The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
227
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structure length |
227
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Chain Sequence |
SKTVSTINSTDALAMVEHSSELTLSITTPVGTKFVCRTPFIGTHTDKFLLVEMPKISADDLQYFFQEGFWMNIRAISPRGEGALIHFRSQLMHILQEPVPMAFLSIPNTMQVSQRRKEPRFELNLAGKVLFDEHRGDCELRDLSRSGCRFITPPLGKTYQVGDLVALEIFSDLRGTKTFPPLTGKICNLQRSLHHARYGLEFNEEGRNNAKNLLAQLKFNGTKLTLN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of PP4397 Reveals the Molecular Basis for Different c-di-GMP Binding Modes by Pilz Domain Proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Vibrio cholerae
|
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein VCA0042
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| total genus |
39
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| structure length |
227
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| sequence length |
227
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07238 | PilZ | PilZ domain |
| A | PF12945 | YcgR_2 | Flagellar protein YcgR |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pnp Oxidase; Chain A | Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | predicted glycosyltransferase like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4I86 A; 5EJ1 A; 4HG6 A; 4L82 A; 3A6Q A; 1W3O A; 2I02 A; 5KED A; 2FG9 A; 4FOU C; 5KGO A; 3GAS A; 3VYA A; 4XJ2 A; 1W3P A; 2D37 A; 2IML A; 1G78 A; 1W3Q A; 1I0R A; 2D5M A; 2IG6 A; 3R5P A; 3CB0 A; 3E4V A; 2QCK A; 1EJE A; 3U35 A; 1WLK A; 4F48 B; 3NFW A; 4HMV A; 5JAB A; 3KYF A; 4RT1 A; 3R5W A; 3R5Z A; 1JNW A; 3FGE A; 5EIY A; 4YBN A; 2ED4 A; 2D38 A; 3H96 A; 3VY2 A; 2QEA A; 3TGV A; 3VY5 A; 4P02 A; 2PTF A; 3BNK A; 2ASF A; 2R0X A; 5ESC A; 3A6R A; 2HQ9 A; 4XHY A; 5BNC A; 3PFT A; 3U5W A; 3AWH A; 2I51 A; 5EJL A; 3KYG A; 3B5M A; 1NRG A; 3EC6 A; 5CHE C; 1YOA A; 4F07 A; 2HQ7 A; 2GJG A; 2L74 A; 3K88 A; 1USC A; 3ZOE A; 3U0I A; 3HY8 A; 4YWN A; 4RT0 A; 1YWU A; 4P00 A; 5KEC A; 1G79 A; 1XXO A; 2RE7 A; 4IRA A; 1G76 A; 1XHN A; 2OL5 A; 1AXJ A; 3A20 A; 3HMZ A; 1FLM A; 1DNL A; 2HHZ A; 3R5R A; 4HMX A; 4ZKY A; 1RZ1 A; 2RDE A; 1WLI A; 2FHQ A; 3IN6 A; 4HMU A; 4R82 A; 4Z85 A; 3U34 A; 2E83 A; 1VL7 A; 1CI0 A; 4HMS A; 1T9M A; 2AQ6 A; 3AMF A; 2X1K A; 3ZOH A; 3ZOD A; 1YLN A; 2ECR A; 5CHO A; 3R5Y A; 2A2J A; 1I0S A; 4XRN A; 1TY9 A; 3DNH A; 2FUR A; 3DSG A; 3K87 A; 4HMT A; 3BA3 A; 3F7E A; 1USF A; 2IAB A; 4HMW A; 2NR4 A; 4QVB A; 3DMB A; 3CP3 A; 1W3R A; 2Q9K A; 3ZOF A; 3FKH A; 1W9A A; 1WV4 A; 1Y30 A; 3ZOG A; 4HX6 A; 1RFE A; 3DB0 A; 2ARZ A; 2R6V A; 5EJZ A; 2OU5 A; 3R5L A; 3RH7 A; 2D36 A; 4N7R C; 2VPA A; 2ECU A; 2HTI A; 3K86 A; 3BPK A; 1WGB A; 1RZ0 A; 3ZOC A; 2HTD A; 1G77 A; 3SWJ A; 3CNR A; 4Y9I A; 2X1J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RD3 B; 1FDP A; 1WU1 A; 3D65 E; 5DK1 A; 1KXE A; 3DCL A; 2SGP E; 3MWI U; 2FOH A; 3CP7 A; 4NWK A; 4Q7Z A; 2BYA X; 3UWJ H; 1EAX A; 3A7T A; 5GND A; 5LPF A; 3ATL A; 2VH0 A; 5GCH F; 5A8X A; 2L6O A; 3ZZA A; 5HM9 A; 1WCZ A; 4H6T A; 4OGX A; 2P93 A; 1TPS A; 1G37 A; 3OY6 U; 1HAI H; 1F5L A; 1HIA A; 3UUZ A; 1O2Z A; 1ZPC A; 2ED4 A; 1BMA A; 3TNS A; 1YCP K; 5EW2 H; 1XUH A; 2BX3 A; 1HRT H; 3M3T A; 3N7O A; 1HLT H; 4D9Q A; 2ALP A; 1BBR E; 1L4Z A; 3KYG A; 1O2O A; 3ZZ8 A; 3MNS A; 2ZGB H; 5F6M A; 1ZHR A; 3OX7 U; 1OKX A; 3RXB A; 5IK2 D; 1V2Q T; 1QL7 A; 2W7S A; 1NT1 A; 2EST E; 1W8B H; 4FVD A; 1OSS A; 4J1Y A; 1WTH D; 1S83 A; 2ZDL A; 3K6Z A; 4B74 A; 4E05 H; 2VGC C; 2HGT H; 2VU8 E; 1BTW A; 1EB2 A; 1BJU A; 1AMH A; 2ALV A; 3LC3 A; 4AOQ A; 2OK5 A; 1RZ1 A; 1FY1 A; 2BY5 X; 3B8J A; 2YMS D; 3RXS A; 2J92 A; 2PUX B; 1V2S T; 5DO4 H; 4XBC A; 1YPK H; 1ANB A; 5I25 A; 1FN6 A; 5EQS A; 3AMF A; 1ETT H; 1QNJ A; 2HPP H; 1GMH G; 1TAW A; 2O9Q A; 4ZXX H; 2PTC E; 1BZX E; 3SNE A; 5EW1 H; 3PV5 A; 4BAH B; 5K7R A; 3SOS A; 2CK3 D; 3V13 A; 1P03 A; 5C1X A; 2TGD A; 1O33 A; 2V3H H; 3A85 A; 4FUE A; 4O9V A; 5DP9 A; 4Y76 A; 5FBI A; 1V2K T; 1P3E A; 3KF2 A; 1Y30 A; 3E1X B; 3KQE A; 5BPE A; 1C5S A; 1IQF A; 4X2W A; 4Q2K A; 1P2K A; 2HVX A; 2UWO A; 1TA2 A; 5DPA A; 1GCT C; 1O3J A; 1WDI A; 1YPL H; 2FP7 B; 3A7V A; 4YM9 A; 1WGB A; 1TRY A; 3HKI B; 1MH0 A; 1LDT T; 4YZU A; 3SWJ A; 2VGC B; 4O3U A; 1PQA A; 5HYO A; 3QTV H; 3RC4 A; 1LVO A; 1TX8 A; 3M35 A; 1NFW A; 3PWC A; 4CRD A; 4B2A A; 5B6O A; 1WV7 H; 3UOU A; 1ZLR A; 1DOJ A; 1W3P A; 1CT0 E; 3IIT A; 3HK6 B; 3TH2 H; 4XBD A; 1ZML A; 2R0K A; 1AVX A; 1ANC A; 2OC1 A; 1P3C A; 3LT3 A; 1O37 A; 4MPW A; 2BD2 A; 1AFE H; 1SLU B; 2BLQ A; 1LVM A; 2KCO A; 3NWU A; 4NIW A; 3TLO A; 2A5A A; 3A89 A; 2R0L A; 3S69 A; 2H5C A; 2ZO3 H; 2SGD E; 1P06 A; 3URD A; 3T62 A; 5F8T A; 3ENS B; 1QR3 E; 1T8M A; 1KXF A; 1XMN B; 5DP8 A; 4B6E A; 2IPH A; 3GY6 A; 3P8N A; 1KYN A; 3U5W A; 3FFG A; 5FHT A; 2FLR H; 2I51 A; 3RXK A; 4K8Y A; 2GVF A; 1OOK B; 2EC9 H; 5A0A E; 1GCT B; 2GDD A; 1TX6 A; 5L6N H; 3K88 A; 4WH8 A; 3DHK H; 1C5N H; 1D9I A; 3TIU A; 4BXW A; 4A92 A; 3OAA D; 1AVW A; 1H8I H; 1OYQ A; 1TPA E; 2G8T A; 3FAO A; 3QX5 H; 1G76 A; 2ODY B; 3LDX H; 2VIO A; 3KQC A; 1C5V A; 1LKA A; 4TPI Z; 1TBQ H; 3QDZ B; 4ZHL U; 1HAH H; 3KQ5 A; 2BD5 A; 4DW2 U; 1JMO H; 1OWD A; 3FKS D; 2QXH A; 2XYA A; 5JB8 S; 2ZTX A; 1QCP A; 3U8T H; 1U6Q A; 2ECR A; 2VIP A; 3RLY H; 5L2Z H; 2WUC A; 2A2J A; 1MTW A; 1TY9 A; 1CE5 A; 2D1J A; 4OGY A; 3A86 A; 4KTU A; 3UIR A; 1PPZ A; 3Q3K A; 5LPE A; 1GHY H; 3LU9 B; 1KDQ A; 3M5O A; 4ZKO U; 2JJ1 D; 4GVU A; 3F68 H; 1RGQ A; 4ZHA A; 1PQ8 A; 2F9B H; 1SL3 A; 3FKH A; 1SOT A; 4FUI A; 2ILN A; 3SZN A; 1LPK B; 3AW1 A; 1FIZ A; 3DFL A; 2PSY A; 1ELG A; 4CH8 B; 2AFQ B; 1IQL A; 3BV9 B; 5L2Y H; 1SQT A; 5L30 H; 1TMU H; 2I02 A; 4I86 A; 1AKS B; 3UQO A; 2Z9L A; 4B2B A; 2H9E H; 2Y5G A; 1A2C H; 3GYM A; 1HBT H; 5T3H A; 4U2W A; 5TCA A; 3SNA A; 5EGM A; 2XTT B; 2F9O A; 1W3Q A; 2Z9J A; 1T8L A; 2B5T B; 3UOP A; 3UWI A; 2QIQ A; 4X1R U; 1GDU A; 2ZA5 A; 1OPH B; 1GHB G; 3RU4 E; 3BG8 A; 3F9E A; 4TYD A; 5HXF A; 1MTV A; 3NFW A; 4RT1 A; 1KMH B; 2AMQ A; 3KQB A; 5JPM H; 4TWW A; 2WV9 A; 2BD9 A; 3WW7 A; 2SGQ E; 1O2I A; 2ASF A; 1BIT A; 3BIV H; 4CR9 A; 2C4F H; 3MHW U; 3SV8 A; 4B2C A; 2H9H A; 1AE8 H; 3Q00 A; 1V2R T; 5JB9 S; 1IQG A; 3T26 A; 1C5W B; 5G4B A; 1KLT A; 2Z9G A; 1F0T A; 1FNI A; 4X6M A; 3RML H; 2IN2 A; 2UUF B; 3M7Q A; 3WWB A; 4Y0Y E; 4ASU D; 3RXQ A; 2NU2 E; 1GBF A; 2R3U A; 1V2U T; 4M9F A; 4RI0 A; 4WMF A; 5IYT A; 4MPU A; 2J98 B; 2VIW A; 1TNH A; 2Y81 A; 3NUM A; 3MTY A; 2FM2 A; 3QLP H; 2YOL A; 2A4Q A; 4Y8Y A; 3RU4 T; 3MMG A; 3TIT A; 2FOB A; 2EY4 C; 1YPE H; 2BOK A; 1E1R D; 1TGC A; 4Z85 A; 3MNB A; 1O3O A; 3M5N A; 2HOB A; 4WXI A; 1TB6 H; 1Y5A T; 1BTY A; 3PV2 A; 3SV2 H; 4MG3 A; 2XCN A; 3IWM A; 2R3Y A; 1K1I A; 3GY7 A; 3MU8 A; 4TWY A; 1O39 A; 2WV5 A; 2DUC A; 5EXL A; 3OU0 A; 2BOH B; 1DUE A; 4THN H; 2QCY A; 2OTV A; 1HAX B; 2NR4 A; 3LOX A; 4FUF A; 1Z6E A; 2WPL S; 2Y6T A; 4OS7 A; 3ZZ9 A; 2AGE X; 2FOA A; 2QF0 A; 4ZKR U; 2A5K A; 2BVR H; 2QXG A; 1QB6 A; 5F8X A; 1UO6 A; 2OU5 A; 4AYV B; 1LPZ B; 2FOM B; 1ZRK A; 1MKX K; 1EKB B; 5FBE A; 3UPE A; 3ZOC A; 2XC5 A; 1TOC B; 3E0N B; 3CEN A; 1IQN A; 3H7O A; 4M7G A; 1SGC A; 1UVP A; 1SGQ E; 1UTL M; 3PWB A; 1CA0 C; 2FOF A; 4GAW A; 4I8L A; 4DY7 B; 1YBW A; 2GZ8 A; 2HRV A; 3P8O A; 1C9T A; 1AQ7 A; 4XJ2 A; 2CMY A; 4JZ1 A; 3F6U H; 1ARB A; 1TAB E; 1EP5 A; 3QGJ A; 1SGE E; 4HI3 A; 1NRP H; 2Q6F A; 2AH4 X; 3BTD E; 3PMB B; 1LTO A; 4YT7 H; 1GBL A; 2L1T A; 1GMH F; 2M5T A; 3U9A H; 2QCK A; 4X8V H; 1C5Z B; 3IG6 B; 1VZQ H; 1Q3X A; 3ZZ6 A; 1BOQ A; 1A3B H; 2B8O H; 4ZKS U; 1O2M A; 5C2Z A; 3MNX A; 1V2T T; 5SGA E; 4P02 A; 2PGB B; 1ESA A; 2XW9 A; 1ELE E; 3K2U A; 5ESC A; 4ZHM U; 1TE0 A; 4I31 A; 4NZQ A; 3FVF B; 2QY0 B; 3A87 A; 4Y71 A; 4K3J A; 4TSF D; 3STJ A; 2A1D B; 3C27 B; 3STI A; 1C2I A; 2FOE A; 2VH6 A; 3RXC A; 1BMN H; 3RXJ A; 1HDT H; 2L74 A; 2XC4 A; 1H9I E; 3SV6 A; 2ZU3 A; 1USC A; 4O03 A; 3DFJ A; 2WPM S; 1CA0 B; 4FUD A; 1JXP A; 1TRN A; 3GCT G; 2VVV A; 1ARC A; 1D6R A; 4IN1 A; 3NXP A; 1UCY K; 1QGF A; 4WH6 A; 3M5M A; 1VL7 A; 3TVJ B; 4FET A; 1GBI A; 2XC0 A; 3FZD A; 5DP7 A; 1GJ5 H; 1P02 A; 4Y79 A; 1O5C B; 2WUB A; 1NZQ H; 2F9U A; 1P04 A; 3LH1 A; 4YLU A; 1F92 A; 1HCG A; 3KHV A; 3Q3X A; 3F7E A; 1ORF A; 1EAU A; 1K1O A; 1GBB A; 1RTF B; 5DP5 A; 4IGD A; 4ISN A; 4Z6A H; 1HFD A; 1C4U 2; 1S0Q A; 3ODF A; 2ZC9 H; 3TPI Z; 1AY6 H; 2BD4 A; 3BN9 A; 1BRC E; 1MAB B; 4UEH H; 2BHG A; 1C1V H; 5E8E H; 5ABW A; 3T29 A; 3UNQ A; 5FAH A; 1OP8 A; 1AZ8 A; 1N1L A; 4K5Z A; 5EJZ A; 1K0H A; 1IHS H; 1L1N A; 4X2V A; 4N7R C; 1GMD G; 1RRK A; 1EUF A; 3L6P A; 1GG6 C; 2OUA A; 1RZ0 A; 2Z3E A; 1MTN C; 3OY5 U; 3SGB E; 3F2H A; 3PO1 C; 1E79 D; 4ABB A; 3ZZ5 A; 3PYH A; 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1RFN A; 3VXE H; 2AIQ A; 1TFX A; 1BQY A; 4X6O A; 1GHZ A; 2A7C A; 1YPM H; 1B5G H; 2EI6 A; 4MLF B; 1GHB F; 1SPJ A; 1YLN A; 2FS8 A; 2QA9 E; 2XWB I; 1NRQ H; 1B0E A; 3DNH A; 2VWN A; 1DY9 A; 2OIN A; 1W10 U; 3VB7 A; 1Z7K A; 1KTT B; 1QA7 A; 2AIP A; 4ZRO A; 5JYI A; 1D3Q B; 1O2T A; 1K22 H; 1ABJ H; 1KY9 A; 2KX4 A; 1C2F A; 1GI3 A; 2J98 A; 2ZU5 A; 4BTT B; 5C0U A; 3MOC A; 2ZFT A; 2YNA A; 2O8M A; 1W9A A; 1WV4 A; 1GI4 A; 3EDX B; 4HFP B; 4BAO B; 1K21 H; 2ZDM A; 2QF3 A; 1YPJ H; 1X7A C; 2EEK A; 4CR5 A; 4X2X A; 1PPG E; 3UAI C; 3ZZC A; 1GBA A; 2VWL A; 4KTS A; 3CNR A; 2AEI H; 2WV4 A; 3DA9 B; 4BNR A; 1GMC G; 1CT4 E; 1RTK A; 4CBN A; 3A82 A; 2Z9I A; 4L82 A; 1AD8 H; 2WPJ S; 5HIY A; 1LPG B; 1QTF A; 2TGT A; 3T25 A; 3GY2 A; 2D37 A; 5PTP A; 1YPG H; 1TAL A; 1WSS H; 2JIZ D; 1K1J A; 1L2E A; 2GX4 A; 1C4Y 2; 2UWL A; 5EXM A; 3AK5 A; 3K65 B; 3P70 B; 3UB0 A; 3TJN A; 1Y12 A; 1ABI H; 2P3T B; 3TK6 A; 8KME 2; 4KGA A; 2G81 E; 3BTW E; 1DLE A; 2UUJ B; 1C4V 2; 3CS7 A; 4X6N A; 5C1Y A; 1O2N A; 1P57 B; 1EZQ A; 2OQ5 A; 1Y3V A; 3E91 A; 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