4EC0A

Crystal structure of hh-pgds with water displacing inhibitor
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
199
structure length
199
Chain Sequence
MPNYKLTYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIQYEDHRIEQADWPEIKSTLPFGKIPILEVDGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGNTEMEQCHVDAIVDTLDDFMSCFPWAEKKQDVKEQMFNELLTYNAPHLMQDLDTYLGGREWLIGNSVTWADFYWEICSTTLLVFKPDLLDNHPRLVTLRKKVQAIPAVANWIKRRPQTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Investigation of the binding pocket of human hematopoietic prostaglandin (PG) D2 synthase (hH-PGDS): a tale of two waters.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase/isomerase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Hematopoietic prostaglandin D synthase
total genus 73
structure length 199
sequence length 199
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 2012-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 4ec0A02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ec0A01
1OC9B 2FWEA 2TRCP 3QFBC 4N0ZA 3A3TA 3ZIJA 1U6TA 4K7IA 2DBCA 3ZL5A 3HD5A 5E59A 4BWQA 4GLTA 2VO4A 4MZWA 5ELAA 2GDRA 2ZCTA 4KUNA 3EU4A 2L4QA 3KIJA 3ZTLA 3PH9A 3LQ7A 2P31A 4XCSA 5IOXA 2IMEA 4XS6A 5LNKe 3LG6A 4MZBA 1W89A 3IOSA 2LRCA 3DYRA 3WT1A 3Q74A 3F4RA 3E3EA 3WYWA 3U5RE 4QL7A 1X5CA 1R5PA 3FKFA 6GSSA 1M9AA 2B7JA 2CVBA 3IA1A 3HVVA 1FW1A 1EEMA 4G0KA 2JSZA 1GWCA 2BJXA 5KEJA 5AGYA 4JE1A 3LEFA 4LL1B 1E6BA 4I2TA 3TOUA 1HYUA 3HVSA 2HZEA 4YQVA 2GSTA 1BJXA 4JR6A 2C8UA 1OC3A 3E0UA 2C3TA 4ZL8A 1SKWB 13GSA 5IMFA 5GAND 2F8AA 2FUG2 2DJKA 3GKXA 2I3YA 2PBJA 2HRKB 1GUMA 4IQ1A 1CQGA 1PN9A 3VFIA 1TRWA 4V2NA 1SL0B 4ILFA 5DDLA 3VLNA 5G5EA 3HVXA 1F3BA 4PX1A 1G7OA 1T8EB 3F6FA 4GQFA 2LQOA 5F0GA 5DQSA 1TW9A 2HSNB 4NAXA 3TRXA 2RM5A 3H4KA 5F05A 4IGJA 1JZWA 4EE0A 2WCIA 2FA4A 3TKSA 1JZRA 4KCEA 1M0UA 1WPIA 2VUPA 5D93A 3IHQA 4JZQA 1O8XA 4AJ7A 5IOWA 2H0GA 1BX9A 4POBA 1KBNA 1OYJA 1ERUA 2H73A 4DSSB 4XHMA 4G0LA 2WZ9A 1GTUA 3F3QA 3HJOA 4WKWA 4AGSA 5D96A 1W4VA 4HI7A 2VCTA 3C8EA 3ZMLA 1GRXA 4PTSA 2CAQA 1TXXA 4GCIA 2GZPA 1TI3A 3VK9A 20GSA 2V6KA 5G31A 1URMA 4EDYA 1VF2A 1TK0B 5G1LA 2PUKC 3MNGA 4TR1A 3KGKA 4I8BA 3CBUA 1GLQA 1K0AA 3C71A 3GX0A 4HJMA 2I81A 2WGRA 2E2MA 5HFKA 4CDOA 4YQMA 3TUEA 3DVWA 1MDJA 1VF1A 3FZ4A 5IM9A 6GSWA 2B6MA 2OE0A 3QOUA 2KP1A 1MD3A 2DMLA 2HSMB 2NDOA 3DGQA 2LRNA 1DE1A 3P2AA 1C72A 2K18A 2VOCA 5JWOB 3WT2A 1PL2A 5HFGA 3D4TA 2AUVA 2RUEA 4ZBDA 2R5GA 5C00A 2HFDA 3KH7A 1YF1A 2E2GA 4L5OA 1AIUA 1WP0A 4OCFA 2LNSA 1GSUA 1YY7A 3D4MA 4KX4A 2CZ2A 4ZXGA 4NV5A 2HNLA 2IFQB 2MMNA 4HUAA 2L6DA 1X9MB 5IMDA 4WF4A 3TRPA 3DEXA 3KTLA 4YH2A 2X64A 3TJJA 4IW9A 1EEJA 2PWJA 3ZLPA 2HRFA 5ECOB 3LYKA 4ID0A 5HR0A 22GSA 4D73B 2HZEB 2DIYA 5JCGA 2YPMA 5CP1A 3M0FA 3C1SA 4HU7A 1LBKA 2N5BA 3E9JB 5CRGA 1OE8A 3G7JA 1RK4A 1UC7A 3IRAA 3GTUA 4I97A 1NHOA 1BAYA 2LKUA 1GL8A 2H30A 1EV4A 2LSTA 2HSYA 4ZB8A 1K0MA 3KMNA 2JZSA 5H5RA 3EC3A 2H6XA 1PL1A 4HJ2A 5GAPD 4ACSA 3G9BA 4ULXA 1FVKA 2X8GA 5DJMA 4KCAA 3KP8A 1YF0A 3OR5A 1XWBA 4GSNA 3GA4A 2HYXA 1K3YA 2JSYA 4OFTA 2UZ8A 3QFAC 2LNTA 1QUWA 3GKKA 4QQ7A 3L9UA 2LS5A 3ZFBA 2YJHA 2TRXA 4EF0A 4BL7B 1R26A 3WGDA 2P5RA 1Z5YE 5G30A 4NHWA 5ECHB 3EU3A 2DC5A 5ENUA 5EPFA 4V2MA 4BVXB 3CSIA 2IMDA 1OKTA 4WBRD 3VWUA 3P90A 4J57E 2JADA 2KUCA 2VAFA 3UMAA 2H1BA 3VPQA 2H0HA 4PURA 3APOA 5ELGA 4N10A 2CVDA 2XC2A 3FHKA 1WIKA 3LGCA 1EV9A 3LXZA 1AXDA 1XOBA 2YZUA 4LL4B 5FT3A 3HJMA 2H66A 4KDXA 4IHUA 1GSSA 1G6WA 4RUVA 5B6NA 2RIIA 2MBSA 3TCOA 3IK7A 1S3AA 2C0GA 3NOFA 4E8HA 5DVBA 1K3OA 3EMXA 4O5RA 2VCWA 4TKYA 1J9BA 4GWRA 1KEBA 5DALB 3HJPA 2AAWA 2C3QA 3HZ4A 2VM2A 4K0NA 1A0FA 3I6AA 17GSA 4V1Ap 3TDGA 5ECPB 3DMLA 4K9ZA 4TRXA 2FY6A 2IL3A 2IJYA 4XS4B 1R5AA 2LJRA 5J3RA 2PGTA 4MZCA 5D73A 2YOIA 5FHIA 4LMVA 1SJZA 2F9SA 3F9UA 2VLUA 2J9HA 5B8BA 3GX8A 1B8XA 3ME8A 3KH9A 2GLRA 3GN3A 4E8EA 5AIVA 3HY2A 2HXKA 2X8HA 1EOHA 3MAKA 2O7KA 3CMIA 2H19A 3CSHA 2P0GA 4HOJA 2GGTA 3ZRDA 2OE1A 3MSZA 2NBSA 4ECCA 2GS3A 5IMCA 4J56E 2C3NA 2LV3A 3V1WA 1M2BA 3QDNA 3ZVJA 2I4AA 4OMVA 2FGXA 3A2WA 4KB3A 3N5OA 4IVFA 5DBQA 3LYPA 1BEDA 2FWFA 4RQRA 3ZZXA 3HA9A 2FWGA 2F51A 4BVYA 3A5WA 3D6IA 4ZB9A 1J08A 3SWLA 2H6YA 1XVWA 3FR3A 3BCIA 1X9SB 5IPHA 4HS1A 2K6VA 2PVOC 2XHFA 2YWNA 1QK8A 1NSWA 3PR8A 2GTUA 4TR0A 5J9CA 1MEKA 4ZBAA 2F8FA 3LSZA 4MF5A 1FVJA 4WEYA 1T4YA 5J4UA 6GSVA 5H5SA 2YWMA 1PRXA 4EDZA 1K0DA 1EGRA 3F8UA 2HZFA 2KHPA 1JHBA 4F0CA 4PUAA 3M9KA 3UVTA 4I2UA 1UVZA 3UBLA 1K0CA 3M8NA 4G2EA 3O3TA 1GH2A 1TRVA 4BPYA 2RLIA 3GRXA 4EO3A 1SL2B 3TGZA 2ON5A 5ID2B 2YN1A 2VD1A 2H70A 3TKPA 3G7IA 2H0IA 4IP1A 14GSA 1XBSA 1M2DA 1AQXA 3QAWA 1GNWA 3FYGA 2OE3A 3QPMA 1SU9A 2D2ZA 1THOA 3SBCA 4IJ3A 3TKSE 3AY8A 4X43A 4PNFA 3M1GA 3QAGA 1V58A 2H1AA 2YP6A 5D9TA 1B48A 1JZDA 5DAKA 5C04A 3ERWA 2MZCA 2F3MA 4HEA2 3M3MA 2GQLA 3DIEA 2IMFA 5GZZB 1QXHA 3EURA 4ECJA 1AQWA 1LJRA 1M2AA 2GQKA 2TIRA 4CHSA 3WGEA 4TVEA 1GSQA 3GMFA 1GUHA 1GP1A 5JWRB 1R4WA 4ZL9A 3FR6A 4FYUA 5JWQB 2H8LA 2IPAA 3ZYWA 2C1YA 3NZNA 5G2ZA 3W8JA 5ECRB 4ECIA 2L6CA 3APQA 2JZRA 5B7CA 4ZB6A 4IELA 1PSQA 4EL1A 4IJIA 1JLWA 2MYGA 4WXTA 4XRAA 3KEBA 3GKMA 8GSSA 3H79A 1A23A 1R7HA 1A8LA 2PU9C 2L5OA 1G6YA 3GH6A 2OBIA 4TXOB 1A2JA 4MJCA 2IMIA 4G19A 2DJ1A 5ECLB 1VRSD 2K8SA 2N5FA 3L4NA 4DSQA 3QCPA 1QGVA 2VIMA 1AAZA 5IMZA 3IDVA 1GSDA 5H5QA 3APSA 1TK5B 2X8CA 3RBTA 4FYCA 4EKZA 1SK1A 2CT6A 2DJ2A 4O32A 2Z9SA 1NHYA 4G10A 2LJKA 1AW9A 1FO5A 4X0XA 3FEUA 2AB6A 4GSSA 1F6MC 2FCHA 5B8AA 4NPBA 1KTEA 1USBA 4K8MA 4ML1A 3VPTA 5A4VA 2L5LA 3DXBA 4NXIA 5A5KA 5CO3A 4WETA 1F3AA 3L9SA 1VGLA 2C0EA 12GSA 2R2JA 4KSOA 3TKRA 3L0HA 3UIWA 3PGTA 1TU8A 1ABAA 4N30A 4OCEA 4X1UA 4MF6A 1X5DA 1NM3A 2ZNMA 4KA0A 2V1MA 3IR4A 2CQ9A 3EMPA 4RI7A 1WE0A 2PVQA 2I1UA 5CRHA 2JACA 1DUGA 4KDUA 2GZYA 1VF4A 2A2RA 2NPBA 2LRTA 1GULA 1B9XC 3LJRA 1B4QA 2AYTA 2O89A 3FW2A 2DJ3A 5J9BA 1ON4A 3GFKA 2OJLA 3IAS2 4TW5A 2O85A 1BYEA 2C80A 1V40A 1X0RA 4ISDA 3VI7A 1T3BA 3CYNA 2MMAA 2YNXA 5D9WA 2OBKA 4TXVA 1GNEA 4HZ2A 3QR6A 1A2MA 1F2EA 2B7KA 2A2SA 2GSSA 2OKAA 2GSRA 3I43A 3RHCA 2LQQA 4ML6A 2VM1A 4WF5A 3ME7A 5HFIA 1ZCPA 5LD0A 4K2DA 3TJKA 4PQHA 2LEGA 1MDKA 4L0UA 2HE3A 2FHEA 2DLXA 1HNBA 3J7Yb 1FHEA 2B5EA 1TK8B 5ECQB 1OC9A 1FB0A 4ZL7A 4OFNA 3C7MA 1EP7A 16GSA 4KGIA 5BMUA 5DCGA 2YV7A 3CTGA 1XWAA 1EP8A 3O6TA 1TRSA 2WJUA 1XCCA 3BOAA 3KTBA 3FY7A 3VWXA 1GSEA 4AF2A 5DCHA 5AIXA 4V1Ag 2B5XA 2HRNA 3EINA 3MDKA 1YJ6A 5F06A 3ERGA 1K0OA 1RW1A 2OA7A 2EIOA 1XW6A 3UL3A 4O7HA 2L4CA 3F0IA 3LXTA 5J5NA 2M46A 4LLRA 3ZVJD 2OACA 3KJYA 2VLTA 3US3A 1SD9A 3LWAA 2G2QA 2GSQA 4ECBA 3KZQA 1XWGA 3L78A 3S9FA 18GSA 4ZILA 4EXJA 3TRQA 4IN0A 5EL8A 1M9BA 3D5JA 4HQSA 4L5LA 2OADA 1YEXA 4TR1B 1OVNA 2EIQA 5IIZA 3UOMA 19GSA 4FIWA 2LTKA 4L8EA 4XS1A 2CZ3A 1ZMAA 2XBQA 2AV4A 1ZL9A 2WRTA 5EY6A 7GSSA 4PQIA 3FR9A 4MJBA 2HSHA 3TKQA 4K1FA 5GSTA 3UVHA 3D22A 3JCML 3H93A 4MH3A 3GL5A 3UJ1A 4K6XA 4MABA 3TB2A 2HRKA 5CYYA 4MMMA 4GF0A 5ECSA 4J2FA 4KF9A 2V32A 4GSTA 5HR3A 3QMXA 1Y6EA 2R6KA 3GKNA 2H1GA 2IIYA 2CAIA 1K0NA 1HD2A 2BTOT 4K7OA 4NV2A 4NHZA 5AISA 3FK8A 3ZFLA 3VI5A 2NVLA 6GSTA 3GHAA 3KP9A 1XFLA 1EOGA 5ECNB 1SK2A 2EIRA 4JR4A 1ST9A 5J41A 3WGXA 4BWSA 4HZ4A 5ABRA 3H1NA 2PERA 4DSSA 1A24A 3PINA 4PXOA 1XW5A 1EZKA 2DJ0A 2HI7A 1PA3A 1SYRA 4QL9A 3UARA 2WFCA 5CAXA 3HZ8A 5KN3A 3DKSA 3GTUB 1N2AA 2DIZA 2YJ7A 1YKCA 4K7NA 2DJJA 3Q18A 2WDUA 5FWGA 2K9FA 1TOFA 4MP4A 4AJ8A 2J23A 4H86A 1FOVA 4KDYA 6GSUA 3RDWA 2CX4A 1ZOFA 5IPGA 1QQ2A 3UAPA 1JZOA 2YANA 1DBYA 3DVXA 1T4ZA 2GT6A 1YEPA 1TDIA 3GURA 1Q98A 3R2QA 1KNGA 3DD3A 3N9JA 2VD0A 1XZOA 11GSA 3LFLA 2JU5A 4KW6A 3NIVA 2RM6A 4RI6A 3DWVA 1OE7A 3IE3A 1WWJA 4WR4A 5D9XA 2YZHA 3HHVA 4ZIJA 3IC4A 4KSMA 2ON7A 1QMVA 1K0BA 3H8QA 1JLVA 2VCVA 2HSMA 1SKRB 4EC0A 2A4VA 3C1RA 1UN2A 1SYXA 2M80A 4EUYA 4OWYA 3O76A 3P8WA 4WBJA 3HKRA 5ECKB 4F2IA 4PUFC 1T1VA 4MK3A 4YQUA 2H76A 4EVMA 2IFQA 3LORA 2EC4A 5GSSA 5LCZA 4F0BA 1S3CA 4TR4A 10GSA 1U3AA 3KM6A 2GQMA 3FZ5A 3D21A 3QD9A 4MA9A 5B6MA 1PGTA 1SJ6A 3F63A 3TJGA 3ZREA 2VCZA 4PGTA 2V41A 3F3RA 3IPZA 4D73A 3HDCA 5F07A 5IO0A 5G5FA 2FA8A 2X99A 2KLXA 2XBIA 2GZZA 2B5YA 4KH7A 4DSRA 1SD8A 2CA8A 4GTUA 1G7EA 3F4TA 3I9V2 4OO5A 2YWOA 4CW9A 4MJAA 5INYA 1LU4A 2BMXA 1OC8A 3CRUA 3D0ZA 3TJBA 4K0GA 4Z7XA 2L59A 2JL4A 2CX3A 2QGVA 1YDKA 3MWHA 3IC8A 4KAEA 1SENA 2VL2A 3RAZA 3KMOA 2QC7A 3GH9A 4P3YB 1ERWA 3U6VA 1ERTA 1B9YC 2FD3A 1MD4A 2KOKA 3K8NA 3KCMA 4XRDA 1J0FA 4Q5RA 1I9DA 2WULA 1PKWA 4MH2A 3ERFA 2C0DA 2G0FA 1PKZA 1GTAA 4F9ZA 5CRWA 4BL7A 4NMUA 2B1KA 1Q4JA 5HQPA 1DE2A 3GIXA 1O81A 3IK9A 4I5QA 1A8YA 5HR2A 4IKHA 1O8WA 4G9HA 1I5GA 1PQNA 4MDCA 4Q5FA 2GT5A 2FLSA 1XVQA 4BVXA 2PMTA 3TOTA 1T7PB 3M9JA 5IO2A 1V57A 1H4OA 4WR5A 3UEMA 1ZYQB 3EE2A 3ZITA 3RPNA 4F82A 1TP9A 1GSYA 4MF7A 3FZ9A 2CVKA 1CQHA 3L9VA 1FG4A 1V98A 1YKAA 1XW9A 4BVYB 1BQ7A 1YZXA 3IXRA 1O6JA 2KP2A 1HNCA 4KE3A 2XPEA 5G1KA 2VCQA 1A2LA 1FAAA 1SKSB 4USSA 2LJAA 1S3DA 3QAVA 3BD2A 3FRCA 2V6OA 1UA5A 1H75A 1BG5A 4HQZA 1XWCA 1E2YA 2VLVA 2REMA 4OFMA 3VWWA 5IQYA 1U88A 1AUCA 5CREA 3CRTA 2QSIA 1U3IA 3BCKA 2MMZA 4XIHA 3I69A 4PQ1A 1V2AA 1IYIA 1N8JA 4F03A 3C73A 5DALA 1OKDA 1F37A 2B1LA 3RPPA 1GTIA 1PX6A 1PX7A 2IMKA 2K8VA 4DEJA 2RUFA 3BBYA 2HLSA 1ML6A 1HNAA 1GSFA 2E0QA 3FZAA 4GQCA 2VCXA 5HR1A 1TU7A 3WD6A 4XS4A 5KN2A 4KNDA 1TTZA 1GUKA 1F9MA 5ECMB 1THXA 1XPVA 3GSTA 1WOUA 5D9VA 3EVIA 4FYBA 1AQVA 4XTSA 3PPUA 3HCZA 4TN8A 1JFUA 2HRAA 2FWHA 4MPFA 2PN8A 2H72A 4MLYA 2R3XA 4AJ6A 4N0VA 1AC1A 4DVCA 2DSAA 3GV1A 1GTBA 1WJKA 1O73A 3KD0A 1TKDB 4LMWA 4RQXA 2R37A 2V2GA 1Z7RA 2O87A 1FB6A 2C0FA 5IMVA 1NW2A 3UBKA 2N5AA 2AJQB 1M7TA 3DRNA 1XWKA 2M72A 4IS0A 4FQUA 2H74A 3EWLA 3CXGA 3IV4A 3ED3A 2YWIA 5DAKB 1Z9HA 1GLPA 1X5EA 1A0RP 2H1DA 2YV9A 4GRFA 5F8BA 2DMMA 4L0WA 2ZUPA 1SK0A 1TI1A 5E4WA 1TRUA 2AHEA 1Z7PA 1DSBA 5CRDA 3IBHA 1O85A 2I9HA 4MJEA 1B4PA 1ZZYA 1RQMA 1SJIA 4Q5QA 1YQ1A 5ECIB 3TJFA 2C4JA 1ZYEA 3GYKA 3A2XA 4TOPA 4HU9A 1EWXA 3ZIVA 1IYHA 4POMA 4POLA 2WS2A 5L71A 3F6DA 4POKA 1V9WA 1Z6NA 4Q5NA 4JRRA 4OD7A 3CTFA 4PNGA 1OAZA 3HYPA 2H75A 1MDIA 2HT9A 3HXSA 4ZBBA 1XIYA 2IN3A 1QFNA 2R4VA 3GL3A 1TJDA 3A2VA 5KN0A 3RHBA 5COHA 1XXUA 2H01A 4JEDA 5A4WA 1VF3A 4JU5A 4FO5A 1K3LA 1ACVA 5IMAA 2CV4A 3Q6OA 1Z3EA 3P7XA 5ID2A 4FH8A 1EGOA 2PPTA 2E7PA 1MTCA 3IAM2 1PMTA 4YAPA 2B3SA 4HDEA 4IBPA 2VL2C 2FNOA 3CSJA 4IQAA 1M99A 2MBTA 3TKSC 3W6GA 3VWVA 3W8SA 2YCDA 3BJ5A 4LA1A 5D8IA 2WB9A 9GSSA 3GUSA 5JCUA 1ILOA 3GSSA 2L57A 1HQOA 4G0IA 1U87A 3R3EA 5CNWA 2ALBA 5DQYA 4NWYA 2H71A 4V2LA 4JBBA 5KN1A 3EYTA 2ES7A 2HQTA 3GNJA 1WMJA 2QKEA 3J7Yk 5AN1A 4O92A 6GSXA 4IP6A 1Y25A 4OO4A 2XPDA 2LUSA 2JZTA 1WRYA 4MPGA 5A4UA 3G7YA 2VL9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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