4PUR | Genus

Total Genus 56

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	56
sequence length	204
structure length	200
Chain Sequence	AMLLYTKKDDIYSDIVRMILLIKGANAKIVDVSKEENSKHLEELNIITPNGNIPTLSTDDFAVYRLSVIIEAIEDLYPFPPMFPVFPKQRANARILLEYVNKTFLQNIIKLQSPDLDEKQANEIKMLMQRDIISTYKKIVSEREVNAEAQNINVLTLIITFVFYYFIKLKISIPTKDKNIIKEIKELLSEPNFIKTIKAK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7222623253774905__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7222623253774905__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4PUR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7222623253774905__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7222623253774905","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4PUR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7222623253774905__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription
source organism	Francisella tularensis subsp. tularensis
publication title	Crystal structure of MglA from Francisella tularensis rcsb
molecule keywords	Macrophage growth locus, subunit A
total genus	56
structure length	200
sequence length	204
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-03-13

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4purA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4purA01

4MP4A 1IYHA 4F0BA 3TKSC 3UIWA 1XXUA 2AHEA 1YDKA 3VWXA 2PERA 2V6OA 1M2BA 1U3AA 5IMCA 6GSSA 4Q5QA 5HFGA 3W8SA 3C7MA 4KSMA 1JZOA 3A3TA 3TGZA 4KAEA 4KW6A 1WRYA 1OC3A 3FY7A 2E0QA 2HSNB 4IGJA 3BD2A 2VLUA 4K6XA 2VL9A 4L0UA 2X64A 2EIOA 3R3EA 2G2QA 2LQQA 3JCML 4OWYA 1PQNA 3EC3A 1HNCA 5CRHA 3LWAA 4RI7A 2HLSA 2VM1A 1U88A 2VUPA 1YEPA 4HUAA 5F05A 4BA7A 1BG5A 4OO5A 1R26A 1XPVA 4K0NA 4ZB8A 2XPDA 3QFAC 4X1UA 5ECPB 3DRNA 1ERUA 2LNSA 2IFQB 3HVSA 3WYWA 1XFLA 1O6JA 3MDKA 3IDVA 1GLQA 2IMKA 3HCZA 3EU3A 3I43A 4YAVA 2YWOA 1SYRA 4D73B 2ALBA 1A0FA 5D93A 3F9UA 2GQMA 5CAXA 2GZYA 2YOIA 1S3CA 2A4VA 2VL2C 1K0MA 2VIMA 3D5JA 4POBA 4AJ8A 1YF1A 4IW9A 1USBA 2GSTA 1IYIA 4WKWA 3CTFA 2O7KA 4OFNA 4TXOB 4F2IA 1G7OA 5IO2A 4MK3A 1E6BA 2C4JA 4ZILA 1A23A 1ZGNA 2KLXA 3A2VA 1K0DA 2H71A 3KTLA 1FO5A 4GWRA 5HR0A 4FO5A 1FAAA 1FW1A 1SKSB 1GH2A 2V1MA 3S9FA 1AQVA 3DGQA 4JZQA 3GURA 4IN0A 3FW2A 1OC8A 1BX9A 3TOTA 3KH7A 3HY2A 5J3RA 1AQXA 2HRAA 3C1RA 3CXGA 3N5OA 1SJ6A 3GX0A 2FY6A 1EGRA 4YAPA 5A5KA 4LMVA 3G9BA 3VWUA 2WCIA 2LJAA 2O87A 3LXTA 1H75A 5DDLA 3KCMA 2VCXA 4N0VA 1DE2A 3BCKA 1K0AA 3UAPA 5LNKe 1RQMA 5EL8A 6GSYA 2NBSA 5JWOB 5IOXA 1MD3A 1UA5A 2KP2A 4LA1A 5CREA 5J4UA 4J57E 3VI7A 2I3YA 2RM6A 2IPAA 1THOA 5J9CA 1O8WA 4O7HA 3SBCA 4BVYA 2E2MA 2X8HA 3GIXA 3LXZA 3P2AA 5IMDA 5DAKA 1S3AA 2WS2A 4GQFA 2R5GA 3O76A 1GL8A 5JCGA 1A8YA 1GUKA 4FIWA 3RAZA 2CAIA 3QR6A 2L5LA 2AB6A 1V2AA 3U6VA 1GP1A 2WB9A 4KUNA 3IK7A 3I6AA 2CT6A 4KCAA 3F6FA 2OE3A 4AJ7A 2IMIA 4XIHA 1PL1A 3VWVA 1SK1A 2WULA 3ZMKA 3FR6A 4Q5NA 1YEXA 2DJKA 2HRNA 5CYYA 2PBJA 2DMMA 2M46A 2LRCA 3GKNA 2PPTA 3EVIA 2H6XA 3ZTLA 2CX4A 3GHAA 2XBQA 3L9VA 1DSBA 1PMTA 3DVWA 2XHFA 3UEMA 1WOUA 4KE3A 1ML6A 2ON7A 2CVKA 2H19A 4MPFA 5D9TA 3KGKA 2PMTA 5H5RA 3TB2A 2B1KA 4JBBA 1MD4A 1KEBA 1NSWA 2JL4A 3VFIA 2R3XA 2YV9A 2C0DA 1PKZA 4OFMA 4MMMA 5HR2A 1AUCA 4BL7A 4IVFA 1CQGA 20GSA 2F9SA 1G6WA 4POMA 5LD0A 3UOMA 2GSQA 1PX6A 4EKZA 4LLRA 3RHBA 3EU4A 2YJHA 2LUSA 4WBRD 3RPPA 2VCWA 3M8NA 4GTUA 2YZHA 1EEJA 1DE1A 2DC5A 5KN2A 4O32A 3HD5A 4K2DA 3FEUA 2D2ZA 4X43A 1SKWB 4OO4A 2BMXA 3TCOA 1XW5A 2R6KA 4NWYA 3FYGA 3IV4A 1Z6MA 1EWXA 2DIZA 2OACA 1ZYEA 1O7UA 1AXDA 3W6GA 5C04A 3HHVA 1NM3A 2FWHA 1HYUA 3L0HA 3VPQA 4TRXA 4BVXB 2H73A 3KEBA 2FWFA 1BYEA 2GLRA 3A2XA 4FQUA 4CW9A 5KEJA 1JZRA 3TRPA 4LMWA 4IP1A 2H1AA 3F3RA 2N5AA 4HJMA 4MH2A 3KXOA 3HJPA 1AC1A 5DVBA 3UBLA 1EOHA 1XVQA 2OJLA 4BWQA 1J0FA 1T7PB 3E3EA 5DALA 2B1LA 2HFDA 3IXRA 5FHIA 4DSSA 3EWLA 3IBHA 5JCUA 4KA0A 1Y6EA 5COHA 2X8CA 2X8GA 4OCEA 3GKKA 2RM5A 3H79A 4JR4A 4HU9A 2R37A 3ZL5A 1Z3EA 1WWJA 3ERWA 1GTBA 2HRKB 4HS1A 3PPUA 2N5FA 3ZZXA 3UBKA 4TR1A 5A4UA 1YZXA 4IELA 1OYJA 1FB6A 3G7YA 4USSA 1A8LA 3M0FA 4K9ZA 1A24A 5KN3A 2YN1A 2OE0A 1OKTA 2F3MA 5J5NA 3DXBA 3D21A 4RQXA 3DMLA 4L8EA 1B9YC 1SJZA 4CHSA 4ZL8A 2OA7A 1ZCPA 4RI6A 1TK5B 1F3BA 2YZUA 2QGVA 1YJ6A 1QMVA 3D6IA 3O6TA 2IMDA 1BEDA 2F8FA 4KB3A 2DJ0A 2HSHA 3O3TA 1VF3A 4MJCA 5J9BA 4GSNA 3FK8A 2L6CA 1K3YA 1GSYA 5ECQB 1M0UA 2VCVA 3LYKA 3GSTA 2H8LA 3ZITA 4V1Ag 5E59A 4FYUA 4ML6A 5B8BA 2YNXA 2LJRA 4ECJA 3I69A 4KSOA 1OC9A 5CRGA 5B6NA 1FOVA 1Z6NA 1Z5YE 3WGXA 3C8EA 4ID0A 1EP8A 5AIXA 1TK8B 4FYBA 1GTAA 3BBYA 3U5RE 3GN3A 4H86A 1K0CA 1TRVA 2GSRA 2JZRA 5EVOA 4WEYA 3IC8A 1XCCA 3VI5A 2B5XA 3V1WA 1OAZA 3FHKA 3DKSA 1TK0B 3H1NA 5G5FA 4JR6A 5ECSA 1TRUA 4G9HA 4GSSA 1XZOA 4EDZA 1TU8A 3GSSA 1VGLA 1SD9A 4G19A 3L9SA 2PN8A 2VLTA 1M2DA 4GQCA 2LSTA 3IA1A 1T4YA 3F4RA 2MMOA 3M3MA 1OE7A 5G31A 3PR8A 2H0IA 1C72A 1G6YA 3QCPA 4EC0A 4ZB9A 1EEMA 3P90A 3EYTA 4FH8A 2HYXA 2AJQB 2B3SA 3BOAA 2A2SA 1V57A 3NIVA 3KP8A 4MJBA 3GYKA 3KM6A 3EMXA 3OR5A 4EVMA 2HQTA 3ZLPA 1R7HA 5ENUA 3KH9A 4Q5RA 1JHBA 4IS0A 1Z9HA 4RQRA 3ZYWA 4DSQA 2YCDA 2GQLA 4EUYA 3QAVA 4IP6A 1GSFA 3IE3A 3KP9A 4TVEA 4GF0A 3VLNA 1UN2A 4MF7A 4BVYB 1O81A 6GSWA 3L4NA 5GAND 1X5EA 5DAKB 3J7Yb 1VF4A 4RUVA 4TR4A 5G1LA 3LEFA 3MAKA 2VCZA 3HJMA 5E4WA 2XBIA 2OBIA 2HXKA 6GSXA 2FNOA 2OBKA 4K1FA 2GZZA 2X99A 2OE1A 1T4ZA 3KJYA 3TKSE 1F3AA 4MPGA 4N11A 2XPEA 1DUGA 2ZNMA 2VLVA 2JZSA 2FLSA 2CAQA 4P3YB 4K8MA 3IHQA 5ECLB 4MF6A 4ZBDA 2P5RA 2FHEA 4AF2A 1BQ7A 2IMEA 2H66A 2PUKC 1M2AA 3Q19A 4F82A 3ZREA 4MH3A 2LRTA 3HVVA 2O85A 2WJUA 3QD9A 5BMUA 2YPMA 3ERFA 4X0XA 3KTBA 3WGDA 4V2LA 1FVKA 2YJ7A 14GSA 1WIKA 1KBNA 1K0NA 3GMFA 1VF1A 3C1SA 4K7OA 5IPGA 5ECHB 5AN1A 2CZ3A 4GXZA 1ILOA 2J23A 2C3NA 1R5PA 1EZKA 3WT2A 1WPIA 3M1GA 1B48A 5ELGA 1SD8A 1MTCA 4PQ1A 5IIZA 2NVLA 4TN8A 2B7JA 3GFKA 3LSZA 3J7Yk 1PRXA 4WR5A 5D9XA 3TKQA 1HNAA 4IKHA 1OVNA 3CBUA 4OFTA 5ELAA 1PKWA 4NV2A 1ZL9A 3QAGA 2H0HA 6GSUA 2LV3A 4PX1A 1PA3A 1PL2A 4D73A 5ECMB 3VK9A 3NZNA 3CTGA 2K18A 3TJKA 4EF0A 3MNGA 5DQSA 3QAWA 4ECCA 3CRTA 2DSAA 2QC7A 2WDUA 1N8JA 1T00A 4J56E 3GNJA 4GSTA 1GNEA 2CV4A 2CX3A 3SWLA 2ON5A 2HZEA 1Z7PA 3H8QA 5DALB 3TOUA 4WXTA 1XIYA 5G2ZA 3FRCA 3DVXA 4ZL9A 1TOFA 1EV9A 1YKCA 4L0WA 2RUEA 1EV4A 2YV7A 1B8XA 4KCEA 1J08A 1PN9A 3CMIA 4TR1B 2EC4A 2LQOA 4ZIJA 2CQ9A 2NPBA 1X9SB 3GH6A 4XS6A 2HI7A 4PUAA 5IMFA 2TIRA 2CA8A 4IQ1A 4XCSA 2KOKA 5ABRA 4BWSA 1T8EB 4Q5FA 2H75A 2CVDA 2FD3A 1E2YA 1GSEA 5AGYA 3F6DA 3A2WA 2ES7A 2B7KA 2GS3A 1A2LA 2RIIA 3HVXA 3IAS2 2IN3A 5D9VA 2RLIA 4L5OA 2O89A 1F6MC 1JLWA 4HZ4A 3UL3A 5IOWA 2HRFA 5HFKA 4LL4B 4K7NA 2HNLA 2VO4A 1TU7A 3UARA 2F51A 4ECIA 3ISOA 3GV1A 1HD2A 5G1KA 2KUCA 2H01A 4JEDA 1BAYA 4NAXA 3BCIA 2H74A 2LJKA 4POKA 4G0KA 2AAWA 2P0GA 3FZAA 3ME7A 5CRDA 4OMVA 3GRXA 18GSA 2CZ2A 3EURA 1XWGA 2K8VA 2VCTA 2H6YA 4YQUA 5F07A 11GSA 1GWCA 2JADA 3RBTA 2L4CA 2PU9C 3APSA 1OC9B 2E2GA 1ON4A 4I97A 1XOAA 5B8AA 3ZIVA 2OKAA 3WGEA 3ZFBA 2A2RA 1PSQA 4WF4A 3VWWA 3F4TA 2GDRA 1LJRA 1ZOFA 19GSA 4PUFC 4HDEA 1HQOA 3QPMA 5DJMA 5H5SA 4KH7A 4E8HA 3HXSA 1TW9A 3HA9A 3IPZA 3LFLA 4NV5A 4TXVA 2FCHA 3QDNA 4XS4B 2H72A 4TR3A 2I81A 1JFUA 4AGSA 3CRUA 1K3OA 1PD21 1MDIA 3GKXA 2VM2A 5DQYA 1O73A 2R2JA 3D4MA 2YWMA 5C00A 4E8EA 2IWTA 2IMFA 3GUSA 5IMAA 2RUFA 3PH9A 5LCZA 1ACVA 5AIVA 1EGOA 2K8SA 1W4VA 3DEXA 4NPBA 2MMZA 4QL9A 1G0TA 5KN1A 4PXOA 5G30A 3ZVJD 3KIJA 4DEJA 3GTUA 4J2FA 4IJ3A 3LYPA 2OADA 4MA9A 4TR0A 1A2MA 5IQYA 7GSSA 4MDCA 5ID2A 4G0IA 2VAFA 1MDKA 4V1Ap 4ML1A 1XOBA 5ECIB 1XVWA 3HZ4A 1SENA 5AISA 2I4AA 1GSDA 1XBSA 1O8XA 1DBYA 3FZ5A 1TI3A 2B6MA 5IMVA 1GNWA 1U3IA 3GL3A 1S3DA 1AAZA 4HEA2 5F06A 2VCQA 1QK8A 2P5QA 2FWEA 2WZ9A 2YWNA 2H6ZA 4XRAA 3CSJA 2WRTA 4GRFA 2C3TA 3F4SA 1Q4JA 1SK2A 1GLPA 5GSSA 1LU4A 5KN0A 1MEKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4PURA

Total Genus

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Chain Sequence

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