4YAPA

Crystal structure of ligg-apo form from sphingobium sp. strain syk-6
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
PQELTIYHIPGCPFSERVEIMLELKGLRMKDVEIDISKPRPDWLLAKTGGTTALPLLDVENGESLKESMVILRYLEQRYPEPAVAHPDPFCHAVEGMLAELAGPFSGAGYRMILNREIGKREEMRAAVDAEFGKVDAFLKRYATGSDFLFDDRFGWAEVAFTPMFKRLWFLDYYEDYEVPANFDRVLRWRAACTAHPAAQYRSKEELLKLYYDYTQGGGNGRIPEGRSISSFSPDVDWRTRPMPPRDKWGHAATDAELGLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Sphingobium sp. syk-6
publication title Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione S-transferase homolog
total genus 93
structure length 262
sequence length 262
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13417 GST_N_3 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF16865 GST_C_5 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 4yapA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4yapA01
4HI7A 3HY2A 4I97A 3VI5A 2IJYA 1DUGA 3KTBA 2LTKA 4H86A 4PQHA 2C1YA 3LYPA 2AV4A 2DMLA 2P5RA 4K1FA 4DSSA 1A8YA 1GRXA 1ML6A 1U6TA 1AUCA 1LU4A 4OFTA 1HNAA 5DVBA 1FO5A 2B5EA 4X1UA 1AIUA 2QKEA 1UN2A 3QAVA 1X5EA 1GTUA 2GSRA 1SENA 5IMVA 2VL2A 4J56E 2WULA 4IJ3A 2H1DA 4YQMA 4ZIJA 1MTCA 3F9UA 1GSEA 1O8WA 4MH2A 4IW9A 5CRGA 2AJQB 3ZIJA 4TR1B 4WF5A 2XBQA 2GZPA 4RQRA 1TK0B 3H8QA 4G9HA 2EC4A 2GZZA 2YOIA 3TKSC 4POBA 1ZYEA 2FA8A 4DEJA 3QAWA 5D9WA 3ME7A 2H70A 2LJKA 2C3NA 5COHA 2PMTA 1QK8A 2VLUA 4FH8A 3BCKA 2LRTA 1UA5A 16GSA 2OE3A 5ECPB 1T8EB 4NXIA 1K0NA 2L4CA 4KNDA 1SK2A 1MDKA 2NBSA 2GSTA 4BWQA 5IMFA 1ZYQB 4IELA 3V1WA 2XBIA 2HRNA 3VWWA 4I5QA 1K0OA 4ZL7A 2YZHA 1MDJA 2H75A 1EGRA 2E2GA 2EIOA 1BAYA 2LJRA 1XVQA 3L78A 2DC5A 3VURA 5G5EA 3DKSA 6GSTA 4EDYA 3GKMA 1EGOA 2IWTA 5B8AA 2O89A 5JCWA 4BVYB 2FWFA 2HZEA 3NOFA 3C7MA 2DJJA 14GSA 3GL3A 4IJIA 1AQVA 2LRCA 5IIZA 3LXTA 4QL7A 2TRXA 3GSTA 4KAEA 1EEMA 1XWGA 4EC0A 2MMAA 5IPHA 1A0FA 1SL0B 4FIWA 1Z6MA 5HR3A 4K7OA 3IAM2 5FWGA 3FZ5A 3TCOA 4YQVA 4LL4B 2J9HA 3CSIA 1OC3A 3EE2A 2YJ7A 2FWHA 4ZILA 3FW2A 3L9SA 2RIIA 4HS1A 5AISA 3HVXA 1LJRA 5G30A 4ECJA 5A4UA 1ZOFA 5J9CA 1FVJA 3N9JA 2WS2A 4TR3A 4K8MA 4JR4A 3ZRDA 2BMXA 5LD0A 4EVMA 1K0AA 3WT2A 3P2AA 1SKWB 4MK3A 2ZCTA 3PPUA 1ACVA 4CW9A 3F4RA 1J9BA 1PRXA 3A2WA 5L71A 2TIRA 4OFMA 2GQKA 4MF7A 4PUFC 2C0GA 2YNXA 1GTAA 4IS0A 2I4AA 1O85A 1TK5B 3VPQA 4E8HA 2HRKA 1IYHA 4IHUA 1K0MA 2K6VA 4MLYA 2NTOA 4J2FA 1SKRB 4L8EA 1X5DA 4F0BA 1G0TA 1VF1A 5CRWA 5HR1A 3TGZA 1H75A 3DRNA 2IMEA 3HHVA 1OYJA 3UJ1A 2IN3A 5AGYA 4RQXA 4BL7B 3KH7A 4IP6A 2GS3A 4F9ZA 2OE0A 1T7PB 2YJHA 1BJXA 3UEMA 2FD3A 5IO0A 2V2GA 2MBTA 4CDOA 4WR5A 2YV7A 1Y6EA 2HRAA 2RM6A 4ML1A 1YEPA 2R6KA 5CNWA 1JFUA 5GAPD 2LSTA 3D4MA 4KSMA 1SD8A 2OKAA 1K0CA 3O6TA 1WIKA 2X64A 4GQCA 1T1VA 5IMDA 3RPNA 3EWLA 5J9BA 1M9AA 2XPEA 1JLWA 3M1GA 1QXHA 5DDLA 5H5QA 2VCVA 10GSA 5GSSA 1S3AA 2L59A 1PKWA 1OKDA 1Z3EA 5J41A 2FCHA 2C4JA 5F06A 1M7TA 5ECOB 3WGDA 4ID0A 5AIVA 1YQ1A 2LEGA 4WR4A 3QMXA 3G7IA 3WGXA 2N5AA 2XHFA 4JR6A 3LORA 3GMFA 2PVOC 4WETA 3ED3A 2KLXA 4HU9A 2CV4A 2HXKA 2LNSA 2CVDA 3VWUA 1Z6NA 3VK9A 2K8VA 3DYRA 2MZCA 3TOTA 4OD7A 2OBIA 4HOJA 2P5QA 3KZQA 3ZYWA 1UC7A 5H5SA 5DCGA 3CSJA 4MZWA 4JZQA 2HE3A 3P7XA 3HJOA 5HFIA 3TRQA 3GFKA 3IOSA 3KMOA 4P3YB 2LRNA 2L57A 1U88A 2FHEA 1OC9A 4NHWA 1A0RP 3TJJA 1XFLA 1XWAA 1QQ2A 1TOFA 5G1KA 1U87A 2L5LA 4J57E 5IOWA 1XWBA 4OO4A 1XWKA 2NVLA 3TKSE 2H6XA 3C73A 4F2IA 3UBKA 5E59A 2FGXA 4IVFA 2HFDA 5KN3A 1M2AA 3H93A 4OWYA 5GSTA 1FAAA 2DMMA 1EV9A 2L5OA 2WZ9A 1Q98A 1BEDA 2FWGA 2UZ8A 2OACA 2CZ2A 1PMTA 3L9VA 1R5AA 8GSSA 5J4UA 2M46A 1TRSA 2NDOA 5HQPA 3AY8A 3UOMA 2C0EA 22GSA 2PVQA 1WMJA 1EV4A 4PQ1A 2D2ZA 2CX4A 2IMFA 1XOAA 2IL3A 3C71A 3LEFA 1GLPA 2VD0A 4TKYA 5IM9A 3KD0A 4LMWA 5EL8A 4TOPA 3CTGA 1F3AA 3HYPA 1FB0A 1K3LA 1SYXA 2V32A 5GAND 3QDNA 4KGIA 3LFLA 3O3TA 5JCUA 2KOKA 4CHSA 4EE0A 1A8LA 4HJMA 5F0GA 3RAZA 2GDRA 4ECBA 3O76A 1AC1A 5CYYA 4XS4B 1GWCA 4KB3A 4N10A 1NHOA 5ID2A 1XW6A 2O85A 1T3BA 1ST9A 1QMVA 4POKA 1ZCPA 1MDIA 4I2TA 3E9JB 3DGQA 1SU9A 1F3BA 2XPDA 3IRAA 1O6JA 1PD21 3F6FA 5AN1A 2EIRA 2LS5A 1EEJA 3KJYA 3VWVA 3PH9A 4PNGA 5CREA 3EC3A 3D6IA 1G7OA 3TKRA 2XC2A 3HD5A 3KIJA 4OO5A 3TDGA 4MDCA 3GX0A 2HSNB 3DXBA 3BCIA 4K6XA 3DEXA 5EPFA 3IR4A 3F3RA 4RI6A 2REMA 5HR0A 3ZMLA 1THXA 3PINA 3IK9A 1SD9A 1PN9A 1Z7RA 1XW5A 4AJ8A 3GTUB 3QD9A 2VLTA 4N0ZA 3RDWA 2JU5A 4HDEA 4OFNA 4O7HA 3GKXA 2KUCA 1T4ZA 5EY6A 3F6DA 2WDUA 3BOAA 3TKQA 1FW1A 1XW9A 3APOA 3VI7A 2VL9A 2ON7A 1O8XA 3C1SA 1TI3A 2H30A 1W89A 2YP6A 3RHCA 2JACA 2CX3A 5DAKA 2CVBA 1QGVA 3W6GA 1SJZA 3F8UA 3VFIA 3EVIA 2H0IA 1R5PA 2DJKA 3WYWA 1R4WA 5D93A 18GSA 4GWRA 3QAGA 2BTOT 2FUG2 1T4YA 4NAXA 5LCZA 5ECMB 2JSZA 2AUVA 4JE1A 2VM2A 3I69A 3GH6A 1QFNA 5ECRB 2LV3A 4G0KA 2X8GA 4AJ7A 1E2YA 4IQAA 4ZB9A 3DIEA 3WD6A 3C8EA 1R7HA 3IDVA 2YANA 1A2MA 1VF2A 1JHBA 2VCZA 2HYXA 2R2JA 3M9JA 2QSIA 3K8NA 1EZKA 4JU5A 5JWQB 4V1Ag 3F3QA 5DQYA 1B48A 3S9FA 2Z9SA 2VL3A 1U3AA 3IA1A 4BVXA 2GSSA 1NW2A 1V2AA 4MF5A 3ZLPA 1W4VA 7GSSA 3ZVJA 5B6MA 5LNKe 1SL1B 1TXXA 3R3EA 3FY7A 3CTFA 5DJLA 4XIHA 1TK8B 2LKUA 4TR1A 4XRAA 4G19A 3ZMKA 1OE8A 3IE3A 3R2QA 1H4OA 4L0UA 1UVZA 2PPTA 4MJAA 1R26A 1X0RA 4MA9A 1TP9A 2H72A 3MNGA 3D21A 3M3MA 1GSDA 1E6BA 1PKZA 3ZIVA 4ZL8A 3E0UA 2G2QA 3BJ5A 3APSA 1TRWA 5JCGA 1HD2A 1J08A 1GSSA 4BPYA 4XCSA 2K9FA 2OA7A 2B1LA 1ZZYA 3F0IA 6GSXA 4EO3A 1A24A 3UVHA 3Q6OA 2HSMB 2YN1A 4ML6A 5A5KA 5ECIB 4HUAA 4NV5A 2N5BA 1X9SB 1KNGA 3A2VA 4LLRA 3L0HA 4BVYA 3EMXA 4N11A 1USBA 4AJ6A 2JL4A 3LSZA 3G9BA 1WJKA 2K8SA 3NZNA 5ECSA 1Q4JA 4KA0A 3APQA 4WEYA 4K0NA 3DMLA 2J23A 3A3TA 1VRSD 5G2ZA 4TXVA 1YKCA 1M99A 1JLVA 2I81A 4KF9A 3GA4A 1DE2A 5D73A 4KDXA 2GSQA 1NHYA 1WWJA 1WE0A 4JEDA 1K0DA 2GTUA 1F37A 1XPVA 1TI1A 1IYIA 4O32A 1SK1A 3ERWA 3GNJA 4TVEA 1SYRA 2VCWA 1T00A 1GTIA 1SJIA 2B5YA 1ABAA 3GURA 3KMNA 2O8VB 3FK8A 4MJCA 1O7UA 2L4QA 3RBTA 1PX7A 3KM6A 1FVKA 2DJ3A 2H66A 1GNEA 1GLQA 5KN2A 3OR5A 5H5RA 1ILOA 3EU3A 5C00A 2H6YA 4YQUA 3UAPA 2IPAA 3TJGA 3P90A 4ACSA 1YZXA 2HSHA 2YWMA 1O73A 3IPZA 4XRDA 2E2MA 2VCTA 1TRVA 4K7NA 4XTSA 2HLSA 3QR6A 4F82A 2HSYA 1S3CA 2ZNMA 3QCPA 3PR8A 4EKZA 1GL8A 2HZFA 3ZTLA 1M2DA 5ENUA 2YWIA 3FR9A 6GSSA 2GVPA 3MAKA 4RI7A 3IC4A 2GT5A 4Q5RA 2VL2C 1MEKA 3TJKA 4MP4A 2C0FA 2MBSA 3EINA 1RQMA 3HXSA 1OC9B 1VF3A 4PGTA 3U6VA 11GSA 2OADA 1XIYA 2GQLA 4XS6A 3P8WA 3TKSA 3KCMA 5B8BA 4MH3A 2PGTA 2MMOA 5E4WA 3TRXA 4G2EA 2TRCP 4OCFA 2VM1A 2QGVA 2WGRA 3G7JA 4KX4A 4GSTA 1X5CA 1PGTA 3QFAC 5DALB 2FNOA 4Q5NA 3KXOA 5ECQB 3D0ZA 5DJMA 5GZZB 1Z9HA 4PTSA 2OBKA 2C0DA 2AAWA 4PNFA 3ERGA 3GYKA 4WBJA 1K0BA 1EWXA 2EIQA 2CAIA 2R3XA 2B3SA 1GSUA 2OE1A 4WBRD 1EOHA 3IK7A 4MMMA 2P0GA 2CT6A 3I43A 1GSYA 3DVXA 1SKSB 2K18A 3HCZA 2H1BA 2DBCA 2H8LA 2P31A 1V57A 1HYUA 2H71A 1MD4A 4GQFA 4TN8A 4GSSA 2PWJA 1K3OA 2RLIA 1SL2B 1MD3A 3UVTA 2DJ1A 4G10A 1OAZA 4NWYA 2YV9A 3CSHA 9GSSA 3Q74A 3DWVA 1GSQA 3EMPA 2PUKC 1V9WA 3H4KA 2KP2A 1B9XC 3KEBA 5CP1A 4L5LA 1DBYA 3GSSA 4X0XA 4KUNA 4Z7XA 1ERUA 2BJXA 5ELAA 3RPPA 5HFKA 1ON4A 3IC8A 4KCAA 5ECKB 2B5XA 2JZRA 3ZREA 4PXOA 4TXOB 5KN1A 4ZB8A 2PU9C 4IP1A 3CYNA 1M2BA 2A2RA 1LBKA 5B7CA 3DD3A 3LXZA 2VAFA 2N5FA 4D73B 2X8CA 1G7EA 2IFQA 3F4TA 3HJPA 1A2JA 2GT6A 4POLA 1S3DA 3TOUA 3GIXA 4GTUA 2H0HA 4MABA 4OMVA 2LQOA 1FB6A 4DVCA 2B1KA 2H6ZA 3L9UA 3VPTA 5B6NA 5CAXA 4DSSB 3M9KA 1KTEA 4MCUA 1OE7A 1AQXA 2CAQA 1XBSA 2GLRA 2ALBA 3C1RA 2DIZA 2VOCA 3H79A 4FYUA 3SWLA 2V6OA 1O81A 12GSA 4RUVA 2V6KA 2FLSA 5KEJA 1XVWA 4NMUA 2DJ2A 1F2EA 4EL1A 4TW5A 4V2MA 4IKHA 2VLVA 2MMZA 3LYKA 4WF4A 3FR6A 2A4VA 2IIYA 5F07A 3M0FA 4IBPA 4MPGA 3TB2A 3GL5A 3A5WA 5IPGA 2H0GA 2IMIA 2H1GA 1F6MC 4Q5FA 4FYBA 3ZFLA 1ERWA 2C80A 1SK0A 3BBYA 2DLXA 1XCCA 4HJ2A 2NPBA 2GQMA 3ZFBA 1ERVA 3FEUA 4GXZA 1M9BA 1ERTA 1Z7PA 3SBCA 1GP1A 3LGCA 5EVOA 5INYA 1XXUA 4BVXB 4FYCA 4L0WA 2R37A 20GSA 2O7KA 4JRRA 4I8BA 1FG4A 1V58A 2JZSA 1GUKA 3GN3A 3W8JA 3FZ4A 3GTUA 2HZEB 2M80A 4MF6A 2HQTA 2RM5A 4ILFA 5G31A 4FO5A 3GKNA 1TU7A 4HZ4A 4TR4A 1EP8A 1AW9A 3CRUA 1DE1A 3ZVJD 1VF4A 2C8UA 4G0LA 1V98A 4KSOA 4DSQA 3LQ7A 4ZBAA 4MJEA 1PL2A 5G1LA 4MZBA 1JZDA 3I9V2 2C3QA 2H19A 1B4PA 2B7KA 3ISOA 1AXDA 2KHPA 1ZMAA 3KP9A 1V40A 2VCXA 4OCEA 4HU7A 4MZCA 5ELGA 4ECIA 2LJAA 3M8NA 5IOXA 6GSWA 2C3TA 5D96A 2PN8A 5FT3A 1CQGA 2VD1A 1AQWA 2H01A 1X9MB 2GGTA 3QPMA 2I1UA 2YZUA 1J0FA 5F8BA 5JWOB 2MYGA 3HVVA 2R4VA 2PBJA 3LJRA 2V41A 2V1MA 5D9TA 4EF0A 3GHAA 4LL1B 5IMZA 4ZXGA 2HRKB 3HJMA 3J7Yk 3CXGA 4KDUA 2F3MA 4E8EA 4LA1A 4EXJA 2YPMA 1RW1A 3D5JA 1KEBA 3IBHA 4USSA 4PURA 4K9ZA 4Q5QA 1I5GA 2HI7A 4PUAA 3I6AA 5J3RA 2FA4A 3HKRA 2R5GA 1TU8A 5ECNB 1QUWA 4DSRA 4K7IA 4I2UA 3US3A 3UL3A 6GSVA 3HZ4A 4F0CA 4MJBA 1HNBA 3CRTA 3J7Yb 1GSFA 5D9VA 4HEA2 3DVWA 1TRUA 5AIXA 4G0IA 2DIYA 4KCEA 1PX6A 3IAS2 4EUYA 3IXRA 2CQ9A 4QL9A 1I9DA 3ME8A 3UIWA 4GRFA 5A4VA 1JZOA 1OC8A 4NHZA 4I6XA 1WRYA 2JZTA 3F4SA 2HSMA 1YF0A 5G5FA 5IO2A 4HZ2A 17GSA 1HNCA 5KN0A 4FQUA 1VGLA 4NPBA 1EOGA 3VLNA 2RUFA 1A2LA 3MDKA 3JCML 3UBLA 2F9SA 1KBNA 1TJDA 5C04A 4HQSA 2H74A 4KH7A 3FKFA 5D8IA 4YAPA 1K3YA 2L6CA 4NV2A 4QQ7A 2ZUPA 2F8FA 2H76A 3VWXA 3CMIA 1GUHA 5CRHA 1HQOA 1XOBA 3UARA 3GH9A 3WGEA 1THOA 2VCQA 4EDZA 2LUSA 5JWRB 3FRCA 3KP8A 2E7PA 2F51A 1CQHA 1A23A 4IQ1A 5IQYA 4O92A 3KGKA 5DCHA 3W8SA 3FZAA 3LWAA 1YJ6A 1N8JA 2H1AA 1G6YA 5DQSA 3D4TA 2X99A 1XWCA 1NM3A 3Q19A 4BL7A 4O5RA 2WB9A 1AAZA 4ULXA 3IHQA 3BD2A 1TTZA 4IGJA 2H73A 2VO4A 2YCDA 1BX9A 2FY6A 2L6DA 2I9HA 2I3YA 3EU4A 3TRPA 2FWEA 2VIMA 5HFGA 2GZYA 1FHEA 4YH2A 4IN0A 3TJBA 3HDCA 4X43A 2AHEA 1YF1A 2X8HA 2WJUA 1URMA 1OVNA 4ECCA 3ZITA 4GCIA 5J5NA 1G6WA 2DSAA 3CBUA 4BA7A 1C72A 2JADA 1WP0A 1B4QA 1JZWA 2LQQA 3GKKA 3QFBC 2HRFA 3H1NA 5ECHB 2VUPA 2IMDA 4KW6A 1PL1A 2JSYA 3KH9A 3GRXA 3ERFA 1EP7A 2WCIA 1U3IA 3KTLA 3QOUA 3FHKA 4JBBA 1F9MA 3MSZA 3ZZXA 5F05A 1TDIA 2HNLA 4KDYA 2OJLA 2YWNA 2E0QA 4K0GA 2DJ0A 6GSYA 4V2LA 4AF2A 4ZBDA 1JZRA 3IV4A 1TW9A 4WKWA 4PQIA 3TJFA 3NIVA 1PA3A 1RK4A 5ID2B 5A4WA 1NSWA 2PERA 5DALA 2IFQB 4MPFA 2ES7A 2WFCA 6GSUA 3Q18A 5IMCA 4GSNA 3MWHA 3A2XA 3GX8A 3FZ9A 4L5OA 1Y25A 5CRDA 1WOUA 1ZGNA 2KP1A 3PGTA 4ISDA 1X9WB 1BG5A 1ZL9A 1XZOA 5CO3A 4N30A 5BMUA 3LG6A 5HR2A 5ABRA 2O87A 5IMAA 2MMNA 3WT1A 4V2NA 2RUEA 4GF0A 1OKTA 4BWSA 4AGSA 4XS1A 3ZL5A 2AYTA 1GNWA 3F63A 3GV1A 3HVSA 4V1Ap 1GULA 4TR0A 1PQNA 1BYEA 5D9XA 2F8AA 2QC7A 3L4NA 4PX1A 2IMKA 1B8XA 4GLTA 1GUMA 3G7YA 1YEXA 1Z5YE 3TKPA 3FYGA 4LMVA 1BQ7A 2CVKA 2LNTA 3EURA 2G0FA 4POMA 2YWOA 4XHMA 2AB6A 4K2DA 2B6MA 4ZB6A 4HQZA 3UMAA 1YDKA 4TRXA 3FR3A 3GUSA 2M72A 3RHBA 2B7JA 3E3EA 1TKDB 1PSQA 19GSA 2CZ3A 3HA9A 1B9YC 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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