6GSS | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	208
structure length	208
Chain Sequence	PYTVVYFPVRGRCAALRMLLADQGQSWKEEVVTVETWQEGSLKASCLYGQLPKFQDGDLTLYQSNTILRHLGRTLGLYGKDQQEAALVDMVNDGVEDLRCKYISLIYTNYEAGKDDYVKALPGQLKPFETLLSQNQGGKTFIVGDQISFADYNLLDLLLIHEVLAPGCLDAFPLLSAYVGRLSARPKLKAFLASPEYVNLPINGNGKQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4956910180455276__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4956910180455276__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/6GSS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4956910180455276__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4956910180455276","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/6GSS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4956910180455276__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d082c2ed389fa2524c0af75/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d082c2ed389fa2524c0af75/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	The structures of human glutathione transferase P1-1 in complex with glutathione and various inhibitors at high resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE P1-1
total genus	82
structure length	208
sequence length	208
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	1997-08-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	6gssA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	6gssA01

2ON7A 5IIZA 1BX9A 1PQNA 3QFAC 4GF0A 2JZRA 2HZEB 2CVKA 2DJ1A 2DIZA 2LSTA 4JRRA 2LEGA 2IWTA 2CQ9A 1K0AA 3LSZA 3L9UA 1F2EA 3FHKA 4QQ7A 14GSA 2CA8A 3VWWA 2B6MA 4JR6A 2GSTA 2KOKA 3LORA 3CSJA 4YAVA 3DEXA 2YV7A 4PNGA 4F2IA 4XHMA 3CYNA 5ECIB 2JZSA 2VM2A 3BD2A 1KBNA 5ECLB 4XIHA 1NSWA 3H1NA 4FIWA 1WPIA 1OC9A 3TKPA 7GSSA 4GWRA 4EF0A 5LD0A 1B8XA 1T1VA 2Z9SA 3RDWA 4K7OA 2HRFA 5KN2A 4RQXA 1PD21 4MK3A 4ECIA 2ZNMA 3HCZA 1H75A 4CW9A 13GSA 3P8WA 3ZLPA 4ZBBA 2H71A 3FW2A 1OC3A 4I2TA 4K2DA 2WRTA 4P3YB 5B6NA 4AGSA 3UMAA 2LV3A 4OO4A 5D93A 1VRSD 4E8EA 1USBA 2L57A 2C0FA 3CTFA 2YWIA 2OBKA 2AV4A 1MD3A 4GQCA 4MLYA 1SK2A 3Q18A 1XZOA 5AGYA 5HFIA 1CQGA 4HZ2A 3W6GA 2MYGA 4NMUA 5CRDA 1MEKA 3UEMA 1UC7A 2V32A 4NAXA 2GQMA 5CRWA 1X5EA 3UOMA 3VWUA 4WEYA 2LUSA 1B9XC 1VF2A 4TVEA 3D4MA 4EKZA 4LL1B 4PUAA 5F07A 4KX4A 4OMVA 2G2QA 4Q5QA 1QFNA 3ZIVA 3HZ4A 1AC1A 19GSA 1PX6A 1GULA 5H5SA 1TDIA 4OFTA 1T3BA 2FWHA 4CHSA 3FZAA 1HNBA 4OCFA 4POBA 5DQSA 3UL3A 2I1UA 2YNXA 2WCIA 2EC4A 3IAS2 2O8VB 1N8JA 1XWGA 5ECNB 1TTZA 1XFLA 3WT1A 2HRKA 1TP9A 2H75A 1XW5A 2RLIA 2CX3A 6GSXA 3VLNA 4HU7A 2LNSA 3IC4A 3UBLA 4G0KA 2M72A 3SWLA 3Q74A 3ZVJD 4WF5A 2C3QA 3WGXA 3LWAA 2LQOA 1OKTA 1G6YA 3UARA 3KTBA 4MH3A 3S9FA 3F6DA 4OO5A 4NXIA 4BVXB 3DMLA 2JADA 1ML6A 1Z7RA 2IL3A 4HEA2 4L0UA 1SU9A 4K6XA 4G10A 4BPYA 1JFUA 5JCUA 1F9MA 3IAM2 2XBIA 3FYGA 3ZMLA 2YCDA 4N30A 5ECOB 3LXZA 1XOAA 3KM6A 11GSA 1QQ2A 1QXHA 1Z3EA 5JWQB 5F8BA 2FLSA 1GSQA 2PMTA 3C71A 4WETA 2H74A 3GSTA 2LQQA 3TJBA 4IQ1A 1MDJA 5DDLA 1R5AA 1X5DA 3D6IA 4TXVA 2B1KA 5ABRA 2L4CA 2VLUA 5EVOA 2HRAA 3US3A 2HSYA 4NWYA 3HXSA 3C8EA 3LXTA 1A0FA 1ZZYA 5A5KA 1X9SB 5J9CA 3AY8A 3QD9A 4EVMA 4IELA 3FR9A 4BWQA 1WP0A 3PPUA 1WIKA 2LRCA 4F0BA 2A2SA 4EDZA 2LTKA 1V58A 3MAKA 2OKAA 5DJMA 4V2LA 4HI7A 2HQTA 4JZQA 4X0XA 1GNWA 4O32A 1B4QA 2K18A 1PGTA 1EWXA 1TI3A 4GSSA 2GSQA 2X8HA 3VI5A 1VF3A 3NIVA 2H6YA 3EU3A 1JZDA 3M3MA 3CMIA 2WGRA 1S3DA 5JWOB 1PRXA 1GSYA 2H1GA 2YJHA 1XW9A 3FZ5A 1ST9A 3I9V2 4BWSA 3NZNA 3RPPA 4POMA 3IR4A 2RIIA 5CO3A 3LYPA 2R37A 2TIRA 5LCZA 2D2ZA 2FA4A 2AHEA 3H93A 1KEBA 3LFLA 1VF4A 2MBTA 3W8JA 4NHZA 12GSA 2IN3A 4ZL9A 5J4UA 4O7HA 1AAZA 5L71A 1R4WA 1SK0A 5HFGA 2TRCP 3WT2A 2V6OA 4D73A 9GSSA 2H0GA 1TU8A 3DKSA 4CDOA 3ISOA 2C3TA 1SJ6A 1PA3A 1UN2A 2VL2A 1O7UA 3D21A 3F4SA 3HJMA 5LNKe 3DWVA 2A4VA 3TOUA 4WBJA 1AQWA 2HLSA 4K7NA 2VCWA 4K9ZA 1GSEA 1N2AA 5J5NA 5DALA 4POKA 2NBSA 1YKCA 1Y6EA 5F0GA 3I43A 5JCGA 1GNEA 2J23A 4JEDA 2AB6A 1X0RA 1BJXA 3KXOA 5IMVA 1AW9A 3UBKA 3M8NA 4ZIJA 3ZRDA 1B48A 2C0GA 3D0ZA 4IKHA 3VWXA 3IHQA 3P2AA 2P5QA 4HJMA 3ERFA 2E7PA 1EOGA 2C3NA 4HZ4A 2M46A 1TI1A 5EL8A 4WR4A 4L8EA 4IJ3A 2HRKB 1E2YA 1U3AA 3IOSA 4TRXA 4ML6A 1E6BA 4GRFA 3SBCA 2EIRA 3GH9A 1MDIA 5JCWA 4ECCA 1XWBA 1THXA 2P0GA 16GSA 2F8FA 4GSTA 1AIUA 3APOA 1OC8A 3APSA 3ZREA 4MMMA 2H0HA 4J2FA 3DGQA 2NPBA 3H79A 4Z7XA 4GSNA 2PBJA 3N5OA 2B5XA 1SKWB 1DBYA 1GRXA 2BMXA 3GIXA 4YH2A 6GSSA 5CREA 3DYRA 1OAZA 1EV4A 1ABAA 1HD2A 3U5RE 1WOUA 1ACVA 1XWKA 2H70A 4PNFA 4KDUA 2LS5A 4OD7A 4AJ6A 2H66A 1F37A 4KH7A 6GSUA 2XHFA 4MP4A 1DUGA 5IPGA 1GSSA 1J0FA 4EDYA 3K8NA 2CX4A 4IQAA 2F3MA 1TK5B 2HYXA 1LU4A 5J3RA 1MTCA 4ZL8A 3VPQA 1YZXA 1GTBA 2OADA 5ECPB 2FWGA 3ZFLA 1BQ7A 1GL8A 5E4WA 2CZ3A 2V6KA 1PX7A 2WZ9A 5J9BA 1KTEA 1EV9A 3FZ9A 2XC2A 4KE3A 1TU7A 2VCXA 2JL4A 4V2NA 3H8QA 2NVLA 3TRXA 3ZL5A 2DLXA 4KDXA 1O81A 4GXZA 1A2JA 1LJRA 4DSQA 5IM9A 5D73A 2DMLA 2RM5A 4MJBA 5EY6A 1T8EB 1ON4A 3ME8A 2YANA 2PPTA 5HR3A 1FG4A 2F8AA 1U6TA 3LYKA 1EZKA 4K1FA 4TR1B 3TKSA 3O6TA 3GN3A 1QGVA 2IMKA 1QK8A 1M9BA 3LEFA 2ON5A 1TRUA 2BTOT 5ID2A 3GURA 1XXUA 2N5BA 4ECJA 1GWCA 2HNLA 3F4TA 2A2RA 2O85A 2R6KA 6GSTA 4KNDA 4KCAA 4L5LA 1S3CA 4PXOA 3ME7A 1KNGA 1GSDA 3L9SA 3IK7A 2HRNA 2VCZA 3GX8A 4TKYA 1YEXA 3P7XA 5IOXA 3O76A 3GH6A 3V1WA 5A4WA 6GSYA 1A24A 4ZL7A 1WRYA 1F3BA 4MZWA 3IA1A 4D73B 1XVWA 3GKNA 4NV2A 3UVTA 5KN3A 3GKKA 2AAWA 1K0DA 4XRDA 5F06A 1TW9A 3TGZA 3RHCA 2IJYA 2IMIA 5B6MA 4MJCA 1G7OA 2H6XA 3EVIA 3CSHA 3IE3A 5ECKB 3HY2A 2LNTA 4KF9A 2E2GA 4Q5RA 5DALB 3TKSE 5DCGA 4YQVA 5BMUA 4FYBA 3MSZA 3M1GA 4PURA 4HJ2A 3TOTA 2VCVA 3Q6OA 3QFBC 5G5FA 1HNAA 4EE0A 2WDUA 3RBTA 1RQMA 5G5EA 1SK1A 2O87A 2H1DA 3TKQA 1GH2A 4BVYA 5AIXA 2R5GA 3PH9A 3GKMA 5COHA 2DJKA 2H0IA 4XS1A 5DCHA 2IMFA 3QDNA 5DJLA 3HDCA 2XBQA 3DRNA 2N5AA 3G7YA 3E3EA 2PVOC 1SKSB 2JSZA 4F0CA 4EO3A 4IHUA 3KMNA 2GQKA 2OA7A 4K0NA 1K0OA 3GYKA 3IBHA 3RHBA 1PN9A 3IC8A 2OBIA 4USSA 5JWRB 5CP1A 1GLQA 1OVNA 3L9VA 5B7CA 4WF4A 2V2GA 5ELAA 2ZCTA 4ZBDA 4BA7A 1B4PA 4PGTA 2RM6A 2OE1A 2C0DA 1W4VA 5GZZB 3UAPA 3ERWA 1GUMA 4ZILA 3LG6A 4LLRA 2PVQA 3KP9A 3PR8A 2PERA 3HVSA 1M0UA 3J7Yk 4RUVA 1WWJA 2IFQA 2XPEA 4K8MA 3GMFA 2DIYA 3FEUA 4ILFA 2VM1A 1AQXA 2HSMB 5A4UA 1V98A 2FY6A 2CV4A 4XRAA 3VK9A 4G2EA 1GP1A 5ENUA 2PN8A 2AJQB 3IRAA 3GFKA 1ZYQB 3CRTA 3WGDA 3EURA 4BL7A 4MJAA 1YDKA 1R7HA 1SL1B 4F82A 3BJ5A 3E0UA 3M9KA 3TCOA 4XS4A 2O7KA 2P5RA 4AJ8A 2AYTA 2JSYA 3E9JB 2VO4A 1YY7A 1U88A 1OE7A 2YP6A 3EMPA 2V1MA 3HYPA 4DVCA 4N10A 2VIMA 3QAWA 5GSTA 1FVJA 4HOJA 1V2AA 1I9DA 1OC9B 2B7KA 2I81A 1ZMAA 1K0BA 2YN1A 2HZFA 1SJIA 1K3YA 5ID2B 6GSVA 2I4AA 2I9HA 4IGJA 4NPBA 4HQSA 2CVDA 3W8SA 2F9SA 5IMDA 2YOIA 1NM3A 4G19A 3LQ7A 3P90A 4MCUA 3R2QA 3C1RA 2QC7A 5G1LA 5ECMB 2I3YA 2VD0A 1HNCA 4L0WA 1G6WA 2HXKA 3RPNA 4KSMA 1JHBA 4TW5A 1J9BA 1ZOFA 4LA1A 22GSA 2CT6A 2YJ7A 1QUWA 3GA4A 1X9MB 2GDRA 1BEDA 4PX1A 5D9XA 4H86A 3TKRA 3UVHA 1TRWA 4MDCA 1GTIA 2GSSA 2GVPA 1EEMA 1EEJA 2PUKC 1TOFA 3BBYA 2DJ3A 1XWCA 1XCCA 3EMXA 5D8IA 3L4NA 4KCEA 1NHOA 3GNJA 3QCPA 4KUNA 1WJKA 4YAPA 2E2MA 2DJ0A 2BJXA 4GCIA 2VLVA 1K3LA 4XTSA 1PSQA 1RK4A 4MF7A 4X1UA 3TDGA 3TJFA 3BCKA 4V1Ag 2K6VA 20GSA 2DSAA 3FR3A 1JZWA 1SYXA 4PQ1A 5CNWA 3Q19A 3ZZXA 3VWVA 4QL7A 2GZZA 3VI7A 5AN1A 3A2WA 4KGIA 3LJRA 1XVQA 1WMJA 1OE8A 3TJKA 4ACSA 4BVYB 1MD4A 3F9UA 3GTUA 1XW6A 4HUAA 4Q5NA 1W89A 2MMOA 5C04A 2KUCA 2H01A 1EOHA 1Q98A 4LMWA 1SJZA 2H1AA 4WBRD 2ALBA 4MPGA 3HVVA 5IMZA 4IJIA 4O5RA 2P31A 2GGTA 4FO5A 1BYEA 5GAND 2JU5A 3L0HA 3DD3A 3WYWA 4MZBA 2L6CA 1DE2A 1F6MC 2VL3A 1GTUA 1O8XA 2ES7A 1K0CA 1JLWA 2X8CA 6GSWA 3GHAA 3FK8A 1Y25A 3ZIJA 2WFCA 1T4ZA 2O89A 2TRXA 3QAGA 4ID0A 3RAZA 2HT9A 1X5CA 5D9WA 1U87A 4YQMA 4RI7A 3EE2A 1XWAA 3F3QA 5ECSA 3F8UA 5IMCA 1GLPA 4ZB9A 5G30A 3CXGA 3A2VA 2IFQB 3G7IA 1FW1A 1NHYA 1OYJA 1EP8A 1UA5A 3O3TA 5KN1A 2VD1A 4KW6A 5AIVA 1R5PA 3GRXA 5CAXA 2VLTA 2EIOA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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6GSSA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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