4YAV | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	262
structure length	260
Chain Sequence	PQELTIYHIPGPFSERVEIMLELKGLRMKDVEIDISKPRPDWLLAKTGGTTALPLLDVENGESLKESMVILRYLEQRYPEPAVAHPDPFHAVEGMLAELAGPFSGAGYRMILNREIGKREEMRAAVDAEFGKVDAFLKRYATGSDFLFDDRFGWAEVAFTPMFKRLWFLDYYEDYEVPANFDRVLRWRAACTAHPAAQYRSKEELLKLYYDYTQGGGNGRIPEGRSISSFSPDVDWRTRPMPPRDKWGHAATDAELGLTR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7432780202089053__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7432780202089053__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4YAV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7432780202089053__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7432780202089053","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4YAV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7432780202089053__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00e67a442a1c6acfe3dcb0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00e67a442a1c6acfe3dcb0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00e67a442a1c6acfe3dcb0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00e67a442a1c6acfe3dcb0/pdb.gz): 328 ms

reading 260 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

260 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:259});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Sphingobium sp. syk-6
publication title	Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione S-transferase
total genus	83
structure length	260
sequence length	262
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-02-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13417	GST_N_3	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A	PF16865	GST_C_5	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1050.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2	4yavA02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4yavA01

3TJJA 1FAAA 3GKKA 3D4MA 1ERWA 1AUCA 1EGRA 3H93A 4MZBA 1UA5A 4I2UA 5HFIA 4N10A 4V1Ap 4IGJA 1ZYQB 5G5FA 2AUVA 4HQZA 2HNLA 1SJ6A 2B7KA 2O87A 5G1KA 2CV4A 1DBYA 1PSQA 4WBJA 4ZB8A 1PQNA 2GTUA 4PQIA 5JWQB 17GSA 2HSMB 2YN1A 4H86A 1XVWA 1HNBA 5GZZB 2OE0A 4MP4A 3QCPA 1FVKA 5L71A 3F6DA 1A23A 2MBTA 4PNGA 1LU4A 3IAM2 3GH6A 3SBCA 4HI7A 1XWGA 3ZTLA 3UAPA 4MPGA 3OR5A 1XWAA 1FG4A 4EL1A 5G30A 2BJXA 2K6VA 5ECPB 2HQTA 2B1KA 1VF1A 1MEKA 4AF2A 4K0GA 4I97A 1WE0A 3IR4A 3VK9A 2A4VA 2KP1A 2PERA 1DE2A 5G1LA 1OE8A 2I81A 3TUEA 4N0VA 3IK9A 2L59A 3GIXA 4TR0A 4NWYA 2EIRA 2PPTA 5CO3A 2K8SA 1SK2A 2GLRA 4GTUA 1F3AA 2H6XA 1WRYA 3P8WA 4I8BA 4DSQA 3ZMLA 3C71A 5GAND 4I2TA 4G10A 2CVDA 3UARA 2O7KA 2P31A 5IIZA 3WT2A 5HR1A 1B9XC 2MMAA 4POBA 3TKRA 3UMAA 3QAVA 2IFQB 2H70A 4KUNA 1K0OA 1V57A 4TR3A 4DEJA 1M2AA 1J08A 3KZQA 1XFLA 4ZL7A 2P5RA 3GSSA 2YANA 2JSYA 3A3TA 4O92A 1LJRA 5J4UA 3TJKA 1RQMA 2LQQA 4HZ2A 1QMVA 1FB6A 4KA0A 4FYUA 2H72A 2N5BA 1V40A 1WP0A 3I9V2 1O6JA 4WETA 3BOAA 4G2EA 2YV9A 3FYGA 2FD3A 5ELGA 2HZEA 2GGTA 1M0UA 3KCMA 2BMXA 3HVSA 2IMEA 1O85A 4V1Ag 5F06A 1ABAA 2VCQA 2YP6A 1ZMAA 1MTCA 3ZRDA 1M9BA 5DALB 4EKZA 3ISOA 4WR4A 1T00A 5JWOB 2M46A 3ZVJA 1A2LA 1K0CA 1FW1A 3FZAA 1F3BA 2KP2A 4NPBA 2MMOA 3HA9A 3QD9A 5ECLB 4KNDA 5ELAA 4EF0A 5HQPA 1S3DA 1A24A 3KJYA 4MH3A 2K9FA 4PX1A 1A0FA 2AV4A 3TKSA 1G6YA 3KMNA 2B5YA 3A2WA 4ZBAA 4KW6A 1TU7A 3IRAA 2GSRA 1EGOA 2MMNA 5CP1A 2FWFA 3IC4A 3VWUA 1GH2A 4J57E 1YEXA 4LMVA 4HOJA 1TU8A 5INYA 3VURA 5EY6A 3WGEA 3GX8A 2OA7A 4X0XA 3F8UA 3QMXA 5ECQB 1Z9HA 1B8XA 1TKDB 1PL1A 4ML6A 3HHVA 4HU9A 1USBA 4EDZA 3CYNA 2H71A 2WDUA 3I43A 4POMA 1GSYA 3ERGA 1TI1A 1SJZA 2HRKA 3MNGA 1GUKA 1BYEA 3G7JA 3GMFA 2L57A 5EPFA 4XRDA 2R4VA 1FB0A 4Q5FA 3RHBA 4FYBA 5IQYA 3C1SA 4KAEA 2PVOC 2LEGA 4BVYA 1SYXA 2YZUA 1TI3A 5DJLA 3GL5A 1SD9A 1PX7A 4LLRA 3LJRA 3HZ4A 3MAKA 3MSZA 1S3CA 2O89A 2IMKA 2LJKA 4PTSA 22GSA 4GQCA 2P0GA 2VL2A 3EU3A 4MPFA 2H1GA 4DSRA 2OACA 4DVCA 1BX9A 4TKYA 2HZEB 1OVNA 1A8YA 4IKHA 2HRNA 2CVKA 1UN2A 2P5QA 4GXZA 6GSSA 2L6DA 4RQRA 4Q5RA 2HLSA 3TJGA 4RI6A 3ZLPA 3FZ5A 4X43A 4BVXB 2VAFA 5IMCA 1B48A 2H0HA 3TRXA 4YQMA 2LUSA 1ZOFA 3U5RE 1ILOA 1TK8B 3DD3A 3Q74A 4ULXA 2VOCA 20GSA 1X9WB 4LL4B 4YH2A 2HSNB 2GDRA 6GSTA 4USSA 3FW2A 3D21A 1OC3A 3GNJA 2ON7A 1X5CA 4ECCA 2OJLA 4OFNA 2HSMA 4HJ2A 1K0BA 2LNTA 3LQ7A 3ZYWA 1B4PA 2EIQA 4ZB9A 3RBTA 1JLWA 1GSDA 5ECRB 3KEBA 1NHOA 3KH7A 3U6VA 5J41A 2LTKA 3BCKA 5IMZA 2C0EA 1EP7A 4G19A 2NPBA 1BQ7A 2YCDA 1TJDA 1QK8A 2MBSA 2BTOT 1EP8A 1VF4A 3GSTA 2B7JA 2H1DA 3J7Yb 4N11A 4ID0A 5FWGA 2OBKA 4PQHA 1Q98A 1K0MA 3IBHA 3PGTA 4IQ1A 5A4VA 3CMIA 2HRKB 1EWXA 5DJMA 4YQUA 5B7CA 1I5GA 1V58A 2DJKA 4AJ8A 2WB9A 5D96A 3LXZA 4EC0A 4Z7XA 4OFMA 1G7OA 3DYRA 1AW9A 1K0AA 5CRDA 4KF9A 4G0IA 1U87A 4FQUA 3RAZA 2YWOA 5G5EA 3EMPA 1R4WA 1ZGNA 4K6XA 3RPPA 5F05A 2DJJA 3V1WA 2V1MA 16GSA 5IMDA 5E59A 5HFKA 5D93A 4IHUA 2IFQA 3H4KA 4N30A 1XW6A 3DWVA 5B8AA 2X64A 3QOUA 3GL3A 3M9KA 2O8VB 1OE7A 5DDLA 4TXVA 5J3RA 2RUFA 2YPMA 3GTUA 4KE3A 4IP6A 1LBKA 3FKFA 2PU9C 3ME8A 4G0KA 1IYIA 2QC7A 4BWSA 5IMFA 2LJAA 4ML1A 3HDCA 3ERFA 3FR3A 4HQSA 4ZIJA 4ZL9A 4IJIA 2FLSA 5B8BA 2QGVA 4TN8A 1F37A 4WR5A 3FZ9A 2C0DA 1YQ1A 3LSZA 4GSNA 1YJ6A 2LRNA 1XZOA 3CRUA 1U3AA 1GTBA 4XS1A 2AB6A 1GLQA 1NM3A 1A0RP 5DALA 2AHEA 5H5QA 3APOA 4K2DA 1XOBA 3N5OA 2CX3A 4OCFA 3F3RA 1GUMA 4DSSB 4IQAA 3EWLA 3LGCA 1SKRB 5JCWA 4MZWA 1O8WA 1CQHA 1RW1A 1HNCA 4X1UA 1PX6A 1XW5A 5HR0A 1JZRA 5IPGA 1MD4A 4MJAA 5GSTA 4NMUA 5D73A 2J9HA 2R5GA 3VI5A 2ALBA 3F6FA 2FNOA 2GSSA 2E2GA 3R2QA 3EC3A 1OAZA 4O5RA 2RUEA 4EDYA 1A8LA 2GQKA 2XHFA 1W89A 4CDOA 3LYPA 2RIIA 4RI7A 2G0FA 1R7HA 5D9WA 5CNWA 4MDCA 2I3YA 1EOGA 1EV4A 4XRAA 2DC5A 4LA1A 2UZ8A 4ZB6A 3O6TA 2JL4A 19GSA 1BG5A 4FIWA 3BCIA 3H1NA 5EL8A 1YF0A 4RUVA 3KM6A 4D73B 4L0UA 4POKA 2DIYA 3PPUA 1F9MA 2KLXA 4KB3A 2ZUPA 4MF5A 2OE3A 2YZHA 3ZITA 1MDIA 2HI7A 3HZ8A 1ACVA 1XPVA 2X8HA 4J2FA 3GH9A 3EMXA 1OC9A 2JADA 1PRXA 2OKAA 3PR8A 4KH7A 1YZXA 1Y6EA 2WJUA 9GSSA 4FH8A 3GKXA 5H5SA 3GTUB 1XBSA 5FT3A 2GSQA 1NW2A 3FR6A 3I6AA 3BJ5A 2C80A 5DQSA 2H30A 2H19A 2C8UA 1V2AA 2N5FA 5DBQA 4GQFA 2H66A 1BAYA 1Z5YE 2WULA 2GZPA 3Q6OA 5IOXA 4TOPA 2M80A 3Q19A 3G7IA 1V98A 5GSSA 2NTOA 2HSHA 1K3LA 8GSSA 1K3OA 3ZFLA 4K0NA 1AC1A 5J9BA 5KEJA 2WCIA 5BMUA 4BVXA 2H6YA 4F82A 1YKCA 1TRWA 1GUHA 5F8BA 4BL7B 3UVHA 1XVQA 2VD1A 3TKSE 2L4QA 5A5KA 3IOSA 1PN9A 4YAPA 3KH9A 2XC2A 3P2AA 2H8LA 1Q4JA 4K7NA 2MZCA 4WBRD 7GSSA 1O73A 2C3NA 5B6NA 2ES7A 3NOFA 4KDUA 4MJCA 4L0WA 2GZZA 3N9JA 4CW9A 4IW9A 1GNWA 1N8JA 5HFGA 1B9YC 1WMJA 2FHEA 1ERUA 4AJ6A 3F4SA 3TB2A 3ERWA 3A5WA 4K1FA 1E6BA 3HJMA 4IS0A 2VD0A 1GSFA 3UVTA 5IOWA 3GRXA 1GSSA 2HRAA 1ZZYA 3GYKA 3LG6A 2HT9A 3UBLA 1TRUA 1U88A 1X0RA 1A2JA 1JZDA 2E0QA 1XWCA 3A2VA 1E2YA 1FHEA 5DCHA 1TRSA 2HZFA 1M7TA 5IPHA 1M2DA 1AIUA 4OFTA 4QQ7A 2LS5A 4IVFA 3VLNA 1SENA 2VLTA 2LJRA 3BBYA 4Q5QA 3APSA 2YOIA 4XS4B 3HVVA 5ECHB 3M1GA 4TRXA 2VCZA 2G2QA 5GAPD 3C7MA 3VPTA 3SWLA 1HQOA 4ACSA 3H8QA 3DKSA 1VRSD 1OC9B 5ECIB 3GKMA 4PUFC 2GS3A 4ECIA 2R3XA 3CRTA 4GRFA 4MZCA 1GRXA 5J5NA 3EVIA 4L5OA 1F6MC 4V2LA 1TOFA 4IN0A 5CRHA 4ZBDA 4WF5A 2FCHA 4OMVA 4IELA 2JU5A 2JZTA 3C8EA 2MYGA 3Q18A 5ECKB 2GQMA 4OWYA 5A4WA 5CREA 3FZ4A 1VF2A 4XHMA 1WOUA 4EO3A 3VFIA 2AYTA 3QFBC 1GWCA 3ZVJD 4ECBA 2FA8A 2WGRA 3HJOA 14GSA 3MDKA 4GLTA 5HR2A 5KN1A 3F4RA 3FEUA 1QUWA 2WRTA 3A2XA 3TRPA 3LFLA 2VM1A 4MF7A 1QQ2A 2B5EA 2FWHA 2X8GA 4JE1A 2L5OA 2NDOA 4O32A 4K8MA 4KCAA 3WD6A 5ID2B 2JZSA 4NV2A 3EINA 1QGVA 5D9VA 4GSTA 2C3TA 4MF6A 4JR6A 5CRWA 4LMWA 3UBKA 4JBBA 2CZ2A 2FA4A 1JLVA 2F8AA 6GSVA 6GSXA 5DVBA 1AQVA 4DSSA 3TDGA 1T7PB 2H0IA 4MK3A 3CSHA 1A2MA 4HDEA 2H6ZA 3AY8A 3LWAA 1R26A 3LXTA 1GSUA 3GN3A 4XTSA 2H73A 3F3QA 3W8JA 1SK1A 2F8FA 1YDKA 4PURA 1Z7RA 4V2MA 1BJXA 3EU4A 1DSBA 2IIYA 1C72A 5D9TA 4OO5A 2CA8A 1XOAA 2DMLA 3P90A 2E2MA 5ECSA 2KHPA 2IPAA 3GUSA 5AN1A 5G2ZA 1GLPA 4HU7A 3IPZA 1PA3A 2HE3A 1G6WA 2I9HA 3IC8A 2H0GA 3LEFA 5ENUA 4TVEA 1PKWA 1SL2B 5E4WA 1AAZA 4JR4A 1T4YA 1KNGA 1FOVA 4L5LA 3IK7A 2IJYA 4D73A 2EIOA 3GX0A 1X9MB 2V2GA 2X99A 3WGXA 1HD2A 4KSMA 4BWQA 2DJ1A 3W6GA 13GSA 2B1LA 4I6XA 4OD7A 5AGYA 4P3YB 2AJQB 2LV3A 1KEBA 1ZCPA 1S3AA 4PNFA 2E7PA 2HRFA 2F51A 2YV7A 2VO4A 1JZWA 2ON5A 5KN2A 1AQXA 1K0DA 1VF3A 3IXRA 4TXOA 3F9UA 3RPNA 6GSUA 1TTZA 3NZNA 4HUAA 2V41A 4TR4A 2VIMA 1DE1A 1TW9A 2VCTA 2VLVA 3F4TA 2WS2A 1ERTA 1WPIA 3IHQA 1J9BA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YAVA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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