4N0V | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	213
structure length	213
Chain Sequence	MKIYDTEGFPNPLRVRIALAEKGATDKVVFVPVDVMGGEHRTTDFRAKNPDATVPVLELDDGTCIAQCNAITEYLDGVFDGPSLTGASPKERAVIAMMNIRAESGLMNAVGAYFHHATRGLGPDLETWQCPDWGNKQKEVAQSTMAYLNEVLAENEFLAGDRFTVADITAYAGLVFAEFAKVDIPGHLDHLLAWRARVAARPSITGAENLYFQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__713865001902089__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__713865001902089__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4N0V/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__713865001902089__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"713865001902089","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4N0V/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__713865001902089__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d007da9cad3be10e0c377a7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d007da9cad3be10e0c377a7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d007da9cad3be10e0c377a7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d007da9cad3be10e0c377a7/pdb.gz): 489 ms

reading 213 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

213 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:212});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Marinobacter aquaeolei
publication title	Crystal structure of a glutathione S-transferase domain-containing protein (Marinobacter aquaeolei VT8), Target EFI-507332 rcsb
molecule keywords	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
total genus	83
structure length	213
sequence length	213
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-10-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF13409	GST_N_2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4n0vA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4n0vA01

3SWLA 4PGTA 4YAPA 3FZ5A 2XPEA 2MMZA 4IKHA 4RI6A 4BPYA 1OC3A 3LXTA 3DXBA 1GULA 4V1Ag 1TI1A 5HR3A 2MMNA 2OBKA 1X9SB 3VWUA 1GP1A 4GTUA 4XS1A 4JR6A 4HOJA 2KP1A 5ECNB 1A2MA 1HYUA 2F3MA 3DIEA 4X0XA 2H6ZA 2F9SA 1YKCA 2HSHA 1GSYA 2IIYA 5E59A 3IE3A 4WEYA 3H4KA 5INYA 4F2IA 1AAZA 5H5RA 1VF2A 5IMAA 2B5EA 1TJDA 5JWRB 6GSYA 2ZUPA 4ZB8A 3QFAC 1K3YA 4OWYA 5G1LA 2KUCA 3S9FA 1JHBA 3C1RA 5CP1A 4V1Ap 3A2XA 4E8HA 1B48A 5KEJA 1AQVA 4NWYA 4ZB6A 1B9XC 4DSQA 4GQCA 1ZYQB 1Y6EA 3TKPA 4ECIA 2JU5A 1V58A 3EC3A 5IOXA 3UARA 5EVOA 4NPBA 1WE0A 4I8BA 1SU9A 2AHEA 2RUFA 4OD7A 4MABA 4K7NA 3HZ8A 2E2MA 3FZ9A 4PX1A 8GSSA 1AC1A 3F6FA 2FA8A 2IMEA 3TRQA 1GSUA 3VPTA 1A23A 3U5RE 5GAND 2YNXA 3FW2A 3GSSA 1YEXA 4K2DA 4P3YB 4QL7A 5B8AA 4G9HA 5DCGA 3RHBA 5IO2A 1IYIA 4K1FA 5IMVA 3VK9A 5H5QA 1GL8A 1SD8A 1LU4A 5AN1A 1O73A 2F8AA 3FKFA 2IMKA 1SKWB 4O5RA 3PR8A 1U87A 2RM5A 1YJ6A 2DC5A 2WDUA 3M9JA 3US3A 1TDIA 5GSSA 1GWCA 4NAXA 3EU4A 2O8VB 4Q5QA 1JLWA 2R37A 1OC9B 4POMA 1GLPA 4GF0A 2FD3A 5CNWA 2PU9C 5F07A 2ES7A 4J57E 2B5XA 2GSQA 4OFTA 3ZMLA 1ERTA 3IV4A 4PQHA 2C3NA 4HQZA 1Q4JA 4GSSA 1R26A 1O7UA 1TK0B 3TCOA 1FVJA 2HYXA 3P7XA 2DIYA 5DQSA 3TRXA 4V2LA 1XZOA 4K7IA 2YJ7A 2L6CA 4ZL7A 5JWOB 3GMFA 4TN8A 2P5RA 4IQ1A 3HVVA 3DYRA 2QSIA 4XIHA 2C0FA 3GV1A 5IO0A 2XBIA 3G7IA 5DQYA 2C80A 2K6VA 5IOWA 4MJEA 3FY7A 4K8MA 1TRSA 7GSSA 4BWQA 2HZFA 1MTCA 4ACSA 2RIIA 3D21A 1DUGA 1HNAA 2K18A 2LSTA 3UVHA 4NHWA 2BTOT 1JZWA 2GGTA 3APQA 5JCGA 2PMTA 1OKTA 4F82A 4ZILA 1TXXA 2VM2A 1AXDA 2R3XA 1K0CA 1Y25A 1S3CA 1X5CA 4ID0A 2HRNA 2FGXA 2B5YA 4G0LA 5CRHA 3CSJA 4XRAA 3IXRA 4F9ZA 3NZNA 3WGXA 4JU5A 2FWGA 3CTGA 1EOHA 3TB2A 4G19A 2RUEA 5A4WA 3DRNA 5GZZB 1E6BA 2DJ0A 3VI5A 2HNLA 4F03A 2IFQA 4LL4B 5FWGA 2IFQB 1URMA 5AIVA 3IPZA 2GTUA 2C3TA 3GKMA 2QKEA 2H73A 3E0UA 1Z7RA 4O32A 1GH2A 4L5LA 1K0NA 4EDYA 2B1LA 4F0BA 5J9CA 1LJRA 1I5GA 11GSA 2LQQA 1G0TA 1EP8A 2MMAA 4HS1A 3EU3A 1SKRB 2R4VA 5G1KA 3HVXA 3EVIA 1XWKA 4TKYA 1YF0A 4K6XA 3A5WA 3ISOA 1FVKA 3RPPA 5FT3A 4PURA 4WF5A 5D9XA 1Z6NA 3LSZA 1GTBA 1XBSA 1EV4A 2LNSA 1Z7PA 3KZQA 2VO4A 2H0IA 3MNGA 4HZ2A 1TRUA 4L0WA 2NTOA 3EMPA 2IMIA 3HHVA 2DJ1A 4LA1A 1OE8A 5ID2A 3D22A 3ERGA 3TJGA 3PPUA 3VFIA 3BBYA 2REMA 1B4QA 4KSOA 1SL0B 4MZCA 1USBA 5ECSA 3KTBA 2LJRA 4MH2A 3UEMA 3MSZA 4IP6A 1MDIA 3DEXA 2OBIA 2H01A 1SK1A 2PWJA 2DJJA 3RAZA 4DSSB 1UVZA 5DBQA 1ERVA 1M9BA 2CQ9A 3K8NA 6GSVA 4XHMA 2MBSA 2LNTA 4USSA 1RW1A 3QR6A 3BD2A 2B1KA 5CRGA 10GSA 2YWIA 3EWLA 2IMDA 3GH9A 2HRKA 3TKRA 4MMMA 3TDGA 3RHCA 3JCML 1T7PB 4KH7A 4CW9A 3IAM2 5B6MA 3A2WA 1DSBA 1YY7A 1TW9A 4QQ7A 2VL2C 1F6MC 1Z6MA 4V2MA 3UAPA 5J5NA 2B7JA 4MF6A 4TR0A 3TKSA 1O6JA 2AAWA 2HZEA 2WJUA 4GSTA 2HZEB 3IA1A 3VWXA 1T8EB 2C0GA 1DBYA 2MYGA 3FK8A 1W89A 4G0IA 5KN0A 4FQUA 2H19A 2TIRA 1QFNA 4IS0A 3QMXA 4XTSA 1V2AA 3KH7A 2FHEA 1R5AA 3Q19A 3GURA 1QQ2A 5F8BA 4L5OA 2V41A 1W4VA 5A4VA 1PL1A 1RK4A 5EY6A 1B4PA 3GX8A 3GUSA 2YANA 2H1BA 1YDKA 4IJIA 3C73A 1OE7A 1EV9A 3TOTA 4MH3A 2L4CA 2CV4A 4KDXA 3TGZA 2OA7A 3UBLA 1J08A 3EURA 4KDYA 3KD0A 5KN1A 1AW9A 4I2TA 4MJCA 1U6TA 2YWNA 1KTEA 3RBTA 1GSQA 2Z9SA 4PXOA 1O81A 3N9JA 1QUWA 4POBA 5ECIB 4J56E 1GLQA 2O89A 4MDCA 5DJLA 4TXOB 4Z7XA 4OMVA 3GX0A 1BEDA 3TJFA 2WS2A 3FR3A 3N5OA 5B7CA 1XW9A 3ZMKA 2MMOA 2WGRA 3HVSA 4YQUA 3J7Yk 3L0HA 1ZGNA 1EOGA 5HR2A 4JR4A 1GNWA 4JE1A 4N11A 2DJ3A 2JZRA 4EF0A 5L71A 2FWFA 5ECLB 2VD1A 5C00A 2H6YA 5G5FA 1SK2A 2L59A 1M2AA 2F8FA 2GS3A 3BOAA 4QL9A 4WBRD 3LFLA 2M80A 1JZRA 1X9MB 3I43A 1GSEA 3FR6A 1CQHA 4ML6A 3F8UA 1ABAA 1M2DA 3MWHA 3LQ7A 2GQMA 2L5OA 1V9WA 3I6AA 4G2EA 3GRXA 5BMUA 4AJ7A 2CVDA 4GXZA 4AF2A 2E0QA 1DE1A 4HEA2 18GSA 2TRCP 2YP6A 2YWOA 3LYKA 3W8SA 2V1MA 1XVWA 5D9TA 1C72A 2DJKA 4DSRA 4XRDA 3GNJA 2JSYA 4XS6A 4JRRA 3GA4A 3IHQA 2EIQA 2XPDA 1OAZA 1VF1A 1SJIA 5AISA 3KJYA 3CXGA 2AYTA 3VWVA 2BJXA 4HQSA 1AQXA 3H8QA 3GKKA 3TJJA 6GSWA 4FYBA 1U88A 1PMTA 4JZQA 2OKAA 2XC2A 1VF3A 4ZIJA 4YQVA 5A5KA 4ECBA 4IJ3A 1U3AA 2VCQA 1GUHA 1A24A 1PQNA 1MDJA 2VCVA 3KGKA 2GT5A 3LGCA 2N5FA 4ECJA 17GSA 3D0ZA 3WT1A 3E3EA 2YN1A 1T3BA 2H0HA 3F6DA 3IDVA 1F3BA 1M9AA 2PVOC 4BA7A 4LMVA 2HFDA 2WB9A 3KTLA 4I2UA 2GSRA 1OC9A 1U3IA 3CRTA 4POKA 1TTZA 2AJQB 1M7TA 2R6KA 3FYGA 1J0FA 1JLVA 4GWRA 3GSTA 1QMVA 2ON7A 1R7HA 2HSMB 2X8GA 4FIWA 2IN3A 3ZYWA 4PQ1A 4HUAA 1WP0A 4MF7A 5CAXA 2CX3A 1Z9HA 3R3EA 4IQAA 2OADA 4IW9A 3HCZA 2L6DA 2DSAA 2R5GA 1ML6A 4TRXA 2VOCA 2A4VA 4K0NA 5D96A 3HKRA 4X43A 3PINA 2VCWA 1K3OA 2HQTA 2FWHA 4BWSA 4WBJA 4MA9A 1Z3EA 1KEBA 5B8BA 1SD9A 4IVFA 1G7OA 5DVBA 1FB0A 3IR4A 2VLTA 5IM9A 3O3TA 4YH2A 1YF1A 2HE3A 1A2JA 2JZSA 1SJZA 3TRPA 1CQGA 2H72A 3GKXA 3LG6A 5B6NA 2HXKA 1B9YC 1ON4A 4WF4A 1G7EA 2YOIA 4HU9A 6GSTA 2NDOA 3UMAA 5HFGA 1K0BA 5HR1A 2H70A 5DAKA 2LS5A 2ON5A 5DAKB 1OYJA 1XW6A 2VAFA 4POLA 1PKWA 1TRWA 3NIVA 1RQMA 3CMIA 5G31A 1QXHA 3QFBC 5D9WA 3A2VA 4MZWA 2EC4A 2KOKA 1K0AA 3WYWA 2PBJA 2KP2A 2PN8A 9GSSA 2VLUA 1PSQA 3TJKA 3ZZXA 4EC0A 1J9BA 4JBBA 1FAAA 1PGTA 5GSTA 3DGQA 1V98A 3M1GA 1I9DA 2B7KA 2WCIA 2VCZA 2O7KA 2H0GA 1GUKA 4RQXA 3VI7A 1F3AA 3Q18A 3ME8A 1BAYA 4FYUA 1A0RP 1BX9A 5IPHA 1PA3A 1T4YA 2OE0A 3FEUA 3H79A 2QGVA 1TP9A 3L9SA 3VWWA 2OACA 2VIMA 1LBKA 1R5PA 3H1NA 4TOPA 3C71A 5LD0A 2H76A 2HT9A 4L0UA 1H4OA 2I9HA 3G9BA 1JZDA 3DVWA 5C04A 1DE2A 2A2SA 4LMWA 1PX7A 3GKNA 2GZZA 5EL8A 4TVEA 3C8EA 3HDCA 1JFUA 2LTKA 3GN3A 1EZKA 4BVYB 4DVCA 6GSSA 5FHIA 3IOSA 3DVXA 1TU8A 3EINA 4ZL8A 1EGOA 4GCIA 3HD5A 3BCKA 4ILFA 1GSFA 2GZPA 1SL2B 1T00A 2C0EA 3TKQA 1ZZYA 4LL1B 3L9VA 4RQRA 2OJLA 5JWQB 2J23A 4EDZA 2P31A 3H93A 4D73A 4WKWA 4D73B 4MF5A 3TKSE 1HQOA 1YEPA 2H71A 3KCMA 2IL3A 2KLXA 1ZCPA 2I3YA 5H5SA 4AJ6A 1EEMA 3ZREA 3IK9A 2E7PA 2RLIA 5JCWA 2GVPA 2LQOA 1XFLA 3R2QA 1O85A 2O87A 4DSSA 3L4NA 1IYHA 1Q98A 1EP7A 2LRCA 3CSHA 2X99A 4Q5RA 1FB6A 5ENUA 3ZTLA 4MCUA 1XCCA 1K0MA 2IWTA 2BMXA 5G30A 1XOBA 1BQ7A 2M72A 4KB3A 2FWEA 2YWMA 4HJMA 3G7JA 4NV2A 4I6XA 2QC7A 4K7OA 3FHKA 2HSYA 1X9WB 1MDKA 1PL2A 3C1SA 2YJHA 1UC7A 4KSMA 4EUYA 3I69A 4H86A 3KP9A 2VL2A 2VM1A 2DLXA 2GT6A 1O8XA 2V6OA 3KIJA 1FO5A 1MD3A 2X8HA 1F2EA 4ZL9A 2IJYA 2NBSA 3DWVA 2I4AA 1HNCA 1WRYA 3KH9A 1YZXA 1SENA 1M0UA 3ZITA 3W8JA 1FW1A 1NHYA 2VLVA 5IIZA 4LLRA 1BJXA 2GSTA 3SBCA 5GAPD 1GRXA 1SYXA 1WWJA 3WT2A 5ECQB 4ZBAA 4PQIA 1G6WA 4RUVA 3GTUB 4ISDA 2NPBA 2X8CA 4EE0A 4EL1A 4BVXB 2VCXA 1SK0A 4JEDA 4NMUA 3LORA 5KN3A 1PD21 4RI7A 4NV5A 2AB6A 2FA4A 3FZ4A 1EEJA 2JZTA 1UN2A 3HYPA 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1BYEA 1SYRA 2CAIA 1TRVA 2HRFA 2L4QA 4OCEA 3ZRDA 1S3AA 3CSIA 3KM6A 3CYNA 1TK5B 3VPQA 4MPGA 2XHFA 1THXA 5DCHA 4TR4A 2DIZA 3QPMA 2HSMA 4ZXGA 4EO3A 12GSA 3AY8A 2FCHA 2LKUA 1XWBA 4GRFA 3MDKA 1NHOA 1XW5A 2CZ2A 5ELGA 2H1AA 2K8SA 3KMOA 5J4UA 4I5QA 2ZNMA 3RPNA 3QAGA 3F63A 2LRTA 3IBHA 3ERFA 5IPGA 4ECCA 5CRDA 4WETA 3DD3A 1WJKA 4HDEA 4OCFA 4KCEA 1GSDA 3F4SA 4Q5NA 2PGTA 4K0GA 1TU7A 3KEBA 1PKZA 2IPAA 3WGEA 4CDOA 3ZLPA 2DBCA 1VGLA 3Q6OA 3LEFA 4MLYA 2ZCTA 3E9JB 1B8XA 5ECOB 2HI7A 5E4WA 4KCAA 2CX4A 2V32A 3M9KA 2PVQA 5ABRA 1MD4A 3TUEA 4J2FA 5COHA 2YZHA 4KNDA 1XOAA 3U6VA 2AUVA 1FOVA 1R4WA 2FLSA 2AV4A 4IP1A 4YQMA 2VL3A 3UBKA 3VLNA 1E2YA 3EMXA 4L8EA 1HNBA 3FR9A 4G10A 4PUFC 3DKSA 2KHPA 2YV7A 2NVLA 1GTUA 2JADA 3QD9A 4X1UA 5F0GA 3QOUA 3UVTA 2CAQA 3IK7A 4G0KA 4I97A 2L57A 1AUCA 3F4RA 4PUAA 4ZBBA 3J7Yb 4YAVA 4TR1A 3O76A 4TR1B 4IN0A 4KA0A 4KF9A 3GIXA 1A2LA 4ULXA 2JACA 2N5AA 2FNOA 2LJKA 3LJRA 1F9MA 1O8WA 2WFCA 1AQWA 2EIOA 1N2AA 2K8VA 5CO3A 3QAWA 1XPVA 2LJAA 1X5EA 4KX4A 1THOA 4FH8A 2P0GA 2V6KA 2I1UA 16GSA 2MZCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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Chain Sequence

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