4OWYA 1TI1A 2OADA 4BWSA 1HNCA 1IYHA 3ZL5A 3ZREA 3HJMA 1TOFA 1X9SB 2TRXA 3HKRA 4HEA2 5G31A 1TU8A 3FY7A 4POBA 2OKAA 3US3A 1MD3A 3ZMKA 2HZFA 1PRXA 2DMMA 4XS6A 2X99A 2HSMA 3NZNA 1ACVA 4TXOB 2KP1A 2LUSA 4J2FA 4KH7A 4WEYA 1XFLA 4AJ8A 2ES7A 4JR4A 5IIZA 4D73A 3UOMA 4FQUA 1BQ7A 4EKZA 5DAKA 3IHQA 1H75A 2CZ3A 4JR6A 2L59A 1OVNA 1TI3A 1A2LA 2D2ZA 5J5NA 4HS1A 3ERFA 2G2QA 4X1UA 3GKMA 5DVBA 2V41A 1B4PA 1TKDB 3KMOA 1PX6A 3Q6OA 5C00A 3F0IA 2VM2A 1BX9A 2GGTA 1EWXA 5JCUA 1WOUA 3ZFBA 2FUG2 1NHOA 5EPFA 2BMXA 4IJIA 3F3QA 3VWXA 1F3AA 1OAZA 5ABRA 5G1LA 4KUNA 3L9SA 3LGCA 4XTSA 4ZBBA 3FZAA 1A0RP 1ERVA 5DQYA 1RK4A 5JCWA 5CRDA 2R5GA 2NBSA 3U5RE 1OKTA 4QQ7A 2M46A 1FOVA 4MH2A 1SK1A 1TP9A 4IN0A 4EC0A 4ZIJA 3HYPA 3Q18A 5ECQB 1JLWA 5A5KA 2FY6A 3EC3A 3TKSE 3FKFA 1TTZA 2GSSA 3VFIA 3WD6A 3A3TA 3PH9A 2L5OA 3TRPA 4KNDA 2GTUA 1E2YA 4F03A 5BMUA 2VLTA 2N5AA 1FHEA 3ZVJA 1SJ6A 1A0FA 1BAYA 1TK0B 4PQ1A 3E9JB 3U6VA 5KN3A 1VF4A 1JZRA 5FWGA 1A8YA 1PKZA 5J41A 3IAS2 2ALBA 4BVYA 2I9HA 1AIUA 3W6GA 1SL1B 4GF0A 1DBYA 5DQSA 2YP6A 1M2DA 4JBBA 2QC7A 1X5EA 3PR8A 2IIYA 2JACA 3FZ4A 2YNXA 3QD9A 3KH9A 3IC4A 4MPFA 1MEKA 3F8UA 1K3YA 3PGTA 1KTEA 1EOGA 4Z7XA 4G0IA 1VGLA 2F3MA 3I9V2 2HYXA 4ZL9A 2FGXA 4AJ7A 5DALB 5LD0A 3NOFA 2FWFA 2I4AA 2FA4A 3QR6A 4ZL7A 1F6MC 2H74A 2VL3A 1N8JA 3IC8A 5ECRB 5A4UA 3LEFA 3QFBC 3GMFA 2X8CA 2OBKA 1O73A 4PQIA 2AHEA 1PSQA 2MYGA 4FYCA 5CRGA 3VPTA 5G1KA 5CO3A 5CAXA 4MJAA 2GQMA 4MLYA 1GSQA 3LXTA 1NW2A 3LYPA 1VRSD 3D5JA 3GRXA 2DJ3A 3G7JA 1NHYA 1I5GA 3UARA 3H93A 1FW1A 2H70A 2LJAA 1F37A 4RI6A 3L0HA 3OR5A 5H5SA 2X8GA 5ECSA 2TIRA 1XPVA 2MBSA 4J57E 2MZCA 2LRTA 3ZRDA 3SWLA 1URMA 4RI7A 4FO5A 2IL3A 4LMVA 4I97A 1AUCA 2OE3A 1DE2A 1GNEA 4IS0A 3UVTA 4X0XA 1GP1A 3HY2A 4WETA 3Q74A 1JLVA 3PPUA 3ERGA 3LFLA 2FWHA 2LRCA 3ZYWA 1WWJA 1PN9A 2F8FA 2PERA 3HD5A 5FT3A 2B3SA 4I6XA 4BL7B 1QQ2A 3GV1A 5G5EA 1AQXA 1R26A 1X9WB 1K0NA 4ZBDA 1XWAA 3KP9A 3J7Yb 2IN3A 4YQUA 3G9BA 2JL4A 2HQTA 1BEDA 3DVWA 3S9FA 3FR6A 5IMCA 4TKYA 1PL2A 1EEMA 2OE1A 1QFNA 11GSA 3CSJA 3N9JA 3I6AA 1LU4A 3BJ5A 2R4VA 9GSSA 2HXKA 1FVJA 3HDCA 2HLSA 2K8SA 2CX3A 4NMUA 2IPAA 5B6NA 2HSHA 3HCZA 2IMDA 1HYUA 3KXOA 2KP2A 3MSZA 4ECBA 4Q5FA 2L4CA 4LLRA 1QMVA 2FWGA 1YF0A 2P31A 3A2WA 2NVLA 1O81A 1WIKA 1XW9A 1B48A 3G7IA 4IQAA 1SYRA 2BJXA 1EGRA 2WZ9A 1K0AA 1PD21 3C8EA 4BPYA 4TN8A 3LG6A 1LJRA 4F2IA 1ZYQB 2JU5A 3DWVA 4ZILA 4KF9A 1OC9A 4J56E 4K7NA 5EY6A 2ZNMA 2R37A 2XBQA 2YWOA 4KB3A 4EO3A 1G6YA 1RW1A 3EMPA 5E4WA 4XIHA 3L9VA 2XC2A 2GT5A 3TJGA 3HVVA 1B9YC 1PGTA 1UN2A 3LYKA 3KTLA 3IDVA 2C8UA 1J08A 4KDXA 3CSIA 2O7KA 3P90A 1FG4A 1GLQA 4PURA 1R5PA 5DALA 1TU7A 1A2JA 2C0FA 4TR1B 1YKCA 2PMTA 2G0FA 1TJDA 4WBJA 2DIYA 4PUFC 2GDRA 3BOAA 4N10A 2B5EA 1QK8A 3VI5A 1F3BA 1O85A 4TXVA 4MJEA 3UJ1A 3ED3A 4ZXGA 2R2JA 3A2XA 4WR4A 4JRRA 2GZPA 3F4RA 3HVSA 3C71A 4V1Ag 2LNTA 4ZB9A 4KGIA 4FIWA 4POMA 1GUMA 3TRQA 4K0NA 4USSA 3MDKA 4LA1A 1PL1A 2H8LA 2OBIA 4WR5A 3O76A 1NSWA 4TVEA 4ISDA 4KCEA 2WRTA 5HR2A 4G0LA 5A4WA 1U87A 3C1SA 1HQOA 2WULA 2I1UA 4WBRD 3KIJA 1U3IA 4LL1B 4FYBA 2PBJA 5DJLA 1Z6MA 3HA9A 3L78A 2GSQA 1H4OA 2H1AA 7GSSA 2V2GA 3IA1A 3IK9A 1DUGA 2H0HA 5IMDA 1SJIA 2FLSA 2RM5A 1XOBA 3M3MA 1M2AA 3IE3A 5D9WA 4BL7A 1F2EA 3M9JA 5ECPB 1SKSB 2IFQB 2CZ2A 4H86A 2YV7A 2K9FA 3DD3A 2EIRA 5B6MA 4I2TA 1X0RA 2CVKA 4GRFA 1XVQA 2GZYA 4GWRA 1KEBA 1GUKA 3KD0A 5F0GA 4K2DA 4JU5A 1S3DA 5EL8A 3FR3A 5A4VA 4MA9A 3APQA 4IJ3A 2VO4A 3TKRA 3MAKA 4L5LA 3TOUA 1ZYEA 4LL4B 3QAWA 2I3YA 6GSYA 1XVWA 1K3LA 4GSTA 1RQMA 2OA7A 4CHSA 3WGDA 1ERUA 1Z7RA 3P2AA 3D4MA 4MF6A 2AAWA 4GSNA 2CVBA 2V6OA 3FYGA 3JCML 3VWWA 1SKWB 2LNSA 3HVXA 2VIMA 1ERWA 2VD0A 3BD2A 4QL9A 3GSTA 5GAND 1J0FA 4WKWA 1IYIA 4JZQA 1T00A 4GQCA 5ECIB 1M99A 1MD4A 4MMMA 4RQRA 1M0UA 5D93A 4L5OA 1YF1A 1YEXA 5AN1A 2ZUPA 2XPEA 3TUEA 2OE0A 1ILOA 1ZCPA 5E59A 2H30A 4PNFA 3FZ5A 4XHMA 1V58A 1MDJA 4XS1A 1GNWA 1R5AA 4HQSA 4MP4A 2VCVA 3ZFLA 2CV4A 2RIIA 5IPGA 3UBLA 3KEBA 5KN2A 4KE3A 4OO5A 1M9AA 1T8EB 3A5WA 1ZL9A 3KTBA 4V1Ap 4K8MA 4MABA 3FRCA 2YJ7A 1EP7A 2HNLA 3KH7A 3O6TA 1ERTA 4YAPA 4TR1A 1SK0A 2E0QA 4HDEA 5CNWA 5C04A 2VCXA 5EVOA 2JSZA 3ZLPA 2K8VA 3CSHA 3IXRA 4DSQA 5KEJA 3GYKA 2JZRA 4POLA 5F07A 3HJOA 4TR4A 3GUSA 5ECKB 2V1MA 1GTBA 1XWKA 1SJZA 4I8BA 4ZB8A 2C0GA 1WP0A 3UMAA 4OCEA 3TDGA 2LQOA 3H1NA 2I81A 1G0TA 3DXBA 3ZIVA 5DBQA 2WB9A 3QFAC 1X9MB 5FHIA 2H73A 1GSFA 2H75A 2IMEA 2C0DA 2GVPA 2B7JA 1AQWA 1Q4JA 2DC5A 1S3AA 3D4TA 2QKEA 4BA7A 4BVXB 3APOA 12GSA 1WPIA 4MZBA 1K3OA 4MCUA 3ZMLA 4ECJA 1YQ1A 4KDYA 2YWNA 3FR9A 5ELGA 3GNJA 2VUPA 2C4JA 2B1LA 4KA0A 3DKSA 2IFQA 4CDOA 3VPQA 2YJHA 3TKSC 3GSSA 4E8EA 3QCPA 4K9ZA 1GRXA 1MTCA 4K0GA 4MK3A 2DJKA 1OC8A 1VF3A 5B8BA 4N11A 5J9CA 1USBA 4P3YB 1UA5A 2OJLA 3TJJA 4K7OA 4XS4B 3IBHA 2PUKC 3P8WA 4TXOA 1EGOA 1GL8A 5H5RA 1A24A 5CYYA 2PU9C 1QUWA 3DMLA 4PXOA 1XW6A 5J3RA 2VM1A 4PUAA 3EYTA 2GQLA 1TW9A 2Z9SA 1CQGA 4IBPA 4KDUA 3M0FA 4EF0A 5LCZA 4IQ1A 2N5BA 5DCHA 3TCOA 4I5QA 2GSRA 2RUEA 2F9SA 2AV4A 2B7KA 1JHBA 2BTOT 5ECMB 5IMFA 2LQQA 2H66A 2HE3A 1FVKA 5CREA 3DGQA 1SD9A 1GUHA 3F6FA 3ZITA 1TRSA 3EU4A 3VK9A 2KLXA 5H5QA 3FK8A 1OKDA 1BJXA 1GSYA 4NXIA 1UVZA 4KAEA 4RUVA 6GSVA 3ME7A 3F9UA 2DLXA 3H79A 3UBKA 3MWHA 3ME8A 3GN3A 2GSTA 1XZOA 4ZB6A 2HRAA 3NIVA 1FAAA 1AXDA 1M9BA 2A2RA 1ON4A 2VD1A 4MF7A 1T4ZA 1EV9A 3TJBA 4PGTA 4L8EA 2WDUA 2PVOC 1EP8A 3G7YA 4WF4A 2AB6A 1U3AA 2H01A 3D22A 3QDNA 4ULXA 13GSA 3H4KA 3LXZA 4IVFA 5DAKB 4DVCA 3H8QA 4N0VA 20GSA 1GTUA 4HI7A 5HFIA 4HQZA 14GSA 5G5FA 1N2AA 4JE1A 2GLRA 4MPGA 3P7XA 1J9BA 1MDKA 4ID0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BVXA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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