1PD21

Crystal structure of hematopoietic prostaglandin d synthase complex with glutathione
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
199
structure length
199
Chain Sequence
MPNYKLLYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIKYEDHRIEQADWPKIKPTLPFGKIPVLEVEGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGKTELEQCQVDAVVDTLDDFMSLFPWAEENQDLKERTFNDLLTRQAPHLLKDLDTYLGDKEWFIGNYVTWADFYWDICSTTLLVLKPDLLGIYPRLVSLRNKVQAIPAISAWILKRPQTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cloning and crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
total genus 70
structure length 199
sequence length 199
chains with identical sequence 2
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
1 PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 1pd2102
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1pd2101
3O6TA 2YANA 4HZ2A 1G6YA 4LL4B 1EGRA 1XIYA 2FGXA 1HD2A 2I3YA 2QSIA 3TRXA 5D9XA 1SU9A 3HJMA 1Z7PA 3ZFLA 4O92A 3ZMKA 5G1KA 3ZREA 5KEJA 2KOKA 3TDGA 4RQRA 2DJJA 1YEPA 1EP7A 4NAXA 2J9HA 1FAAA 2GLRA 3EE2A 4IP6A 5CP1A 4GWRA 4HEA2 1Z7RA 3CBUA 5D73A 4XRAA 1GSSA 4MABA 4EUYA 3F0IA 4OD7A 3TB2A 4ML1A 4OFNA 3IDVA 2BJXA 2K8SA 5J9CA 1JLWA 4YAVA 2GSRA 3VWXA 2D2ZA 2FD3A 4TKYA 2I9HA 3DXBA 2MBSA 2H66A 4L8EA 4JE1A 5J9BA 3KGKA 1A24A 2V6OA 3ERFA 2H70A 4TR0A 2L5OA 4POBA 2K8VA 3BBYA 1PRXA 5D96A 3GKNA 4N11A 4TXVA 3SWLA 1YKAA 2F3MA 2V6KA 1A8LA 2VLVA 5F06A 2LV3A 3D4MA 1ERTA 3GKXA 5DVBA 4KGIA 6GSUA 4TXOB 1AUCA 3WT1A 1N2AA 2VCXA 1N8JA 4TN8A 2X8HA 2OKAA 3ZITA 2PMTA 3BJ5A 1EV9A 1U88A 2C1YA 3LXZA 5ECSA 4F03A 4Z7XA 3D6IA 4HDEA 3GH9A 2R37A 2OBKA 3GSTA 2LUSA 4X1UA 2IIYA 4F0CA 4IBPA 1B9XC 2E0QA 5HFGA 2A2RA 2PVQA 1GTBA 4ZL7A 3EU3A 3LORA 3CSHA 2O8VB 1XW6A 2GS3A 4K7OA 1RW1A 3L9SA 5CAXA 4I97A 2O89A 3P7XA 3D22A 4MDCA 2KHPA 1Z3EA 4PGTA 2RM5A 2EIRA 3GL5A 1A8YA 4WXTA 3TKQA 2YJ7A 2H01A 3EURA 2V41A 2AYTA 2H1GA 3FR6A 1IYIA 1YZXA 1GWCA 2F51A 1URMA 2BTOT 3DRNA 2OE1A 5ECQB 2HI7A 2LTKA 3I9V2 4ECJA 2EIQA 2JU5A 3TUEA 4JBBA 5JWRB 2P0GA 3H4KA 5F0GA 5B8AA 5G30A 3OR5A 4JRRA 3P8WA 4KE3A 3GKMA 3E0UA 2TRXA 3IAM2 1TDIA 1DUGA 3FKFA 1H75A 3EVIA 5GZZB 4LLRA 2GTUA 4TRXA 4PQIA 4BVYB 1ZCPA 1T1VA 1GSQA 3ZTLA 2VCZA 2F8FA 1T8EB 1FVJA 2VCWA 3LXTA 1SK2A 4ISDA 2DC5A 4IW9A 3NZNA 2AV4A 1O85A 3QPMA 4NHZA 4GXZA 5B7CA 4NHWA 2YJHA 4KB3A 4G19A 1TRUA 1TP9A 4MH3A 4ACSA 1S3DA 4KDUA 4GSSA 1HYUA 1KNGA 2DMLA 17GSA 3ZFBA 3IPZA 2DSAA 3ERGA 1ZYQB 3E3EA 1GL8A 5DQSA 3EMPA 4IKHA 3HKRA 2HQTA 3TJKA 9GSSA 1YF0A 1V57A 2HZFA 3A2XA 3RHCA 4NWYA 2GSQA 3PINA 4O5RA 2DIZA 22GSA 4Q5NA 1XXUA 4GQCA 1Z6NA 3LYKA 4HJ2A 1BYEA 2LRTA 5KN1A 1TJDA 4IJ3A 1FHEA 3FEUA 1VGLA 4XS4B 3HZ4A 4AJ8A 2H71A 3F6DA 1Q98A 1MDJA 2HE3A 3FZ5A 3BD2A 3Q6OA 3APQA 3C8EA 2H1BA 4BVYA 3P90A 4HOJA 2O87A 1TU7A 1VF1A 4XHMA 3KP8A 2GZZA 2QKEA 2HRKA 4RI6A 5HR0A 4BWQA 4ID0A 2I4AA 4QQ7A 5IIZA 5B8BA 3KMNA 5IMZA 2PUKC 4K9ZA 5G31A 2VM1A 5KN2A 2VLTA 5JCGA 3W6GA 20GSA 1CQGA 2IMIA 1GUMA 5GAPD 1PL1A 6GSSA 3IK7A 2LQQA 4FIWA 2L4CA 1R4WA 4I2UA 1GSEA 3DVXA 4PNGA 5D93A 3UL3A 3VI7A 2HSYA 2FY6A 2GQMA 2YWMA 3M8NA 5C00A 3N9JA 2H6XA 2E7PA 4YQMA 4MLYA 5D9VA 1XZOA 5JCUA 5AGYA 3UEMA 5IMFA 1K3YA 1B4QA 2F8AA 3GNJA 2O85A 4N0ZA 1GLPA 4PNFA 10GSA 4XS4A 1EOGA 5IPGA 2VCQA 4DEJA 3VURA 1G7OA 3DYRA 1AQVA 2P5QA 2V32A 4LA1A 1M2AA 4EO3A 1EOHA 4Q5FA 4V2MA 1WIKA 1V58A 2PU9C 4MF5A 3C1SA 3QAWA 1PGTA 2VO4A 3MAKA 2B6MA 3RHBA 4ZBBA 5E59A 1X5DA 4KF9A 2C3TA 1OC3A 2MYGA 4K0NA 3EINA 4BA7A 4WF5A 1GTAA 1Z9HA 1M0UA 2WDUA 1NW2A 2FWEA 1QUWA 4KSOA 1ILOA 2DLXA 2P31A 2R4VA 5F8BA 3IAS2 4K7NA 3L9VA 4DSQA 3M1GA 3QAGA 2I1UA 1U3AA 1AXDA 2AJQB 4ZB6A 5CRGA 1GLQA 5IM9A 4TR1B 3C1RA 3QR6A 5AIVA 3HJPA 4K7IA 3W8JA 1K3LA 2IMKA 3S9FA 1QXHA 3R3EA 3TKSE 2MMOA 3FZAA 3M3MA 2CX3A 3FRCA 3KD0A 5HFKA 1GTUA 1YKCA 2RLIA 4G0KA 3VWVA 2CT6A 13GSA 4WKWA 5COHA 1MEKA 3ZIJA 4FYCA 1KBNA 2LJAA 1Z5YE 5B6NA 2L4QA 2BMXA 1PKWA 1EGOA 4OFMA 3RPPA 3TJFA 2DJ1A 4MMMA 4O32A 2R2JA 4BWSA 5IPHA 2YPMA 5A4UA 2WFCA 3M9KA 5EL8A 4WEYA 5HFIA 1S3AA 2OBIA 4J56E 4EDZA 5H5SA 2O7KA 2A4VA 1V9WA 6GSWA 5ECRB 4YH2A 2G2QA 2X99A 5J41A 1GSDA 3KCMA 1OKTA 4MZBA 5CREA 3IR4A 2LJRA 16GSA 1B9YC 2JADA 2DMMA 2CQ9A 5ABRA 4EL1A 3G7YA 5ID2B 1ERWA 4WBJA 3D4TA 2IMEA 1XW5A 5DAKB 2K6VA 2OA7A 2YZUA 3F63A 3VK9A 1EWXA 2K9FA 1ON4A 4ZILA 4F9ZA 3VPTA 4OMVA 4TR1A 1LJRA 4IELA 1AAZA 4GSNA 1OYJA 4KX4A 1XW9A 4D73B 1E6BA 3US3A 6GSXA 2MZCA 2HZEB 3HDCA 3CSIA 1X9SB 2WULA 4F82A 1XFLA 3HCZA 4GLTA 2YV9A 1V40A 1QMVA 5DJMA 2YNXA 1PX7A 3LG6A 3TJJA 2B1KA 1TK0B 3VPQA 5KN0A 1TI1A 2LQOA 5ECLB 4TVEA 4G10A 1U6TA 4TR3A 3GUSA 2QGVA 2LNTA 2DJ3A 2I81A 3HD5A 1PD21 1K0NA 1SJIA 2WCIA 3TCOA 2XBIA 4EXJA 2B3SA 2C4JA 3RPNA 2ON5A 3CTFA 4AJ6A 2YOIA 4PQHA 1PMTA 3FYGA 3A3TA 4L0WA 2CAQA 3VLNA 2NDOA 2C0FA 3NIVA 3WGXA 3M0FA 4E8EA 2B5XA 3H79A 2PWJA 4KSMA 2EC4A 3VI5A 3HJOA 2LS5A 3CYNA 1NSWA 2JZSA 3HHVA 3F6FA 4MK3A 2C0DA 1O8WA 4HJMA 1GUKA 5ID2A 1ZOFA 4TOPA 5DAKA 4PX1A 3PGTA 1MD4A 2R6KA 2ZCTA 3N5OA 4G2EA 1THXA 4HI7A 4TW5A 3H93A 4KDYA 2GDRA 4IQ1A 3UJ1A 3UVTA 3C7MA 6GSYA 4AF2A 1BAYA 1TK8B 1A2LA 2G0FA 2ALBA 2VLUA 1JZRA 4TR4A 4RQXA 4D73A 2LKUA 1MD3A 1ST9A 1NM3A 2HZEA 4OCEA 3LQ7A 3KMOA 2VIMA 3A2VA 1SKRB 4JR4A 3F3RA 2DIYA 2LNSA 3Q74A 4I8BA 3MDKA 3IOSA 4MCUA 3LJRA 3MWHA 5FWGA 1XOAA 2H1AA 3CTGA 2C0GA 3J7Yb 5C04A 1TK5B 1THOA 3PPUA 1JHBA 3GHAA 4PQ1A 3TOUA 4WF4A 5DCGA 2MMNA 1QGVA 4GCIA 1WRYA 2HRKB 2H0GA 5A5KA 1R7HA 3Q18A 1JLVA 1ZL9A 3EU4A 5IOWA 4HUAA 3HVXA 4V1Ag 3G7IA 3L78A 3KTLA 1O6JA 2FWHA 1BG5A 1HNCA 3VWUA 1ZYEA 2H6ZA 1PA3A 2OE3A 2IJYA 3IC4A 1SKSB 4N10A 5LD0A 3GIXA 1VF2A 1SJZA 2R5GA 4NV2A 1TI3A 5HR2A 2B7KA 3I69A 2WS2A 2P5RA 2NBSA 1DSBA 1A2MA 3ZIVA 1MDIA 1GSUA 1H4OA 4F0BA 3DVWA 1RK4A 5J3RA 4IP1A 3CRTA 2IMDA 1GSFA 2DJ2A 1O8XA 2B5YA 4K2DA 1ERUA 5GSTA 1TRVA 5J5NA 2X8GA 4QL9A 4HQZA 5DJLA 5F05A 4GQFA 3E9JB 3ZZXA 3FR9A 1DBYA 4QL7A 2RIIA 4KAEA 5J4UA 1A0FA 4G9HA 1BJXA 1I9DA 2PN8A 1G7EA 2B5EA 4OO5A 5CRHA 3MSZA 3C73A 3KXOA 4PUAA 1DE2A 1XVWA 1YY7A 2HRNA 3GURA 2C3NA 2PERA 4RI7A 4EE0A 1M2BA 5HQPA 1A2JA 1MTCA 1SL0B 2VOCA 4IJIA 4FO5A 4EKZA 5ECNB 3EC3A 3LEFA 2L5LA 1OC9A 4JZQA 1G0TA 4PTSA 2EIOA 3F9UA 2H0IA 3WGDA 4MJAA 2VD1A 2JACA 1PN9A 1GUHA 3KM6A 5ENUA 1W4VA 2ZUPA 2CA8A 2CVDA 3TRPA 3D5JA 2C3QA 1J08A 2PBJA 3FW2A 1FVKA 3TRQA 1USBA 3F4RA 1A23A 2HSHA 5B6MA 2H72A 2IPAA 5ECIB 2FWGA 1WMJA 4MPGA 2CVBA 3APOA 3DD3A 3GA4A 2MMZA 3J7Yk 2K18A 2X8CA 3LWAA 4OFTA 3UIWA 1ZGNA 3V1WA 2WJUA 1YF1A 2CZ2A 3IRAA 5FHIA 5ELAA 1I5GA 3ZL5A 2A2SA 3GN3A 1J9BA 2XPEA 3IXRA 5GAND 5JCWA 2WB9A 3FR3A 3FZ4A 3DMLA 2XHFA 2LSTA 4ILFA 5AN1A 4IQAA 1EEJA 4PXOA 2YN1A 1TU8A 2H19A 3TKSA 1XPVA 5LNKe 3QFAC 5D8IA 1K0BA 4EF0A 2UZ8A 4IVFA 1SENA 1F6MC 3VWWA 4ZXGA 2GGTA 4HQSA 2L6CA 1FW1A 2JZRA 4BVXA 4G0LA 2LRCA 2KP2A 1M2DA 4GF0A 1FOVA 4WR4A 4MF7A 1K3OA 1XWKA 2KLXA 4ULXA 3JCML 3TOTA 3GTUB 5IO2A 2GSSA 1LBKA 4CDOA 11GSA 3HY2A 4K0GA 3HZ8A 1TOFA 4CW9A 2KP1A 1XWGA 3M9JA 1T4ZA 3GKKA 2AHEA 1OVNA 1C72A 5KN3A 1K0AA 4IGJA 5IMAA 3F4TA 2H75A 2FWFA 1B48A 5HR3A 6GSTA 2HYXA 3HVSA 2XPDA 3F4SA 5DBQA 1XWAA 3NOFA 4K8MA 2YP6A 1SL2B 2H6YA 1R5AA 2M72A 1LU4A 2Z9SA 3ZVJA 2V2GA 5G5EA 3APSA 5BMUA 1OC8A 4POLA 2RUEA 3KIJA 1GULA 4O7HA 1UVZA 2HLSA 5G2ZA 1XCCA 3L9UA 4GSTA 2YWOA 4RUVA 1V98A 4E8HA 2HSNB 2VL2A 3FZ9A 3HVVA 5ECPB 1CQHA 1RQMA 2B7JA 3LSZA 5G1LA 4WBRD 3Q19A 1KEBA 2M80A 3TKSC 2NTOA 1TXXA 2TIRA 2YZHA 4OWYA 3CRUA 1WE0A 3K8NA 1IYHA 4L5OA 1S3CA 6GSVA 2ON7A 3FHKA 1K0DA 1UC7A 2J23A 2YV7A 3MNGA 4OO4A 4FQUA 5IMDA 1U87A 3ME8A 4K6XA 2H74A 3G9BA 2IN3A 3TKRA 5JWOB 5AISA 3GTUA 4AJ7A 2LRNA 4I6XA 1GSYA 4I2TA 5IOXA 3ISOA 4EC0A 3ERWA 2OACA 1PSQA 1Y6EA 1PQNA 3ZLPA 3GSSA 3VFIA 7GSSA 2LEGA 3QD9A 4BL7A 1XBSA 1SJ6A 5JWQB 2WGRA 5H5RA 1TRWA 1O81A 2REMA 3GMFA 1GRXA 1M9AA 5HR1A 4MF6A 4XRDA 2HSMB 2H1DA 3QAVA 4XS6A 3F8UA 2VD0A 2CV4A 1XWBA 4MJBA 3WGEA 1X9WB 3TGZA 2AB6A 2QC7A 5LCZA 4KCAA 2JL4A 1JZOA 1YJ6A 4YQUA 4HS1A 1UN2A 5EPFA 1ERVA 2VL2C 1YDKA 4XS1A 4H86A 2B1LA 4ZB8A 2VL9A 4POKA 1TTZA 4F2IA 4WR5A 4MJCA 14GSA 1OAZA 1AQXA 1HNAA 5ECMB 3EYTA 4HZ4A 4IN0A 4KUNA 2HFDA 5CNWA 4ECBA 3U5RE 2OJLA 2X64A 3QMXA 3RAZA 3O3TA 4JU5A 3A2WA 3UBKA 3BCIA 1SK1A 4V2NA 4ECIA 3CXGA 2CAIA 3KH7A 1JZDA 3ZVJD 3GYKA 1X9MB 3WYWA 1B4PA 1OE8A 1QFNA 5ELGA 2NVLA 1SKWB 2GZYA 2JSYA 4KH7A 5A4VA 3RDWA 1MDKA 2OE0A 2AAWA 2IFQB 2GSTA 3LYPA 1M99A 2CZ3A 3I43A 4IHUA 1V2AA 2NPBA 1WJKA 2HSMA 3FK8A 1M9BA 1FO5A 3IC8A 2R3XA 3AY8A 1XWCA 5CRWA 1TW9A 1NHOA 4N0VA 4LL1B 5A4WA 3WD6A 1M7TA 4FH8A 1F3BA 1R5PA 1SD9A 3BOAA 1AQWA 3HYPA 3DWVA 1U3IA 5CYYA 2DJKA 2HT9A 1T4YA 1W89A 2IMFA 4BPYA 1O7UA 3GFKA 2E2MA 1ACVA 5INYA 3A5WA 1YQ1A 2GVPA 4PUFC 3GV1A 1QK8A 3ZRDA 1VRSD 1UA5A 4JR6A 1WOUA 1VF4A 1K0CA 5D9TA 2LJKA 1EP8A 1BX9A 1OC9B 2XBQA 2PVOC 2VM2A 3UOMA 1BEDA 4TXOA 1T3BA 5H5QA 3KEBA 5CRDA 4X0XA 5E4WA 2RUFA 1SL1B 3GX0A 5G5FA 2VL3A 1JZWA 4GTUA 1FG4A 3FY7A 5ECHB 3HXSA 3UMAA 1K0OA 1R26A 2H30A 2M46A 3KJYA 3R2QA 4ECCA 2FCHA 2PGTA 2VCVA 3UBLA 1AC1A 2IFQA 5DQYA 3SBCA 2GT5A 1EEMA 2N5FA 2FUG2 4ZBAA 3GH6A 1T7PB 2OADA 1GH2A 2H8LA 4DSRA 3DGQA 2F9SA 3EMXA 2C8UA 1KTEA 1ML6A 2ZNMA 3D0ZA 4G0IA 2VUPA 4ZB9A 2MBTA 4J57E 4XIHA 5DALB 3L0HA 2RM6A 1Z6MA 4Q5RA 3RBTA 8GSSA 2N5AA 4ML6A 1XVQA 2FLSA 2GZPA 5AIXA 2FHEA 1EZKA 1O73A 3KP9A 4PURA 1AW9A 4MA9A 4JEDA 4J2FA 2H0HA 1GNWA 4MPFA 1J0FA 1QQ2A 3UARA 4NMUA 4BVXB 4ZIJA 2DBCA 18GSA 4HU7A 4CHSA 5EY6A 1SD8A 2PPTA 5IQYA 3KTBA 4K1FA 4USSA 1ABAA 5FT3A 4DVCA 1AIUA 3ED3A 4IS0A 3HA9A 4V1Ap 4FYUA 4L5LA 2JZTA 1GP1A 4NXIA 2TRCP 4Q5QA 2CX4A 3F3QA 3G7JA 5IMVA 1TKDB 4WETA 4DSSB 2L57A 2HRAA 4AGSA 1FB0A 2FNOA 2HXKA 2ES7A 2C0EA 3W8SA 1ZZYA 2KUCA 4XTSA 2YWIA 2N5BA 1ZMAA 2C80A 1SYXA 4POMA 5ECKB 3QFBC 1TRSA 3DEXA 3KH9A 1OKDA 2H73A 3U6VA 3BCKA 3TKPA 3ZMLA 3LGCA 2HRFA 3TJBA 1FB6A 2E2GA 3QCPA 1PL2A 1G6WA 3D21A 4YQVA 3IE3A 1BQ7A 3PR8A 3IV4A 5DALA 4KDXA 1F9MA 4LMVA 3O76A 3IBHA 1B8XA 2VAFA 2IWTA 4XCSA 2YWNA 1K0MA 2WZ9A 1SYRA 3I6AA 3P2AA 2FA4A 2DJ0A 1GNEA 2GQKA 2HNLA 4EVMA 1PKZA 1PX6A 1HQOA 4MZCA 3LFLA 4MP4A 3IHQA 4MH2A 1YEXA 4KNDA 1T00A 5L71A 1F3AA 5ECOB 2WRTA 19GSA 5DCHA 5IO0A 1F2EA 3CMIA 2IL3A 2L59A 3GL3A 1OE7A 3PH9A 3KZQA 1NHYA 4EDYA 1WWJA 3GRXA 2H76A 4ZL9A 5F07A 1WP0A 3QDNA 4YAPA 3DKSA 3IK9A 3CSJA 4DSSA 3UAPA 5IMCA 2XC2A 4MJEA 4KW6A 4N30A 1E2YA 1HNBA 4BL7B 4MZWA 2JSZA 1X0RA 3TJGA 5CO3A 2YCDA 4V2LA 4GRFA 3IA1A 3QOUA 3H1NA 2VCTA 4NV5A 4KA0A 3C71A 1X5EA 1A0RP 4I5QA 3H8QA 1Q4JA 2MMAA 5D9WA 4ZL8A 2AUVA 3DIEA 1Y25A 2GQLA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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