5A4U | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	211
structure length	211
Chain Sequence	AGIKVFGHPASIATRRVLIALHEKNLDFELVHVELKDGEHKKEPFLSRNPFGQVPAFEDGDLKLFESRAITQYIAHRYENQGTNLLQTDSKNISQYAIMAIGMQVEDHQFDPVASKLAFEQIFKSIYGLTTDEAVVAEEEAKLAKVLDVYEARLKEFKYLAGETFTLTDLHHIPAIQYLLGTPTKKLFTERPRVNEWVAEITKRPASEKVQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__301783366378276__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__301783366378276__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5A4U/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__301783366378276__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"301783366378276","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5A4U/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__301783366378276__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01429df46574b869c1c5fc/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01429df46574b869c1c5fc/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01429df46574b869c1c5fc/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01429df46574b869c1c5fc/pdb.gz): 405 ms

reading 211 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

211 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:210});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Arabidopsis thaliana
publication title	Structural evidence for Arabidopsis glutathione transferase AtGSTF2 functioning as a transporter of small organic ligands. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE F2
total genus	84
structure length	211
sequence length	211
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2015-06-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	5a4uA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	5a4uA01

1J0FA 5BMUA 1EP7A 2RM6A 4ECIA 4NHZA 2B1LA 13GSA 1WOUA 4BPYA 4EO3A 12GSA 1VF4A 2HZEB 3KD0A 4WETA 1GSQA 1DUGA 5GZZB 1ILOA 3LEFA 4YQMA 4AJ6A 2HQTA 2P0GA 1AW9A 1TI1A 5D9TA 2JZSA 2H0GA 3RDWA 2X8GA 1B8XA 2HFDA 4ZXGA 1AXDA 2VM1A 1TU8A 4N11A 2HRFA 2F8FA 2I9HA 3CMIA 4I2TA 3M3MA 4L8EA 2KUCA 5GSSA 1T3BA 4EF0A 3N9JA 2L57A 3BOAA 3C7MA 1S3AA 5AISA 4NAXA 1N8JA 2PVOC 5DQYA 4DSSB 2HSNB 1FB6A 4MJCA 1ZYQB 3AY8A 1M9AA 4XS4B 2PVQA 5CRGA 1HQOA 1Y25A 2QGVA 3D21A 4PXOA 4KUNA 3ZZXA 3HVSA 2UZ8A 3G7IA 4LA1A 2VM2A 4TXVA 4KW6A 4GCIA 1AQXA 3L9UA 1ST9A 3UMAA 3HHVA 1A8LA 1QUWA 3IBHA 3OR5A 3GL5A 2MMAA 3QPMA 4RUVA 1PL2A 2X99A 3DXBA 3HCZA 3SBCA 3QD9A 2C0GA 4WBRD 22GSA 3G7YA 2XPEA 3APSA 4FYUA 3EE2A 1ON4A 1DSBA 1O8XA 1PL1A 4IW9A 3VI5A 2H73A 1R5AA 2RM5A 5ECQB 1EZKA 2LJKA 1GULA 4K9ZA 3ERFA 1TDIA 3O3TA 5E4WA 4IELA 2GSTA 2P5QA 2TIRA 5ECLB 2QKEA 4ZL7A 3A2VA 5CRHA 4TVEA 5DBQA 2GSRA 3LXZA 4V2MA 4HQZA 1G6WA 3JCML 2DJ3A 3GKNA 3MWHA 3TB2A 3ED3A 5COHA 4F82A 1V2AA 2PU9C 2AAWA 2K8SA 2OA7A 3KP9A 2VCXA 3TUEA 10GSA 1GL8A 1JZWA 3J7Yk 4K6XA 2GS3A 4BVXB 1QXHA 1YKCA 2IPAA 2PWJA 1FG4A 1VF3A 5ECNB 2OE1A 1XVWA 3WD6A 1M7TA 2C3TA 1OVNA 3L4NA 3VPQA 2VCQA 2LRTA 4MF6A 1RW1A 3IAS2 1M9BA 1J08A 2B1KA 6GSYA 2LJAA 1S3CA 4PUFC 3F4SA 1Z6MA 2JADA 2HSMA 1F9MA 5LD0A 3FK8A 5DCGA 1T4YA 3GSTA 2FWHA 1MDIA 1B4QA 1ZCPA 3TGZA 2H66A 3A2WA 2HSYA 1AQWA 4XIHA 2H71A 4V1Ag 4NWYA 1XFLA 2RLIA 6GSSA 4QQ7A 2IMFA 5IMDA 1U3IA 2IFQA 2LQOA 4XS6A 4K7IA 1ZOFA 1SYXA 2HRNA 3O6TA 2E2MA 2YN1A 3NIVA 4LMVA 1M2AA 5EPFA 1KBNA 1EEJA 1GTUA 5CYYA 3FZ5A 4FIWA 4TR1B 2VD1A 1NHOA 3ZMKA 4DSQA 3LFLA 2L59A 4AJ7A 2GVPA 5DVBA 1HNCA 2HNLA 2V2GA 1XWKA 1V9WA 1FAAA 5JWQB 2GLRA 2VAFA 4HOJA 2N5FA 4KF9A 5FHIA 3EC3A 5IMVA 1SK1A 2CX4A 3CSJA 2DIYA 3EVIA 1KNGA 2H76A 4BWSA 4KCEA 3EWLA 5ID2A 1CQGA 1XVQA 3EU3A 3KTLA 4RI7A 1YF1A 4ECCA 1O85A 3F9UA 2OJLA 1XIYA 2VL2C 4K8MA 1IYIA 4WBJA 5H5SA 5AN1A 3NZNA 3TKSC 5FWGA 5A4WA 1YZXA 1PGTA 2CVDA 4MZBA 4HJ2A 3TJFA 5D9VA 4MLYA 4BL7A 4F9ZA 3TJBA 1TU7A 3IRAA 2VL9A 2OBKA 1V40A 3F0IA 4HDEA 3HVXA 1AAZA 3CBUA 1GTBA 4HU9A 1GSDA 1X0RA 4K0GA 5C04A 4KSOA 2H6ZA 3HJMA 2DJJA 1SD9A 2YPMA 2B5YA 3TCOA 3QFAC 2GDRA 1FO5A 1EV4A 1PD21 4OMVA 2IIYA 1FB0A 3IV4A 2MBTA 4ECJA 4DVCA 3UAPA 4POBA 1XW9A 1K3YA 1QFNA 5KN0A 2YJ7A 4I2UA 4IS0A 2X8CA 2B5EA 5IO0A 2C0EA 4GXZA 2E0QA 4PURA 2TRXA 1H4OA 1V57A 2YJHA 4AJ8A 3U5RE 5IO2A 4RQRA 4PNGA 2DMMA 3FZ4A 3ERWA 2QC7A 1VF2A 4PQIA 4PNFA 2PGTA 4F03A 4DSRA 3LQ7A 3W6GA 3UEMA 4MDCA 2FA8A 1NM3A 3S9FA 2OACA 2L4CA 1TI3A 3GHAA 3CRUA 4F0BA 5ELAA 1ACVA 2DBCA 3M9JA 4JR4A 4POMA 5F8BA 5A4VA 1V98A 5ABRA 3H8QA 4KGIA 2LS5A 2K8VA 3V1WA 1ZYEA 2YZUA 5HR3A 19GSA 3HDCA 4RQXA 1K0OA 2CAQA 2V32A 2PBJA 3FKFA 3IHQA 4Q5FA 5DJMA 4ZILA 2VLTA 4GSTA 2VL2A 2FY6A 2MYGA 4F2IA 4AF2A 7GSSA 3HJPA 1FW1A 4POKA 3VWWA 2FWFA 2AHEA 1T7PB 2N5AA 3TKSA 4HJMA 1TRUA 1A2MA 2E2GA 2VIMA 4O5RA 4PUAA 1O7UA 4D73A 4HZ2A 3ME7A 3NOFA 5J5NA 3HZ4A 5H5RA 2H0HA 1M0UA 5HR0A 2R4VA 4OCFA 1U87A 3RPNA 3GUSA 18GSA 1B9XC 3I43A 2VUPA 3QFBC 3TOUA 4IBPA 6GSTA 4GSSA 4N0ZA 1E6BA 2LNSA 3O76A 5ECSA 3KH7A 2HSMB 1SJZA 5B6NA 4EVMA 3TRXA 14GSA 3A2XA 2KLXA 1B9YC 1SK0A 3GA4A 3TRQA 2C3QA 3DD3A 2FHEA 2IWTA 3ZMLA 2EIOA 3FEUA 2LKUA 4HEA2 1F37A 1A2JA 3M1GA 1PA3A 3HD5A 2DJ0A 2GQLA 1JLVA 3D4TA 3MNGA 3F4RA 5C00A 3VLNA 3GIXA 3TKSE 3CTFA 2ALBA 4IP6A 2VCWA 2IFQB 4NV5A 4GQFA 5CP1A 1BX9A 3TKPA 4ULXA 1X5DA 4HS1A 3H4KA 5DQSA 4TKYA 4WR4A 4HUAA 4EL1A 3FRCA 4KDYA 4G9HA 2F8AA 3LWAA 3HVVA 3IE3A 1OE7A 3SWLA 3IK7A 5B7CA 3KTBA 3GN3A 1AC1A 3HKRA 4JR6A 2FWGA 3US3A 1E2YA 1A0FA 3TJJA 5CRWA 1IYHA 4MABA 4ML1A 2CZ2A 1X9MB 3P2AA 4K7OA 5G2ZA 4Q5RA 5AIXA 2FGXA 2V1MA 4MJAA 1RK4A 2GGTA 2V6OA 5EL8A 2MMNA 4TOPA 1THXA 1G7OA 1S3DA 1YQ1A 2DMLA 2EC4A 4P3YB 1TW9A 2O8VB 3TJKA 1O6JA 4MJEA 1H75A 4CDOA 5ID2B 2CVKA 1URMA 2FD3A 2IMDA 4HQSA 2PMTA 4IQ1A 1HNBA 3ZYWA 2VCZA 1OE8A 1JZDA 2A2RA 4TRXA 2WJUA 2HYXA 3FR6A 4ECBA 5G1KA 1TRSA 4YQVA 4ZL8A 2ES7A 1VGLA 4V1Ap 2H30A 1R4WA 1AUCA 3KXOA 5J3RA 3ZVJD 1QK8A 4BL7B 2B7KA 1ERVA 2NPBA 4KB3A 4POLA 2C0FA 3BBYA 2H0IA 1TP9A 1ZL9A 2LEGA 4BWQA 3ERGA 4PTSA 4TN8A 2LV3A 2L5LA 3TJGA 2OKAA 4IJIA 1I5GA 3CYNA 2C1YA 4KDXA 1XW5A 5F05A 2ZNMA 5HFKA 2ON5A 2XBIA 3BCIA 4N10A 17GSA 4QL7A 3L78A 2H6XA 3GH9A 5KN2A 1BJXA 1GWCA 1YJ6A 4NHWA 1JLWA 1X5EA 3KEBA 4XTSA 2NVLA 2IMEA 3DRNA 2MMZA 4MPGA 2RUEA 4YH2A 2KOKA 1U3AA 5ECHB 3D6IA 3APOA 2VOCA 3WT2A 2K9FA 2XC2A 1U88A 3C73A 3DKSA 4WKWA 1USBA 2M80A 1Z7RA 2EIQA 3ZIVA 3L0HA 2GSQA 1JZRA 1K0CA 3KIJA 4OD7A 2MBSA 3GV1A 16GSA 4LL4B 3U6VA 1BAYA 3RHCA 2X64A 4GWRA 5D73A 2HXKA 6GSXA 1O81A 3LG6A 4KNDA 3VFIA 3GKKA 1OC9A 4H86A 3C1SA 2LTKA 4KSMA 2GQMA 5LNKe 4GLTA 3Q6OA 1Y6EA 2LRNA 2DJ1A 5CAXA 4IP1A 2D2ZA 3GX0A 1SU9A 1OYJA 1F2EA 4I6XA 2H19A 5GAND 5D9WA 2C8UA 1XWGA 2G0FA 5ECPB 2YP6A 3E9JB 4EUYA 2FA4A 4OCEA 5F07A 5ECMB 2YWOA 4Q5QA 1V58A 3GTUB 2HT9A 2B6MA 4O32A 2REMA 4OFMA 1THOA 2IL3A 5JCGA 2EIRA 4OO5A 2O85A 1TTZA 4I5QA 1PX7A 20GSA 1T4ZA 4ML6A 11GSA 1F6MC 3EYTA 2Z9SA 1EEMA 2ON7A 3HY2A 1G6YA 3TKQA 4OWYA 2FWEA 3ZVJA 4D73B 2I1UA 3PPUA 3I6AA 5DALA 4OFTA 1R5PA 3D22A 4IJ3A 2H1GA 1MDJA 5D96A 4JRRA 3UBKA 5DJLA 1TK5B 2O7KA 2OADA 5JCWA 5B8BA 1BG5A 1CQHA 1XWCA 3EMXA 4NPBA 5KN1A 3F8UA 4G0KA 3L9SA 5IM9A 3MSZA 4IN0A 3Q19A 1DE2A 5J9CA 5J41A 4V2LA 5IOWA 5CO3A 4K1FA 4MZCA 4FH8A 1YEXA 2H70A 2HI7A 1O73A 2LQQA 3DVXA 2ZCTA 5E59A 4EC0A 2XHFA 1GUHA 2AB6A 2AYTA 4KX4A 3DYRA 4USSA 1SL1B 2RIIA 1WIKA 1TK8B 2CAIA 4EXJA 4ACSA 1UC7A 4YQUA 2C0DA 1FOVA 1SJ6A 4EDZA 1NSWA 4GF0A 3DMLA 4PGTA 3LSZA 1FVJA 4ISDA 3IXRA 2V6KA 3BCKA 1GUMA 2HSHA 2YWMA 3P7XA 1ERUA 3KGKA 5GAPD 1FVKA 3DEXA 3D5JA 1GP1A 3HJOA 3FYGA 2H1DA 2IMKA 3LORA 3GKMA 4HI7A 2JZTA 4ID0A 4MH3A 2HLSA 3HXSA 2WCIA 2C3NA 3KZQA 1ZMAA 1I9DA 4OFNA 2P5RA 4KCAA 2RUFA 4IVFA 4MH2A 1G7EA 2H6YA 2E7PA 4K2DA 1SK2A 2GZYA 5HFIA 2H8LA 1DE1A 4G10A 5AIVA 3CTGA 2OE3A 2KHPA 1A2LA 2O89A 5JWRB 1NW2A 1Z7PA 4FYCA 3FR3A 4MMMA 1OKTA 5J9BA 1GUKA 4MPFA 3M0FA 4GTUA 1YDKA 1M2BA 3LYKA 1J9BA 3H93A 3VURA 2DC5A 4LMWA 2KP2A 1WE0A 3RHBA 1OAZA 3H79A 2F3MA 2WZ9A 3I69A 3HZ8A 1SKSB 2HRKB 1A23A 4L5LA 5HR2A 2PPTA 1XBSA 4PQHA 3GMFA 5IOXA 4DEJA 3QAGA 1K0AA 4MCUA 4JE1A 4XRAA 3MAKA 6GSWA 4HZ4A 2KP1A 3GTUA 1MD3A 3QR6A 1XOBA 4ZB8A 4MF7A 1HD2A 4E8HA 1T00A 4F0CA 1N2AA 4PX1A 4G2EA 3W8JA 1EGOA 2M46A 2MMOA 1NHYA 5JCUA 4GQCA 1WJKA 1WRYA 1Z5YE 2BJXA 3FR9A 1SKWB 2VCTA 2L6CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5A4UA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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