4BVX | Genus

Total Genus 58

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	58
sequence length	203
structure length	203
Chain Sequence	MRLFVSDGVPGCLPVLAAAGRARGRAEVLISTVGPQDCVVPFLTRPKVPVLQLDSGNYLFSTSAICRYFFLLSGWEQDDLTNQWLEWEATELQPALSAALYYLVVQGKKGEDVLGSVRRALTHIDHSLSRQNCPFLAGETESLADIVLWGALYPLLQDPAYLPEELSALHSWFQTLSTQEPCQRAAQTVLKQQGVLALRPYLQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__328504359160455__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__328504359160455__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BVX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__328504359160455__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"328504359160455","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BVX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__328504359160455__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0393b616de1128b59852c3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0393b616de1128b59852c3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0393b616de1128b59852c3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0393b616de1128b59852c3/pdb.gz): 459 ms

reading 203 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

203 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:202});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Ligase
source organism	Homo sapiens
publication title	Assembly of Multi-tRNA Synthetase Complex Via Heterotetrameric Glutathione Transferase-Homology Domains. pubmed doi rcsb
molecule keywords	METHIONINE--TRNA LIGASE, CYTOPLASMIC
total genus	58
structure length	203
sequence length	203
ec nomenclature	ec 6.1.1.10: Methionine--tRNA ligase.
pdb deposition date	2013-06-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF18485	GST_N_5	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4bvxA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4bvxA01

4N11A 3UJ1A 2MYGA 3GKKA 2CAQA 4IVFA 2YP6A 1YF0A 2MBSA 1GSQA 22GSA 2DC5A 3PPUA 1W89A 4BVXA 3GA4A 1SU9A 1X0RA 4IELA 2M46A 1OKTA 1RQMA 3J7Yb 1GSSA 4XCSA 1GSDA 1BYEA 4NHZA 1AQVA 2A2SA 4MJBA 2HYXA 3HKRA 2H0HA 3TJBA 1M7TA 3GMFA 1A2JA 1GRXA 3CBUA 1B9YC 3P90A 1K0AA 1U6TA 1A8YA 4ILFA 4IN0A 2TRCP 4POMA 1GLQA 3EWLA 3DMLA 20GSA 4CHSA 3DIEA 1EOHA 4DSQA 4PUFC 3NZNA 4ID0A 4F0BA 2C3TA 3ZVJD 2ZCTA 3KXOA 5E4WA 5DALA 1TU8A 5J9BA 4O7HA 3GL3A 2B1KA 4AJ6A 3LJRA 4BWSA 1GUKA 3IXRA 4EXJA 3VFIA 1AC1A 4V2LA 1UVZA 1QFNA 3IV4A 3A5WA 3I43A 2WS2A 1K3LA 4JEDA 2WCIA 3GSTA 1A0RP 4TR3A 1GUMA 5J9CA 2IJYA 4K8MA 2NPBA 1R26A 1J0FA 3UEMA 3A2XA 3TOTA 3KH9A 1TOFA 1M9BA 2GQLA 2FWGA 2F9SA 1X5EA 5KEJA 3BCIA 1NHYA 2I1UA 4JU5A 1Z9HA 1YZXA 5DCGA 2MMOA 2YANA 5B8AA 5CYYA 1XW6A 1TU7A 2JADA 2FD3A 3HDCA 2VCWA 2HQTA 4KDYA 2VM1A 3GUSA 3ZIVA 1XVQA 3W8SA 2BJXA 3VWVA 4WBJA 2YNXA 4V1Ap 1PN9A 4V2NA 2GQMA 1GTUA 1B4QA 4HS1A 2CVDA 1WOUA 2H1GA 2VLVA 2XPEA 2K9FA 4Z7XA 1TRVA 2DJKA 4TRXA 2HSMB 1ZYQB 3HXSA 4IQ1A 1PKZA 4RUVA 4TXOB 2DIZA 3A2WA 1C72A 5CRWA 5DJLA 3MAKA 1OYJA 3TCOA 1R5AA 5A4UA 4ZBAA 3VWXA 4IQAA 5EVOA 4WF4A 2C0GA 5IO0A 1SD8A 4OWYA 4ECBA 1QMVA 2H1BA 3ME7A 4GQCA 3IOSA 5AISA 5JCWA 1ERVA 1OC3A 4WR5A 3HVSA 5ELGA 3KD0A 3TRQA 2X8GA 5JWQB 4EVMA 3WD6A 6GSYA 3G7IA 1TJDA 3ZTLA 5BMUA 3CTFA 2D2ZA 5CRHA 3LG6A 3VK9A 4KDUA 2H0GA 3VI5A 1S3DA 4ZL9A 2H73A 4K7OA 1TRWA 1CQGA 4PQIA 3TJJA 4GTUA 3IK9A 4ACSA 5CREA 3CSJA 2VD1A 11GSA 1A2MA 3M9KA 2BMXA 2B5XA 4HZ2A 1Z5YE 4WETA 4J56E 2H66A 5GAPD 3QR6A 3DEXA 2OBIA 16GSA 2C0DA 1WJKA 4N0VA 4GSSA 2L4QA 1K0OA 3W6GA 1GSEA 2IIYA 5HFKA 2I3YA 4TVEA 1R7HA 3CRTA 2L5OA 4PNGA 2YJ7A 1JZOA 2I4AA 3ZMKA 1UN2A 5IMCA 2DMMA 4L0WA 1YY7A 1DSBA 2VL9A 5ID2B 2YZHA 2RM5A 3CSHA 2JSYA 1QXHA 1XZOA 4G0LA 1ST9A 4TR1A 1TK8B 2F3MA 4YAPA 3KEBA 4N10A 3MNGA 2CVBA 3C7MA 1V57A 2HZEB 3E3EA 5B8BA 6GSSA 4OFNA 2JZTA 1G7OA 2GQKA 1A23A 2V1MA 5DCHA 4NV5A 3GSSA 1BJXA 3ZFBA 2IN3A 4ZB6A 1M2AA 2DJJA 1K0DA 2L57A 4F03A 2JU5A 2LJRA 2KOKA 3QFAC 3E9JB 2R5GA 3TRPA 4MMMA 4K2DA 3HJPA 5FWGA 2IMDA 4POLA 4AJ8A 3HZ4A 1NW2A 3ISOA 1XVWA 2ZUPA 1PX7A 1TKDB 1IYIA 1HNCA 3KTLA 4HI7A 3C71A 4YH2A 3TGZA 2GSQA 1XBSA 4O5RA 4AJ7A 4L0UA 2OBKA 3CYNA 4NPBA 5ECOB 1EGOA 4HDEA 2OE1A 2M72A 3I6AA 3PINA 4P3YB 3WT1A 2YPMA 14GSA 3GRXA 2MMAA 2RLIA 4Q5NA 2JZRA 4KA0A 4YAVA 3H8QA 2M80A 3D6IA 3APSA 3I69A 3QD9A 1GNEA 3EMXA 3KIJA 2IFQB 5FHIA 1FAAA 2J23A 1ZMAA 1G6WA 1TI3A 1SKSB 3QOUA 1WPIA 4MJEA 3JCML 5AN1A 1B8XA 1RW1A 2H76A 4EO3A 5ECMB 2H6ZA 2C0FA 2HRNA 3IK7A 1GLPA 3HJMA 1F9MA 3IAS2 4PTSA 1AQWA 5G5EA 1T4YA 5ECIB 4GRFA 5HR2A 5GSTA 3Q6OA 1ZL9A 2EIQA 1GL8A 2HSHA 5ECSA 1ERWA 3F3QA 2FUG2 5LNKe 1V40A 2ON5A 2CQ9A 2P0GA 5DJMA 4HEA2 5G30A 2JZSA 3F9UA 2LRNA 5GAND 1BEDA 5F0GA 3EURA 2H1AA 1YQ1A 1A2LA 2HNLA 5ENUA 1ZCPA 1DE2A 5D8IA 3MDKA 3HJOA 2PUKC 3D5JA 1R5PA 1ZZYA 1TXXA 4Q5RA 3F8UA 3F4SA 3VURA 3HVVA 2GGTA 3QMXA 3UARA 4OO4A 1O7UA 1N2AA 2P5QA 2GZYA 1GSYA 5CRGA 4MF7A 4POKA 5ELAA 3ERGA 1ABAA 4HQSA 4JE1A 1ZGNA 4KSMA 3D4TA 3U6VA 2YZUA 1E2YA 2PU9C 2FWFA 5G5FA 3TJKA 1K0MA 4GF0A 5AIVA 2NTOA 5J41A 3DYRA 1HNBA 3G7YA 3V1WA 4IKHA 4Q5QA 2PERA 4RI6A 2YWIA 5H5RA 3WGEA 4DEJA 4IJ3A 3QPMA 5CRDA 5D9TA 3IC8A 4DSSA 2WB9A 5KN3A 2WDUA 4N0ZA 3H79A 4MF6A 3TUEA 1MD3A 5J4UA 1G0TA 3R2QA 4XS1A 5C04A 1S3CA 3A3TA 3LEFA 4HU9A 5GSSA 3EC3A 3ZITA 2IMEA 1GTBA 2FGXA 2VAFA 1LBKA 1ZYEA 4MH2A 4KNDA 5D9VA 5IMFA 4KE3A 2O89A 1AQXA 4G10A 1ERUA 5A4VA 2HT9A 2VCZA 4EDYA 5ECHB 1OKDA 4MH3A 2HFDA 2PWJA 1T4ZA 3ZREA 1LU4A 4XHMA 3TJFA 1SJZA 5EPFA 1Z6NA 2V2GA 3FHKA 1I9DA 3LYKA 3NIVA 4GQFA 5HR0A 5C00A 4E8EA 4G19A 4ECJA 6GSWA 3LGCA 1Z7RA 1FB0A 3EVIA 4NHWA 4L5LA 1THXA 2F8AA 1MTCA 2VL2A 4MABA 1S3AA 3LORA 3GL5A 2H01A 3TKPA 2H6YA 4RQRA 2YV7A 4OD7A 4BL7B 5IM9A 18GSA 3RPPA 4MLYA 4D73B 2JL4A 1NSWA 4RQXA 3QFBC 4TR4A 3DRNA 4ZIJA 1O81A 3EINA 1WE0A 1X5CA 5A4WA 4MCUA 3G7JA 3CMIA 2BTOT 2VCXA 4LMVA 4MK3A 2K18A 3GX0A 1TK5B 1E6BA 2G0FA 2Z9SA 3E0UA 2VO4A 2YCDA 4TXVA 4TR0A 2VUPA 3PH9A 1JLWA 4KSOA 4J2FA 2H74A 2B1LA 5IMDA 1EP7A 3K8NA 3KM6A 1TP9A 4QQ7A 1XXUA 1JLVA 1PSQA 4F82A 2YWMA 2VD0A 4GCIA 3HHVA 4OMVA 10GSA 3MSZA 5D73A 2X99A 1FHEA 1BQ7A 2PMTA 6GSVA 3ZLPA 5JWOB 2YV9A 2L59A 2C8UA 3HCZA 5D93A 4EL1A 4TN8A 4OFMA 2B7KA 4OCEA 4EKZA 3D22A 3KJYA 3GYKA 1RK4A 4F9ZA 2HRFA 1EGRA 4K6XA 3UL3A 1MDJA 5IOWA 1OC9B 3ERWA 3GNJA 1OE7A 2H30A 1V98A 4Q5FA 2O87A 3HZ8A 5DAKB 5INYA 4PX1A 1FG4A 2HSMA 4TOPA 1UC7A 4HOJA 4FH8A 3ZVJA 2LQQA 3KCMA 4YQUA 1QUWA 2LJKA 4TXOA 5ECKB 4NWYA 1WIKA 1XCCA 1MDIA 1SJIA 3ERFA 1Q98A 2FA8A 3UAPA 4MZCA 5ABRA 2GTUA 4XRDA 6GSXA 2MZCA 2FHEA 17GSA 3NOFA 2HRAA 2RUFA 2VCVA 3KZQA 3ZFLA 1XWCA 4WEYA 3R3EA 4EF0A 3F4TA 3IE3A 2YWOA 3CXGA 2EIOA 4GWRA 3C8EA 3LQ7A 4MZWA 3SBCA 2C3QA 1X9WB 4LMWA 3F4RA 1JZDA 2VLTA 3GH9A 2H71A 1USBA 4ZXGA 3BCKA 2C4JA 2YJHA 2P5RA 2EIRA 2LNSA 1GSFA 2LRCA 3RBTA 2QKEA 3WYWA 3LYPA 2GSTA 4ML1A 3TKSC 4KF9A 2FY6A 3L0HA 3IAM2 2E7PA 4K1FA 1FW1A 5F06A 2B7JA 3O6TA 4G0IA 4KH7A 3CRUA 1K0BA 5G31A 2DLXA 1OC8A 3FR6A 2N5AA 2ALBA 5D96A 5ID2A 5AIXA 4AF2A 2V6OA 1WP0A 3IPZA 3RHCA 4G9HA 2OACA 1YEPA 2PPTA 1R4WA 2DJ1A 4EDZA 1GTIA 3D21A 3GTUB 3TKQA 3U5RE 1XFLA 3IC4A 2HZEA 1Y25A 2CA8A 4LLRA 5CNWA 1WMJA 5IPHA 1GWCA 5B6NA 3GH6A 2AJQB 3ZIJA 3C1SA 2ON7A 3TB2A 3UOMA 2J9HA 4USSA 4I97A 5KN1A 4IGJA 2PBJA 4KCEA 3GURA 5IIZA 4QL7A 3RHBA 5HFIA 4JR4A 1GH2A 4PGTA 2AYTA 5IMVA 4V1Ag 3KTBA 2HSYA 1M2DA 2WJUA 4WKWA 5JCGA 4L8EA 3FW2A 2HXKA 4XS4B 4RI7A 1O6JA 4WR4A 1F3AA 1XWBA 4MDCA 3TJGA 3ZZXA 7GSSA 3QAGA 3CTGA 2LEGA 4J57E 2V6KA 2OKAA 3M1GA 2VLUA 2XPDA 2R6KA 4MPFA 1MD4A 2V41A 5KN2A 4ZB8A 2AB6A 1H4OA 1N8JA 2DBCA 1TRUA 2WFCA 1YKAA 1YDKA 3WGDA 1DBYA 4WF5A 5IO2A 3VI7A 1U88A 1SENA 4K0NA 2LNTA 4HZ4A 1AUCA 2HSNB 1JZWA 2IMFA 3SWLA 4BWQA 2IL3A 2VL2C 1K3YA 4OCFA 4BA7A 6GSTA 4BVYB 2CX4A 2RM6A 3L9UA 1PA3A 5DBQA 4KCAA 2IFQA 2YN1A 2K8VA 2MBTA 4XIHA 3ZMLA 5F05A 2DJ3A 4JZQA 3F3RA 4ZBDA 2LSTA 1M2BA 1V58A 4PQ1A 1TTZA 3CSIA 3IHQA 4MZBA 3VWUA 2GT6A 2C80A 1FO5A 3H1NA 4EE0A 1ACVA 2H75A 4ZL7A 2NVLA 4K7IA 2VCQA 2H8LA 2XBIA 1TDIA 4MF5A 4FYCA 2DJ0A 2WRTA 3KH7A 4IW9A 3KMOA 3TKSA 2X8CA 4GLTA 1X5DA 3TKSE 3N9JA 3C73A 1THOA 1Z6MA 4EC0A 1F3BA 4AGSA 1QQ2A 19GSA 4IS0A 1X9SB 4ZB9A 1FVJA 3FZ4A 4K7NA 5HR1A 2HRKB 5L71A 3IA1A 5CP1A 2RUEA 1YF1A 1EEMA 4L5OA 1EEJA 4FO5A 1F37A 3FEUA 3FR9A 6GSUA 3QCPA 1TRSA 3GKXA 5ECLB 1W4VA 4IJIA 4BVXB 4XTSA 5JWRB 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4BVXA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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