4LMV | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	252
structure length	252
Chain Sequence	SQPIVFYDIPSNDTLKQSPWSPNTWKIRYALNIKGIKYKTEWVEYPDIEDVVKKLGGKPTGKKPDGRDHYTVPVIYDPNTKTVVEDGIKIAKYLDDAYPDTPRLFPAGTDAFQAAFDDFVWSVTLAFPLLSLLLLDVSNSLPPRSSAYFRATREQQFGKRLEEQGGEERWQQLEAGLGKFKGYLERNGAGNDLLLMGTQGGITYSDVQIASLFVWAKVVWGEGSEKWKRLMGFHGGKWAQFCAQFAEYERAD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5500050724084584__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5500050724084584__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4LMV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5500050724084584__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5500050724084584","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4LMV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5500050724084584__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00706d58d5532c5c8edb6b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00706d58d5532c5c8edb6b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00706d58d5532c5c8edb6b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00706d58d5532c5c8edb6b/pdb.gz): 424 ms

reading 252 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

252 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:251});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Phanerochaete chrysosporium
publication title	Diversification of fungal specific class a glutathione transferases in saprotrophic fungi. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione transferase
total genus	82
structure length	252
sequence length	252
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2013-07-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13417	GST_N_3	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4lmvA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4lmvA01

1GUMA 4TR4A 3ERFA 1K0OA 4PNGA 4Q5RA 2DSAA 4FYUA 2YWIA 2HYXA 2X64A 3VLNA 2NTOA 4BVYA 4HEA2 1PA3A 3BBYA 1GWCA 2LRNA 4NPBA 3VI5A 4OO5A 2H30A 3HCZA 4N30A 4O32A 1E6BA 4YQVA 2H74A 4PUFC 1SK2A 4MLYA 1EV4A 3J7Yb 4POMA 3EU3A 4JEDA 5CP1A 2HRAA 1T4ZA 4KNDA 17GSA 4MPFA 4MZCA 3W6GA 1U6TA 1X9WB 2WZ9A 2RUFA 1JZOA 2OKAA 2C3TA 1WWJA 3IR4A 4TR1B 2H66A 3UJ1A 1UC7A 3O76A 3GTUA 1T1VA 1PX7A 1FB6A 5H5RA 5C00A 1A0RP 4ULXA 4MF6A 2HSMB 1S3AA 4BL7B 2G0FA 2ALBA 4BWSA 1YEPA 4OMVA 1SYXA 4HQZA 2YWOA 5ID2B 4EO3A 1BG5A 1OC3A 5IOXA 4NHZA 5AIXA 1N2AA 5DQSA 3CTFA 3L4NA 4KB3A 3VPQA 2MZCA 2FWEA 1O85A 1SK1A 2V6KA 1ZYEA 4IVFA 1EZKA 3IPZA 2XC2A 3E9JB 2LKUA 4I6XA 1G6YA 1O8XA 4NXIA 2QC7A 2HZEB 4F03A 3M0FA 4DEJA 2V32A 2L4CA 4MJAA 4CW9A 2MMAA 4HOJA 2A2RA 1TJDA 1GSSA 1VRSD 1XXUA 2HSNB 3FRCA 5A4WA 1LU4A 4GSSA 3TJJA 2F9SA 1MDIA 2CX3A 4ILFA 1GLPA 3DRNA 2O7KA 4OD7A 4ZBAA 1RK4A 2ZUPA 3HXSA 1GSFA 3HA9A 1G7EA 5B6NA 5F06A 3ZMKA 1WPIA 4XS4A 2H0IA 6GSUA 5F0GA 1T4YA 3ZIVA 3WGXA 1YEXA 4GSNA 2YJ7A 3PGTA 1ST9A 2L5OA 1V57A 2H73A 1WMJA 4KX4A 3W8SA 3GV1A 1T7PB 3LORA 4MZBA 1MD4A 1VGLA 4TXOB 1AUCA 2JSYA 2I9HA 3EMPA 2DIZA 1A2JA 2MMOA 2FWFA 2L5LA 3J7Yk 1O81A 4FIWA 4KSOA 2H76A 3TKSC 1KNGA 2LV3A 3GHAA 2CV4A 1RW1A 2H1DA 3GNJA 2N5AA 2YOIA 2B6MA 3IC8A 1U87A 2RM6A 2O87A 3FKFA 2PUKC 2WCIA 3UVHA 1B48A 3E0UA 3GX8A 2DJ2A 2K8VA 2REMA 4ACSA 3NZNA 5IO2A 4RQRA 1S3DA 2CQ9A 1K0BA 4KDYA 4K0GA 1A8LA 1XOBA 1Z5YE 2QSIA 3GIXA 5ECSA 3C8EA 4YAVA 1JHBA 2JL4A 3FR9A 1OE7A 2H0HA 4AF2A 1XW6A 4IQAA 2O8VB 3EVIA 2LRCA 1ERUA 1BYEA 4FH8A 2C3NA 4Q5QA 5ECIB 2HRKB 1J9BA 1JLWA 3HKRA 1HYUA 1UA5A 5IMZA 1VF1A 2OE1A 1WE0A 5ENUA 2GSSA 5DALB 1H75A 2J23A 1B4PA 3KXOA 1JFUA 4HUAA 1JZWA 3E3EA 6GSYA 4EVMA 1UN2A 4BA7A 4HJ2A 2MMNA 3DWVA 4EDZA 5D73A 1A2MA 3ZIJA 6GSSA 4OFMA 2HE3A 3PINA 4Z7XA 2MYGA 4HS1A 3APOA 1F9MA 3DEXA 4O92A 3C7MA 4JZQA 1FHEA 4MPGA 4KDUA 1C72A 1Q98A 3LXTA 3CRUA 1V9WA 10GSA 5DJLA 1V58A 1Z9HA 3CBUA 3A3TA 2GZPA 4OFNA 2VCXA 2PERA 2L57A 3LSZA 2K6VA 3GN3A 1SL0B 2ON7A 2C1YA 1NHYA 9GSSA 3F9UA 3P7XA 3JCML 5HR1A 2XBQA 1B8XA 2FD3A 2PWJA 4TR1A 2GGTA 2GQKA 2K8SA 2VM1A 4NHWA 5B8BA 1EP7A 3FR6A 1K0MA 4E8HA 1GNWA 1RQMA 1TRUA 1ILOA 3KEBA 2RUEA 4N11A 2HRFA 1ML6A 2HSMA 3IDVA 4BL7A 2GT5A 2B1LA 1XIYA 2L6DA 5ID2A 1GTIA 1YF1A 1USBA 1FG4A 4PNFA 2VLTA 2HXKA 4N10A 4K7IA 3CMIA 3CSHA 1OE8A 2XBIA 2AB6A 5FHIA 1SD8A 1QMVA 3HJMA 4J2FA 3P2AA 1H4OA 1V2AA 1YJ6A 5AN1A 2HZEA 5ECLB 2IFQB 3ZMLA 5LNKe 5F07A 1F6MC 1TP9A 3F4SA 4JE1A 2IIYA 3M3MA 2C0FA 3RHBA 3A2WA 2NBSA 3IBHA 2KUCA 2R4VA 1K3YA 4HZ4A 4IN0A 4KA0A 4MF7A 4TN8A 1DBYA 1GUKA 5J4UA 5GAND 2PVQA 4GLTA 1SYRA 4J57E 2TRXA 3Q19A 3GYKA 5KEJA 2GVPA 4DSQA 1G7OA 1U3AA 2ZNMA 2GQMA 2M72A 4EXJA 1BEDA 1FB0A 1TXXA 5BMUA 4AGSA 2B5XA 2B7KA 1SK0A 3MSZA 1J08A 3TKRA 2E2GA 2JZTA 3VK9A 4MK3A 3HVVA 3UBLA 3KP8A 4O5RA 5L71A 2F8AA 4NV2A 1Z6NA 3IXRA 1BJXA 3W8JA 4ECIA 4NMUA 4PTSA 4POKA 4TXOA 1ZMAA 3ERGA 1I5GA 3RHCA 3TJBA 2G2QA 3DGQA 2HSHA 1TK0B 2QGVA 3UEMA 5DJMA 3KMOA 6GSWA 5ECHB 1BAYA 2E2MA 2P5QA 4ZB8A 3FY7A 4HJMA 2WRTA 1DSBA 2C4JA 2DMLA 3D22A 4MA9A 3NIVA 4GTUA 1A8YA 1KTEA 2H6ZA 3VWUA 1XZOA 5B8AA 4IQ1A 4WKWA 2BTOT 2H6YA 2DIYA 3KTLA 2BJXA 1GULA 4KE3A 1YY7A 5ELAA 5JCUA 3GKXA 3G9BA 3IRAA 2IN3A 4ZB9A 1Y25A 2OA7A 3WYWA 4HZ2A 5J41A 1B9XC 1SKSB 3US3A 1LBKA 4RI6A 4PX1A 1FO5A 1B4QA 3TUEA 1GSEA 5ECQB 1THOA 1DE1A 4XCSA 3ISOA 1Z7PA 1AC1A 1T8EB 3HVXA 3QR6A 5HQPA 3MNGA 2OBKA 3UARA 19GSA 4PQIA 4K7OA 5F8BA 1XWBA 4DSSB 1AW9A 2HRKA 1O7UA 5J3RA 3O3TA 2V2GA 1SU9A 3C1RA 5G30A 4USSA 3UAPA 2GS3A 3QMXA 4MH3A 13GSA 5ECOB 14GSA 5DALA 2AHEA 4FO5A 3I69A 2NDOA 4EE0A 2OBIA 3CXGA 3IC4A 3G7IA 4LL1B 1XWCA 4ML6A 4JR4A 1PL2A 3L0HA 3R2QA 1XOAA 2LJRA 4F0CA 5E4WA 3WT2A 3G7JA 3QAGA 4TW5A 2C0DA 1ZYQB 4WF5A 4YQMA 2H1AA 4MF5A 1OKDA 2HZFA 2L4QA 3FR3A 2H0GA 3HY2A 2OE0A 4I8BA 1GSYA 3IK7A 1QUWA 1X9MB 1XPVA 1WRYA 3D4TA 4IELA 1QGVA 3DXBA 3KH7A 4LMWA 4KCEA 5EPFA 3IHQA 5G31A 2R2JA 2KLXA 4PURA 1X5CA 1T3BA 4GQFA 3L9VA 3QFAC 1ERWA 5H5QA 5EVOA 3IA1A 4AJ7A 2PGTA 4JU5A 2K18A 2H01A 7GSSA 4HU9A 5G1LA 4TR3A 4HQSA 3GL5A 2WS2A 2RIIA 4ZXGA 3DD3A 1U88A 1F3BA 2B5EA 4ZIJA 2UZ8A 1GTBA 3MDKA 5DAKB 1FAAA 22GSA 3ME7A 1PKZA 2BMXA 1A23A 2IMKA 2IFQA 4MJBA 2F8FA 1OVNA 3HHVA 4YQUA 2FLSA 2K9FA 2LJAA 4MDCA 1W89A 1WJKA 1NHOA 3ZFBA 2AUVA 4OCEA 2EC4A 3ZZXA 5JWOB 3QD9A 3SWLA 3I6AA 3M8NA 3PPUA 2HNLA 3HVSA 4KW6A 2YZUA 1V98A 1XWGA 5CYYA 2HSYA 4KAEA 3QDNA 1HNCA 1WIKA 2CX4A 3RPNA 3Q74A 2GLRA 1AAZA 1T00A 2DBCA 5HR0A 4XIHA 1PQNA 5IPGA 3F8UA 1OKTA 2FWGA 3QAWA 3M1GA 1EEJA 3DYRA 3PR8A 1K0CA 2L6CA 2VCQA 3NOFA 2YWNA 3GL3A 2WFCA 3RPPA 4ML1A 5GAPD 2HLSA 3ZVJA 4IW9A 2LNSA 3GUSA 3C73A 2LUSA 3FK8A 5G1KA 4LA1A 3TCOA 4TOPA 1F37A 3IV4A 1K0NA 3F3QA 1TTZA 4F2IA 1PL1A 4X43A 1FVKA 4EF0A 1AXDA 4D73B 4KF9A 2FA4A 4WBRD 5F05A 2DJ1A 5CREA 3LGCA 2ON5A 6GSTA 1ERTA 2KHPA 3WT1A 1TI3A 1SJZA 1QXHA 2JSZA 5D9XA 3F4TA 4V2MA 4ZILA 4MCUA 2WDUA 1A0FA 3D21A 4PGTA 1IYHA 4KH7A 5ECKB 3P90A 2RM5A 5AISA 2X8CA 3GKNA 1LJRA 2CAQA 4WEYA 2FHEA 3IAS2 1OC8A 2D2ZA 2DJ3A 2HI7A 3DVXA 4FYCA 5AGYA 4KDXA 2B3SA 2IMFA 1K3LA 3TRPA 2CZ3A 4NAXA 3V1WA 1FW1A 5HFIA 1GRXA 2H6XA 2LNTA 5EL8A 4MP4A 2H19A 4IS0A 5G2ZA 3GMFA 4K1FA 2XPEA 3KGKA 4DSSA 2CAIA 2GTUA 4TRXA 4RI7A 4GWRA 4L0UA 2IJYA 2H71A 1G0TA 1PX6A 5IPHA 1M0UA 1NSWA 2CVDA 2VAFA 4X1UA 4OWYA 2DJ0A 3MWHA 1EOGA 4KGIA 4L0WA 3HD5A 4K0NA 4PXOA 5DBQA 3KM6A 2B5YA 4ZL8A 1A2LA 3LYPA 2XPDA 4KCAA 5CNWA 3D6IA 4ZBBA 2R3XA 2NPBA 4OFTA 4X0XA 2VL3A 3ZRDA 18GSA 3ED3A 5G5FA 2O89A 2RLIA 2WULA 1XVQA 2GQLA 1TI1A 2E0QA 4K6XA 3GA4A 3H93A 3VFIA 3LYKA 1K3OA 2H1GA 2DC5A 8GSSA 3M9KA 3GURA 3TB2A 3VPTA 1IYIA 2P5RA 4L8EA 1VF2A 1TK8B 3WGEA 3OR5A 3HJOA 2J9HA 2P0GA 3EYTA 2GSRA 2DJJA 4H86A 4IP1A 1N8JA 4MABA 1HNAA 1SENA 1SJ6A 4XS6A 3A2XA 1R26A 2PBJA 1OC9B 2V41A 3EURA 2PMTA 5HR2A 4LMVA 1GH2A 4I2UA 2CVKA 3ERWA 4PUAA 2F3MA 1M2DA 2GSTA 1YDKA 1X9SB 2C0GA 3LQ7A 4G2EA 2ZCTA 3HZ8A 3CSIA 4HDEA 2ES7A 2VO4A 5DAKA 4MZWA 3GSTA 5G5EA 4V1Ag 1PD21 4GCIA 5JCWA 4F0BA 4YAPA 5CAXA 3TRXA 3BJ5A 1TW9A 3F3RA 3F6FA 1Y6EA 1O6JA 2VL2A 2N5BA 2H75A 1PRXA 1TRVA 4XRAA 2YZHA 3CRTA 2IWTA 2EIRA 3Q18A 3GH6A 2V1MA 5HFKA 2Z9SA 3RAZA 3LG6A 3M9JA 3TKPA 16GSA 2TRCP 4MJCA 2VM2A 3IK9A 4GF0A 1EGRA 4IHUA 5INYA 1WOUA 3GH9A 6GSVA 3H8QA 4NWYA 3D4MA 4QL7A 1KEBA 4L5OA 4Q5NA 2JU5A 3EWLA 1GUHA 3VWXA 2FWHA 2VD1A 3KIJA 3L9SA 3DVWA 1TK5B 2LJKA 4K9ZA 3KD0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2KP2 A;  3UOM A;  1K0A A;  2C0E A;  2B7J A;  4ZB6 A;  4LL4 B;  5FWG A;  5JCG A;  1XBS A;  2IPA A;  2YP6 A;  1TU7 A;  2VD0 A;  5KN2 A;  4PQH A;  1R7H A;  1VF4 A;  4IBP A;  2JAD A;  2KP1 A;  4XS1 A;  3ZVJ D;  1XFL A;  4IGJ A;  2OAC A;  3KTB A;  6GSX A;  1GL8 A;  1MD3 A;  3F4R A;  4L5L A;  2OE3 A;  2R6K A;  1AQW A;  1MTC A;  4EUY A;  2VCZ A;  2O85 A;  1XVW A;  3FEU A;  3D0Z A;  5D9W A;  2M80 A;  4MMM A;  5IOW A;  1E2Y A;  2N5F A;  3GKM A;  1ACV A;  4JR6 A;  5KN1 A;  3C71 A;  5KN0 A;  4MJE A;  3KJY A;  2X99 A;  5D93 A;  3H79 A;  3LFL A;  2QKE A;  5DCH A;  4WET A;  2JZS A;  4G9H A;  1R5A A;  2PN8 A;  4ECC A;  4FQU A;  4V2N A;  5ECP B;  2IL3 A;  4OO4 A;  5GZZ B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GUM A;  4TR4 A;  3ERF A;  1K0O A;  4PNG A;  4Q5R A;  2DSA A;  4FYU A;  2YWI A;  2HYX A;  2X64 A;  4CY6 A;  3VLN A;  2NTO A;  4BVY A;  4HEA 2;  1PA3 A;  3BBY A;  1GWC A;  2LRN A;  4NPB A;  3VI5 A;  4OO5 A;  2H30 A;  3HCZ A;  4N30 A;  4O32 A;  1E6B A;  4AKG A;  4YQV A;  2H74 A;  4PUF C;  1SK2 A;  4MLY A;  1EV4 A;  3J7Y b;  4POM A;  3EU3 A;  4JED A;  5CP1 A;  2HRA A;  1T4Z A;  4KND A;  17GS A;  4MPF A;  4MZC A;  3W6G A;  1U6T A;  1X9W B;  2WZ9 A;  2RUF A;  2EFD A;  1JZO A;  2OKA A;  2C3T A;  1WWJ A;  3IR4 A;  4TR1 B;  2H66 A;  3UJ1 A;  1UC7 A;  3O76 A;  3GTU A;  1T1V A;  1PX7 A;  1FB6 A;  5H5R A;  5C00 A;  1A0R P;  4ULX A;  4MF6 A;  2HSM B;  1S3A A;  4BL7 B;  2G0F A;  2ALB A;  4BWS A;  1YEP A;  4OMV A;  1SYX A;  4HQZ A;  2YWO A;  5ID2 B;  4EO3 A;  1BG5 A;  1OC3 A;  5IOX A;  4NHZ A;  5AIX A;  1N2A A;  5DQS A;  3CTF A;  3L4N A;  4KB3 A;  3VPQ A;  2MZC A;  5KOW A;  2FWE A;  1O85 A;  1SK1 A;  2V6K A;  1ZYE A;  4IVF A;  1EZK A;  3IPZ A;  2XC2 A;  4X4J A;  3E9J B;  2LKU A;  4I6X A;  1G6Y A;  1O8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4LMVA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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