1ND4A

Crystal structure of aminoglycoside-3'-phosphotransferase-iia
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GSPAAWVERLFGYDWAQQTIGCSDAAVFRLSAQGRPVLFVKTDLSGALNELQDEAARLSWLATTGVPCAAVLDVVTEAGRDWLLLGEVPGQDLLSSHLAPAEKVSIMADAMRRLHTLDPATCPFDHQAKHRIERARTRMEAGLVDQDDLDEEHQGLAPAELFARLKARMPDGEDLVVTHGDACLPNIMVENGRFSGFIDCGRLGVADRYQDIALATRDIAEELGGEWADRFLVLYGIAAPDSQRIAFYRLLDEFF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of aminoglycoside-3'-phosphotransferase-IIa, an enzyme responsible for antibiotic resistance
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aminoglycoside 3'-phosphotransferase
molecule tags Transferase
source organism Klebsiella pneumoniae
total genus 83
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.95: Kanamycin kinase.
pdb deposition date 2002-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1nd4A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 1nd4A02
5AV1A 2XRWA 3IG7A 1BI7A 1JOWB 2VRXA 4O81A 3PXRA 1FBNA 1YOMA 4NZWB 4QP8A 4QT1A 1Y57A 3Q4ZA 4FMQA 4W4XA 1VZOA 2R9SA 5EM5A 3SOCA 3UVPA 4HNIA 4NW6A 3VWAA 1BMKA 1K3AA 2PMOX 4RQVA 3ZH8A 2CJMA 2V0DA 3ENHA 3NSZA 4O7TA 1YOLA 4AN9A 3H9RA 4NM7A 2FSLX 3OG7A 4FT5A 2YDKA 3KVXA 5T3QA 4CZUA 4ZXTA 1OKYA 1FINA 1GZKA 3F82A 3OZ6A 5AIRA 4DFLA 4YMJA 3Q4UA 5FTQA 3O17A 2E9PA 3RWPA 4GV1A 1GZNA 1H1SA 3QTWA 4ZSEA 3KMMA 2B7AA 5HG9A 3MH1A 3FHRA 3OD6X 2BVAA 4EOMA 2XNNA 4F65A 4D28A 3CIKA 5EYMA 3R8MA 1ZMWA 2Q0NA 3R1NA 4QMSA 3QUPA 3V5QA 3NUNA 3VRZA 3W32A 1K9AA 4XOZA 4CEGA 2E9VA 4I92A 1NY3A 2WU7A 4APCA 2BILB 3PXKA 5J5SA 2GNLA 2I1MA 3EB0A 4I23A 2E2BA 3HLLA 4A06A 3RPRA 5H8BA 1WZYA 1A48A 1OM1A 3OUNB 4P7EA 4MWHA 3HMIA 5HO7A 3FMHA 5TOZA 3B2TA 1SM2A 4H36A 2R5TA 2XYNA 3NGAA 2CGUA 4G34A 4PX6A 3VS3A 1FGKA 3WYYA 2WEIA 3BHUA 5IQCA 4L00A 4RG0A 4U40A 5EKOA 2OIBA 3A7IA 3CEKA 3P7AA 1Q62A 2X0GA 3BU3A 4FZDB 5FEDA 3G6GA 5M07A 3KRLA 1H1RA 1YXXA 5AP1A 2QR8A 3ZHPC 2OIQA 4XH6A 3VQUA 3NR9A 2PVJA 4CLJA 5M4CA 3ELJA 4OUCA 1CDKA 5AP0A 5A3XA 3FMEA 2QVSE 3MY0A 5EOLA 3UC4A 2CPKE 2WQBA 5AWMA 1E1XA 3VBYA 3FI8A 5KO1A 3FYJX 3BYMA 4MNEA 5DR6A 4IAZA 3KGAA 4DC2A 5JGBA 2G2HA 4O84A 1OECA 4GFGA 4K6ZA 1BI8A 4N6ZA 4IAIA 4PRJA 3OY3A 3BHHA 3IW8A 4U42A 4EH4A 2QOBA 1QPJA 1PXOA 2X2KA 4Z55A 1JQHA 4EZ7A 4FTAA 2WQMA 4FTKA 4BCFA 3C4XA 3QLGA 5K5NA 2YM7A 3LMHA 1TKIA 2XM8A 2OJFE 3C51A 3DKOA 4P90A 2YZAA 3Q9ZA 2FVDA 4PTEA 5FM3A 3WZDA 1V0PA 1EH4A 4RIYA 3F61A 3O0GA 4USDA 4BGQA 4FIHA 1OKZA 5IEYA 3EQIA 3RPOA 4KRCA 3T3UA 2C5NA 2IW9A 2XBAA 1YDSE 2W4JA 3W1FA 4BTJA 5IF1A 3TZ7A 1ATPE 1JBPE 1TQMA 4GT5A 3TN8A 3VS7A 4B8MA 3NUYA 3OMVA 3VW6A 4AF3A 2ZM4A 3UNZA 2JKOA 4PTCA 1JKKA 1J1BA 5H8GA 5EM7A 3PLAE 4II5A 3EIDA 3OTUA 3TYKA 5C8KA 3FQSA 4ZTRA 1ZOGA 2GMXA 2HZNA 3LFDA 3Q4CA 4YLKA 2WOUA 5BVWA 3VHEA 1URWA 4H1MA 4L43A 3VS6A 3VS0A 3PA3A 5HGIA 5HESA 5K4IA 3HRCA 3BYVA 4AW2A 4F7LA 3P7CA 2VTRA 3HAMA 4NKSA 4IM2A 2XYUA 4FV4A 4E4XA 3ORNA 3LE6A 2YIWA 3OBJA 2ZMCA 4ZS4A 2HELA 4J8MA 4I6QA 3U9CA 1KV1A 3QA8A 3E63A 5D1JA 3CP9A 3KXNA 3MFSA 4ACDA 2UUEA 3U87A 2GSFA 4MXXA 1LR4A 1JVPP 2I0HA 2PHKA 4PWNA 4PY1A 2BRBA 3TKHA 4FSWA 4BGHA 4HZRA 5ANGA 2X4ZA 2XCHA 4UYNA 2QOIA 1BLXA 2OJ9A 4OTDA 4OTQA 5CQWA 5AJQA 3RMFA 3ZSGA 3RCJA 4AW5A 3HP2A 5ETCA 4DINA 5BUIA 2R7BA 5M56A 2CCIA 4FK3A 5BVNA 1KE5A 2PZ5A 3CGFA 3R00A 3DGKA 3TKIA 2VO7A 3S2PA 4G3DA 4ZTNA 4KNBA 4BTMA 2O64A 3OWKA 1JLUE 5CAUA 4YTHA 4IWOA 3CSVA 4MBIA 2YM5A 2J2IB 4NH1A 1PMUA 3ZC5A 3W0NA 1OL1A 3OW4A 3ORZA 2V22A 5JGAA 3PXQA 4PNIA 3KF4A 2EVAA 4BDGA 3G6HA 4GYIA 2O63A 4QYHA 4TYGA 4EZ3A 2G01A 2YCFA 3TEIA 3NAYA 4FSZA 5A6OA 3AQVA 2B53A 3SW4A 3QGWA 3NW6A 4FKSA 2VGOA 2XK8A 2P2HA 4C3FA 2CGWA 2OH0E 2W1FA 4QTAA 3GU5A 4JT3A 5HCZA 3QRUA 3SC1A 5K5XA 1GIIA 5CNNA 5KMKA 4ALWA 1J3HA 4CFFA 3UP2A 4IE9A 3W0SA 4BTFA 4MNFA 3KXZA 4I5MA 3LMIA 3V04A 2ZMDA 3EJ1A 3KQ7A 4O96A 2JIVA 4Q9ZA 2FH9A 3R1QA 4UZHA 2B54A 4FSTA 3IDCA 4HZSA 5HTCA 4B9DA 3KCKA 4NJDA 2Z7RA 5LMBA 3BHVA 3C7QA 3BZ3A 2IJMA 3VN9A 3QX4A 5D41A 3EFJA 5FDPA 1YHVA 4YJSA 3N4UA 3TZMA 4O0UA 3IGGA 5IUIA 4ENYA 4AT5A 1NVQA 4DBNA 3JY9A 2JAVA 3SKCA 4EHZA 4LMUA 4KUJA 1LEZA 3MN3A 3Q9YA 4O7WA 5L2SA 2CNVA 1PMEA 3MY1A 2BZIB 3OVVA 2F49A 4FKRA 4MXAA 2J0MB 4PF4A 4UXQA 3B8RA 3ZO3A 2PZIA 3PSBA 3NPCA 5K3YA 4KIOA 4ZZMA 4A4XA 3CKWA 4LGGA 3GUBA 4FKVA 5DEWA 1LPUA 5EI2A 4D5HA 5ACKA 4CFMA 3AT2A 4RJ5A 4PMPA 4L9IA 5LVOA 5AIKA 3COMA 2Y0AA 3LZBA 4QQJA 3RAKA 3ZMMA 2YCRA 2PU8A 2YDJA 4F09A 3QD2B 4EOIA 2XJ1A 4C33A 1WVXA 3EQPA 1J7LA 3TDWA 4IJPA 1OBDA 1FOTA 1VR2A 1LP4A 1SZMA 4K77A 5ANJA 2VTLA 3V5PA 4YO6A 1TQPA 2IN6A 4FKWA 3W0QA 4HYSA 4QMNA 2XIRA 2A19B 3GOPA 3PIZA 4I20A 2W06A 5AV3A 3A61A 5EYDA 3ORTA 2RFNA 4KAOA 4QP3A 2JKQA 5ETFA 3SRVB 1O6YA 4XG9A 4EUUA 2XNMA 2VU3A 1STCE 4GVJA 4IFGA 4RIWB 5EH0A 3R7UA 1J7IA 4FKJA 1AQ1A 3A7HA 2Y4IB 4M84A 2V62A 3F6XA 2NPQA 5CEMA 1PKDA 5LVPA 1OVEA 4JBVA 3UIMA 4UEUA 5JSMA 4RWJA 4RIXB 5CX9A 4L42A 4DH3A 2QOOA 1SVHA 3L9PA 4TTHB 2CDZA 4BYIA 1IA8A 2QI8A 3OBGA 1YXUA 4D58A 2RKUA 3CPCA 2BAJA 3DJ7A 4YNOA 5DPVA 4KA3A 4ZOGA 3RPSA 3UOKA 4BHZA 2C6EA 4BDBA 4E6QA 3MYGA 5CF5A 5G6VA 1ZYDA 1OUKA 3DZOA 4I5CA 1ZXEA 2R3KA 3GCUA 4R6VA 2WTKC 4OTFA 4RWKA 2VO3A 4YTFA 3UC3A 2C4GA 4D55A 3WF8A 1QPDA 5IUHA 3OROA 3POZA 2IG7A 2W9FB 3EN6A 5DI1A 3V51A 4MXZA 2PPQA 3HA8A 2B52A 2JD5A 4BCJA 1F3MC 3P23A 1BKXA 3PXYA 4TNDA 4EH2A 5IA1A 4YHJA 2YEXA 2ITOA 3PY0A 3W2SA 1W84A 2WTCA 3D4QA 4AA5A 4S31A 5A4TA 5EKNA 4JDKA 1PXNA 2O5KA 4FSRA 3QUEA 4NIFB 3V3VA 5CSPA 3VS4A 4GRBA 4F6WA 4EI4A 3LFBA 4FKQA 4RT7A 4ZSJA 5G1XA 3TWJA 4BDKA 4YZDA 2ZM3A 5I9WA 5HKMA 4AA0A 3H4JA 2C5YA 3E8NA 3WZJA 3ZLYA 3NRMA 4AOTA 4H39A 3R30A 4DAWA 4RJ4A 3Q6UA 4KD1A 3UO4A 5M08A 4D2SA 4CQEA 2SRCA 1H1QA 2A0CX 3EL7A 5JFWA 3K5VA 4DN5A 4QP6A 2VWIA 3TZ8A 2R3LA 2QU5A 3L9NA 1OI9A 2BALA 2QO2A 3T9TA 4AZTA 4XP0A 2QO7A 2UZLA 4ASZA 2FB8A 2BDWA 2PTKA 4ID7A 4I6BA 4Y85A 5AP4A 2ITUA 5J7HA 4G9RA 4L52A 3ZO4A 5JN2A 3GCQA 4XP2A 3VJNA 4JRVA 4PQNA 1Q8YA 5IMEA 4KINA 1ZYCA 5CLPA 2HW6A 3MVJA 2VO0A 3NAXA 3ZM4A 1ZOEA 3DK3A 3E3PA 3COIA 4UV0A 4JR7A 1U4DA 5DRDA 3I6WA 3MDYA 5IA3A 5KKRC 1XR1A 1ZYSA 1UV5A 2OZOA 4DGNA 5LMKC 5AV4A 3A7GA 3I0OA 4D4YA 3LKMA 3Q9WA 2CMWA 3HUCA 2C47A 1APME 3IOKA 4J52A 4CV9A 5J9ZA 4GH2A 1ZY4A 2BIYA 1H0VA 2VTSA 1OPLA 3ZU7A 4EK8A 4X2FA 4YJPA 4CT2A 4FV7A 3S4QA 4ZY4A 5L8KA 3GFWA 3DTCA 4U79A 2XRUA 4ZZNA 5KBRA 4WNMA 5F95A 4LG4A 4NFMA 4U5JA 4WBOA 4FSYA 4C38A 3DK7A 3VC4A 4YR8A 4ZJVA 3TTJA 3LXKA 5HE1A 3LCKA 3Q5IA 3W2QA 4OW8A 3D7TB 3QHWA 3E88A 3T3VA 3F69A 2OGVA 5A6NA 3NEWA 2BAKA 4P2KA 3KRRA 2CNQA 4PDOA 2E9UA 3UG2A 5AUTA 3UOLA 4AGWA 4O0YA 3A4PA 2JKMA 3F3VA 3TUDA 4FNXA 3QZHA 3FY2A 3DBQA 4GT3A 1OUYA 2JAMA 2H96A 3FLZA 2NRUA 4IANA 5E8XA 2ERZE 5IZFA 4QMWA 5IISA 3ZXZA 4NTSA 4G16A 4X2JA 3ZZWA 4LRJA 2GTMA 3V8TA 5IH4A 2XK4A 2BROA 4QYFA 4FEWA 4IWQA 4EYMA 4J96A 4IVAA 4C4HA 4DT8A 5DH3A 4MD9E 3UE4A 2ZAZA 4ZK5A 3H0ZA 1UNHA 5CENA 1JKLA 2R3RA 4KKHA 4XUFA 3NX8A 3TV7A 4APPA 5E8SA 2GNGA 2JLDA 2PUNA 5H2UA 3SGCA 5BYZA 4M69B 3FLNC 2JKKA 2C6TA 4L45A 4X0MA 3RPYA 4FR4A 2WQEA 1OL7A 3RJCA 3DAJA 2P33A 5CI7A 3IONA 3VNTA 4YO4A 3EN4A 1FPUA 2C1BA 3UNJA 3VBVA 5IEXA 2DWBA 5HE3A 3OOMA 4XRLA 4PTGA 4H3PA 4GYGA 5DT4A 3FWQA 2OF2A 2VO6A 3A62A 3ORLA 2QCSA 1PYXA 4HYHA 5GJDA 4HCTA 1IASA 3I60A 4WUAA 2CKOA 3HUBA 5D9HA 4O7YA 1CKPA 3RZBA 3BQCA 3W10A 3QTQA 3HMPA 5ETIA 3KY2A 4C3PA 3CQWA 4BDDA 1R0EA 5ANIA 4JX3A 5AM6A 5HG7A 3F3WA 3UDBA 4ASXA 3FMDA 2X8IA 5M4IA 3NMUF 4FTIA 2IW8A 5GIOE 2J5FA 5L6OA 2JITA 3QQFA 4FK6A 2VWYA 3EQDA 5HE0A 4X7QA 4EORA 4ERWA 2PWLA 4TYEA 2HWOA 4X3FB 5BVOA 1YRPA 5CI6A 2EXCX 3TTIA 4EH7A 2IO6A 4IHPA 4V0GB 4AA4A 5CF6A 2ACXA 2JEDA 4X3JA 4Y95A 5I9VA 1YDTE 3GFEA 4FTUA 4CD0A 4YBKA 4FTJA 5M51A 3OEFX 2FSOX 3Q2JA 2X7OA 4NL0A 3DDPA 2XKEA 3FMMA 4MF1A 5E7RA 4F7SA 5K4JA 5EOBA 4YNEA 1R0PA 5BVKA 2Z7QA 3WF6A 4BZDA 3ZXTA 4O7SA 4Y46A 4AW0A 4RZWA 4GS6A 4BRXA 4WNOA 2W4KA 4MBJA 2PVKA 4JQEA 1G8AA 4DBXA 3MPTA 3FXWA 4CFXA 3EHAA 5LQFA 4S34A 1AGWA 1J91A 3DOGA 4QYEA 4U3ZA 2B55A 4JAJA 5FD2A 2QOQA 3DNEA 4YPDA 2YIXA 5E1SA 5GHVA 1QPCA 3ACJA 4BIDA 3W2CA 3VUIA 4CMOA 4IX5A 2HY81 3CLYA 3UIBA 2WMXA 2ESMA 1OBGA 4E26A 3GC7A 1W0XC 4PMMA 3ALNA 4QO9A 1ERKA 4AFJA 4E6AA 2VUWA 4IFCA 4HVDA 4K1BA 2PZRA 3FMKA 3K2LA 3NYOA 3QHRA 4F7JA 1PW2A 2PE0A 4DFBA 4O7OA 2YA9A 4AWIA 4ZMEA 4FIFA 3D7ZA 5IG1A 2W5BA 2PY3A 2CN8A 2ZYBA 4KRDA 3MI9A 5DFPA 4BI1A 5CANA 5JRQA 2F57A 3PY1A 4U43A 2JDOA 1OB3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AV1 A;  4LV7 A;  2XRW A;  3IG7 A;  1BI7 A;  1JOW B;  2VRX A;  4O81 A;  3PXR A;  1FBN A;  1YOM A;  4NZW B;  4QP8 A;  4QT1 A;  1Y57 A;  3Q4Z A;  4FMQ A;  4W4X A;  1VZO A;  2R9S A;  5EM5 A;  3SOC A;  3UVP A;  4HNI A;  4NW6 A;  3VWA A;  1BMK A;  1K3A A;  2PMO X;  4RQV A;  3ZH8 A;  2CJM A;  2V0D A;  3ENH A;  3NSZ A;  4O7T A;  1YOL A;  4AN9 A;  3H9R A;  4NM7 A;  2FSL X;  3OG7 A;  4FT5 A;  2YDK A;  3KVX A;  5T3Q A;  4CZU A;  4ZXT A;  1OKY A;  1FIN A;  1GZK A;  3F82 A;  3OZ6 A;  5AIR A;  4DFL A;  4YMJ A;  3Q4U A;  5FTQ A;  3O17 A;  2E9P A;  3RWP A;  4GV1 A;  1GZN A;  1H1S A;  3QTW A;  4ZSE A;  3KMM A;  2B7A A;  5HG9 A;  3MH1 A;  3FHR A;  3OD6 X;  2BVA A;  4EOM A;  2XNN A;  4F65 A;  4D28 A;  3CIK A;  5EYM A;  3R8M A;  3TMO A;  1ZMW A;  2Q0N A;  3R1N A;  4QMS A;  3QUP A;  3V5Q A;  3NUN A;  3VRZ A;  3W32 A;  1K9A A;  4XOZ A;  4CEG A;  2E9V A;  4I92 A;  1NY3 A;  2WU7 A;  4APC A;  2BIL B;  3PXK A;  5J5S A;  2GNL A;  2I1M A;  3EB0 A;  4I23 A;  2E2B A;  3HLL A;  4A06 A;  3RPR A;  5H8B A;  1WZY A;  1A48 A; 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 3DU8 A;  3KFA A;  3JUH A;  3AKL A;  4K8A A;  3V5L A;  4EC9 A;  4USE A;  1R78 A;  4GEO A;  4YJO A;  3PJ8 A;  4AGU A;  1ZZL A;  1JST A;  2ITN A;  3L1S A;  3QKK A;  1LUF A;  1Q97 A;  3QF9 A;  4QP1 A;  2BAQ A;  3WE8 A;  3U6I A;  4FT7 A;  3VVH A;  1H27 A;  2ZB0 A;  3BBW A;  2ETK A;  2IVS A;  2WEV A;  4Y83 A;  1I09 A;  3WI6 A;  3BQR A;  4BDF A;  5CU6 A;  4I24 A;  3LFN A;  5JQ8 A;  2F2U A;  3NYN A;  5T6K A;  5AA9 A;  3R6X A;  3P7B A;  4F64 A;  5IA4 A;  4YZC A;  3NCZ A;  2J6M A;  4FNW A;  3MWU A;  3EFK A;  4QP9 A;  3KUL A;  4YP8 A;  4IB0 A;  4CGA A;  3AT3 A;  2PZY A;  3PE1 A;  4Z3V A;  4WBB B;  4BF2 A;  5DNR A;  2B0Q A;  2WFY A;  5HVY A;  3AMA A;  3C1X A;  5HLP A;  4ZY5 A;  5F4N A;  5DRB A;  4BCO A;  3QWK A;  4CSV A;  5JZJ A;  2R3Q A;  2HK5 A;  3C5I A;  2C0I A;  3UOJ A;  5EFQ A;  4JBP A;  3CKX A;  3UQC A;  2WMV A;  2HWP A;  4DFZ E;  4FII A;  3OEZ A;  4DH7 A;  4EHE A;  3FAA A;  3A8W A;  1PF8 A;  2HYY A;  2WMT A;  3DFA A;  4GW8 A;  4JDI A;  4LOO A;  3T8O A;  2ETM A;  4WG4 A;  3E92 A;  1PHK A;  4Z7G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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