The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
247
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structure length |
247
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Chain Sequence |
MFNESDAPQPPKVLSTPLEIAANLRQLQESHDPLIITFHDRSHRFQSYVVHVDRESNTLALDEMIPRDGEKFIENGEHFRVEGFHDGVRIAWECDHALKISEVDGHRCYSGPLPQEVTYHQRRNAFRAALKLSQLVDIILDGAHLKGNGAMRGKLLDISATGCKLRFEGNVEDRLQLGQVYERFKAGNPLGLVDTMVELRHLHYEERINTTFAGVRFHNLSGQAQRKIESFVYQLQREARRFDKDDY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of hypothetical protein (NP_746511.1) from Pseudomonas putida KT2440 at 2.25 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein PP4397
|
| molecule tags |
Motor protein
|
| source organism |
Pseudomonas putida
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| total genus |
58
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| structure length |
247
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| sequence length |
247
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07238 | PilZ | PilZ domain |
| A | PF07317 | YcgR | Flagellar regulator YcgR |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pnp Oxidase; Chain A | Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | predicted glycosyltransferase like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KGO A; 1USC A; 2X1K A; 1YOA A; 3R5R A; 1AXJ A; 2IG6 A; 2R0X A; 1W3O A; 4HMV A; 2ECU A; 4R82 A; 1FLM A; 4HMX A; 3NFW A; 5BNC A; 4YBN A; 2VPA A; 3A20 A; 4ZKY A; 1WLI A; 3CP3 A; 2IML A; 1Y30 A; 3A6Q A; 3R5W A; 2NR4 A; 4Z85 A; 3EC6 A; 2RE7 A; 5ESC A; 1VL7 A; 4L82 A; 3F7E A; 5CHE C; 2D38 A; 3K86 A; 4YWN A; 3PFT A; 4P00 A; 2HQ9 A; 3K87 A; 4F07 A; 2HTD A; 2QEA A; 3U0I A; 3FGE A; 2ASF A; 1WLK A; 2FHQ A; 3VY2 A; 4P02 A; 2OL5 A; 2AQ6 A; 4HG6 A; 2ECR A; 3DB0 A; 2OU5 A; 4XHY A; 1G78 A; 2HQ7 A; 2HTI A; 2L74 A; 3HY8 A; 2D5M A; 4HMU A; 3R5L A; 2E83 A; 1W3Q A; 3IN6 A; 1W3R A; 4XJ2 A; 4HMW A; 2HHZ A; 1DNL A; 5CHO A; 2GJG A; 3ZOH A; 3ZOG A; 5EJZ A; 2I51 A; 3AWH A; 3DMB A; 2D37 A; 3BPK A; 3KYF A; 2QCK A; 4HMT A; 3RH7 A; 1RFE A; 4HMS A; 1EJE A; 3TGV A; 4N7R C; 3KYG A; 1WV4 A; 3U34 A; 3SWJ A; 2IAB A; 4Y9I A; 1T9M A; 2PTF A; 4HX6 A; 5JAB A; 1YWU A; 1CI0 A; 3E4V A; 1W3P A; 3B5M A; 3U35 A; 1XXO A; 3ZOF A; 2X1J A; 5EJL A; 2ARZ A; 4F48 B; 2FG9 A; 4XRN A; 3R5Y A; 4IRA A; 3ZOC A; 2FUR A; 3A6R A; 5EIY A; 1G77 A; 3VY5 A; 1XHN A; 3ZOE A; 4I86 A; 5KED A; 3K88 A; 2I02 A; 3GAS A; 5KEC A; 1G79 A; 3CB0 A; 1W9A A; 3R5Z A; 1RZ1 A; 3U5W A; 1RZ0 A; 3R5P A; 1I0S A; 1TY9 A; 2A2J A; 3HMZ A; 3BNK A; 4QVB A; 1G76 A; 1JNW A; 1NRG A; 1YLN A; 4RT1 A; 2RDE A; 4RT0 A; 3AMF A; 4FOU C; 3ZOD A; 3H96 A; 2Q9K A; 1I0R A; 1USF A; 1WGB A; 2R6V A; 3FKH A; 3VYA A; 2ED4 A; 3BA3 A; 3CNR A; 2D36 A; 5EJ1 A; 3DNH A; 3DSG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GMT C; 1GHA G; 2HWL B; 4IW4 E; 3AW1 A; 2VNT A; 2XRC A; 2H5C A; 1ZPB A; 1BDA A; 1NFU A; 1L1G A; 1MU8 B; 2GX4 A; 1K1L A; 3VB4 A; 1EZS C; 1SGC A; 1WXR A; 1OS8 A; 2SGQ E; 3RXB A; 1PPF E; 3V0X A; 2Q6F A; 1XUI A; 2Z7F E; 1DE7 H; 1QIX B; 1AI8 H; 1NRS H; 1V2W T; 2UWO A; 1H9I E; 1AKS A; 3RXO A; 2FP7 B; 6CHA C; 5EW2 H; 2D5M A; 3MTY A; 1DT2 A; 1QL8 A; 2WSS D; 1LMW B; 4TYD A; 3RU4 D; 3SNE A; 1F0R A; 1N8O C; 2F9B H; 4WJG 2; 1SSX A; 4X1P U; 4YZU A; 1DNL A; 2QF4 A; 5CHO A; 1ACB E; 4H4F A; 4FVD A; 1VZQ H; 2VWM A; 2WUB A; 3URC A; 4Q7Y A; 2A31 A; 2BX3 A; 5DKM A; 4K5Z A; 2BZA A; 1VCW A; 1UCY E; 3RXQ A; 1TPS A; 5DO4 H; 1OWD A; 4YES B; 2BLO A; 5I46 H; 3GCH B; 1CA0 B; 1JMO H; 4X2W A; 4Y76 A; 2PKS B; 2WUC A; 3E1X B; 4NCY A; 1JBU H; 3SWJ A; 2BD8 A; 2Y6T A; 3MO3 A; 4YM9 A; 3TH3 H; 5I25 A; 1V2V T; 1GMC F; 1H8I H; 3F9H A; 4IS5 A; 1T31 A; 4HKH A; 3U8R H; 2HVY B; 1LHF H; 1OYQ A; 1MTN B; 3RML H; 1SFQ B; 3D23 A; 5KED A; 3WWF A; 1O0D H; 5FHT A; 2HVX A; 1P02 A; 1GVL A; 5HIY A; 1MKW H; 3SND A; 2M5T A; 5SGA E; 1G76 A; 1NRG A; 2FI5 E; 4O97 A; 1THR H; 2W6I D; 2J97 A; 3BEF B; 2NU1 E; 5AFY H; 3OY6 U; 3ZOD A; 1G3B A; 1K9O E; 4X1R U; 3SJK A; 2C8W B; 5GCH G; 1C1Q A; 4MLF B; 2A1D B; 4DJZ B; 2BZ6 H; 1DX5 M; 2ZG0 H; 2P5Z X; 1RIW B; 2P95 A; 1GDN A; 4JK5 A; 1C2H A; 1BTP A; 1GGD B; 2ZGH A; 4MTB A; 4BXW A; 4IGD A; 4ZMA H; 2VWL A; 2ZGC A; 3T27 A; 4KTS A; 1Y3V A; 1EB1 H; 2XBW A; 4B6F A; 3OEH D; 4XSK U; 1JXP A; 1FN8 A; 2KM0 A; 1UCY K; 3PB1 E; 1TGN A; 1QQ4 A; 4AFU A; 3A20 A; 3BTT E; 4Z85 A; 2PUX B; 2KAI B; 5EXM A; 5LPE A; 4YT6 H; 3BG8 A; 3VGC C; 1T8N A; 2GMT B; 1GBH A; 2FS8 A; 1YPK H; 2V7Q D; 2HPQ H; 3ATM A; 3K2U A; 1TMT H; 3U9A H; 2J2U A; 1E38 B; 2XC4 A; 1AZZ A; 1E37 B; 2TGT A; 1LKA A; 3E8L A; 1HIA B; 2HGT H; 3L33 A; 2EI6 A; 2XWA A; 5GPI B; 3ZYE A; 1LHG H; 5G4B A; 5FL7 D; 4HMU A; 2AEI H; 1O31 A; 4X1S U; 4AB8 A; 2YNA A; 1C5W B; 2E83 A; 1TWX B; 1V2Q T; 2GJG A; 3STJ A; 4OGX A; 2QCY A; 3S7K B; 3E0P B; 6CHA B; 4HMT A; 1E0F D; 1FIZ A; 3M7T A; 1DPO A; 1TAL A; 3URE A; 1HAP H; 4MPV A; 1PPH E; 1A3B H; 3F0P A; 9LPR A; 3MYW A; 1N8O B; 1IQJ A; 2ZHD A; 4Y9I A; 3LJJ A; 3B23 B; 1GMH G; 1ZRK A; 5FCK A; 2B0F A; 3RXA A; 2ZPS A; 3BG4 C; 3WY8 A; 5EJL A; 2RA3 A; 1C2F A; 5J4S A; 1BOQ A; 1GHZ A; 3MNX A; 4Q80 A; 3TK9 A; 1MAB B; 3ZOC A; 3BEU A; 4INL A; 5FXL A; 3RXV A; 4Y7B A; 1XHN A; 3MNS A; 3Q3Y A; 5F8T A; 4A5T S; 2HOB A; 1W9A A; 2ZZU H; 2ALP A; 3SGB E; 2OQU A; 2RCE A; 3FFG A; 4QVB A; 1BA8 B; 4GSO A; 1NRO H; 4ZKO U; 1PQ5 A; 2H5D A; 1AQ7 A; 3RU4 E; 3DHK H; 4MDS A; 5HIZ A; 3SU0 A; 1LPG B; 3EE7 A; 2ZDV H; 3Q00 A; 1W11 U; 1WQS A; 3A88 A; 1A3E H; 2QN5 T; 2BY6 X; 1MTW A; 4MNV A; 3LGW A; 1SGI B; 3ELA H; 2IG6 A; 2R0X A; 2BM2 A; 4FUJ A; 1MU6 B; 1FLM A; 2P8O B; 3B8J A; 1EXF A; 1UTO A; 4D9R A; 3EQ0 H; 3CP3 A; 2IML A; 2YMS D; 5PTP A; 1TOC B; 1FNI A; 1PJP A; 2J98 B; 5FX6 A; 3P8N A; 3QO6 A; 1GL0 E; 2EI8 A; 1O3G A; 4BTI B; 1OWH A; 1KLJ H; 1AIX H; 4F07 A; 2GGV B; 2BD7 A; 2VIP A; 3SUG A; 5DP9 A; 2NU2 E; 3BEI B; 2J4I A; 1AY6 H; 2ZCH P; 1G3C A; 3VY2 A; 3LC3 A; 2GT8 A; 3A80 A; 1ELV A; 2AQ6 A; 1EAU A; 2W3I A; 6EST A; 3VGC B; 3LGU A; 1FPH H; 1PPE E; 1SBW A; 2GDD A; 1MKX K; 1VCQ A; 1GJ9 B; 3OEE D; 1O2Z A; 4CR5 A; 4UHV A; 1TFX A; 2ZU2 A; 1UTL M; 4B71 A; 1A1R A; 1Y5A T; 4I31 A; 3ZV8 A; 1VIT H; 5JPM H; 1O36 A; 3E90 B; 2FM2 A; 4FUC A; 3F9F A; 1GJ4 H; 2QCK A; 3PMB B; 1PQA A; 3DCL A; 2ANW A; 4DUR A; 4MNW A; 1YPL H; 2BVX H; 2IAB A; 1GPZ A; 1C2L A; 4B73 A; 1ZTL A; 1YWU A; 1W3P A; 1GBT A; 1GJ8 B; 3V12 A; 2HAL A; 1OXG A; 1Y3Y A; 3PWB A; 2OIN A; 1ZGV A; 2PSX A; 3SZN A; 3RXR A; 1TNG A; 1XUK A; 3H5C B; 3ZOE A; 1C5P A; 2ZWL H; 3S0N A; 3UNS A; 2FX4 A; 4AYV B; 1TBR H; 4JYT A; 3TPI Z; 1QHR B; 1AWH B; 3BG4 B; 1KXC A; 1A2C H; 4A1V A; 4IBL H; 2BYA X; 2VIV A; 1P2K A; 4RT1 A; 1P01 A; 2BQ6 B; 2F9P A; 1CT4 E; 3M5M A; 2CF8 H; 1C5X B; 1JIM A; 1WGB A; 4DY7 B; 1L1J A; 3VYA A; 1FX0 B; 1O2Q A; 5CDF E; 2ZNK H; 2VBC A; 1UK2 A; 1GHB G; 2SFA A; 3V13 A; 3E16 B; 4ZCN A; 1PPB H; 4CRF A; 1S85 A; 3M7Q A; 3UWI A; 1QB1 A; 2BD9 A; 1BTY A; 4Y0Z E; 1EP5 A; 3RUO A; 2P3U B; 4R82 A; 2GZ7 A; 4ABJ A; 2QAA A; 1C2G A; 1XVO A; 3RP2 A; 2TPI Z; 1ARB A; 2JH6 D; 1MCV A; 1KLT A; 1BB0 B; 5EOD A; 2ZCK P; 4ISN A; 5DP3 A; 3HK6 B; 2ZDK A; 1ETT H; 1SGP E; 1K21 H; 1C5Q A; 1NO9 H; 2OLG A; 3GCT G; 3SOR A; 2H9E H; 4UE7 H; 3SW2 B; 3NRL A; 1C1U H; 3KID U; 2W7U A; 1SLX B; 1C5R A; 4AG1 A; 3SO3 A; 3RC4 A; 1IHT H; 3OYP A; 1OPH B; 2XC0 A; 3G01 A; 2Q6D A; 3UWJ H; 1O39 A; 3BTK E; 2ILN A; 3ZZ3 A; 4ABI A; 4CBO A; 1UVP A; 1E79 D; 4K3J A; 2GKV E; 1DSU A; 1FON A; 1MQ5 A; 4HMW A; 2ZQ1 A; 3ZOH A; 1ELD E; 2YOL A; 4TT3 D; 2ZHQ H; 5EQS A; 1AVX A; 3HPT B; 3UOP A; 2D37 A; 1SHY A; 3MH4 A; 1ZHR A; 1SGN E; 4HMS A; 1ARC A; 3K9X B; 5IDK A; 1CHO G; 3VPK A; 2ANY A; 1EAT A; 1E1R D; 1P3C A; 1AKS B; 1H9L B; 2Z9J A; 1E1Q D; 3BTD E; 1XXO A; 2OC0 A; 3ITI A; 3RXE A; 2BXT H; 2XCF A; 5DG6 A; 1CT2 E; 2ARZ A; 3K6Z A; 2UUK B; 3Q3X A; 5EQR A; 1WUN H; 3A7V A; 2SGP E; 4NWL A; 3F1S B; 4CHA C; 2LNC A; 1P2M A; 2GVF A; 3RXD A; 3UB0 A; 4AG2 A; 2EEK A; 4D8N A; 5KEC A; 1WTG H; 2H9H A; 1G79 A; 2UWL A; 7GCH G; 1XKB C; 5C20 A; 1TAB E; 3NKK A; 3FP7 E; 2G55 A; 3AAU A; 1AWF H; 2RDE A; 2C8Z B; 2C8Y B; 4THN H; 1C5Y B; 2ZA5 A; 1ID5 H; 1GL1 A; 1FXY A; 5FCR A; 2ZHE H; 1BBR E; 2GCT C; 1EUF A; 5ETX A; 5ABW A; 3LU9 B; 1Y3X A; 2AMD A; 3AAV A; 1E35 B; 4GLY A; 3ZVA A; 2GTB A; 2QC2 A; 4AC9 A; 4I33 A; 1QL9 A; 3GY4 A; 1GCT C; 1TB6 H; 1IQL A; 1U6Q A; 3QZQ A; 5DP7 A; 1CGH A; 4OS5 A; 1O30 A; 3PLP A; 4YBN A; 1T4V H; 4ZKY A; 2J98 A; 3ZZA A; 1UTK A; 3EC6 A; 2ZU1 A; 2SNW A; 1YPH E; 2Y5F A; 3SOS A; 1QUR H; 4P00 A; 3MWI U; 3FOA A; 4B2B A; 2QEA A; 5EPN A; 4DW2 U; 3V7T A; 2F3C E; 4Q63 A; 1FI8 A; 1MQ6 A; 4EST E; 1QB6 A; 3BV9 B; 2QXJ A; 2VIO A; 1IQK A; 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3NFW A; 1TBZ H; 4WH6 A; 1SQO A; 3M3V A; 2GCT B; 1GGD C; 1SI5 H; 2QV1 A; 1THS H; 3Q3K A; 5ESC A; 1A0J A; 2OBQ A; 1GHW H; 1GI6 A; 4RSP A; 3U1I B; 3BTW E; 4CRE A; 2QXG A; 4WVP E; 2HQ9 A; 3KF2 A; 2QYI A; 2ZKS A; 2WIN I; 2P94 A; 3TNT A; 2ZPR A; 3E6P H; 4K60 A; 3RXM A; 1JRT A; 3N7O A; 1ZGI A; 2WPL S; 5E8E H; 1SQT A; 2I6S A; 1G78 A; 2AHM E; 1W0Y H; 1BTZ A; 1GJ5 H; 1GBJ A; 2LPR A; 1YBW A; 3VB6 A; 1O2T A; 1TGS Z; 2Z3E A; 2FOF A; 2ZFT A; 1ANE A; 4NIY A; 3O8D A; 2C90 B; 1HFD A; 1SGD E; 3UNQ A; 2AFQ B; 1CSO E; 2NWN A; 2R0K A; 1QY6 A; 3RXC A; 3TJU A; 4MG3 A; 4A1T A; 4D7F A; 1LTO A; 1O5C B; 3TJO A; 2FTL E; 2J5U A; 1W0Z U; 4KP0 A; 2K0Q A; 1SG8 B; 2PLX A; 4IMQ A; 5JAB A; 3U35 A; 1PYT C; 1BIO A; 1F0U A; 1OSS A; 1V2N T; 4F48 B; 1UW7 A; 2WPI S; 2KCO A; 4ZKN U; 4ABH A; 1KSN A; 2ZDA H; 5H4I B; 5ESB A; 3RXG A; 1DWD H; 3OE7 D; 2GP9 B; 2AIQ A; 2VVV A; 2I02 A; 1UTJ A; 1XVM A; 3U28 C; 1UVO A; 1VGC C; 3R5Z A; 3FO8 D; 5J4Q A; 1IQF A; 2IPH A; 2WV5 A; 2HPP H; 1W2K H; 3SQE E; 3CS0 A; 3HMZ A; 4FET A; 3FZD A; 3UOU A; 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