4PX1 | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	SMVKMYGNWRSAAAFRVRIALNLKGIAYEEVFLDLDAGDQHKPDFLAINPQGAVPALFDGDGPPLTQSLAILDYLEETRTGVPLLPEEPRARARARSLAQVVACDTHPLYVPRVRTFLMENYGLPRERMLEFLRNAFITGLKTLETRLSNEAGTGRFCQGDAVSHADLCLISLWVGTGIFGIDTAAYPTVKRISEEVLALDAVARAHPLRQPGAPAS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1478254438498463__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1478254438498463__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4PX1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1478254438498463__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1478254438498463","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4PX1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1478254438498463__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0096ea1bf47761a705977b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0096ea1bf47761a705977b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0096ea1bf47761a705977b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0096ea1bf47761a705977b/pdb.gz): 310 ms

reading 217 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

217 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 32 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:216});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Methylobacterium extorquens
publication title	Crystal structure of glutathione s-transferase zeta from methylobacterium extorquens (TARGET EFI-507068) rcsb
molecule keywords	Maleylacetoacetate isomerase (Glutathione S-transferase)
total genus	75
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2014-03-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4px1A02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4px1A01

3IDVA 2LNTA 1SENA 2PVQA 3EE2A 3GL3A 2M46A 1ILOA 2VLVA 3TUEA 3J7Yb 1B4PA 1SYRA 3L9SA 3W6GA 2L4CA 1K0NA 5AN1A 2FWGA 5COHA 2RM5A 4XIHA 1OE8A 1JZDA 3H1NA 2F8AA 3FR6A 3WD6A 2OE1A 1XWAA 4HU9A 1EV9A 6GSSA 1OKTA 3UJ1A 3QDNA 4OCEA 2I4AA 1PX7A 6GSWA 3LQ7A 1YKCA 3M9KA 3FY7A 3MAKA 2HZFA 5C04A 2Z9SA 1OE7A 2B7JA 2QSIA 1O73A 3LYKA 1N2AA 4ZB9A 1SK2A 4TRXA 1F37A 1F3AA 2CA8A 5ECRB 5CREA 3C7MA 1X9WB 3HY2A 1GTBA 3KH7A 4FYUA 2D2ZA 2LJAA 1FAAA 1YEPA 5EL8A 5ID2B 1RK4A 3QPMA 2CT6A 2PERA 1F3BA 4F82A 2H8LA 4K7IA 5IMZA 2YZUA 4TR0A 1SJIA 2FWHA 2IPAA 3GX0A 3V1WA 2VOCA 2DJ3A 2PUKC 1WE0A 2VLUA 1AW9A 4POBA 4RQRA 2MBSA 4DEJA 5KN3A 1OC3A 1M2BA 5GSTA 1MDKA 1XWGA 4G0KA 3Q18A 1O6JA 1J0FA 5G5FA 3CMIA 5H5QA 3S9FA 2AJQB 1TRSA 4TR1B 5ECMB 4CHSA 3RBTA 4WR5A 5E4WA 5D96A 4IVFA 4Z7XA 5IOWA 1GNWA 1XW5A 3KP8A 3PPUA 2R4VA 2IFQB 3DGQA 2VM1A 4MMMA 1TK8B 5AGYA 1THOA 3GUSA 2CVBA 2LRNA 1XW6A 2DC5A 3P8WA 1TI3A 3VPTA 3DMLA 2RLIA 1JZWA 1GRXA 1X5EA 2GT5A 1RW1A 3MDKA 2GSSA 2YCDA 4MK3A 1XXUA 4XS1A 12GSA 3ZREA 3FZAA 5KEJA 2YWNA 1QUWA 1WOUA 3FR3A 2OJLA 3ZLPA 4N11A 2YJHA 5ECPB 4K2DA 4TR4A 2H30A 3AY8A 1TDIA 3R3EA 3ISOA 3US3A 3IR4A 5LNKe 2H71A 1EV4A 3TJKA 1BJXA 2DLXA 5JWRB 1FB0A 1PRXA 2NTOA 5G30A 3ZFBA 4TVEA 1WWJA 4H86A 5HR1A 1GH2A 3LXZA 4ECJA 5IPHA 4WBJA 2YN1A 2O85A 5GSSA 3SWLA 3ED3A 2V32A 4OFMA 1V98A 1THXA 2DIZA 4G0IA 2XHFA 5G2ZA 4D73B 3KTLA 1DBYA 2VD0A 5JCUA 5HQPA 1U6TA 3QAVA 4Q5RA 2DBCA 4DSSB 5J9BA 4IP6A 4HUAA 3MWHA 4ZB6A 1GSSA 4KA0A 3IAM2 1KEBA 4BVYA 1ON4A 1Q4JA 3HZ4A 4K7NA 4X43A 3HCZA 4RI7A 2O7KA 5IMDA 1QGVA 1ERUA 2K6VA 5CRDA 2L5LA 2WRTA 1GUKA 4PURA 2GT6A 5DVBA 5LD0A 1PSQA 2C8UA 5DCGA 1K3YA 4HZ4A 3DD3A 1SKWB 3IXRA 4HOJA 3TKPA 3ZYWA 1FG4A 2MMAA 2YNXA 1K3OA 3IV4A 5A5KA 1DE2A 4JU5A 2LJRA 1TRVA 1Y6EA 5C00A 5AIXA 2V41A 2OE3A 3RPNA 1S3DA 2YANA 1XVQA 5ECQB 2K8SA 2PU9C 1YJ6A 2PPTA 3L0HA 3CRUA 1IYHA 1HYUA 1FB6A 5DCHA 2ALBA 3CXGA 3TCOA 1XCCA 1AIUA 3DEXA 4K1FA 1HNCA 2C0EA 1WMJA 1XIYA 2HSHA 5D9XA 3G7JA 1V9WA 3EU3A 3CYNA 4JEDA 3VPQA 1Z6MA 1PL2A 4KH7A 2NPBA 2R5GA 4N30A 4I8BA 2H73A 2HZEA 4LMVA 2WS2A 1Z3EA 5IO2A 2H6XA 3I9V2 2CX4A 3GRXA 5CO3A 3DVXA 3ERWA 2XPDA 1VF2A 2B7KA 1M0UA 3G7YA 1SL1B 2C3QA 3FRCA 3GKMA 5DBQA 1XOAA 4MH2A 2H1GA 1BX9A 3HD5A 1UA5A 2I81A 4YAVA 3KMOA 5IMFA 1MD4A 1K3LA 3WGDA 4QL9A 4ZBBA 3CTFA 1G6WA 4WBRD 2OACA 4P3YB 4FYBA 1EP7A 2F51A 4LL1B 1K0BA 4O7HA 3E9JB 4KDYA 5ECKB 2LJKA 2V2GA 2HLSA 3GMFA 3IPZA 4HI7A 2NDOA 1B9YC 2LQQA 4ID0A 3RPPA 1XWKA 5E59A 1TK5B 2L6DA 4GRFA 4JE1A 1GNEA 2OE0A 4MZWA 3C71A 4BL7B 4FIWA 2H0IA 1J9BA 1T4ZA 4NV5A 2G2QA 4ZIJA 4PUAA 1K0CA 2VCQA 3GHAA 2O8VB 1GSEA 3VWUA 3I6AA 4GXZA 3D4MA 1GSDA 1NSWA 1OC8A 1EGOA 3NOFA 4K8MA 3E3EA 4KNDA 2FNOA 1ST9A 2H75A 4ULXA 4KAEA 2C3NA 3HDCA 2R37A 1Y25A 2YZHA 4TW5A 2R2JA 2H1BA 1R4WA 1EEJA 2HE3A 3C1SA 1SK1A 3KEBA 3TJFA 3RHBA 4MH3A 2OKAA 5ECHB 3VWVA 4OCFA 6GSUA 1EEMA 4TN8A 1TP9A 3GKXA 4OWYA 3N5OA 1XVWA 4ZL8A 4AGSA 2HSMA 1WRYA 2RM6A 3K8NA 3P2AA 3Q19A 2GLRA 1JZOA 2V6OA 3HYPA 2HSYA 1TTZA 4IQ1A 5F06A 4ISDA 3QFBC 3TJBA 1PX6A 1TU8A 5G5EA 1NHYA 2XBQA 3VLNA 4QQ7A 1H75A 3ME7A 2FUG2 4I2TA 4OMVA 3D4TA 2YP6A 5AIVA 4GTUA 1WIKA 2ES7A 2GQKA 5F8BA 3C73A 1PMTA 4LA1A 2GZYA 2GSTA 3GX8A 4EDYA 1B4QA 4HEA2 2A4VA 3QOUA 5F0GA 2BTOT 1HD2A 3HVVA 5GAPD 1K0DA 1MEKA 4MZCA 3KCMA 1PKZA 4EUYA 3TOUA 3GSSA 4XRAA 4OO5A 1EP8A 1OAZA 2GDRA 2CX3A 4KW6A 5DAKA 2LS5A 5G1KA 5H5RA 1A23A 3L9UA 3CSHA 4KF9A 2MMOA 1SL0B 2HSNB 3CSJA 2FCHA 3D6IA 4KB3A 3TGZA 3C1RA 3PGTA 5H5SA 2K18A 4MPFA 3ZMKA 3SBCA 3I43A 4GF0A 4FQUA 3TKQA 2HXKA 2ON7A 5CYYA 1V2AA 1E2YA 2TRCP 5HR0A 1Z9HA 5DJLA 1GTAA 3ZTLA 1BQ7A 4L5OA 5CRGA 3LSZA 2CVKA 2P5RA 2VL3A 2MMZA 3EC3A 4F9ZA 2RUEA 3IBHA 3Q6OA 3N9JA 3O6TA 3F4RA 1F2EA 2CAQA 5DALA 5ECLB 4ML6A 1TRWA 1EWXA 2VIMA 2O89A 2L6CA 2VCWA 4K0NA 3PH9A 3TRQA 1ZMAA 1QFNA 2ZNMA 3GFKA 4XCSA 4YH2A 4FYCA 2H1AA 3LXTA 3IAS2 4GSNA 4Q5QA 4EE0A 2AHEA 3IK7A 4KUNA 3IE3A 3UBKA 1V58A 2H72A 1W4VA 1FO5A 2HRKA 4G0LA 5IOXA 3VURA 4EF0A 1M99A 4TOPA 5A4UA 2VD1A 1W89A 2V1MA 3L4NA 4K9ZA 4ML1A 1LJRA 3APSA 3DKSA 4IELA 2N5FA 3BCIA 5IM9A 3NIVA 4L0WA 1A0FA 4G2EA 3EURA 3GN3A 4L8EA 5FT3A 2FY6A 4TXOA 2PWJA 1USBA 5F05A 1AQXA 3LGCA 1K0AA 2GSRA 2KOKA 1GP1A 5AISA 2H74A 3G7IA 1TOFA 2DJ0A 4ZBAA 1CQGA 3UBLA 1A8LA 1H4OA 1BAYA 3VWWA 1PGTA 3ERFA 1ZGNA 4O92A 1GL8A 1AQVA 4YAPA 1O8XA 2HRAA 4TR3A 2LTKA 5F07A 3GH6A 5DQYA 1N8JA 1ZCPA 3KJYA 2HZEB 1AXDA 5IMVA 2LRCA 3KD0A 3G9BA 1TK0B 4GCIA 4PQIA 2I9HA 4EC0A 3GH9A 4J56E 3EU4A 3IK9A 1DUGA 2WJUA 1K0MA 1KNGA 6GSTA 6GSYA 3UAPA 2EIRA 4MF6A 1SD9A 4G19A 1A8YA 1U3IA 1GSYA 3DYRA 3W8JA 4POLA 3RHCA 4MABA 1PQNA 2G0FA 3GURA 3VK9A 2QC7A 4CDOA 5IIZA 4WR4A 1JLVA 4PTSA 3WYWA 1GSQA 1WJKA 2IMDA 3E0UA 1VF1A 3HZ8A 5B7CA 3EVIA 3KZQA 2EIQA 3U5RE 2ON5A 2X99A 3UARA 3QCPA 4MLYA 1XFLA 2B5XA 3GYKA 3M3MA 4KCEA 1AC1A 1OYJA 3C8EA 3WT1A 4BPYA 4LL4B 4EO3A 3L9VA 4NAXA 4LLRA 6GSXA 2X8HA 3QMXA 4IKHA 4ZILA 1MD3A 3ZZXA 4ZL9A 1XBSA 3EMPA 3IA1A 3ZIJA 2WB9A 4GSTA 1SKRB 2C80A 2J23A 2FA4A 5ECOB 4POMA 4TR1A 1X0RA 6GSVA 3GKKA 2R6KA 5D9TA 3A2XA 1Z7PA 4FO5A 2DSAA 1PKWA 2RUFA 3TB2A 4XS4A 3F3RA 4ECBA 4GQCA 3UL3A 3F4SA 2L59A 11GSA 3EYTA 2LKUA 4KDUA 4X0XA 3QAWA 1T00A 3Q74A 4AJ8A 2HRFA 4XHMA 1AAZA 5IO0A 3UVTA 4HS1A 3GTUB 4V2LA 3EMXA 2DMLA 4MZBA 2GTUA 3PINA 1YEXA 3APOA 3D5JA 2BMXA 3KP9A 4JBBA 2X64A 1K0OA 5G31A 4AJ6A 4IHUA 1VGLA 1GSUA 2H1DA 3FEUA 14GSA 3ZVJA 1SD8A 5CAXA 2LQOA 1G0TA 4NHZA 1S3AA 2DIYA 2LEGA 4BVXA 1M7TA 2GQMA 2B3SA 22GSA 2E2GA 2X8GA 2MZCA 3TJJA 2WDUA 13GSA 3HXSA 1UC7A 2YV7A 4PGTA 1LBKA 2B5YA 4I97A 1O81A 3GNJA 4POKA 1F9MA 3FW2A 1FVKA 1TRUA 3DRNA 1ZYQB 4MJEA 3LWAA 2ZUPA 3FK8A 4D73A 4EXJA 3F4TA 4OO4A 5GZZB 4QL7A 1GUHA 3TKSC 1A2LA 2HRNA 3CRTA 3GIXA 4ZXGA 4DSSA 1HQOA 2DJKA 1OC9A 2JZRA 4IJIA 1ZL9A 4N0ZA 3HHVA 1T3BA 2FA8A 2MYGA 2VAFA 2L4QA 3F63A 3FR9A 4O32A 3W8SA 4JRRA 1JLWA 3IRAA 4J57E 2FWEA 4MJAA 5ELGA 3D21A 4L5LA 2OBIA 2WGRA 1IYIA 3BD2A 2LRTA 1EOHA 5D8IA 1EOGA 1SKSB 2WFCA 5IQYA 3DWVA 3UIWA 2VL9A 3HKRA 1TJDA 2E7PA 1YY7A 1A24A 4NHWA 17GSA 3BJ5A 4I5QA 1SU9A 4IP1A 1E6BA 3F6DA 4JZQA 4HQSA 3KM6A 2JZSA 3A2WA 1M2AA 1G6YA 3KH9A 5KN1A 3TJGA 4JR6A 1LU4A 1T1VA 2HYXA 4DSRA 1GLPA 2V6KA 1SJZA 4WF4A 2DJ1A 1SK0A 4ZL7A 4LMWA 2VCTA 3H4KA 4TXOB 5IMAA 2JACA 4HZ2A 1ERWA 3DVWA 5ABRA 1UN2A 2A2RA 2VUPA 2P31A 5ECNB 5HFIA 5IPGA 4NWYA 3M1GA 1YF1A 2NVLA 3F3QA 1ZYEA 2CV4A 2L57A 2CVDA 5GAND 4HJ2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4PX1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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