5F0G | Genus

Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	212
structure length	207
Chain Sequence	MDFYYMPGGGGCRTVIMVAKALGLELNKKLLNTMEGEQLKPEFVKLNPQHTIPTLVDNGFSIWESRAIAVYLVEKYGKDDYLLPNDPKKRAVINQRLYFDMGTLYESFAKYYYPLPGSDEDLKRIETAFGFLDTFLEGQEYVAGDQLTVADIAILSTVSTFEVSEFDFSKYSNVSRWYDNAKKVTPGWDENWEGLMAMKALFDARKL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__202099264056587__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__202099264056587__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5F0G/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__202099264056587__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"202099264056587","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5F0G/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__202099264056587__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0108b4c144c5f425437c15/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0108b4c144c5f425437c15/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0108b4c144c5f425437c15/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0108b4c144c5f425437c15/pdb.gz): 270 ms

reading 207 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

207 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:206});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Drosophila melanogaster
publication title	Characterization of a Drosophila glutathione transferase involved in isothiocyanate detoxification. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione S-transferase D2
total genus	80
structure length	207
sequence length	212
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	2015-11-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00043	GST_C	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	5f0gA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	5f0gA01

1K3LA 3QCPA 2NVLA 3BCIA 3IR4A 5FHIA 2TIRA 4MPFA 1PRXA 2WB9A 1SKRB 4FO5A 1HQOA 3LWAA 1QGVA 3FR6A 1X0RA 3UBLA 4RI7A 5ECNB 2OA7A 1BX9A 2PU9C 5LCZA 1XOAA 2WGRA 4BVXA 5AN1A 4K7IA 1USBA 3C1RA 3D4MA 20GSA 3KEBA 1DSBA 3VI5A 2NPBA 1M0UA 2P0GA 2A2SA 1SKWB 2B7KA 1TJDA 2EC4A 3MNGA 3KTBA 2V41A 3IAM2 2HZFA 4IBPA 3QFAC 2C1YA 5DJLA 1RQMA 3R3EA 4GCIA 2J9HA 2CX3A 3KCMA 1AAZA 2V6OA 2YWNA 4O7HA 2R37A 5ABRA 2YWIA 3FHKA 4I2UA 4EE0A 1K0AA 2HSHA 1TRWA 1X5DA 5HR1A 1B4QA 3P90A 5ECSA 3ZFLA 1XVQA 1A8LA 1K0OA 1XFLA 1TI3A 1N2AA 1OE7A 3DXBA 3EVIA 1O8XA 1ILOA 2OACA 2DLXA 2CA8A 5FT3A 2H73A 1M9BA 1V98A 2C3TA 3DWVA 4KE3A 2L5OA 3G7IA 5D9WA 1SU9A 6GSSA 2ZNMA 1K3YA 4QQ7A 2M46A 3FZ9A 2LNSA 2CZ3A 1O81A 2E2MA 2LRNA 4YAVA 1AIUA 5D96A 1SENA 3GKNA 2ALBA 2GZZA 4L8EA 3CBUA 3GH9A 3GTUA 2FY6A 5F0GA 4EL1A 2GLRA 2C3QA 3VFIA 1TW9A 4LL4B 6GSVA 5GZZB 5B8BA 4JR4A 4ZBAA 3FZ5A 3L9VA 1JZOA 3DEXA 1EZKA 3ZLPA 3LEFA 1CQHA 3EMXA 1FB0A 2PGTA 3TJBA 5J9CA 4MJBA 4YQMA 3TOUA 4XS4A 2CQ9A 2JACA 3RHCA 1PA3A 1EGRA 1QK8A 2DJ2A 1BG5A 4TXOA 2IL3A 4KB3A 1LBKA 3ZRDA 1GSUA 3U5RE 1R26A 2LRCA 5ENUA 2HSMA 3KD0A 2HRAA 1G6YA 2AJQB 4BL7A 1WOUA 2FWGA 3BOAA 2DMLA 4LA1A 4OMVA 4TR0A 5DCGA 5CRGA 4MF7A 4ML1A 5F8BA 1J0FA 2YZHA 4V2LA 1M9AA 3GL5A 8GSSA 2FLSA 1OC8A 3QAWA 3ZMLA 4K7NA 3J7Yk 2XPDA 2KP1A 5L71A 1ACVA 2VUPA 3F4RA 2C0EA 4KNDA 2CVDA 2RUEA 5IMVA 4DSSB 2WULA 5HR0A 2H75A 4GF0A 2K8SA 2LS5A 3UBKA 4IJIA 3C1SA 4ECBA 1GSFA 4I6XA 3CXGA 3IC4A 4FYUA 4EXJA 2B3SA 1JZDA 3QMXA 2P31A 3QPMA 2HZEB 3LYKA 2LV3A 2MMNA 2O8VB 3GRXA 9GSSA 3LXZA 2EIOA 3KP9A 4ECIA 2QC7A 3H4KA 2HFDA 3TKSC 3VPQA 3UVTA 3HD5A 1V57A 2BTOT 5F06A 1R5PA 1DUGA 1ZZYA 3DVXA 1IYIA 1K0NA 3G7YA 1FO5A 3F0IA 1PL2A 3LSZA 5H5RA 1VGLA 3LORA 4TN8A 5H5SA 3F6DA 1U3AA 2QGVA 3US3A 3HVXA 4V2NA 1WIKA 3LG6A 1T8EB 2TRCP 1S3AA 5D9TA 6GSXA 4G19A 1AUCA 1G0TA 3LXTA 4N10A 2E7PA 5IQYA 1A0FA 3VURA 4ZL7A 2DC5A 1PSQA 2H70A 2F3MA 4Q5NA 5ECHB 4XIHA 3UL3A 5IMCA 3ZTLA 4HJMA 3HVSA 5DDLA 3HY2A 1GSYA 1GUKA 3QDNA 4WF4A 4MJCA 5ECIB 5LD0A 2GSTA 4E8EA 2H76A 4GSNA 3ERWA 3KH9A 4ULXA 4KSOA 2C3NA 1R7HA 3EURA 1GLPA 2OKAA 2RIIA 4NXIA 1NHYA 4OO5A 2VO4A 3BD2A 1XWAA 3LGCA 1F9MA 3GN3A 2GDRA 1MDIA 2R6KA 2WJUA 4G10A 4RI6A 2HRFA 4EKZA 1OYJA 4G0LA 1GSSA 2MMZA 1ERTA 4LMWA 5IPGA 4AJ6A 1TU8A 1XW9A 5D9XA 1THOA 2GSSA 4YH2A 1M2AA 1T4YA 4XS1A 4NMUA 4HQZA 3I43A 3RDWA 4F03A 4KCEA 2ON5A 3EINA 2O87A 1G7OA 2LQOA 2RM5A 4XCSA 3VLNA 1GP1A 12GSA 3F4TA 1MD4A 2WS2A 2XPEA 3ME7A 1UC7A 1XPVA 5GAPD 2ZUPA 4K9ZA 16GSA 3P8WA 4I97A 3AY8A 1V40A 5G1KA 1Z7PA 3A2VA 4JZQA 4K8MA 2RLIA 3IXRA 1A8YA 4GLTA 3WGXA 3BBYA 2ON7A 5AGYA 5CP1A 2AB6A 4TKYA 1AC1A 3GX0A 4ECJA 2VCTA 1V58A 1A2MA 2R5GA 4IN0A 2VCWA 1ML6A 4WXTA 4N0VA 1J9BA 4CHSA 2REMA 4MA9A 3S9FA 4KA0A 1URMA 2YV9A 2KOKA 2HRNA 2H0GA 4XRAA 4AJ8A 4ZIJA 3VWXA 2VLTA 3GFKA 3GHAA 2BMXA 1K0BA 4POBA 4LLRA 2UZ8A 3ZMKA 4NWYA 1FVKA 1PD21 1EOGA 5JWQB 2ZCTA 1K3OA 4DEJA 4NHWA 2LJAA 4GRFA 1TDIA 1OC3A 3GNJA 2DIYA 2QSIA 2C0FA 11GSA 3P7XA 3WGDA 1GSEA 1TRSA 3EU3A 2HRKB 3UJ1A 4EF0A 1EWXA 4TR3A 1MTCA 1NM3A 4MZCA 2CT6A 1GUHA 3FEUA 3CSHA 5JWRB 1X5EA 5D9VA 4YAPA 2YWOA 2JZRA 22GSA 4OFTA 3JCML 1N8JA 3Q18A 1TK5B 4XTSA 2F8FA 1T3BA 4F0BA 4N11A 3OR5A 3C73A 1U88A 2LNTA 5ECRB 2O89A 2LSTA 4G0KA 3RBTA 2HE3A 3VPTA 4L5OA 3EYTA 2H1DA 3PGTA 4WR4A 5COHA 5IIZA 3GKKA 3TKQA 3QR6A 2FHEA 2X8HA 3KP8A 5KN2A 3L9UA 2IFQB 2JU5A 1H75A 3FK8A 3ZIVA 2LJKA 3K8NA 4D73B 3NZNA 3TJFA 3UMAA 1XWBA 3KGKA 3IRAA 2I1UA 1A2LA 5ELGA 2JSZA 5GSTA 1M2DA 2YV7A 2VL2C 3I6AA 3IA1A 3F63A 1QMVA 1F6MC 2ES7A 2FUG2 2GVPA 1SK0A 3N9JA 4X0XA 1BAYA 5DVBA 3W6GA 4L5LA 1IYHA 4EUYA 4Z7XA 1E6BA 2P5RA 4XRDA 2PMTA 3APQA 4MJAA 3VWWA 4DSQA 4KAEA 5KEJA 1FOVA 2B7JA 2C80A 4EDYA 5A5KA 2DBCA 1F2EA 2YJ7A 3CSIA 4MF6A 2VAFA 4QL9A 2VLVA 2YPMA 4V1Ap 4MLYA 4NAXA 2IIYA 2NBSA 2N5AA 3RHBA 4ID0A 3L78A 1Q4JA 4IP6A 4KX4A 4JU5A 3LQ7A 3APSA 4EVMA 1T4ZA 1CQGA 1R4WA 3EE2A 1WWJA 1Z5YE 4HU9A 4G2EA 3WD6A 2DMMA 3VK9A 2IN3A 4MMMA 1OC9B 1B4PA 1EP8A 1GNWA 2EIRA 4GQFA 4E8HA 2E2GA 1UN2A 4TW5A 2HT9A 1XCCA 4IKHA 4ZILA 3UVHA 3GYKA 2PVOC 2PUKC 1GWCA 2GS3A 5C04A 5D93A 3UEMA 2D2ZA 4I5QA 3GH6A 2H6YA 3GSSA 1GTIA 3HVVA 4TR1A 1YKCA 3TKRA 2GSRA 1HNBA 3MSZA 2MYGA 1GNEA 4FIWA 3TCOA 2H74A 4JBBA 4KDYA 1XXUA 3QFBC 4HZ2A 4PTSA 5IMAA 2H8LA 1SD9A 2CX4A 1DE2A 1MDJA 1U6TA 3KMNA 3H79A 1NSWA 1Z7RA 3IHQA 3MWHA 1QXHA 3DRNA 3KH7A 5A4WA 4NHZA 4GSSA 1O73A 4XS4B 3QD9A 1SL2B 4KCAA 1Z9HA 3M3MA 1TTZA 1E2YA 4TXOB 2PVQA 3LYPA 1DE1A 5ID2B 3O3TA 1VF3A 2H30A 4MH3A 2H66A 2CV4A 3FW2A 1AW9A 3VI7A 1ABAA 4K0GA 5DBQA 2QKEA 4BL7B 1OKTA 4NV2A 1GLQA 5B6NA 2OADA 1W89A 3GX8A 3PR8A 2LJRA 3H8QA 1TRVA 2LKUA 1EGOA 3FY7A 4K1FA 3LJRA 5DQSA 2FD3A 3DKSA 1S3DA 1A24A 3ZVJA 5JWOB 6GSWA 3TJGA 4AGSA 2VL9A 2PPTA 2HYXA 4Q5QA 1GSDA 1PX7A 4JR6A 4PNGA 2AHEA 4GSTA 1T1VA 4IQAA 2IMEA 1OKDA 4WR5A 1ERVA 1LU4A 1AQVA 4XS6A 1XZOA 1XOBA 1TP9A 1F3BA 3EU4A 5AIXA 4PQIA 4DSSA 2OJLA 4GWRA 1BEDA 2C0GA 3F4SA 1YJ6A 2FGXA 4MJEA 3CYNA 2FWEA 4BVYA 5DAKB 4O92A 3F3RA 4POKA 3IBHA 3C7MA 3N5OA 3R2QA 2HZEA 5DALB 3IAS2 2X64A 2FWFA 18GSA 2RM6A 3HCZA 2PBJA 3FKFA 5IO2A 4WBRD 1FHEA 2H1GA 4HEA2 1Q98A 3ERFA 3ZVJD 4KSMA 1SJIA 2OE3A 1YDKA 5KN3A 3HYPA 2C8UA 1SYRA 1TK0B 2FA8A 5J9BA 4KW6A 4OFMA 3M9JA 4OFNA 2H72A 5KN0A 3SWLA 5D8IA 2WRTA 1KEBA 2VOCA 3TJKA 2X8GA 4N30A 1ZMAA 4J2FA 1A23A 1Y6EA 1S3CA 2OE0A 3F9UA 4F9ZA 3UARA 5GAND 2AV4A 2K9FA 5IMFA 2CZ2A 3ZL5A 2O85A 3L0HA 4JE1A 4TXVA 4AF2A 2YP6A 3I9V2 3GKMA 1YEXA 5AIVA 5A4UA 4ZXGA 4QL7A 3KM6A 1ZGNA 13GSA 4POLA 5GSSA 5B6MA 4OCEA 3UIWA 4IELA 3C71A 1NW2A 1TKDB 2I4AA 19GSA 5IOWA 3E3EA 3CMIA 1YF0A 2KHPA 1GTUA 1EV9A 1TI1A 3UAPA 1ERUA 3A2WA 2YNXA 2L6DA 4MPGA 3I69A 4CW9A 5AISA 4PUAA 5HQPA 3TKSA 1VF4A 3HDCA 1PKWA 4PNFA 2EIQA 2K6VA 1TRUA 5CAXA 4ZB9A 2XC2A 5FWGA 1K0MA 5F05A 4O5RA 2K8VA 3MDKA 2MMAA 3F3QA 3CRUA 4V1Ag 3FR3A 1JZWA 2HNLA 2VL3A 3TUEA 2NDOA 3G7JA 3QOUA 4EDZA 2GZYA 4TVEA 2X8CA 4RQRA 4IVFA 4I2TA 4F0CA 2F8AA 4WF5A 4FYCA 1JHBA 2N5FA 2A2RA 3EWLA 1K0DA 3LFLA 1XWKA 2F9SA 3IC8A 5CRHA 2L6CA 3HJMA 1YZXA 3DMLA 3J7Yb 3M1GA 3HXSA 2P5QA 4J57E 5E4WA 1B9XC 5ECKB 3RPNA 4PQHA 1SL1B 1O6JA 3FRCA 1C72A 2VCVA 4K2DA 1VF2A 1GH2A 4KH7A 1QFNA 3KZQA 3D4TA 1SD8A 2LTKA 1MD3A 1ZYEA 3RAZA 2AAWA 4ZBBA 2HSYA 1G7EA 2NTOA 3IDVA 1Z6NA 4BWSA 2PN8A 2GQKA 7GSSA 4ISDA 5F07A 4YQVA 4IQ1A 3ME8A 1XW5A 3H1NA 1GULA 3F6FA 6GSYA 2GT6A 4FYBA 2K18A 1WJKA 3M8NA 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1GTAA 2OE1A 4HU7A 4CDOA 3FR9A 4ACSA 2H6XA 1ON4A 2DSAA 1GTBA 2GSQA 5ELAA 2DJ3A 3IK9A 3IE3A 4AJ7A 2JZTA 4KGIA 1X5CA 2VL2A 1XWCA 2BJXA 3D22A 3TRQA 2F51A 5ECOB 1SJ6A 4BA7A 1OAZA 2XHFA 1SK2A 3ISOA 1H4OA 2H71A 4ZB6A 3PPUA 1WPIA 1GUMA 4WEYA 4PXOA 3DIEA 5DCHA 3WGEA 4N0ZA 2GZPA 3UOMA 2IMDA 5G5EA 3DGQA 2HSMB 1THXA 2C0DA 5DJMA 2JADA 3GSTA 4KDXA 4MZWA 5JCUA 5ECPB 5ID2A 1M7TA 3M9KA 3WT1A 1F37A 2TRXA 1XWGA 4L0WA 2HSNB 2GT5A 1B48A 4ZB8A 5IPHA 5LNKe 2GTUA 1ST9A 3L9SA 1ZOFA 3ZZXA 4TOPA 1UVZA 2H01A 5C00A 5B7CA 2LQQA 3D5JA 2MBSA 3KXOA 2B5XA 1U87A 1PQNA 2KP2A 1WRYA 1BJXA 2M80A 2V6KA 4TR4A 3ZITA 3GV1A 5EVOA 2WZ9A 3L4NA 1V9WA 3DVWA 14GSA 2N5BA 3O76A 2H0IA 1UA5A 2J23A 3W8JA 2HLSA 1AXDA 2VCQA 5J5NA 2LEGA 5E59A 5G30A 4BVYB 3GMFA 4GTUA 2L5LA 5ECLB 4PUFC 4EC0A 3BCKA 5DAKA 2CVBA 4HUAA 2V2GA 3CTFA 4ILFA 4MH2A 1TXXA 2H19A 2FA4A 5DALA 3IOSA 1ZL9A 3FZAA 1JZRA 2PERA 1YQ1A 2L59A 1X9WB 3HHVA 1RK4A 4BWQA 3VWVA 1O7UA 3WYWA 4POMA 3C8EA 4IHUA 4OD7A 2E0QA 1RW1A 1GSQA 3PH9A 2YN1A 4K0NA 5CNWA 1A2JA 3HJPA 3IPZA 2VM2A 2B5EA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5F0GA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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