The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
199
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structure length |
199
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Chain Sequence |
MPNYKLLYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIKYEDHRIEQADWPKIKPTLPFGKIPVLEVEGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGKTELEQCQVDAVVDTLDDFMSLFPWAEENQDLKERTFNDLLTRQAPHLLKDLDTYLGDKEWFIGNYVTWADFYWDICSTTLLVLKPDLLGIYPRLVSLRNKVQAIPAISAWILKRPQTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| publication title |
Cloning and crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
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| total genus |
70
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| structure length |
199
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| sequence length |
199
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| chains with identical sequence |
2
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| ec nomenclature |
ec
2.5.1.18: Glutathione transferase. |
| pdb deposition date | 1998-12-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| 1 | PF02798 | GST_N | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
| 1 | PF14497 | GST_C_3 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FO5 A; 3I43 A; 3UMA A; 3ZL5 A; 3WYW A; 2JU5 A; 3RHB A; 4K0N A; 2DJ2 A; 5DJM A; 17GS A; 3HJO A; 3VFI A; 4G0L A; 3VWW A; 4MJC A; 4V2N A; 2H1A A; 2J23 A; 3C73 A; 2CVB A; 6GSU A; 4TW5 A; 1YKC A; 3HD5 A; 4WF5 A; 1UVZ A; 1JZR A; 2VIM A; 1WOU A; 4KX4 A; 1A8Y A; 2AUV A; 4NXI A; 2VLV A; 1T1V A; 4TXV A; 5F8B A; 5FHI A; 2H70 A; 1M99 A; 3M1G A; 5FT3 A; 5DQY A; 4L0W A; 3RDW A; 1K0A A; 3F3R A; 2IL3 A; 1GUK A; 1XW5 A; 3OR5 A; 1T4Y A; 4RI6 A; 2QKE A; 5ECH B; 3PGT A; 1OKT A; 1SYR A; 1T00 A; 1TU7 A; 1B4Q A; 1K0B A; 2B7J A; 3O3T A; 4GWR A; 2KP1 A; 3VWU A; 3KJY A; 1O6J A; 3LXZ A; 3LXT A; 5ECM B; 5G5F A; 1A2L A; 2OA7 A; 4BA7 A; 2YWM A; 4IJ3 A; 3GKM A; 1XWG A; 4ZBA A; 4TR1 A; 2H19 A; 4MH2 A; 3ZTL A; 1F9M A; 2PPT A; 2JZR A; 2N5B A; 2HXK A; 2E2G A; 4N10 A; 4I2T A; 2V2G A; 1ZL9 A; 3QOU A; 3FK8 A; 2C0G A; 3HY2 A; 3IC4 A; 5B7C A; 1A0R P; 5C04 A; 3EU3 A; 2GQK A; 4TR3 A; 3D4T A; 5ABR A; 3RHC A; 1B9Y C; 5DQS A; 4MPF A; 4ISD A; 4JR4 A; 3IAS 2; 3ZIT A; 3DWV A; 3UVT A; 4MF6 A; 2X64 A; 1W4V A; 4Q5F A; 1VRS D; 3F4T A; 4E8H A; 1S3C A; 3C71 A; 5LNK e; 2HE3 A; 5ECK B; 5EPF A; 4G2E A; 2FLS A; 4G19 A; 4N0V A; 1MEK A; 5IPH A; 2FWE A; 2WS2 A; 2C4J A; 1OYJ A; 1QFN A; 4BWQ A; 4AF2 A; 1OE7 A; 1K3O A; 1TI3 A; 1G6W A; 3PR8 A; 4IKH A; 19GS A; 2OE0 A; 4OFM A; 1BED A; 4F82 A; 5B6N A; 3UAR A; 2FGX A; 1WRY A; 2JSZ A; 2IMK A; 3QAG A; 8GSS A; 5ID2 B; 2EC4 A; 3BCK A; 1WIK A; 3PIN A; 1OC3 A; 3HJP A; 3KH7 A; 3ZRD A; 2H0H A; 4KW6 A; 1EOG A; 2IFQ B; 3EYT A; 1USB A; 4WET A; 5CRG A; 1MDK A; 3VWV A; 5D93 A; 2LTK A; 2L5L A; 1F3A A; 5DJL A; 1CQH A; 4WR5 A; 5B8A A; 2O87 A; 1ILO A; 1AIU A; 1M9A A; 4IBP A; 2P31 A; 2YWI A; 4OD7 A; 3WT2 A; 3BJ5 A; 3TJK A; 2ZCT A; 4WXT A; 5BMU A; 1OAZ A; 3G7J A; 3O76 A; 3C1S A; 1A24 A; 4KF9 A; 1GSE A; 2OBI A; 5JCG A; 1G6Y A; 3VPQ A; 5JWQ B; 5C00 A; 3LYK A; 3GKX A; 2GDR A; 3EMP A; 4ZL9 A; 5IMZ A; 2HRK B; 4IW9 A; 4FYC A; 2H1D A; 4GSN A; 1V58 A; 3LWA A; 2CZ2 A; 10GS A; 2P5R A; 2FWG A; 4GCI A; 1TW9 A; 5IMD A; 1FVK A; 4G0K A; 1QUW A; 5HR0 A; 5HQP A; 1PKZ A; 2B5X A; 4MPG A; 4YAV A; 3Q18 A; 1TTZ A; 3HA9 A; 2LKU A; 4NV5 A; 1PL2 A; 2H74 A; 1UN2 A; 2C3N A; 2ON7 A; 3APS A; 3PH9 A; 5CP1 A; 5GAP D; 2JZT A; 3KMN A; 2MZC A; 4BL7 B; 2WRT A; 1FB6 A; 4RI7 A; 4IHU A; 2YP6 A; 1A0F A; 4FQU A; 5F07 A; 1YF1 A; 3CBU A; 14GS A; 5EVO A; 1V9W A; 2OE1 A; 3GX8 A; 3EWL A; 2LST A; 3TKQ A; 2Z9S A; 1PSQ A; 4NWY A; 1LU4 A; 4GTU A; 1SL1 B; 2HYX A; 4KSM A; 4WKW A; 2PVQ A; 4PX1 A; 1X0R A; 4ECI A; 1FW1 A; 4TR0 A; 1TK0 B; 3ME7 A; 5E4W A; 4YQM A; 5ECN B; 3M3M A; 2G0F A; 1O85 A; 4ZL8 A; 1M2B A; 2PMT A; 3Q74 A; 4KE3 A; 3GX0 A; 1WP0 A; 3QMX A; 4XS1 A; 1TJD A; 3I9V 2; 4QQ7 A; 2FHE A; 1FAA A; 3FYG A; 1X5D A; 2VLU A; 3CTG A; 3GTU A; 5ID2 A; 3J7Y b; 2JL4 A; 1XFL A; 1AXD A; 4GSS A; 3H93 A; 4GF0 A; 3V1W A; 3ZIJ A; 4QL9 A; 3H1N A; 2IFQ A; 3DIE A; 1F2E A; 1M2D A; 2LJK A; 2MYG A; 3CYN A; 3F63 A; 2HSH A; 2ES7 A; 5IMF A; 5GST A; 2C80 A; 1DE2 A; 2LRT A; 3BCI A; 4J57 E; 2KUC A; 2D2Z A; 3GIX A; 4MF7 A; 2HZE B; 3A2V A; 2QGV A; 5AIX A; 2VUP A; 4JE1 A; 2HQT A; 2LNS A; 5F06 A; 2HSM B; 3TJF A; 1ZGN A; 3UOM A; 2PBJ A; 2X8C A; 3M9K A; 2H76 A; 3L0H A; 1MD4 A; 5B6M A; 3QAW A; 1V98 A; 2HRK A; 1NSW A; 3CSI A; 1O7U A; 2MMN A; 4LA1 A; 2DJ3 A; 2I81 A; 1SL0 B; 2GGT A; 4PQ1 A; 1NHY A; 4AGS A; 2IIY A; 3GHA A; 3D21 A; 1BG5 A; 5A4U A; 4K7O A; 1SKR B; 1UC7 A; 4ULX A; 1GTB A; 1PX7 A; 5GAN D; 2GT5 A; 1DBY A; 1GP1 A; 2JAD A; 1PKW A; 2DMM A; 2E0Q A; 1HQO A; 4XIH A; 2REM A; 2XBI A; 4AJ6 A; 1QXH A; 4HZ4 A; 3CSJ A; 4IN0 A; 1TDI A; 1GSQ A; 3KTL A; 4KSO A; 2FD3 A; 3EMX A; 2NBS A; 2R4V A; 1TXX A; 3ZYW A; 1DUG A; 4G0I A; 1TRV A; 4MCU A; 3MWH A; 1TOF A; 3H8Q A; 2YV7 A; 1O81 A; 2HT9 A; 3GV1 A; 1BQ7 A; 3TGZ A; 3LSZ A; 3AY8 A; 1ABA A; 4TVE A; 4HU9 A; 2QSI A; 1Z3E A; 1JZO A; 5HR2 A; 3KXO A; 4ZBD A; 1H4O A; 4KDU A; 3KTB A; 1SJI A; 5D73 A; 3MSZ A; 2V32 A; 1FVJ A; 1R5P A; 3EE2 A; 4JZQ A; 2CAQ A; 3FHK A; 2HZF A; 1X5C A; 3FR3 A; 2IWT A; 2LUS A; 3C1R A; 3LEF A; 4HQZ A; 3DRN A; 1YEP A; 3HCZ A; 2FUG 2; 1OVN A; 4QL7 A; 1IYH A; 2VCW A; 2LNT A; 4I5Q A; 4EF0 A; 2B6M A; 2KOK A; 9GSS A; 3CRU A; 1URM A; 2YV9 A; 3CSH A; 2IMF A; 2MMO A; 4Q5R A; 4J2F A; 5D9W A; 2O85 A; 1SK2 A; 3GA4 A; 1B9X C; 1A2J A; 4N30 A; 5ECI B; 2MBS A; 2AHE A; 1XOA A; 1MTC A; 5ECS A; 3UAP A; 2CX4 A; 2F51 A; 1PN9 A; 2H71 A; 4K9Z A; 4I6X A; 2DC5 A; 1EEM A; 3KEB A; 4NMU A; 2V6O A; 2CZ3 A; 3BBY A; 2TRX A; 4EO3 A; 2HZE A; 1A23 A; 2VD0 A; 2BJX A; 2L4Q A; 3IXR A; 2L4C A; 2VCV A; 4K6X A; 2PUK C; 5ECP B; 4CHS A; 4HI7 A; 1ZZY A; 3NZN A; 2HSM A; 2OAD A; 4POM A; 2VL9 A; 3ZLP A; 1AQW A; 2H1G A; 2RUF A; 1TRS A; 1C72 A; 3KP8 A; 3KIJ A; 3FEU A; 4WR4 A; 3F9U A; 2K8S A; 2C3T A; 3KM6 A; 3L9V A; 1KEB A; 2FA4 A; 2KHP A; 1ML6 A; 2VOC A; 4DSQ A; 3NOF A; 5ECR B; 5DDL A; 4PQI A; 4IEL A; 1I9D A; 2WGR A; 4XTS A; 5JCU A; 1LBK A; 5F05 A; 1FB0 A; 3HZ8 A; 1FOV A; 2G2Q A; 1OE8 A; 2C1Y A; 3L9S A; 2P5Q A; 1GTU A; 1GUL A; 2DJK A; 2LRN A; 1ERU A; 3L9U A; 1RK4 A; 3IC8 A; 18GS A; 1Z7P A; 3VLN A; 1GLQ A; 2YNX A; 1DSB A; 4AJ7 A; 1ZCP A; 2GT6 A; 4ML1 A; 2K18 A; 4ZL7 A; 5HFK A; 2GQM A; 2AJQ B; 1X9M B; 4FIW A; 3U5R E; 4YAP A; 22GS A; 1A2M A; 1WWJ A; 1HNC A; 4L5O A; 2RUE A; 2ALB A; 4BPY A; 5G1L A; 1VF4 A; 4N0Z A; 2TIR A; 4KND A; 1K0O A; 1TK5 B; 5F0G A; 2JZS A; 2PER A; 2VM1 A; 1AAZ A; 3TB2 A; 2EIR A; 3QR6 A; 5IOW A; 3VUR A; 3MAK A; 1NW2 A; 3US3 A; 4JED A; 2GTU A; 1KBN A; 1FHE A; 3ERF A; 2A2S A; 2YWN A; 3F0I A; 4D73 B; 4X43 A; 4EXJ A; 5DVB A; 11GS A; 5DAL B; 4V1A p; 1GTA A; 1W89 A; 3I6A A; 5AN1 A; 2YZH A; 4AJ8 A; 1TP9 A; 4KCE A; 4XS4 B; 1MDI A; 12GS A; 2IN3 A; 3TKS A; 1GLP A; 3APO A; 2YJH A; 4GQC A; 3E9J B; 3UJ1 A; 2IMI A; 3WD6 A; 2GZY A; 1AW9 A; 4NPB A; 1R4W A; 2AB6 A; 3TKP A; 2GZZ A; 3IRA A; 1Z6M A; 4JBB A; 3N5O A; 1GNE A; 3MDK A; 1F37 A; 2PGT A; 1QGV A; 1Y6E A; 4POL A; 4HJ2 A; 3C7M A; 5D96 A; 2LRC A; 3VWX A; 3TKS E; 3D0Z A; 4K7I A; 3G7Y A; 1EGO A; 6GSW A; 2B1K A; 4O5R A; 1NHO A; 3A3T A; 3ZFB A; 4L0U A; 4KA0 A; 4FYU A; 2A2R A; 2AAW A; 4PNF A; 4TOP A; 3KH9 A; 1SL2 B; 3TRQ A; 3FZ5 A; 2VM2 A; 5AGY A; 3WT1 A; 4KAE A; 2CV4 A; 2V1M A; 2GVP A; 5IO2 A; 7GSS A; 2C8U A; 4TXO B; 2V6K A; 1O73 A; 3GSS A; 2YWO A; 1YJ6 A; 3GUR A; 2C0F A; 3LQ7 A; 2VL2 C; 1HNA A; 3DYR A; 1R5A A; 3LOR A; 4WEY A; 1YZX A; 2HI7 A; 3C8E A; 2F8F A; 2I1U A; 1NM3 A; 4PTS A; 2CQ9 A; 2YPM A; 4K7N A; 4MZC A; 5CRW A; 1TK8 B; 2VAF A; 2R37 A; 4KH7 A; 2FWF A; 4ZBB A; 1PA3 A; 3LGC A; 1ERW A; 4F0B A; 2L57 A; 3W6G A; 2VCZ A; 2H75 A; 6GSV A; 5IPG A; 1GRX A; 2K8V A; 4MJE A; 4OCE A; 5FWG A; 2HSN B; 2VCX A; 1N2A A; 4D73 A; 4WF4 A; 1O8X A; 5DAL A; 1T7P B; 1XWB A; 3ZVJ A; 3GYK A; 3ME8 A; 4MAB A; 4ML6 A; 5D9V A; 5DAK B; 4EVM A; 1T8E B; 5HR1 A; 3HYP A; 2H0G A; 2GS3 A; 3M9J A; 3HJM A; 4EUY A; 1G7E A; 2DIY A; 4F2I A; 1MDJ A; 3E3E A; 1XIY A; 3RPN A; 4XS4 A; 4TR4 A; 2PVO C; 3DKS A; 5HFI A; 1PRX A; 1Z5Y E; 2IPA A; 1ZOF A; 4I97 A; 4K2D A; 4FH8 A; 4X0X A; 4OO5 A; 3W8S A; 4F03 A; 5G1K A; 1V57 A; 1SK0 A; 1YKA A; 1YEX A; 2OE3 A; 4LMW A; 3SWL A; 2HRN A; 3A5W A; 4IGJ A; 4DEJ A; 2LEG A; 2FY6 A; 1UA5 A; 3RAZ A; 4MP4 A; 1QQ2 A; 4KB3 A; 4ZB6 A; 5J3R A; 5A5K A; 16GS A; 1WE0 A; 3ZIV A; 3O6T A; 1JHB A; 4E8E A; 4GXZ A; 5G5E A; 3ZZX A; 3DVX A; 1V2A A; 3TOU A; 2XHF A; 2XPD A; 3ZVJ D; 2XC2 A; 1GSY A; 2WFC A; 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