The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
276
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sequence length |
760
|
structure length |
760
|
Chain Sequence |
NADNYKNVINRTGAPQYMKDYDYDDHQRFNPFFDLGAWHGHLLPDGPNTMGGFPGVALLTEEYINFMASNFDRLTVWQDGKKVDFTLEAYSIPGALVQKLTAKDVQVEMTLRFATPRTSLLETKITSNKPLDLVWDGELLEKLEAKEGKPLSDKTIAGEYPDYQRKISATRDGLKVTFGKVRATWDLLTSGESEYQVHKSLPVQTEINGNRFTSKAHINGSTTLYTTYSHLLTAQEVSKEQMQIRDILARPAFYLTASQQRWEEYLKKGLTNPDATPEQTRVAVKAIETLNGNWRSPGGAVKFNTVTPSVTGRWFSGNQTWPWDTWKQAFAMAHFNPDIAKENIRAVFSWQIQPGDSVRPQDVGFVPDLIAWNLSPERGGDGGNWNERNTKPSLAAWSVMEVYNVTQDKTWVAEMYPKLVAYHDWWLRNRDHNGNGVPEYGATRDKAHNTESGEMLFTVKKGDKEETQSGLNNYARVVEKGQYDSLEIPAQVAASWESGRDDAAVFGFIDKEQLDKYVANGGKRSDWTVKFAENRSQDGTLLGYSLLQESVDQASYMYSDNHYLAEMATILGKPEEAKRYRQLAQQLADYINTCMFDPTTQFYYDVRIEDKPLANGCAGKPIVERGKGPEGWSPLFNGAATQANADAVVKVMLDPKEFNTFVPLGTAALTNPAFGADIYWRGRVWVDQFWFGLKGMERYGYRDDALKLADTFFRHAKGLTADGPIQENYNPLTGAQQGAPNFSWSAAHLYMLYNDFFRKQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights into the substrate specificity and function of Escherichia coli K12 YgjK, a glucosidase belonging to the glycoside hydrolase family 63.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein YgjK
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
276
|
| structure length |
760
|
| sequence length |
760
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01204 | Trehalase | Trehalase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | putative glycoside hydrolase family protein from bacillus halodurans | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein L30; Chain: A, | Ribosomal protein L30p/L7e |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H2W A; 1GAI A; 1H54 A; 2JG0 A; 3P2C A; 5M7I A; 3QWT A; 1CEM A; 1KS8 A; 1GA2 A; 4J5T A; 2WYN A; 5CZL A; 1V7X A; 2AHF A; 3W5N A; 3H3K A; 3WKG A; 4ZG8 A; 2DRQ A; 4CE7 A; 4UFC A; 1V5D A; 5DGR A; 5DGQ A; 1HCU A; 1XWT A; 4WVA A; 1WU4 A; 1NVP B; 1AGM A; 1UG9 A; 1FCE A; 1ULV A; 1V7V A; 4WU0 A; 1F9O A; 3WC3 A; 1KSC A; 2CQT A; 2RDY A; 1KKT A; 2RI8 A; 2FBA A; 4KTP A; 3WIQ A; 2DRS A; 4Z4L A; 1IS9 A; 3H7L A; 1LF6 A; 3E35 A; 4AYQ A; 3QFY A; 1V5C A; 1IA7 A; 3RSY A; 1KFG A; 2P0V A; 2P90 A; 3WIW A; 2FV0 A; 3QT3 A; 2WAM A; 3W5M A; 2EAE A; 3K11 A; 1TF4 A; 4AYR A; 3BY6 A; 1CLC A; 2DRR A; 2AHG A; 4WVC A; 3QPF A; 1XW2 A; 3E6U A; 5CA3 A; 1FBW A; 3QXF A; 2B4F A; 2CQS A; 2VN4 A; 2F6D A; 3QG0 A; 4Q88 A; 1G87 A; 5KKB A; 1L2A A; 3D3I A; 3QDE A; 3PMM A; 3E73 A; 4DOD A; 3GT5 A; 2XFG A; 3W7T A; 1GAH A; 3CIH A; 5M7Y A; 2HR3 A; 1KRE A; 1VD5 A; 3RX8 A; 2EAD A; 1V7W A; 3ANJ A; 1NXC A; 1DOG A; 3QRY A; 4KTR A; 3RRS A; 3WKH A; 1G9G A; 1YTF B; 2JJB A; 3W7X A; 1XWQ A; 4JJJ A; 3S4C A; 3VXD A; 4CJ1 A; 1UT9 A; 2OKX A; 1H12 A; 2AFA A; 4Z4J A; 2FV1 A; 3QXQ A; 1KSD A; 1NH2 B; 2A8Z A; 1FMI A; 1H14 A; 1KRF A; 1WU6 A; 3WKI A; 1F9D A; 4ZH5 A; 2EAC A; 1FP3 A; 3VW5 A; 2RGK A; 2GZ6 A; 3ANI A; 1S3J A; 3W7S A; 1FAE A; 3QFZ A; 4HAM A; 2NVP A; 3RX5 A; 4CJ0 A; 1RM1 C; 3WIR A; 1AYX A; 3ACS A; 3W7W A; 1KWF A; 4FUS A; 1JS4 A; 2JF4 A; 1DL2 A; 1H13 A; 2EAB A; 2ZZR A; 2DRO A; 4EL8 A; 2VN7 A; 1FBO A; 1X9D A; 4L0G A; 3REN A; 1IA6 A; 5GW7 A; 3WKF A; 2D5J A; 2GH4 A; 2D8L A; 3S4A A; 5E2J A; 3A3V A; 3GZK A; 3W7U A; 1G6I A; 1FO3 A; 3EZ8 A; 3QSP A; 3S4B A; 3S4D A; 3ACT A; 2ZBL A; 1GLM A; 2QNO A; 1LF9 A; 3IC7 A; 4XUV A; 2Z07 A; 1FO2 A; 2RI9 A; 1NC5 A; 3X17 A; 4TF4 A; 3EQA A; 1WZZ A; 1WU5 A; 2YIK A; 4Q2B A; 4AYP A; 3QT9 A; 3WUX A; 3ANK A; 3GLY A; 3RX7 A; 4AYO A; 5MEH A; 1K72 A; 1G9J A; 5CD2 A; 3ON6 A; 4WVB A; 3TF4 A; 4TXT A; 1L1Y A; 2FUZ A; 3AFJ A; 5GY3 A; 4L6X A; 4DOE A; 3T33 A; 1RQ5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MVS A; 3IAP A; 1SA4 B; 1FKA O; 3EJR A; 1CEM A; 2WYN A; 3CZJ A; 4DV0 B; 4JI1 B; 1RQV A; 3BVX A; 1KMI Z; 1J5E B; 3BFR A; 4OPH A; 1IVS A; 1R1B A; 1NVP B; 1WU4 A; 2CGO A; 1D6Y A; 3FYI B; 1S72 W; 3JCU Z; 3JAW A; 1HXC A; 2EUL A; 5H5N A; 3AMO B; 1TQU A; 1W2Z A; 1EBO A; 3BUP A; 2X7R B; 1VF6 A; 2E24 A; 4J10 A; 3RT3 C; 4JYA O; 2ZJP W; 1OJH A; 1N1B A; 4BL2 A; 5HFL A; 3BGA A; 4LFC B; 1S77 D; 2KQX A; 1LD8 B; 4TV9 B; 3UO3 A; 1D6Z A; 2N74 A; 3SJC C; 5A2Q N; 5IKH A; 3RYF A; 2WSS G; 3MD0 A; 4EHM B; 3O2O A; 1RWA A; 1BQ0 A; 1IBL O; 1O1T B; 5M7Y A; 3T2Q A; 3CRC A; 4B3S B; 1SZX A; 3K3W A; 4DV4 O; 2CDY A; 4LWS A; 5BY1 A; 1FPP B; 2JEX A; 4CH5 A; 2JGD A; 1AIL A; 4FPP A; 2GHY A; 1R3I C; 2QWN B; 1O6Q A; 4JGS A; 4FM2 A; 4DR2 B; 4DV0 O; 4JI1 O; 2WYH A; 1H14 A; 5EIB D; 1KB9 F; 3ZMU A; 3K58 A; 1Q6I A; 2E5L B; 1FFX A; 5IT9 N; 4J9Z B; 1MSD A; 1MBV B; 4U3F H; 5KA6 A; 3G6B A; 1MOF A; 1YQ2 A; 4CH3 A; 4DUV A; 1MAB G; 5J2U A; 2W0Q A; 3ETE A; 2F0Y B; 3CPW U; 3Q1N A; 5LHI A; 2C10 A; 2XN1 A; 2D8L A; 5JVD A; 1US6 A; 2EIL C; 2GUZ A; 3U11 A; 3K9A A; 1HP8 A; 3WFA A; 5J2T B; 2PI4 A; 1LXM A; 4LFC O; 4YIP A; 1JCR B; 4MTF A; 5L3B A; 3ASN B; 1ZWI C; 4LF5 B; 1R3K C; 2EJR A; 5DEC A; 4IT5 A; 1NS8 A; 2Q69 A; 1D5A A; 5EC2 C; 2QKS A; 4Q2B A; 4E1Y A; 3CV5 A; 4B3S O; 4IIJ B; 3X3X A; 4FLT A; 2ZQM A; 4H13 B; 3G4S V; 4O4H B; 2LGW A; 1D2D A; 3HXF B; 2Q0A A; 1MG1 A; 1KEC A; 1XDC A; 1YJN V; 4WFB V; 4DR2 O; 4QPJ A; 4JI5 B; 5EIB C; 3UQ8 A; 4BOK A; 1I0H A; 4K0K B; 3H3K A; 3HKD B; 2E5L O; 2XND G; 1SER A; 4XBF A; 1XWT A; 3WKG A; 4P9P A; 4ZG8 A; 1AJP A; 1N21 A; 4WU0 A; 1HN1 A; 2ZQ0 A; 1SNZ A; 1LUR A; 3SPH A; 2JS3 A; 3B09 A; 1G4Y B; 1YJW W; 1YIT W; 2DRS A; 3N2K A; 1Z45 A; 2CUG A; 1P49 A; 3DX2 A; 3RSY A; 3UM7 A; 3SJA C; 1N36 B; 1H3B A; 4BZG A; 2WA8 A; 3E8G A; 1J95 A; 3PZ4 B; 4O4J B; 1NL4 B; 4LF5 O; 4JPR A; 1FS0 G; 3AG2 B; 4J42 A; 1TUB B; 2Q8V A; 3HR0 A; 4FJC C; 1K5Q A; 4OK2 A; 1JZ6 A; 1GXM A; 4GTO B; 1H2S B; 4JTC B; 2WLK A; 3CSX A; 1UPG A; 2QJ1 A; 3QXF A; 5JMF A; 2YI8 A; 3ABM B; 1OCZ C; 5KKB A; 1TNB B; 4X8A A; 4DRX B; 2JJ2 G; 2OTJ W; 2DW4 A; 1YI2 W; 2WCO A; 5EK0 A; 5EZY B; 3SPJ A; 1DLB A; 1V7W A; 2CFL A; 1VEW A; 5E1Q A; 1CEZ A; 2UU9 B; 3EU5 B; 5JPM B; 4MTO A; 4JAU A; 5FL7 G; 3BUB A; 2CFG A; 2PNC A; 1HTY A; 4CBC A; 4JI5 O; 3G1B A; 3WB0 A; 4LNU B; 4X1Y A; 1SQV H; 3IGA C; 4DK1 A; 4K0K O; 1NH2 B; 1RSO A; 4UVC A; 2A8Z A; 3K5L A; 4ZIB A; 3WKI A; 4PDV A; 3AK3 A; 2W9R A; 3IC9 A; 1GRJ A; 3ZRW A; 3TJT A; 3M02 A; 4HAM A; 3ZMZ A; 4DR1 B; 4GX0 A; 1PX3 A; 1FFT B; 1KQS U; 4I9W A; 2HHH B; 1RQS A; 3CME W; 1K92 A; 2FUT A; 3HKC A; 4LF8 B; 4UCU A; 2A9H A; 2D5J A; 2ALW A; 5AGD A; 4GAX A; 1JZ3 A; 1LOH A; 3HIG A; 4GYC B; 3FB8 C; 4JAV A; 3D50 A; 5EBM C; 1DGS A; 5K1P A; 2W6I G; 2WDA A; 4OGQ B; 3O65 A; 3IMH A; 1NTK H; 5D5P A; 3JAL A; 1R3L C; 4RQF A; 3EQA A; 2CTR A; 2ZL8 A; 4KL1 A; 1QR8 A; 3M7E A; 2EIM B; 2LQT A; 3BVU A; 2VQE B; 2UU9 O; 1G9J A; 1O6H A; 4TXT A; 4GLX A; 3T1Y O; 3CCV V; 1PL4 A; 3FD9 A; 2ONH A; 3G4D A; 5ILI A; 1VP7 A; 3PYB A; 3QO8 A; 5BMV A; 2XQW A; 3ZCC A; 2BRP A; 3E1F 1; 2WY7 A; 3TXQ A; 4I55 A; 4K8X A; 4U3J B; 4BW5 A; 2H6I B; 4Z2W A; 3BVT A; 2LJ2 A; 1DK1 A; 1WMP A; 4RUF A; 2WGQ A; 5H2F Z; 3NR7 A; 4DR1 O; 2BB6 A; 3DCD A; 1JZ5 A; 1TAE A; 2HHH O; 1Q86 X; 1THZ A; 1O6R A; 2FBA A; 2WLH A; 4JV5 B; 2Q4P A; 2CK3 G; 2RDC A; 2DMX A; 4LF8 O; 3CXC U; 1KFG A; 4D4B A; 2SQC A; 3X2Q B; 1FXK B; 2BCC H; 2WLI B; 1W4N A; 3W5M A; 1R76 A; 1HNX B; 4B3T B; 1DP0 A; 2V8K A; 1AJN A; 1D8D B; 5LXT B; 1GH6 A; 2IH3 C; 5LP6 C; 2XUM A; 2RJZ A; 5IK0 A; 1CPY A; 3K06 A; 2OTL V; 4YJX A; 5JWP A; 4DV7 B; 2OIE A; 3QG0 A; 2QWR B; 4DV5 B; 3LVT A; 3S3X A; 3QDE A; 2WA9 A; 2W0X A; 4PD4 F; 4DOD A; 4DR7 B; 1ORQ C; 3ZN1 A; 2VQE O; 3PZ1 B; 1M90 W; 1GAH A; 1KRE A; 1VD5 A; 2IEJ B; 4GTT B; 4TUY A; 3ASO C; 3ANJ A; 1N34 O; 4R6Z A; 3SX1 A; 1ZSP A; 4PA9 A; 4D6T H; 3DLL W; 2XAS A; 1K34 A; 3K79 A; 2XN2 A; 3BRC A; 3CHX A; 3ZHR A; 4IGG A; 3BCC H; 3JYC A; 3ABU A; 3AG3 C; 2F7Q A; 3BUI A; 3ZMS A; 1AV4 A; 1IU7 A; 1K3E A; 1C3D A; 1P84 F; 1KRF A; 3RJ3 A; 1DYU A; 4E4E A; 3OUS A; 3P3P A; 1HDJ A; 2WLM A; 4OK4 A; 3X3Y A; 1RWG A; 4FNP A; 3VSM A; 4JV5 O; 1QNM A; 1MWR A; 1S5L Z; 4LNV A; 3E22 B; 3OMI B; 4BL3 A; 3M78 A; 1W7C A; 1SS3 A; 1DF5 A; 1N94 B; 3ABK C; 1MMU A; 2BRW A; 5IL3 A; 4UB6 Z; 1HNX O; 1TGO A; 3LSU A; 3FAV A; 2ZXW B; 2OYQ A; 1S5J A; 1FO3 A; 2WII B; 2A7W A; 4ZI7 B; 2H8P C; 3H9V A; 1OCC B; 1JJO A; 5CA1 B; 2Q7G A; 1Z5V A; 2C11 A; 4O4I A; 4DV7 O; 4V1R A; 2Z07 A; 4DV5 O; 1NC5 A; 2CWU A; 2ZNJ A; 1TU5 A; 4MVR A; 4DR7 O; 4ZOL A; 3QG5 A; 5A1A A; 2F7O A; 4KP4 A; 5CD2 A; 1LZW A; 4JI7 O; 2V7Q G; 4H33 A; 3AFJ A; 1RKY A; 1AP6 A; 3RN4 A; 1NTM H; 4FMT A; 1RQ5 A; 2JG0 A; 5M7I A; 4TQF A; 1K97 A; 3RW0 A; 1GA2 A; 2ARH A; 4J5T A; 2JKE A; 3ZHS A; 5IM1 A; 2E3C A; 3CC2 W; 4F6R B; 1LUV A; 4GT1 A; 1Z2G A; 1SQF A; 3VD9 A; 3G4F A; 4OPA A; 1UG9 A; 1F7Y A; 1IQY A; 2QWP B; 4WFA W; 4FFK A; 5CB4 A; 1KSC A; 3DYO A; 3C3S A; 2BOB C; 2B1I A; 1RJO A; 1VQO W; 2XHB A; 1VF6 C; 1F4M A; 1Q82 W; 1SQC A; 3O1F B; 1Y74 A; 3PYA A; 4I4T B; 1V54 C; 2GBO A; 3OEH G; 4MTX A; 4BIZ A; 3CP1 A; 4NEI A; 1NBM G; 2B4F A; 2CH7 B; 4HNA B; 2YID A; 3D36 A; 1LXK A; 1COW G; 2HTA A; 1NSM A; 2WYI A; 2LP7 A; 5JH7 A; 1TNZ B; 1K73 X; 2WPD G; 2PTM A; 3AG4 C; 2Q68 A; 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4OXS A; 3WIW A; 1GN4 A; 2EIK C; 3MI6 A; 1K9M X; 4LF4 B; 1KUQ A; 3BY6 A; 2NOJ A; 1HWW A; 3JD4 A; 4LF9 O; 3NBB A; 2VWK A; 3AFL A; 2YXH A; 3T2M A; 5KAF Z; 4I7Z B; 1AI4 A; 3DSU B; 1NJI X; 1OCZ B; 1G87 A; 1F4A A; 2W6J G; 1NS1 A; 1ZL8 B; 1OJP A; 4MSW C; 1MWS A; 1M5I A; 1NXC A; 3CF5 W; 3QRY A; 1YZB A; 2JRI A; 3MHH C; 3OD4 A; 4I50 B; 1OV9 A; 1MZC B; 3T2O A; 3OGI B; 4O2B B; 4LBE C; 3RYC B; 1N8R X; 3JAK B; 4DR5 O; 2RMK B; 1NSU A; 1FMI A; 2IJH A; 3MPH A; 1SO0 A; 3L72 H; 5DHK A; 1F4H A; 1CP9 A; 1IDS A; 1MNG A; 4CH6 A; 5JVH W; 2F1A A; 3H1I H; 2UUA B; 3RYI B; 1N7N A; 4GKK B; 3EHB B; 3RFR A; 4YY3 B; 2EAB A; 5IY5 C; 2EIN C; 4LH7 A; 3E8H A; 4W4L A; 2YEV A; 1XHZ A; 4JI6 B; 2GH4 A; 3GZK A; 2X6C A; 1IX9 A; 1LTX B; 3OS7 A; 2ZE5 A; 5IYZ B; 1HNZ B; 2Y74 A; 1EGU A; 1YDX A; 2BSK B; 5GON B; 5EBW C; 3M99 B; 1W0K G; 3QTC A; 3BVW A; 4QNH B; 4X62 B; 3GQ1 A; 2ZE6 A; 3NRE A; 4NXN B; 3TGU H; 1BXY A; 3D5R A; 1EKM A; 3Q4H A; 3VDC A; 4LH6 A; 5L3G A; 2B5U A; 3ICX A; 3ZHU A; 1VQ9 V; 5MEH A; 1Q43 A; 3OM3 B; 3TF4 A; 1KC8 X; 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