4ISD | Genus

Total Genus 65

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	211
structure length	187
Chain Sequence	SQKPITLYVGADYVSAFAMSAFVVLKEKGLDFEIRTVDLKSKQQEVSLTRRVPTLQHDRFTLSESSAIAEYLDEVYPAPHYAAVLPADRETRALARQLQAWIRSDFMPLGEAAQLACEKLLSAADRLIDDERYGVFGDWCIADTDFALMLNRLVACGDPVPPKVLRYVERQWARPSVQQWVKQKRDA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__141344913086438__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__141344913086438__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4ISD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__141344913086438__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"141344913086438","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4ISD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__141344913086438__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d005ac3bb1c97f61f5c7e27/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d005ac3bb1c97f61f5c7e27/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d005ac3bb1c97f61f5c7e27/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d005ac3bb1c97f61f5c7e27/pdb.gz): 491 ms

reading 187 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

187 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:186});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Burkholderia glumae
publication title	Crystal structure of GLUTATHIONE TRANSFERASE homolog from BURKHOLDERIA GL BGR1, TARGET EFI-501803, with bound glutathione rcsb
molecule keywords	Glutathione S-transferase
total genus	65
structure length	187
sequence length	211
chains with identical sequence	B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-01-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13417	GST_N_3	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14834	GST_C_4	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4isdA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4isdA01

1I5GA 3ZIVA 2WZ9A 3HZ4A 4F03A 5HFGA 2DJ2A 3TKSC 2VLUA 4OWYA 4OCFA 3GSTA 3VK9A 3IAS2 10GSA 3I9V2 1Q98A 3EURA 4HU7A 2DJ0A 1XWBA 3UOMA 1XPVA 2IFQB 1OAZA 4DSQA 2PWJA 3KH9A 1HD2A 1XOAA 4I5QA 2UZ8A 1JZWA 5IQYA 1WWJA 2DIZA 3CYNA 5A4UA 2HT9A 2A2RA 2LRCA 1K3YA 4V1Ag 4YQVA 1F3AA 2GSTA 3ERWA 2FUG2 4HUAA 4LA1A 2QC7A 3ME8A 2JU5A 1E6BA 5F06A 3SWLA 4X43A 2YV9A 4K7IA 4MZBA 3DVWA 3M8NA 5D93A 3KMOA 3ZTLA 3GTUB 3UAPA 2MMNA 4L5OA 2F51A 4MH2A 2GTUA 1THXA 3F3RA 1QXHA 3FZ9A 5CO3A 2EIOA 4XS4B 4JZQA 2OJLA 2C80A 5E59A 3EU3A 2WULA 4XS1A 1GL8A 4ID0A 2FY6A 1ZYQB 3H1NA 2IL3A 4BVYA 3ZLPA 1QK8A 2IIYA 4ZBDA 2XBQA 5DVBA 1PX6A 4O32A 4N11A 2CVDA 2BJXA 5ECHB 1ACVA 2HRKA 2H19A 2AUVA 4GQCA 4ACSA 3ZFBA 2H74A 2M72A 13GSA 1TRVA 4G2EA 4MPGA 3R2QA 2C0EA 4BPYA 4LMWA 1X9MB 4ZB9A 1MDIA 1A0FA 4MLYA 2VL3A 5DBQA 2L59A 1DSBA 1GSDA 5CRWA 4HDEA 1YF1A 1K0CA 2B5EA 2REMA 2D2ZA 1WJKA 2FA8A 3HY2A 2WS2A 3W8SA 3UIWA 3UL3A 2F3MA 2MZCA 5HQPA 1S3CA 1X9SB 4BVXB 5HR0A 1B48A 1T7PB 3VLNA 1BEDA 2RUFA 2DBCA 2LEGA 5IIZA 4PNFA 2C3NA 2IMFA 1SD8A 2ZCTA 4POBA 5F0GA 2L5OA 3P2AA 3SBCA 4DSRA 2K8SA 4K9ZA 1HNAA 3CRTA 3TJFA 3F3QA 5COHA 1K0MA 3WGDA 4USSA 3DMLA 3IA1A 1NHOA 1SL2B 2L6DA 3Q74A 1X5EA 6GSSA 4TXOA 6GSTA 1XW9A 3APOA 2HXKA 3J7Yk 1EOGA 3KH7A 1TXXA 2TRXA 3FZ4A 3KP9A 4NV5A 4Z7XA 2HZEA 2F9SA 1XIYA 2VD1A 2LQOA 1VF1A 3DD3A 4GSNA 2H1BA 4MDCA 3HHVA 4PX1A 2GGTA 2GVPA 5LNKe 5GZZB 4I2TA 4AGSA 1EV9A 1HNBA 3IAM2 4WETA 3QOUA 4F0CA 2VCWA 1C72A 6GSUA 4O92A 2IMDA 1GSUA 3FKFA 3RPNA 2H1GA 2DSAA 4Q5QA 5DALA 2H71A 5F8BA 5B6NA 2CVKA 5G5FA 4TR3A 5ECPB 4EC0A 1YEXA 2CAQA 2AJQB 1WOUA 1XWCA 3CMIA 2HE3A 2YP6A 3DRNA 1SD9A 6GSVA 4WKWA 2P5QA 2C1YA 2OE3A 3I69A 2RLIA 4FIWA 5JWQB 2H66A 2LKUA 4GWRA 3A5WA 2MBTA 1SU9A 1ZMAA 2LRTA 4RQXA 1TKDB 2VCTA 3CBUA 5D9TA 1AIUA 2KLXA 2KOKA 2PU9C 5KN2A 3M9JA 4MJAA 1F3BA 3ZL5A 2YCDA 2HI7A 1AQVA 4MP4A 3RDWA 2VM2A 1TU8A 1AC1A 2NTOA 3L78A 4HOJA 4F0BA 2DJJA 4NXIA 4OCEA 2KP1A 4JE1A 5ELGA 2HQTA 5F05A 5CRDA 1K3LA 18GSA 1EV4A 4DSSA 3DKSA 4ZL8A 1O8WA 3GURA 3C71A 1TI3A 5IMZA 1JZRA 3KMNA 2J9HA 2JZSA 1R5PA 4KUNA 2YZHA 2J23A 4IHUA 4BWSA 2LTKA 3WD6A 4N10A 3GRXA 1XFLA 1EGOA 1XOBA 3GN3A 4ZBAA 4TXVA 3KZQA 1YKAA 4HZ2A 1GWCA 4NWYA 1ZYEA 2HYXA 2XHFA 2ON5A 4J56E 2OA7A 3BJ5A 3FEUA 3QAWA 3FHKA 1A2MA 1OKDA 2X8HA 2HSNB 1MTCA 5ECKB 1KEBA 5FWGA 5JWOB 4OMVA 2I3YA 3KJYA 3L0HA 2M80A 1H75A 5IMFA 4HS1A 4JR6A 5B6MA 4KCEA 5ABRA 2GZYA 4QQ7A 4CDOA 6GSWA 2G2QA 4XRDA 4PTSA 5EL8A 2H6XA 14GSA 5CP1A 3UMAA 1IYHA 3GKMA 2VLVA 1A8LA 1A8YA 17GSA 4KSMA 4BWQA 3GYKA 3O3TA 1THOA 3HDCA 1PN9A 4K1FA 5CREA 3HZ8A 1KBNA 4IVFA 3UVHA 4O7HA 1B4QA 1T3BA 2YZUA 4IN0A 2KP2A 1K0NA 2HSMA 3P7XA 4IELA 5CNWA 1M7TA 5JWRB 3KTLA 2HRFA 2VCVA 2X8GA 3KCMA 1OC9A 4KNDA 3M3MA 4ECJA 1A2JA 3IOSA 1G6YA 1USBA 5IMAA 2B3SA 2GLRA 3QCPA 2H6YA 2EIRA 2PVQA 4TW5A 1PGTA 3QFBC 6GSYA 2C8UA 2FWGA 4EDYA 2GZZA 3LJRA 2WRTA 2VM1A 2A2SA 5ECLB 3VWVA 3H8QA 4ECCA 1DUGA 4IQ1A 4IJ3A 1Z7PA 5EY6A 2GSQA 1ERTA 2YANA 4DEJA 4HEA2 3TRQA 3MWHA 1XW6A 5D9XA 2OE0A 3ZZXA 3PGTA 3J7Yb 1Z6NA 4MJCA 5KN0A 5IPHA 2B1LA 2FD3A 5D9WA 2E0QA 1U87A 2HSHA 1OE8A 3C1RA 4XCSA 4NHWA 3NIVA 1YY7A 1ERWA 4FYUA 2OKAA 2I9HA 1JLVA 1Z7RA 3WYWA 2RIIA 5GSTA 2HLSA 1U3IA 5H5SA 1GP1A 3VWXA 3TJBA 1OE7A 3IRAA 3EWLA 4FYBA 1M2AA 3TRPA 1F6MC 1FAAA 5EVOA 1T4ZA 1SKSB 2YJ7A 3O6TA 2GSSA 1JZDA 4BVYB 1FB0A 3W8JA 5GAPD 4JBBA 2E7PA 3ZITA 2B7KA 5A4WA 1JHBA 4YAVA 1MDJA 2XPDA 2IPAA 2P0GA 3LXTA 2EIQA 2G0FA 1FVJA 4JEDA 2HRKB 1O81A 4L8EA 1WIKA 3TJGA 3HCZA 1I9DA 2PUKC 1T8EB 1R5AA 2JSZA 4WF5A 5ECNB 2ALBA 3A2XA 4L5LA 5DAKA 2H0IA 1PMTA 4I2UA 4WBJA 3LQ7A 4O5RA 1GLPA 1TK5B 3HVVA 3QAVA 5JCUA 3H93A 1LU4A 4F9ZA 3L4NA 3ME7A 2V6OA 3GSSA 5GSSA 1X5CA 2H8LA 2K9FA 2CVBA 4K0GA 2K8VA 2FGXA 4KDXA 1SK1A 4TN8A 5IO2A 3O76A 3MNGA 2L4CA 3TRXA 1GSFA 2IWTA 4PNGA 4ML6A 1SYRA 4XS6A 5HR2A 2RM6A 3QR6A 3D4MA 1U88A 2LJKA 2JL4A 4OFTA 1B8XA 5G1LA 5J3RA 4RI7A 3F0IA 3WGXA 5A5KA 3DGQA 3ERGA 2Z9SA 4IBPA 2H0GA 5HFIA 3KIJA 1V2AA 1PQNA 4ZIJA 1ZL9A 4QL9A 2C3TA 4KDYA 1GTBA 1RK4A 1J9BA 1VF2A 4IW9A 2IN3A 1GSSA 1AQWA 2K18A 3R3EA 1G7EA 4KW6A 1QQ2A 4TXOB 3F6DA 5IO0A 2WGRA 4N30A 5G1KA 4MMMA 1NW2A 3GH9A 3I43A 4GQFA 5G30A 2N5AA 1Y6EA 1SJIA 1O6JA 1PL1A 3CXGA 3GV1A 2HZEB 3F8UA 3QPMA 3RBTA 1FOVA 2R5GA 1EZKA 1F37A 1M2BA 1SK2A 5EPFA 3VWUA 2VL9A 3PR8A 1B4PA 3LXZA 2C3QA 4PXOA 1V57A 1VF3A 4LL4B 4EF0A 1QGVA 2GSRA 4YQUA 1YZXA 4EKZA 3BOAA 1S3DA 4Q5RA 4XHMA 3UEMA 4OFNA 1MDKA 2QGVA 3RHBA 3MAKA 1FB6A 5DALB 4PQIA 3GNJA 4ZL7A 1RW1A 2KHPA 4TR1A 1BQ7A 4KA0A 1O7UA 3IDVA 3N9JA 2H30A 3QDNA 1PKWA 4WBRD 4K0NA 5IOXA 12GSA 2CX3A 4KE3A 3RPPA 1WPIA 2O7KA 5ID2A 1GNWA 2PPTA 2TIRA 5L71A 3VURA 4ZB6A 2H6ZA 1SL1B 2H72A 1K0DA 3FK8A 3FYGA 3W6GA 1B9XC 2DIYA 3VPTA 4ZBBA 2H76A 4P3YB 4G0LA 3TKPA 2BTOT 2H1AA 1GLQA 5ENUA 5CRGA 2GZPA 3IC8A 4OO5A 1WMJA 4MZWA 1KNGA 5ECQB 1R26A 1TW9A 1FO5A 2H1DA 1B9YC 1H4OA 1WE0A 2YWNA 5HR3A 4L0UA 2O87A 4LLRA 3LWAA 4CW9A 3FR6A 1GULA 1Z6MA 3TGZA 3RAZA 5AISA 4G10A 4DSSB 4ILFA 2WB9A 5ECOB 5CRHA 4ECBA 1Y25A 3G7YA 3C1SA 5D73A 2B5YA 3FY7A 4KCAA 4J57E 4D73A 1A2LA 5F07A 1ERVA 3FR3A 4PURA 5C04A 5JCWA 2E2GA 1M9BA 1BAYA 3F6FA 4V1Ap 2LJRA 2V1MA 4MZCA 5IMDA 1M9AA 2E2MA 5DJLA 1MD4A 5C00A 4ZILA 1EP7A 5HR1A 4G9HA 3D22A 2HRNA 19GSA 4IJIA 5DCHA 2EC4A 2L5LA 3CTGA 3HVXA 1J08A 3GHAA 4ML1A 3GH6A 4EXJA 4IGJA 1SJ6A 2LJAA 3G9BA 5IM9A 1Z5YE 4Q5FA 2R37A 4GSSA 2DLXA 4G0KA 1Z3EA 5DCGA 2CAIA 2WJUA 3F9UA 5BMUA 1SKWB 3TDGA 2JSYA 1YEPA 2LNTA 3TKSE 3GMFA 4TKYA 3M0FA 4EE0A 1UN2A 3EMXA 1PD21 2ON7A 3G7JA 4QL7A 4ZL9A 3H79A 2HSMB 3TJKA 2YPMA 2YNXA 1TK0B 2MMAA 1OC9B 4GLTA 4EUYA 3C8EA 2VLTA 3L9VA 3I6AA 3F4TA 2N5FA 5B7CA 2P31A 3HD5A 1O85A 1K0OA 1PL2A 3D6IA 3EYTA 2DMLA 4L0WA 11GSA 3DWVA 2C0DA 2XPEA 3KTBA 4HJMA 2CQ9A 1W4VA 2HNLA 4MF7A 1DE2A 4YQMA 2WDUA 2LUSA 3GKNA 2X99A 1DE1A 4WF4A 4ZB8A 2X64A 2NVLA 2V32A 1YF0A 2MMZA 3VFIA 3S9FA 2GT6A 5JCGA 4FH8A 3WT1A 16GSA 4FQUA 5D8IA 4EDZA 4RI6A 2FCHA 1N2AA 4EVMA 5KN3A 2BMXA 2WFCA 1WRYA 2FWHA 1S3AA 22GSA 1SJZA 5CYYA 5AGYA 2C0FA 2CZ2A 5B8BA 2P5RA 2GS3A 4JRRA 3GFKA 1GNEA 3UVTA 1GTIA 1V98A 4KDUA 2GDRA 1BX9A 1ZZYA 3PPUA 1N8JA 3KD0A 5AIXA 5J4UA 1TOFA 4LL1B 3GIXA 6GSXA 1E2YA 1MD3A 2LRNA 2OBKA 3GA4A 2B7JA 3HVSA 1M0UA 2X8CA 4WR4A 2WCIA 2M46A 4NMUA 4G19A 3OR5A 2R2JA 3M1GA 3IK7A 2AV4A 1FW1A 1M99A 1T00A 2PGTA 3CRUA 3UJ1A 3EMPA 3E3EA 3HKRA 5ELAA 2FHEA 4POLA 1FHEA 4K8MA 4NPBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4ISDA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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