4BVY | Genus

Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	211
structure length	211
Chain Sequence	MRLFVSDGVPGCLPVLAAAGRARGRAEVLISTVGPQDCVVPFLTRPKVPVLQLDSGNYLFSTSAICRYFFLLSGWEQDDLTNQWLEWEATELQPALSAALYYLVVQGKKGEDVLGSVRRALTHIDHSLSRQNCPFLAGETESLADIVLWGALYPLLQDPAYLPEELSALHSWFQTLSTQEPCQRAAQTVLKQQGVLALRPYLQKQPQPSPA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__70924412246544__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__70924412246544__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BVY/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__70924412246544__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"70924412246544","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BVY/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__70924412246544__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0393cc16de1128b59852d3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0393cc16de1128b59852d3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0393cc16de1128b59852d3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0393cc16de1128b59852d3/pdb.gz): 180 ms

reading 211 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

211 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:210});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Ligase/translation
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structure of the Aimp3-Mrs N-Terminal Domain Complex rcsb
molecule keywords	METHIONINE--TRNA LIGASE, CYTOPLASMIC
total genus	59
structure length	211
sequence length	211
ec nomenclature	ec 6.1.1.10: Methionine--tRNA ligase.
pdb deposition date	2013-06-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF18485	GST_N_5	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4bvyA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4bvyA01

3VK9A 4IP1A 3QDNA 3C73A 5INYA 1GSSA 5D73A 1OC3A 3CRUA 1K0OA 4FYUA 2P5QA 3TJGA 3I69A 4MABA 3K8NA 1EOHA 3LG6A 3UEMA 3MAKA 2PN8A 6GSWA 3DRNA 2IMKA 5J9CA 3ZVJD 5DJMA 3EE2A 1IYIA 3VPQA 3ZITA 2LEGA 5ECSA 3V1WA 4ILFA 1W4VA 3HJPA 3DGQA 4MJCA 1PX7A 1VRSD 2FHEA 3D4MA 2HT9A 3H4KA 2P0GA 3Q19A 5IO2A 1K0BA 1X9SB 1XFLA 3IA1A 4BVYB 1Z6NA 2R4VA 4NV2A 12GSA 2N5AA 2LQQA 5IQYA 4I97A 2HSMA 3O3TA 2OBKA 4EXJA 5ENUA 1FVKA 5DQSA 1M9BA 2CAIA 4IW9A 3F3QA 4XRAA 3F4RA 3H8QA 2X8GA 3ZZXA 3W8JA 4EVMA 4L5OA 4KCEA 3VI5A 5G2ZA 2VCWA 1Z6MA 3ZMKA 2AV4A 1MDIA 4PQHA 4AJ6A 1K0DA 3EC3A 1F2EA 2RM6A 3DXBA 4GSSA 4WBJA 1M9AA 2FWFA 2CT6A 5D93A 4FH8A 2FLSA 2YNXA 5C04A 2H74A 2C1YA 2P31A 4PNGA 2C0DA 3UOMA 3GV1A 3I9V2 1A0FA 2H1BA 4HEA2 3UBKA 2VOCA 3HYPA 5AIVA 3IAS2 3GSTA 5ECOB 1OC9B 2GZYA 3GSSA 4BPYA 2F8FA 4G0KA 3Q6OA 2CAQA 4PURA 2F9SA 4AJ8A 5A5KA 3KH7A 1V58A 5ID2A 1EP7A 1FG4A 5KN1A 4ISDA 1GWCA 1OE8A 2P5RA 2JACA 4EE0A 5EVOA 3BOAA 5IO0A 5CREA 3HJMA 3FEUA 5J3RA 3HVVA 1EGRA 3O76A 1TDIA 2NPBA 3M9KA 2AB6A 2HZEA 2HRAA 4ZL8A 3TKSA 1YDKA 2MZCA 6GSYA 4XRDA 4ECJA 2E2MA 1USBA 2F51A 1T4ZA 2M80A 4RUVA 2OACA 2C3TA 2BTOT 2M72A 4EUYA 2HRNA 3UL3A 4DSQA 5ECNB 4X43A 4HQSA 1EEMA 2LJRA 5CRWA 3IBHA 1YEPA 2K18A 4EKZA 2X8CA 4FYBA 4MCUA 5E59A 4OCEA 3L9UA 2IN3A 3M8NA 1PA3A 3C7MA 2YP6A 3GH9A 2LSTA 3VWVA 2H8LA 3QCPA 1VGLA 1GSQA 5J41A 3G7JA 4KE3A 3KMNA 2V1MA 3LFLA 5J4UA 4KUNA 1MTCA 2DJ0A 1OE7A 2C3QA 1ERVA 4KDUA 5ABRA 1AXDA 1X5DA 1M7TA 19GSA 5DALA 2V32A 1X5CA 4ECIA 1XWAA 2VAFA 4BL7A 2H1DA 2LNTA 2HE3A 1PSQA 4LLRA 3ZTLA 2I4AA 2GSTA 4WETA 1JZWA 2YN1A 1V2AA 5G1LA 1TKDB 2GS3A 1JLWA 2QSIA 2R37A 1K0MA 3DMLA 5IMVA 3I6AA 4L5LA 3IC8A 5ECHB 3S9FA 3LQ7A 3CMIA 1YKAA 3CSJA 4AGSA 3D4TA 2VL3A 2VLTA 1TP9A 2FA4A 3HKRA 2PMTA 4ML6A 4NAXA 9GSSA 4IELA 3TJKA 3IC4A 1YF0A 3IAM2 4BVXA 2YJ7A 1DE1A 4OO5A 3QPMA 2VD1A 3FK8A 4DEJA 2PUKC 4L0WA 5DAKB 1GTUA 5IMAA 1SKWB 1AC1A 4TR1B 4J57E 3RPPA 3GUSA 2HRKB 1K0NA 4KDYA 1TRSA 1FVJA 4IP6A 4AJ7A 2HFDA 3D21A 5DVBA 4D73A 2FWHA 2CV4A 4IVFA 1G7EA 3LEFA 1YZXA 4MZBA 4G0IA 5D9XA 1SJ6A 4LL4B 1UC7A 1T3BA 3UBLA 4MH2A 1PMTA 4KW6A 3L0HA 1YY7A 3OR5A 3EYTA 3UVHA 5LNKe 3ISOA 4PTSA 5LD0A 2GLRA 1W89A 3QOUA 4JRRA 1I5GA 3ZL5A 5GSTA 2ZNMA 1XBSA 2VO4A 3IXRA 5HR2A 2H76A 5H5QA 1FO5A 1RQMA 4N0ZA 3Q74A 1U88A 2VUPA 2EIQA 5HFGA 1X9WB 2H0HA 4Z7XA 2L6CA 1URMA 11GSA 3FY7A 2B3SA 3P2AA 2WFCA 2VL2C 4XS4B 1QXHA 2V6KA 1SK1A 3H93A 5ECPB 3TKSC 2WB9A 1J08A 5CO3A 3NOFA 3L4NA 4K6XA 3HY2A 5D96A 3EMXA 1G7OA 1I9DA 1Y25A 2IJYA 2GZPA 4HJMA 3DIEA 2H70A 2MBSA 2XPDA 4Q5NA 4OD7A 2K8SA 3HD5A 2CZ3A 1VF2A 4ZL7A 2DBCA 5AISA 3LXZA 3KIJA 2JL4A 1DBYA 2VLVA 4EDZA 4V1Ap 3KP8A 3FR3A 3BCIA 1XPVA 4MK3A 3D5JA 2CZ2A 4NXIA 5EL8A 4WBRD 4X1UA 1GTIA 1MDJA 5IMCA 2RUFA 1EZKA 2LJKA 3UMAA 1B8XA 1JZOA 4TOPA 3HJOA 3IOSA 2GT5A 1ON4A 2LQOA 3W6GA 5IPGA 2C4JA 3U6VA 1R26A 4V2LA 1TK5B 2L4CA 4MMMA 4KNDA 5IOWA 1XZOA 3GTUA 3KTLA 1MEKA 2E0QA 1KTEA 1OYJA 4DVCA 1EP8A 3TJBA 4IQAA 3WD6A 4ZXGA 3L9VA 1EGOA 4JEDA 6GSTA 1FHEA 2LRCA 5D9VA 2B5YA 3C71A 4E8EA 3EWLA 5IMFA 3LYKA 4KB3A 4JBBA 2R6KA 2C0EA 3CXGA 5CRDA 1ZMAA 1PX6A 3GX8A 5IIZA 1PRXA 4N10A 4USSA 1PN9A 2AYTA 2IFQA 5F8BA 4KSMA 2EC4A 3TRPA 2CVDA 4NPBA 4GF0A 3A2XA 3ZIVA 4KF9A 14GSA 1OC9A 2F3MA 1ML6A 2MMNA 1GRXA 1S3DA 3EINA 3MWHA 3LGCA 1EEJA 3E3EA 2GTUA 2GDRA 1B9XC 4G2EA 3O6TA 2R3XA 5ELGA 2HXKA 3GKMA 3MNGA 1F37A 4TXOA 3C8EA 4KA0A 4PQ1A 3QR6A 4LMWA 5G1KA 2ALBA 2FCHA 3F6DA 4HZ4A 3KP9A 1S3CA 4GLTA 1HD2A 1F3AA 3RBTA 3GL5A 4ECCA 2C0GA 4K7IA 2B7JA 3ZFBA 1X9MB 4ZBDA 1THOA 5AIXA 4GSNA 4V2NA 5D8IA 2YZHA 5JCGA 4KCAA 4E8HA 5B6MA 5IMZA 1K3OA 3H79A 3KGKA 3DWVA 1LU4A 4MZCA 5D9TA 2IPAA 1ERWA 4MPGA 2BJXA 3D22A 3CTFA 5ECRB 2B1KA 2LJAA 2OBIA 3CTGA 2G2QA 2FD3A 5A4WA 5GZZB 4V2MA 2L5OA 3U5RE 5A4VA 3KD0A 2AAWA 1BG5A 1WOUA 2V6OA 1T8EB 3US3A 3ZIJA 4OWYA 4F0BA 2LUSA 2M46A 5FT3A 2L4QA 3ZVJA 3EU3A 4MJAA 1UVZA 3RPNA 4HOJA 4DSSA 1F6MC 1NM3A 3TKRA 2AJQB 5IM9A 2NBSA 5C00A 4ZB6A 5EY6A 2GSSA 3L78A 1TW9A 3MSZA 2ON7A 2H6XA 4TXVA 1XWKA 1SL2B 5HR0A 4QQ7A 1GNWA 4JZQA 2KP2A 4HU7A 1TU8A 4K7NA 4F03A 3TDGA 2A2SA 2XHFA 4NV5A 4OMVA 2VL2A 2H1AA 1GSYA 3HVSA 1NSWA 1O8WA 2PGTA 1NW2A 1TRUA 3RHBA 4MDCA 2VIMA 3PR8A 3UJ1A 1T4YA 4J56E 3KTBA 1WP0A 4POKA 4GCIA 3P7XA 2HNLA 2DC5A 4MF6A 1O73A 1T7PB 1GSFA 5DAKA 1E6BA 3GHAA 4JR4A 1Z5YE 1PKZA 3HZ8A 1WPIA 5E4WA 1EOGA 3TGZA 3F6FA 4CHSA 1TXXA 5AN1A 3FR6A 2CX4A 2JZSA 2IIYA 1ZCPA 5CRHA 1HNCA 1BQ7A 2FY6A 1CQGA 4TKYA 4ZBBA 5AGYA 4KGIA 3A5WA 3C1RA 2X8HA 4K8MA 4POMA 5JCWA 4HQZA 3M0FA 5GSSA 1GH2A 1QFNA 3ME7A 5HR3A 4HUAA 5DCHA 3VWXA 4G10A 2J9HA 3G7IA 1XOBA 3ZFLA 4L8EA 3QAVA 2RLIA 4Q5FA 4FYCA 1RW1A 2CA8A 2E2GA 4ACSA 3QAWA 1AQXA 5IOXA 2L6DA 1Y6EA 1GSEA 3WGXA 4ZBAA 2L59A 4HZ2A 1OKTA 2VM1A 1Z7RA 4OCFA 2O87A 2OE0A 4OFMA 2HQTA 2FWEA 2C8UA 1ZYQB 4IJIA 3VI7A 2IMEA 4ECBA 2WCIA 13GSA 5ID2B 3CRTA 2DSAA 1R5AA 4EDYA 1SENA 4I2TA 5EPFA 4DSRA 2YZUA 1VF1A 4PXOA 1R4WA 5JWQB 3RDWA 2K6VA 4P3YB 1SD9A 4HU9A 3PGTA 4MJBA 1SYRA 4QL9A 4F0CA 1BAYA 2HZEB 3EU4A 1S3AA 5H5SA 1XVQA 2PPTA 1SK2A 22GSA 2H30A 1AAZA 4FO5A 4GSTA 2V41A 5J5NA 5B6NA 1SKSB 5FWGA 3VURA 4HI7A 4NHWA 3N9JA 4OFNA 4WF4A 1V57A 5COHA 4KAEA 2YANA 4WEYA 1QUWA 2HSYA 4XTSA 1TK0B 2FGXA 3DVXA 4YQMA 2H19A 6GSUA 4GWRA 1C72A 2WS2A 2H75A 2HRFA 2H0IA 4RI7A 3GKNA 2DJ1A 2MBTA 2R5GA 1A2MA 1G6YA 2ON5A 4LL1B 1PL1A 3FHKA 5CAXA 2VCZA 1TRWA 4WR5A 2NVLA 4IBPA 3FRCA 5D9WA 1XWCA 2KP1A 3F4TA 3NIVA 1N8JA 5H5RA 4K7OA 4ZB8A 3IPZA 4TVEA 5KN0A 4F82A 2DJ2A 20GSA 2GQLA 1GUHA 1O7UA 3GA4A 1AQWA 1JZRA 5DALB 2AHEA 4BL7B 1X5EA 1OC8A 2GSRA 2F8AA 2YOIA 3WGEA 4WXTA 1Z3EA 1OKDA 4I6XA 1XIYA 2R2JA 4N0VA 3ED3A 1KBNA 3VLNA 1ZZYA 4IHUA 3ZREA 1GP1A 1EWXA 3Q18A 2GVPA 2DIZA 4KSOA 2VD0A 1Q4JA 4IQ1A 3HCZA 4XS6A 3APQA 3M9JA 2A4VA 2IMIA 5KEJA 1DE2A 4BWQA 3GMFA 1JHBA 2L57A 4KDXA 1V9WA 1M99A 4O5RA 5B8BA 2C3NA 4AF2A 1YKCA 2H66A 2H71A 1TU7A 4BVYA 4BVXB 3APSA 2YPMA 1U6TA 1K3LA 3GURA 3EMPA 1FOVA 3IR4A 2H6ZA 4RQRA 5F06A 1XW9A 2C80A 3KEBA 2PVQA 1ERTA 1GTBA 5L71A 4D73B 3IRAA 3KH9A 1TRVA 2XPEA 3ERFA 5G31A 1UN2A 2Z9SA 3F3RA 1R7HA 2DJJA 3BD2A 3WT1A 3IV4A 4ML1A 7GSSA 2XBQA 2X64A 2CX3A 1YJ6A 1A8YA 4MZWA 2VL9A 4XHMA 1GULA 2DIYA 1XVWA 4RQXA 3NZNA 2JADA 2TIRA 3DEXA 1ZYEA 3F8UA 3FR9A 4K9ZA 5B7CA 4O32A 3I43A 4JR6A 1F9MA 5DCGA 1FB0A 2VCTA 2KLXA 3RAZA 3F0IA 2DMMA 2B1LA 1XXUA 1V40A 3E0UA 2EIOA 16GSA 3AY8A 3J7Yb 3RHCA 4MF5A 5HR1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BVYA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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