4KAE | Genus

Total Genus 78

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	225
structure length	220
Chain Sequence	LYFQSMTLRLYSYWRSSSAWRVRLGLALKGLAYEYRAVDLLAQEQFQAAHMSQVPVLEVEEDGRTHLLVQSMAILEWLEERHPEPALLPPDLWGRARVRALAEHVNSGTQPMQNALVLRMLREKVPGWDREWARFFIARGLAALETAVRDGAGRFSHGDAPTLADCYLVPQLYNARRFGLDLEPYPTLRRVDEACAALAPFQAAHPDRQPDAPPPDRRTP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__915531159665333__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__915531159665333__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4KAE/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__915531159665333__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"915531159665333","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4KAE/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__915531159665333__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Anaeromyxobacter dehalogenans
publication title	Crystal structure of Maleylacetoacetate isomerase from Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1, TARGET EFI-507175, with bound dicarboxyethyl glutathione and citrate in the active site rcsb
molecule keywords	Maleylacetoacetate isomerase
total genus	78
structure length	220
sequence length	225
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.2.1.2: Maleylacetoacetate isomerase.
pdb deposition date	2013-04-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4kaeA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4kaeA01

5IMFA 2H6YA 1QGVA 1K3LA 4GLTA 4RI6A 1TRSA 4N11A 2V41A 2VCWA 1NHYA 2FWEA 4LA1A 4KA0A 5AIXA 2DIYA 3D21A 4ZBBA 2L5OA 1UVZA 3KP9A 3Q6OA 1B9YC 2XPEA 3HJMA 4WETA 5D8IA 5G2ZA 1O73A 5ECPB 3D4TA 4HOJA 1AXDA 3BBYA 3TRXA 1AW9A 1JFUA 3C71A 1XWKA 4IGJA 2FWGA 4PX1A 2LKUA 4YQVA 2C1YA 3I9V2 4TN8A 1ZYQB 2WJUA 1SK0A 1HNAA 2DJKA 4NWYA 4MF5A 1O8XA 2M46A 2B7JA 5E4WA 4PGTA 1ILOA 3R3EA 4FYUA 4D73A 1EV4A 5CNWA 1R5AA 5ECNB 1ERUA 2R37A 1PL1A 3ZVJA 1QK8A 4HQSA 4K8MA 2VCVA 1MDKA 1X0RA 2B3SA 4O5RA 3UAPA 1LJRA 2KHPA 1GSDA 1XWBA 4HU9A 1T4ZA 3QFBC 3DD3A 12GSA 4JR6A 1WPIA 3ZVJD 2B6MA 4V2LA 3APQA 1ZYEA 4KGIA 3DMLA 2N5AA 2CAIA 2KLXA 1SL0B 3FRCA 1T4YA 4JRRA 2GZYA 2C0DA 4MK3A 3IOSA 1AQVA 3UVTA 2PN8A 3VK9A 3UBLA 5ID2B 3QD9A 2LRTA 1ON4A 3IBHA 2TRCP 2FD3A 3VWUA 2IMIA 1F6MC 1XBSA 4IJIA 4IBPA 4DVCA 1A23A 1OVNA 2YN1A 2ZCTA 1MDIA 2XBQA 17GSA 2CA8A 2EC4A 6GSYA 2WS2A 5IO0A 2A2SA 3GTUB 3I6AA 1WWJA 4POKA 4BL7B 1F9MA 3PPUA 3TGZA 4N10A 4F9ZA 2VLTA 3BCIA 1V98A 3QOUA 2EIQA 1X5EA 2LSTA 1DBYA 16GSA 1PX6A 2J23A 2YWMA 1EZKA 4BVXB 2HT9A 4K7IA 1M99A 5DQYA 4AGSA 3WT2A 1Y25A 4X43A 1XW5A 3P90A 2YZHA 4G2EA 4RUVA 1EOGA 3VURA 1TU7A 4RI7A 4WKWA 1TRVA 2H72A 3U5RE 2H73A 4K0NA 3CYNA 4ZBDA 2CV4A 5JCUA 1ERVA 1PRXA 2LQQA 3FYGA 3ERGA 6GSXA 3M0FA 3LEFA 1XWCA 2AAWA 3ZZXA 4BVYB 3KMNA 3IRAA 3VI7A 4ECCA 4MH2A 1ZZYA 1V57A 1FG4A 4XTSA 2X64A 6GSWA 2C4JA 3KXOA 3TJBA 2OKAA 1SENA 4V1Ap 4EDYA 3APSA 2VUPA 3A5WA 3D22A 3F3QA 4F82A 1K0NA 3L9SA 3FK8A 2L6DA 3MDKA 2MMZA 4IJ3A 4Q5QA 4TR0A 4AF2A 4EUYA 4HI7A 3F9UA 3A2XA 3SWLA 2R5GA 1TOFA 4OFNA 1O81A 3TKRA 3KH9A 3F4TA 2IMEA 2G2QA 2WFCA 2ALBA 2OE0A 3ERWA 2HZEA 4E8EA 4FIWA 1XW9A 2FA8A 2WGRA 3ZMLA 4IVFA 1SJZA 1EV9A 1XIYA 4EC0A 2VM2A 4ACSA 2LNSA 5LCZA 5D93A 3LG6A 4XHMA 4BA7A 2HFDA 2FGXA 2MMNA 1NM3A 1UC7A 1G0TA 3TRQA 3LYKA 1Z9HA 1SJ6A 3VWVA 1SD9A 2IIYA 1A0FA 2H70A 3M9JA 2H1DA 2CVKA 4DSQA 5EY6A 3QFAC 4MCUA 3EURA 6GSUA 3TKSE 4WR5A 2GSTA 4PTSA 5B6NA 3H4KA 2MBTA 1GNEA 2REMA 2YCDA 2CQ9A 2HRFA 2P5RA 2P5QA 3S9FA 3QCPA 3LGCA 3LFLA 3GNJA 1YKCA 3P8WA 4NPBA 3KGKA 5ECMB 1I9DA 3P2AA 3HVVA 1DSBA 3CTFA 1XW6A 1EEMA 3C7MA 5F8BA 1HNCA 4XRDA 1PMTA 1FB6A 5CREA 1SKRB 1URMA 4QL7A 4GWRA 3TUEA 5DAKB 1TDIA 5JWOB 1USBA 3FY7A 1GTBA 1HNBA 2F8AA 1XZOA 3RDWA 3SBCA 5ELGA 5DDLA 2H6XA 2L59A 4HQZA 1FO5A 4YQUA 3VWXA 2MYGA 3FEUA 1AIUA 1X9WB 4MZCA 4IHUA 2HQTA 3N9JA 3IR4A 4GRFA 4GQFA 4TR1A 3WT1A 4IQ1A 3PR8A 4POMA 4H86A 3KM6A 2R4VA 1H4OA 1G7EA 1FOVA 2FNOA 4LL1B 5L71A 3GIXA 2TIRA 2H1GA 1OC9A 1SYRA 5ECSA 1R7HA 2HSMB 5CP1A 1HQOA 2FLSA 4JZQA 5FHIA 3D6IA 2JSZA 1OKDA 1BQ7A 1XWGA 5BMUA 2CVDA 2QSIA 3I43A 2YOIA 1QXHA 4ULXA 2HE3A 4XIHA 1F37A 4ECIA 3ED3A 3VLNA 3Q74A 4HUAA 5D96A 3HZ8A 1THOA 2IPAA 4G19A 2C3QA 4USSA 4EXJA 1TK0B 2DJ1A 3GURA 1PX7A 3US3A 2H1BA 2H30A 3R2QA 3UBKA 5DCHA 1CQHA 2E2GA 3FW2A 3NIVA 3KZQA 1BAYA 3E3EA 4MDCA 1A0RP 5E59A 5IOWA 4MF6A 2MBSA 3TOUA 3GRXA 5INYA 5C00A 1GRXA 2YV7A 5ECLB 1ACVA 3E0UA 3GV1A 4ZB6A 2DLXA 4MJEA 1YZXA 3QAVA 4Q5RA 3F6DA 2WZ9A 3H1NA 5G1LA 2XBIA 2DJ0A 4NV5A 2PWJA 3F8UA 3LJRA 3N5OA 2YV9A 1R26A 1ABAA 3UIWA 1K0BA 3Q18A 4BWQA 3QMXA 4HZ4A 1JZDA 2J9HA 2LV3A 3CBUA 3UL3A 2RUEA 3WGEA 4F0BA 3LORA 2ES7A 1LBKA 1K0AA 5H5QA 2WDUA 2PMTA 2XPDA 2B1KA 1NHOA 2CX3A 1DUGA 1PSQA 8GSSA 1NSWA 3EMXA 3GN3A 3TDGA 5ECIB 1KEBA 4FH8A 2P0GA 3LQ7A 4MP4A 1ZL9A 4PNFA 2FWFA 4XS4B 2H75A 2OJLA 5DALB 2YANA 5IMAA 2O7KA 1SKSB 4IN0A 1EGRA 4WF5A 1S3DA 3F4SA 4TR3A 3IE3A 3G7IA 2E0QA 5ECKB 2PVQA 1GNWA 3C73A 2CVBA 4WBRD 1F3BA 1X9SB 3BCKA 2OA7A 2O89A 2LQOA 4KDUA 4NHWA 3HVSA 5HR2A 3RPPA 3U6VA 2CAQA 4L0UA 5DCGA 5CRHA 5DJLA 2LTKA 2I4AA 4OCFA 4KCAA 4Q5FA 4YAPA 1SU9A 3Q19A 2JZSA 5ELAA 4KSMA 3C1RA 5J41A 9GSSA 4V2NA 1AAZA 4QQ7A 1TK5B 1ZMAA 2V2GA 2EIRA 4ZBAA 3A2WA 4O7HA 2R2JA 2IMFA 2GTUA 1TRWA 1FHEA 1Z7PA 5J9BA 2JU5A 1J0FA 3KJYA 1YJ6A 3TKPA 1QUWA 3MWHA 1NW2A 2GS3A 4K1FA 3ERFA 3W6GA 3ME8A 2FCHA 4POBA 2FY6A 3F6FA 4CDOA 2K6VA 5G5FA 1BX9A 2GT6A 2B5XA 2B7KA 4G9HA 1OC3A 3HCZA 3WD6A 4OMVA 3GSSA 1M7TA 4HU7A 3UJ1A 1S3CA 1JLVA 1B9XC 1HD2A 5A5KA 2NBSA 5GAPD 2DMLA 2NPBA 1XWAA 1ST9A 4LLRA 3UEMA 2R3XA 4PQIA 2FHEA 1AQWA 3GTUA 5JWRB 2C0EA 2H0GA 4EO3A 2VL3A 1UA5A 1OAZA 2AJQB 1K0OA 4HJMA 1T3BA 2YWNA 3VFIA 1TXXA 3F3RA 3C8EA 4J57E 4BVXA 1TK8B 2HRKA 2VO4A 4ZL9A 4L5LA 1GL8A 2HSYA 5JCGA 1JLWA 2KOKA 2VCTA 5ECHB 4GCIA 1YKAA 1K0CA 2ZUPA 2YWOA 3EU3A 2AHEA 4ECBA 11GSA 1KTEA 4GSNA 4AJ8A 2O85A 1WE0A 1XVWA 4TXOA 4F2IA 1T7PB 4K7OA 4OO5A 1M9AA 4I2TA 3H8QA 1WP0A 1A8LA 1M2AA 3CTGA 3M8NA 2VD0A 1TTZA 1ML6A 1TI3A 3DRNA 2L57A 2JL4A 6GSVA 3CRTA 1XCCA 4E8HA 2JZTA 3FR9A 1QMVA 2PBJA 1AUCA 1KNGA 4N0VA 1X5CA 5CRWA 5J9CA 1EOHA 5IMZA 4JE1A 3DKSA 4Z7XA 3HYPA 1AC1A 4IP1A 1DE2A 2HNLA 1WIKA 3IC4A 3HDCA 4IKHA 1YF1A 4OCEA 1X5DA 4KDYA 4K0GA 6GSTA 4ZB9A 2B5YA 2HI7A 5DVBA 5CO3A 2H0IA 4NHZA 2VL9A 1G6YA 4O32A 4PQ1A 1YDKA 1TI1A 5J3RA 22GSA 4TXVA 3L0HA 3IDVA 2H0HA 2MZCA 4G0LA 1Z6NA 3ZLPA 2BJXA 4JEDA 2BTOT 1M0UA 4HJ2A 2WCIA 3ZIVA 2GSSA 1F2EA 2ON5A 3EWLA 2GGTA 4V2MA 1K0MA 3HJPA 1SD8A 3IAS2 1W89A 4XS6A 4EL1A 3HZ4A 2VM1A 5F05A 1PKWA 2K8VA 3ZYWA 1E2YA 2AUVA 3G7JA 4KB3A 4LL4B 3CSHA 2YWIA 4KUNA 18GSA 4ISDA 4IP6A 3L4NA 2PVOC 2YJ7A 2TRXA 2DSAA 3KEBA 3ZL5A 1CQGA 4FYBA 3FR3A 3TJJA 2GDRA 2IMDA 2GQLA 2V6OA 2VLUA 1VF3A 3EU4A 1KBNA 1PD21 3DGQA 4HEA2 4ML1A 1GSEA 2L6CA 2XC2A 3LXZA 3VI5A 4EVMA 1B48A 1TP9A 5GZZB 3TJKA 1T00A 3OR5A 1BEDA 3FHKA 3L9VA 3HHVA 1HYUA 5AN1A 1MD3A 1Z5YE 4XCSA 5KEJA 3K8NA 2HLSA 3DEXA 4IELA 1MD4A 5AGYA 1JZRA 3ZTLA 4P3YB 4CHSA 1Y6EA 5A4VA 1EEJA 4PNGA 4L8EA 1TU8A 5J5NA 3LWAA 5DAKA 4MZWA 1I5GA 2HRAA 4DSSB 5HFIA 5D9WA 3NZNA 1U6TA 3HJOA 1YEXA 4K7NA 5ABRA 1M9BA 5LD0A 5KN1A 5F06A 20GSA 1GP1A 3F4RA 2K8SA 2GZPA 3CMIA 2VL2A 2VAFA 4MPGA 4EDZA 1T8EB 2IN3A 3D5JA 4OWYA 2CX4A 2YPMA 3CRUA 1EP8A 2EIOA 1A24A 4GF0A 2FA4A 3EVIA 2X8GA 2H19A 2CT6A 3UARA 3RHBA 3KCMA 4WR4A 3V1WA 4F0CA 4KF9A 2GSQA 1GLPA 4PXOA 3ZITA 1IYHA 2V1MA 2HSMA 4KH7A 1OE8A 2GT5A 3A2VA 1QQ2A 3TKSC 3GL3A 3GH6A 4X1UA 5B8AA 1SL2B 3ISOA 2GSRA 4G0KA 3TB2A 2F3MA 4WF4A 2L4QA 4TR1B 1E6BA 4YQMA 3RAZA 2LJKA 1XVQA 5IIZA 3CSIA 2F51A 4K6XA 1A8YA 2I3YA 2DJ3A 3GKXA 3O76A 2C0GA 3BJ5A 2IFQA 3WGXA 4IW9A 1F3AA 1VRSD 4NXIA 3BD2A 2VOCA 2GLRA 2K18A 1R4WA 1WJKA 2IWTA 3TJGA 1SK2A 2JADA 2D2ZA 3AY8A 1IYIA 2PERA 3PGTA 5F0GA 5KN0A 2GVPA 5B6MA 4NV2A 3GKKA 4TR4A 2E7PA 3BOAA 4GQCA 4MJAA 3IK9A 1YQ1A 2DIZA 2H1AA 5CYYA 2C80A 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4CW9A 2WB9A 2PGTA 4KDXA 4FYCA 2E2MA 3A3TA 2RM6A 3LXTA 1JZOA 2HRKB 4WBJA 4HZ2A 1JZWA 1GTIA 3ZREA 1K3OA 2I9HA 1GLQA 3FKFA 4MLYA 4BVYA 2KP2A 3UMAA 2HSNB 2DBCA 2YZUA 4MZBA 1A2MA 4MPFA 5ECRB 1J08A 1PA3A 5A4WA 1XXUA 4IS0A 5H5SA 1FVKA 2LRNA 2DC5A 4TXOB 3WGDA 1ZOFA 1B4QA 4JU5A 3ME7A 4KSOA 5IPGA 3P7XA 1TJDA 4HDEA 1PGTA 2LS5A 5IMCA 2FUG2 1BG5A 1SJIA 2VCZA 3FZ9A 2OACA 1FVJA 19GSA 3ZIJA 4KW6A 2L5LA 2VL2C 7GSSA 1S3AA 3H79A 2WRTA 5J4UA 4V1Ag 4RQRA 4K2DA 1SKWB 1MTCA 4MABA 1K0DA 5ECQB 3UVHA 1GSYA 4LMWA 1V2AA 3HVXA 2HYXA 1YEPA 3IXRA 3O6TA 4J56E 2A2RA 2HSHA 3I69A 2DMMA 1FAAA 4FO5A 2IMKA 1WRYA 5JWQB 2X99A 4O92A 5KN2A 2XHFA 3GKNA 3WYWA 4KX4A 4KNDA 3ZMKA 2H6ZA 5DJMA 1SYXA 4I8BA 1VGLA 1QFNA 3UOMA 2AB6A 2N5FA 3PH9A 13GSA 1MEKA 3RBTA 5GAND 2HZEB 4NAXA 3DXBA 1M2BA 3IC8A 1MDJA 3EE2A 3G7YA 5D9XA 5B7CA 2ZNMA 4WEYA 2X8CA 2CZ2A 1V40A 3ZRDA 2O8VB 3DVWA 3M9KA 2GQKA 2NTOA 1U3AA 1LU4A 4YH2A 1C72A 1XFLA 3PINA 5H5RA 1B4PA 3G9BA 4GTUA 4ID0A 2M80A 4OD7A 2M72A 4DSSA 1AQXA 2C8UA 4TVEA 5HFGA 1GSUA 3GHAA 3GA4A 2YNXA 5DQSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4KAEA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations