1PD2 | Genus

Total Genus 70

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	199
structure length	199
Chain Sequence	MPNYKLLYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIKYEDHRIEQADWPKIKPTLPFGKIPVLEVEGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGKTELEQCQVDAVVDTLDDFMSLFPWAEENQDLKERTFNDLLTRQAPHLLKDLDTYLGDKEWFIGNYVTWADFYWDICSTTLLVLKPDLLGIYPRLVSLRNKVQAIPAISAWILKRPQTKL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__237392353317385__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__237392353317385__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1PD2/1/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__237392353317385__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"237392353317385","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1PD2/1/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__237392353317385__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbc953de5ff46f74e03e8e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbc953de5ff46f74e03e8e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbc953de5ff46f74e03e8e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbc953de5ff46f74e03e8e/pdb.gz): 1712 ms

reading 199 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

199 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:198});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Ligase
source organism	Rattus norvegicus
publication title	Cloning and crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
total genus	70
structure length	199
sequence length	199
chains with identical sequence	2
ec nomenclature	ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date	1998-12-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
1	PF02798	GST_N	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
1	PF14497	GST_C_3	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	1pd2102
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1pd2101

3G7IA 1DE2A 1M0UA 2JZSA 5GZZB 2HSYA 2EIQA 4I6XA 1K3LA 5EPFA 4ZIJA 1R5PA 2O8VB 1X5DA 3C73A 3HJMA 1GULA 13GSA 3LGCA 3BJ5A 1ERUA 1THOA 2VL3A 3D6IA 3E0UA 4KB3A 1W89A 5JCGA 2YJHA 4IHUA 1AW9A 4TR3A 3ZITA 4ISDA 3WGXA 4MPFA 4I2TA 3KD0A 1JZRA 3FY7A 5JCWA 4RI6A 1SKSB 3KP9A 4BPYA 3D4TA 1EV9A 1X0RA 2ON7A 4V2NA 3F4SA 3LFLA 1NM3A 3KP8A 3QOUA 3FZAA 3A2WA 1VF4A 3Q19A 2QSIA 1BG5A 2VL2C 4IELA 1PGTA 3QFAC 1GP1A 1ERWA 2B6MA 3EC3A 1G7OA 2WGRA 4TXOA 1PL1A 1V2AA 3GX0A 5ID2A 3SWLA 2V1MA 1YEPA 2FY6A 4WETA 4G10A 4NWYA 1TTZA 4D73A 2VLTA 2XHFA 5KN1A 5G31A 1Z3EA 1GWCA 3VFIA 3G7YA 1V58A 1YDKA 1GTAA 2MBTA 2FWEA 2I1UA 1Z9HA 2IL3A 1TJDA 1GUKA 5HFGA 2EIOA 2O89A 1GL8A 3A5WA 3VURA 1BYEA 3C8EA 3VLNA 4G0IA 5F05A 3QMXA 4F0BA 1R5AA 2HYXA 2PVQA 2V32A 4TXVA 3NOFA 3PR8A 4BWSA 5AIXA 1XWCA 3US3A 1B4QA 4RQXA 3KXOA 5AN1A 1R26A 3WGDA 3MSZA 4LMVA 4AGSA 3TKSE 2YZUA 4XS4A 2KLXA 2GSQA 5FHIA 4V1Ap 5CAXA 2LSTA 2LUSA 3TGZA 3FW2A 3UEMA 2DSAA 3KTLA 5AIVA 3QDNA 1TP9A 3GL5A 1ZCPA 2MMOA 5ECOB 3EU3A 1GTBA 2GDRA 2YWNA 4O5RA 1Z7PA 1F2EA 2H75A 2H0GA 1ZOFA 4FH8A 2H1GA 3ZFLA 4MLYA 4WKWA 2RM6A 2PBJA 1AC1A 5D9TA 2MYGA 3FK8A 5ABRA 3M3MA 1J9BA 4RI7A 5LCZA 1JHBA 1K3YA 1N2AA 3C1SA 3DVWA 1WWJA 4HU9A 4ZL7A 1XIYA 1NHYA 3EU4A 1O85A 4KE3A 1SYRA 4MA9A 2EC4A 4I8BA 1ZZYA 1LU4A 4ZBBA 1PX6A 5IMZA 1X9SB 5IMAA 1GH2A 5H5RA 5GAPD 1WE0A 2D2ZA 1TRUA 3Q18A 2WFCA 1VF2A 4KCEA 3C1RA 3HKRA 2YP6A 3FYGA 4MP4A 2G0FA 2H1BA 2VCTA 3ZYWA 1EWXA 3RDWA 2CAIA 3TKSA 2VUPA 2E7PA 4EXJA 2GT5A 3LJRA 4ECIA 2FWFA 1XVQA 4L5OA 2HRNA 3IK7A 2B7KA 5HR1A 4YH2A 17GSA 3LXTA 3TOUA 3C71A 1F3BA 3EWLA 2LEGA 2BJXA 2JSZA 3LQ7A 3FKFA 4PQHA 2LNTA 1TU7A 5DAKA 1PKZA 2KOKA 2JZRA 2FCHA 1NHOA 2K9FA 4KSOA 4MH2A 5J9BA 2NVLA 4PNFA 3J7Yb 4MH3A 4K7IA 1BJXA 2WDUA 3NIVA 3CRTA 2C0EA 3HVSA 3HXSA 4Z7XA 4ECCA 1E2YA 1EV4A 4BL7A 5ECKB 2I3YA 1OKTA 5CRWA 1MD4A 1SK2A 5ENUA 1SK1A 4AJ7A 2CVKA 2GQMA 2VCWA 1ERVA 2OE1A 4DSSB 3GTUB 4OFNA 4BVYA 1GLPA 22GSA 4G0KA 4F82A 2CVBA 2DC5A 5GSSA 2LV3A 2FGXA 1V57A 2O87A 14GSA 3A2XA 3QPMA 1HYUA 1R7HA 1F6MC 2TRCP 3FRCA 3ZVJD 2F51A 5CREA 4GLTA 1EP7A 3F6FA 3QD9A 9GSSA 16GSA 2K6VA 2DMMA 2KP1A 1XXUA 4ZB8A 4H86A 3LWAA 4HOJA 2YANA 3P7XA 3HZ8A 5ELAA 5CRGA 2CZ2A 2B1LA 2X64A 1A2LA 2FUG2 3GMFA 3DVXA 4CHSA 2GQKA 1UC7A 4ZL9A 2C0GA 2IMEA 4I5QA 6GSUA 1AXDA 3ZL5A 3GNJA 4DSQA 2RUEA 1SK0A 4WBJA 2L5OA 3L9UA 1KNGA 3HZ4A 2Z9SA 4YQUA 1S3AA 4TOPA 1OC8A 2G2QA 1T00A 2NBSA 4KH7A 4MZWA 3ZMLA 2PMTA 4KA0A 1YF0A 4TR1B 3N5OA 2VO4A 4K8MA 2IMDA 2CV4A 3CSIA 1RK4A 1VRSD 4K9ZA 3TUEA 1PD21 2KUCA 1ABAA 1U3AA 1E6BA 2CT6A 3LYPA 1CQHA 1W4VA 3ERFA 1PX7A 2K8SA 2H70A 1DUGA 1F37A 1GSDA 3S9FA 20GSA 3FHKA 2YNXA 5J41A 5ECRB 4AF2A 5ECPB 3TKPA 3VWUA 2L4QA 6GSXA 1XPVA 4IBPA 5ECMB 4JZQA 3UAPA 2F8FA 1QUWA 2CQ9A 1A8LA 2X8HA 5DCHA 4RQRA 2H74A 4JR4A 3HJPA 4XIHA 4WF4A 4OFMA 1WJKA 4KGIA 1JZWA 3RHBA 1SKRB 4IS0A 3WGEA 3GKNA 5BMUA 3W6GA 4EC0A 3KIJA 5KN0A 1GSEA 3KGKA 5KN2A 3NZNA 4XS1A 1SL0B 1FW1A 4JEDA 4NAXA 3UMAA 4IP1A 2I9HA 1O73A 4HU7A 4NMUA 3DXBA 2IMFA 3F9UA 4WR5A 3CBUA 3VWWA 2E0QA 3IC8A 2HZEA 4OCFA 4XHMA 4K7OA 3EYTA 1MTCA 1K0OA 4LMWA 1AQVA 2P31A 3DMLA 3EVIA 3DEXA 1ZGNA 4EKZA 2HT9A 2JL4A 1TRVA 2K18A 3F8UA 5D8IA 1X5CA 1G6WA 1KBNA 4K0GA 5D73A 1U88A 2M80A 1S3DA 1PQNA 2VCVA 4O7HA 3TRXA 1USBA 4K0NA 4ZB9A 3RBTA 3QFBC 1SJZA 3VWXA 4XS4B 3FZ5A 2L59A 2HRAA 2V2GA 5ELGA 2MMAA 5DALA 3CMIA 3EMPA 3RHCA 3GKMA 3KTBA 4WEYA 2PUKC 2CZ3A 1TK8B 2JU5A 4IN0A 2FHEA 3GURA 2N5FA 6GSVA 5GSTA 5G2ZA 1V40A 1HNBA 1GSQA 3F3RA 2C0DA 3F0IA 2LRNA 3M8NA 2R5GA 2WS2A 1F9MA 2B3SA 2CVDA 2OBIA 4POLA 2R6KA 5IM9A 1OAZA 4FYBA 1JZDA 4WBRD 1RW1A 3R2QA 2YWOA 2YV7A 4PX1A 1GRXA 2GTUA 2HZFA 3SBCA 2OBKA 3Q74A 1TXXA 3QAVA 2HRKA 3GL3A 5IMCA 2H01A 5FT3A 2IMKA 3DRNA 1A24A 2N5BA 1XW9A 5B8BA 4IKHA 1T4YA 1TRWA 2OE0A 2C4JA 3ME7A 1JZOA 3M1GA 2XBQA 1ST9A 1BQ7A 1OE7A 1UA5A 1XOAA 4EE0A 2BTOT 1S3CA 2A2SA 5DQSA 2REMA 1SD9A 5A4WA 3IDVA 4OCEA 3GH9A 4HI7A 3WT1A 1XWAA 3MDKA 4XTSA 3L4NA 1NW2A 1OKDA 1MDKA 1PL2A 5IMFA 1ERTA 2IIYA 4PNGA 2PERA 1NSWA 2V6KA 3VI5A 3GFKA 2XBIA 4CDOA 2HQTA 1PSQA 1SKWB 1G0TA 2PVOC 2CAQA 1GTUA 5G5EA 2C8UA 3ZMKA 1YKAA 2AAWA 3ISOA 3FR3A 1XCCA 5JWQB 3CRUA 4EF0A 3E3EA 5EL8A 3EE2A 4GSSA 2DIZA 2KP2A 3VWVA 1B4PA 4XRDA 5JCUA 2YWMA 1GSYA 2DJ1A 1VF1A 5G1LA 4RUVA 3G7JA 2LRCA 4N30A 4GF0A 3UIWA 4IJIA 4F0CA 5IMDA 3GYKA 5F06A 5ECNB 4HUAA 2DMLA 3FR9A 2IN3A 2IJYA 1DSBA 5F07A 2CX3A 2OJLA 1AIUA 4KCAA 1M9BA 1GNEA 4PTSA 3HD5A 2H0HA 5INYA 1R4WA 4PUAA 6GSWA 11GSA 4YAPA 2GS3A 3O76A 5ECSA 5CP1A 2H72A 2YWIA 1A8YA 4ZXGA 1URMA 3Q6OA 2H0IA 2F3MA 3I43A 3TB2A 4ECBA 4E8EA 3FR6A 5AISA 3ZLPA 3H79A 2VL9A 1O8WA 4ILFA 3N9JA 4MCUA 5J5NA 2AUVA 5B6MA 4YQMA 1YEXA 3IAM2 1M99A 4N0VA 5B6NA 5IOXA 4O32A 2H71A 1GSUA 3GX8A 3TCOA 1SU9A 1AQWA 5G5FA 1ZYQB 3H93A 2I81A 2YN1A 1SJIA 3ERGA 2H8LA 4X0XA 1X9WB 3GSSA 4JE1A 4QL9A 3UARA 1F3AA 2B7JA 1EZKA 2HLSA 2JSYA 1X9MB 1ZYEA 3BD2A 3I9V2 3TDGA 4AJ8A 3HYPA 4I2UA 3UBKA 3D5JA 2DJ3A 1A0FA 4WXTA 1Q98A 2IFQA 2YOIA 3A3TA 4Q5NA 1XWGA 2OACA 4G2EA 1EGOA 1CQGA 1T3BA 5D96A 3PINA 1H4OA 5D93A 3EINA 5C04A 4PGTA 2KHPA 1T8EB 5EY6A 5ECLB 1YKCA 2DJJA 1O7UA 2HRFA 1DE1A 3A2VA 2H76A 3GKKA 1PKWA 4V2MA 3BBYA 8GSSA 1EOHA 1QQ2A 2M72A 3HJOA 1XWKA 3VI7A 1WRYA 1A2MA 2HSHA 4HEA2 2HZEB 4YQVA 2H66A 4GRFA 3BOAA 4FIWA 3LEFA 1Z7RA 2H1AA 1K0NA 4N10A 1K0CA 3W8JA 4FO5A 3QAGA 5E4WA 1GSFA 1JLVA 5J9CA 3F3QA 4DEJA 3TKQA 2AV4A 3IK9A 2ALBA 1IYIA 1DBYA 2FWGA 1T7PB 2V6OA 1U6TA 2AB6A 1T1VA 2H6XA 2TRXA 2PU9C 2ZCTA 3HA9A 3BCKA 2VCXA 5DALB 4GXZA 3ZIJA 4DVCA 5LD0A 3TKSC 5LNKe 2VD0A 4K1FA 4ECJA 5IO2A 5CYYA 4HS1A 4PUFC 1OC9A 3GH6A 1A0RP 2I4AA 2VL2A 4JR6A 3R3EA 3TKRA 3CXGA 5JWRB 4PURA 1BAYA 3EURA 1LJRA 4LL4B 1TI1A 4HJ2A 4KX4A 1SD8A 2C3NA 5CRDA 3VPQA 4MABA 4J2FA 3LORA 1PRXA 1QFNA 3KMOA 3IPZA 4JRRA 4DSSA 3TJKA 2DIYA 3L9VA 2OKAA 3V1WA 3O6TA 5DJLA 3HVVA 4MF7A 3C7MA 2WJUA 4EO3A 4BVXA 5F8BA 2NTOA 2N5AA 1SENA 1OYJA 5ECQB 5A5KA 2DJKA 1YQ1A 4WF5A 5DBQA 3ZTLA 4KF9A 4TKYA 2DJ0A 4TXOB 1J08A 2HRKB 5L71A 5CRHA 5ID2B 4GQCA 2AYTA 3KH7A 3KEBA 1GUMA 1ML6A 4HQZA 2H6YA 2GGTA 1SYXA 4D73B 2VM1A 4IGJA 4OMVA 3RAZA 3TJJA 3GN3A 1XBSA 3I69A 3APSA 2JACA 4N11A 5DQYA 1UN2A 2GT6A 3P8WA 1MEKA 5C00A 2RLIA 3FEUA 3WT2A 2FD3A 4L8EA 1KEBA 1SJ6A 1QGVA 3IHQA 5A4VA 3M9KA 3IXRA 2H1DA 5D9XA 5E59A 4O92A 1FG4A 2DLXA 4POMA 2IPAA 1Z6MA 4EUYA 2P0GA 4POBA 1ZMAA 3HVXA 2LQQA 3GKXA 2HI7A 2LQOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1PD21

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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